요지

피고로서는 실지조사 또는 추계조사의 방법으로 산정이 가능한 범위 내에서는 원고의 지장물 취득가액을 산출해 내었어야 하는데도 재조달원가에 관한 감정결과만으로 원고가 지장물을 취득할 당시 지출한 비용을 곧바로 추산해낼 수 있는 것이 아니라는 이유만으로 지장물의 취득가액을 영(0)으로 평가한 것은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건 2015구단50262 양도소득세등부과처분취소

원 고 000

피 고 00세무서장

변 론 종 결 2016. 6. 3.

판 결 선 고 2016. 7. 8.

주 문

1. 피고가 2013. 11. 11. 원고에 대하여 한 175,935,608원의 양도소득세 부과처분 중124,576,180원을 초과하는 부분과 8,990,087원의 농어촌특별세 부과처분 중 6,364,443원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 3. 25. 00시 00면 0리 18 전 2,917㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라한다)의 소유권을 취득하였다가 2009. 6. 29. 한국토지주택공사에 아래와 같이 이 사건 토지를 957,979,000원에, 그 지장물들을 총 42,437,500원에 각 협의취득의 방식으로 양도하였다(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다).

아 래

협의취득 대상 물건 협의취득 가액

토지 957,979,000원

지장물

컨테이너 2,300,000원

간이화장실 700,000원

선반절단기 3,950,000원

가추 990,000원

바닥 27,500,000원

담장 3,547,500원

차양 1,450,000원

배수로 1,000,000원

맨홀 1,000,000원

지장물 합계 42,437,500원

토지, 지장물 합계 1,000,416,500원

나. 피고는 2013. 11. 11. 원고에게 이 사건 양도에 관하여 양도가액 1,000,416,500원(957,979,000원 + 42,437,500원), 취득가액 420,000,000원, 기타 필요경비 10,279,400원으로 하여 양도차익을 산출한 뒤 2009년 귀속 양도소득세 179,272,720원, 농어촌특별세 9,158,820원(이상 각 가산세 포함)을 경정․고지하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2014. 2. 7. 피고에게 이의신청을 하였고, 피고는 2014. 3. 20. 원고의 이의신청 주장 중 위 각 지장물들 중 컨테이너, 간이화장실, 선반절단기는양도소득세 과세대상 물건이 아니므로 그에 대한 협의취득가액 합계 6,950,000원(2,300,000원 + 700,000원 + 3,950,000원)을 양도가액에서 제외하고, 이 사건 토지에관한 취․등록세 합계 2,632,000원을 기타 필요경비로 인정하여야 한다는 부분을 받아들여, 양도가액 993,466,500원(1,000,416,500원 - 6,950,000원), 취득가액420,000,000원, 기타 필요경비 12,911,400원(10,279,400원 + 2,632,000원)으로 하여 양도차익을 산출한 뒤양도소득세 179,272,720원을 175,935,608원으로, 농어촌특별세 9,158,821원을 8,990,087원으로 각 감액하였다(이하에서 위 감액되고 남은 각 처분을 통틀어 ’이 사건 처분‘이라 하고, 컨테이너, 간이화장실, 선반절단기를 제외한 나머지 지장물들을 통틀어 ’지장물‘이라고만 한다).

라. 원고는 다시 2014. 6. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 10. 15. 조세심판원은 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제5, 6, 7, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 2003. 4. 15.부터 2003. 7. 30.까지 총 147,800,000원을 지출하여 이 사건토지에 관한 기반 조성 공사를 하였다(이하 ⁠‘원고 주장 공사’라 한다). 원고 주장 공사비용은 구 소득세법(2009. 6. 9. 법률 제9763호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제2호가 정한 자본적 지출액에 해당하므로, 필요경비로 인정되어야 한다.

2) 피고는 원고의 지장물 취득가액을 0원으로 보았다. 그러나 원고가 지장물 취득비용을 지출한 것이 분명하므로, 그 취득가액을 0원으로 보는 것은 경험칙에 반한다.

지장물 양도가액 35,487,500원(42,437,500원 - 6,950,000원)은 한국토지주택공사의 의뢰에 따라 복수의 감정평가기관이 실시한 지장물에 관한 재조달 원가(그 지장물을 일반적인 방법으로 건축하는 데 소요되는 비용) 감정결과 산술평균치로서 구 소득세법 제97조 제1항 제1호가 정한 취득가액으로 볼 수 있으므로, 이 부분 금액도 필요경비로 산입하여야 한다.

3) 위와 같이 원고 주장 공사 비용 147,800,000원과 지장물 양도가액 35,487,500원을 모두 필요경비로 산입하면, 이 사건 양도와 관련하여 원고가 부담하는 정당한 세액은 양도소득세 124,576,180원, 농어촌특별세 6,364,443원이 된다. 이 사건 처분 중 위정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고 주장 공사 비용

양도소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로는 과세관청에 있다. 그러나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금입증토록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등).

이 사건에 관하여 보건대, 원고가 실제로 원고 주장 공사를 실시하여 그 비용을 지출하였는지 여부는 원고의 지배 영역 내에 있으므로, 피고가 그 비용 지출 여부를 증명하는 것은 곤란하다고 판단된다. 따라서 위 공사 실시 및 그 비용 지출 여부에 관하여는 원고에게 증명의 필요성이 있다고 봄이 타당하다.

원고는 이에 관한 증거로, 한00이 ⁠‘00건설’이라는 개인사업체 운영자로서 작성한 2013. 7. 22.자 확인서(원고로부터 원고 주장 공사를 대금162,580,000원, 기간 2003. 4. 15.부터 2003. 3. 30.까지로 정하여 도급받아 이를 완공하고, 공사대금으로 147,800,000원을 수령하였다는 취지이다. 갑 제8호증의 1), 공사내역서 표지(갑 제8호증의 3), 공사원가계산서(총 공사대금이 162,580,000원으로 기재되어 있다, 갑 제8호증의 4), 공정별집계표(갑 제8호증의 5), 내역서(갑 제8호증의 6), 원고가 김00에게 50,310,000원을 송금한 내역이 기재된 컴퓨터 파일의 출력자료(갑 제9, 10호증)를 제출하였다.

그러나 을 제4, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① ⁠‘00건설’은 1997. 6. 30. 직권 폐업되었고, 한00이 1999. 9. 21. 위 사업자등록번호를 그대로 이용하여 본인 명의로 다시 건설업에 관한 사업자등록을 하였으나, 이 역시 2000. 12. 31. 폐업된 점, ② 한00이 그 이후 원고 주장 공사 기간을 전후하여 부가가치세를 납부하였다는 자료도 나타나지 아니하는 점, ③ 한00이 원고 주장 공사를 하였을 경우 부과받게 될 부가가치세의 부과제척기간도 위 확인서 작성일자 당시 이미 경과한 점(국세기본법 제26조의2 제1항 제2호), ④ 원고가 원고 주장 공사와 관련한 도급계약서를 제출하지 못하고 있는 점, ⑤ 위 공사내역서, 공사원가계산서, 공정별집계표, 내역서에 발주자, 수급인이 기재되어 있지 않고, 그 작성일자를 확인해 볼 수 있는 자료도 없는 점, ⑥ 원고가 김00에게 50,310,000원을 송금한 것이 한00에 대한 공사대금 지급을 위하여 이루어진 것이라고 볼 만한 아무런 객관적인 자료가 없는 점, ⑦ 김00은 원고와 오래 전부터 거래관계를 맺고 있었는바, 원고가 강석규에 대한 별도의 채무를 변제하기 위하여 송금하였을 수도 있는 점, ⑧ 원고는 원고 주장 공사 비용을 실제로 지출하였다는 주장을 입증하기 위하여 김00과 한00을 대동증인으로 신청하여 이 법원이 증인채택 결정을하였음에도 위 증인신청을 모두 철회한 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 위 증거들만으로는 원고가 실제로 원고 주장 공사를 실시하여 그 비용을 지출하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 객관적인 자료가 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 지장물 취득가액

납세의무자로 하여금 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비의 지출 사실에 관한 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 하는 경우가 있음은 위에서 본 바와 같다. 그러나 필요경비의 발생이 명백한 경우에도 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다는 이유만으로 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반한다. 따라서 그와 같은 경우에는 실지조사 또는 추계조사의 방법으로 산정이 가능한 범위 내에서 과세관청이 과세처분취소소송의 사실심 변론종결시까지 그 금액을 입증하여야 하고, 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에만 납세의무자에게 그 입증의 필요가 돌아간다고 봄이 타당하다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결, 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 보건대, 갑 제6, 7호증, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 양도 당시 지장물을 소유하고 있었던 사실, 한국토지주택공사가 위 양도일 무렵 복수의 감정평가법인에 지장물에 대한 재조달원가 감정을 의뢰하여 그 감정결과 산술평균치 35,487,500원을 지장물 협의취득 가액으로 정한 사실을 인정할 수 있는바, 이처럼 지장물의 재조달 원가가 35,487,500원에 달하는 이상 원고가 지장물을 취득할 당시 아무런 경비를 지출하지 아니한 것으로 보아 필요경비를 영(0)으로 인정하는 것은 경험칙에 반한다고 할 것이다. 따라서 피고로서는 실지조사 또는 추계조사의 방법으로 산정이 가능한 범위 내에서는 원고의 지장물 취득가액을 산출해 내었어야 한다. 그럼에도 피고는 재조달원가에 관한 감정결과만으로 원고가 지장물을 취득할 당시 지출한 비용을 곧바로 추산해낼 수 있는 것이 아니라는 이유만으로지장물의 취득가액을 영(0)으로 평가하였으니 피고의 이 부분 필요경비 산정 방식은 위법하다.

3) 취소의 범위

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있고(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조), 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있으며, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을

계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원

2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등).

그러나 과세처분 취소소송에도 여전히 처분권주의가 적용되므로(행정소송법 제8조제2항, 민사소송법 제203조 및 대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두1688 판결 등), 과세처분 취소소송의 사실심 변론종결시까지 정당한 세액이 산출되지 아니하더라도 원고가 과세처분 중 일정한 금액의 취소만을 구하는 경우에는 법원으로서는 정당한 세액을 산출할 수 없다는 이유로 과세처분 전부를 취소할 것이 아니라, 원고가 구하는 바에 따라 과세처분의 일부만을 취소하는 판결을 하여야 할 것이다.

이 사건에서 원고의 지장물 취득가액을 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반하지만, 피고가 실지조사 또는 추계조사의 방법으로 지장물 취득가액을 산출해내지 아니하였으므로, 현 단계에서는 원고의 지장물 취득가액을 알 수 없어 이 사건 양도에 관하여 부과되어야 할 정당한 세액을 산출하는 것이 불가능하다. 그러나 원고는 양도소득세 중124,576,180원을 초과하는 부분과 농어촌특별세 중 6,364,443원을 초과하는 부분에 대하여 취소를 구하고 있으므로, 처분권주의의 원칙에 따라 이 사건 처분을 원고가 구하는 범위 내에서 취소한다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지.

관계법령

구 소득세법(2009. 6. 9. 법률 제9763호로 개정되기 전의 것)

제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는

건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제97조(양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정

하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외

의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통

령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 ⁠(끝)

출처 : 서울행정법원 2016. 07. 08. 선고 서울행정법원 2015구단50262 판결 | 국세법령정보시스템