요지

이 사건 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 정한 부분 및 재화의 공급에 해당하는 사업용 고정자산으로 건물분 부가가치세가 포함된 것으로 보아 공급가액을 산정한 부분은 적법함

판결내용

첨부 참조

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적으로, 피고가 2021. 12. 1. 원고에게 한 2020년 2기분 부가가치세 102,857,550원의 부과처분을 취소한다. 예비적으로, 피고가 2021. 12. 1. 원고에게 한 2020년 2기분을 부가가치세 102,857,550원의 부과처분 중 8,759,183원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

○ 원고는 원고 소유의 AA시 ○○구 ○○동3가 36-10 대 876㎡ 지상에 제2종 근

린생활시설(1층) 및 단독주택(2층)의 2층 건물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 하고, 위 토지와 통틀어 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 신축하여, 2014. 7. 10. 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤다.

○ 원고는 이 사건 건물 1층(이하 ⁠‘이 사건 상가’라고 한다)에서 ⁠‘○○국수프렌차이즈본부’라는 상호로 도소매업 등(이하 ⁠‘종전 사업’이라 한다)을 영위하였다가 2017. 6. 12.폐업하였고, 2017. 7. 1. 다시 이 사건 상가에서 ⁠‘○○국수본가’라는 상호로 간이과세자의 사업자등록을 하고 음식점업을 영위하였다.

○ 원고는 2020. 4. 7. ○○동지역주택조합설립추진위원회(이하 ⁠‘이 사건 추진위원회’라고 한다)에 이 사건 부동산 및 AA시 ○○구 ○○동3가 37-65 및 37-93 토지(이하 위 2필지 토지와 이 사건 부동산을 통틀어 ⁠‘이 사건 부동산 등’이라 하고, 이 사건 부동산 등 중 이 사건 상가를 제외한 나머지 부동산을 통틀어 ⁠‘이 사건 나머지 부동산’이라 한다)를 일괄하여 대금 4,250,000,000원에 매도하는 내용의 매매계약(이하 ⁠‘이 사건 매매계약’라고 한다)을 체결하였다.

○ 원고는 2020. 7. 1. 일반과세자로 과세유형이 전환되었고, 2020. 9. 29. 이 사건추진위원회에 이 사건 부동산 등에 관한 소유권이전등기를 마쳐준 다음, 2020. 9. 30.자로 이 사건 상가에서 영위하던 음식점업의 폐업신고를 하였다.

○ 원고는 2020. 10. 21. 피고에게 신고기간을 2020. 7. 1.부터 2020. 9. 30.까지로 하여 2020년 2기분 부가가치세의 과세표준을 1,200,909원으로, 납부세액을 10,452원으로 각 신고·납부하였으나, 이 사건 매매계약에 관한 부가가치세는 신고·납부하지 아니하였다.

○ 피고는 ○○지방국세청장으로부터 통보받은 과세자료에 근거하여 이 사건 부동산등 중 이 사건 상가 부분의 매매는 재화의 공급으로서 부가가치세의 과세대상에 해당한다고 보아, 원고가 당초 신고한 위 과세표준에 구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 단서 제1호, 구 부가가치세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 64조에 따라 아래와 같은 방식으로 안분 계산한 이 사건 상가의 공급가액 858,219,173원을 더한 다음, 그 과세표준에 구 부가가치세법 제30조에 따른 10%의 세율을 적용하여, 2021. 12. 1. 원고에게 2020년 2기분 부가가치세 102,857,550원(가산세 포함)을 부과(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

(표삭제)

○ 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 3. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 3. 14. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 주위적 주장 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 상가의 양도는 다음과 같은 이유로 부가가치세

과세대상이 될 수 없는바, 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다.

1) 원고가 이 사건 상가를 양도한 행위가 부가가치세 과세대상이 되려면 그 공급이

사업상 이루어진 것이어야 한다. 그러나 ① 이 사건 상가는 원고가 영위한 음식점업과관련하여 생산하거나 취득한 재화가 아닌 점, ② 원고는 이 사건 매매계약 당시 음식점업을 영위하는 사업자였을 뿐 구 부가가치세법 시행령 제3조 제2항, 같은 법 시행규칙 제2조 제2항 소정의 부동산매매업자가 아니었고, 이 사건 상가의 취득 등과 관련하여 매입세액을 공제받은 바도 없는 점, ③ 이 사건 추진위원회는 이 사건 부동산 등 일대에서 지역주택조합 사업을 추진할 목적으로 위 부동산을 매수하였던바, 이 사건 상가를 포함한 이 사건 건물은 철거할 것이 예상되어 있었고 실제 철거가 완료된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 상가의 양도는 부가가치세 과세대상인 사업과 관련된 재화의 공급으로 볼 수 없고, 주된 사업에 부수되는 재화의 공급에도 해당하지 않는다.

2) 이 사건 상가는 원고가 종전 사업을 폐업할 당시 남아 있던 재화로서, 구 부가

가치세법 제10조 제6항에 따라 원고 자신에게 공급한 것으로 의제되어 이미 이 사건상가의 양도에 대한 부가가치세가 과세되었던바, 이 사건 처분은 중복과세에 해당한다.

나. 예비적 주장

설령 이 사건 상가의 양도를 부가가치세 과세대상으로 보더라도, 다음과 같은 이유 에서 이 사건 처분 중 8,759,183원을 초과하여 부과된 부분은 취소되어야 한다.

1) 피고는 원고가 ⁠‘일반과세자’의 지위에서 이 사건 상가를 양도한 것으로 보아 구

부가가치세법 제30조에 따른 세율을 적용하여 위 상가의 양도에 대한 부가가치세를 산정하였다. 그러나 ① 원고는 이 사건 매매계약 체결 당시 간이과세자의 지위에 있었던바 이 사건 추진위원회와 사이에 부가가치세의 부담에 관하여 별도의 약정을 하지 않았던 점, ② 원고는 이 사건 매매계약 체결 후 일반과세자로 전환되었는데, 이 사건 추진위원회가 이 사건 상가를 취득하는 목적이나 계약금의 규모에 비추어 부가가치세의부담에 관한 약정을 포함하는 내용으로 기존의 계약을 변경하거나 해제 후 재계약하는것은 현실적으로 불가능하였던 점, ③ 원고는 일반과세자로 전환되기 전인 2020. 6.30.경 사실상 폐업한 점, ④ 매매계약 체결 당시 일반과세자였으나 잔금 수령 전 간이과세자로 과세유형이 전환된 경우와의 형평 등을 고려하면, 이 사건 상가가 양도된 시기는 구 부가가치세법 제15조 제1항 제3호에서 정한 ⁠‘재화의 공급이 확정되는 때’의 기준에 의하여야 하고, 앞서 든 사정들에 비추어 이는 이 사건 매매계약 체결일(2020.4. 7.) 또는 사실상의 폐업일(2020. 6. 30.)로 보아야 한다. 그렇다면 원고는‘간이과세자’의 지위에서 이 사건 상가를 양도한 경우에 해당하므로, 구 부가가치세법 제63조 제2항에 따른 세율을 적용하여 위 상가의 양도에 대한 부가가치세를 산정해야 한다.

2) 피고는 이 사건 부동산 등의 매매대금 4,250,000,000원에 이 사건 상가의 양도에 대한 부가가치세가 포함된 것으로 보아 이 사건 상가의 공급가액을 58,219,173원으로 산정하였다. 그러나 이 사건 매매계약상 매매대금 중 각 부동산별 가액의 구분이 불분명하고, 매매대금에 이 사건 상가의 양도에 대한 부가가치세가 포함되었는지 여부도 분명하지 아니하므로, 구 부가가치세법 제29조 제9항 제1호, 제7항 및 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호에 따라 아래 ①항과 같은 산식에 의하여 산출한 875,918,380원에 110분의 100을 곱한 금액인 796,289,436원을 이 사건 상가의 공급가액으로 보아 이를 부가가치세의 과세표준으로 삼아야 한다.

(표삭제)

3) 위와 같이 산정한 이 사건 상가의 공급가액을 반영한 과세표준에 구 부가가치세

법령상 간이과세자(음식점업)에 대한 부가가치세율을 적용하여 부가가치세를 재산정하면 그 정당세액은 8,759,183원이 되므로, 이를 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 주위적 주장에 관한 판단

1) 이 사건 상가의 양도가 부가가치세의 과세대상인지 여부

가) 관련 법리

구 부가가치세법과 구 부가가치세법 시행령의 관계 규정에 의하면, 부가가치세의

부과대상이 되는 재화의 공급이라 함은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하고, 그 납세의무자는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자이므로, 사업자가 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경우에는 부가가치세를 면제하거나 부과하지 아니한다는 특별한 규정이 없는 한 모두 부가가치세를 납부할 과세대상이 되며, 사업자가 주된 사업으로서 계속적으로 반복하여 재화 또는 용역을 공급하는 것이 아니라 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에도 과세대상이 되고, 또한, 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급에 해당하는 이상 그 공급의 목적이 사업의 유지·확장을 위한 것이든 아니면 사업의 청산·정리 또는 폐지를 위한 것이든 관계없이 과세대상이 된다고 할 것이며(대법원 1995. 10. 13. 선고 95누8225 판결, 대법원 2001. 2. 23. 선고 98두16644 판결, 대법원 2008. 2. 14. 선고 2005두17157 판결 등 참조), 공급대상이 된 재화의 취득 시 그 매입세액이 공제되지 아니 하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두17307 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 음식점업을 영위하던 원고가 이 사건 상가를 양도한 것은 사업관련 재화의 공급으로서 구 부가가치세법상의 부가가치세 과세대상이라고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

① 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급에 있어서 ⁠‘재화’란 재산 가치가 있는

물건 및 권리를 말하고(구 부가가치세법 제2조 제1호), 그중 물건은 상품, 제품, 원료, 기계, 건물 등 모든 유체물을 의미하는바(구 부가가치세법 시행령 제2조 제1항 제1호), 원고가 사업장으로 사용하던 건물인 이 사건 상가는 구 부가가치세법령 소정의 재화에 해당한다.

② 원고가 이 사건 상가에서 음식점을 운영하다가 2020. 9. 29. 이 사건 매매계약 에 따라 이 사건 추진위원회 앞으로 위 상가에 관한 소유권이전등기를 경료한 이상, 이 사건 상가의 양도는 원고가 계약상의 원인에 의하여 자신의 음식점업에 제공되던 사업과 관련된 재화를 일시적·우발적으로 공급한 것으로서 부가가치세의 과세대상인 재화의 공급에 해당하므로, 원고는 부동산매매업을 영위하였는지 여부와 무관하게 위와 같이 음식점업을 영위하는 사업자의 지위에서 이 사건 상가의 양도에 대한 부가가치세를 납부할 의무가 있고, 원고가 이 사건 상가에 관한 매입세액을 공제받은 바 없다고 하여 달리 볼 것은 아니다.

③ 이 사건 추진위원회가 이 사건 상가를 매수한 후 실제 이를 철거한 것으로 보

이기는 하나, 이는 이 사건 상가 양도 이후의 사정에 불과하고, 이러한 사정을 이 사건 상가의 양도와 관련된 부가가치세의 산정에 고려할 것은 아니다.

2) 이 사건 처분이 중복과세에 해당하는지 여부

원고의 이 부분 주장은 이 사건 상가가 구 부가가치세법 제10조 제6항에 따른 종

전 사업의 폐업 당시 남아 있던 잔존재화에 해당함을 그 전제로 한다. 그러나 구 부가가치세법상 ⁠‘폐업 시의 잔존재화’란 자기생산·취득재화 중 사업자가 폐업할 때 남아 있는 재화를 의미하고(제10조 제6항), 이때 ⁠‘자기생산·취득재화’란 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화 등을 말하는데(제10조 제1항), 원고 주장에 의하더라도 원고가 이 사건 상가와 관련하여 매입세액을 공제받은 바는 없다는 것이므로, 이 사건 상가가 구 부가가치세법 소정의 폐업 시 잔존재화임을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

나. 예비적 주장에 관한 판단

1) 세율 적용의 위법 여부

가) 원고는 ⁠‘간이과세자’의 지위에서 이 사건 상가를 양도하였다고 주장하는데, 위

주장의 당부를 판단하기 위해서는 그 전제로서 이 사건 상가가 양도된 시기, 즉 이 사건 매매계약에 따른 재화의 공급시기에 관한 판단이 선행되어야 하므로, 이에 관하여 본다.

살피건대, 구 부가가치세법 제15조 제1항 제2호는 재화의 공급시기에 관하여

재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 ⁠‘재화가 이용가능하게 되는 때’라고 규정하면서, 구 부가가치세법 시행령 제28조 제1항에서 구체적인 거래형태별 재화의 공급시기를 ⁠‘현금판매, 외상판매 또는 할부판매의 경우 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는때’로 정하고 있다. 이때 ⁠‘재화가 이용가능하게 되는 때’라 함은 재화를 실지로 사용할 수 있게 되는 때를 말하는 것이므로 공급받은 재화가 부동산인 경우에는 원칙적으로 그 부동산을 명도받기로 한 때라 할 것인데(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누1745 판결,대법원 2008. 9. 11. 선고 2006두9900 판결 등 참조), 계약금의 지급만으로는 양수인에게 부동산이 인도되거나 그 부동산을 이용할 권리가 인정되지 않고, 달리 원고와 이 사건 추진위원회 사이에 계약금의 지급만으로도 이 사건 상가를 이용가능 하도록 약정하였다고 볼 특별한 사정이 없는 점을 고려하면, 원고가 잔금을 수령하고 이 사건 추진위원회에 이 사건 상가에 관한 소유권이전등기를 경료한 2020. 9. 29. 경 을 재화의 공급시기로 봄이 타당하다.

이에 대하여 원고는, 이 사건 상가가 양도된 시기는 구 부가가치세법 제15조

제1항 제3호에 따라 ⁠‘재화의 공급이 확정되는 때’를 기준으로 하여야 하고, 이 사건 매매계약을 체결한 날(2020. 4. 7.) 또는 원고가 실질적으로 이 사건 상가에서의 음식점업을 폐업한 날(2020. 6. 30.)에 이 사건 상가의 양도가 확정되었다는 취지의 주장을 한다. 그러나 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 구 부가가치세법 제15조 제1항 제3호는 그 문언상 같은 법 제15조 제1항 제1호(재화의 이동이 필요한 경우)와 제2호(재화의 이동이 필요하지 아니한 경우)를 적용할 수 없는 경우에 적용되는 규정인바, 부동산과 같이 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우로 분류됨이 명백한 경우에까지 위 규정이 적용된다고 볼 수 없는 점, ② 나아가 이 사건 매매계약 당시 이 사건 건물에는 주식회사 전북은행을 근저당권자로 한 채권최고액 합계 6억 원의 근저당권이 설정되어 있었을 뿐 아니라 원고와 이 사건 추진위원회는 위 매매계약의 특약사항으로 ⁠‘건물 명도는 2021. 2. 20.까지 한다.’라고 정하였는바, 이 사건 매매계약 체결일에 이 사건 상가의 양도가 확정되었다고 볼 수도 없는점, ③ 원고가 일반과세자로서 신고한 2020년 2기 부가가치세의 과세표준에 의하더라도, 원고 주장의 폐업일 이후인 2020. 7. 1.부터 2020. 9. 30.까지 사이에 이 사건 상가의 음식점에서 약 120만 원 상당의 신용카드매출 등이 발생한 점, ④ 원고 주장의 사정만으로 이 사건 처분이 과세의 형평에 반한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면,원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

나) 그런데 원고가 2020. 7. 1.부터 간이과세자에서 일반과세자로 과세유형이 전환

된 사실은 앞서 본 바와 같은바, 그렇다면 결국 원고는 ⁠‘일반과세자’의 지위에서 이 사건 상가를 양도한 것으로 보아야 하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 세율 적용의 위법에 관한 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 받아들이지 않는다.

2) 과세표준 산정의 위법 여부

가) 관련 규정의 내용

구 부가가치세법 제29조 제1항에 의하면 재화의 공급에 대한 부가가치세의 과세

표준은 ⁠‘해당 과세기간에 공급한 재화의 공급가액을 합한 금액’을 의미한다. 한편, 구부가가치세법 제29조 제9항 본문은 ⁠‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등(이하 ’건물 등‘이라 한다)을 함께 공급하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서, 그 단서 제1호에서 ⁠‘다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 본문은 위 공급가액을 ⁠‘토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액’이라고 규정하고 있다.

나) 구체적 판단

(1) 원고가 이 사건 추진위원회에 이 사건 부동산 등을 일괄하여 4,250,000,000원 에 매도한 사실과 그중 이 사건 상가의 양도가 부가가치세 과세대상에 해당하는 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 나머지 부동산의 양도가 부가가치세 면세대상에 해당하는 점에 대하여는 당사자들 사이에 다툼이 없다. 한편 앞서 든 증거와 을 제6호증의 기재에 의하면, 이 사건 매매계약일 기준 소득세법 제99조에 따른 이 사건 상가의 기준시가는 164,448,000원, 이 사건 나머지 부동산의 기준시가의 합계액은 633,472,600원4)인 사실을 인정할 수 있는바, 부가가치세의 과세표준이 되는 이 사건 상가의 공급가액은 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제1호, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호에 따라 이 사건 부동산 등의 매매대금 4,250,000,000원을 각 부동산별 기준시가로안분 계산한 금액으로 정하여야 할 것이다.

(2) 나아가 앞서 거시한 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과

같은 사정들을 더하여 보면, 피고가 이 사건 부동산 등의 매매대금에 이 사건 상가의 양도에 대한 부가가치세가 포함된 것으로 보아 이 사건 상가의 공급가액을

858,219,173원으로 산정하여 이 사건 처분의 과세표준으로 삼은 것은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

(가) 구 부가가치세법 제29조 제7항에 의하면 거래가액에 부가가치세가 포함되

었는지의 여부가 불분명한 경우 거래가액의 일부를 공급가액으로 하고 그 나머지를 부가가치세로 간주하게 된다. 결국 매매계약서에 ⁠‘부가가치세 별도’라는 문구가 명시되어 있지 않다면 부가가치세는 매매대금에 포함되는 것으로 해석하는 것이 불가피하다고 할 것인데, 이 사건 매매계약서(을 제5호증)의 기재에 의하면 부가가치세의 별도 지급에 관한 문구가 별도로 명시되어 있지 아니한 사실을 인정할 수 있는바, 이 사건 부동산 등의 매매대금에는 이 사건 상가의 양도에 대한 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 봄이 상당하다.

(나) 실지거래가액, 즉 이 사건 부동산 등의 매매대금에 이 사건 상가의 양도에

대한 부가가치세가 포함된 경우, 이 사건 상가의 공급가액은 구 부가가치세법 시행령 제64조에 의하여 ⁠“실지거래가액 × 이 사건 상가 기준시가 ÷ {토지 기준시가 + 주택기준시가 + 이 사건 상가 기준시가 + ⁠(이 사건 상가 기준시가 × 10/100) }”의 산식에따라 산정된다. 이때 이 사건 상가의 기준시가의 10% 상당 금액을 분모(分母)에 가산하는 것은, 실지거래가액에는 부가가치세가 포함되어 있으나 기준시가에는 포함되어 있지 않기 때문에 실지거래가액에 포함되어 있는 부가가치세가 면세대상인 이 사건 나머지 부동산 부분에는 귀속되지 않게 하고, 과세대상인 이 사건 상가 부분에만 귀속되게 하기 위함이다. 피고는 위와 같은 방식에 따라 이 사건 상가의 실지거래가액(매매대금)에 포함된 부가가치세를 반영하여 과세표준을 산정한 것으로, 그 산정방식에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다.

(다) 만일 이 사건 부동산 등의 매매대금에 이 사건 상가의 양도에 대한 부가가

치세가 포함되어 있지 않은 경우라면, 이 사건 상가의 공급가액은 구 부가가치세법 시행령 제64조에 따른 ⁠“실지거래가액 × 이 사건 상가 기준시가 ÷ {토지 기준시가 + 주택 기준시가 + 이 사건 상가 기준시가 }”의 산식에 의하여 산정하는 것이지5), 원고 주장과 같이 위 금액에 다시 110분의 100을 곱한 금액으로 산정하여야 한다고 볼 수는없는바, 원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 받아들일 수 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 전주지방법원 2024. 02. 15. 선고 전주지방법원 2023구합10966 판결 | 국세법령정보시스템