요지

수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에 포함되지 않는 것으로 규정되어 있는 점 등으로 보아 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 9. 3. 원고에 대하여 한 2012. 3. 1. ~ 2013. 2. 28. 사업연도 귀속 법인세

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5,484,394,420원(가산세 624,496,839원 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 수익용 기본재산의 매각

1) 원고는 사립학교법에 따른 학교법인으로서 ★★시 ★★면 ★★리 315-1 등 18

필지의 토지(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 수익용 기본재산으로 보유하고 있었다.

2) 원고는 이 사건 토지가 한국수자원공사가 시행하는 시화2단계 개발사업의 사업

구역에 편입되자, 2011. 11. 22. 한국수자원공사와 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체

결하고, 다음날 한국수자원공사 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

3) 원고는 위 무렵 한국수자원공사로부터 받은 이 사건 토지의 매각대금

35,421,929,970원을 ★★농협, 농협중앙회, 우리은행 등 3곳의 금융기관에 개설한 예금

계좌에 분산 예치하였다(이하에서는 위 3곳의 금융기관계좌에 예치된 돈을 ⁠‘이 사건 예

금자산’이라 한다).

나. 회계처리

1) 원고는 2011. 3. 1. ~ 2012. 2. 29. 사업연도(이하 ⁠‘2012 사업연도’라 한다) 법인

세 신고시 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제74조

제1항 제1호 가목에 따라 수익사업회계에 속한 이 사건 예금자산 상당액에서 이 사건

토지의 취득가액 3,186,215,000원을 공제한 32,235,714,970원(이하 ⁠‘이 사건 전출금’이

라 한다)을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 계상함으로써 이 사건 토지의 매

각으로 인한 수익에 대해 법인세를 납부하지 않았다.

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2) 한편, 원고는 2012 사업연도 결산시 이 사건 전출금을 비영리사업회계로 전출

하였다.

다. 대체재산의 취득

1) 원고는 2012. 5. 17. 경기도★★★★교육지원청장에게 이 사건 전출금 중

26,054,000,000원으로 대체재산을 취득하는 것을 허가하여 달라고 요청하였고, 경기도

★★★★교육지원청장은 2012. 6. 18. 이를 허가하였다.

2) 원고는 2012. 8. 3. 이 사건 전출금 중 25,970,247,329원을 지출하여 수익사업

용 재산인 ★★시 ★★동 1600 소재 건물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)을 취득하였다.

라. 이 사건 처분

1) 피고는 원고가 이 사건 전출금 중 일부로 이 사건 건물을 취득한 것은 고유목

적사업준비금의 사용의무를 위반한 경우에 해당한다고 보아 법인세법 제29조 제4항 제

4호에 따라 위 취득자금 중 23,999,534,480원을 2012. 3. 1. ~ 2013. 2. 28. 사업연도(이

하 ⁠‘2013 사업연도’라 한다)의 익금에 산입하는 것으로 조정하여 2013. 9. 3. 원고에 대

하여 2013 사업연도 귀속 법인세 5,484,394,420원(= 본세 4,859,897,585원 + 가산세

624,496,839원)을 경정‧고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

2) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 11. 27. 국세청장에게 심사청구를 하였

으나, 기각되었다.

【인정 근거】 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 제3호증의 1부터 11, 제5호증의 1, 2 제6

호증의 1, 2, 3, 제7호증의 1부터 11, 제8호증의 1, 2, 제9, 10호증의 각 기재, 변론 전

체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

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가. 원고 주장의 요지 이 사건 처분은 아래와 같은 점에서 위법하므로 취소되어야 한다(이하에서는 순서

대로 ⁠‘제①, ②, ③ 주장’이라 한다).

① 원고는 2012 사업연도에 이 사건 전출금을 비영리사업회계로 전출하였으므로

법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문에 따라 이 사건 전출금은 이미 고유목적사업에

지출된 것으로 의제되었다. 즉, 2013 사업연도에는 고유목적사업준비금이 존재하지 않

았고, 이 사건 건물의 취득자금은 고유목적사업준비금이 아니라 이미 비영리사업회계 로 전입된 이 사건 전출금이다. 따라서 이 사건 전출금으로 대체재산을 취득한 것은

고유목적사업준비금의 사용의무를 위반한 것이 아니다.

② 설령 원고가 이 사건 전출금으로 대체재산을 취득한 것이 고유목적사업준비금

의 사용의무를 위반한 경우에 해당한다고 하더라도 법인세법 제29조 제4항 제4호에

따라 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 지난 사업

연도의 법인세 과세표준에 영향을 주는 것이지 2013 사업연도의 소득금액을 계산할

때 익금에 산입할 수는 없다.

③ 원고는 이 사건 전출금을 비영리사업회계로 전출할 당시 이 사건 전출금으로 이 사건 건물을 취득할 의도가 없었고, 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문의 해석 을 두고 견해대립이 있는 등 원고가 이 사건 법인세의 신고‧납부의무를 불이행한 데에

정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

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1) 제① 주장에 관한 판단

가) 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문은 ⁠‘사립학교법에 따른 학교법인이 수익

사업회계에 속한 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한

것으로 한다’고 규정하고 있고, 원고가 2012 사업연도에 이 사건 전출금을 수익사업회

계에서 비영리사업회계로 전출한 사실은 앞서 본 바와 같다.

이러한 경우 원고로서는 더 이상 이 사건 전출금을 고유목적사업에 지출할 의무 가 면제되는지 여부에 관하여 본다.

법인세법 제3조 제3항 제5호에 의하면, 비영리내국법인이 ★★자산(고유목적사

업에 직접 사용하는 ★★자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 처분하여

생기는 수입(수익사업)은 법인세 과세대상이다. 그러나 비영리법인이 수익사업을 영위

하는 것은 수익사업에서 소득을 얻어 비영리사업에 사용하기 위한 것인데 과세소득에

한하여 비영리사업에 사용될 수 있도록 한다면 교육, 사회복지, 의료 등 각종 고유목적

사업을 지원할 책임이 있는 국가가 공익사업에 사용될 재원 중 일부를 법인세 형태로

취하여 오히려 고유목적사업 수행을 방해하는 결과를 초래하게 된다. 이러한 상황을

방지하기 위하여 법인세법 제29조 제1항은 ⁠‘비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위

하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 법정 한도액 범위 안에서 당해

사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다’고 규정하는 한편, 같은 조

제4항 제4호는 ⁠‘고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이

되는 날까지 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 해당 사유가 발생한 날이 속한 사

업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다’고 규정하여 기설정된 고유목

적사업준비금을 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하고 있다.

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위와 같은 법인세법 제29조의 입법취지에 비추어 볼 때 법인세법 시행규칙 제

76조 제4항 후문에 따라 사립학교 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 고유목적

사업준비금으로 계상하여 비영리사업회계로 전출한 경우 이를 비영리사업에 지출한 것 으로 의제된다 하더라도 이로써 그 전출금을 실제로 고유목적사업에 사용하는지 불문

하고 영구적으로 법인세 부담이 면제된다고 보는 것은 문언에만 얽매인 형식적인 해석

일 뿐만 아니라 종국적으로는 시행규칙으로 말미암아 법률이 형홰화되는 결과를 초래

하게 된다는 점에서 허용될 수 없다.

즉 고유목적사업준비금에 계상되었다가 비영리사업회계로 전출된 현금성 자산은

위 시행규칙 조항에도 불구하고 향후 고유목적사업에 사용되어야 하는 것으로 그 용도 가 한정되어 있다고 보아야 하고, 고유목적사업준비금을 손금으로 산입해 주는 것 역

시 전출금을 위와 같이 한정된 용도에 사용하지 않거나 용도 외에 사용할 경우를 해제

조건으로 하고 있다고 봄이 상당하다.

따라서 원고가 이 사건 전출금으로 수익용 대체재산을 취득한 것은 이 사건 전

출금의 본래 용도인 고유목적사업에 사용할 의무를 위반한 것이므로, 이와 다른 전제 에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 제② 주장에 관한 판단

법인세법 제29조 제4항 제4호는 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입한

비영리법인이 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년 내에 기설정된 준비금을 고

유목적사업에 사용하지 아니한 때에는 사용하지 아니한 잔액에 한하여 5년이 되는 사

업연도에 익금 산입하도록 규정하고 있다. 이는 5년이라는 기한을 정하여 기설정된 고

유목적사업준비금을 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하는 것이다. 그런데 고유목

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적사업준비금을 설정하여 손금에 산입하고 비영리사업회계로 전출한 비영리법인이 5년

내에 그 전출금을 임의 환입하여 수익사업에 사용함으로써 더는 고유목적사업에 사용

할 수 없는 것이 분명해진 경우에는 5년의 기한까지 기다릴 필요 없이 곧바로 해당 사

업연도 익금에 산입할 수 있다고 보아야 한다.

이 사건의 경우에도, 원고가 2012. 6. 18. 경기도★★★★교육지원청장으로부터 이

사건 전출금의 일부를 재원으로 하여 이 사건 건물을 구입하는 것에 대하여 허가를 받 고, 실제 구입비용으로 지출함으로써 더는 고유목적사업에 사용할 수 없다는 점이 분

명해졌으므로, 이 사건 예금자산 중 일부를 2013 사업연도 익금에 산입한 이 사건 처

분은 적법하다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 제③ 주장에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자 가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는

바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하되, 납

세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할

수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정 이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수

없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2011두13842 판결 등 참조).

이 사건에서, 비록 원고가 교육지원청에 이 사건 토지의 처분허가를 신청하면서

매각대금을 정기예금으로 예치할 계획이라고 밝히기는 하였으나, 그 후 원고가 이 사

건 토지 매각대금의 대부분인 350억 원을 예치기간 6개월(2011. 11. 29. ~ 2012. 5. 29.)

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의 단기 예금상품에 예치하였다가 위 예치기간의 만기가 가까워진 2012. 5. 17. 관할

교육지원청에 대체재산 취득허가를 요청하였고, 이후 2개월 남짓 만에 이 사건 건물을

취득하여 2012. 7. 31. 관할청에 대체재산 취득결과를 보고하였으며, 그로부터 1개월

남짓 후인 2012. 9. 4. 수익사업인 부동산임대업을 시작하는 등 불과 수개월 만에 240

억 원에 달하는 대체재산의 취득을 완료한 점에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지의

처분허가 신청 당시 표명한 것과 달리 수익사업회계에 속해 있던 이 사건 토지의 매각

대금을 비영리사업회계로 전출할 당시부터 수익사업에 사용할 목적을 가지고 있었음에 도 해당 사업연도의 법인세 과세를 피하기 위하여 이를 고유목적사업준비금으로 계상

한 것으로 볼 소지도 다분한 점, 앞서 본 바와 같이 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 이 ⁠‘학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이 를 비영리사업에 지출한 것으로 한다’고 규정하고 있기는 하나, 위 규정의 입법 취지가

교육사업을 지원하고자 하는 데 있고, 형식상 비영리사업회계로 전입하였다고 하여 고

유목적사업에 사용할 의무가 면제되는 것으로 볼 수는 없는 점, 법인세법 시행령 제56

조 제5항에 고유목적사업의 의미가 분명히 정의되어 있는 점 등을 고려하면, 원고가 이 사건 법인세의 신고‧납부의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있었다고 보기

어렵다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.

출처 : 수원지방법원 2015. 06. 04. 선고 수원지방법원 2014구합55695 판결 | 국세법령정보시스템