본사 이전에 따른 법인세 감면요건 실질판단 쟁점 사례

요지

지방으로 회사를 이전한 원고는 실질적으로 본점의 영업을 하는 곳이라 보기 어려우므로 조특법 제63조의2에서의 본사가 아니라고 봄이 상당하므로 감면배제한 처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 3. 25.자로 원고에 대하여 한 2007년분 법인세 금 ○○원의 부

과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○.○○ 소프트웨어개발 및 서비스업 등을 목적으로 하여 설립된 회

사이다(이하 원고를 ⁠‘원고 회사’라고 한다). 이○○과 안○○은 2005. 12. 28. 원고 회사를 이○○ 명의로 인수한 다음 2006. 1. 20. 그 등기부상 본점 소재지를 ○○○(이하 ⁠‘이 사건 사무소’라고 한다)로 변경하였다. 위 이○○는 이○○의 대학교 동창이자, 이○○의 딸인 이○○가 소유한 ○○빌딩의 관리소장으로 9년 동안 근무한 자이다.

나. 주식회사○○(이하 ⁠‘○○’이라 한다)과 주식회사 ○○(이하‘○○’라 한다)는 2007. 11. 23. 원고 회사의 지분을 각각 49%씩 취득하였고,

나머지 2%는 이○○, 안○○ 등의 세무자문을 맡고 있는 김○○가 취득하였으며, 그

무렵을 전후한 원고 회사의 주주변동 내역은 다음과 같다.

다. ○○은 부실채권 및 저평가 주식에 대한 투자 등을 사업목적으로 하여이○○ 일가가 2007. 11. 17. 설립한 회사(자본금 5천만 원)인데, 그 주주현황은 다음과

같다.

라. 

○○는 구조조정 대상기업에 대한 투자 등을 사업목적으로 하는 회사로서 안○○ 일가가 2006. 5. 16. 그 지분을 전부 인수하여 2007년 11월경 대표자를 ○○으로 변경한 회사인데, 그 주주현황은 다음과 같다.

마. 이○○, 안○○ 등은 2007. 12. 5. 자신들이 보유하고 있던 주식회사 ○○ 주

식 ○○주(지분 합계 98%, 가액 19,747,000,000원)를 원고 회사에 증여하였다. 이어서 이○○, 안○○은 2009. 8. 19. 및 같은 해 12. 31. 원고 회사에게 정기예금 합계 ○○원과 대여금 채권 합계 107억 원을 증여하였다.

바. 원고 회사에게는 마.항 기재와 같은 증여 등으로 인하여 2007년부터 2011년사업

연도까지 자산수증이익 등이 발생하였지만, 앞서 본 바와 같이 수도권 과밀억제권역에

있던 본점 소재지를 수도권 밖으로 이전함에 따라 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2에 의하여 위 사업연도 기간동안의 법인세 합계액 21,947,550,469원을 감면받았다.

사. 감사원은 원고 회사가 사실상의 본점 역할을 하는 부서를 ○○(이하 ⁠‘서울사무소’라고 한다)에 두고 있다는 이유로, 2013년2월경 ○○청에게 ⁠‘원고 회사가 법인세 감면대상에 해당하는지를 재검토하여부족하게 징수된 법인세를 추가로 징수하는 방안을 마련하라’는 취지의 감사결과 처분

요구를 하였고, 피고는 이에 따라 2013. 3. 21. 원고 회사에게 2007사업연도 법인세 ○○0원(= 법인세 4,906,371,706원 + 납부불성실 가산세 2,672,991,305원, 원 단

위는 절사)을 부과하였다(이하 위 부과처분 중 법인세에 관한 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이

라 한다). 위 부과처분의 내역이 기재된 납세고지서는 2013. 3. 25. 원고에게 송달되었다.

아. 이에 원고는 2013. 6. 10. 조세심판을 청구하였는데, 조세심판원은 ○○

‘피고가 한 2007사업연도 법인세 7,579,363,010원은 납부불성실가산세를 가산하지 않는것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다’는 내용의 결정을하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5, 6, 10호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제6,

9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구 조세특례제한법 제63조의2에서의 ⁠‘본사’는 등기부상의 본점을 의미한다고 해

석해야 하므로, 위 ⁠‘본사’를 ⁠‘실질적으로 주된 영업을 하고 있는 본사’라고 보는 것은

헌법상 조세법률주의의 엄격해석원칙에 위배된다. 또한 원고 회사의 등기부상 주된 사

업은 소프트웨어개발 및 서비스업이지 자산 운용업이 아니고, 원고 회사는 이 사건 사

무소에 대표이사 1명과 여직원 1명을 상주시키면서 위 주된 사업인 홈페이지 제작 등 을 실제로 하였으므로, 이 사건 사무소는 구 조세특례제한법 제63조의2의 ⁠‘본사’에 해

당한다.

2) 원고 회사는 국세청의 2006. 10. 24.자, 2007. 7. 16.자 각 법령질의회신, 대전

지방국세청장의 2009. 5. 20.자 감면법인 사후관리 검토결과 통지서 및 대전지방국세청 이 2010. 12. 15.부터 2011. 1. 28.까지 원고 회사의 사무실 실태를 조사하고도 2년이

넘도록 이 사건 처분이 이루어지지 않은 사정 등을 믿고서 피고에게 법인세 감면신청 을 하여, 피고가 2007년부터 2011년까지 그 감면신청을 받아들였음에도, 그러한 공적

견해 표명에 반하여 이 사건 처분을 하는 것은 신의성실의 원칙 등에 위배된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 사무소가 구 조세특례제한법 제63조의2에서의 ⁠‘본사’에 해당하는지

일단 성립한 납세의무를 법률의 규정에 의하여 사후에 해제시키는 조세감면의

요건에 대한 입증책임은 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있고, 특히

감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는

것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결, 대법원2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등).

한편, 구 조세특례제한법 제63조의2는 본점 또는 주사무소를 본사라고 지칭하면서 ⁠‘공장시설의 전부’ 또는 본사를 수도권 과밀억제권역 안에서 수도권 외의 지역으로

이전할 경우 법인세 감면의 혜택을 부여하되, 본사를 이전하였는지의 기준 중의 하나

로서 이전 본사에서 근무하는 인원 내지 임원의 비율을 제시하고 있는바, 이는 위 규

정의 취지가 수도권에서 수도권 외의 지역으로 본사나 공장을 이전하는 회사에 법인세

감면 혜택을 주되, 실제 수도권에서 수도권 외의 지역으로 이전시킨 근무인원이나 수

도권 외의 지역에서 채용한 근무인원에 상응하는 부분에 대해서만 감면 혜택을 주어

실질적인 지방 균형 발전과 수도권 과밀화 억제를 달성하고자 하는 데 있기 때문인 것 으로 보인다. 그런데 구 조세특례제한법 제63조의2와 유사하게 수도권 외 지역으로 본

점 또는 주사무소, 공장을 이전한 법인에게 조세상 특례를 부과하는 내용은 조세특례

제한법의 전신인 구 조세감면규제법(1998. 9. 16. 법률 제5561호로 개정된 것으로서 구조세감면규제법중 가장 최근까지 존재하였던 규정이다, 이하 같다) 제6절 ⁠‘지역 간의

균형발전을 위한 조세특례’에서도 발견할 수 있는데, 위 조세감면규제법상 조세정책적

차원에서 제정된 조세특례규정들의 적용의 전제가 되는 해당요건의 구비 여부는 그 형

식보다는 실질에 의하여 판단하여야 하는바(대법원 1997. 5. 7. 선고 96누2330 판결),

구 조세특례제한법 제63조의2 역시 제7절 ⁠‘지역 간의 균형발전을 위한 조세특례’에 위

치하고 있고 구 조세특례제한법의 목적과 구 조세감면규제법의 목적은 모두 ⁠‘조세의

감면 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정

책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함’에 있으므로, 구 조세특례제한법 제63조의2에서의 ⁠‘본사’ 개념을 해석함에 있어서도 문제되는 장소가 실질적으로 본점 또는 주사무소로서 영업을 하고 있는 곳에 해당하는지에 따라, 지방 균형발전과 수도권 과밀화 억제라는 입법취지에 기여하는 기업에 대한 혜택으로서 법인세의 감면을 허용하는 것이 실질과세의 원칙이나 조세공평의 원칙에 부합한다고 봄이 상당하다. 또한 모든 등기부상의 본점이 아니라 등기부상의 본점 중 실질적으로 본점 또는 주사무소로서 영업을 하고 있는 곳에 대해서만 법인세 감면의 혜택을 주는 것은 앞에서 본 엄격해석원칙을 따르는 것이 된다.

위 법리에 비추어 이 사건 사무소가 구 조세특례제한법 제63조의2에서의 ⁠‘본사’

에 해당하는지에 관하여 보건대, 갑 제3, 8호증, 갑 제7호증의 1, 2, 3, 갑 제10, 11, 12호증의 각 기재에 의하면 원고 회사의 등기부상 본점 소재지는 ○○에서 이 사건 사무소로 변경되었고, 2011. 10. 21. 다시 ○○ ○○ 호로 변경된 사실, 원고 회사의 목적은 소프트웨어개발 및 서비스업, 소프트웨어 도·소매업, 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업, 위 각항에 부대되는 사업일체인 사실, 원고 회사에서는 2007년부터 2014년까지 소프트웨어개발용역내지 서비스로 인한 매출이 발생한 사실, 원고 회사의 대표이사인 ○○과 여직원 1

명이 2007년 당시 이 사건 사무소에서 근무하고 있었던 사실이 각 인정되나, 위 인정

사실만으로는 이 사건 사무소가 구 조세특례제한법 제63조의2에서의 ⁠‘본사’에 해당한다고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 갑 제2호증, 갑 제7호증의1, 2, 3, 갑 제8, 10호증, 을 제4호증의 3, 4, 을 제6, 8, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 􎳞원고 회사의 2006년부터 2013년까지의 각 소프트웨어개발 내지서비스 매출액보다 그에 소요되는 각 매출원가, 판매비와 관리비가 더 큰 상태였고, 2008년, 2009년의 경우 원고 회사에서 발생하는 소프트웨어개발용역 매출액은 없었던 사실, 􎳟원고 회사의 주요 고객 중의 하나로서 주식회사 ○○이 있는데, 주식회사 ○○은 이○○과 안○○이 공동 창업한 회사인 사실, 􎳠원고 회사의 등기부상 대표이사인 ○○은 ○○과 ○○의 주주들인 이○○, 안○○ 등의 세무자문을 맡고 있는 ○○의 장인이고, 2006. 1. 20.부터 2011. 4. 26.까지 원고 회사의 등기부상 감사였던 ○○은 위 ○○의 장모인 사실, 􎳡2006년부터 2009년까지 위 ○○의연간 급여액은 18,000,000원 내지 19,200,000원이었던 사실, 􎳢원고 회사가 이○○,

안○○ 등으로부터 증여받은 주식, 현금 등의 금융자산의 인출 또는 해지 등을 하기

위해서 원고 회사의 인감이 필요한 경우, 위 김○○은 서울사무소를 방문하여 이○○ 에게 원고 회사 인장을 건네주고 기다렸다가 그 사용이 끝나면 이를 가지고 이 사건

사무소로 돌아갔던 사실, 􎳣위 이○○은 서울사무소에 소재한 이○○, 안○○의 개인

사무실에 있는 자로서, 위 􎳟항 기재 주식회사 ○○의 회계담당 직원으로 근무한 적이

있었고, 2014. 7. 16.에는 ○○과 ○○의 등기부상 감사로 등기되어 있

었던 자인 사실, 􎳤이 사건 사무소의 운영에 필요한 경비가 모자라게 되는 경우 ○

○○은 위 이○○으로부터 전도금 형식으로 경비를 지원받아 온 사실이 각 인정되는바,위 인정사실에 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고 회사의 2007년부터 011년까지의 법인세 과세표준의 근거가 된 각 사업연도 소득금액은 소프트웨어개발용역 매출이익이 아니라 자산수증이익 및 수증자산의 운용이익 등에 터 잡은 것으로

보이는데, 위 김○○과 2007년 당시 원고 회사에 있었다는 여직원 1명이 위 자산수증

이익 등의 창출에 기여하지는 않은 것으로 판단되는 사정 등을 종합하여 보면, 이 사

건 사무소는 실질적으로 본점 또는 주사무소로서 영업을 하고 있는 곳이라고 보기 어

려우므로, 결국 구 조세특례제한법 제63조의2에서의 ⁠‘본사’가 아니라고 봄이 상당하다.

2) 이 사건 처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지

신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙은 과세청의 과거의 언동에 반하여 소

급하여 처분을 하는 것을 금지할 뿐이고 과세청이 과거의 언동을 시정하여 장래에 향

하여 처분하는 것은 적법하다 할 것이므로, 과거의 견해표명을 시정하여 한 과세처분

등을 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위반된 처분이라 할 수 없다(대법원

1993. 2. 12. 선고 92누5478 판결).

위 법리에 입각하여 이 사건 처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지에 관하여

보건대, 앞서 든 증거, 갑 제4, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되 는 다음의 사정들을 고려하면, 이 사건 처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되어 위법하

다고도 볼 수 없다.

가) 앞에서 본 것처럼 이 사건 사무소는 구 조세특례제한법 제63조의2에서의

‘본사’에 해당하지 아니하므로, 이 사건 처분은 과거의 견해표명을 시정하여 처분한 것 에 해당한다고 봄이 상당하다.

나) 신의성실의 원칙 등을 적용하기 위하여는 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따라 어떠한 행위를 하는 것이 필요하다 할 것인데, 원고 회사가 이 사건 사무소로 등기부상 본점 소재지를 변경한 것은 앞서 본 바와 같이 2006. 1. 20.이고 그 후에 비로소 원고 회사가 주장하는 각종 견해표명이 이루어진 이상, 원고 회사가 이러한 견해표명을 신뢰하고 등기부상 본점 소재지를 변경한 것으로 볼 수 없다.

다) 국세청의 2006. 10. 24.자, 2007. 7. 16.자 각 법령질의회신은 그 내용 자체로 보더라도 이 사건 사무소와 같은 경우가 아닌 일반적인 경우를 언급하고 있는 것으로 보이는데다가, 특히 위 2006. 10. 24.자 법령질의회신에서의 사실관계에 대해 구조세제한특례법 제63조의2에서의 법인세 감면 혜택이 적용되는 것으로 보게 되면, 이 는 구 조세제한특례법 제63조의2 제4항 제1호의 문언에 정면으로 반하게 된다.

라) ○○청장의 2009. 5. 20.자 감면법인 사후관리 검토결과 통지서의내용은 원고 회사에게 ⁠‘원고 회사가 2008년 8월 26일에 대전지방국세청 법인세과에 제출한 보정서류 검토결과 및 대전지방국세청에서 2009년 5월 19일~20일간 실시한 현지확인에 대한 검토결과’를 통보하는 것으로서, 그 내용 자체에 의하더라도 위 통지는 서울사무소에서 원고 회사와 관련된 자산수증업무가 이루어진다는 것을 알지 못한 채 이

루어진 것에 불과하다.

마) ○○국세청장이 2010. 12. 15.부터 2011. 1. 28.까지 서울사무소 등을조사한 후 이 사건 처분에 이르기까지, 피고가 원고 회사에 대한 과세처분을 하지는

않았지만, 위 조사 이후 ○○세무서장 등의 이○○, 안○○ 등에 대한 2011. 9. 9.자 상속세 및 증여세의 부과처분, 그에 대한 이○○, 안○○ 등의 조세심판청구, 행정소송

제기 등의 과정이 있었으므로, 원고 회사에게 이 사건 처분이 내려지지 않는다는 신뢰 가 형성되었다고 보기 어렵고, 설사 사실상의 신뢰가 형성되었다고 하더라도 앞에서

본 것처럼 구 조세특례제한법 제63조의2는 법인세 납세의무의 성립을 전제로 하여, 정

책적 목적으로 법인세 감면 요건을 설정하는 조항으로서 ⁠‘국민에게 이익을 부여’하는

조항인 점과 앞에서 본 여러 사정들을 종합하여 볼 때 그러한 신뢰가 보호할만한 가치

있는 신뢰라고 보기 어렵다.

3) 소결론

따라서 이 사건 사무소는 구 조세특례제한법 제63조의2에서의 ⁠‘본사’에 해당하지

아니하고, 이를 근거로 이루어진 이 사건 처분이 신의성실의 원칙 등에 위배된다고도

보기 어려우므로, 원고의 주장은 이유 없고 결국 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

출처 : 대전지방법원 2015. 06. 25. 선고 대전지방법원 2014구합104079 판결 | 국세법령정보시스템