요지

이 사건 주택은 구 법인세법 제55조의2 제1항 제2호에서 정하는 ⁠‘대통령령으로 정하는 주택’에 해당하고, 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 1. 6. 원고에게 한 2017 사업연도 귀속 법인세 371,256,260원, 2017년 제2기 귀속 부가가치세 129,316,960원의 부과처분을 모두 취소한다.

  이 유

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않은바, 제1심 및 당심에 제출된 증거에 비추어 보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 판결 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰고 제2항에서 원고가 당심에서 강조한 주장에 관한 판단을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

[고쳐 쓰는 부분]

○ 제1심판결문 제10면 제16행의 ⁠“구 법인세법 제55조 제2항 제2호”를 ⁠“구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제11면 제6~7행의 ⁠“‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우’로서 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있는 경우”를 ⁠“‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등’에 해당하여 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있는 경우”로 고쳐 쓴다.

2. 추가판단

  가. 원고 주장의 요지

    1) 조세법률주의의 엄격한 문언 해석 방법에 따르면 추가 법인세 과세대상인 구 법인세법 제55조의2 제1항 제2호에서 정하는 ⁠‘대통령령으로 정하는 주택’은 같은 호의 ⁠‘주거용 건축물’과 함께 ⁠‘별장’ 등의 용도로 사용되는 경우에 한정되어야 한다(이하 ⁠‘제1주장’이라 한다).

    2) 원고는 지상 건물을 모두 철거하고 공동건물을 건축하여 분양하는 사업을 수행하기 위하여 이 사건 토지를 포함하여 이 사건 부동산들을 취득하였으므로, 이 사건 토지의 취득행위는 사업성이 인정되어 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에서 정한 ’비사업용 토지‘에 해당하지 않는다. 설령 원고가 이 사건 토지를 보유한 기간 동안 시행사업을 수행하지 않아 사업성이 인정되지 않는다고 보더라도, 2015. 11. 1. 이 사건 조합이 설립된 이후 개별 토지에 대한 건축 인허가, 착공승인 등이 이루어지지 않는 법령상 제한 등 부득이한 사유가 있으므로, 추가 법인세 과세대상이 될 수 없다(이하 ⁠‘제2주장’이라 한다).

    3) 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의하면, 건물에 한정된 이 사건 초과주택만이 부가가치세 부과대상이 될 여지가 있으나, 원고와 이 사건 조합이 매매계약 체결 당시 가액 87억 원은 토지에 대한 것일뿐, 철거할 것이 예정된 건물에 대해서는 0원으로 합의하였고, 다만 건물을 매각대상 범위에 포함하여 분쟁의 소지를 없앤 것일 뿐이므로, 이 사건 초과주택은 부가가치세 부과대상이 되지 않는다(이하 ⁠‘제3주장’이라 한다).

  나. 제1주장에 대한 판단

    1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만,법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

    2) 그런데 추가 법인세 과세대상으로서 ⁠‘대통령령으로 정하는 주택’과 ⁠‘주거용 건축물’은 본래 별개의 개념으로 2014년 법인세법과 그 시행령 개정 과정에서 사후적으로 구 법인세법 제55조의2 제1항 제2호에서 함께 규율되게 되었을 뿐이고, 위 개정 과정에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 주택’의 개념을 기존보다 축소하여 ⁠‘주거용 건축물’의 경우와 마찬가지로 별장 용도로 한정할 만한 동기나 이유는 확인되지 아니하는 점, 구 법인세법 제55조의2의 ⁠‘토지등 양도소득에 대한 법인세 과세제도’는 법인의 부동산 투기를 억제하고 개인에 대하여 부과되는 고율의 양도소득세와의 과세형평을 도모하기 위한 것인데, 법인이 주택을 소유하는 경우는 임대주택 사업, 사택 제공, 채권 만족 목적, 그 밖에 부득이한 사유 등 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 각 호에서 정한 경우 이외에는 부동산 투기 목적이 없다고 할 수 없으므로, 기존에 별장 용도로 한정하여 법인세 과세대상으로 삼은 ⁠‘주거용 건축물’과 달리 그러한 용도 제한을 규정하지 않았던 ⁠‘대통령령으로 정하는 주택’에 대하여도 구 법인세법 제55조의2 제1항 제2호가 반드시 별장 용도로 보유한 경우로 한정하여 법인세 추가 과세를 의도한 것이라고 보기는 어려운 점 등 앞서 본 바와 같은 사정들을 종합해 보면, 구 법인세법 제55조의2 제1항 제2호에서 정하는 ⁠‘대통령령으로 정하는 주택’의 경우에는 ⁠‘주거용 건축물’의 경우와 달리 별장 용도로 보유한 경우가 아니라도 추가 법인세 과세대상에 포함된다고 해석함이 상당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

  다. 제2주장에 대한 판단

    1) 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조). 그런데 앞서 본 바와 같이, 구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호에 따라 임야는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하고, 다만 구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호의 가,나목의 임야와 다목에 근거한 구 법인세법 시행령 제92조의6 제4항 각 호에서 구체적으로 정하고 있는 임야에 한하여 예외적으로 비사업용 토지에서 제외되며, 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 각 호에 따른 부득이한 사유가 있는 경우 해당 기간 동안 비사업용 토지로 보지 않을 뿐이다.

    2) 그러므로 우선, 원고가 지상 건물을 철거하고 공동건물을 건축하여 분양하는 사업을 수행하기 위하여 임야인 이 사건 토지를 포함하여 이 사건 부동산들을 취득하였기 때문에 이 사건 토지의 취득행위는 사업성이 인정되어 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에서 정한 ’비사업용 토지‘에 해당하지 않는지 여부에 관하여 보면, 원고는 이 사건 토지를 포함하여 이 사건 부동산들을 취득한 후 수년 간 이 사건 부동산들을 보유하다가 이 사건 조합에 전부 매도하여 수십 억 원의 매매 차익을 얻었는데, 위 보유기간 동안 원고가 독자적으로 혹은 재건축조합 혹은 재개발조합 등과 협력하여 이 사건 토지 지상 건물을 철거하고 공동건물을 건축하여 분양하는 사업을 수행하기 위한 구체적인 사업계획을 수립하거나 이를 시행하려고 노력하였음을 인정할 자료가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 공동건물 건축․분양사업을 수행하기 위하여 이 사건 토지를 포함하여 이 사건 부동산들을 취득하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 또한 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호에 따라 임야는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하고, 다만 구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호의 가, 나목의 임야와 다목에 근거한 구 법인세법 시행령 제92조의6 제4항 각 호에서 구체적으로 정하고 있는 임야에 한하여 예외적으로 비사업용 토지에서 제외되는데, 원고가 주장하는 위와 같은 공동건물 건축․분양사업에 사용하려는 임야는 비사업용 토지에서 제외되는 구 법인세법 제55조의2 제2항 제2호의 가, 나목의 임야와 다목에 근거한 구 법인세법 시행령 제92조의6 제4항 각 호에 해당하지 아니한다.

    3) 나아가 원고가 이 사건 토지를 취득하여 이 사건 조합에게 매도할 때까지 구 법인세법 제55조의2 제3항, 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항에서 정한 ⁠‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등’의 요건을 충족하여 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있는 경우에 해당하는지 여부에 대하여 본다.

    그런데 갑 제15호증의 1의 기재 및 제1심 법원의 ○○구청장에 대한 각 사실조회 결과에 의하면 이 사건 조합이 2017. 2. 24. 조합설립인가를 받았다는 사실을 인정할 수 있으나, 위 인정사실 및 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 토지를 포함한 이 사건 부동산들을 취득한 2015. 7. 29. 이후부터 원고가 이 사건 조합에 이 사건 부동산들을 일괄 양도한 2017. 8. 22.까지 이 사건 토지에 대하여 건축허가 제한 등 법령상 제한이 객관적으로 있었다거나 원고의 개별 사업 목적으로 이용할 수 없는 부득이한 사정이 있었다고 인정하기에 부족하고(오히려 위 사실조회 결과에 의하면 원고의 소유기간을 포함한 2013. 7.부터 2017. 8.까지 이 사건 토지 지상에 건축허가 신청은 없었다고 확인된다), 달리 이를 인정할 증거가 없다.4) 따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

  라. 제3주장에 대한 판단

    1) 앞서 본 바와 같이, 구 부가가치세법 제29조 제9항, 같은 법 시행령 제64조 제1호 본문에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명하나 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액을 각 토지와 건물 등의 공급가액으로 한다.

    2) 그런데 앞서 본 바와 같은 사정들과 함께 이 사건 조합이 원고로부터 이 사건 부동산들을 매수한 후 이 사건 초과주택의 취득과 관련하여 관할 세무서에 부가가치세 매입세액 공제를 신고하지 아니한 사실이 있다 하더라도, 이는 이 사건 조합이 면세사업자로서(갑 제5호증의 1) 이 사건 초과주택의 양수가 부가가치세법 제39조 제1항 제7호에 규정되어 있는 면세사업 등에 관련된 매입에 해당하여 매입세액 공제가 불가능하기 때문으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 조합과 매매 계약을 체결할 당시, 철거가 예정된 이 사건 초과주택 등 건물에 대해서는 그 가액을 0원으로 하고, 이 사건 토지의 가액을 87억 원으로 합의하였으나, 건물을 매각대상 범위에 포함하여 분쟁의 소지를 없애기 위하여 이 사건 부동산들을 일괄하여 87억 원에 양도하기로 하는 내용의 부동산 매매계약을 체결하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 결국 앞서 본 바와 같이 원고와 이 사건 조합 사이에 체결된 매매계약의 목적물에는 이 사건 초과주택의 부속토지뿐만 아니라 이 사건 초과주택까지 포함되어 있으나, 이 사건 초과주택과 그 부속토지의 가액이 불분명하다고 판단되므로, 구 부가가치세법 제29조 제9항, 같은 법 시행령 제64조 제1호 본문에 따라 이 사건 초과주택과 그 부속토지의 기준시가에 따라 안분한 액수를 이 사건 초과주택과 그 부속토지의 공급가액으로 보아 부가가치세를 산정하여야 한다. 따라서 그에 따른 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2024. 07. 12. 선고 서울고등법원 2023누70031 판결 | 국세법령정보시스템