요지

원고가 제출한 증거만으로는 ACA 프로그램(수강생 관리프로그램)이 과세의 근거자료로 볼 수 없을 정도의 중대한 오류나 부실이 있다고 보기 부족하므로, 이 사건 부과처분과 이 사건 소득금액변동통지에 원고가 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 2009사업연도 귀속 법인세 ○○○○원의 부과처분의 취소청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

원고에 대하여, 피고 ○○세무서장이 2012. 6. 11. 한 2008사업연도 귀속 법인세○○○원의 부과처분 및 2009사업연도 귀속 법인세 ○○○○원의 부과처분과, 피고 ○○지방국세청장이 2012. 6. 12. 한 2010사업연도 귀속분 ○○○○원 중 ○○○○원을 원고 대표이사 이BB에게, 나머지 ○○○○원을 원고 대표이사 이CC에게 각 상여로 소득처분한다는 내용의 각 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 서울 ○○구 ○○동에 위치한 미국 대학수학능력시험(Scholastic Aptitude Test, SAT) 준비학원이다.

 나. 피고 ○○지방국세청장은 2011. 8. 31.부터 2011. 10. 10.까지 원고와 원고의 관계회사인 소외 주식회사 DDD(이하 ⁠‘DDD’이라 한다), 주식회사 EEE아카데미(이하 ⁠‘EEE’라 한다)에 대하여 2008사업연도 내지 2010사업연도의 법인세 세무조사를 실시한 결과, 원고가 사용하는 ACA 프로그램(수강생 관리, 수강료 납입 및 환불을 관리하는 프로그램) 상의 수강료 수입금액과 신고한 수입금액에 차이가 있다고 보고 이를 신고누락 금액으로 파악하여, 2011. 10. 18. 원고에게 2008년 법인세 ○○○원 및 2009년 법인세 ○○○○원의 부과를 과세예고하는 세무조사결과통지를 하였다.

 다. 원고는 여기에 불복하여 2011. 11. 22. 피고 ○○지방국세청장에게 과세전적부심사 청구를 하였고, 피고 ○○지방국세청장은 2012. 1. 13. 과세전적부심사에서 재조사결정을 하였으며, 이에 따라 피고 ○○지방국세청장은 2012. 2. 1.부터 2012. 4. 16.까지 원고에 대하여 재조사를 실시하였고, 그 결과 ACA 프로그램 상의 수입금액에 ACA프로그램에 반영이 누락된 통장거래내역 등에 의해 확인된 환불액 등을 반영하여 2008년에 ○○○○원, 2010년에 ○○○○원의 매출누락이 있었다고 판단하였으며, 피고 ○○세무서장에게 여기에 따라 부과처분을 할 것을 통보하였다.

 라. 피고 ○○세무서장은 위 통보에 따라 2012. 6. 11. 원고에게 2008년 법인세 ○○○원, 2009년 법인세 ○○○○원의 부과처분을 하였고(이하 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 한다), 2008년 귀속 ○○○○원, 2010년 귀속 ○○○○원의 수입누락에 대해서는 대표이사 이BB에게, 2010년 귀속 ○○○○원에 대해서는 대표이사 이CC에게 각각 상여처분(원고의 대표이사가 2010. 4. 14. 이BB에서 이CC으로 변경됨에 따라 2010년에 누락된 수입금액을 그 기간에 안분함)을 하고, 원고에게 소득금액변동통지를 하였다.

 마. 원고는 여기에 불복하여 2012. 9. 12. 이의신청을 거쳐 2013. 1. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원이 2014. 1. 15. 2008년 귀속 ○○○○원에 대하여 이BB에게 한 상여처분은 소득금액변동통지 부분만을 취소하고 나머지 청구는 기각하자(조세심판원에 의하여 취소되고 남은 소득금액변동통지를 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다), 원고는 여기에 불복하여 2014. 4. 25. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론전체의 취지]

2. 주장 및 판단

 가. 원고의 주장

 1) 이 사건 부과처분(2008년)

원고의 카드단말기가 2008년에 아직 준비가 안 되어있는 상태였다. 따라서 원고는 임시로 관계회사인 EEE의 카드단말기를 사용하여 카드이용 매출액을 결제하도록하였고, 해당 금액을 원고의 ACA에 기입하는 한편, EEE로 하여금 위 매출액을 세무신고하고 이에 대한 법인세도 납부하도록 하였다. 따라서 이 사건 부과처분 중 2008년 법인세 ○○○원 부분은 위법하다.

 2) 이 사건 부과처분(2009년)

원고는 2009년에 매출누락을 한 사실이 없다. 그럼에도 불구하고 피고 ○○세무서장은 특별한 근거도 없이 원고가 2009년에 매출을 누락하였다고 보아 ○○○○원의 부과처분을 하였으니 이는 위법하다.

 3) 이 사건 부과처분 및 이 사건 소득금액 변동통지

ACA 프로그램은 학원 경영관리에 부수적으로 일부 재무분석 기능이 추가된 것에 불과하므로, 수강료 환불내역이 반영되기 어려운 점, ○○교육지원청의 수강료 제한에 따라 부득이하게 면세사업자인 ⁠‘어학원’의 매출 중 70%를 과세사업자인 ⁠‘유학원’의 매출로 계상하였는바, 유학원의 매출로 계상된 부분 중 부가가치세로 납부해야 하는 부분이 공제되어야 하나 반영되지 않은 점, ACA 프로그램상 총 수업회수가 아니라 학생이 실제 참여한 수업의 횟수 상당 수강료를 기준으로 강사료를 산정하였는데, ACA프로그램에는 학생 참여가 없어 환불된 수업 부분도 포함되어 있는 점, ACA 프로그램도입 초기에 프로그램 작동 여부를 확인하기 위하여 가상의 매출을 입력하였다가 삭제하지 않은 경우도 매출액에 포함된 점, 매출누락액으로 산정된 금액은 전체 매출액의 0.03%에 불과한 점 등을 고려할 때, ACA 프로그램은 현실의 자금흐름을 제대로 반영하지 못하고 있으므로, ACA 데이터를 세무상의 근거자료로 보아 이루어진 이 사건 부과처분 및 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다고 보아야 한다.

또한 원고는 현금주의 방식으로 세무신고를 하였는데, 2010년에 수강생들로부터 원고의 대표이사 명의 계좌에 입금되었다가 원고의 계좌에 입금되지 아니한 잔액 ○○○○원을 2011년에 다시 모두 원고 명의 계좌로 입금하였고, 현금주의 방식에 따라 이를 2011년의 소득으로 인식하여 세무신고를 하고 그에 따른 법인세도 모두 납부하였다. 따라서 2010년에 매출누락이 있었다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, ⁠‘사외유출된 소득의 귀속이 불분명할 경우’에 해당한다고 할 수도 없으므로, 이를 대표자에게 상여처분할 수는 없다.

 나. 관계법령

별지와 같다.

 다. 인정사실

 1) 원고는 ACA 프로그램을 이용하여 학원을 운영․관리하였는데, ACA 프로그램 홍보자료에는 아래와 같이 기재되어 있다.

 2) 원고는 신용카드로 결제하거나, 원고의 대표이사 명의 또는 원고 명의의 예금계좌로 입금받거나, 직접 현금으로 수납받는 방식으로 수강료를 받았으며, 수강생이 수강을 취소할 경우 결제방식에 따라 아래와 같이 처리된다.

① 카드결제: 전표가 은행 등에 매입되기 전이라면, 원고가 단말기를 통하여 카드사에 승인취소 요청을 하고, 카드사로부터 승인취소를 받는다. 전표가 매입된 후라면, 원고가 단말기를 통하여 거래취소를 요청함과 동시에 기입금된 대금을 환불하고, 카드사는 대금을 환불받은 후 거래승인을 취소하게 된다.

② 무통장 입금이나 현금수납: 원고 명의 계좌에서 환불금액을 인출하여 수강생에게 환불하였다.

 3) 피고 ○○지방국세청장의 조사 결과에 의하면, ACA 프로그램에는 수강생, 수강과목, 납입일, 납입 기한, 납입 수단(현금, 무통장, 카드), 환불 내역 등이 구체적으로 기재되어 있었고, ACA 프로그램과 금융거래내역은 상당 부분 일치하였다.

원고는 ACA 프로그램 외에 별도로 회계장부를 기입․보관하지 않았으나, ACA 프로그램의 자료를 주기적으로 다운로드받아 전산파일 형태로 보관하였다.

 4) 피고 ○○지방국세청장은 ACA 프로그램상 수강료를 매출액 산정의 기초로 하고, 과세전적부심사결정에 따른 재조사 과정에서 원고가 제출한 소명자료에 따라 통장거래내역과 ACA 프로그램상 수강료 금액을 대조하여 강사 이동에 따른 타법인 신고수입금액으로 확인된 금액, 강사 이탈에 따른 수강생 환불금액 등 원고가 주장하는 ACA 프로그램에 반영되지 않은 환불액을 반영하였다.

[인정근거 : 앞서 살펴본 처분의 경위 및 그 인정근거, 갑 제5 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

 라. 판단

 1) 이 사건 소 중 2009년 법인세 취소청구 부분의 적법여부

원고는 이 사건 소를 통하여 2009년 법인세 ○○○○원의 부과처분의 취소를 구하고 있는바, 직권으로 이 부분 소의 적법 여부에 대하여 판단한다.

국세기본법 제56조 제2항은 ⁠‘세법에 따른 처분에 대한 행정소송은 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없다”고 규정하고 있으므로, 과세처분의 취소를 구하는 행정소송은 일반 행정소송에 적용되는 행정심판의 임의적 전치주의와는 달리 반드시 국세기본법이 정한 심사청구 또는 심판청구를 거쳐야 하는 필요적 전치주의가 적용되는 것인데, 원고가 이 사건 소를 제기하기 이전에 원고에게 부과된 2009년 법인세 ○○○○원에 대한 부과처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하였다는 점을 인정할만한 아무런 자료가 제시되지 않았고, 오히려 갑 제3호증의 기재에 의하여 조세심판원이 원고의 심판청구를 판단함에 있어서 2009년 법인세에 대해서는 어떠한 언급도 하지 않고 있는 점에 비추어 보면 원고는 2009년 법인세 ○○○○원에 대한 부과처분에 대해서는 심판청구를 제기하지 않았던 것으로 보이므로, 이 사건 소 중 2009년 법인세 ○○○○원에 대한 부과처분의 취소를 구하는 청구 부분은 필요적 전치주의에 어긋나는 소의 제기로서 부적법하다고 판단된다.

 2) 이 사건 부과처분(2008년)에 대한 주장

앞서 살펴본 바와 같이, 원고는 2008년에 카드로 결제된 매출액을 관계회사인 EEE의 매출로 인식하고 EEE가 해당 법인세를 신고․납부하였으니 이 사건 부과처분이 위법하다는 취지로 주장하나, 법인세는 1개의 법인별로 각 사업연도 소득금액을 계산하고 과세표준을 산정하여 이루어지는 것이므로, 원고의 사업소득을 EEE의 사업소득으로 인식하고 그에 따른 법인세를 납부했다고 하더라도, 이는 EEE의 경정청구를 통하여 바로잡을 문제이지 그로 인하여 해당 사업소득에 대한 원고의 법인세 신고․납부의무가 없어진다고 할 수는 없다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 다른 점에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다.

 3) 이 사건 부과처분 및 이 사건 소득금액 변동통지

 가) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다. 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제가 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 아니하는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006누6604 판결 참조).

또한 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 그 매출누락액은 사외에 유출된 것으로 보아야 하고, 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명치 않은 한 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없으며, 그 경우 매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라거나 그 귀속이 분명하다고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 납세의무자가 입증하여야 한다(대법원 2008. 6. 26. 선고 2007두3855 판결 참조).

 나) 위 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 살펴보건대, ① ACA 프로그램의 신빙성: ACA 프로그램에는 수강료․교재비 발생 및 수납 처리, 학원의 수입․지출 추이를 월별로 파악하고 월별, 기간별로 수입․지출을 조회할 수 있으며, 총수입과 미납총액을 분석․조회할 수 있는 재무기능이 포함되어 있는 점, 실제로 원고는 ACA 프로그램에 수강생명, 수강과목, 수강료 납입일, 납입 기한, 납입 수단, 환불 내역 등을 구체적으로 등록하였고, 이는 원고의 통장 거래내역과 대부분 일치한 점, 원고는 ACA 프로그램 등록 내용을 연도별로 다운로드받아 전산파일 형태로 보관한 점, 원고는 ACA 프로그램이나 다운로드받은 전산파일 외에 별도로 회계장부를 기록․보관하지 않은 점, ② 환불액 등 차감: 원고가 주장하는 ACA 프로그램의 문제점은 대부분 수강취소에 따른 환불 내역이나 공동매출약정에 따른 강사료 지급 내역을 ACA 프로그램에 제대로 입력되지 않았기 때문으로, ACA 프로그램 자체의 오류나 부실로 볼 수 없는 점, 수강취소에 따른 환불 내역이나 원고가 주장하는 공동매출약정에 따른 강사료 지급 부분 등은 이미 재조사 과정에서 통장거래내역 등과의 비교를 거쳐 매출누락액에서 차감한 점, ③ 기타: 원고는 ACA 프로그램의 내용을 기초로 강사료를 산정한 점, 원고가 ACA 프로그램의 작동 확인을 위해 가상으로 입력한 금액까지 매출에 포함되었다고 인정할 증거가 없고, 설령 그렇다고 하더라도 그 액수를 확인할 수 없는 점 등을 고려할 때, ACA 프로그램상 기록된 정보는 이 사건 처분에 있어 국세기본법 제16조 제1항에 규정된 ⁠‘증빙자료’에 해당한다고 봄이 타당하고, 원고가 제출한 증거만으로는 ACA 프로그램이 과세의 근거자료로 볼 수 없을 정도의 중대한 오류나 부실이 있다고 보기 부족하므로, 이 사건 부과처분과 이 사건 소득금액변동통지에 원고가 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 할 수 없다.

 다) 또한 원고는 앞서 살펴본 바와 같이, 원고는 2010년의 수강료를 원고의 대표이사 명의 계좌로 입금받았다가 이를 2011년에 모두 원고의 계좌로 다시 이체하였고, 원고가 사용하는 현금주의 소득인식 방법에 따라서 2011년의 소득으로 모두 신고하였다는 취지로도 주장하나, ① 원고의 주장대로 수강생들로부터 원고의 대표이사 명의 계좌로 수강료를 납부받았다가 다시 원고 명의의 계좌로 이체하였고, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제40조, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘법인세법 시행령’이라 한다) 제71조 제2항에 따라서 현금주의 방식을 적용하여 각 사업연도 소득금액을 인식하였다고 하더라도, 그 소득이 원고에게 귀속된 것은 수강생들이 수강료를 실제로 납부한 2010년이라고 보아야 하고, 원고가 주장하는 바와 같이 원고 대표이사의 계좌에서 다시 원고의 계좌로 이체된 시점이라고 볼 수는 없으며(이와 같이 해석하지 아니하면 현금주의를 적용하는 업종의 경우 대표이사 기타 회사 관계자의 계좌로 일시 입금받는 방식을 통해서 손익의 귀속시기를 임의로 조정할 수 있게 된다), ② 원고가 이 부분 주장에 부합하는 듯한 증거로 제시하고 있는 갑 제10, 13호증의 각 기재를 살펴보아도, 원고가 주장하는 것처럼 ⁠‘2010년에 원고의 대표이사 계좌로 입금된 학생들의 수강료가 2011년에 모두 원고의 계좌로 이체되었다는 점’을 인정하기에는 부족하고 달리 이를 인정할만한 증거가 없으므로(갑 제10, 13호증을 통해서 2011년에 원고의 대표이사 계좌에서 원고의 계좌로 금원이 이체된 사실을 알 수 있기는 하나, 위 자료만으로는 그 금원이 ⁠‘2010년 이전에 미리 입금되어 있던 금원이거나, 2011년 1월, 2월에 입금된 금원’인지, 아니면 원고의 주장대로 ⁠‘2010년에 수강료로서 입금된 금원’인지 특정하기에 여전히 부족하다), 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

또한 위와 같이 ⁠‘2010년에 원고의 대표이사 계좌로 입금된 학생들의 수강료가 2011년에 모두 원고의 계좌로 이체되었다는 점’을 인정할 수 없는 이상, 2010년 귀속 ○○○○원(대표이사 이BB), ○○○○원(대표이사 이CC)의 매출누락분은 앞서 살펴본 법리에 비추어 볼 때 사외유출로 볼 수밖에 없다.

 4) 소결론

결국 이 사건 소 중 2009년 법인세 ○○○○원에 대한 부과처분의 취소를 구하는 청구 부분은 부적법하며, 나머지 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 소 중 2009년 법인세 ○○○○원에 대한 부과처분의 취소를 구하는 청구 부분은 부적법하므로 각하하기로 하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2015. 03. 19. 선고 서울행정법원 2014구합57232 판결 | 국세법령정보시스템