민간투자사업 임대료의 실질과세 원칙 적용과 부가가치세 가산세의 적법성

요지

원고가 이 사건 실시협약에 따라 지급받은 돈은 그 실질에 맞게 용역대금의 장기분할금이라고 보는 것이 실질과세 원칙에 부합하므로, 원고가 부동산임대업 자임을 전제로 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 않았음을 이유로 한 이 사건 처 분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2014. 11. 3. 원고에 대하여 한 2010년 제2기분 부가가치세 13,821,400원, 2011년 제1기분 부가가치세 13,821,400원，2011년 제2기분 부가가치세 13,821,400원, 2012년 제1기^: 早7>7]•치세 13,315,180^, 2012^ 제2기^: 早7V7]•치세 13,066,230원, 2013년 제1기분 부가가치세 12,524,470원, 2013년 제2기분 부가가치세 6,221,110원 의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 1. 26.경 ○○교육청과 사이에 자신의 비용으로 학교시설을 건축한 후 그 소유권을 주무관청에게 귀속시키되，원고가 위 시설을 관리•운영하면서 주무관청으로부터 임대료와 운영비를 지급받기로 하는 내용의 사회기반시설에 대한 민 간투자법(이하 ’민간투자법’이라 한다)에 따른 민자투자사업 실시협약을 체결하였고， 2007. 12. 21. 위 협약의 내용 중 일부를 변경하는 내용(총민간투자비 및 공사기간, 운 영비의 결정 등을 변경하였다)의 민자투자사업 실시협약(변경)(이하 ’이 사건 실시협약’ 이라 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 2008. 1. 30.경까지 ○○초등학교，○○중학교，○○여자고등학교 등(이하 '이 사건 시설’이라 한다)을 신축하여 각 주무관청(○○초등학교: ○○광역시 ○○교육 지원청，○○중학교: ○○광역시 ○○교육지원청，○○여자고등학교: ○○광역시 ○○교육지원청)에게 제공하였다.

다. 피고는 원고가 부동산 임대사업자임에도 2010년 제2기부터 2013년 제2기까지 주무관청으로부터 지급받은 정부지급금(임대료，운영비 명목)에 관한 부가가치세를 신고하면서 부동산임대 공급가액명세서를 제출하지 않았다는 이 유로, 2014. 11. 3. 원고에게 가산세로 2010년 제2기분 13,821,400원, 2011년 제1기분 13,821，400원，2011년 제2 기분 13,821,400원, 2012년 제1기분 13,315,180원, 2012년 제2기분 13,066,230원, 2013 년 제1기분 12,524,470원，2013년 제2기분 6,221,110원 합계 86,591,190원을 부과,고지 하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 2015. 2. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나，위 청구는 2015. 3. 31. 기각되었다.

[인정근거 다툼 없는 사실，갑 제1 내지 13호증，을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장

원고는 이 사건 실시협약에 따라 자신의 비용으로 이 사건 시설을 건축하여 주무 관청에게 제공하고, 그에 대한 대가를 시설임대료 명목으로 지급받았는바, 그 실질은 시설 제공에 대한 대가를 분할하여 지급받은 것에 불과하다. 따라서 원고가 부동산임 대업자임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령 별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 인정사실

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있 다.

① 원고는 민간투자법 제4조 제2호에 따라 이 사건 실시협약을 체결하였는데，이 사건 실시협약의 주요내용은 아래와 같다.

- 민간이 각 시설의 설계•건설•유지관리 및 운영과 사업시행을 위한 재원조달을 수행하고, 교육청은 이에 대한 관리운영권을 부여하고 임대료를 지급한다.

- 본 사업시설의 건설을 위해 사업시행자가 투자한 자금은 본 협약에서 정한 바에 따라 산 정•지급되는 임대료로 회수되며, 시설의 운영에 소요되는 비용은 운영비로 회수된다(제2조 사업의 추진방식).

- '임대료'라 함은 관리운영권 설정기간 동안 본 협약에 따라 사업시행자가 주무관청으로부 터 원리금균등분할 방식으로 지급받는 본 사업시설의 제공에 대한 대가를 말하고, '운영비' 라 함은 관리운영권 설정기간 동안 본 협약에 따라 사업시행자가 주무관청으로부터 지급받 는 본 시설의 유지관리 및 운영의 대가로서 인건비, 유비관리비, 운영설비 대체비, 부대비 및 제경비를 말한다(제3조 용어의 정의).

- 본 사업시설의 소유권은 본 사업시설의 준공과 동시에 주무관청에게 귀속된다(제9조 소유 권의 귀속).

- 본 협약에서 정한 본 사업시설의 관리운영권 설정기간은 20년으로 한다(제10조 관리운영 권 설정기간).

- 사업시행자는 본 협약에서 정한 관리운영권을 근거로 하여 본 사업시설을 주무관청에게 임대함과 동시에 본 사업시설을 본 협약에 따라 적절하게 유지관리 및 운영을 하여야 한다. 본 협약에서 정한 바에 따라 사업시행자는 주무관청으로부터 본 시설의 운영비를 지급받기 로 한다(제38조 관리운영권의 행사).

- 본 사업시설의 임대차계약은 본 협약에서 정한 바에 따라 관리운영권 설정기간을 임대차 존속기간으로 하여 사업시행자가 주무관청에게 본 사업시설을 사용하게 하고 주무관청이 이에 대하여 임대료를 지급하는 것을 내용으로 한다(제39조 본 사업시설의 임대차계약 ①).

본 협약이 체결됨으로써 제1항의 임대차계약이 동시에 체결된 것으로 간주하여 임대차를 위한 별도 방식의 계약을 필요로 하지 않으며, 관리운영권 설정기간 동안 임대차계약의 효 력이 발생한다. 이 경우 관리운영권 설정기간의 개시일을 임대차 존속기간의 개시일로 하기 로 한다(제39조 ②).

- 본 사업시설의 임대개시 후 최초 5년 동안 매 분기별로 주무관청이 사업시행자에게 지급 하는 임대료는 제53조 제2항에 따라 산정되는 사업수익률을 반영하여 산정한다. 임대료는 원리금균등분할 산식을 적용하여 산정한다. 본 협약에 따른 총민간투자비 변경사유로 임대 료 조정을 하기로 한 경우에는 이를 반영하여 임대료 산정방법에 의하여 임대료를 재산정 하기로 한다(제55조 임대료의 산정).

- 임대료는 본 사업시설의 임대개시 후 매 5년이 경과할 때마다 1회에 한하여 제54조(사업 수익를의 조정)에 따라 조정되는 수익률에 연동하여 조정하기로 한다例56조 임대료의 조정

② 원고는 2008. 1. 30.경까지 이 사건 실시협약에 따라 이 사건 시설을 신축하 여 주무관청에게 각 제공한 후, 이 사건 시설에 대한 관리•운영 업무를 수행하였다. 원 고는 2010년 3분기부터 주무관청으로부터 임대료，운영비 명목의 정부지급금을 각 지 급받았다.

③ 원고는 주무관청으로부터 지급받은 임대료와 운영비에 대하여 부동산관리업 에 의한 수입금액으로 부가가치세를 신고하면서 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 않다가，2014년 제1기분부터 부동산임대공급가액명세서를 제출하였다.

2) 판단

위 인정사실에 의하면 이 사건 실시협약은 원고가 자신의 비용으로 이 사건 시 설을 건축하여 주무관청에게 그 소유권을 귀속시키되，원고가 이 사건 시설의 건설을 위해 투자한 자금은 이 사건 실시협약에 따라 산정된 임대료로 회수하는 것을 기본적인 구조로 하고 있고, 원고와 주무관청 사이에 이 사건 실시협약 외에 별도의 임대차 계약은 체결된 바가 없으며, 이 사건 시설에 대한 임대료는 일반적인 임대차계약과는 달리 원고가 투자한 총민간투자비에 이 사건 실시협약에서 정한 사업수익률을 반영하 는 방식으로 일괄적으로 산정되어 원고에 대한 관리운영권 설정기간인 20년 동안 원고 가 투자한 총민간투자비를 원리금균등분할 상환방식으로 지급하도록 약정되 었다. 따라 서 이 사건 실시협약 및 민간투자법에서 임대차，임대료 등의 용어를 사용하고 있지만, 원고가 주무관청으로부터 임대료 등의 명목으로 지급받은 돈은 실질적으로는 이 사건 시설에 대한 도급 용역대금의 장기분할금이라고 봄이 타당하다.

나아가 민간투자법은 국가 또는 지방자치단체가 사회기반시설의 소유권을 보유 하는 방식 의 민간투자사업 추진방식 에 관하여 사업 시 행자에 게 일정 기간의 시설관리 운 영권을 인정하는 방식만을 정하고 있다가，2005. 1. 27. 법률 제7386호로 개정되면서 사업시행자에게 시설관리 운영권을 인정하는 한편 국가 또는 지방자치단체에게 사회기 반시설을 임대하여 사용•수익하는 방식의 민간투자법 제4조 제2호가 신설되었다. 그런 데 위 조항은 사업시행자가 직접 시설을 운영하기 곤란하거나 운영수입만으로는 투자 비의 회수가 어려운 시설 등에 대하여 사업시행자의 투자비를 국가 또는 지방자치단체 가 보전해 주어 민간의 투자를 활성화시키되, 국가 또는 지방자치단체 입장에서는 위 투자비를 장기간에 걸쳐 임대료의 형식으로 지급함으로써 국가 또는 지방자치단체의 재정 부담을 분산시키려는 데 그 입법취지가 있다고 보이므로, 이와 같은 점을 보더라 도 원고가 지급받은 임대료 형식의 돈은 실질적으로 민간투자사업의 사업시행자로서 투자한 도급용역에 대한 대금을 분할지급 받은 것이라고 봄이 타당하다.

따라서 원고가 이 사건 실시협약에 따라 지급받은 돈은 그 실질에 맞게 용역대금의 장기분할금이라고 보는 것이 실질과세 원칙에 부합하므로, 원고가 부동산임대업 자임을 전제로 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 않았음을 이유로 한 이 사건 처 분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.

출처 : 부산지방법원 2015. 11. 27. 선고 부산지방법원 2015구합22562 판결 | 국세법령정보시스템