실비 관리비만 수령 시 임대 무상공급 해당 여부와 매입세액 불공제 인정

요지

입주업체로부터 받은 관리비는 실비변상명목으로 수령한 것에 불과할 뿐 별도로 임대료를 받지 않은 이상 용역의 무상공급에 해당되어 매입세액 불공제 대상임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 10. 1. 원고에게 경정고지한 별지 과세목록 기재 부가가치세와 법인세 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 AAA진흥재단 설립 · 운영 조례에 의거하여 중소 · 벤처기업에 대한 종합적이고 체계적인 지원사업을 사업목적으로 설립된 비영리법인이다.

 나. 원고는 중소 · 벤처기업에 대한 지원사업의 일환으로 성남시 내에 아래 표와 같이 6개 센터를 설치하여 중소 · 벤처기업에 시세보다 낮은 임대료로 사무실을 임대해주는 입주지원사업을 하고 있다.

 다. 원고는 위 입주지원사업에서 발생한 수입과 비용에 관하여, ① 원고가 입주업체들로부터 받은 임대료를 매출과세표준으로, ② 원고가 제4, 5, 6센터 건물 임대인에게 지급한 차임 및 관련 경비를 매입과세표준으로 산정하여 부가가치세를 신고 · 납부하고, 위 ① 금액을 법인세법에서 정한 비영리법인의 수익사업으로 발생한 익금으로, 위 ② 금액을 비영리법인의 수익사업으로 발생한 손금으로 처리하여 법인세를 신고 · 납부하여 왔다.

 라. 피고는, 원고가 제5센터(글로벌게임허브센터)와 제6센터(모바일게임허브센터, 이하 위 제5, 6센터를 ⁠‘쟁점센터’라고 하고, 나머지 제1 내지 제4센터는 ⁠‘쟁점 외 센터’라고 한다)의 입주업체들로부터 관리비 중 일부만 받았을 뿐 임대료를 받지 않고 운영하여 왔다는 이유로, 이를 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제3항, 제17조 제2항 제6호에서 정한 용역의 무상공급으로 보아 부가가치세 산정에 있어 관련 매입세액(원고가 쟁점센터 임대인에게 지급한 차임 및 관리비 중 50% 상당액)을 매출세액에서 불공제하고, 법인세 산정 시 위 쟁점센터 관련 매입세액을 수익사업이 아닌 사업에 관련된 경비로 보아 손금불산입하여 2013. 10. 1. 별지 과세목록 기재와 같이 2009년 1기부터 2013년 1기까지의 부가가치세와 2009년분부터 2012년분까지의 법인세를 경정 · 고지하였다(각 가산세 포함, 이하 위 부가가치세 경정 · 고지처분을 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’, 법인세 경정 · 고지처분을 ⁠‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 위 각 처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

 마. 원고는 2013. 12. 24. 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2014. 4. 11. 원고의 청구를 기각하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장

 1) 이 사건 부가가치세 부과처분에 대하여

 가) 피고는 이 사건 부가가치세 부과처분을 하면서 처분서에 처분사유를 ⁠‘고유목적사업 관련 매입세액 불공제’라고만 기재하였는데, ⁠‘고유목적사업’이라는 용어는 부가가치세법에서 사용하지 않는 것이어서 원고로서는 위 처분서의 기재만으로는 처분사유를 알 수 없는바, 이는 ⁠“행정청이 처분을 하는 때에 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하여야 한다.”는 행정절차법 제23조 제1항을 위반한 것이다.

 나) 부가가치세법에 규정되지 않은 ⁠‘고유목적사업 관련 매입세액 불공제’를 이유로 부가가치세를 경정 · 고지한 것은 조세법률주의 위반이다.

 다) 원고는 쟁점센터 입주업체들로부터 관리비 중 일부를 수령하여 원고 계좌에 입금시킨 후 쟁점센터 건물 임대인들에게 지급하였는바, 원고가 쟁점센터 입주업체들에게 제공한 임대용역과 각 해당 입주업체가 원고에게 납부한 관리비 사이에는 서로 경제적 대가관계가 있으므로, 이를 용역의 무상공급으로 볼 수 없다.

 라) 쟁점센터와 쟁점 외 센터는 모두 원고가 중소 · 벤처기업 입주지원사업을 위하여 입주업체들에게 시세보다 저렴하게 임대하여 주는 것으로서, 그 운영형태가 본질적으로 동일하여 서로 달리 볼 이유가 없는데도, 쟁점센터 관련 매입세액만을 공제하지 않은 것은 동일한 것에 대한 차별적인 처분이므로 위법하다.

 2) 이 사건 법인세 부과처분에 대하여

 원고는 쟁점센터를 운영하여 수입을 얻고 있으나 그 운영에 소요되는 비용이 수입을 상회하여 수익이 발생하지 않은 것일 뿐, 쟁점센터와 쟁점 외 센터의 사업형태가 동일하므로 원고의 쟁점센터 운영 역시 법인세법에서 정한 수익사업에 해당한다고 보아야 하는데도, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

 나. 관계법령

 별지 관계법령 기재와 같다.

 다. 인정사실

 1) 원고가 쟁점센터에 관하여 작성한 ⁠‘글로벌 게임허브센터 업무지침’ 및 ⁠‘모바일게임센터 세부 운영 지침’에 따르면, 쟁점센터 입주업체들은 임대료 전액(제5센터의 경우 원고가 임대료 전액 지원, 제6센터의 경우 원고 및 경기콘텐츠진흥원이 각 50%씩 지원) 및 관리비의 50%를 지원받도록 정하고 있다.

 2) 원고는 실제로도 쟁점센터 입주업체들로부터는 관리비 중 50%를 지급받았을 뿐 임대료를 징수하지 않은 반면, 쟁점 외 센터 입주업체들로부터는 약정한 임대료를 지급받아 왔다.

 3) 피고는 이 사건 부가가치세 부과처분 고지서에 세액 산출 근거로 ⁠‘고유목적사업 관련 매입세액 불공제’라고 기재하였고, 이 사건 법인세 부과처분 고지서에는 세액 산출 근거로 ⁠‘고유목적사업관련 경비 손금불산입’이라고 기재하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 라. 판단

 1) 이 사건 부가가치세 부과처분에 대하여

 가) 먼저 행정절차법 제23조 제1항에 정한 절차를 위반하였다는 주장에 관하여 본다. 행정절차법 제3조 제2항 제9호, 같은 법 시행령 제2조 제5호에 의하면 조세관계 법령에 의한 조세의 부과 · 징수에 관한 사항에 관하여는 행정절차법을 적용하지 않으므로, 조세부과처분인 이 사건 각 처분에는 행정절차법이 적용되지 않는다.

 한편 납세고지의 절차에 대하여 정하고 있는 국세징수법 제9조 제1항에서는 납세고지서에 ⁠‘과세기간, 세목, 세액 및 그 산출 근거, 납부기한과 납부장소’를 기재하도록 정하고 있는데, 국세징수법 제9조 제1항에서 규정한 납세고지서의 필요적 기재사항 중 세액 산출 근거는 납세의무자가 불복 여부를 판단, 결정할 수 있는 기초 자료로서 납세고지서의 핵심을 이루는 것이므로 그 기재의 누락 또는 산출근거를 가늠할 수 없을 정도의 기재미비나 오류는 과세처분의 위법사유가 된다고 할 것이다. 그러나 세액 산출 근거는 그 내용이나 기재방법이 복잡하기 때문에 납세고지서의 입법취지 등을 고려하여 전체적인 과세처분의 내용으로 보아 인식이 가능하거나 그 기재 누락의 정도가 사소한 경우에는 부적법하다고 할 수 없다(대법원 1995. 7. 11. 선고 94누9696 전원합의체 판결 등 참조).

 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제1호증의 기재에 의하면 피고가 이 사건 부가가치세 부과처분을 하면서 과세표준액수와 세율, 산출세액을 기재하고, 그 산출 근거로 ⁠‘고유목적사업관련 매입세액 불공제’라고 기재한 사실을 인정할 수 있는바, 원고로서는 과세표준액수와 위 산출 근거의 기재를 통하여 처분사유를 판단할 수 있었다고 보이고, 비록 ⁠‘고유목적사업’이라는 용어가 부가가치세법에 규정되지 않은 것이라 하더라도 그와 같은 사정만으로는 원고가 불복 여부를 판단 · 결정하는데 지장을 줄 정도로 기재가 미비하다고 보기는 어렵다. 따라서 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

 나) 조세법률주의를 위반하였다는 주장에 관하여 본다. 피고가 쟁점센터의 임대를 구 부가가치세법 제7조 제3항, 제17조 제2항 제6호에서 정한 용역의 무상공급에 해당한다고 보아 해당 매입세액을 매출세액에서 불공제하였음은 앞서 본 바와 같은바, 그렇다면 이 사건 처분은 구 부가가치세법에 따라 이루어진 것이라 할 것이고, 처분서에 ⁠‘고유목적사업’이라는 표현을 사용하였다는 사유만으로 이를 조세법률주의 위반이라 볼 수 없다.

 다) 쟁점센터의 임대를 용역의 무상공급으로 보아 해당 매입세액을 불공제한 것이 적법한지에 관하여 본다.

 구 부가가치세법 제7조 제3항에서는 ⁠“사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.”라고 규정하고 있고, 제17조 제2항 제6호에서는 ⁠‘부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 명시하고 있다.

 원고가 쟁점센터 입주업체들로부터 받은 관리비는 실비변상명목으로 수령한 것에 불과할 뿐(그 관리비조차도 입주업체들은 50%만 지급하고 나머지는 원고 측에서 부담하였다), 이를 두고 부동산 임대용역에 대한 대가라고 보기는 어렵고, 앞서 본 바와 같이 원고가 쟁점센터 입주업체들로부터 임대료를 받지 않은 이상 원고의 쟁점센터 임대는 구 부가가치세법 제7조 3항에서 정한 ⁠‘대가를 받지 아니하고 한 용역의 공급’에 해당하므로 부가가치세법상 과세대상에서 제외되며, 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호의 규정에 따라 해당 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다.

 한편 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제6호에서는 ⁠‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니한다는 규정을 두는 외에 이 사건과 같이 ⁠‘부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’을 매출세액에서 공제한다는 규정을 따로 두지는 않았으나, 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업을 위하여 사용되는 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되는 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액과 달리 볼 이유가 없으므로(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 등 참조), 위 부가가치세법 개정 이전에 납세의무가 발생한 2009년 1기분부터 2011년 2기분까지의 부가가치세에 대하여도 쟁점센터 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는 것으로 보아야 한다. 따라서 이 부분 원고 주장도 이유 없다.

 라) 쟁점센터와 쟁점 외 센터를 달리 본 것은 합리적 이유 없는 차별취급이라는 주장에 관하여 본다. 앞서 본 인정사실과 각 증거에 의하면 쟁점센터와 쟁점 외 센터는 사용건물이 다르고, 각 센터에 대한 임대료 수입(매출내역) 및 원고가 건물 임대인에게 지급하는 차임과 관련 경비(매입내역)가 명확히 구분되며, 원고가 쟁점 외 센터에 대하여는 입주업체들로부터 임대료를 수령하여 왔음을 알 수 있는바, 피고가 용역에 대한 대가를 받은 쟁점 외 센터와 대가 없이 운영된 쟁점센터를 달리 본 것이 합리적 이유 없는 차별이라 할 수 없다. 이 부분 원고 주장도 받아들이지 않는다.

 마) 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다.

 2) 이 사건 법인세 부과처분에 대하여

 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것) 제3조 제3항은 비영리내국법인에 대하여는 같은 항 각 호 소정의 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있으므로, 비영리내국법 인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결 등 참조).

 이 사건의 경우, 앞서 본 바와 같이 원고가 쟁점센터 입주업체들로부터 실비에 해당하는 관리비 중 일부를 받은 외에 임대료나 사용료 기타 금원을 전혀 수령하지 않은 이상 원고가 쟁점센터의 임대를 통하여 얻는 수입은 전혀 없음을 알 수 있으므로, 결국 쟁점센터의 운영은 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이라고 볼 수 없으며, 그러한 이상 그에 대응하여 발생한 비용 역시 손금에 산입시킬 수 없다. 따라서 그와 같은 전제에서 한 이 사건 법인세 부과처분은 적법하고, 이에 대한 원고의 주장은 이유 없다. 3. 결론

 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2015. 04. 29. 선고 수원지방법원 2014구합53545 판결 | 국세법령정보시스템