요지

이 사건 도시개발사업 부지에 대한 지표조사 결과 2009. 4. 6.부터 2009. 9. 30.까지 문화재 시굴조사가 실시되었고, 매장문화재 시굴 및 발굴조사가 진행되는 동안에는 매장문화재 조사에 영향을 미칠 수 있기 때문에 토지소유자의 경작 행위도 사실상 불가능한 사실은 이를 각 인정할 수 있으나, 이 사건 토지는 현지보존 조치 대상에 포함되지 않았고, 피고의 증거들만으로는 이 사건 토지에 대하여 2009. 9. 30. 이후로도 문화재 발굴조사가 이루어진 사실을 인정하기 부족하여, 이 사건 토지에 대하여 추가로 사용이 제한된 사실을 인정할 증거가 없음. 따라서 이 사건 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호의 기간요건을 충족한 비사업용토지에 해당함

판결내용

상세내용과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 5. 1. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 66,057,170원의 경정처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2004. 3. 10. ○○시 ○○동 240-16 전 826㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한

다)를 취득하였다가 2016. 4. 29. 주식회사 AA에 418,358,000원에 양도하였다. 이 사건 토지는 1989. 8. 19. 도시지역(일반상업지역)으로 편입되었고, 2010. 11. 24. 도시지역(주거지역)으로 용도지역 변경이 이루어졌다.

 나. 원고는 2016. 6. 30. 이 사건 토지 일원이 BB지구 도시개발사업(이하 ⁠‘이 사건 도시개발사업’이라 한다) 구역으로 지정된 2008. 1. 14.부터 이 사건 토지가 ⁠‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당한다고 보아 장기보유특별공제와 일반세율 35%를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 30,610,100원을 신고·납부하였다.

 다. 피고는 2022. 5. 1. 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 장기보유 특별공제를 배제하고 중과세율 48%를 적용하여 원고에 대하여 2016년 귀속 양도소득세 66,057,170원(무신고가산세 3,966,683원, 납부불성실가산세 22,423,659원 포함)을 경정·고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022. 11. 28. 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 4. 10. 원고의 청구를 기각하였다.

 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 3호증의 각 기재, 변론 전

체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

 이 사건 각 토지는 이 사건 도시개발사업구역의 지정 및 고시가 있었던 2008. 1. 14.부터는 도시개발법 제9조 제5항 및 제9항, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제58조 제1항 제3호에 의해 사용이 제한되었고, 그렇지 않더라도 이 사건 각 토지를 포함한 평택 BB지구 도시개발사업 구역 내 유적 지역에 대하여 2015. 12.경 문화재청장에 의하여 매장문화재 보존대책이 발하여진 때로부터 2017. 8.경 최종적인 보존조치가 발하여진 때까지는 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률에 따라 사용이 제한되었으므로, 이 사건 각 토지는 소득세법 제104조의3 제2항, 동법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정하는 ⁠‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’로서 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계법령

 별지 기재와 같다.

다. 판단

  1) 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호에서 농지라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말하고, 구 소득세법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어 농지의 판정은 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의하되, 사실상의 현황이 분명하지 않은 경우에는 공부상의 등재 현황에 의하는바(구 소득세법 시행령 제168조의8 제1항, 제168조의7), 이 사건 각 토지의 사실상의 현황이 공부상 지목과 다르다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 이 사건 각 토지는 구 소득세법 제104조의3 제2항의 예외조항에 해당하지 않는 한 같은 조 제1항 제1호 나목에 의하여 원칙적으로 비사업용 토지에 해당할 수 있다.

 2) 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 말하는 ⁠‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다고 할 것이고, 여기에서 ⁠‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 하는바(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두7886 판결 등 참조), 구 도시개발법 제9조 제6항 제2호, 같은 법 시행령 제16조 제3항에서는 허가를 받지 않고도 할 수 있는 행위들을 규정하면서 그 제2호에서 ⁠‘경작을 위한 토지의 형질변경’ 을 두고 있어 경작을 위한 형질변경과 경작행위 자체가 금지되거나 제한되는 것은 아니므로, 구 도시개발법 제9조 제5항으로 인해 이 사건 토지가 농지 본래의 용도로서 사용이 금지 또는 제한된다고 볼 수 없다. 다만 구 도시개발법 제36조 제1항에 의하여 환지 예정지가 지정되면 소유자와 임차권자등은 환지 예정지 지정의 효력발생일부터 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없으므로, 을 제2호증의 기재에 의하여 알 수 있는 이 사건 도시개발사업의 환지예정지 지정 효력발생일인 2014. 6. 27.부터는 이 사건 토지의 사용이 법령상 제한된다고 보아야 한다.

  3) 갑 제7 내지 11호증의 각 기재에 의하면 이 사건 도시개발사업 부지에 대한 지표조사 결과 2005. 12. 문화재청장이 매장문화재 보존대책통보를 한 뒤 이 사건 토지가 포함된 2지점에 대하여 2009. 4. 6.부터 2009. 9. 30.까지 문화재 시굴조사가 실시된 사실, 2017. 8. 사업구역 중 17,188㎡에 대하여 현지보존 조치가 이루어진 사실, 매장문화재 시굴 및 발굴조사가 진행되는 동안에는 매장문화재 조사에 영향을 미칠 수 있기 때문에 토지소유자의 경작 행위도 사실상 불가능한 사실은 이를 각 인정할 수 있으나, 갑 제7호증의 기재에 의하더라도 이 사건 토지는 현지보존 조치 대상에 포함되지 않았음을 알 수 있고, 위 증거들만으로는 이 사건 토지에 대하여 2009. 9. 30. 이후로도 문화재 발굴조사가 이루어진 사실을 인정하기 부족하며, 달리 이 사건 토지에 대하여 추가로 사용이 제한된 사실을 인정할 증거가 없다.

  4) 결국 이 사건 토지의 사용이 법령상 제한되지 않은 기간이 양도일 직전 5년 중 2011. 4. 29. ~ 2014. 6. 26.까지로 2년을 초과하고, 직전 3년 중 2013. 4. 29.부터 2014. 6. 26.까지로 1년을 초과하며, 소유기간 약 12년 1개월 중 약 9년 이상으로 40%를 초과하는 것이 계산상 분명하므로, 이 사건 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호의 기간기준을 충족하여 비사업용 토지에 해당하고, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2024. 10. 15. 선고 수원지방법원 2023구단11720 판결 | 국세법령정보시스템