재위탁 연구개발비 세액공제 가능여부 핵심판단

요지

기업이 위탁한 연구개발비에 대해 수탁받은 기업이 이를 제3자에게 재위탁하는 경우 재수탁 받은 업체의 전담부서 보유 여부에 불문하고 이는 세액공제 대상에 해당된다 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2009. 12. 23. 원고에 대하여 한 2006 사업연도 귀속 법인세 9999원， 2007 사업연도 귀속 법인세 9999원， 2009 사업연도 귀속 법인세 0000원에 대한 각 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지 

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 은행업을 영위하는 내국법인으로 2006， 2007， 2008 각 사업연도에 연구개발 전담부서를 보유한 BBBBBB 주식회사 등 수탁업체들에게，기존에 수신，여 신，외환，고객관리 등 기능별로 나누어 관리하던 것을 고객별 · 상품별 관리로 연동하고 다양한 외부 채널을 통하여 이에 접근할 수 있도록 하는 등의 1차세대 상품처리시스템 구축’ 등 전산시스템 구축 용역을 위탁하고，연구개발비로 총 000원을 지급하였다.

나. 그런데 원고는 해당 사업연도의 법인세 신고시 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 소정의 연구 · 인력개발비 세액공제 적용을 누락하였고, 이에 2009. 10.경 위탁연구개발비에 대하여 세액공제를 적용하여 2006 사업연도 귀속 법인세 0000원， 2007 사업 연도 귀속 법인세 0000원， 2009 사업연도 귀속 법인세 0000원을 공제감면세액에 가산하여 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

다. 피고는 2009. 12. 23. 원고가 위와 같이 지출한 돈이 연구개발을 위한 것임을 전 제로， 다만 그 중 수탁자가 제3자에게 재위탁한 비용은 세액공제대상이 아니라고 보고，2007 사업연도 귀속 법인세 2，104，145，447원， 2009 사업연도 귀속 법인세

00000원(2008 사업연도에 지출된 비용에 대한 세액이 이월공제된 것)만을 공제 감면세액에 가산하는 것으로 세액을 경정하고，원고의 나머지 경정청구 부분을 거부하였다.

라. 이에 불복한 원고는 2010. 3. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였고，조세심판원은 2012. 6. 22. 역시 원고가 위와 같이 지출한 돈이 연구개발을 위한 것임을 전제로 제3 자에게 재위탁된 비용 중 전담부서를 보유한 업체에 재위탁된 금액에 대하여는 연구개 발비 세액공제를 적용하여야 한다며 이에 해당하는 금액을 재조사하여 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하였다.

마. 피고는 위 결정에 따라 2012. 8. 3. 전담부서가 있는 업체에 재위탁된 연구개발 비에 대하여는 세액공제를 인정하여 2007 사업연도 귀속 법인세 0000원 및 2009 사업연도 귀속 법인세 0000원을 추가 환급하였다(경정청구에 대한 환급 내역은 아래 표와 같고，원고의 당초 경정청구액에서 환급되지 않고 여전히 남아 있는 부분에 대한 거부처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

(아래표 생략)

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 호증은 이를 포함한다) 의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였다면，재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고，위탁에 따른 비용은 구 조세특례제한법 (2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제l항 소정의 세액공제대상이다.

(2) 피고

(가) 우선， 원고가 주장하는 연구개발용역 위탁에 따른 비용이 연구개발활동에 사용된 것인지 밝혀지지 않았다. 나아가 조세특례제한법 제9조 제5항의 해석상 연구개 발에 해당하기 위해서는 특허의 요건인 ⁠“신규성” ⁠“진보성”이 인정되어야 하는데, 전산시 스템을 구축하는 것이 이러한 요건을 갖추었다고 볼 수도 없다.

(나) 다음으로，조세특례제한법이 위탁과 재위탁을 구분하고 있는데 이 사건에 적용되는 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제l항， 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항1 ⁠[별표6] 제l호 나목에서는 세액공제대상에 ’위탁’이라고만 규정하고 있고 ⁠‘재위탁’이라고는 규정하고 있지 않았으며， 이후 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목이 세액공제대상에 비로소 ’재위탁‘을 포함하는 것으로 개정된 점 등에 비추어 보면， 재위탁된 연구개발비용은 세액공제대상이 아니라고 보아야 한다. 나아가 전담부서 제도를 둔 취지，자체개발의 경우 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용된다는 서울고등법원 2010누25635 판결 등을 고려해 보면， 적어도 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제대상이 아니다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 연구개발에 해당하는지 여부

조세특례제한법 제9조 제5항은 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동이라고 규정하고 있는바，위 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고가 위탁한 용역은 대형 금융업의 실현，핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고，정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축하는 것이므로，이를 연구개발이라고 보는 데 어려움이 없다. 한편，위 조항에 ⁠‘진전’이나 ⁠‘새로운’이라는 단어가 포함되어 있기는 하지만，여기서의 연구개발이 특허를 획득하기 위한 것은 아니므로，피고 주장과 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인 ’신규성‘과 ’진보성‘l까지 갖추어야 한다고 해석할 수는 없다.

(2) 재위탁된 경우 세액공제대상이 아닌지 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 참조)，구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) ⁠[별표6] 제1호 나목 ①은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 ⁠‘위탁’함에 따른 비용을 세액공제대상으로 규정하고 있을 뿐, 위 법령 어디에도 수탁업체의 재위탁 여부 또는 재수탁업체의 전담부서 보유 유무에 따라 납세 의무자인 위탁자의 세액공제 여부가 달라진다는 규정이 없다. 특히 위 문언대로라면， 이후 세액공제대상에 재위탁이 명시적으로 포함되는 것으로 개정되고， 또 전담부서에서 직접 수행한 경우에만 세액공제대상이라는 취지로 개정된 법령을 해석하는 때와는 달리，이 사건 적용법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구개발용역을 위탁한 원고와 같은 수범자가 재위탁 내지 재수탁자의 전담부서 유무에 따라 세액공제 여부가 달라질 수 있음을 예측한다는 것을 기대하기 어렵다. 여기에 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항의 입법취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는데 있고(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두 3115 판결 참조)，대규모 전산개발용역은 융합기술개발로서 단일 기업의 인력 및 기술 에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 전산개발용역 일부를 위탁하는 것이 불가피하다는 점，이 사건 법령의 개정 경위가 논리필연적으로 피고 주장의 해석 을 뒷받침한다고 볼 수도 없는 점 등까지 더하여 보면， 결국 원고가 이 사건 적용법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구개발용역을 위탁한 이상， 설사 재위탁이 이루어졌다고 하더라도，재수탁업체의 전담부서 유무를 불문하고 그에 따른 비용도 여전히 세액공제대상에 해당한다고 봄이 타당하다(한편，피고가 들고 있는 서울고등법원 2010누25635 판결은 이 사건과 사안을 달리하는 것으로서 앞서의 해석에 영향을 미친다고 볼 수 없다).

(3) 소결

따라서 이 사건 처분은 조세법률주의에 위배되어 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2013. 06. 14. 선고 서울행정법원 2012구합31878 판결 | 국세법령정보시스템