연구개발비 재위탁 비용 세액공제 대상 여부 판단

요지

청구법인의 수탁업체로부터 이 건 연구개발용역을 재위탁받은 재위탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는지 여부는 확인되지 아니하므로, 처분청이 이 부분을 확인하여 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는 재위탁업체가 재위탁받은 부분에 대하여는 연구및인력개발비세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정함이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2011. 3. 16. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 귀속 법인세 0000원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지 

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 은행업을 영위하는 법인으로서 2008 사업연도에 연구개발 전담부서를 보유한 주식회사 BBB 등 다수의 수탁업체들(이하 '이 사건 수탁업체들’이라 한다)과 사이에 인터넷뱅킹 개선， 마이카드론 시스템 구축 등 전산시스템 연구개발을 위탁하는 내용의 계약(이하 '이 사건 위탁계약'이라 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 이 사건 위탁계약에 따라 0000원의 기술용역개발비(이하 '이 사 건 연구개발비'라고 한다)를 지출하였고， 이에 대하여 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것1 이하 ’구 조세특례제한법'이라 한다) 제10조에 의하여 000원의 연구개발비 세액공제를 공제한 후 2008 사업연도 법인세를 신 고·납부하였다.

다. 피고는 2011. 3. 16. 원고에 대하여 I이 사건 연구개발비 중 이 사건 수탁업체들 이 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용은 구 조세특례제한법 제10조 소정의 연구개발비 세액공제의 대상에 해당되지 않는다'는 이유로 2008 사업연도 귀속 법인세 0000원을 부과처분하였다(이하 '이 사건 처분’이라 한다).

라. 이에 원고는 2011. 6. 14. 심판청구를 제기하였고， 조세심판원은 2012. 8. 17. '수탁업체가 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다’는 이유로 "피고가 2011. 3. 16. 원고에게 한 2008 사업연도 귀속 법인세 000원의 부과처분은 이 사건 수탁업체들로부터 재위탁 용역을 받은 기업이 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 [별표6J 제2호 가목에서 규정한 연구기관 또는 전담부서를 보유하였는지 여부를 재조사하여 연구기관 또는 전담부서를 보유한 경우 연구 · 인력개발비 세액 공제 대상으로 하여 그 세액을 경정한다"는 결정을 하였다.

마. 피고는 위 심판결정의 취지에 따라 원고에 대한 재조사를 수행한 뒤， 2012. 9. 14. 원고에게 이 사건 처분이 정당하여 환급할 세액이 없다는 취지의 재조사결과를 통 지하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실1 갑 제1호증의 1， 2， 갑 제2， 3호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

연구개발 전담부서를 보유한 기엽에 연구개발용역을 위탁하였다면， 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고，위탁에 따른 비용은 구 조세특레제한법 제10조 제1항 소정의 세액공제 대상이다.

(2) 피고 . ⁠(가) 우선， 원고가 주장하는 연구개발용역 위탁에 따른 비용이 연구개발활동에 사용된 것인지 밝혀지지 않았다. 나아가 조세특례제한법 제9조 제5항의 해석상 연구개 발에 해당하기 위해서는 특허의 요건인 '신규성’과 '진보성'이 인정되어야 하는데，전산 시스템을 구축하는 것이 이러한 요건을 갖추었다고 볼 수도 없다.

(나) 다음으로， 조세특례제한법이 위탁과 재위탁을 구분하고 있는데 이 사건에 적용되는 구 조세특례제한법 제10조 제1항， 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제 9조 제2항 ⁠[별표6] 제1호 나목에서는 세액공제 대상에 '위탁‘이라고만 규정하고 있고 '재위탁’이라고는 규정하고 있지 않았으며，이후 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 조 세특례제한법 시행령 [별표6J 제'호 나목이 세액공제 대상에 비로소 ’재위탁’을 포함하는 것으로 개정된 점 등에 비추어 보면， 재위탁된 연구개발비용은 세액공제 대상이 아니라고 보아야 한다. 나아가 전담부서 제도를 둔 취지， 자체개발의 경우 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용된다는 서울고등법원 2010누25635 판결 등을 고려해 보면，적어도 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제 대상이 아니다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) ⁠‘연구개발에 해당하는지 여부

조세특례제한법 제9조 제5항은 ’연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동‘이라고 규정하고 있는바，위 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고가 위탁한 용역은 대형 금융업의 실현， 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고， 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축하는 것이므로， 이를 연구개발이라고 보는데 어려움이 없다. 한편, 위 조항에 ’진전’이나 ’새로운'이라는 단어가 포함되어 있기는 하지만， 여기서의 연구개발이 특허를 획득하기 위한 것은 아니므로， 피고 주장과 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인 '신규성'과 ⁠‘진보성'까지 갖추어야 한다고 해석할 수는 없다.

(2) 재위탁된 경우 세액공제 대상이 아닌지 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002 두6781 판결 참조)，구 조세특례제한법 제10조 제1항， 구 조세특례제한법 시행령 제9 조 제2항 ⁠[별표6] 제'호 나목 ①은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발 용역을 '위탐‘함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 규정하고 있을 뿐， 위 법령 어디에 도 수탁업체의 재위탁 여부 또는 재수탁업체의 전담부서 보유 유무에 따라 납세의무자 인 위닥자의 세액공제 여부가 달라진다는 규정이 없다. 특히 위 문언대로라면, 이후 세액공제 대상에 재위탁이 명시적으로 포함되는 것 오로 개정되고，또 전담부서에서 직접 수행한 경우에만 세액공제 대상이라는 취지로 개정된 법령을 해석하는 때와는 달리， 이 사건 적용 법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구개발용역을 위탁한 원고와 같은 수범자에게는 재위탁 내지 재 수탁자의 전담부서 유무에 따라 세액공제 여부가 달라질 수 있음을 예측한다는 것을 기대하기는 어렵다. 여기에 구 조세특례제한법 제10조 제'항의 입법취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 있고 ⁠(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조)， 대규모 전산개발용역은 융합기술개 발로서 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업 에 전산개발용역 일부를 위탁하는 것이 불가피하다는 점1 이 사건 법령의 개정 경위가 논리필연적으로 피고 주장의 해석을 뒷받침한다고 볼 수도 없는 점 등까지 더하여 보면， 결국 원고가 이 사건 적용 법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구 개발용역을 위탁한 이상，설사 재위탁이 이루어졌다고 하더라도， 재수탁업체의 전담부 서 유무를 불문하고 그에 따른 비용도 여전히 세액공제 대상에 해당한다고 봄이 타당 하다(한편， 피고가 들고 있는 서울고등법원 2010누25635 판결은 이 사건과 사안을 달리하는 것으로서 앞서의 해석에 영향을 미친다고 볼 수 없다).

(3) 소결론

따라서 이 사건 수탁업체들이 전담부서를 보유하고 있지 않은 재수탁업체에게 재위탁한 연구개발비가 구 조세특례제한법 제10조 소정의 연구 · 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2013. 06. 14. 선고 서울행정법원 2012구합41059 판결 | 국세법령정보시스템