기부채납 비용 임시투자세액공제 해당 여부 및 농어촌특별세 과소신고가산세 정당 사유 인정

요지

기부채납 관련비용은 조특법 및 그 시행령이 정하고 있는 ⁠‘물류산업을 영위하는 내국인이 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자’에 해당하므로 임시투자세액공제 대상임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주문
1. 피고가 2013. 5. 9. 원고에 대하여 한 2010년 법인세 000원, 2011년 법인세 000원의 경정청구에 대한 거부처분과, 2010년 농어촌특별세 가산세 000원, 2011년 농어촌특별세 가산세 000원의 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지
주문과 같다.

이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 해상운송사업, 항만운송사업 등을 영위하는 법인으로, OO항을 통한 석
회석 해상수송을 위하여 OO지방해양항만청(이하 ⁠‘항만청’이라 한다)의 구 청사부지
및 인근 배후지에 하역 기계설비인 쉽로더(Shiploader)와 석회석 저장시설인 싸이로
(Silo, 이하 ⁠‘이 사건 싸이로’라 한다) 등(쉽로더와 이 사건 싸이로를 합쳐서 ⁠‘이 사건 물류시설’이라 한다)을 설치하기로 결정하고, 항만청에 아래와 같은 개요의 ⁠‘OO항 석회석 물류시설 조성공사(이하 ’이 사건 공사‘라 한다)’의 시행허가를 신청하여, 2011. 3.18. 항만청으로부터 비 관리청 항만공사 시행허가를 받았다.

나. 항만청은 이 사건 공사를 허가하는 과정에서 항만청의 구 청사부지를 원고가 사
용하는 대신 새로운 청사를 신축하여 기부채납할 것을 허가조건을 명시하였고, 이에
원고는 청사이전 및 임시청사임차비용, 청사신축비용 등 기부채납(이하 ⁠‘이 사건 기부
채납’이라 한다)의 이행을 위한 비용을 지출하였다.
다. 이 사건 물류시설의 설치비 및 이 사건 기부채납 관련비용이 구 조세특례제한법
(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘조특법’이라 한다) 제26조가 규정하는 임시투자세액공제의 대상에 포함되는지 여부에 관하여, 원고는 2009년 내지 2011년의 법인세 신고 당시 임시투자세액공제의 대상에 포함되지 않는다는 것을 전제로 법인세 신고를 하였다.
라. 원고는 2013. 3. 12. 피고에게 이 사건 물류시설 설치비 및 이 사건 기부채납 관련비용을 임시투자세액으로 공제하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
마. 피고는 2013. 5. 9. 이 사건 물류시설 설치비에 대한 임시투자세액공제는 허용하
면서, 이 사건 기부채납 관련비용은 임시투자세액공제 대상에서 제외하여, 2010년 법
인세 000원, 2011년 법인세 000원에 대한 경정청구를 거부하였고(이하 ⁠‘이 사건 거부처분’이라 한다. 원고는 2009년 법인세에 대한 경정청구는 하지 않았다),
이 사건 물류시설 설치비에 대한 임시투자세액공제를 허용함에 따라 2010년 농어촌특
별세 과소신고가산세 000원, 2011년 농어촌특별세 과소신고가산세 000원을 부과하였다(이하 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 하고, 이 사건 거부처분과 합쳐서 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).
바. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2013. 8. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였
으나 조세심판원은 2013. 11. 25. 심판청구를 기각하였고, 원고는 여기에 불복하여
2014. 1. 19. 이 사건 소를 제기하였다.
[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 을 제1 내지 4호증의 각
기재, 변론 전체의 취지]
2. 주장 및 판단
가. 원고의 주장
1) 이 사건 거부처분에 대한 주장
이 사건 기부채납 관련비용은 조특법 및 그 시행령이 정하고 있는 ⁠‘물류산업을
영위하는 내국인이 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취
득하여 사업에 사용하기 위한 투자’에 해당한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 거부처분을 하였으니 이는 위법하다.
2) 이 사건 부과처분에 대한 주장
이 사건 부과처분의 근거가 된 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로
개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘국세기본법’이라 한다) 제47조의3은 농어촌특별세에 대해서도
납부불성실가산세뿐만 아니라 신고불성실가산세까지 규정하고 있으나 법령에 대한 연
혁적인 검토를 해 봤을 때 이는 입법상의 오류라고 할 것이고, 원고가 이 사건 부과처
분과 관련된 농어촌특별세(이 사건 물류시설 설치비에 대한 세액공제로 인한 것)를 신
고하지 못한 데에는 정당한 사유가 있었다고 할 것이므로, 결국 이 사건 부과처분은
위법하다.
나. 관계법령
별지와 같다.
다. 판단

1) 이 사건 거부처분에 대한 판단
가) 조특법 제26조 제1항은 ⁠“대통령령으로 정하는 투자를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서... 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.”라고
규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제
22583호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘조특법 시행령’이라 한다) 제23조 제1항은 ⁠“법 제
26조 제1항에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 투자’란... 물류산업... 을 영위하는 내국인이... 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자를 말한다.”라고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법 시행규칙(2011. 4.7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘조특법 시행규칙’이라 한다) 제14조 본문은 ⁠“영 제23조 제1항에서 ⁠‘기획재정부령으로 정하는 사업용자산’이란 제3조에 따란 사업용자산과 다음 각호의 자산을 말한다.”라고 규정하면서, 제2호에서 ⁠“... 물류산업을 영위하는 자가 당해 사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 별표 3의 유통산업합리화시설”을 열거하고 있고, 별표3의 8.항은 ⁠“물품의 보관·저장 및 반출을 위한 창고로서 「건축법 시행령」 별표 1 제14호 가목의 창고시설(상품의 보관·저장 및 반출이 자동적으로 이루어질 수 있도록 시스템화된 창고시설을 포함한다) 및 물품의 보관·저장 및 반출을 위한 탱크시설(지상 또는 지하에 고정설치된 것에 한한다)”라고 규정하고 있다.
나)　 위 각 규정을 종합하여 보면, ➀물류산업을 영위하는 자가, ➁조특법 시행
규칙이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을, ➂새로이 취득하여 자신의 물류사업에
사용하기 위한 투자를 하는 경우에는, 그 투자 금액 중 일정 부분이 임시투자세액공제
의 대상이 되는 것으로 해석되는바, 원고가 물류산업의 일종인 해상운송사업, 항만운송사업을 영위하고 있는 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 싸이로는 조특법 시행규칙제14조 제2호, 별표3 8.항에서 정하고 있는 ⁠‘물품의 보관․저장 및 반출을 위한 창고
또는 탱크시설’에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 기부채납 관련비용이 임시투자세액공제의 대상이 되는지 여부는 이 사건 기부채납 관련비용이 ⁠“원고가 이 사건 싸이로를 새로이 취득하여 자신의 물류사업에 사용하기 위하여 지출한 비용”에 해당하는지 여부에 따라서 결정된다고 보아야 한다.
법인이 임시투자세액공제를 받을 목적으로 사업용 자산에 해당하는 시설을 새로이
취득하기 위해서 관할관청으로부터 인․허가를 받아야 하는 경우 그 인․허가의 부관
으로 건물을 신축하여 기부채납 하라는 부담이 부가되었다면, 기부채납 된 건물공사에
소요된 비용은 인․허가와 관련하여 지출된 비용으로서 사업용 자산을 취득하여 사업
에 사용하기 위한 투자비용에 포함된다고 보아야 한다. 살피건대, 이 사건 기부채납이
이 사건 공사의 허가를 위한 조건으로 부가되어 있는 사실은 이미 앞서 본 바와 같고,
그렇다면 원고가 이 사건 기부채납을 이행하지 아니하는 경우 원고는 이 사건 물류시
설의 부지를 확보할 수 없고 결국 이 사건 공사를 진행할 수 없으므로, 이 사건 기부
채납 관련비용은 원고가 이 사건 물류시설의 부지를 취득하기 위한 자본적 지출 즉
“원고가 이 사건 싸이로를 취득하여 자신의 물류사업에 사용하기 위하여 지출한 비용”
에 해당한다고 보는 것이 타당하다. 따라서 이 사건 기부채납 관련비용은 임시투자세
액공제의 대상이 된다고 해석해야 하고, 이와 다른 바탕에서 이루어진 이 사건 거부처
분은 위법하다.
다) 이에 대하여 피고는 조특법 시행규칙 제14조가 ⁠“영 제23조 제1항에서 ⁠‘기획
재정부령으로 정하는 사업용자산’이란 제3조에 따른 사업용자산... 을 말한다.”라고 규
정하고 있고, 조특법 시행규칙 제3조에 의하면 이 사건 싸이로는 사업용자산에서 제외
되므로, 결국 이 사건 싸이로를 취득하기 위한 비용은 임시투자세액공제의 대상에서
제외된다는 취지로 주장하나, 이 사건 싸이로는 조특법 시행규칙 제3조가 아니라 조특
법 시행규칙 제14조 제2호, 별표3 8.항에 해당하는 사업용자산에 해당하여, 그 취득가
액이 아니라 이를 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자액이 공제대상이 되는 것이므
로, 피고의 이와 같은 주장은 받아들일 수 없다.
2) 이 사건 부과처분에 대한 판단
구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘국세기본법’이라 한다) 제47조의3 제1항은 과소신고 가산세에 관하여 ⁠“납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.”라고 규정하고 있는데, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다(대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조).
위 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 살펴보건대, 앞서 살펴본 처분의 경위 및 증거들에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 원고가 2010, 2011
년의 농어촌특별세를 신고하지 않았다고 하더라도 여기에는 그 의무의 이행을 원고에
게 기대하는 것이 무리인 사정이 있는 경우로서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한
사유가 있는 경우라고 보아야 하고, 그럼에도 불구하고 이루어진 이 사건 부과처분은
위법하다고 해석된다.
➀농어촌특별세법 제2조 제1항 제1호, 제3조 제1호는 농어촌특별세 납부의무를 부
담하는 경우의 하나로서 ⁠‘조특법에 따른 세액공제를 받는 경우’를 규정하고 있고, 원고
는 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 물류시설 설치비가 조특법에 따른 임시투자세액공
제의 대상이 되는지 여부에 관한 선례가 없어, 일응 임시투자세액공제의 대상이 되지
않는다는 것을 전제로 2009 내지 2011년 법인세 신고․납부를 하고 이후에 경정청구
를 통하여(2010년, 2011년도 분) 피고로부터 임시투자세액공제의 대상으로 인정을 받
았는데, 이와 같은 방식의 법인세 신고․납부와 경정청구는 선례가 없는 사안에 대하
여 납세의무자의 입장에서 취할 수 있는 최선의 방안으로 정당하다고 할 것인바, 여기
서 ⁠‘이 사건 물류시설 설치비가 임시투자세액공제의 대상이 되지 않는다는 것’과 ⁠‘임시
투자세액공제의 대상에 해당하여 원고에게 농어촌특별세 납부의무가 발생한다는 것’은
법령의 해석상 상호 모순관계에 있으므로, 위와 같은 법인세 신고․납부와 동시에 원
고에게 ⁠‘이 사건 물류시설 설치비가 위 세액공제의 대상이 된다는 것을 전제로 농어촌
특별세 역시 신고․납부할 것’을 요구한다는 것은 법령의 해석상 상호 모순되는 두 가
지의 의무를 동시에 이행할 것을 요구하는 것으로 이를 기대하는 것은 무리라고 보아
야 한다.
➁국세기본법 제47조의3 제1항과 달리 이후 개정된 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법
률 제11124호로 개정된 것) 제47조의3 제1항은 농어촌특별세를 과소신고가산세의 대
상에서 제외하고 있는바, 이는 다른 법령에 따른 세액공제나 세액감면 등의 혜택이 있
는 경우 납세의무가 발생하는 농어촌특별세에 대해서도 과소신고 가산세를 부과하게
되면, 앞서 살펴본 바와 같이 사실상 서로 모순되는 두 가지 이상의 의무를 동시에 요
구하게 되는 불합리한 결과가 된다는 점에 대한 반성적 고려에 따른 입법으로 보인다.
따라서 원고가 2010년, 2011년 농어촌특별세는 신고하지 아니한 것은 그 의무해태를
탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보아야 하고, 이와 다른 전제를
바탕으로 이루어진 이 사건 부과처분은 결국 위법하다.
3. 결 론
그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판
결한다.

출처 : 서울행정법원 2014. 07. 17. 선고 서울행정법원 2014구합50361 판결 | 국세법령정보시스템