금융자문수수료 손금산입·매입세액 공제 인정 기준

요지

쟁점 금융자문수수료는 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용이므로 원고의 손금에 산입되어야 한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고와 피고의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 각자 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 원고에 대하여 ① 2012. 10. 2. 한 별지 1 목록 ⁠‘부과내역’란 기재 각 부과처분 중 같은 목록 ⁠‘정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분, ② 2013. 11. 7. 한 별지 2 목록 ⁠‘부과내역’란 기재 각 부과처분 중 ⁠‘정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다는 판결

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결을 청구취지와 같이 변경한다는 판결

나. 피고

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구 를 기각한다는 판결

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 반도체 클린룸 제작 및 설치, 반도체 장비 제조업, 건설업 등을 목적으로 설립된 회사인데, 중국 OO시 OO구 OO호 일대에 골프장, 주택, 호텔 등을 신축하는 개발사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진하는 과정에서 2007. 5.경 주식회사 BB은행(이하 ⁠‘BB은행’이라고 한다)과 금융자문계약을 체결하고 용역 보수(기본보수, 성공보수금 등) 명목으로 2007. 5. 15. 30,000,000원, 2007. 9. 27. 150,000,000원, 2007. 10. 26. 967,500,000원 합계 1,147,500,000원을 지급하였고, 2007. 5.경 CCC어드바이저리 주식회사(이하 ⁠‘CCC’라고 한다)와 자문계약을 체결하고 용역 보수(용역수수료 및 용역수행경비)의 명목으로 2007. 5. 23. 25,000,000원, 2007. 8. 31. 20,000,000원 합계 45,000,000원을 지급하였다(각 부가가치세 별도).

나. BB은행은 이 사건 사업에 필요한 자금의 조달방법 및 금융조건으로 원고에게 이 사건 사업과 기존의 사업을 분리하여 자금을 관리하기 위해서 우리나라에 특수목적회사를 설립하고 중국현지에서 중국법률에 의거하여 이 사건 사업만을 수행할 현지 시행법인을 설립할 것을 제안하였으며(자문계약서 제9조 제2항), 이에 따라 2007. 5. 22. 원고 80.04%, 원고 대표이사 DDD 19.96%의 출자로 자본금을 총 25,050,000,000원으로 하여 우리나라에 주식회사 EEE(이하 ⁠‘EEE’라고 한다)를 설립하고, 2007. 5. 29. EEE의 100% 출자로 중국에 FFF(대경)유한공사(이하 ⁠‘FFF’이라고 한다)를 설립하였다.

다. 원고는 2007. 5. 29. BB은행으로부터 35,000,000,000원의 브리지론을 대출받아 이를 EEE에게 대여하였고, EEE는 이를 FFF에 출자하였다. 그 후 EEE는 2007. 9. 27.부터 2008. 4. 7.까지 BB은행 등으로부터 32,000,000,000원의 PF자금을 대출받아 이를 위 브리지론의 상환에 사용하였다.

라. 원고는 2007. 9. GGG증권 주식회사(이하 ⁠‘GGG’라고 한다)와 금융자문계약을 체결하고 2007. 10. 26. 용역보수 중 성공보수금 명목으로 1,047,500,000원(부가가치세 별도)을 지급하였고, HHH 주식회사(이하 ⁠‘HHH’이라고 한다)와 금융자문계약을 체결하고 2007. 10. 26. 자본수수료 명목으로 60,000,000원(부가가치세 면세 대상으로 처리)을 지급하였으며, 2007. 10. II증권 주식회사(이하 ⁠‘II증권’이라고 한다)와 금융자문계약을 체결하고 2007. 10. 26. 용역 보수 중 성공보수금 명목으로 100,000,000원(부가가치세 별도)을 지급하였다.

마. 한편, JJ건설 주식회사(이하 ⁠‘JJ건설’이라고 한다)와 주식회사 KKK(이하 ⁠‘KKK’이라고 한다)은 LLL디스플레이 주식회사로부터 파주공장 시설공사를 도급받아 원고에게 위 공사의 일부를 하도급주었고 원고는 MM이엔지, NN테크, OO이엔지, PP엔지니어링 등(이하 ⁠‘이 사건 하도급업체’라고 한다)에게 위 공사의 일부를 재하도급주었다.

바. 서울지방국세청장은 원고에 대한 법인제세통합조사를 실시한 결과 ① ⁠‘원고가 BB은행, CCC, GGG, HHH, II증권에게 지급한 합계 2,400,000,000원 중 2007. 5. 15. BB은행에 지급한 금액 30,000,000원을 제외한 나머지 용역비 2,370,000,000원(이하 ’이 사건 용역비‘라고 한다)’은 원고가 아니라 EEE가 부담하여야 할 비용이라고 보아 이 사건 용역비를 손금불산입하고 이에 대한 매입세액을 불공제하며, ② ⁠‘원고가 이 사건 하도급업체에 지급한 공사비 중 원고의 직원이었던 신QQ에게 반환된 534,545,455원 및 신QQ이 실질적으로 운영하였던 주식회사 RR테크(이하 ’RR테크‘라고 한다)에게 지급된 2,790,235,000원 합계 3,324,780,455원(이하 ’이 사건 공사비‘라고 한다)’은 가공의 비용이라고 보아 이 사건 공사비를 손금불산입하고 이에 대한 매입세액을 불공제하여야 한다는 결론에 이르렀다.

사. 피고는 00지방국세청장으로부터 위 과세자료를 통보받아 2012. 10. 2. 원고에 대하여 2007 사업연도 법인세 960,099,500원(가산세 353,683,583원 포함), 2008 사업연도 법인세 492,685,790원(가산세 158,198,482원 포함), 2009 사업연도 법인세 497,785,840원(가산세 132,679,585원 포함), 2010 사업연도 법인세 455,687,290원(가산세 92,595,845원 포함) 및 2007년 1기분 부가가치세 4,397,620원(가산세 2,183,081원 포함), 2007년 2기분 부가가치세 389,384,930원(가산세 160,884,925원 포함), 2008년 1기분 부가가치세 48,586,510원(가산세 23,291,192원 포함), 2008년 2기분 부가가치세 149,565,330원(가산세 61,838,868원 포함), 2009년 1기분 부가가치세 90,040,760원(가산세 36,036,538원 포함), 2009년 2기분 부가가치세 132,183,860원(가산세 49,385,865원 포함), 2010년 1기분 부가가치세 69,956,290원(가산세 24,565,001원 포함), 2010년 2기분 부가가치세 50,862,870원(가산세 16,900,258원 포함)을 증액 경정․고지하였다(갑 제1호증의 1 내지 12, 을 제1호증의 1 내지 을 제2호증의 7 참조).

아. 원고는 이에 불복하여 2012. 12. 26. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 위 청구는 2013. 6. 13. 기각되었다.

자. 한편, 피고는 2012. 10. 2.자 부과처분 중 2008 사업연도부터 2010 사업연도까지 법인세 관련 가산세 부분과 2008년 2기분부터 2010년 2기분까지 부가가치세 관련 가산세 부분을 소송이 진행중이라는 이유로 전부 또는 일부 취소한 다음, 2013. 11. 7. 그 취소 세액에 해당하는 2008 사업연도 법인세 관련 가산세 158,198,480원, 2009 사업연도 법인세 관련 가산세 132,679,580원, 2010 사업연도 법인세 관련 가산세 92,595,840원 및 2008년 2기분 부가가치세 관련 가산세 61,838,860원, 2009년 1기분 부가가치세 관련 가산세 35,332,560원, 2009년 2기분 부가가치세 관련 가산세 49,385,860원, 2010년 1기분 부가가치세 관련 가산세 24,565,000원, 2010년 2기분 부가가치세 관련 가산세 16,436,870원을 다시 부과하였다(갑 제13호증의 1 내지 8, 을 제 12호증의 1 내지 을 제 13호증의 5 참조, 위 2013. 11. 7. 가산세 부과처분에 의하여 결국 원고에게 당초 사.항과 같이 증액 경정되었던 가산세 금액이 그대로 유지되게 되었다. 이하 위 사.항과 같이 감액 경정된 2012. 10. 2.자 부과처분과 2013. 11. 7.자 부과처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 13호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3, 6, 12 내지 14, 16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 용역비는 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용이므로 원고의 손금에 산입되고 매입세액으로 공제되어야 하므로, 이와 다른 전제에서 부과된 이 사건 처분 중 2007 사업년도 법인세에서 원고가 인정하는 13,915,924원을 초과하는 부분, 2007 사업년도 법인세 관련 가산세에서 원고가 인정하는 8,244,333원을 초과하는 부분, 2007년 1, 2기분 각 부가가치세 및 가산세 전부가 취소되어야 한다.

2) 원고는 RR테크로부터 용역을 공급받았으므로 이 사건 공사비는 가공비용에 해당하지 아니하여 원고의 손금에 산입되고 매입세액으로 공제되어야 하므로, 이와 다른 전제에서 부과된 이 사건 처분 중 2008, 2009, 2010 사업년도 각 법인세 및 가산세, 2008년 1, 2기분, 2009년 1, 2기분, 2010년 1, 2기분 각 부가가치세 및 가산세 전부가 취소되어야 한다.

3) 피고는 가산세를 부과함에 있어 가산세의 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하지 않았으므로, 이 사건 처분 중 각 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

특히, 이 사건 공사비와 관련한 가공세금계산서로 인하여 부과된 가산세 부분은 가사 원고가 이 사건 하도급업체에게 공사비를 부풀려 지급하였다고 하더라도, 원고가 이 사건 하도급업체로부터 발급받은 세금계산서는 용역을 공급받지 아니하고 발급받은 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분 중 2008년 1, 2기분, 2009년 1, 2기분, 2010년 1, 2기분 각 부가가치세 관련 각 가산세 중 위 해당 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 3 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 이 사건 용역비 관련

가) 원고는 2007. 5. BB은행과 금융자문계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다

음과 같다(갑 제4호증 참조).

나) 원고는 2007. 5. CCC와 자문계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다(갑 제5호증 참조).

다) 원고는 2007. 9. GGG와 금융자문계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다(갑 제6호증의 1 참조).

라) 원고는 HHH과 금융자문계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다(갑 제6호증의 3 참조).

마) 원고는 2007. 10. II증권과 금융자문계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다(갑 제6호증의 2 참조).

2) 이 사건 공사비 관련

가) RR테크의 명의상 주주였던 신SS은 2012. 3. 27. 조사를 받으면서 다음과 같은 취지로 진술하였다.

나) NN테크의 대표인 김UU은 2012. 2. 1. 조사를 받으면서 다음과 같은 취지로 진술하였다.

다) OO이엔지의 대표인 이VV는 2012. 2. 1. 조사를 받으면서 다음과 같은 취지로 진술하였다.

라) 신QQ은 2014. 5. 22. OOOO지방법원 ZZ지원 2013고합11, 32(병합) 사건에 서 ① ⁠‘RR테크가 이 사건 하도급업체에 재화나 용역을 공급하지 않았음에도 신QQ은 별지 4 기재와 같이 이 사건 하도급업체에게 재화나 용역을 공급한 것처럼 RR테크 명의로 합계 4,134,002,355원의 허위 세금계산서를 발급하였다’는 범죄사실, ② ⁠‘신QQ은 AAA이엔지 명의의 허위 세금계산서를 수취하고 RR테크의 자금 3,101,177,103원을 송금하는 등 방법으로 RR테크의 자금 1,483,582,413원을 횡령하였다’는 등의 범죄사실에 대하여 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄 및 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)죄로 징역 4년, 벌금 2,400,000,000원 및 추징15,000,000원을 선고받았고, 이에 신QQ이 항소하였으나 2014. 12. 12. 항소심 법원(서울고등법원 2014노1634)에서도 위 각 범죄사실에 대한 유죄 판단은 그대로 유지하되 양형만을 감경하는 취지의 판결이 선고되어, 위 판결이 그대로 확정되었다(이하 ⁠‘이 사건 관련 사건’이라 한다).

한편, 위 사건의 항소심 법원은 ⁠‘신QQ은 자신의 업무상배임 범행을 은폐하거나 RR테크 및 AAA이엔지로 하여금 부당하게 세금을 포탈하게 하기 위하여, 이 사건 하도급업체에게 재화나 용역을 공급한 사실이 없음에도 재화나 용역을 공급한 것처럼 허위로 세금계산서를 발급하였는바, 피고인이 거액의 허위세금계산서를 반복적으로 발급받거나 발급한 경위, 횟수, 합계액 등에 비추어 보면, 이 사건 당시 피고인에게 영리의 목적이 있었음을 추단할 수 있다’는 취지로 판단하였으며, 특히 별지 4의 순번 1 내지 41, 43, 44, 46 내지 50번에 관하여는 ⁠‘LL이엔지를 운영하던 이VV가 수사기관에서 ⁠「RR테크로부터 2008년 2기 수취한 매입세금계산서 및 2009년 1기 수취한 매입세금계산서는 모두 실제 거래가 없는 가공거래가 맞다」고 진술하였으며, 신QQ 역시 실제 거래가 있었다고 주장하는 내역에 관하여 계약서 등 증빙 자료를 전혀 제출하지 못하고 있고 그 밖에 앞서 거시한 증거들에 의하더라도 신QQ과 원고 또는 위 범죄일람표 기재 업체들 사이에 실제 거래가 있었다고 볼 만한 정황이 나타나지 않는 점 등 의 제반 사정에 비추어 보면, 원고와 RR테크 사이에 실제 거래가 있었다는 취지의 신QQ의 주장은 받아들일 수 없다’는 취지로 판단하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 6호증, 을 제8 내지 11, 16호증의 각 기재,

변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 용역비의 손금 산입 및 매입세액 공제 여부

가) 관련 법리

구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 ⁠‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’라고, 같은 조 제2항은 ⁠‘제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’라고 각 규정하고 있는바, 여기에서 ⁠‘일반적으로 인정되는 통상적’인 비용이라 함은 납세의 무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 참조).

또한 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 이 목차에서 같다) 제17조 제1항은 ⁠‘사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 또는 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고, 제2항 제2호에서는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ⁠‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 규정하고 있다. 따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항 제2호에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없으나, 여기에서 말하는 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2010두15902 판결 등 참조).

나) 이 사건 용역비가 원고의 사업에 관련된 비용으로서 통상적인 것인지 여부

(1) 원고와 EEE와의 비용 분담 문제

원고는 별개의 법인격을 갖춘 EEE로 하여금 이 사건 사업을 수행하도록 하였는데, 이는 EEE가 이 사건 사업에 관한 비용 지출 및 수익의 귀속 주체가 된다는 의미이므로, 그렇다면 원고가 이 사건 사업에 관하여 지출한 비용은 어떻게 정산 및 회계처리하여야 하는지가 문제된다. 즉, 원고가 EEE와 사이에 공동사업약정을 체결하였다면 그에 따라 비용 및 수익을 정산할 것이나(그 경우 공동사업약정에서 정한 바에 따라 원고의 비용 및 수익으로 회계처리될 것이며, 이는 원고가 EEE의 모회사로서 EEE의 수익을 배당 받는 것과는 별개의 문제이다), 원고와 EEE와 사이에 공동사업약정이 있었음을 인정할 증거가 없으므로 이를 일률적으로 정할 수는 없고 원고가 지출한 비용의 구체적인 지출 원인, 원고가 비용을 지출한 시기, 이 사건 사업의 경과 등을 종합하여 원고 또는 EEE 누구의 손금으로 인정할지 여부를 개별적으로 판단하여야 한다¹⁾

한편, ① 이 사건 사업과 같이 장기간의 사업기간이 경과한 이후에야 수익이 발생하는 경우, 사업과 관련된 비용을 수익이 발생하는 모회사의 손금으로 인정하면 곧바로 모회사의 법인세가 감소될 것이나, 자회사의 손금으로 인정하면 수익이 발생하는 사업년도에 이르러서야 이월 결손금의 요건을 갖춘 경우에 한하여 법인세가 감소되는 차이가 있으며, ② 원고가 이 사건 사업으로 얻을 수 있는 수익은 이 사건 사업 자체에서 발생하는 사업수익이 아니라 결국 EEE로부터 받을 배당수익이라고 할 것이므로, 이 사건 사업에 관한 원고의 손금으로 인정될 수 있는지 여부를 판단할 때에도 위와 같은 배당수익을 얻기 위하여 필요한 비용인지, 그러한 배당수익을 얻기 위한 활동이 원고의 사업과 관련된 것인지 등을 고려하여야 할 것인데, 만일 자회사로 부터 받을 배당수익을 위한 것이기만 하면 모회사와 사업관련성이 제한 없이 인정된다면, 모회사는 사업에 관한 모든 비용을 자회사 대신 자신의 손금으로 처리할 수 있다는 것이 되어 자회사와 법인격을 분리하여 손금과 수익을 별도로 인식하게 한 의미가 없어지므로, 원고 또는 EEE 누구의 손금으로 인정할지 여부를 판단함에 있어 위와 같은 사정을 고려하여야 한다. 이 사건에서 EEE는 이 사건 사업의 수행을 위하여 설립되었으며, 설립된 이후에도 실제로 이 사건 사업을 수행하였으므로, EEE 설립 전에 지출원인이 발생한 비용이라고 하더라도 법인세법에서 규정한 손비의 요건을 갖추었다고 인정되는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 EEE에 귀속되는 손비로 볼 수 있는 데(대법원 2013. 9. 26. 선고 2011두12917 판결 참조), 만일 이 사건 용역비가 이 사건 사업을 구체적으로 실행하기 위한 비용으로 판단된다면 이는 EEE의 손금으로 산입되어야 할 것이며, 이 사건 사업을 준비하기 위한 비용으로 판단된다면 이는 원고의 손금으로 산입되어야 할 것이다.

(2) CCC에게 지급한 용역 보수 45,000,000원에 관하여

살피건대, 원고와 CCC 사이의 용역계약서 및 보고서(갑 제5, 7호증)에 의하여 인정되는 계약체결 시기, 용역내용 및 자문수수료 액수, 용역수행 내용에 비추어 볼 때 원고가 이 사건 사업을 추진하는 과정에서 사업타당성, 적합한 자금 조달구조 등을 추상적으로 검토하기 위한 것으로 보일 뿐 구체적인 사업실행을 위한 것이라고까지 볼 수는 없으며, 실제로 그 명목과 같은 용역이 제공된 점을 고려하면, 그 용역수수료 45,000,000원은 원고가 이 사건 사업을 구상하기 위한 용역의 대가로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이라고 봄이 상당하다.

(3) 이 사건 용역비 중 나머지 부분

(가) ① 원고가 금융기관들과 사이에 체결한 금융자문계약(갑 제4호증, 갑 제6호증의 1, 2, 3)에 따르면, ⁠‘회계사 등 전문가의 자문으로 인하여 발생한 비용’, 원고가 BB은행에 지급해야 하는 기본수수료 30,000,000원²⁾ 및 HHH에 지급해야 하는 수수료 60,000,000원을 제외하고는 ⁠‘원고가 대출에 성공할 경우 시장여건에 부합한 금융 조달 방법 및 금융 조건의 제안 등에 관한 용역 제공에 대한 성공보수금’을 지급하는 것으로 약정된 점, 용역보고서 등 원고가 구체적으로 어떠한 용역을 제공받았는지 알 수 있는 자료가 제출되지 않은 점, 금융자문 용역에 대한 대가로만 보기에는 이 사건 용역비의 액수가 상당히 고액인 점³⁾, ② 00아이비, II증권의 경우 자문계약에 기본수수료가 정해져 있지 않아 대출이 성사되지 않으면 수수료가 없다는 것인데 이는 일반적인 자문계약과는 상이한 점 등을 감안하면, 이 사건 용역비는 단순한 금융자문의 대가 뿐만 아니라 원고가 EEE에게 대여하기 위하여 BB은행으로부터 받은 브릿지론에 관한 대가로서의 성격도 혼재되어 있는 것으로 보인다.

또한, 원고와 GGG증권, HHH, II증권 사이에 체결한 각 자문계약은 ① 체결 시기가 2007. 9.경으로서, 그 때는 이미 원고가 BB은행으로부터 350억 원의 브릿지론을 받아 EEE에게 대여한 이후이므로 원고로서는 자금조달을 위한 거래구조 개발 및 자문, 금융조달을 위한 주선희망기관의 물색 및 선정 등의 용역을 또다시 제공받을 이유가 없었던 점, ② 특히 00아이비, II증권의 경우 자문계약 체결 이후에 원고가 추가로 대출을 받은바 없어 자문계약에서 정한 성공보수금 지급 요건이 충족되지도 않았음에도 각 성공보수금으로 약정된 금액이 지급된 점 등을 감안하면, 위 각 자문계약은 그 비용을 인정받기 위한 목적으로 사후적으로 작성된 것으로 보인다.

(나) 그러나, ① 원고는 건설업을 사업목적 중 하나로 하는 회사로서 중국에 아파트를 건설하는 이 사건 사업을 추진하는 과정에서 BB은행과 자문계약을 체결하였던 점, ② 원고와 각 금융기관과의 이 사건 각 자문계약은 이 사건 사업 진행의 초기단계에서 필요한 금융 조달 방법, 거래구조 개발, 사업타당성 등에 대한 자문을 그 내용으로 하는 것인 점, ③ 원고는 실제로 BB은행의 자문에 따라 이 사건 사업과 기존의 사업을 분리하여 자금을 관리할 목적으로 특수목적법인인 EEE를 설립하고, EEE를 통하여 FFF을 설립하였으며, 원고 및 원고 대표이사가 EEE의 지분 전부를, EEE가 FFF의 지분 전부를 보유하였던 점, ④ EEE는 320억 원의 PF 대출을 받으면서 위 대출의 대주들에게 원고와는 별도로 대출약정금의 4.5% 상당의 대출취급수수료를 지급하기로 약정하고 그에 따라 합계 1,440,000,000원을 지급하였으며, 원고와는 별도로 한국신용정보로부터 사업성평가 용역을 제공받고 그 대가로 11,000,000원을, 법무법인 AA로부터 법률자문 용역을 제공받고 121,000,000원을 각 지급한 점(갑 제20호증의 1 내지 24호증의 2의 각 기재), ⑤ BB은행에 대한 수수료는 EEE가 설립하기 전에 이미 체결되었된 자문계약에 의하여 지급된 것이며, GGG, HHH, II증권에 대한 수수료의 경우 EEE 및 FFF의 설립 이후에 체결된 자문계약에 의한 것이기는 하나 위와 같이 EEE가 원고와는 별도로 금융기관에 대출취급수수료를 지급하였으며 원고는 자문계약 체결 이후에는 대출을 받지 않았음에도 불구하고 각 자문계약에서 보수를 지급한 점 등에 비추어 ⁠‘원고에게 대출을 해주었던 BB은행으로부터 위 금융기관들에게 위 대출에 대한 기여도에 따라 수수료를 분배할 것을 요청받고 지급하게 되었다’는 원고의 주장을 납득하지 못할 바 아닌 점, ⑥ 이 사건 용역비가 대출취급수수료의 성격을 일부 가지고 있다고 하더라도 브릿지론 및 PF대출의 특성상 원고가 이 사건 용역비를 지급하지 않았다면 사업자금을 마련하지 못하여 이 사건 사업을 시작조차 하지 못하였을 것이며, EEE는 신설회사로서 원고의 브릿지론을 통하지 않고 처음부터 320억 원이나 되는 거액을 대출받기 어려웠을 것으로 보이는 점, ⑦ 이 사건 용역비의 액수가 통상적인 브릿지론 및 PF대출에 관한 용역비에 비하여 과다하다는 점을 인정할 자료가 제출되지 않은 점 등을 감안하면, 이 사건 용역비는 결국 원고 자신의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이라 고 봄이 상당하다(대법원 2012. 7. 26. 선고 2010두12552 판결⁴⁾ 참조).

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있으므로, 2007 사업연도 법인세 606,415,917원의 부과처분 중 원고가 정당세액임을 인정하는 13,915,924원을 초과하는 부분, 2007 사업연도 법인세 관련 가산세 353,683,583원의 부과처분 중 원고가 정당세액임을 인정하는 8,244,333원을 초과하는 부분, 2007년 1기분 부가가치세 4,397,620원(가산세 2,183,081원 포함)의 부과처분, 2007년 2기분 부가가치세 389,384,930원(가산세 160,884,925원 포함)의 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 이 사건 공사비의 손금산입 및 매입세액 공제 여부

원고는 RR테크로부터 용역을 공급받았으므로 이 사건 공사비는 가공비용에 해당하지 않는다는 취지로 주장한다.

살피건대, 앞서 거시한 증거와 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 신QQ은 이 사건 관련 사건에서 ⁠‘사실은 이 사건 하도급업체에 재화나 용역을 공급하지 않았음에도 별지 4 기재와 같이 재화나 용역을 공급한 것처럼 허위로 세금계산서를 발급하였다’는 등의 범죄사실로 징역 4년 및 벌금 2,400,000,000원을 선고받은 점, ② 이 사건 관련 사건에서 ⁠‘신QQ은 원고의 현장소장으로 근무하면서 이 사건 하도급업체에 공사대금을 과다하게 지급한 후 이를 다시 RR테크 명의의 계좌로 입금하도록 하는 등의 방법으로 현장소장의 지위를 이용하여 부당한 이익을 취득하였다’는 사실이 인정된 점, ③ OO이엔지의 대표인 이VV는 조사를 받으면서 ⁠‘신QQ이 접대 등 비용이 필요하다고 하여 원고에게 금액을 부풀려 청구한후 실제 출력공수에 해당하는 금액을 제외하고 신QQ이 지정한 계좌에 송금하였다’는 취지로 진술한 점, ④ NN테크의 대표인 김UU은 조사를 받으면서 ⁠‘원고로부터 NN테크 노무자와 RR테크 노무자의 출공자료를 합산한 금액을 지급받고 RR테크에게 NN테크 노무자의 노무비를 제외한 나머지 금액을 지급하였다’는 취지로 진술하면서도 ’RR테크 노무자의 노무비 적정성 여부는 확인하지 않았다‘는 취지로 진술한 점, ⑤ 원고는 이 사건 변론 과정에서 RR테크로부터 용역을 공급받았다는 사실을 주장하지 않았다가 2014. 9. 1.자 준비서면에서 이를 처음으로 주장하기 시작한 점, ⑥ 원고는 RR테크로부터 용역을 공급받았다는 사실을 뒷받침할 수 있는 객관적 자료를 제출하고 있지 않은 점, ⑦ 원고는 RR테크가 협력업체로 등록되어 있지 않아 직접 하도급을 주는 것이 여의치 않았기 때문에 이 사건 하도급업체를 통하여 공사비를 지급하였다는 취지로 주장하나, 을 제19 내지 21호증의 각 기재에 의하면 원고는 2008. 7. 1.경부터 2009. 6. 30. 경까지의 기간에도 RR테크(변경 전 상호 주식회사 XX이엔씨)와 거래를 하고 있었던 것으로 보이는 점, ⑧ 이 사건 관련 사건에서 신QQ도 ⁠「별지 4의 순번 1 내지 41, 43, 44, 46 내지 50번의 경우 원고와 RR테크 사이에 위 금원에 상응하는 실제 거래가 있었다」는 취지로 주장하였으나, 위 주장이 배척되었던 점 등을 종합하면, 원고는 RR테크로부터 용역을 공급받지 않았다고 봄이 상당하다.

한편, 부가가치세에 관하여는 원고의 주장에 의하더라도 세금계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르다는 것인데, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 명의위장 사실을 알지 못하였고, 명의 위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 있다는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거도 없으므로, 위와 같이 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받을 수 없다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 참조).

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 가산세 부과처분의 위법 여부에 관하여

가) 2007년 법인세 관련 가산세, 2007년 1기분, 2기분, 2008년 1기분 각 부가가치세 관련 가산세에 대한 절차적 하자

하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 판결 참조).

살피건대, 갑 제1호증의 1, 갑 제1호증의 5 내지 7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 피고가 2007 사업년도 법인세 관련 가산세, 2007년 1기분, 2기분, 2008년 1기분 각 부가가치세 관련 각 가산세를 부과함에 있어 납세고지서에 가산세의 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하지 아니한 사실이 인정되므로, 2007 사업년도 법인세 관련 가산세 353,683,583원의 부과처분 중 원고가 인정하는 8,244,333원을 초과하는 부분, 2007년 1기분 부가가치세 관련 가산세 2,183,081원의 부과처분 전부, 2007년 2기분 부가가치세 관련 가산세 160,884,925원의 부과처분 전부, 2008년 1기분 부가가치세 관련 가산세 23,291,192원의 부과처분 전부가 취소되어야 한다.

나) 실체적 하자

(1) 손금산입 및 매입세액 공제가 제대로 되지 않고 부과된 2007 사업년도 법인세 및 2007년 1기, 2기분 부가가치세 관련 가산세 관련

2007 사업년도 법인세 관련 가산세 및 2007년 1기, 2기분 각 부가가치세 관련 가산세 부과처분 중 앞서 1)항에서 본 바와 같이 이 사건 용역비가 손금에 산입되지 않고 매입세액에서도 제외되어 계산된 법인세 및 부가가치세와 관련된 부분은 위법하여 취소되어야 함은 위 1)항에서 본 바와 같다.

(2) 용역을 공급받지 않고 세금계산서를 발급받은 것을 이유로 부과된 2008년 1기분부터 2010년 2기분 부가가치세와 관련한 가산세 관련

구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항 제3호는 ⁠‘사업자가 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다’라고 규정하고 있다.

살피건대, 원고가 JJ건설과 KKK으로부터 파주공장 시설공사의 일부를 하도급받아 이 사건 하도급업체에게 위 공사의 일부를 재하도급주고 공사비를 지급한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 이 사건 하도급업체에게 공사비를 부풀려 지급하였다고 하더라도, 원고가 이 사건 하도급업체로부터 발급받은 세금계산서가 용역을 공급받지 아니하고 발급받은 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 위 세금계산서 발급과 관련한 가산세에 관하여는 재화나 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에 관한 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것, 이하 이 목차에서 같다) 제22조 제3항 제3호(가산세율 2/100)가 아니라 공급가액을 과다하게 적어 신고한 경우에 관한 구 부가가치세법 제22조 제5항 제3호(가산세율 1/100)가 적용되어야 하는 것이므로, 원고의 위 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

따라서, 2008년 1기분 부가가치세 관련 가산세 23,291,192원의 부과처분 중 19,940,445원을 초과하는 부분, 2008년 2기분 부가가치세 관련 가산세 61,838,860원의 부과처분 중 53,268,868원을 초과하는 부분, 2009년 1기분 부가가치세 관련 가산세 35,332,560원의 부과처분 중 29,861,746원을 초과하는 부분, 2009년 2기분 부가가치세 관련 가산세 49,385,860원의 부과처분 중 41,106,065원을 초과하는 부분, 2010년 1기분 부가가치세 관련 가산세 24,565,000원의 부과처분 중 20,025,871원을 초과하는 부분, 2010년 2기분 부가가치세 관련 가산세 16,436,870원의 부과처분 중 12,994,271원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4) 소결

결국, 위에서 본 바와 같은 위법사유를 종합하면 피고가 원고에 대하여 ①2012. 10. 2. 한 2007 사업연도 법인세 606,415,917원의 부과처분 중 원고가 인정하는 13,915,924원을 초과하는 부분, 2007 사업연도 법인세 관련 가산세 353,683,583원의 부과처분 중 원고가 인정하는 8,244,333원을 초과하는 부분, 2007년 1기분 부가가치세 4,397,620원(가산세 2,183,081원 포함)의 부과처분 전부, 2007년 2기분 부가가치세 389,384,930원(가산세 160,884,925원 포함)의 부과처분 전부, 2008년 1기분 부가가치세 관련 가산세 23,291,192원의 부과처분 전부, ② 2013. 11. 7. 한 2008년 2기분 부가가치세 관련 가산세 61,838,860원의 부과처분 중 53,268,868원을 초과하는 부분, 2009년 1기분 부가가치세 관련 가산세 35,332,560원의 부과처분 중 29,861,746원을 초과하는 부분, 2009년 2기분 부가가치세 관련 가산세 49,385,860원의 부과처분 중 41,106,065원을 초과하는 부분, 2010년 1기분 부가가치세 관련 가산세 24,565,000원의 부과처분 중 20,025,871원을 초과하는 부분, 2010년 2기분 부가가치세 관련 가산세 16,436,870원의 부과처분 중 12,994,271원을 초과하는 부분은 각 위법하여 취소되어야 하며, 이를 넘는 원고의 나머지 청구는 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고와 피고의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 만일, 이 사건 사업의 주체인 EEE의 비용(손금)으로 인정되어야 한다면, 원고는 EEE 대신 비용을 대납한 것이므로 사후에 EEE에게 구상할 수 있을 것이며, 그 경우 원고의 비용 지출 및 회수는 EEE에 대한 구상금채권(자산) 취득 및 소멸로 회계처리될 것이다.

2)  피고는 이 사건 처분을 함에 있어 BB은행에 대한 30,000,000원에 대하여는 이미 원고의 손금으로 인정하였다.

3)  원고가 금융기관에게 지급한 수수료는 총 2,355,000,000원으로 원고의 대출원금 350억 원의 6.72%에 달한다. 이에 비하여, 원고가 CCC로부터 100쪽에 달하는 보고서(갑 제7호증)를 받고 지급한 수수료는 45,000,000원, EEE가 금융기관들에게 지급한 대출취급수수료는 대출원금 320억 원의 4.5%(갑제20호증의 1 6.1항 참조)인 1,440,000,000원이다. 결국, 원고와 EEE가 이 사건 사업을 위하여 금융기관에게 지급한 수수료는 총 3,795,000,000,000원에 달한다.

4) 위 판결은 시장정비사업을 추진하던 원고가 대상 토지의 75.6%를 소유하는 법인의 주식을 인수하기 위하여 지급한 컨설팅비용 25억 원을 매입세액으로 공제할 수 있는지가 문제되었는데, 대법원은 원고가 시장정비사업을 추진하기 위하여는 위 법인의 주식을 인수할 필요성이 있다는 등의 사정을 고려하여 사업관련성을 인정하고 위 컨설팅 비용 전액을 매입세액으로 공제하여야 한다고 판시하였다.

출처 : 서울고등법원 2015. 07. 21. 선고 서울고등법원 2014누73069 판결 | 국세법령정보시스템