연구개발 재위탁 및 전담부서 미보유 여부와 세액공제 인정기준

요지

연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였다면, 수탁업체들이 다른 업체들(재수탁업체)에게 다시 연구개발용역을 의뢰하였다고 하더라도 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고, 위탁에 따른 비용은 세액공제대상이다

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고 영등포세무서장이 2011. 2. 11. 원고 AA증권 주식회사에 대하여 한 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원, 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분을 취소한다.

3. 피고 남대문세무서장이 2011. 12. 5. 원고 BBB조합중앙회에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분을 취소한다.

4. 소송총비용 중 원고 AA증권 주식회사와 피고 영등포세무서장 사이에서 생긴 부분은 피고 영등포세무서장이 부담하고, 원고 BBB조합중앙회와 피고 남대문세무서장 사이에서 생긴 부분은 피고 남대문세무서장이 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같은 판결(원고 CC생명보험 주식회사, DDD손해보험 주식회사, EE생명보험 주식회사, FFF은행 주식회사는 소를 취하하였으므로, 위 원고들의 항소에 대하여는 판단하지 아니한다).

이 유

1. 처분의 경위

 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제l심 판결 이유의 헤딩 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

 가. 당사자들의 주정

 1) 원고들

 연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였디면, 수탁업체들이 다른 업체들(이하 "재수탁업체들"이라 한다)에게 다시 연구개발용역을 의뢰하였다고 하더라도(이하 "위탁"과 구별되는 의미로 "재위탁"이라 한다), 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고, 위탁에 따른 비용은 세액공제대상이다.

 2) 피고들

 가) 원고들과 용역위탁계약을 체결한 수탁업체들이 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체들에게 재위탁한 부분은 구 조세특례제한법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19811호로 개정되기 전의 것, 이하 "구 조특법 시행령"이라 한다) 제9조 제2항, ⁠[별표 6] 제1호 나목에 규정한 "위탁"에 해당하지 않고(도급 또는 매매에 해당할 뿐이다), 위와 같이 재수탁업체들에게 의뢰한 연구개발용역에 관한 비용은 세액공제대상이 아니다.

 나) 재수탁업체들에 대한 연구개발용역에 관한 비용이 세액공제대상이라 하더라도 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체들에게 지급된 비용은 세액공제대상이 아니다.

 나. 관계 법령

 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 이유의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

 다. 쟁점별 판단

 (1) "위탁"의 의미와 법적 형식

 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 게정되기 전의 것, 이하 "구 조특법"이라 한다) 제10조에서 규정하고 있는 연구·인력개발비 세액공제 제도는 각종 연구기관, 연구개발서비스업을 영위하는 기업이나 단체 및 기업의 연구개발전담부서 등에 의한 기술인력개발을 장려할 목적에서 그 대가로 지급되는 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데에 취지가 있으므로, 위와 같이 일정한 자격을 갖춘 연구기관 등의 연구 및 인력개발에 소요된 비용만을 세액 공제의 대상으로 삼아야 할 것이다.

 이렇게 볼 때, 구 조특법 시행령 제9조 제2항 ⁠[별표 6]에서 세액공제의 대상으로 열거한 비용 중 1호 나목 ①에서 규정하는 "위탁"이라 함은 그 아래 ㉮에서 ㉷까지 열거하는 대학, 연구기관 또는 기업 등에게 기술개발용역을 의뢰하는 것을 가리키고, 이 때 체결되는 연구개발용역계약은 개개의 약정에 의하여 그 내용이 결정될 것이지만 연구개발이 가지는 특성상 일의 완성을 목적으로 심기 어려운 면에서 대체로 위임계약에 유사할 성질을 가질 것이지만 목표로 삼은 기술개발의 성취를 지향하는 면에서 도급의 성질도 아울러 가지는 일종의 무명계약의 형태를 취할 가능성이 크다.

 따라서 그 연구개발용역계약서에 도급 또는 매매 등의 법률용어를 사용하였다고 할지라도 그 전체적 취지가 앞서 본 기술개발용역을 의뢰하는 것이라면 그 대가로 지급되는 비용은 여전히 구 조특법 제10조 소정의 세액공제의 대상이 되는 연구·인력개발비에 해당한다고 할 것이다.

 (2) 재위탁과 세액공제의 범위

 (가) "위탁"에 "재위탁"이 포함되는지 여부

 우선 원고들과 수탁업체들 시이에서 체결된 계약이 구 조특법 시행령 제9조 제2항, ⁠[별표 6] 제1호 나목에 규정한 "위탁"에 해당함은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 비록 수탁업체들이 재수탁업체들에게 연구개발용역을 의뢰하며 체결한 계약서가 제출되지 않아 재위탁의 계약 내용을 명확히 확정할 수는 없으나, 재수탁업체들이 수행한 연구개발용역의 내용과 결과, 앞서 본 "위탁"의 의미 등에 비추어 그 계약 형식이 도급 등의 형식을 취하고 있다고 하더라도 재위탁은 위 별표의 위탁과 동일한 형태의 계약이었다고 판단된다.

 한편 세액공제의 대상이 되는 비용은 위 별표에서 열거하고 있는 대학, 기관 또는 기업 등에게 지급된 비용으로서 위탁에 따른 것이어야 하므로 만일 수탁업체들이 위탁받은 연구개발용역의 일정부분을 재수탁업체들에게 재위탁함으로 인하여 발생한 비용도 여기에서 말하는 세액공제의 대상이 되는 '위탁함에 따른 비용'이 되는지가 여전히 문제로 된다.

 살피건대, 원만한 기술개발을 위해서는 여러 분야의 전문가로부터 기술적 지원을 받을 필요가 당연히 생길 뿐만 아니라 굳이 다른 전문가의 협력을 배제하여야 할 아무런 이유가 없으므로 연구개발용역계약의 경우에 재위탁의 길을 폭 넓게 열 필요가 있고 이 점은 연구개발을 위한 세액공제제도에서도 적극 장려할 사항이므로 재위탁을 포함한다는 명문의 규정이 존재하는지 여부에 관계없이 "위탁"의 개념 속에 "재위탁"도 당연히 포함된다고 해석하여야 할 것이다(이 점에서 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 구 조특법 시행령을 개정하면서[별표 6] 1호의 나목을 개정하면서 '위탁(재위탁을 포함한다)'라고 규정한 것은 단지 주의적인 의미를 가질 뿐 위탁의 범위에 재위탁을 새롭게 포함시키는 창설적 개정은 아니라고 보인다. 다만, 제1차적 연구개발용역계약의 상대방 측 수탁자가 위 별표에서 열거하고 있는 기관이나 기업에 해당하지 않는다고 할지라도 그로부터 재위탁받은 자가 그 자격요건을 갖춘 기관이나 기업이라면 그 재수탁자에게 지출되는 연구개발비용 역시 여기서 말하는 세액공제의 대상이 되는 연구개발비에 해당하는지 여부가 문제될 수 있는데, 이 경우에도 세액공제의 대상이 됨을 밝히는 의미를 가질 수 있다.

 (나) 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 않은 경우 세액공제대상에 해당하는지 여부

 앞서 본 법리에 위 인정사실에 의해 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있지 않은 경우에도 세액공제 대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

 ① 이 사건 규정은 "국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용"이라고 규정하고 있는바, 문언 해석상 원고가 지출한 비용이 "국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에" 기술개발용역을 "위탁"함에 따른 비용에 해당하기만 하면 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는 것이므로, 수틱엮체(국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서)는 수탁받은 연구개발용역을 모두 자신의 전담부서에서 수행할 필요는 없고, 전담부서 외의 다른 부서 또는 재수탁업체(전담부서 보유 불문)로 하여금 수행하게 할 수 있다.

 ② 대규모 전산개발용역의 경우 개발 시스템을 통합 연결하는 것이 개발의 핵심적인 요소라 할 것이고, 수탁업체는 원고에 대하여 계약이행책임, 하자보수책임, 이행지체책임, 유지보수책임, 손해배상책임 등 직접 계약상의 의무를 부담하는 등 수탁업체의 역할과 책임이 중요하므로, 이 사건 규정은 수탁업체의 전담부서 보유를 연구개발비 세액공제의 요건으로 정하고 있다. 반면, 재수탁업체는 원고들에 대하여 직접적으로 아무런 책임을 부담하지 않고, 수탁업체가 원고들에 대하여 최종적인 책임을 부담하므로, 연구개발비 세액공제에 있어서 재수탁업체까지 전담부서를 보유해야 할 필요는 없어 보인다(이는 수탁업체가 전담부서 외의 다른 부서로 하여금 연구개발용역 일부를 수행하게 하는 것과 마찬기지이다).

 ③ 용역수행의 결과물이 연구개발용역에 해당하고, 그 연구개발용역이 전담부서를 보유한 수탁업체와의 위탁 계약에 따라 수탁업체의 계산과 책임하에 이루어졌다면, 연구개발비 세액공제 규정의 입법 취지에 어긋나지 않는다고 할 수 있고, 수탁업체가 이를 전담부서를 보유하지 않은 제3자에게 재위탁하였다고 하여 위탁자인 원고들이 연구개발비 세액공제 규정을 악용하였다고 보기는 어렵다.

 ④ 한편 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 제1호 나목은 이 사건 규정 중 "국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서" 부분을 "국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)"으로 개정하여 재수탁업체의 비전담부서에서 수행한 연구개발용역에 관한 비용을 명시적으로 세액공제 대상에서 배제하였다(위 개정 규정은 2013. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용된다).

 (3) 소결

 따라서 원고들이 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용은 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 세액공제대상이므로, 이 사건 각 처분은 모두 위법하다.

3. 결 론

 그렇다면 원고들의 이 사건 각 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2014. 07. 22. 선고 서울고등법원 2013누24787 판결 | 국세법령정보시스템