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양도소득세 산정 시 등기접수일 기준의 정당성 및 공제·가액 산정

서울행정법원 2014구단987
판결 요약
소득세법령에 따라 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 완료한 경우에는 등기접수일을 양도시기로 본다는 원칙이 확인되었습니다. 또한, 사업용 토지에 대한 장기보유특별공제는 사실상 사업용임을 입증하는 명확한 증거가 없으면 제한되고, 자산의 양도가액도 실질거래일 및 대금지급 기준에 따라 판단해야 함을 판시하였습니다. 이로써 양도소득세 등 관련 처분의 기준과 절차상 쟁점이 명확히 정리되었습니다.
#양도소득세 #부동산등기 #등기접수일 #양도시기 #대금청산
질의 응답
1. 부동산 매매에서 대금청산 전에 소유권이전등기를 한 경우 양도시기는 언제로 보나요?
답변
소득세법 시행령에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 완료한 경우 등기접수일을 양도시기로 판단하도록 명시하고 있으므로 등기접수일이 양도시기입니다.
근거
서울행정법원-2014-구단-987 판결은 소득세법령에 따라 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 양도시기로 본다고 명백히 판시하였습니다.
2. 비사업용 토지 장기보유특별공제 적용 요건은 무엇인가요?
답변
실질적으로 사업에 직접 이용된 사실을 객관적 증거로 충분히 입증해야 하며, 지목만 임야 등으로 등재되어 있다면 장기보유특별공제를 인정받기 어렵습니다.
근거
서울행정법원-2014-구단-987 판결은 임야 현황 및 주변상황만으로 사업용 토지임이 충분히 인정되지 않는다고 보아 장기보유특별공제를 적용받을 수 없음을 명확히 하였습니다.
3. 토지 양도일이 2006년 12월 31일 이전으로 주장되면 기준시가로 양도가액을 산정할 수 있나요?
답변
계약 체결 자체만으로 유상양도가 완성된 것이 아니라 대금 지급 등 실질적으로 소유권 이전이 이뤄진 시기가 중요한 기준이며, 사회통념상 대금지급이 이행되어야 양도일로 봅니다.
근거
서울행정법원-2014-구단-987 판결은 단순 계약일이나 명의이전이 아닌, 실질적인 대금지급이 이뤄진 때를 유상양도일로 본다고 판시하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다.

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형사범죄 가족·이혼·상속 민사·계약
판결 전문

요지

소득세법령에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 양도시기로 한다고 명백히 규정하고 있는 이상 이에 따른 이 사건 처분은 정당함.AAAAA

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건 2014구단987 양도소득세부과처분취소

원 고 AAA

피 고 서초세무서장

변 론 종 결 2014. 5. 1.

판 결 선 고 2014. 5. 15.

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2013. 5. 1. 원고에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOOO원 및 가산세

OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분을 취소한다.

이유

1. 처분 경위

가. 원고는 1994. 7. 25. BBB CCC 산 O 임야 OOO㎡(이하 ⁠‘이 사건 임야’)를

부동산강제경매절차에서 취득한 후 2006. 12. 15. DD산업주식회사(이하 ⁠‘DD

산업’)에 이를 OOOO원에 양도하고 2011. 12. 9. 그 소유권이전등기를 마쳐주었고,

2012. 8. 1. 피고에게 양도일을 2012. 6. 1.로, 양도가액을 OOOO원으로, 취득

가액을 환산가액 OOOO으로, 장기보유특별공제액을 OOOO원으로 각 산정하여

 2012년 귀속 양도소득세 명목으로 OOOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 피고는 2013. 5. 1. 이 사건 임야의 양도일을 소유권이전등기일자로 보고, 취득가

액을 낙찰가액인 OOOO원으로 본 다음, 위 임야가 비사업용 토지에 해당하여 장기

보유특별공제가 적용되지 않음을 전제로 가산세 OOOO원을 포함한 2011년 귀속

양도소득세 OOOO원의 부과처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’)을 하였다.

다. 원고는 2013. 7. 29. 이에 불복하여 심판청구를 하였으나, 2013. 10. 15. 조세심

판원으로부터 기각결정을 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 9호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1

호증, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① 소득세법상 자산의 양도시점은 원칙적으로 해당 자산의 대금을 청산한 날이라고

규정되어 있고 시행령 규정은 그 예외에 불과하므로, 원고가 DD산업과의 대금 청산 이 완료된 때를 기준으로 양도소득세 신고·납부를 한 것은 정당하다. 이 사건 임야에

관한 소유권이전등기가 마쳐진 날을 기준으로 양도차익을 산정하고 납부불성실 등으로

인한 가산세까지 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

② 원고는 이 사건 임야 취득 후 공장용지로 사용하기 위하여 묘지이장 공고와 이

장비 지급 등 절차를 진행하여 DD산업과 함께 2009. 6. 5. BBB로부터 공장신설변

경 및 형질변경허가를 받았고, 이후 DD산업이 위 임야를 공장용지로 실제 이용한 바

있으므로, 이 사건 임야는 사업용 토지로서 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

③ 소득세법상 자산을 2006. 12. 31.까지 양도하는 경우 그 자산의 양도가액은 실지

거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 산정하도록 하고 있고, 원고가 DD산업에 이 사

건 임야를 양도한 시점은 2006. 12. 15.이므로, 기준시가가 아닌 낙찰가액을 기준으로

취득가액을 산정한 것은 위법하다.

나. 판단

(1) ①주장에 대한 판단

소득세법 제98조에 의하면, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령

령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날을 자산의 취득시기 및 양도시기로 하여 양도차익을 산정한다. 시행령 제162조 제1항 제1호에서는 이를 구

체화하여 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우 등기부·등록부 또는 명부

등에 기재된 등기·등록접수일 등을 양도 또는 취득시기로 규정하고 있다.

앞서 본 각 증거에 의하면, 원고가 DD산업을 상대로 매매대금 지급 지체로 인한

지연손해금 등 OOOO원의 지급을 구하는 민사소송을 제기하여 2012. 4. 30.

EEE지방법원 2012가단8017호로 조정이 성립된 사실이 인정되어, 그 무렵 원고와

DD산업 사이에 이 사건 임야에 관한 매매대금 청산이 완료된 것으로 보이나, 위

소득세법령에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된

등기접수일을 양도시기로 한다고 명백히 규정하고 있는 이상 이에 따른 이 사건

처분은 정당하고, 위 문언 내용에 반하는 법리를 전제로 한 원고 주장은 모두 이유 없다.

(2) ②주장에 대한 판단

소득세법 제104조의3 제1항 제2호는 양도소득세 부과시 농지, 임야 등 비사업용

토지에 대하여 원칙적으로 장기보유특별공제를 부인하되, 산림유전자원보호림 기타 공

익을 위하여 필요하거나 산림의 보호·육성을 위하여 필요한 임야, 대통령령이 정하는

바에 따라 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야, 토지의 소유자, 소재지, 이용 상

황, 보유기간 및 면적 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만

한 상당한 이유가 있는 임야 등을 비사업용 토지에서 제외하고 있다. 시행령 제168조

의7에서는 농지, 임야 등의 판정은 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의

현황에 의하되, 사실상 현황이 분명하지 않을 경우 공부상 등재현황에 의한다고 규정

한다.

그런데 갑 제3호증 내지 제8호증, 갑 제10호증 내지 제12호증 각 기재에 의하여

인정되는 사정, 즉 원고가 2008. 12.부터 2009. 3.까지 이 사건 임야 소재 묘지의

 이장을 추진하였고, 위 임야에 대하여 DD산업 매각 후 2009. 6. 5. 공장신설변경

승인이이루어졌으며, 그 주변 임야에 골재, 모래 등이 적치되어 있었다는 사정

등만으로는 이 사건 임야가 소득세법령에서 규정하는 비사업용 토지에서 제외되는

경우에 해당한다고 인정하기에는 부족하고, 달리 그와 같이 볼 만한 아무런 증거가

없으며, 여전히 공부상 그 지목이 임야로 등재되어 있을 뿐이므로, 이를 장기보유

특별공제 대상으로 볼 수 없다. 같은 논지의 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 이 부분 원고 주장도 이유 없다.

(3) ③주장에 대한 판단

소득세법 제96조에서 자산의 양도가액은 실지거래가액에 의하되, 자산 양도가

2006. 12. 31.까지 이루어진 경우 양도 당시의 기준시가에 따르도록 하고 있다.

그런데 소득세법상 양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환,

법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을

말하고, 앞서 본 소득세법 제98조 등 규정은 위와 같은 자산의 유상양도가 이루어진

것을 전제로 그 양도차익 계산에 관한 양도나 취득의 시기를 의제하는 규정일

뿐이므로, 토지 매매의 경우 그 토지의 대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼 만한

정도의 대금지급이 이행되어야만유상양도로 볼 수 있다(대법원 1989. 7. 11. 선고

88누8609 판결 등 참조).

그렇다면, 원고가 2006. 12. 15. DD산업에 이 사건 임야를 매도하는 내용의 매매

계약을 체결한 것만으로 그 유상양도가 이루어졌다고 볼 수 없고, 오히려 앞서 본 증

거 일체에 의하면 DD산업이 2010. 1. 26. 위 임야에 관한 매매잔대금 상당액을 공탁

한 후 원고를 상대로 그 소유권이전등기소송을 제기하여 2011. 11. 24. 대법원의 최종

판결에 따라 2011. 12. 9. 등기를 마친 사실이 인정될 뿐이므로, 이 사건 임야에 관한

잔대금이 공탁된 이후 비로소 그 유상양도가 있었다고 봐야 한다. 따라서 피고가 실지

거래가액에 상당한 낙찰가액을 기준으로 이 사건 임야에 관한 양도가액을 산정한 것은

정당하고, 위 임야 양도가 2006. 12. 31. 이전에 이루어졌음을 전제로 한 이 부분 원고

주장도 이유 없다.

3. 결론

원고 청구는 이유 없어 이를 기각한다.

출처 : 서울행정법원 2014. 05. 15. 선고 서울행정법원 2014구단987 판결 | 국세법령정보시스템