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주거지역 편입 후 3년 경과 자경농지 양도소득세 감면 불인정

2011구단19256
판결 요약
원고는 성남시 소재 농지를 8년 이상 자경하였다며 자경농지 양도소득세 감면을 주장하였으나, 해당 토지는 개발사업 시행 이전에 이미 주거지역으로 편입되었고, 편입 후 3년이 지난 시점에 양도되었습니다. 조세특례제한법 및 시행령·시행규칙에 따르면 개발사업 시행으로 인해 주거지역에 편입된 농지이면서 사업시행자의 책임 있는 보상 지연이 있는 경우에만 3년 경과 후 감면이 허용되는데, 이 사건 토지는 이에 해당하지 않는다고 보아 감면요건 불충족으로 처분의 적법성이 인정되었습니다. 또한 주거지역 편입 이전까지의 소득에 대한 부분 감면 주장도, 본문 요건을 충족하지 못해 단서 규정이 적용되지 않는다는 이유로 배척되었습니다.
#자경농지 양도소득세 감면 #8년 자경농지 요건 #주거지역 편입 3년 이내 양도 #개발사업 시행 편입 농지 #한국토지공사 토지보상 세금
질의 응답
1. 8년 이상 자경한 농지가 주거지역으로 편입된 뒤 3년이 지난 후 양도되면 양도소득세 감면을 받을 수 있나요?
답변
조세특례제한법상 8년 이상 자경농지라 하더라도, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역으로 편입된 날부터 3년 이내에 양도하지 않으면 원칙적으로 양도소득세 감면을 받기 어렵습니다. 3년이 경과한 경우에는 감면이 인정되는 예외에 해당해야 합니다.
근거
서울행정법원 2011구단19256 판결은 조세특례제한법 제69조 제1항 및 시행령 제66조 제4항을 종합하여, 주거지역 편입 후 3년 이내 양도가 자경농지 감면의 기본요건이라고 보았고, 이를 충족하지 못한 이 사건 토지는 감면대상이 아니라고 판단하였습니다.
2. 개발사업으로 농지가 주거지역에 편입되고 사업시행자의 보상 지연이 있으면 3년이 지나도 자경농지 양도소득세 감면이 되나요?
답변
개발사업의 시행으로 농지가 주거지역에 편입되고, 사업 또는 보상 지연의 책임이 사업시행자에게 있는 경우에는, 편입일로부터 3년이 지나 양도하더라도 자경농지 양도소득세 감면이 가능합니다. 다만 이 예외는 편입 자체가 개발사업 시행으로 인한 경우에만 적용됩니다.
근거
서울행정법원 2011구단19256 판결은 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목 및 시행규칙 제27조 제5항을 근거로, 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지이고 사업시행자 책임의 지연이 인정되는 경우에 한해 3년 경과 후에도 감면이 가능하다고 판시하면서, 이 사건 토지는 개발사업 이전에 이미 주거지역에 편입된 점을 들어 예외 적용을 부정하였습니다.
3. 개발사업 시행 전 이미 주거지역으로 지정된 농지를 나중에 공공기관이 수용·보상하는 경우에도 3년 경과 예외 감면을 받을 수 있나요?
답변
농지가 개발사업 시행 전부터 주거지역으로 지정되어 있었다면, 이후 공공기관이 토지를 매수·보상하더라도 이를 이유로 3년 경과 후 자경농지 감면 예외를 적용받기는 어렵습니다. 예외는 편입이 개발사업으로 인해 이루어진 경우에 한정됩니다.
근거
서울행정법원 2011구단19256 판결은 이 사건 토지가 2005. 6. 27. 이미 주거지역에 편입된 뒤에 택지개발예정지구로 지정된 사실을 들어, 개발사업 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지가 아니라고 보았고, 따라서 사업시행자의 보상 지연을 이유로 한 3년 경과 후 감면 주장을 배척하였습니다.
4. 주거지역으로 편입된 자경농지를 3년이 지난 후 팔면, 편입일 이전까지 발생한 소득에 대해서라도 일부 양도소득세 감면이 가능한가요?
답변
조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 주거지역 편입일 이전까지의 소득 일부 감면을 규정하고 있으나, 이는 어디까지나 자경농지가 본문상의 감면요건을 충족하는 경우에 감면 범위를 정하는 규정입니다. 본문 요건을 충족하지 못한 경우에는 단서에 따른 부분 감면도 인정되기 어렵습니다.
근거
서울행정법원 2011구단19256 판결은 조세특례제한법 제69조 제1항 단서가 자경농지에 대한 감면요건을 갖춘 경우 감면세액 범위를 정한 규정이라 해석하였고, 이 사건 토지는 본문 요건을 충족하지 못하므로 단서 규정에 따른 일부 감면 주장도 이유 없다고 판시하였습니다.
5. 자경농지 양도소득세 감면을 받으려면 ‘개발사업의 시행으로 주거지역에 편입된 농지’ 요건은 어떻게 판단되나요?
답변
해당 농지가 주거지역으로 지정·편입된 원인이 실제로 개발사업 시행에 따른 것인지를 기준으로 판단됩니다. 먼저 주거지역으로 지정된 후 그 일대가 나중에 택지개발지구 등으로 지정된 경우에는, 통상 개발사업 시행으로 인한 편입으로 보지 않아 예외 감면요건을 충족하지 못할 수 있습니다.
근거
서울행정법원 2011구단19256 판결은 이 사건 토지가 2005. 6. 27. 제1종 일반주거지역으로 지정된 후, 2006. 7. 21. 택지개발예정지구로 지정된 사실을 인정하면서, 토지가 개발사업 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 것이 아니다라고 보아 예외 감면요건 불충족을 이유로 감면을 부정하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다.

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판결 전문

양도소득세부과처분취소

 ⁠[서울행정법원 2012. 3. 6. 선고 2011구단19256 판결]

【전문】

【원 고】

【피 고】

송파세무서장

【변론종결】

2012. 2. 7.

【주 문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】

피고가 2010. 12. 1. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 138,860,660원의 부과처분을 취소한다.

【이 유】

1. 처분의 경위
 
가.  원고는 1993. 5. 4. 성남시 ⁠(주소 2 생략) 전 2,092㎡ 중 826.45/2109지분, 위 창곡동 ⁠(주소 3 생략) 전 10㎡ 중 826.45/2109지분, 위 창곡동 ⁠(주소 4 생략) 전 4㎡ 중 826.45/2109지분, 위 창곡동 ⁠(주소 5 생략) 전 3㎡ 중 826.45/2109지분(이하 위 각 토지를 합쳐 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2009. 3. 6. 한국토지공사에 이 사건 토지를 양도하였다.
 
나.  원고는 2009. 5. 27. 피고에게, 이 사건 토지가 8년 이상 자경농지로서 조세특례제한법 제69조의 감면대상에 해당한다고 하면서 2억 원의 세액감면을 적용하여, 양도소득세 78,525,390원을 예정·신고하였다.
 
다.  그러나 피고는 2010. 12. 1. 원고에 대하여, 이 사건 토지가 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지나 양도되어 자경농지 감면대상이 아니라고 보아 자경농지에 대한 세액감면을 하지 않고 2009년 귀속 양도소득세 138,860,660원을 경정 결정·고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 
2.  처분의 적법 여부 
가.  원고의 주장
원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다. 즉,
① 원고는 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였고, 또 이 사건 토지가 주거지역으로 편입된 후 3년이 지나 양도된 것은 사업시행자인 한국토지공사가 토지보상을 지연시킴으로 인한 것이므로 이러한 경우에는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 및 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제5항의 규정에 의하여 주거지역 편입일로부터 3년이 경과하였더라도 양도소득세 감면대상이 된다.
② 아니라 하더라도 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 의하여 주거지역 편입일 이전까지의 소득에 대하여는 일부라도 감면되어야 한다.
 
나.  관계법령
별지 관계법령 기재와 같다.
 
다.  인정사실
 ⁠(1) 원고는 1993. 5. 4. 이 사건 토지를 취득하여 이를 보유하다가, 2009. 3. 6. 한국토지공사에게 이 사건 토지를 양도하였다.
 ⁠(2) 이 사건 토지가 포함되어 있는 성남시 수정구 ⁠(주소 1 생략) 일대는 2005. 6. 27. 제1종 일반주거지역으로 지정고시(경기도 고시 제2005-202호)되었고, 2006. 7. 21. 송파거여택지개발예정지구로 지정고시(건설교통부고시 제2006-272호)되었으며, 그 후 2008. 8. 5. 위례택지개발예정지구로 변경(국토해양부 고지 제2008-393호)되었다.
 ⁠(3) 송파거여택지개발예정지구는 송파구 ⁠(주소 6 생략), ⁠(주소 7 생략), 성남시 ⁠(주소 1 생략), ⁠(주소 8 생략), 하남시 ⁠(주소 9 생략), ⁠(주소 10 생략) 일원으로 면적은 6,768,000㎡이다.
[인정근거] 위 증거들, 갑 제3호증, 을 제2, 4 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 
라.  판단
 ⁠(1) 위 ① 주장(한도액 전액 감면 주장)에 대하여
조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항, 같은 법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제4항 제1호 나목, 같은 법 시행규칙(2010. 4. 20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것) 제27조 제5항의 규정을 종합하면, 8년 이상 자경농지로서 양도소득세를 감면받기 위해서는 ⁠‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률’에 의한 주거지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년 이내에 양도하여야 하고, 다만 ⁠‘개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지’로서 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에 있다고 인정되는 경우에는 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 대하여도 양도소득세를 감면받을 수 있다.
이 사건에서 이 사건 토지가 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조 소정의 감면요건을 갖추었는지에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 토지는 개발사업이 시행되기 전인 2005. 6. 27. 주거지역에 편입되었고, 그로부터 3년이 지난 2009. 3. 6. 양도되었으며, 또 이 사건 토지가 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 것도 아니므로, 이 사건 토지는 조세특례제한법 및 같은 법 시행령 소정의 감면요건을 갖추었다고 할 수 없다.
따라서 원고의 이 부분 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.
 ⁠(2) 위 ② 주장(양도소득세 일부 감면 주장)에 대하여
조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 의하면, 주거지역에 편입된 자경농지의 경우 주거지역에 편입된 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있으나, 위 규정은 주거지역에 편입된 농지가 조세특례제한법 제69조 제1항 본문 소정의 자경농지에 대한 감면요건을 갖춘 경우에 그 감면되는 세액의 범위에 관하여 정하고 있는 것으로서, 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지가 자경농지에 대한 감면요건을 갖추지 못하여 위 단서 규정이 적용되지 않는다 할 것이다.
따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 
마.  소결론
따라서 원고가 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 갖추었다고 할 수 없으므로, 이와 같이 보고 한 이 사건 처분은 적법하다.
 
3.  결론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[관계 법령 생략]

판사 최호식

출처 : 서울행정법원 2012. 03. 06. 선고 2011구단19256 판결 | 사법정보공개포털 판례