법인으로 보는 단체 승인 전 부동산 양도 시 양도소득세 의무

서울행정법원 2012구단3821
판결 요약
국세기본법 제13조 제2항상의 법인으로 보는 단체가 되려면 관할 세무서장에게 승인 신청을 하고 승인을 받아야 합니다. 이 사건에서 종교단체인 원고는 부동산을 양도한 후에야 위 승인을 받았으므로, 양도 시점에는 여전히 소득세법상 거주자(개인)로 보아 양도소득세 납부의무가 있다고 판단하였습니다. 또한 과거 개인사업자로 사업자등록을 하게 된 것이 세무공무원의 행정지도 때문이라며 신의성실 원칙을 주장하였으나, 세무공무원에게 법인으로 보는 단체 승인 신청까지 적극 안내할 의무가 있다고 보기 어렵고, 관련 절차를 거쳤다는 증거도 없어 받아들여지지 않았습니다. 결국 과세관청의 양도소득세 부과(경정청구 거부) 처분은 적법하다고 보아 취소 청구를 기각하였습니다.
#법인으로 보는 단체 #국세기본법 제13조 제2항 #비영리단체 양도소득세 #종교단체 부동산 양도세 #단체 법인격 세무
질의 응답
1. 법인으로 보는 단체 승인을 받기 전에 부동산을 양도하면 양도소득세를 내야 하나요?
답변
부동산을 양도한 이후에야 법인으로 보는 단체 승인을 받은 경우, 양도 당시에는 여전히 소득세법상 거주자로 보아 양도소득세 납부 의무가 있다고 판시하였습니다.
근거
서울행정법원 2012구단3821 사건은 종교단체인 원고가 2010. 5. 25. 부동산을 양도한 뒤 2010. 6. 24. 국세기본법 제13조 제2항의 법인으로 보는 단체 승인을 받은 사안에서, 승인 전 양도분에 대해서는 여전히 개인 거주자로서 양도소득세 납부 의무가 있다고 보아 경정청구 거부처분을 적법하다고 판단하였습니다.
2. 법인으로 보는 단체 승인일과 부동산 양도일 중 어느 시점을 기준으로 과세 형태가 결정되나요?
답변
이 판결은 부동산 양도 시점에 이미 법인으로 보는 단체 승인을 받고 있어야 법인으로 과세될 여지가 있고, 양도 후에 받은 승인은 소급하여 양도소득세 납세의무를 부정할 수 없다고 보았습니다.
근거
서울행정법원 2012구단3821 사건에서 법원은 원고가 2010. 5. 25. 부동산을 양도한 뒤 2010. 6. 24.에야 국세기본법 제13조 제2항 단체 승인을 받은 사실을 인정하고, 이 사건 부동산 양도 당시에는 여전히 소득세법상 거주자에 해당하므로 양도소득세 납부 의무가 있다고 판시하였습니다.
3. 법인으로 보는 단체 승인은 어떤 절차를 거쳐야 효력이 인정되나요?
답변
법인으로 보는 단체가 되기 위해서는 조직·운영 규정, 대표자 선임, 단체 명의의 재산·수익 관리, 수익 비분배 등의 요건을 갖추고, 그 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 법인으로 보는 단체 사업자등록·승인 신청을 하여 승인을 받아야 효력이 인정된다고 보았습니다.
근거
서울행정법원 2012구단3821 사건에서 법원은 국세기본법 제13조 제2항과 법인세법 시행령 규정을 근거로, 일정 요건을 갖춘 단체가 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받으면 그 단체를 법인으로 보아 국세기본법과 세법을 적용한다고 전제하고, 특히 법인으로 보는 단체의 사업자등록 신청 및 승인 절차를 거쳐야 한다고 판시하였습니다.
4. 개인사업자로 사업자등록을 하게 된 데 세무공무원의 잘못된 안내가 있었다면 과세를 취소받을 수 있나요?
답변
세무공무원의 행정지도가 있었다는 사정만으로는 국세기본법상 신의성실의 원칙을 이유로 과세를 취소받기는 어렵고, 특히 법인으로 보는 단체 승인 신청 절차를 실제로 거쳤는지가 중요하다고 보았습니다.
근거
서울행정법원 2012구단3821 사건에서 원고는 2007. 6. 12. 개인사업자로 사업자등록을 한 것이 세무공무원의 잘못된 행정지도에 따른 것이라 주장하며 신의성실 원칙 위반을 주장하였으나, 법원은 원고가 법인으로 보는 단체 승인에 필요한 절차를 거쳤다는 증거가 없고, 세무공무원에게 그와 같은 신청을 적극 안내할 의무가 있다고 보기도 어렵다며 이 주장을 배척하였습니다.
5. 비영리 종교단체가 법인으로 보는 단체 승인을 받으면 양도소득세가 모두 면제되나요?
답변
이 판결은 비영리 종교단체가 법인으로 보는 단체에 해당될 수 있음을 전제로 하면서도, 승인 이전에 이뤄진 부동산 양도에 대해선 여전히 개인 거주자로서 양도소득세 납세의무가 있다고 판단하여, 승인이 모든 시기의 양도에 소급해 비과세 효과를 주지는 않는다고 보았습니다.
근거
서울행정법원 2012구단3821 사건에서 원고는 국세기본법 제13조 제2항상의 법인으로 보는 단체로서 비영리법인에 해당하므로 양도소득세 납부대상이 아니라고 주장했으나, 법원은 원고가 부동산을 양도한 이후에야 관련 승인을 받았으므로 양도 당시에는 소득세법상 거주자에 해당함을 이유로 경정청구를 기각하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다.

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판결 전문

요지

국세기본법상 법인으로 보는 단체의 승인을 받기 위해서는 법인으로 보는 단체의 사업자등록 신청을 하여 관할 세무서장 승인 등의 절차를 거쳐야 하는데 부동산을 양도한 이후에 법인으로 보는 단체의 승인을 받았으므로 부동산의 양도 당시에는 여전히 소득세법상 거주자로서 양도소득세를 납부할 의무가 있다 할 것임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2012구단3821 양도소득세부과처분취소

원 고

XX

피 고

서대문세무서장

변 론 종 결

2012. 6. 5.

판 결 선 고

2012. 7. 17.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 

피고가 2011 7. 26. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구거부처분을 취소한다.      

  이 유

1. 처분의 경위

  가 원고는 2007. 3. 25. 재단법인 XX 유지재단으로부터 서울 종로구 XX동 00-6 대 666.8㎡ 및 그 지상 철근콘크리트조 평스라브 종교시설 지하층 272.94㎡, 1층 312.04㎡, 3층 95.04㎡(이하 토지 및 건물을 합쳐 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2010. 5. 25. 이 사건 부동산을 양도하였다.

  나 원고는 2010. 7. 29. 피고에게, 양도가액을 000원, 취득가액을 000원으로 하여 2010년 귀속 양도소득세 000원을 예정 신고하였으나 위 세액을 납부하지 아니하였고, 이에 피고는 2011. 2. 15. 원고에 대하여 납부불성실 가산세를 포함하여 양도소득세 000원을 결정․고지하였다

다. 원고는 2011 7. 20 피고에게 "원고는 국세기본법 제13조 제2항 소정의 ’법인으로 보는 단체‘로서 비영리법인에 해당하여 양도소득세 납부대상이 아니다”라고 하면서 양도소득세 경정청구를 하였고, 이에 피고는 2011. 7. 26. 원고에 대하여 "원고는 국세 기본법 제13조 제2항 소정의 법인으로 보는 단체의 승인을 2011 6. 24. 받았으므로 이 사건 부동산 양도 당시에는 ’법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니한다"라는 이유로 위 경정청구를 거부(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14호증(각 가지번호 포함), 을 저1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다. 즉,

① 원고는 국세기본법(2010. 12. 27 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항 소정의 ⁠‘법인으로 보는 단체’에 해당하고, 법인으로 보는 단체의 승인을 이 사건 부동산 양도 이후에 받았다고 하더라도, 양도소득세의 경우에는 기간과세로서 승인된 날이 포함된 과세기간에 걸쳐 그 효력이 발생하므로, 원고의 경우에는 양도소득세 부과 대상이 아니다.

② 원고가 2007. 6. 12. 개인사업자로 사업자등록을 한 것은 세무공무원의 잘못된 행정지도에 의한 것으로, 이는 국세기본법상의 신의성실의 원칙에 반한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다, 판단

(1) 원고의 위 ① 주장에 대하여

국세기본법 제13조 제2항은 일정한 요건(조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있고, 단체의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적우로 소유 관리하며, 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 않을 것)을 갖춘 단체가 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받으면 그 단체를 법인으로 보아 국세기본법과 세법을 적용한다고 규정하고 있고, 한편 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제1항 제1호 라목은 ”국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일을 최초사업연도의 개시일로 한다"라고 규정하고 있다.

이 사건에서 보건대, 위 증거들에 의하면, 원고는 2010. 6. 1 관할세무서장에게 국세기본법 제13조 제2항 소정의 ⁠‘법인으로 보는 단체’의 승인을 신청하여 2010. 6. 24. 승인을 받은 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면, 원고는 이 사건 부동산을 양도한 이후에 국세기본법 제13조 제2항 소정의 단체의 승인을 받았으니, 이 사건 부동산의 양도 당시 원고는 여전히 소득세법상의 거주자로서 양도소득세를 납부할 의무가 있다할 것이므로, 이와 다른 전제에서 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다

(2) 원고의 위 ② 주장에 대하여

국세기본법 제13조 제2항 소정의 ⁠‘법인으로 보는 단체‘의 승인을 받기 위해서는 ⁠‘법인으로 보는 단체’의 사업자 등록 신청을 하여야 하여 관할세무서장으로부터 승인을 받는 등의 절차를 거쳐야 하는데, 원고가 이러한 절차를 거쳤음을 인정할 아무런 증거도 없고, 또 세무공무원에게 사업자등록 신청과 관련하여 적극적으로 그러한 신청을 안내하여야 할 의무가 있다고 보기도 어려우며, 그 외 원고의 위 주장사실을 인정할 증거도 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다

라. 소결론

따라서 이 사건 부동산의 양도 당시 원고는 여전히 소득세법상의 거주자라 할 것이므로, 이와 같이 보고 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2012. 07. 17. 선고 서울행정법원 2012구단3821 판결 | 국세법령정보시스템