[주 문]

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

[이 유]

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. ○. ○.경 설립되어 서울 ○○구 ○○○로 ○○, ○○층(○○동, ○○○○○스퀘어)에 사업장을 두고 유아동용 의류의 제조·판매 등을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 백화점(‘영업장소로서의 백화점’ 내지 ⁠‘백화점을 운영하는 회사’를 아울러 일컫는다. 이하 같다) 또는 대리점(이하 백화점과 합하여 ⁠‘판매점’이라 한다)과 사이에, 판매점들이 원고가 제조한 물품을 외상으로 매입하여 판매한 후, 그 판매수입에서 수수료를 공제한 나머지 금액을 원고에게 지급하고, 판매되지 아니한 재고품은 반품하기로 하는 내용의 ⁠‘특약매입계약’을 체결하였으며, 위와 같은 계약 내용에 따라 원고의 제품을 판매점들에 납품·판매하여 왔다(아래 거래 흐름도 참조).

다. 원고는 2007~2009사업연도 법인세를 각 신고·납부함에 있어, 재고반품조건부 재화공급의 손익귀속시기를 회계상 ⁠“판매점이 최종 소비자에게 판매하는 날이 속하는 사업연도”(이하 ⁠‘소비자 판매시점’이라 한다)로 하였는데, 서울지방국세청장(이하 ⁠‘조사청’이라 한다)은 2010. 12. 7.부터 2011. 3. 31.까지 원고에 대한 법인통합조사(2007～2009 사업연도 대상, 이하 ⁠‘1차 세무조사’라 한다)를 실시하여 원고가 판매점에 재고반품 조건으로 납품한 제품의 경우 그 손익의 귀속시기를 ⁠‘판매점에 인도하는 날이 속하는 사업연도’(이하 ⁠‘판매점 인도시점’이라 한다)로 하여 과세표준과 세액을 경정하였다. 이에 따라 원고는 아래 표1과 같이 ① 각 방식에 따른 차액(해당 사업연도에 판매점에 인출된 기말 재고자산에 대한 매출액에서 매출원가를 차감한 금액, 이하 ⁠‘당기매출 조정분’이라 한다)을 익금산입(유보)하였다가(이하 ⁠‘당기매출분 세무조정’이라 한다), ② 중복된 과세를 피하기 위하여 그 다음 사업연도에 전기매출 조정분을 익금불산입(자동추인, △유보)하여 추인(이하 ⁠‘전기매출 조정분’이라 한다)하는 세무조정(이하 ⁠‘전기매출분 세무조정’이라 하고, 위와 같이 완료된 상태를 통틀어 ⁠‘1차 세무조정’이라 한다)을 하였다.

라. 종래 국세청 예규(서이46012-11779, 2003. 10. 15. 등)에서는 재고반품조건부 재화공급의 손익귀속시기를 ⁠“재화를 판매점에 인도하는 날이 속하는 사업연도”로 보았으나, 2016. 5. 2. 기획재정부 예규(법인세제과-384, 2016. 5. 2.)를 통해 제조법인이 조건을 결정하는 거래의 경우 ⁠“대리점사업자가 제품을 최종소비자에게 판매하는 시점”으로 손익의 귀속시기가 변경되었다(표2 참조). 조사청은 원고에 대한 2018. 10. 15.부터 2018. 11. 27.까지 실시한 법인통합조사(2013～2017사업연도 대상, 이하 ⁠‘2차 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 위 기획재정부의 예규 변경에 따라 손익의 귀속시기를 ⁠‘판매점이 최종 소비자에게 판매하는 날이 속하는 사업연도’, 즉 소비자 판매시점으로 하여 과세표준과 세액을 경정하였다.

마. 그 후 원고는 위 기획재정부 예규 변경에 따라 특약매입계약에서 매출의 손익귀속시기를 회계와 동일하게 ⁠‘소비자 판매시점’이 된다고 보아, 2018. 12. 3. 피고에게 이 사건 특약매입거래에 따른 매출의 손익귀속시기를 변경하여 1차 세무조정을 제거하는 세무조정(이하 ⁠‘2차 세무조정’이라 한다)을 하여 아래 표3의 각 해당 부분과 같이 산출한 2007~ 2009, 2011사업연도 법인세 경정청구(이하 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.

바. 피고는 2020. 5. 22. 원고에 대하여 경정된 2013사업연도와 연동된 2012사업연도의 경우 경정 시 오히려 과세표준이 증가하나 부과제척기간 만료로 경정이 불가하므로 그 이전 사업연도인 2007~2009, 2011사업연도는 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 것으로 보아 이 사건 경정청구를 거부(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

사. 원고는 2020. 8. 21. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 1. 14. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증 및 을 제1 내지 5호증(가지번호 있

는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호는 후발적 경정청구 사유에 대하여 ⁠“결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”를 규정하고 있는바, ⁠‘경정으로 인하여 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간’의 범위를 따로 제한하고 있지 않다. 그런데 피고는 과세소득이 경정된 2013사업연도의 직전 사업연도(2012사업연도)에 환급할 세액이 발생하여야 2011 및 그 이전 사업연도의 후발적 경정청구가 가능하고, 원고의 경우와 같이 2012사업연도에 납부할 세액이 발생하는데 부과제척기간 만료로 부과경정결정을 할 수 없는 경우에는 그 이전 사업연도에 대한 후발적 경정청구 사유가 인정되지 않는다고 보아 이 사건 처분을 하였다. 이 사건 처분은 위와 같이 경정청구의 대상이 되는 과세기간에 제한이 없는 점, 후발적 경정청구 제도의 취지상 과세의 기초에 변동이 생김으로 인하여 이중과세 문제가 발생한 과세기간에 대하여는 후발적 경정청구가 인정되어야 하는 점 등에 비추어 위법하다.

나. 관계법령

별지2 기재와 같다.

다. 판단

구 국세기본법 제45조의2 제2항은 ⁠‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다’고 규정하면서, 그 제4호에서 ⁠‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’를 규정하고 있다. 이러한 경우 후발적 경정청구를 인정하는 것은 과세관청이 전과 다른 과세기간에 소득이나 그 밖의 과세물건을 귀속시킴으로써 발생하는 이중과세를 방지하기 위한 것이다.

이 사건에 관하여 살피건대, 앞서의 인정사실, 앞서 든 증거들, 을 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 이 사건 경정청구가 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구의 요건을 갖추었다고 보기 어렵고, 달리 이 사건 처분이 신의성실의 원칙을 위반하거나 조세형평에 어긋난다고 보기도 어려우므로, 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

① 2013사업연도 전기매출 조정분을 제거하는 경정으로 인하여 세액의 중복적인 모순확정이 발생하는 부분은 2012사업연도 당기매출 조정분에 그치는 것이므로 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 사유는 이에 한하여 인정될 뿐, 2012사업연도 전기매출 조정분의 경우 피고가 부과제척기간의 만료로 새로운 경정을

할 수 없는 이상 ⁠‘경정으로 인하여’ 영향을 받는다고 볼 수 없다. 더구나 원고는 2012사업연도에 대하여 2019. 3. 6. 후발적 경정청구를 하였고, 피고가 2020. 5. 22. 거부처분을 하자 이에 대하여 심판청구를 한 후 취하하였는바, 이로 인해 피고로서는 2012사업연도 전기매출분 세무조정 뿐만 아니라 앞서 본 바와 같이 2013사업연도와 연동되어 후발적 경정청구 사유가 존재하는 2012사업연도 당기매출분 세무조정도 제거하는 내용의 경정결정을 할 수 없었다고 할 것이다.

② 기획재정부가 2016. 5. 3. 특약매입거래의 손익귀속시기에 관하여 국세청의 기존

예규와 다른 해석으로 변경하였다고 하더라도, 법령에 대한 해석이 최초의 신고·결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 것이므로(대법원 2017. 8. 23. 선고 2017두38812 판결 등 참조), 위와 같이 피고가 2012사업연도 전기매출 조정분을 경정할 수 없는 이상 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 사유가 존재한다고 볼 수 없다. 결국 이 사건의 경우 ⁠‘2012 사업연도 전기매출 조정분’에 대한 피고의 새로운 경정이 없었으므로, ⁠‘2011 사업연도 당기매출 조정분’에 대해 세액의 중복적인 모순확정을 비롯한 후발적 경정청구 사유가 발생한 것으로 볼 수 없고, 이는 2007~2009사업연도의 경우에도 마찬가지이다.

③ 원고는 2012사업연도 전기 매출분 세무조정을 제거하지 않은 피고의 조치가 위법하다거나, 이 사건과 달리 기존의 세무조정을 부인함에 따라 환급결정만이 존재하는 사례에서는 기존 세무조정의 부인에 따른 세액을 모두 환급해 주었는데, 이 사건에서 는 2011 이전 사업연도에 대한 환급을 거부하고 있는 것은 조세형평에 반한다는 취지로도 주장한다. 그러나 ㉠ 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙일 뿐만 아니라(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결 등 참조), ㉡ 피고로서는 앞서 본 바와 같이 2013사업연도와 연동되어 후발적 경정청구 사유가 존재하는 2012사업연도 당기매출분 세무조정만을 제거할 수 있을 뿐, 2012사업연도 전기매출분 세무조정을 제거하는 내용의 경정결정은 할 수 없는 점, ㉢ 과세제척기간이 만료된 이상(더구나 앞서 본 바와 같이 원고는 2012사업연도에 대한 후발적 경정청구 거부처분에 대한 심판청구를 취하하였다) 원고와 유사한 다른 동종업체가 법인세를 환급받은 사실이 있다는 사정만으로는 조세형평에 반한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위 주장은 이유 없다.

④ 원고는 납세자의 후발적 경정청구가 부과제척기간이 도과한 과세기간을 대상으로 하더라도 과세관청의 부과권 역시 보장되어 있으므로, 원고의 후발적 경정청구를 인정하더라도 법적 안정성이나 조세정의에 현저히 반하는 불합리한 결과가 발생하지 않는다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 경정청구가 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 이상 후발적 경정청구에 대응하는 과세관청의 부과권이 보장되어 있는지 여부는 고려대상이 아니라 할 것이다.

⑤ 원고는 2013사업연도 과세표준에 반영된 전기분 세무조정(익금불산입)에는 2012 사업연도에 판매점으로 인도된 상품만 포함되어 있는 것이 아니라, 2011사업연도 나아가 그 이전 사업연도에 판매점에게 인도된 상품도 포함되어 있으므로, 이 경우 당해 기말재고가 관련된 모든 사업연도의 세무조정을 모두 제거하여야 비로소 이중과세의 문제가 전부 해소될 수 있는 것이라는 취지로도 주장한다. 그러나 원고가 위 주장 취지에 따라 2012사업연도 말 기말재고 가운데 2007～2009, 2011사업연도에 판매점에 인도된 상품·제품을 특정한 후, 해당 상품·제품의 인도시점이 속한 사업연도의 과세표준에서 해당 상품·제품의 매출총이익을 제외한 정당세액을 산출하여 후발적 경정청구를 하는 것이 가능한지 여부는 별론으로 하고, 문제된 과세기간 전부의 전기매출분 세무조정과 당기매출분 세무조정을 제거할 것을 전제로 한 이 사건 경정청구는 허용될 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.