* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.
이 사건 경영관리수수료에 대한 정상가격 산출방법으로 이익분할방법을 선택한 것 자체는 정당하나 분할대상이익인 거래순이익을 과다 산정함과 아울러 상대적 공헌도를 잘못 확정한 위법사유가 인정되어 피고들의 쟁점처분은 위법함
판결 내용은 붙임과 같습니다.
사 건 |
2021누37641 법인세 부과처분 등 취소소송 |
원고, 항소인 |
AAA |
피고, 피항소인 |
RR세무서장 |
제1심 판 결 |
2021.02.17 |
변 론 종 결 |
2023.05.12 |
판 결 선 고 |
2023.07.07 |
주 문
1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
가. 피고 RR세무서장이
1) 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재 ‘감액 후 잔액’란 각 법인세 합계 26,029,039,228원(가산세 포함)의 부과처분 중 2012 사업연도 22,840,339원을 초과하는 부분
2) 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제3항 ‘부가가치세 부과처분’ 기재 ‘고지세액(합계)’란 각 부가가치세 합계 189,745,545원(가산세 포함) 중 185,581,678원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 각 취소한다.
나. 피고 OO지방국세청장이
1) 2016. 4. 15. 원고에게 한 [별지1] 목록 제2항 ‘이전소득금액통지’ 기재 ‘감액 후 잔액’란 각 이전소득금액 합계 81,185,777,986원의 이전소득금액통지처분
2) 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제4항 ‘소득금액변동통지’ 기재 ‘소득금액’란 각 소득금액 합계 1,301,373,745원의 소득금액변동통지처분 중 115,313,600원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
다. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 모두 기각한다.
2. 소송 총비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.
청구취지 및 항소취지
1. 청구취지
가. 피고 RR세무서장이 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재 ‘감액 후 잔액’란 각 법인세 합계 26,029,112,068원(가산세 포함)의 부과처분 및 같은 목록 제3항 ‘부가가치세 부과처분’ 기재 ‘고지세액(합계)’란 각 부가가치세 합계 189,745,545원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.
나. 주문 제1. 나. 1)항과 같은 판결 및 피고 OO지방국세청장이 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제4항 ‘소득금액변동통지’ 기재 ‘소득금액’란 각 소득금액 합계 1,301,373,745원의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.
2. 항소취지
가. 원고
1) 제1심판결 중 원고 패소부분을 취소한다.
2) 피고 RR세무서장이 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’기재 ‘감액 후 잔액’란 각 법인세 합계 26,029,039,210원(가산세 포함)의 부과처분 중 359,954,771원 및 같은 목록 제3항 ‘부가가치세 부과처분’기재 ‘고지세액(합계)’란 각 부가가치세 합계 189,745,545원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
3) 피고 OO지방국세청장이 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제4항 ‘소득금액변동통지’기재 ‘소득금액’란 각 소득금액 합계 1,301,373,745원의 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다.
나. 피고들
제1심판결 중 피고들 패소부분을 취소한다. 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 모두 기각한다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고의 지위와 BBB 그룹의 지배구조 등
1) 원고는 컴퓨터 하드웨어․소프트웨어․데이터 저장장치 및 기타 정보기술제품 및 서비스의 제조, 수입, 판매 및 유지보수, 임대 등을 목적으로 하여 1989. 10. 30. 설립된 외국인투자기업으로 주요 사업과 제품 내역은 아래 과 같다. 원고를 포함하여 전 세계 각국에 100여 개의 계열사를 보유한 다국적기업인 미국법인 BBB이 자본 100%를 출자하여 원고를 설립하였다.
생략
2) BBB이 개발하여 판매하는 대표적인 소프트웨어 및 기술서비스로는 데이터베이스 관리시스템인 BBB DBMS가 있고, 그 외에 클라우드 엔지니어링 시스템, 전사적 기업자원 관리설비 ERP, 클라우드용으로 기본 구축된 인적 자본 관리 솔루션 HCM, 고객관계관리 시스템(CRM), 미들웨어 등이 있다.
3) 2008. 6.경 원고는 주식회사에서 유한회사로 조직 형태를 변경하였다. 당초 원고의 1인 주주였던 미국법인 BBB은 2011. 4.경 아일랜드 소재 국외특수관계회사인 CCC에 원고 발행주식 전부를 증여하여 주주가 변동되었고, 아래 내역과 같이 ‘①~⑥’ 순서대로 “미국법인→아일랜드법인→원고”의 지배구조로 현재까지 유지되고 있다.
생략
4) BBB은 2010년경 DDD를 인수하면서 하드웨어 시스템 사업을 개시하였는데, 주요 제품으로 서버, 스토리지 및 서버와 저장하드웨어에 BBB 소프트웨어를 결합시킨 하드웨어 시스템 제품이 있다.
나. 2011~2013 각 사업연도에 관한 경영관리수수료 및 이자비용 지급
1) 원고는 2003년경 BBB 그룹의 계열사들과 사이에 발효되는 마스터서비스계약[MSA, 계열사들 사이에 관련 서비스에 관한 업무를 아웃소싱(Outsourcing)함으로써 BBB 그룹 내에서 전체적으로 중복되는 업무 활동에 대한 지출을 줄여 경영의 효율성을 극대화하기 위한 용역서비스 계약]을 체결하고 이후 수차례 이를 개정하며 유지해 왔다. 그에 따라 원고는 CCCCC 등 BBB 그룹 계열사들로부터 경영관리용역 등 다양한 서비스(일반관리 서비스, 마케팅 서비스, 제품 유지보수 서비스, 추가 유지보수 서비스, 정보기술 서비스, 제품개발 서비스, 교육 서비스, 컨설팅 서비스, 인터넷 판매 서비스, 공동 서비스센터 서비스, 자금관리 서비스, 하드웨어 시스템 유지보수 및 물류 서비스 등)를 제공받거나 제공하여 왔다.
2) BBB 그룹 계열사들은 각자 다른 계열사들에 제공하는 서비스에 소요된 해당 비용을 CCCCC를 경유하여 간접청구ㆍ배분 방식(Indirect-Charge Method)으로 각 계열사들에 배분하고 상호 간의 차액을 지급받아 왔다. 원고는 위 용역거래에 대한 대가인 경영관리수수료{‘LOB(Line Of Business) Charge’와 동일한 의미로 사용된다. 14개 외부 사업부문 등 용역 제공에 관한 구체적인 내역은 [별지2] 목록 참조} 명목으로 2011~2013 각 사업연도(2010. 6. 1.~2013. 5. 31.로서 원고의 사업연도는 매년 6. 1.부터 다음 해 5. 31.까지로 5월말 결산법인이다)에 합계 173,738,672,939원(= 2011 사업연도 432억 5,602만 원 + 2012 사업연도 700억 8,230만 원 + 2013 사업연도 604억 34만 원, 각 청구액 기준이고 손익계산서 기준 총액은 183,446,478,892원이다)을 CCCCC를 경유하여 BBB 그룹 계열사들에 지급하였다. 이처럼 BBB 그룹 계열사들 사이에 상호 경영관리용역 서비스 거래를 제공하고 그에 소요된 비용을 집계․배분한 후, 그 대가를 상계하여 순액을 기준으로 지급 및 청구하였는데, 그 과정에서 CCCCC가 총괄하여 정산업무를 수행하였다.
3) 원고는 마스터서비스계약 체결 시 경영관리수수료를 해당 분기의 말일로부터 90일 이내에 각 지급하기로 하되, 지급기일 도래 시 미지급금은 연체된 것으로 간주하며, 지급을 지체할 경우 특별한 금리 약정이 없는 한, 일정한 이율에 의한 이자{영국 런던 금융시장에 있는 일류 신뢰도 은행들이 3개월 단기 자금거래에 적용하는 금리 (Libor)+0.6%}를 가산하여 지급하기로 약정하였다. 이에 따라 원고는 경영관리수수료의 지급이 지체됨에 따라 발생한 지연이자 비용 명목으로 2011~2013 각 사업연도에 합계 64억 4,837만 원(= 2011 사업연도 1억 971만 원 + 2012 사업연도 19억 7,831만 원 + 2013 사업연도 43억 6,034만 원)을 CCCCC에 지급하였다.
4) 원고는 각 사업연도 소득에 대한 법인세 신고 당시 위와 같이 CCCCC 등에 지급한 경영관리수수료와 이자비용 전액을 손금으로 산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고․납부하였다.
다. 2006~2010 각 사업연도에 관한 선행 사건의 판결확정
1) 피고 OO지방국세청장은 2010년경 원고에 대한 세무조사를 실시하여, ‘원고의 2006~2010 각 사업연도 경영관리수수료에 대응하는 용역이 실제 제공되었는지 확인되지 않고, 관련 이자비용은 증빙서류가 없으므로 해당 사업연도 경영관리수수료 합계 236,220,340,000원 및 이자비용 합계 1,521,000,000원을 손금불산입하여 법인세를 과세하라.’는 취지로 피고 RR세무서장에게 과세자료를 통보하였다.
2) 피고 RR세무서장은 2011. 7. 18. 원고에게 2006 사업연도 법인세 13,461,484,420원(가산세 포함, 이하 같다), 2007 사업연도 법인세 13,571,552,730원, 2008 사업연도 법인세 22,101,141,320원, 2009 사업연도 법인세 20,109,677,960원, 2010 사업연도 법인세 10,875,860,570원을 경정․고지하였다.
3) 피고 OO지방국세청장은 2011. 7. 18. 원고에게 2006~2010 각 사업연도 경영관리수수료와 이자비용 손금불산입액이 법인세법 제67조에 따라 CCCCC에 귀속되는 기타소득이라고 보아, 2006 사업연도 33,395,961,420원, 2007 사업연도 36,114,974,610원, 2008 사업연도 63,461,211,930원, 2009 사업연도 62,671,400,120원, 2010 사업연도 42,101,349,730원의 소득금액변동통지처분을 하였다.
4) 이에 대하여 원고는 2011. 10. 5. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다. 조세심판원은 원고의 주장을 일부 받아들여 2013. 8. 7. ‘2006~2010 각 사업연도 경영관리수수료와 이자비용의 업무관련성․금액의 적정성 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고 배당소득 또는 기타소득으로 소득처분을 하라’는 내용으로 일부 재조사결정을 하였고, 원고가 손금산입한 경영관리수수료 및 이자비용 지급액만을 손금불산입하여야 한다는 원고의 주장은 기각하는 결정을 하였다.
5) 피고 RR세무서장은 원고에 대한 재조사 결과에 따라 2014. 8. 4.경 ① 경영관리수수료 수익(원고가 BBB 그룹 계열사들에 제공한 용역서비스에 대한 대가)을 경영관리수수료에서 공제되어야 할 항목으로 보아 익금불산입(손금산입)하고, ② 경영관리수수료 중 원고가 계열사들로부터 글로벌IT, 온디맨드(On-Demand, 수요에 맞춰 즉각적으로 맞춤형 제품 및 서비스를 제공) 용역을 제공받은 데 대한 부분은 전액, 소프트웨어 라이선스, 컨설팅, 서포트, 고급고객서비스, 교육, 마케팅, 일반관리 용역을 제공받은 데 대한 부분은 그중 일부를 손금산입하며, ③ 위와 같이 손금을 증액한 데 따라 이자비용과 이자수익을 재계산하여 추가로 손금산입한 후, 종전에 부과한 2006~2010 각 사업연도 귀속 법인세를 감액하는 것으로 하여 2011. 7. 18. 원고에게 2006 사업연도 법인세 6,768,016,141원, 2007 사업연도 법인세 7,179,425,926원, 2008 사업연도 법인세 9,376,046,291원, 2009 사업연도 법인세 11,205,783,880원, 2010 사업연도 법인세 4,651,890,740원을 경정․고지하였다. 또한 피고 OO지방국세청장도 이에 따라 소득금액을 감액하는 것으로 경정하여 2011. 7. 18. 원고에게 2006 사업연도 소득금액 16,790,567,061원, 2007 사업연도 소득금액 19,105,159,439원, 2008 사업연도 소득금액 26,919,624,467원, 2009 사업연도 소득금액 34,923,503,805원, 2010 사업연도 소득금액 18,010,345,968원의 각 소득금액변동통지를 하였다.
6) 원고는 2013. 11. 6. 위 2)항 기재 당초 각 처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였다가(서울행정법원 2013구합62039), 위 5)항과 같이 감액․경정된 각 처분으로 소송 대상을 변경하였다. 위 제1심법원은 2016. 10. 7. ‘감액․경정된 법인세 부과처분과 소득금액변동통지처분에서 손금불산입한 경영관리수수료 및 이자비용이 법인세법 제19조 손금으로서의 요건을 갖추지 못하였다는 점에 대한 피고들의 입증이 부족하므로, 위 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.’는 이유로 원고 전부 승소판결을 선고하였다.
7) 이에 대하여 피고들이 서울고등법원 2016누72022호로 항소를 제기하였으나, 위 법원은 2018. 1. 23. ‘BBB 그룹 계열사들이 수행하는 다양한 용역은 관련 기업들 각각에 제공되는 용역가치를 계량하기 어려운 경우로서 그 용역의 원가를 모든 잠재적 수혜자에게 배분할 필요가 있다고 인정되므로, 간접청구방식의 필요성이 인정된다. BBB 그룹 계열사들이 원고에게 실제 제공한 용역은 원고의 사업활동을 위한 것으로서 원고의 소득발생과 합리적인 관련성이 인정된다. 또한 경영관리수수료 배분기준의 합리성도 인정된다. 피고들 주장만으로 경영관리수수료가 실질적인 용역 제공 없이 지출되었다거나 용역 제공과 원고의 수익 간에 관련성이 부족하거나 배부기준이 합리성을 결여하여 손비의 요건을 갖추지 못하였다고 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없어 감액․경정된 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.’는 이유로 피고들의 항소를 모두 기각하는 판결을 선고하였다. 이에 대하여 피고들이 대법원 2018두36479호로 상고를 제기하였으나, 2018. 5. 31. 심리불속행 기각되어 원고 전부 승소의 위 제1심판결이 2018. 6. 5. 확정되었다(위와 같이 확정된 관련 사건을 심급에 관계 없이 통틀어 이하 ‘선행 사건’이라 한다).
라. 2011~2013 각 사업연도에 대한 세무조사 실시
1) 피고 OO지방국세청장은 2014. 7. 31.부터 2015. 8.경까지 원고에 대한 2010~2013 사업연도에 대한 법인세제 통합세무조사를 실시하면서(이하 ‘당초 세무조사’라 한다), 원고가 국외특수관계인{CCCCC는 구 국제조세조정에 관한 법률(2015. 12. 15. 법률 제13553호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제2조 제1항 제8호 (가)목에 의한 국외특수관계인에 해당함}과 국제적 용역거래를 수행함에 따라 2011~2013 각 사업연도에 지급한 합계 약 1,737억 3,867만 원의 경영관리수수료 및 합계 약 64억 4,837만 원의 이자비용이 같은 법 제4조에 의한 정상가격을 기준으로 산정된 것인지 여부를 조사하였다. 그런데 원고가 세무조사 기간 동안 과세관청의 경영관리수수료 및 이자비용의 정상가격 여부와 관련된 자료 제출 요구에 충실히 응하지 아니하여 조사가 중지ㆍ연장되면서 장기화되었다{특히 2019. 3.~2019. 6.경 이루어진 2014~2018 사업연도 세무조사 기간에는 원고의 자료 제출 의무 불이행 등으로 인하여 총 92회(= 2019. 7. 19.자 72회 + 2019. 8. 8.자 20회)에 걸쳐 합계 18억 4,000만 원의 과태료가 부과되었다}.
2) 피고 OO지방국세청장은 원고가 제출한 자료에 기초하여 정상가격에 의한 과세조정 방식으로 항목별 부인접근법을 채택하여, 경영관리수수료 및 이자비용에 대한 이전가격 과세조정을 하였다. 그에 따라 원고가 2011~2013 각 사업연도 중에 지출한 전체 경영관리수수료 및 수수료 이자비용 중 ① 원고가 실질적으로 당해 용역 대부분을 스스로 수행한 경우, ② 원고가 제공받은 용역 내용보다 과다 청구된 경우, ③ 원고가 증빙자료를 제출하지 않아 용역 제공의 내용이 확인되지 않는 경우 등 원고가 실질적으로 BBB 그룹 계열사로부터 용역을 제공받고 그에 대한 대가를 지급하였다고 볼 수 없는 경우에 대해 손금산입을 부인하기로 결정하였다. 그 결과 2011~2013 각 사업연도에 대하여 전체 491개 수수료 항목 합계 약 1,737억 3,867만 원 중 169개 항목 총 88,977,617,199원(부인율 약 51.2%)의 경영관리수수료 및 전체 이자비용 합계 약 64억 4,837만 원 중 위 경영관리수수료에 관련된 이자비용 총 2,897,970,062원(부인율 약 51.2%)을 손금부인하여 위 각 금액이 손금불산입 대상이 된다는 이유로, 2011~2013 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 산정함에 있어 아래 , 내역과 같이 경영관리수수료 및 이자비용을 손금불산입하여 경정할 것을 피고 RR세무서장에게 통보하였다.
생략
생략
3) 피고 OO지방국세청장은 2010년 1기부터 2013년 2기 부가가치세 과세기간 중 거래상대방의 신고 여부 및 내용과 원고의 신고 내역이 서로 부합하지 않는 세금계산서 합계표(이하 ‘이 사건 세금계산서 불부합’이라 한다) 자료를 검토하였고, 그 중 부과제척기간의 경과가 임박한 2010년 1기 부가가치세 과세기간 및 2010 사업연도 법인세(2009. 6. 1. ~ 2010. 5. 31.)에 대하여 원고가 DDD에 대한 매출액 116,221,000원, EEE에 대한 매출액 1,490,767원, FFF에 대한 매출액 58,263,122원, GGG에 대한 매출액 205,646,875원 합계 381,621,764원을 매출누락한 것으로 보아 과세자료를 우선적으로 피고 RR세무서장에게 통보하였고, 피고 RR세무서장은 2015. 8. 17. 원고에게 2010 사업연도 법인세 138,386,930원을 경정·고지하고(이하 ‘선행 법인세 부과처분’이라 한다), 부가가치세 상당액을 포함한 286,114,528원을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다(을 제58호증).
4) 그 후 피고 OO지방국세청장은 아래 내역과 같이 2010년 2기부터 2013년 2기까지의 매출누락액 647,381,152원( ⑥, ⑦번 합산액)을 원고의 매출누락액으로 판단하여 부가가치세 과세표준을 증액하고 법인세 소득금액 계산 시 익금산입하였다. 한편, 귀속 불분명 사외유출금액은 대표자에 대한 인정상여로 소득처분을 하고, 원고의 매입처별 세금계산서 합계표 과다 제출 금액 458,329,000원( ⑧~⑭, ⑯~⑲번 합산액), 매입처별 계산서 합계표 과다 제출 금액 12,888,000원( ⑮번 금액) 합계 471,217,000원(= 458,329,000원 + 12,888,000원)을 원고의 과다 신고한 매입금액으로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 법인세 손금불산입으로 처리하여 과세표준을 경정할 것을 피고 RR세무서장에게 통보하였다.
생략
마. 과세처분과 소득금액변동통지 및 이전소득금액통지
1) 피고 RR세무서장은 위 내역과 같이 원고가 국외특수관계인 CCCCC에 지급한 일부 경영관리수수료와 이자비용을 손금불산입하기로 하여 2016. 1. 5. 원고에게 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’의 ‘고지세액’란 기재와 같이 2011 ~ 2014 각 사업연도 귀속 법인세 합계 29,700,884,680원(가산세 포함)을 부과․고지하였다(이하 ‘당초 법인세 부과처분’이라 한다). 같은 날 위 피고는 원고에게 같은 목록 제3항 ‘부가가치세 부과처분’의 ‘고지세액’란 기재와 같이 이 사건 세금계산서 불부합 자료를 토대로 2010년 2기~2013년 2기 각 부가가치세 합계 189,745,520원{가산세 포함, 매출누락액 647,381,152원, 매입과다액 458,329,000원(= 471,217,000원 – 앞서 본 ⑮번 면세 12,888,000원), 아래 참조}을 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).
생략
2) 피고 OO지방국세청장은 2016. 1. 5. 위 라.의 3)항 기재 이 사건 세금계산서 불부합 자료에 따른 손금불산입 항목과 익금산입 항목 등 합계 1,301,373,745원을 법인세법 제67조에 따라 2011~2014 각 사업연도 원고의 그 당시 대표이사[A, B]에 대한 인정상여로 소득처분하고 원고에게 [별지1] 목록 제4항 ‘소득금액변동통지’의 ‘소득금액’란 기재와 같은 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지처분’이라 한다).
3) 피고 OO지방국세청장은 원고가 2011~2013 각 사업연도 이전소득금액 약 918억 원(= 2011 사업연도 27,399,958,164원 + 2012 사업연도 37,935,309,708원 + 2013 사업연도 26,540,319,390원)을 CCCCC로부터 반환받았는지 여부가 확인되지 않는다는 이유로 2016. 1. 5. 원고에게 임시유보통지를 하였는데 원고가 90일 이내에 이전소득금액반환확인서를 제출하지 않았다. 이에 위 피고는 2016. 4. 15. 위 라.의 2)항 기재와 같이 손금불산입된 2011~2013 각 사업연도 귀속 경영관리수수료 및 이자비용 합계 91,875,587,262원(= 88,977,617,200 + 2,897,970,062원)에 대하여 구 국제조세조정법 제9조 및 구 국제조세조정법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26078호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 제1항 제3호에 따라 [별지1] 목록 제2항 ‘이전소득금액통지’의 ‘이전소득금액’란 기재와 같이 국외특수관계인 CCCCC를 소득의 귀속자로 하는 배당처분을 하고 원고에게 그에 관한 이전소득금액통지를 하였다.
바. 조세심판원의 재조사결정
1) 원고는 위 라.의 3)항과 같이 당초 세무조사 중 2010년 제1기 부가가치세 세금계산서 불부합 부분과 관련하여 이루어진 선행 법인세 부과처분에 대하여 2015. 10. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 6. 27. ‘피고 RR세무서장이 2015. 8. 17. 원고에게 한 2010 사업연도 법인세 138,386,930원 및 2010년 귀속 소득금액변동통지 286,114,528원은 원고가 제출한 장부, 금융거래자료 등을 통해 2010년 제1기 과세기간 중 DDD 주식회사(이하 법인명은 주식회사 표시를 생략한다) 외 3개 매출처에 합계 381,621,764원을 매출누락 하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액, 소득금액변동통지 금액을 경정하라’는 내용의 재조사결정을 하였다1)(이하 ‘선행 재조사결정’이라 한다).
2) 한편 원고는 위 마.의 1), 2)항 기재 당초 법인세 부과처분, 이 사건 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지처분의 각 취소를 구하기 위하여 2016. 4. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 위 마.의 3)항 기재 이전소득금액통지처분에 대하여는 2016. 7. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였다.
3) 조세심판원은 위 2)항의 두 사건을 병합 심리한 후 2019. 7. 5. ‘경영관리수수료 88,977,617,199원, 이자비용 2,897,970,062원의 업무 관련성․금액의 적정성 여부, 원고의 2010년 2기~2013년 2기 각 부가가치세 과세기간 중 647,381,152원의 매출누락 및 471,271,000원의 매입액 과다계상 여부를 재조사하여, 당초 처분을 경정하라는 내용의 재조사결정(이하 ‘이 사건 재조사결정’이라 한다)을 하였다.
사. 재조사결정에 의한 경정처분
1) 피고 OO지방국세청장은 이 사건 재조사결정에 따라 2019. 8. 14.부터 2019. 9.경까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데(이하 ‘이 사건 재조사’라 한다), 그동안 경영관리수수료 등과 관련된 다수의 내부 자료들을 확보․검토한 결과, 원고가 국외특수관계인에게 지급한 경영관리수수료 및 그 지급 지연에 따른 이자비용과 관련하여 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제4호가 정한 이익분할법이 가장 합리적인 정상가격 산출 방법이라고 판단하게 되었다.
2) 이에 따라 피고 OO지방국세청장은 2011~2013 각 사업연도 전체 경영관리수수료 1,737억 3,867만 원 중 이익분할법에 따라 산정한 정상가격을 기준으로 원고를 제외한 BBB 그룹의 다른 계열사들의 평균 기여도 26.3%를 초과하여 CCC에 지급한 경영관리수수료 약 783억 원(= 2011년 166억 원 + 2012년 369억 원 + 2013년 248억 원, 이하 ‘이 사건 경영관리수수료’라 한다) 및 전체 이자비용 64억 4,837만 원 중 위 소득조정 비율에 따라 안분한 약 28억 7,000만 원(= 2011년 4000만 원 + 2012년 10억 4,000만 원 + 2013년 17억 9,000만 원, 이하 ‘이 사건 이자비용’이라 한다) 등 합계 약 812억(= 약 783억 원 + 약 28억 7,000만 원)을 이전가격 조정 대상으로 판단하고, 위 마.항 기재 각 당초 처분을 경정하라는 취지의 재조사 결과를 피고 RR세무서장에 통보하였다.
3) 피고 RR세무서장은 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재와 같이 위 마.의 1)항 기재 2011~2014 각 사업연도 귀속 당초 법인세 부과처분 중 2011 사업연도 귀속 법인세 9,703,936,027원(가산세 포함)에서 2019. 10. 2. 이 사건 재조사결정에 따라 3,671,845,471원(가산세 포함)을 각 감액하여 6,032,090,556원(가산세 포함)으로 경정·고지하고 원고에게 위 감액된 세액을 환급하였다. 한편, 2012~2014 각 사업연도 귀속 법인세 부과처분을 비롯하여 위 마.항 기재 이 사건 부가가치세 처분과 소득금액변동통지처분의 경우에는 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 따라 선행 및 이 사건 재조사로 인하여 원고에게 불이익한 변경을 할 수 없는 점 등을 고려하여 추가 경정·고지 없이 당초 처분의 내용대로 유지하기로 결정하였다{이와 같이 일부 감액경정되거나 당초 처분의 내용 그대로 유지된 당초 2016. 1. 5.자 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재 ‘감액 후 잔액’란 합계 26,029,039,228원(가산세 포함)의 법인세 부과처분을 이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다}.
4) 피고 OO지방국세청장은 2019. 11. 4. 위 3)항과 같이 2011 사업연도 귀속 법인세를 감액․경정함에 따라 2011년 귀속 당초 이전소득금액 27,399,958,164원을 [별지1] 목록 제2항 ‘이전소득금액통지’ 기재와 같이 16,710,148,888원(= 27,399,958,164원 – 10,689,809,276원)으로 감액하여 원고에게 그에 관한 이전소득금액통지를 하였다. 그 외 2012~2013년 귀속 이전소득금액통지처분의 경우에는 이 사건 재조사로 인하여 원고에게 불이익한 변경을 할 수 없는 점 등을 고려하여 추가 경정․고지 없이 당초 처분의 내용대로 유지하기로 결정하였다(이와 같이 일부 감액경정되거나 당초 처분의 내용대로 유지된 당초 2016. 4. 15.자 [별지1] 목록 제2항 ‘이전소득금액통지’ 기재 ‘감액 후 잔액’란 합계 81,185,777,986원의 이전소득금액통지처분을 이하 ‘이 사건 이전소득금액통지처분’이라 한다).
5) 원고는 이 사건 법인세 부과처분, 부가가치세 부과처분, 소득금액변동통지처분 및 이전소득금액통지처분(이하 ‘이 사건 각 처분’으로 총칭한다)의 취소를 구하기 위하여 2019. 10. 2. 이 사건 소를 제기하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 이 법원에 현저한 사실, 갑 제1 내지 8호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 9, 58, 80, 81호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 관계 법령
제1심판결문 [별지3] 기재와 같다.
나. 당초 법인세 부과처분 중 감액경정된 부분에 관한 소의 적법 여부 판단
1) 피고들의 본안전 항변
피고 RR세무서장은 2017. 11. 9. 선행 재조사결정에 따라 원고의 EEE에 대한 2011 사업연도 귀속 매출 205,647,000원을 차감하고, 원고의 DDD에 대한 2011 사업연도 매출 누락액 116,221,000원을 가산하여 계산한 산출세액 19,927,160원(가산세 포함)을 2011 사업연도 법인세에서 감액 경정하고 그 금액을 원고에게 환급하였다. 따라서 원고가 다투는 이 사건 법인세 부과처분 중 위 19,927,160원은 더 이상 존재하지 아니하므로 소의 이익이 존재하지 않는다.
2) 판단
가) 과세관청이 증액경정처분 후에 당초 신고나 결정에 위법사유가 있다는 이유로 쟁송절차와 무관하게 직권으로 일부 감액경정처분을 한 경우에는 그 실질이 증액된 세액을 다시 감액한 것이 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액을 감액한 것인 만큼, 납세자는 이와는 상관없이 여전히 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 취소를 구할 수 있다(대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결 참조).
나) 앞서 본 인정사실 및 을 제80호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 피고 RR세무서장이 선행 재조사결정에 따른 재조사결과에 따라 2017. 11. 9. 원고의 EEE에 대한 2011 사업연도 귀속 매출 205,647,000원을 차감하고, 원고의 DDD에 대한 2011 사업연도 매출 누락액 116,221,000원을 가산하여 계산한 법인세 19,927,160원(가산세 포함)을 감액 경정하고 원고에게 그 금액을 환급한 사실을 알 수 있다.
다) 살피건대, 원고가 다투는 이 사건 법인세 부과처분과 선행 법인세 부과처분, 피고 RR세무서장의 2015. 8. 17.자 선행 법인세 부과처분은 별개의 증액경정처분이고 설령 원고가 2015. 8. 17.자 선행 법인세 부과처분에 대하여 다툰 결과 원고의 2011 사업연도 법인세가 감액되었다고 하더라도 원고가 다투는 2016. 1. 5.자 이 사건 법인세 부과처분에 EEE의 매출누락분이 포함되어 있지 않은 이상{선행 재조사결정에 따른 재조사 결과에 의하더라도 원고는 EEE에 대한 매출 205,647,000원을 당초에 2011 사업연도 귀속분으로 신고한 사실을 알 수 있다. 즉, 해당 매출 205,647,000원은 원고가 다투는 이 사건 법인세 부과처분(증액경정처분)에 포함되어 있지 않다} 감액된 2011 사업연도 법인세는 원고가 당초에 신고한 법인세에 불과하므로 원고는 이와 무관하게 2016. 1. 5.자 이 사건 법인세 부과처분 전액에 대해서 다툴 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 피고들의 이 부분 본안전 항변은 이유 없다.
다. 이 사건 각 처분 중 세금계산서 불부합 관련 부분에 관한 판단
1) 원고의 주장
피고들은 이 사건 세금계산서 불부합 자료를 이유로 법인세, 부가가치세 및 소득금액변동통지처분([별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 중 세금계산서 불부합 관련 세액 부분, 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 소득금액변동통지처분)을 하였으나, 원고는 관련 세금계산서를 적법하게 발급 및 수수하였고, 피고들은 거래상대방에 대한 별다른 조사도 없이 원고의 일방적인 잘못으로 보아 위 각 처분에 이르렀다. 따라서 위 각 처분은 근거과세의 원칙 및 과세처분의 적법성에 대한 증명책임의 법리에 위반하여 이루어진 것으로 위법하므로 전부 취소되어야 한다.
2) 관련 법리
법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 증명책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 증명하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 증명의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).
3) 구체적 판단
앞서 든 증거, 갑 제72호증, 을 제37 내지 47, 59, 91, 92호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재 ‘세금계산서 불부합 관련 세액’란 각 사업연도 법인세 합계 359,912,843원(가산세 포함) 중 2012 사업연도 22,840,339원을 초과하는 부분, 같은 목록 제3항 ‘부가가치세 부과처분’ 기재 ‘세금계산서 불부합 관련 세액’란 각 부가가치세 합계 189,745,545원(가산세 포함)2) 중 185,581,678원(가산세 포함)3)을 초과하는 부분, 같은 목록 제4항 ‘소득금액변동통지’ 기재 ‘세금계산서 불부합 관련 소득금액’란 합계 1,301,373,745원 중 115,313,600원을 초과하는 부분은 각 위법하여 취소되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.
가) 이 사건 세금계산서 불부합 자료(을 제6, 7, 8호증)는 와 같이 원고와 거래상대방의 각 부가가치세 신고 내역이 서로 일치하지 않는 차이 금액을 정리한 것이다. 이 사건 부가가치세 부과처분은 그 차이에 대해서 원고가 2010년 2기부터 2013년 2기까지의 과세기간 동안 매출액을 과소신고하거나 매입세액을 과다하게 공제받은 것에 해당한다고 보아 이루어진 것인데, 피고들은 원고가 매출액을 과소신고한 해당 거래금액을 647,381,152원(= ⑥번 11,773,200원 + ⑦번 635,607,952원), 매입세액을 과다하게 공제받은 해당 거래금액을 458,329,000원(⑧~⑭, ⑯~⑲번 합산액)으로 판단하였다.
나) 먼저 매출 과소신고액 647,381,152원에 대해서 살펴본다. 2010년 2기 과세기간에 HHH가 원고를 거래상대방으로 한 매입신고액 44,779,200원과 원고의 위 회사에 대한 매출신고액 33,006,000원 사이의 차액 11,773,200원(= 44,779,200원 – 33,006,000원), 2010년 2기 과세기간에 III가 원고를 거래상대방으로 한 매입신고액 29,650,009,000원과 원고의 위 회사에 대한 매출신고액 29,014,401,000원 사이의 차액 635,607,952원(= 29,650,009,000원 – 29,014,401,000원, 단수조정에 의한 차액 발생분은 무시)의 합계 647,381,152원(= 11,773,200원 + 635,607,952원)은 원고와 위 각 회사가 제출한 세금계산서합계표 기재금액에 의하여 확인된다.
원고와 HHH 사이의 신고금액 차이에 대하여 살피건대, 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준, 특히 수입에 대한 증명책임은 과세관청에 있는 것인데, 피고들이 제출한 증거들만으로는 원고와 HHH가 제출한 세금계산서합계표 기재 금액상 차이가 있다는 사실을 알 수 있을 뿐 원고가 매출액을 과소신고한 것인지 그 거래상대방인 HHH가 매입액을 과다신고한 것인지 여부를 명확하게 알 수 없다. 따라서 피고 RR세무서장이 원고와 HHH가 제출한 세금계산서합계표 기재상의 차액인 11,773,200원을 원고가 매출액을 과소신고한 것으로 전제한 뒤 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분으로 나아간 것은 그 증명책임을 다하지 않은 것으로 위법하다.
다음으로 원고와 III 사이의 신고금액 차이에 대하여 살펴보면, III는 2010년 2기 과세기간에 원고로부터 ‘상품PC류, 유지보수비, 수수료위탁교육비 및 원부재료비’ 등을 매입하면서 세금계산서를 적법하게 수취하였고, 원고의 OO은행 계좌로 이에 대한 대금 29,650,011,325원을 모두 지급한 내용을 소명하였으나 원고는 그 차액에 대하여 별다른 증빙자료를 제출하지 아니하였다.
일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건은 과세권자에게 입증책임이 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 못되는 사정을 입증하지 않는 한 당해 세금부과처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없는 것이므로(대법원 1987. 12. 22. 선고 87누811 판결 등 참조), 원고와 III 사이의 신고금액 차이는 원고의 매출액 과소신고에 의한 것이라고 봄이 타당하다.
다) 다음으로 매입 과다신고액 458,329,000원을 살펴본다. 2010년 2기 과세기간에 발생한 JJJ과 원고 사이의 신고금액 차액 12,340,000원(= 원고 매입신고액 13,069,000원 – 거래처 매출신고액 729,000원) 및 KKK과 원고 사이의 신고금액 차액 19,099,000원(= 원고 매입신고액 22,609,000원 – 거래처 매출신고액 3,510,000원), 2011년 1기 과세기간에 발생한 LLL와 원고 사이의 신고금액 차액 72,000,000원(= 원고 매입신고액 72,000,000원 – 거래처 매출신고액 0원), MMM과 원고 사이의 신고금액 차액 48,352,000원(= 원고 매입신고액 70,215,000원 – 거래처 매출신고액 21,863,000원), NNN와 원고 사이의 신고금액 차액 170,939,000원(= 원고 매입신고액 271,429,000원 – 거래처 매출신고액 100,490,000원) 및 OOO와 원고 사이의 신고금액 차액 15,246,000원(= 원고 매입신고액 270,901,000원 – 거래처 매출신고액 255,655,000원), 2011년 2기 과세기간에 발생한 TTT과 원고 사이의 신고금액 차액 17,634,000원(= 원고 매입신고액 219,749,000원 – 거래처 매출신고액 202,115,000원), 2012년 1기 과세기간에 발생한 YYY와 원고 사이의 신고금액 차액 59,031,000원(= 원고 매입신고액 337,665,000원 – 거래처 매출신고액 278,634,000원), 2013년 1기 과세기간에 발생한 RRR와 원고 사이의 신고금액 차액 10,688,000원(= 원고 매입신고액 60,561,000원 – 거래처 매출신고액 49,873,000원) 및 SSS와 원고 사이의 신고금액 차액 13,100,000원(= 원고 매입신고액 31,100,000원 – 거래처 매출신고액 18,000,000원), 2013년 2기 과세기간에 발생한 ZZZ과 원고 사이의 신고금액 차액 19,900,000원(= 원고 매입신고액 34,800,000원 – 거래처 매출신고액 14,900,000원) 등 합계 458,329,000원은 원고와 위 각 거래처가 제출한 세금계산서합계표 기재금액에 의하여 확인된다.
소득세법상 필요경비와 마찬가지로 법인세법상 손금이나 부가가치세법상 매입세액 역시 납세의무자에게 유리한 것이고 이를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 납세의무자가 증명하는 것이 손쉽다는 점을 고려할 때, 피고들이 원고와 위 각 거래처가 제출한 세금계산서합계표상 기재금액에 차이가 있음을 증명한 이상 원고가 위 신고금액의 차액에 대하여 원고가 매입액을 과다하게 신고한 것이 아니라는 점에 대한 증명책임을 부담한다고 봄이 타당하다.
먼저 원고와 JJJ 사이의 신고금액 차이에 대하여 살피건대, 갑 제72호증의 기재에 의하면 원고는 2010. 9. 13. JJJ로부터 공급가액 13,069,695원4)의 세금계산서를 발급받고, JJJ의 계좌로 2010. 10. 28. 부가가치세를 포함하여 14,376,664원을 송금한 사실을 알 수 있다. 반면 피고들은 피고들이 주장하는 공급가액 729,000원의 세금계산서에 대하여 JJJ로부터 별다른 증빙자료를 수취하지 못한 바 이 부분 신고금액의 차이는 원고의 매입세액 과다신고로 인한 것이라고 단정할 수 없다.
그러나 원고가 제출한 증거들만으로는 나머지 거래처와의 신고금액 차이에 대하여는 원고가 매입세액을 과다신고하지 않았다는 사실을 인정하기에 부족하다(원고 역시 대부분의 부가가치세 매입세액을 과다신고한 사실을 자인하고 있다). 오히려 거래처별로 그 차액을 구체적으로 살펴보면, ① KKK이 2010년 2기 부가가치세 확정신고 시 원고에게 발급한 세금계산서 금액 19,099,000원을 과세표준에 포함하여 매출신고를 하였다가 2011. 3.경 공급일자를 변경하여 수정세금계산서를 발급하고 경정청구를 하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 당초 2010년 2기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액 1,909,000원을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 점, ② LLL는 원고에게 발급한 2011. 6. 1.자 72,000,000원의 매출세금계산서에 대해 계약해제를 이유로 수정세금계산서를 발급하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 당초 2011년 1기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 점, ➂ 원고의 2011년 1기 부가가치세 예정 및 확정 신고 시 MMM, NNN로부터 각 수취한 매입세금계산서 금액은 그에 대응하는 MMM, NNN의 원고에 대한 각 매출세금계산서 금액과 상당한 차이가 나고, 원고가 제출한 특정 날짜의 전산장부 출력화면만으로 원고의 손금산입액을 달리 평가하기 어려운 점, ➃ OOO는 2011. 5. 2.자 72,000,000원의 매출세금계산서에 대해 기재사항 착오정정을 이유로 수정세금계산서를 발급하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 2011년 1기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 것으로 보이며, 달리 법인세 소득금액 계산 시 당초 계상한 위 매입금액을 감액하여 손금불산입하였다고 볼 자료가 없는 점, ⑤ PPP는 원고에게 발급한 전자세금계산서 금액 202,115,000원을 과세표준에 포함하여 2011년 2기 부가가치세 확정신고를 하였으나, 원고는 위 과세기간에 PPP로부터 202,115,000원의 전자세금계산서 외에도 17,634,000원의 종이세금계산서 등 합계 219,749,000원(= 202,115,000원 + 17,634,000원)의 세금계산서를 수취한 것으로 신고함에 따라 17,634,000원의 차액이 발생한 점, ⑥ 2012년 1기 부가가치세 확정 신고 시 QQQ 2013년 1기 부가가치세 예정 및 확정 신고 시 RRR로부터 원고가 각 수취한 매입세금계산서 금액은 그에 대응하는 위 각 회사의 원고에 대한 매출세금계산서 금액과 상당한 차이가 나고, 원고가 제출한 특정 날짜의 전산장부 출력화면만으로 원고의 손금산입액이나 장부 계상액을 달리 평가하기 어려운 점, ⑦ SSS는 2013년 1기에 발급한 13,100,000원의 매출세금계산서에 대해 착오에 의한 이중발급을 이유로 수정세금계산서를 발급하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 2013년 1기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 것으로 보이는 점, ➇ AAAA은 원고에게 발급한 전자세금계산서 금액 14,900,000원을 과세표준에 포함하여 2013년 2기 부가가치세 예정신고를 하였으나, 원고는 위 과세기간에 AAAA으로부터 14,900,000원의 전자세금계산서 외에도 19,900,000원의 종이세금계산서 등 합계 34,800,000원의 세금계산서를 수취한 것으로 신고함에 따라 19,900,000원의 차액이 발생한 점 등에 비추어, 원고와 거래상대방 사이에 신고금액의 차이는 원고의 매입세액 과다신고에 의한 것이라고 봄이 타당하다.
한편, 원고는 부가가치세 매출세액 과소신고액 중 의 ⑦번 III에 대한 635,607,952원, 매입세액 과다신고액 중 의 ⑩번 LLL에 대한 72,000,000원, ⑪번 MMM에 대한 48,352,000원, ⑫번 NNN에 대한 170,939,000원, ⑭번 TTT에 대한 17,634,000원, ⑮번 UUU에 대한 12,888,000원, ⑰번 RRR에 대한 10,688,000원, ⑱번 SSS에 대한 13,100,000원, ⑲번 VVV에 대한 19,900,000원에 대하여 각 법인세 시스템 상에는 관련 익금을 과소하게 신고하지 않거나 손금을 과다하게 신고하지 않았으므로 부가가치세의 세무처리가 잘못되었다고 하더라도 관련 법인세 및 소득금액변동통지 처분까지 모두 적법한 것으로 추정할 수 없다고 주장한다.
살피건대, 갑 제73 내지 78호증, 을 제25호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고의 법인세 과세기간은 매해 6. 1.부터 익년 5. 30.까지인 사실, 위 ⑦번 III 관련 거래번호 2061144, 2063427에 대응되는 매출계정이 법인세 전산장부에 인식되어 있는 사실, 원고의 전산장부에 위 ⑩번 LLL에 대한 72,000,000원, ⑪번 MMM에 대한 48,352,000원, ⑫번 NNN에 대한 170,939,000원, ⑭번 TTT에 대한 17,634,000원, ⑮번 UUU에 대한 12,888,000원, ⑰번 RRR에 대한 10,688,000원, ⑱번 SSS에 대한 13,100,000원, ⑲번 VVV에 대한 19,900,000원의 비용이 손금으로 중복 계상되어 있지 않은 사실이 각 인정된다. 따라서 이 부분과 관련된 이 사건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 처분은 위법하고 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
라) 이 사건 부가가치세 부과처분의 정당세액 계산과 관련하여, 피고들이 원고의 매출세액 과소신고로 판단한 금액 중 피고들의 증명책임이 부족한 부분인 의 ⑥번 11,773,200원과 피고들이 원고의 매입세액 과다신고로 판단한 금액 중 원고가 증명책임을 다한 부분인 ➇번 12,340,000원에 대한 부가가치세액은 취소되어야 한다. 따라서 피고 RR세무서장이 원고에게 한 이 사건 부가가치세 부과처분 중 [별지1] 목록 제3항 ’부가가치세 부과처분‘ 기재 ’세금계산서불부합 관련 세액‘란의 2010년 2기 사업연도 117,218,664원 중 113,054,797원을 초과하는 부분에 한하여 취소되어야 한다.
마) 이 사건 법인세 부과처분 중 세금계산서불부합 관련 정당세액 계산과 관련하여 살피건대, 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두72935 판결 등 참조). 앞서 본 바와 같이 부가가치세의 오류와 무관하게 법인세 신고 시 일부 익금과 손금은 정상적으로 반영되었으므로, 이를 2011~2014 각 사업연도 법인세 고지세액에서 각 차감하여야 한다. 을 제92호증의 기재에 의하면 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재 ‘세금계산서 불부합 관련 세액’ 관련 취소세액이 2011 사업연도 320,542,562원, 2012 사업연도 32,762,455원, 2013 사업연도 7,011,613원, 2014 사업연도 4,900,456원으로 산정되는바, 피고 RR세무서장이 원고에게 한 이 사건 법인세 부과처분 중 2012 사업연도 22,840,339원(= 55,602,794원 – 32,762,455원)을 초과하는 부분을 전부 취소하기로 한다(2011, 2013, 2014 각 사업연도는 세금계산서 불부합 관련 세액보다 취소세액이 더 많게 산정되어 남는 것이 없다).
바) 마지막으로 귀속자 불분명 사외유출금액(인정상여)에 대해서 살펴본다. 먼저 피고들이 거래차액에 대해 원고의 2010년 1기분 매출 과소신고로 판단한 것 중 그 소득의 귀속시기가 2011년인 의 ②번 WWW 30,185,980원 + ➃번 XXX 관련 금액 중 일부인 24,000,000원 역시 위 나)항에서 살펴본 바와 같이 피고들이 제출한 증거들만으로 원고가 매출액을 과소하게 신고한 것으로 인정하기에 부족하다.5) 따라서 원고의 2011~2014 각 사업연도 귀속자 불분명 사외유출금액 합계액 1,301,373,745원에서 피고들이 원고의 매출액 과소신고로 판단한 금액 중 증명이 부족한 부분인 의 ②번 30,185,980원, ④번 24,000,000원, ⑥번 11,773,200원과 피고들이 원고의 매입액 과다신고로 판단한 금액 중 원고가 증명을 다한 부분인 ➇번 12,340,000원 및 앞서 본 바와 같이 부가가치세 신고 오류와 별개로 법인세 신고시 익금 및 손금에 정상적으로 반영된 ⑦번 634,607,952원, ⑩번 72,000,000원, ⑪번 48,352,000원 ⑫번 170,939,000원, ⑭번 17,634,000원, ⑮번 12,888,000원, ⑱번 10,688,000원, ⑲번 13,100,000원, ⑳번 19,900,000원을 합한 1,079,408,132원에 부가가치세 106,652,013원{=(1,079,408,132-12,888,000)*10%}을 합한 1,186,060,145원을 차감하면, 원고의 2011~2014 각 사업연도 귀속 불분명 사외유출금액 합계액은 아래와 같이 115,313,600원인 사실이 인정된다. 따라서 피고 OO지방국세청장이 원고에게 한 이 사건 소득금액변동통지처분 중 위 115,313,600원을 초과하여 이루어진 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.
라. 이 사건 이전소득금액통지처분 및 이 사건 경영수수료 및 이자비용에 관련된 법인세 부과처분에 관한 판단
이 법원이 ‘1) 원고의 주장’, ‘2) 피고들의 쟁점처분이 선행 사건 확정판결의 효력에 저촉되는지 여부’, ‘3) 피고의 정상가격 산출방법 선택(이익분할방법)에 관한 판단’ 부분에 관하여 쓸 이유는, 제1심 판결문 중 다음과 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 부분을 제외하고는, 제1심판결의 이유 부분 2.의 다. 1) 내지 3)항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
○ 제1심판결문 제35면 제6 내지 12행을 아래와 같이 고쳐 쓴다.
『위 인정사실과 더불어 앞서 든 증거들에 갑 제13, 14, 16, 17호증, 을 제13, 14, 21 내지 24, 26, 27, 30 내지 36, 60 내지 64호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 관련 규정의 내용과 취지에 비추어 살펴보면, 이 사건 경영관리수수료 및 그 증감에 연동하는 이 사건 이자비용에 관한 가장 합리적인 정상가격의 산출방법은 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제4호가 정한 이익분할방법이라고 봄이 타당하다. 따라서 피고 OO지방국세청장이 위 비용에 대한 정상가격의 산출방법으로 이익분할방법을 선택한 것 자체는 정당하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.』
○ 제1심판결문 제38면 제21행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.
『원고는 구 국제조세조정법 시행규칙 제2조 제2항 제4호에서 정하고 있는 바와 같이 양 당사자가 무형자산을 활용하는지 여부가 아니라 양 당사자가 특수한 무형자산의 형성에 관여하는 경우를 이익분할법을 사용하기에 적합한 경우로 규정하고 있는데, 원고와 계열사들은 같이 어떤 특수한 무형자산 형성에 관여한 사실이 없으므로 이익분할법을 적용하는 것은 타당하지 않다고 주장한다.
구 국제조세조정법 시행령 제5조 제3항의 위임을 받은 구 국제조세조정법 시행규칙(2016. 4. 6. 기획재정부령 제559호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항에서는 정상가격 산출방법의 적합성이 높은지 평가하는 경우 각 호의 사항을 고려하여야 한다고 규정하면서, 제4호에서는 이익분할법을 적용하는 경우 “특수관계인 양쪽이 특수한 무형자산 형성에 관여하는 등 고도로 통합된 기능을 수행하는 경우에 특수관계가 없는 독립된 당사자 사이에서도 각자의 기여에 비례하여 그 이익을 분할하는 것이 합리적으로 기대되는지 여부”를 고려하여야 한다고 정하고 있다. 문언 그 자체에 의하더라도 ‘특수관계인 양쪽이 특수한 무형자산 형성에 관여하는 등 고도로 통합된 기능을 수행하는 경우’라고 정하고 있어 반드시 특수관계인 양쪽이 특수한 무형자산의 형성에 관여할 것을 요구하는 것은 아니고 특수관계인 양쪽이 고도로 통합된 기능을 수행하는 경우라면 이익분할법의 적합성이 높다고 보는 것이므로 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.』
○ 제1심판결문 제40면 제19행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.
『원고는 그 마케팅 무형자산의 보유 및 활용사실을 증명할 위 증거들이 위 사실을 제대로 뒷받침하지 않는다고 하며, 을 제32호증은 그 형식 자체가 문답서나 진술서가 아니라 과세관청 소속 조사공무원들이 인터뷰 내용을 임의로 정리한 내부자료에 불과하고, 을 제34호증은 그것이 무엇인지에 대한 설명이 전혀 없으며 원본 파일이 제출되지 않아 그 내용이 무엇인지 확인도 불가능하다고 주장한다.
그러나 피고들이 당심에서 추가로 제출한 을 제63, 64호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 을 제63호증은 부서 및 발표자의 성명과 발표시간이 순서대로 나열되어 있으며 실제 각 발표자가 발표에 사용한 PPT문서이고 거기에 조사공무원들이 필기한 내용이 기재되어 있는 점, 을 제32호증은 위와 같이 발표자들과의 인터뷰 내용과 이를 근거로 조사관이 정리한 내용인데, 과세관청 역시 부과처분이 취소되지 않도록 주어진 자료들을 분석하여 가장 합리적인 정상가격 산정방법을 도출해내어야 하는 점, 이에 반하는 특별한 자료는 제출되어 있지 않은 점, 오히려 을 제32호증의 각 문답서(C), (D) 내용 중 원고의 조직구성 및 영업활동에 관한 부분이 이와 일치하는 점 등에 비추어 보면 직접 인터뷰 대상자 전부와 문답형식으로 주고받은 형식의 문답서 등이 없다는 이유만으로 해당증거의 증명력을 배척하기는 어렵다. 한편, 을 제34호증은 조사사무처리규정 제40조 제2항에 의하여 조사청이 납세자의 동의를 받아 인별 컴퓨터에 저장되어 있던 자료들을 예치하여 분석·정리한 것이고 원고가 지적하는 을 제34호증의1의 원자료 역시 을 제64호증으로 이 법원에 제출되었다.』
○ 제1심판결문 제42면 제5행 “[원고는”부터 제10행 “볼 수 없다]”까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.
『[원고는 다국적기업 내 서비스 거래에 대해서는 원가기준 거래순이익률법이 사실상 실무적으로 사용되는 방법이고, 국세청이 2012년~2016년 실시한 이전가격조사 177건의 결과에 의하면, 거래순이익률법이 119건(67%)인 반면, 이익분할법은 고작 14건(8%)에 불과하고, 1997년~2018년의 국내 정상가격 산출방법 사전승인제도(APA) 통계상으로도 463건 중 9건 만이 이익분할법을 적용한 점 등을 들어 이 사건 쟁점거래에 대해서도 이익분할법을 적용하는 것이 부적합하다고 주장한다.
그러나 사전승인제도는 납세자가 국외 특수관계인과의 거래에 적용할 정상가격 산정방법과 그 범위에 대해 과세당국과 사전에 서로 합의하는 제도로서 그에 따른 구체적인 통계치를 과세관청과 납세자 간의 정상가격 산출방법에 상당한 이견을 보이는 이 사건에 그대로 참조하는 것은 적절하다고 볼 수 없으며, 실무적으로 이익분할법이 적용된 사례가 적다고 하더라도 이러한 사정만으로 이익분할법을 적용하는 것이 부적합하다고 할 수는 없다. 오히려 개개의 사건 별로 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 찾아내어 과세조정을 하여야하는 것임에 비추어 볼 때 마땅히 비교가능한 독립기업 거래를 찾기 어려운 이 사건 쟁점거래에서는 가장 합리적인 정상가격 산출방법이 이익분할방법일 수 있다.
또한 원고는 E, F 등 원고와 유사한 다국적기업들이 거래순이익률법을 적용하고 있으므로 원고 역시 거래순이익률법을 적용받아야 한다고 주장하나, 위 E, F 등은 원고와 매출액 대비 영업이익률 등의 재무수치가 다르고 원가의 배부방식이 원고의 간접청구·배부방식이 아닌 직접배부방식을 채택하고 있어 그 수수료 지급구조가 달라 원고 역시 위 회사들과 동일하게 정상가격 산정에 있어 거래순이익률법을 적용받아야 한다고 단정짓기도 어렵다]』
○ 제1심판결문 제49면 제5행의 “2103”을 “2013”으로 고쳐 쓴다.
4) 피고 OO지방국세청장의 정상가격 산정방식(거래순이익 계산 및 상대적 공헌도 측정)에 관한 판단
이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는, 제1심 판결문 중 다음과 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 부분을 제외하고는, 제1심판결의 이유 부분 2.의 다. 4)항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
○ 제1심판결문 제56면 제5 내지 10행을 아래와 같이 고쳐 쓴다.
『위 인정사실, 앞서 든 증거들, 을 제48, 75, 77호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 관련 규정에 비추어 보면, 피고 OO지방국세청장이 이익분할방법에 따라 이 사건 경영관리수수료의 이전가격에 관한 정상가격을 산출하는 과정에서 BBB 그룹 계열사의 경영관리용역의 원가(cost)를 부당하게 차감하지 않아 분할대상이익인 거래순이익을 원고에게 불리하게 과다하게 산정하고, 원고에 대한 배부비율 내지 상대적 공헌도 역시 과다하게 확정한 위법사유가 인정된다.』
○ 제1심판결문 제62면 제20행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.
『(바) 피고들은, 이 사건 쟁점처분의 기준이 된 정상가격이 원고에게 요구하여 얻은 자료 및 증빙서류 등 피고들이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 ‘원고의 국내 매출과 관련된’ 비용을 모두 고려하여 산정한 거래순이익을 바탕으로 한 것으로, 그 정상가격이 합리적으로 산정된 것임을 충분히 증명하였으므로, 피고들이 산정한 그 가격이 정상가격에 해당하지 않는다는 사실에 대한 입증책임은 원고에게 있다고 주장한다.
이에 대하여 살피건대, 정상가격에 의한 과세조정제도(이전가격 과세제도)는 과거에는 국제거래의 특수성을 고려한 이전가격에 관한 규정 없이 단순히 부당행위계산부인 제도에 의하여 이를 규제하여 오다가 1988. 12. 31. 구 법인세법 시행령의 개정으로 이전가격 과세제도를 부당행위계산부인의 한 유형으로 특별히 규정하였다. 이후 1995. 12. 6. ‘국제조세조정에 관한 법률’이 제정되면서 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 정상가격에 의한 과세조정을 위해 이전가격 과세제도를 규정하게 되었고 종전 법인세법에서 규정하고 있던 국외 특수관계자와의 부당행위계산부인 조항은 삭제되었다.
이처럼 법인세법상 부당행위계산부인제도와 국제조세조정법상 이전가격 과세제도는 그 기준을 각 ‘시가’와 ‘정상가격’으로 한다는 차이는 있으나 결국 과세관청이 임의로 특수관계자 사이의 거래를 세법상 부인하고 그 거래당사자들의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정한다는 점에서 상당히 유사한 조세법상의 두 규정이다.
부당행위계산부인제도는 납세의무자의 행위계산을 재구성하는 것으로 의제적인 성격이 강하므로 그 적용을 엄격히 제한할 필요가 있다. 따라서 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있고(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 등 참조), 과세관청이 그 책임을 다하지 못한 경우 당연히 부당행위계산부인을 할 수 없다.
이전가격 과세제도 역시 부당행위계산부인제도와 그 궤를 같이 하는 것으로(부당행위계산부인제도의 ‘시가’와 달리 이전가격세제의 경우 국제조세조정에 관한 법률상 일응의 ‘정상가격’에 대하여 정해둔 것도 없다), 과세처분의 기준이 된 정상가격이 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하는 등의 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에게 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).
이에 따라 과세관청은 적절한 정상가격 산정에 필요한 관련 자료를 제출할 것을 납세의무자에게 요구할 수 있고(구 국제조세조정법 제11조 제2항), 자료 제출을 요구받은 자가 정당한 사유 없이 자료를 기한까지 제출하지 아니하거나 거짓의 자료를 제출하는 경우에는 과세관청은 1억 원이하의 과태료를 부과한다(구 국제조세조정법 제12조 제1항 및 제2항). 설령 납세의무자가 자료의 제출을 거부하더라도 과세관청에게는 여전히 과세처분의 기초로 삼은 정상가격이 합리적으로 적법하게 산출되었음을 증명할 책임이 있다고 보아야 한다. 납세의무자가 자료제출 의무를 해태하는 경우 과태료 부과 등을 통해 간접적으로 납세의무자에게 과세자료의 제출을 강요할 수 있음은 별론으로 하더라도 그러한 사정만으로 과세관청이 위법하게 산출한 정상가격에 기한 과세처분이 적법하게 된다거나 곧바로 납세의무자에게 증명책임이 전환된다고 볼 수는 없다.
한편 피고들은 대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747,1754 판결6)을 들어 원고와 BBB 그룹 계열사와의 거래가격이 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요가 원고에게 있다고 주장한다. 물론 상대적으로 국내거래에 비하여 관련 과세자료를 확보하기가 더 어려운 국제거래의 특성상 과세관청의 증명책임을 완화할 필요성은 있다. 그러나 위 판례에서도 “국외 특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우”에 이전가격이 과세관청이 합리적으로 산정한 정상가격의 범위 내에 들어있다는 점에 대한 증명의 필요가 납세의무자에게 전가된다는 것이므로, 설령 납세의무자가 국외 특수관계자와의 거래가격이 정상가격의 범위 내에 있음을 증명하지 못하더라도, 과세관청이 과세처분의 기초로 삼은 가격이 합리적으로 산정한 적법한 정상가격임을 증명하지 못하는 이상 위 대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결과 같이 과세처분은 취소될 수밖에 없다.
피고들이 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 이전소득금액통지처분의 기초로 삼은 가격이 합리적으로 산정한 적법한 정상가격인지 여부에 관하여 살펴본다. 이 사건 경영관리수수료는 원고와 BBB 그룹 계열사 사이의 마스터서비스계약에 따라 원고가 BBB 그룹 계열사들과 다양한 서비스를 제공받거나 제공하는 거래를 해왔고, 이에 따라 원고가 BBB 그룹 계열사들에게 그 대가로 지급한 돈이다. 즉, 이는 원고가 다른 BBB 그룹 계열사들로부터 서비스를 제공받고 이에 대한 대가를 지급한 것으로 거래순이익에서 차감할 영업비용이 아니라고 볼 특별한 이유를 찾기 어렵다. 그 방식이 국외에 있는 CCC를 통해서 간접청구·배분 방식으로 이루어졌다고 하더라도 실질은 원고가 다른 BBB 그룹으로부터 영업과 관련하여 받은 용역에 대한 대가를 지불한 것이다. 선행 사건의 판결에서도 ‘BBB 그룹 계열사들의 원고에 대한 경영관리용역 제공의 실재성’, 그룹 계열사들이 원고에게 실제 제공한 용역은 원고의 사업활동을 위한 것으로 ‘원고의 소득발생과의 합리적인 관련성’, ‘배부기준의 합리성’이 각 인정된다고 판시한바, 사업관련성 및 수익관련성이 인정되는 실재하는 용역에 대한 대가로 지불한 이 사건 경영관리수수료를 거래순이익에서 차감할 영업비용에 해당하지 않는다고 볼 수 없다. 따라서 앞서 본 바와 같이 피고들이 BBB 그룹 계열사들의 이 사건 경영관리수수료 원가 부분을 차감하지 않은 채 분할대상인 거래순이익을 산정한 것은 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제1항 제1호{거래 양쪽이 함께 실현한 거래순이익은 제3자와의 거래에서 실현한 매출액에서 매출원가 및 영업비용(판매비와 일반관리비)을 뺀 금액으로 한다}를 위반한 것으로 합리적으로 산정한 적법한 정상가격에 해당한다고 볼 수 없다.
따라서 피고들이 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 이전소득금액통지처분의 기초로 삼은 가격이 ‘합리적으로 산정한 적법한 정상가격’에 해당한다고 볼 수 없는 이상 원고에게 BBB 그룹 계열사와의 거래가격이 그 정상가격 범위 내에 들어있다는 점에 대한 증명의 필요가 있다고 할 수 없다. 따라서 피고들의 이 부분 주장은 이유 없다{또한 대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747,1754 판결 사안의 경우 이 사건과 달리 이익분할법이 아닌 거래순이익률법을 정상가격 산정방법으로 택한 점, 합리적으로 정상가격을 산출한 것으로 볼 수 있다고 한 결정적 근거 역시 ‘피고가 쟁점 거래와 비슷한 거래를 하는 비교가능한 대상업체를 선정한 것’으로 본 점 등에 비추어 볼 때, 비교가능한 독립기업 거래를 찾기 어려워서 이 사건 경영관리수수료에 대한 가장 합리적인 정상가격 산출방법으로 이익분할방법을 택한 이 사건에 위 판례의 법리를 그대로 적용하기는 어렵다}.
(사) 피고들은 선행 사건의 판결에서는 이 사건 경영관리수수료의 손금을 판단하는 범위에서 ‘용역 제공의 실재성’, ‘소득과의 합리적 관련성’, ‘비용의 합리적 배부’를 인정한 것일 뿐이므로, 이를 이 사건에 그대로 적용할 수 없다고 주장한다.
피고들의 주장과 같이 선행 사건에서 원고와 BBB 그룹 계열사 사이의 가격이 정상가격의 범위 내에 있는지 여부에 대한 판단이 이루어지지는 않았다. 그러나 이 사건은 선행 사건(2006년~2010년)과 그 과세기간만 다를 뿐 앞서 본 것과 같이 BBB 그룹 계열사의 서비스 제공 및 비용 정산에 관한 기본적인 운영체계는 크게 변동된 것이 없다. 피고들은 특히 선행 사건에서는 원고의 높은 연평균 영업이익률을 근거로 비용의 합리적 배부를 인정하였는바 이 사건 과세기간에서는 3년 평균 6.1%라는 저조한 영업이익률을 기록한 이상 선행 사건의 판단을 이 사건에 그대로 적용할 수 없다고 하나, 원고의 영업이익률이 급락한 것은 피고들이 지적하는 바와 같이 매출액 대비 재라이선스 수수료의 상승폭 증가가 주요한 원인이었던 것으로 보이고 이 사건 경영관리수수료는 오히려 같은 기간 매출액 대비 그 비중이 13.3%에서 9.1%로 감소하였는바 원고의 연평균 영업이익률이 하락하였다고 하더라도 이 사건 경영관리수수료가 여전히 과다 지급되었다고는 보기 어려운 이상 이 사건 경영관리수수료 배부기준의 합리성이 인정되는 기초적인 사정이 완전히 달라졌다고 볼 수 없다. 피고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
(아) 피고들은 원고가 제출한 자료들만으로는 BBB 그룹 계열사들의 원고의 매출을 위한 영업비용 지출액의 적정성(배부의 합리성)이 전혀 증명되지 아니하므로, 원고가 주장하는 BBB 그룹 계열사들의 원고의 매출을 위하여 지출한 영업비용을 인정하여 배분대상 거래순이익에서 차감할 수 없다고 주장한다.
그러나 앞서 본 바와 같이 일단 정상가격이 합리적 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임이 과세관청에게 있는 이상 과세관청이 이 사건 경영관리수수료를 차감하지 않은 거래순이익에 기한 이익분할이 적법하다는 점에 대한 증명을 하여야 하나 피고들이 제출한 증거들만으로는 이러한 사실을 인정하기에 부족하다.
오히려 원고는 선행 사건에서부터 이 사건에 이르기까지 여러 소명자료를 제출하였고 이 사건 경영관리수수료의 간접청구방식의 현실적 필요성, 용역 제공의 실재성, 배부기준의 합리성에 대해 일응의 증명을 한 것으로 보인다. 한편 피고들은 원고에게 용역 거래와 관련된 이전가격서류들을 작성하여 보관, 제출할 의무가 있고, 이를 미이행하는 경우에는 과태료 등의 불이익뿐만 아니라, 현실적으로 확보·이용 가능한 자료만을 토대로 하여 정상가격을 산정하여 이전가격 과세조정이 이루어지는 불이익을 감수하여야 하고, 납세의무자의 자료 제출의무 불이행으로 인하여 현실적으로 확보·이용 불가능한 자료의 존재·확보를 상정하여 추상적·이론적으로 가능한 방법을 근거로 들어 과세관청의 이전가격 과세조정이 위법하다고 단정할 수 없다고 주장한다. 그러나 설령 납세의무자가 자료제출 요구에 응하지 않더라도 과세관청에게는 여전히 과세처분의 기초로 삼은 정상가격이 합리적이라는 사실에 대한 증명책임이 있는 것이므로 이러한 사정만으로 피고들의 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 이전소득금액통지처분이 적법해지는 것은 아니다(과세관청이 납세의무자에게서 과세처분과 관련한 자료를 얻을 수 없다는 사정만으로 구체적·합리적 근거 없이 이루어진 과세처분이 적법해진다고 볼 수는 없기 때문이다). 또한 피고들이 원고에게 제출을 요구하는 자료들을 원고가 소지하고 있는지 여부조차 불분명하다.
(자) 피고들은 ① 원고의 대표조차 이 사건 경영관리수수료의 지급 근거가 되는 소프트웨어·경영관리수수료 계약 체결 시 그 계약내용을 전혀 인지하지 못한 상태에서 BBB 본사의 지시에 따라 법인의 사용인감만 날인하였다고 진술한 점, ② 원고는 특수관계인인 계열사들의 경영관리용역에 대하여는 막대한 경영관리수수료를 지급하면서 이를 유상으로 제공받은 반면, 비특수관계인인 국내 파트너사들에게는 그와 동일한 경영관리용역을 무상으로 제공하고 있는바, 계열사들이 원고를 위한 경영관리용역을 제공하기 위해 실제로 비용을 지출한 것인지 알 수 없는 점, ③ 원고의 영업이익률이 2012 사업연도에 이르러 2.4%로 급감한 이래 계속해서 1%대에 그치고 있는 점, ④ BBB 그룹과 유사한 다국적기업들의 매출액 대비 영업이익률과 비교할 때, 원고의 영업이익률이 현저히 낮고, 이는 경영관리수수료와 그에 연동하여 산정되는 재라이선스 수수료가 다른 다국적기업의 국내 자회사들과 비교하여 급격하게 증가되었기 때문인 점에 비추어 보면, 원고가 BBB 그룹 계열사에게 이 사건 경영관리수수료를 과다하게 지급하는 방법으로 해외로 소득을 이전한 것이라는 사실을 인정할 수 있다고 주장한다.
그러나 당시 대표이사 G은 대표이사로 선임된 이후에도 맡은 업무는 법무부문으로 동일하였고 2012년 BBB 그룹 계열사와의 계약에 전혀 관여한 사항이 없으며, 실질적인 대표이사 역할을 하는 사람은 A 사장이었다고 진술한 점, 선행 사건에서 BBB 그룹 계열사들이 제공하는 용역의 원가에 대해 간접청구·배분 방식의 필요성이 인정된 점, 원고가 국내 파트너사들에게 경영관리용역을 제공하는 것은 파트너사를 교육하는 것이 그 자체로 원고의 매출 증가와 직결되기 때문인 점, 원고의 영업이익률이 2012년 이후로 감소한 것은 앞서 본 바와 같이 이 사건 경영관리수수료의 증가가 아니라 재라이선스 수수료의 상승폭이 컸던 것에 기인하는 점, BBB의 경우 다른 다국적기업과 달리 이 사건 경영관리수수료에 대하여 간접청구·배분 방식을 사용하고 있어 단순 비교하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고들이 주장하는 사정들만으로 원고가 BBB 그룹 계열사에게 이 사건 경영관리수수료를 과다하게 지급하는 방법으로 해외로 소득을 이전한 사실을 인정하기에 부족하다.
(차) 피고들은 거래순이익을 산정함에 있어 이 사건 경영관리수수료를 차감한다고 하더라도 ‘상계 및 차액청구’라는 이 사건 경영관리수수료 지급의 특수성을 고려할 때 원고 역시 계열사들을 위하여 경영관리용역을 제공하여 지출한 영업비용이 있고 그에 따라 원고도 계열사들로부터 경영관리수수료를 지급받아야 하므로 원고에게 청구되어야 하는 최종 경영관리수수료의 정상가격에서 이를 차감하여야 한다고 주장한다.
그러나 피고들의 주장은, 원고가 BBB 그룹 계열사들에게 제공한 용역에 대한 대가를 고려하지 않고 계열사들이 원고의 매출을 위하여 지급한 경영관리용역에 대한 대가만을 CCC에 지급한 경우를 가정한 것으로, 실제 BBB 그룹의 마스터서비스계약에 따른 원가 배분 형식과 맞지 않고 원고가 BBB 그룹 계열사들에게 지급하여야 하는 이 사건 경영관리수수료에는 BBB 그룹 계열사들이 원고에게 지급하여야 하는 용역에 대한 대가가 이미 포함되어 있으므로 이와 전제를 달리하는 피고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
(카) 피고들은, 분할대상 이익인 거래순이익 산정에 있어 BBB 그룹 계열사의 영업비용을 차감해야 한다면, 그에 대응하여 분할대상 이익 역시 원고의 국내 매출뿐만 아니라 BBB 그룹 계열사들이 얻은 BBB 그룹의 전세계 연결 영업이익을 기초로 재산정하는 것이 타당하다고 주장한다.
그러나 이익분할방법에서 분할대상 이익은 ‘거래 당사자 양쪽이 함께 실현한 거래순이익’이고 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제1항 제1호에 의하면 거래 당사자 양쪽이 함께 실현한 거래순이익은 ‘제3자와의 거래에서 실현한 매출액에서 매출원가 및 영업비용을 뺀 금액’으로 하는 것이다. 분할대상 이익인 거래순이익에 BBB 그룹 계열사의 경영관리용역의 원가를 반영하여야 하는 이유는 BBB 그룹 내의 마스터서비스계약에 따라 BBB 그룹 계열사들이 원고에게 경영관리용역을 제공하였고 이것이 원고의 매출창출과 합리적 관련성이 있기 때문이고, 위 경영관리용역 원가는 BBB 그룹 계열사들의 총 영업비용이 아니라 그 중 원고에게 배분된 일부 영업비용에 불과하다. 따라서 분할대상 이익에서 차감하는 위 BBB 그룹 계열사의 경영관리용역의 원가가 BBB 그룹 전세계 연결 영업이익과 대응한다고 보기는 어렵다. 피고들의 위 주장은 이유 없다.』
○ 제1심판결문 제66면 제9행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.
『(마) 경영관리수수료는 자신이 제공받은 용역의 대가로 지급할 수수료(Allocated LOB)에서 자신이 제공한 용역의 대가로 지급받을 수수료(Incurred LOB)를 차감한 Net LOB에 가산이익(mark-up)을 더하여 청구하게 된다. 피고들은 원고에게도 역시 다른 계열사들에게 라이선스, 컨설팅, 지원 서비스 기타 거의 모든 항목의 서비스를 제공함으로써 Incurred LOB가 발생하였고, 다만 BBB 그룹 계열사들로부터 제공받은 서비스의 금액(Allocated LOB)이 더 컸을 뿐이므로, 이러한 사정만으로 원고가 독자적으로 수행할 수 없는 업무가 상당하다고 볼 수 없다고 주장한다.
그러나 갑 제20호증의 기재에 의하면, 원고가 2011 내지 2013년 동안 소프트웨어 관련 서비스(Software as a Service)부문의 용역을 제공한 내역은 없고, 2012, 2013년의 온디맨드(On Demand)부문 역시 마찬가지이다. 또한 교육(Education), 마케팅(Marketing), 일반관리(G&A), 글로벌 IT(Global IT)부문은 제공한 용역의 대가로 지급받을 수수료(Incurred LOB)가 제공받은 용역의 대가로 지급할 수수료(Allocated LOB)에 비해서 그 금액이 현저히 작다. 이런 점에 비추어 볼 때 원고가 BBB 그룹 계열사의 용역서비스를 제공받지 않고서 독자적으로 수행할 수 있는 업무가 제한적이고, 형식적으로 원고 혼자 수행할 수 있다고 하더라도 계열사의 도움 없이는 실질적으로 제대로 운영되기 어려운 업무가 대부분인 것으로 보인다. 피고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
(바) 피고들은 BBB 그룹 계열사의 도움이나 협업이 전제되어야 효율적으로 잘 운영될 수 있는 업무가 대부분인 점, 거래고객의 요청에 부응하여 국제적으로 표준화된 품질의 서비스를 제공하기 위해서는 BBB 그룹 계열사의 용역 제공이 반드시 필요한 점, 원고의 조직과 소속 임직원들의 노력만으로는 원고의 주요 고객들이 원하는 수준의 모든 기술용역을 완벽하게 처리할 능력을 갖추고 있지 못하고 BBB 그룹 계열사의 도움을 받아야만 고객맞춤 서비스를 충족시킬 수 있는 점 등은 BBB 그룹의 독특한 그룹 내부 서비스 공급 구조를 설명하고, 경영관리수수료가 지급되어야만 하는 이유를 설명할 수는 있으나, 그러한 사정만으로 다른 BBB 그룹 계열사들의 공헌도에 가중치를 부여해야 할 이유가 될 수 없으며, 가중치를 부여하게 되면 다른 BBB 그룹 계열사들의 기능을 중복적으로 고려하게 되는 것으로서 타당하지 않다고 주장한다.
그러나 앞서 본 바와 같이 원고가 BBB 그룹 계열사의 용역서비스 제공 없이는 독자적으로 수행할 수 있는 업무가 제한적이고 원활한 원고의 소프트웨어 및 하드웨어 판매 영업활동을 위해 BBB 그룹 계열사의 도움이 필수적인 이상 원고와 BBB 그룹 사이에서 BBB 그룹의 공헌도에 상대적으로 가중치를 부여하는 것이 합리적이라 할 것이고, 상대적 공헌도라 함은 문언 그대로 거래당사자인 원고와 BBB 그룹 계열사들의 공헌도를 비교하여 측정하는 것이므로 위와 같은 사정들 역시 원고가 CCC에 경영관리수수료를 지급해야 하는 이유에 해당함과 동시에 BBB 그룹의 공헌도에 가중치를 부여해야 하는 이유이기도 하다. 피고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
(사) 피고들은, 원고의 매출액 대비 재라이선스 수수료 비중이 2008년 약 33%에서 2018년 약 63%로 증가하였는데, 이는 BBB 그룹의 해외 지적재산, 기술 및 노하우 등을 고려하여 국내 매출의 50% 이상을 재라이선스 수수료로서 미국 법인 등에 지급한 것으로 BBB 그룹 계열사들의 특별한 기여는 재라이선스 수수료 산정 시 이미 충분히 반영되었고, 재라이선스 수수료 거래는 이미 분할대상 이익에서 제외되어 있으므로, 그러한 특별한 기여를 재차 고려하여 상대적 공헌도를 산정할 때 가중치를 부여하는 것은 타당하지 않다고 주장한다.
그러나 재라이선스(Sublicense) 수수료는 실시권을 허락받은 자(Licensee)가 부여받은 권한의 범위 내에서 제3자에게 다시 실시권을 허락할 수 있게 해주는 것에 대한 대가로 실시권을 허락한 자(Licenser)에게 지불하는 금액으로, 원고가 BBB 그룹으로부터 받은 소프트웨어 및 기술서비스에 대한 라이선스를 고객에게 재실시할 수 있는 권한을 얻는 대가로 BBB 그룹에 지불한 돈이고 이는 BBB 본사의 가장 주요한 수익 창출원이다. 반면 경영관리수수료는 앞서 본 바와 같이 원고와 BBB 그룹 계열사들 사이에 이루어진 마스터서비스계약에 따라 경영관리용역 등의 다양한 서비스를 서로 제공받거나 제공하면서 위 용역거래에 대한 대가로 지불하는 돈이다. 이처럼 재라이선스 수수료와 경영관리수수료는 전혀 다른 성격의 판매비 및 관리비 항목에 해당함을 알 수 있고 재라이선스 수수료가 분할대상 이익에서 제외되어 있음을 이유로 경영관리수수료의 정상가격 산출과정에서 BBB 그룹의 상대적 공헌도에 가중치를 부여하지 못 할 것은 아니다[또한 원고의 매출액 대비 재라이선스 수수료 비중이 증가한 사정을 고려하더라도 BBB 그룹 계열사들의 특별한 기여가 재라이선스 수수료 산정 시 이미 충분히 반영되어있다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다].』
마. 취소의 범위
1) 이 사건 각 처분 중 세금계산서 불부합과 관련된 부분인, ① [별지1] 목록 제1항 기재 ‘감액후 잔액’ 중 ‘세금계산서 불부합 관련 세액’란 법인세 합계 359,912,843원(가산세 포함) 중 2012 사업연도 22,840,339원을 초과하는 부분, ② 같은 목록 제3항 기재 이 사건 부가가치세 부과처분 중 ‘고지세액(합계)’란 부가가치세 합계 189,745,545원(가산세 포함) 중 185,581,678원(가산세 포함)을 초과하는 부분 및 ➂ 같은 목록 제4항 이 사건 소득금액변동통지처분 중 ‘세금계산서 불부합 관련 세액’란 1,301,373,745원 중 115,313,600원을 초과하는 부분은 각 위법하여 취소되어야 한다.
2) 이 사건 각 처분 중 이 사건 경영관리수수료 및 그 증감에 연동하는 이 사건 이자비용과 관련된 부분으로서 피고들의 이 사건 쟁점처분, 즉 ① [별지1] 목록 제1항 기재 이 사건 법인세 부과처분 중 2011~2014 각 사업연도 ‘이 사건 경영관리수수료 관련 세액’ 란 법인세 합계 25,669,126,385원(가산세 포함) 부분 및 ② [별지1] 목록 제2항 기재 이 사건 이전소득금액통지처분에 대하여는 이 사건 변론종결 시까지 제출된 쌍방의 자료만으로는 그 정당한 세액 및 이전소득금액을 산출할 자료가 부족하다. 그뿐만 아니라, 이익분할방법에 따른 분할대상 이익인 거래순이익 산정 시 BBB 그룹 계열사의 영업비용을 차감하고 BBB 그룹 계열사의 상대적 공헌도를 제대로 측정하여 위 계열사에 대한 배부비율을 합리적으로 상향 조정할 경우, 이 사건 경영관리수수료 및 이자비용은 구 국제조세조정법상 정상가격을 초과하지 않을 개연성이 상당하다.
결국 원고가 지급한 이 사건 경영관리수수료 및 이자비용의 이전가격은 구 국제조세조정법 제4조가 정한 정상가격에 의한 과세조정의 대상이 된다고 볼 수 없고 그 필요성도 인정되지 않으므로, 위와 같은 피고들의 이 사건 쟁점처분은 전부 취소하기로 한다.
3. 결론
원고의 피고들에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하여야 하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
1) 선행 재조사결정에 따른 재조사 결과는 다음과 같다.
6) 구 국제조세조정법 제11조, 제13조, 같은 법 시행령 제7조, 제23조 등에 의하면, 국외 특수관계자와 국제거래를 행하는 납세의무자는 국제거래명세서를 제출할 의무, 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고 시 제출할 의무, 정상가격 산출방법과 관련하여 필요한 자료를 비치·보관할 의무 등을 부담한다. 따라서 과세관청이 스스로 위와 같은 정상가격의 범위를 찾아내 고려해야만 하는 것은 아니므로, 국외 특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우에는 비교 가능성이 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상가격의 범위를 구성할 수 있다는 점 및 당해 국외 특수관계자와의 이전가격이 그 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747,1754 판결).
출처 : 서울고등법원 2023. 07. 07. 선고 서울고등법원 2021누37641 판결 | 국세법령정보시스템
* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.
이 사건 경영관리수수료에 대한 정상가격 산출방법으로 이익분할방법을 선택한 것 자체는 정당하나 분할대상이익인 거래순이익을 과다 산정함과 아울러 상대적 공헌도를 잘못 확정한 위법사유가 인정되어 피고들의 쟁점처분은 위법함
판결 내용은 붙임과 같습니다.
사 건 |
2021누37641 법인세 부과처분 등 취소소송 |
원고, 항소인 |
AAA |
피고, 피항소인 |
RR세무서장 |
제1심 판 결 |
2021.02.17 |
변 론 종 결 |
2023.05.12 |
판 결 선 고 |
2023.07.07 |
주 문
1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
가. 피고 RR세무서장이
1) 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재 ‘감액 후 잔액’란 각 법인세 합계 26,029,039,228원(가산세 포함)의 부과처분 중 2012 사업연도 22,840,339원을 초과하는 부분
2) 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제3항 ‘부가가치세 부과처분’ 기재 ‘고지세액(합계)’란 각 부가가치세 합계 189,745,545원(가산세 포함) 중 185,581,678원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 각 취소한다.
나. 피고 OO지방국세청장이
1) 2016. 4. 15. 원고에게 한 [별지1] 목록 제2항 ‘이전소득금액통지’ 기재 ‘감액 후 잔액’란 각 이전소득금액 합계 81,185,777,986원의 이전소득금액통지처분
2) 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제4항 ‘소득금액변동통지’ 기재 ‘소득금액’란 각 소득금액 합계 1,301,373,745원의 소득금액변동통지처분 중 115,313,600원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
다. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 모두 기각한다.
2. 소송 총비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.
청구취지 및 항소취지
1. 청구취지
가. 피고 RR세무서장이 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재 ‘감액 후 잔액’란 각 법인세 합계 26,029,112,068원(가산세 포함)의 부과처분 및 같은 목록 제3항 ‘부가가치세 부과처분’ 기재 ‘고지세액(합계)’란 각 부가가치세 합계 189,745,545원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.
나. 주문 제1. 나. 1)항과 같은 판결 및 피고 OO지방국세청장이 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제4항 ‘소득금액변동통지’ 기재 ‘소득금액’란 각 소득금액 합계 1,301,373,745원의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.
2. 항소취지
가. 원고
1) 제1심판결 중 원고 패소부분을 취소한다.
2) 피고 RR세무서장이 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’기재 ‘감액 후 잔액’란 각 법인세 합계 26,029,039,210원(가산세 포함)의 부과처분 중 359,954,771원 및 같은 목록 제3항 ‘부가가치세 부과처분’기재 ‘고지세액(합계)’란 각 부가가치세 합계 189,745,545원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
3) 피고 OO지방국세청장이 2016. 1. 5. 원고에게 한 [별지1] 목록 제4항 ‘소득금액변동통지’기재 ‘소득금액’란 각 소득금액 합계 1,301,373,745원의 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다.
나. 피고들
제1심판결 중 피고들 패소부분을 취소한다. 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 모두 기각한다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고의 지위와 BBB 그룹의 지배구조 등
1) 원고는 컴퓨터 하드웨어․소프트웨어․데이터 저장장치 및 기타 정보기술제품 및 서비스의 제조, 수입, 판매 및 유지보수, 임대 등을 목적으로 하여 1989. 10. 30. 설립된 외국인투자기업으로 주요 사업과 제품 내역은 아래 과 같다. 원고를 포함하여 전 세계 각국에 100여 개의 계열사를 보유한 다국적기업인 미국법인 BBB이 자본 100%를 출자하여 원고를 설립하였다.
생략
2) BBB이 개발하여 판매하는 대표적인 소프트웨어 및 기술서비스로는 데이터베이스 관리시스템인 BBB DBMS가 있고, 그 외에 클라우드 엔지니어링 시스템, 전사적 기업자원 관리설비 ERP, 클라우드용으로 기본 구축된 인적 자본 관리 솔루션 HCM, 고객관계관리 시스템(CRM), 미들웨어 등이 있다.
3) 2008. 6.경 원고는 주식회사에서 유한회사로 조직 형태를 변경하였다. 당초 원고의 1인 주주였던 미국법인 BBB은 2011. 4.경 아일랜드 소재 국외특수관계회사인 CCC에 원고 발행주식 전부를 증여하여 주주가 변동되었고, 아래 내역과 같이 ‘①~⑥’ 순서대로 “미국법인→아일랜드법인→원고”의 지배구조로 현재까지 유지되고 있다.
생략
4) BBB은 2010년경 DDD를 인수하면서 하드웨어 시스템 사업을 개시하였는데, 주요 제품으로 서버, 스토리지 및 서버와 저장하드웨어에 BBB 소프트웨어를 결합시킨 하드웨어 시스템 제품이 있다.
나. 2011~2013 각 사업연도에 관한 경영관리수수료 및 이자비용 지급
1) 원고는 2003년경 BBB 그룹의 계열사들과 사이에 발효되는 마스터서비스계약[MSA, 계열사들 사이에 관련 서비스에 관한 업무를 아웃소싱(Outsourcing)함으로써 BBB 그룹 내에서 전체적으로 중복되는 업무 활동에 대한 지출을 줄여 경영의 효율성을 극대화하기 위한 용역서비스 계약]을 체결하고 이후 수차례 이를 개정하며 유지해 왔다. 그에 따라 원고는 CCCCC 등 BBB 그룹 계열사들로부터 경영관리용역 등 다양한 서비스(일반관리 서비스, 마케팅 서비스, 제품 유지보수 서비스, 추가 유지보수 서비스, 정보기술 서비스, 제품개발 서비스, 교육 서비스, 컨설팅 서비스, 인터넷 판매 서비스, 공동 서비스센터 서비스, 자금관리 서비스, 하드웨어 시스템 유지보수 및 물류 서비스 등)를 제공받거나 제공하여 왔다.
2) BBB 그룹 계열사들은 각자 다른 계열사들에 제공하는 서비스에 소요된 해당 비용을 CCCCC를 경유하여 간접청구ㆍ배분 방식(Indirect-Charge Method)으로 각 계열사들에 배분하고 상호 간의 차액을 지급받아 왔다. 원고는 위 용역거래에 대한 대가인 경영관리수수료{‘LOB(Line Of Business) Charge’와 동일한 의미로 사용된다. 14개 외부 사업부문 등 용역 제공에 관한 구체적인 내역은 [별지2] 목록 참조} 명목으로 2011~2013 각 사업연도(2010. 6. 1.~2013. 5. 31.로서 원고의 사업연도는 매년 6. 1.부터 다음 해 5. 31.까지로 5월말 결산법인이다)에 합계 173,738,672,939원(= 2011 사업연도 432억 5,602만 원 + 2012 사업연도 700억 8,230만 원 + 2013 사업연도 604억 34만 원, 각 청구액 기준이고 손익계산서 기준 총액은 183,446,478,892원이다)을 CCCCC를 경유하여 BBB 그룹 계열사들에 지급하였다. 이처럼 BBB 그룹 계열사들 사이에 상호 경영관리용역 서비스 거래를 제공하고 그에 소요된 비용을 집계․배분한 후, 그 대가를 상계하여 순액을 기준으로 지급 및 청구하였는데, 그 과정에서 CCCCC가 총괄하여 정산업무를 수행하였다.
3) 원고는 마스터서비스계약 체결 시 경영관리수수료를 해당 분기의 말일로부터 90일 이내에 각 지급하기로 하되, 지급기일 도래 시 미지급금은 연체된 것으로 간주하며, 지급을 지체할 경우 특별한 금리 약정이 없는 한, 일정한 이율에 의한 이자{영국 런던 금융시장에 있는 일류 신뢰도 은행들이 3개월 단기 자금거래에 적용하는 금리 (Libor)+0.6%}를 가산하여 지급하기로 약정하였다. 이에 따라 원고는 경영관리수수료의 지급이 지체됨에 따라 발생한 지연이자 비용 명목으로 2011~2013 각 사업연도에 합계 64억 4,837만 원(= 2011 사업연도 1억 971만 원 + 2012 사업연도 19억 7,831만 원 + 2013 사업연도 43억 6,034만 원)을 CCCCC에 지급하였다.
4) 원고는 각 사업연도 소득에 대한 법인세 신고 당시 위와 같이 CCCCC 등에 지급한 경영관리수수료와 이자비용 전액을 손금으로 산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고․납부하였다.
다. 2006~2010 각 사업연도에 관한 선행 사건의 판결확정
1) 피고 OO지방국세청장은 2010년경 원고에 대한 세무조사를 실시하여, ‘원고의 2006~2010 각 사업연도 경영관리수수료에 대응하는 용역이 실제 제공되었는지 확인되지 않고, 관련 이자비용은 증빙서류가 없으므로 해당 사업연도 경영관리수수료 합계 236,220,340,000원 및 이자비용 합계 1,521,000,000원을 손금불산입하여 법인세를 과세하라.’는 취지로 피고 RR세무서장에게 과세자료를 통보하였다.
2) 피고 RR세무서장은 2011. 7. 18. 원고에게 2006 사업연도 법인세 13,461,484,420원(가산세 포함, 이하 같다), 2007 사업연도 법인세 13,571,552,730원, 2008 사업연도 법인세 22,101,141,320원, 2009 사업연도 법인세 20,109,677,960원, 2010 사업연도 법인세 10,875,860,570원을 경정․고지하였다.
3) 피고 OO지방국세청장은 2011. 7. 18. 원고에게 2006~2010 각 사업연도 경영관리수수료와 이자비용 손금불산입액이 법인세법 제67조에 따라 CCCCC에 귀속되는 기타소득이라고 보아, 2006 사업연도 33,395,961,420원, 2007 사업연도 36,114,974,610원, 2008 사업연도 63,461,211,930원, 2009 사업연도 62,671,400,120원, 2010 사업연도 42,101,349,730원의 소득금액변동통지처분을 하였다.
4) 이에 대하여 원고는 2011. 10. 5. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다. 조세심판원은 원고의 주장을 일부 받아들여 2013. 8. 7. ‘2006~2010 각 사업연도 경영관리수수료와 이자비용의 업무관련성․금액의 적정성 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고 배당소득 또는 기타소득으로 소득처분을 하라’는 내용으로 일부 재조사결정을 하였고, 원고가 손금산입한 경영관리수수료 및 이자비용 지급액만을 손금불산입하여야 한다는 원고의 주장은 기각하는 결정을 하였다.
5) 피고 RR세무서장은 원고에 대한 재조사 결과에 따라 2014. 8. 4.경 ① 경영관리수수료 수익(원고가 BBB 그룹 계열사들에 제공한 용역서비스에 대한 대가)을 경영관리수수료에서 공제되어야 할 항목으로 보아 익금불산입(손금산입)하고, ② 경영관리수수료 중 원고가 계열사들로부터 글로벌IT, 온디맨드(On-Demand, 수요에 맞춰 즉각적으로 맞춤형 제품 및 서비스를 제공) 용역을 제공받은 데 대한 부분은 전액, 소프트웨어 라이선스, 컨설팅, 서포트, 고급고객서비스, 교육, 마케팅, 일반관리 용역을 제공받은 데 대한 부분은 그중 일부를 손금산입하며, ③ 위와 같이 손금을 증액한 데 따라 이자비용과 이자수익을 재계산하여 추가로 손금산입한 후, 종전에 부과한 2006~2010 각 사업연도 귀속 법인세를 감액하는 것으로 하여 2011. 7. 18. 원고에게 2006 사업연도 법인세 6,768,016,141원, 2007 사업연도 법인세 7,179,425,926원, 2008 사업연도 법인세 9,376,046,291원, 2009 사업연도 법인세 11,205,783,880원, 2010 사업연도 법인세 4,651,890,740원을 경정․고지하였다. 또한 피고 OO지방국세청장도 이에 따라 소득금액을 감액하는 것으로 경정하여 2011. 7. 18. 원고에게 2006 사업연도 소득금액 16,790,567,061원, 2007 사업연도 소득금액 19,105,159,439원, 2008 사업연도 소득금액 26,919,624,467원, 2009 사업연도 소득금액 34,923,503,805원, 2010 사업연도 소득금액 18,010,345,968원의 각 소득금액변동통지를 하였다.
6) 원고는 2013. 11. 6. 위 2)항 기재 당초 각 처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였다가(서울행정법원 2013구합62039), 위 5)항과 같이 감액․경정된 각 처분으로 소송 대상을 변경하였다. 위 제1심법원은 2016. 10. 7. ‘감액․경정된 법인세 부과처분과 소득금액변동통지처분에서 손금불산입한 경영관리수수료 및 이자비용이 법인세법 제19조 손금으로서의 요건을 갖추지 못하였다는 점에 대한 피고들의 입증이 부족하므로, 위 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.’는 이유로 원고 전부 승소판결을 선고하였다.
7) 이에 대하여 피고들이 서울고등법원 2016누72022호로 항소를 제기하였으나, 위 법원은 2018. 1. 23. ‘BBB 그룹 계열사들이 수행하는 다양한 용역은 관련 기업들 각각에 제공되는 용역가치를 계량하기 어려운 경우로서 그 용역의 원가를 모든 잠재적 수혜자에게 배분할 필요가 있다고 인정되므로, 간접청구방식의 필요성이 인정된다. BBB 그룹 계열사들이 원고에게 실제 제공한 용역은 원고의 사업활동을 위한 것으로서 원고의 소득발생과 합리적인 관련성이 인정된다. 또한 경영관리수수료 배분기준의 합리성도 인정된다. 피고들 주장만으로 경영관리수수료가 실질적인 용역 제공 없이 지출되었다거나 용역 제공과 원고의 수익 간에 관련성이 부족하거나 배부기준이 합리성을 결여하여 손비의 요건을 갖추지 못하였다고 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없어 감액․경정된 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.’는 이유로 피고들의 항소를 모두 기각하는 판결을 선고하였다. 이에 대하여 피고들이 대법원 2018두36479호로 상고를 제기하였으나, 2018. 5. 31. 심리불속행 기각되어 원고 전부 승소의 위 제1심판결이 2018. 6. 5. 확정되었다(위와 같이 확정된 관련 사건을 심급에 관계 없이 통틀어 이하 ‘선행 사건’이라 한다).
라. 2011~2013 각 사업연도에 대한 세무조사 실시
1) 피고 OO지방국세청장은 2014. 7. 31.부터 2015. 8.경까지 원고에 대한 2010~2013 사업연도에 대한 법인세제 통합세무조사를 실시하면서(이하 ‘당초 세무조사’라 한다), 원고가 국외특수관계인{CCCCC는 구 국제조세조정에 관한 법률(2015. 12. 15. 법률 제13553호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제2조 제1항 제8호 (가)목에 의한 국외특수관계인에 해당함}과 국제적 용역거래를 수행함에 따라 2011~2013 각 사업연도에 지급한 합계 약 1,737억 3,867만 원의 경영관리수수료 및 합계 약 64억 4,837만 원의 이자비용이 같은 법 제4조에 의한 정상가격을 기준으로 산정된 것인지 여부를 조사하였다. 그런데 원고가 세무조사 기간 동안 과세관청의 경영관리수수료 및 이자비용의 정상가격 여부와 관련된 자료 제출 요구에 충실히 응하지 아니하여 조사가 중지ㆍ연장되면서 장기화되었다{특히 2019. 3.~2019. 6.경 이루어진 2014~2018 사업연도 세무조사 기간에는 원고의 자료 제출 의무 불이행 등으로 인하여 총 92회(= 2019. 7. 19.자 72회 + 2019. 8. 8.자 20회)에 걸쳐 합계 18억 4,000만 원의 과태료가 부과되었다}.
2) 피고 OO지방국세청장은 원고가 제출한 자료에 기초하여 정상가격에 의한 과세조정 방식으로 항목별 부인접근법을 채택하여, 경영관리수수료 및 이자비용에 대한 이전가격 과세조정을 하였다. 그에 따라 원고가 2011~2013 각 사업연도 중에 지출한 전체 경영관리수수료 및 수수료 이자비용 중 ① 원고가 실질적으로 당해 용역 대부분을 스스로 수행한 경우, ② 원고가 제공받은 용역 내용보다 과다 청구된 경우, ③ 원고가 증빙자료를 제출하지 않아 용역 제공의 내용이 확인되지 않는 경우 등 원고가 실질적으로 BBB 그룹 계열사로부터 용역을 제공받고 그에 대한 대가를 지급하였다고 볼 수 없는 경우에 대해 손금산입을 부인하기로 결정하였다. 그 결과 2011~2013 각 사업연도에 대하여 전체 491개 수수료 항목 합계 약 1,737억 3,867만 원 중 169개 항목 총 88,977,617,199원(부인율 약 51.2%)의 경영관리수수료 및 전체 이자비용 합계 약 64억 4,837만 원 중 위 경영관리수수료에 관련된 이자비용 총 2,897,970,062원(부인율 약 51.2%)을 손금부인하여 위 각 금액이 손금불산입 대상이 된다는 이유로, 2011~2013 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 산정함에 있어 아래 , 내역과 같이 경영관리수수료 및 이자비용을 손금불산입하여 경정할 것을 피고 RR세무서장에게 통보하였다.
생략
생략
3) 피고 OO지방국세청장은 2010년 1기부터 2013년 2기 부가가치세 과세기간 중 거래상대방의 신고 여부 및 내용과 원고의 신고 내역이 서로 부합하지 않는 세금계산서 합계표(이하 ‘이 사건 세금계산서 불부합’이라 한다) 자료를 검토하였고, 그 중 부과제척기간의 경과가 임박한 2010년 1기 부가가치세 과세기간 및 2010 사업연도 법인세(2009. 6. 1. ~ 2010. 5. 31.)에 대하여 원고가 DDD에 대한 매출액 116,221,000원, EEE에 대한 매출액 1,490,767원, FFF에 대한 매출액 58,263,122원, GGG에 대한 매출액 205,646,875원 합계 381,621,764원을 매출누락한 것으로 보아 과세자료를 우선적으로 피고 RR세무서장에게 통보하였고, 피고 RR세무서장은 2015. 8. 17. 원고에게 2010 사업연도 법인세 138,386,930원을 경정·고지하고(이하 ‘선행 법인세 부과처분’이라 한다), 부가가치세 상당액을 포함한 286,114,528원을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다(을 제58호증).
4) 그 후 피고 OO지방국세청장은 아래 내역과 같이 2010년 2기부터 2013년 2기까지의 매출누락액 647,381,152원( ⑥, ⑦번 합산액)을 원고의 매출누락액으로 판단하여 부가가치세 과세표준을 증액하고 법인세 소득금액 계산 시 익금산입하였다. 한편, 귀속 불분명 사외유출금액은 대표자에 대한 인정상여로 소득처분을 하고, 원고의 매입처별 세금계산서 합계표 과다 제출 금액 458,329,000원( ⑧~⑭, ⑯~⑲번 합산액), 매입처별 계산서 합계표 과다 제출 금액 12,888,000원( ⑮번 금액) 합계 471,217,000원(= 458,329,000원 + 12,888,000원)을 원고의 과다 신고한 매입금액으로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 법인세 손금불산입으로 처리하여 과세표준을 경정할 것을 피고 RR세무서장에게 통보하였다.
생략
마. 과세처분과 소득금액변동통지 및 이전소득금액통지
1) 피고 RR세무서장은 위 내역과 같이 원고가 국외특수관계인 CCCCC에 지급한 일부 경영관리수수료와 이자비용을 손금불산입하기로 하여 2016. 1. 5. 원고에게 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’의 ‘고지세액’란 기재와 같이 2011 ~ 2014 각 사업연도 귀속 법인세 합계 29,700,884,680원(가산세 포함)을 부과․고지하였다(이하 ‘당초 법인세 부과처분’이라 한다). 같은 날 위 피고는 원고에게 같은 목록 제3항 ‘부가가치세 부과처분’의 ‘고지세액’란 기재와 같이 이 사건 세금계산서 불부합 자료를 토대로 2010년 2기~2013년 2기 각 부가가치세 합계 189,745,520원{가산세 포함, 매출누락액 647,381,152원, 매입과다액 458,329,000원(= 471,217,000원 – 앞서 본 ⑮번 면세 12,888,000원), 아래 참조}을 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).
생략
2) 피고 OO지방국세청장은 2016. 1. 5. 위 라.의 3)항 기재 이 사건 세금계산서 불부합 자료에 따른 손금불산입 항목과 익금산입 항목 등 합계 1,301,373,745원을 법인세법 제67조에 따라 2011~2014 각 사업연도 원고의 그 당시 대표이사[A, B]에 대한 인정상여로 소득처분하고 원고에게 [별지1] 목록 제4항 ‘소득금액변동통지’의 ‘소득금액’란 기재와 같은 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지처분’이라 한다).
3) 피고 OO지방국세청장은 원고가 2011~2013 각 사업연도 이전소득금액 약 918억 원(= 2011 사업연도 27,399,958,164원 + 2012 사업연도 37,935,309,708원 + 2013 사업연도 26,540,319,390원)을 CCCCC로부터 반환받았는지 여부가 확인되지 않는다는 이유로 2016. 1. 5. 원고에게 임시유보통지를 하였는데 원고가 90일 이내에 이전소득금액반환확인서를 제출하지 않았다. 이에 위 피고는 2016. 4. 15. 위 라.의 2)항 기재와 같이 손금불산입된 2011~2013 각 사업연도 귀속 경영관리수수료 및 이자비용 합계 91,875,587,262원(= 88,977,617,200 + 2,897,970,062원)에 대하여 구 국제조세조정법 제9조 및 구 국제조세조정법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26078호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 제1항 제3호에 따라 [별지1] 목록 제2항 ‘이전소득금액통지’의 ‘이전소득금액’란 기재와 같이 국외특수관계인 CCCCC를 소득의 귀속자로 하는 배당처분을 하고 원고에게 그에 관한 이전소득금액통지를 하였다.
바. 조세심판원의 재조사결정
1) 원고는 위 라.의 3)항과 같이 당초 세무조사 중 2010년 제1기 부가가치세 세금계산서 불부합 부분과 관련하여 이루어진 선행 법인세 부과처분에 대하여 2015. 10. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 6. 27. ‘피고 RR세무서장이 2015. 8. 17. 원고에게 한 2010 사업연도 법인세 138,386,930원 및 2010년 귀속 소득금액변동통지 286,114,528원은 원고가 제출한 장부, 금융거래자료 등을 통해 2010년 제1기 과세기간 중 DDD 주식회사(이하 법인명은 주식회사 표시를 생략한다) 외 3개 매출처에 합계 381,621,764원을 매출누락 하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액, 소득금액변동통지 금액을 경정하라’는 내용의 재조사결정을 하였다1)(이하 ‘선행 재조사결정’이라 한다).
2) 한편 원고는 위 마.의 1), 2)항 기재 당초 법인세 부과처분, 이 사건 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지처분의 각 취소를 구하기 위하여 2016. 4. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 위 마.의 3)항 기재 이전소득금액통지처분에 대하여는 2016. 7. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였다.
3) 조세심판원은 위 2)항의 두 사건을 병합 심리한 후 2019. 7. 5. ‘경영관리수수료 88,977,617,199원, 이자비용 2,897,970,062원의 업무 관련성․금액의 적정성 여부, 원고의 2010년 2기~2013년 2기 각 부가가치세 과세기간 중 647,381,152원의 매출누락 및 471,271,000원의 매입액 과다계상 여부를 재조사하여, 당초 처분을 경정하라는 내용의 재조사결정(이하 ‘이 사건 재조사결정’이라 한다)을 하였다.
사. 재조사결정에 의한 경정처분
1) 피고 OO지방국세청장은 이 사건 재조사결정에 따라 2019. 8. 14.부터 2019. 9.경까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데(이하 ‘이 사건 재조사’라 한다), 그동안 경영관리수수료 등과 관련된 다수의 내부 자료들을 확보․검토한 결과, 원고가 국외특수관계인에게 지급한 경영관리수수료 및 그 지급 지연에 따른 이자비용과 관련하여 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제4호가 정한 이익분할법이 가장 합리적인 정상가격 산출 방법이라고 판단하게 되었다.
2) 이에 따라 피고 OO지방국세청장은 2011~2013 각 사업연도 전체 경영관리수수료 1,737억 3,867만 원 중 이익분할법에 따라 산정한 정상가격을 기준으로 원고를 제외한 BBB 그룹의 다른 계열사들의 평균 기여도 26.3%를 초과하여 CCC에 지급한 경영관리수수료 약 783억 원(= 2011년 166억 원 + 2012년 369억 원 + 2013년 248억 원, 이하 ‘이 사건 경영관리수수료’라 한다) 및 전체 이자비용 64억 4,837만 원 중 위 소득조정 비율에 따라 안분한 약 28억 7,000만 원(= 2011년 4000만 원 + 2012년 10억 4,000만 원 + 2013년 17억 9,000만 원, 이하 ‘이 사건 이자비용’이라 한다) 등 합계 약 812억(= 약 783억 원 + 약 28억 7,000만 원)을 이전가격 조정 대상으로 판단하고, 위 마.항 기재 각 당초 처분을 경정하라는 취지의 재조사 결과를 피고 RR세무서장에 통보하였다.
3) 피고 RR세무서장은 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재와 같이 위 마.의 1)항 기재 2011~2014 각 사업연도 귀속 당초 법인세 부과처분 중 2011 사업연도 귀속 법인세 9,703,936,027원(가산세 포함)에서 2019. 10. 2. 이 사건 재조사결정에 따라 3,671,845,471원(가산세 포함)을 각 감액하여 6,032,090,556원(가산세 포함)으로 경정·고지하고 원고에게 위 감액된 세액을 환급하였다. 한편, 2012~2014 각 사업연도 귀속 법인세 부과처분을 비롯하여 위 마.항 기재 이 사건 부가가치세 처분과 소득금액변동통지처분의 경우에는 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 따라 선행 및 이 사건 재조사로 인하여 원고에게 불이익한 변경을 할 수 없는 점 등을 고려하여 추가 경정·고지 없이 당초 처분의 내용대로 유지하기로 결정하였다{이와 같이 일부 감액경정되거나 당초 처분의 내용 그대로 유지된 당초 2016. 1. 5.자 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재 ‘감액 후 잔액’란 합계 26,029,039,228원(가산세 포함)의 법인세 부과처분을 이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다}.
4) 피고 OO지방국세청장은 2019. 11. 4. 위 3)항과 같이 2011 사업연도 귀속 법인세를 감액․경정함에 따라 2011년 귀속 당초 이전소득금액 27,399,958,164원을 [별지1] 목록 제2항 ‘이전소득금액통지’ 기재와 같이 16,710,148,888원(= 27,399,958,164원 – 10,689,809,276원)으로 감액하여 원고에게 그에 관한 이전소득금액통지를 하였다. 그 외 2012~2013년 귀속 이전소득금액통지처분의 경우에는 이 사건 재조사로 인하여 원고에게 불이익한 변경을 할 수 없는 점 등을 고려하여 추가 경정․고지 없이 당초 처분의 내용대로 유지하기로 결정하였다(이와 같이 일부 감액경정되거나 당초 처분의 내용대로 유지된 당초 2016. 4. 15.자 [별지1] 목록 제2항 ‘이전소득금액통지’ 기재 ‘감액 후 잔액’란 합계 81,185,777,986원의 이전소득금액통지처분을 이하 ‘이 사건 이전소득금액통지처분’이라 한다).
5) 원고는 이 사건 법인세 부과처분, 부가가치세 부과처분, 소득금액변동통지처분 및 이전소득금액통지처분(이하 ‘이 사건 각 처분’으로 총칭한다)의 취소를 구하기 위하여 2019. 10. 2. 이 사건 소를 제기하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 이 법원에 현저한 사실, 갑 제1 내지 8호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 9, 58, 80, 81호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 관계 법령
제1심판결문 [별지3] 기재와 같다.
나. 당초 법인세 부과처분 중 감액경정된 부분에 관한 소의 적법 여부 판단
1) 피고들의 본안전 항변
피고 RR세무서장은 2017. 11. 9. 선행 재조사결정에 따라 원고의 EEE에 대한 2011 사업연도 귀속 매출 205,647,000원을 차감하고, 원고의 DDD에 대한 2011 사업연도 매출 누락액 116,221,000원을 가산하여 계산한 산출세액 19,927,160원(가산세 포함)을 2011 사업연도 법인세에서 감액 경정하고 그 금액을 원고에게 환급하였다. 따라서 원고가 다투는 이 사건 법인세 부과처분 중 위 19,927,160원은 더 이상 존재하지 아니하므로 소의 이익이 존재하지 않는다.
2) 판단
가) 과세관청이 증액경정처분 후에 당초 신고나 결정에 위법사유가 있다는 이유로 쟁송절차와 무관하게 직권으로 일부 감액경정처분을 한 경우에는 그 실질이 증액된 세액을 다시 감액한 것이 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액을 감액한 것인 만큼, 납세자는 이와는 상관없이 여전히 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 취소를 구할 수 있다(대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결 참조).
나) 앞서 본 인정사실 및 을 제80호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 피고 RR세무서장이 선행 재조사결정에 따른 재조사결과에 따라 2017. 11. 9. 원고의 EEE에 대한 2011 사업연도 귀속 매출 205,647,000원을 차감하고, 원고의 DDD에 대한 2011 사업연도 매출 누락액 116,221,000원을 가산하여 계산한 법인세 19,927,160원(가산세 포함)을 감액 경정하고 원고에게 그 금액을 환급한 사실을 알 수 있다.
다) 살피건대, 원고가 다투는 이 사건 법인세 부과처분과 선행 법인세 부과처분, 피고 RR세무서장의 2015. 8. 17.자 선행 법인세 부과처분은 별개의 증액경정처분이고 설령 원고가 2015. 8. 17.자 선행 법인세 부과처분에 대하여 다툰 결과 원고의 2011 사업연도 법인세가 감액되었다고 하더라도 원고가 다투는 2016. 1. 5.자 이 사건 법인세 부과처분에 EEE의 매출누락분이 포함되어 있지 않은 이상{선행 재조사결정에 따른 재조사 결과에 의하더라도 원고는 EEE에 대한 매출 205,647,000원을 당초에 2011 사업연도 귀속분으로 신고한 사실을 알 수 있다. 즉, 해당 매출 205,647,000원은 원고가 다투는 이 사건 법인세 부과처분(증액경정처분)에 포함되어 있지 않다} 감액된 2011 사업연도 법인세는 원고가 당초에 신고한 법인세에 불과하므로 원고는 이와 무관하게 2016. 1. 5.자 이 사건 법인세 부과처분 전액에 대해서 다툴 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 피고들의 이 부분 본안전 항변은 이유 없다.
다. 이 사건 각 처분 중 세금계산서 불부합 관련 부분에 관한 판단
1) 원고의 주장
피고들은 이 사건 세금계산서 불부합 자료를 이유로 법인세, 부가가치세 및 소득금액변동통지처분([별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 중 세금계산서 불부합 관련 세액 부분, 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 소득금액변동통지처분)을 하였으나, 원고는 관련 세금계산서를 적법하게 발급 및 수수하였고, 피고들은 거래상대방에 대한 별다른 조사도 없이 원고의 일방적인 잘못으로 보아 위 각 처분에 이르렀다. 따라서 위 각 처분은 근거과세의 원칙 및 과세처분의 적법성에 대한 증명책임의 법리에 위반하여 이루어진 것으로 위법하므로 전부 취소되어야 한다.
2) 관련 법리
법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 증명책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 증명하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 증명의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).
3) 구체적 판단
앞서 든 증거, 갑 제72호증, 을 제37 내지 47, 59, 91, 92호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재 ‘세금계산서 불부합 관련 세액’란 각 사업연도 법인세 합계 359,912,843원(가산세 포함) 중 2012 사업연도 22,840,339원을 초과하는 부분, 같은 목록 제3항 ‘부가가치세 부과처분’ 기재 ‘세금계산서 불부합 관련 세액’란 각 부가가치세 합계 189,745,545원(가산세 포함)2) 중 185,581,678원(가산세 포함)3)을 초과하는 부분, 같은 목록 제4항 ‘소득금액변동통지’ 기재 ‘세금계산서 불부합 관련 소득금액’란 합계 1,301,373,745원 중 115,313,600원을 초과하는 부분은 각 위법하여 취소되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.
가) 이 사건 세금계산서 불부합 자료(을 제6, 7, 8호증)는 와 같이 원고와 거래상대방의 각 부가가치세 신고 내역이 서로 일치하지 않는 차이 금액을 정리한 것이다. 이 사건 부가가치세 부과처분은 그 차이에 대해서 원고가 2010년 2기부터 2013년 2기까지의 과세기간 동안 매출액을 과소신고하거나 매입세액을 과다하게 공제받은 것에 해당한다고 보아 이루어진 것인데, 피고들은 원고가 매출액을 과소신고한 해당 거래금액을 647,381,152원(= ⑥번 11,773,200원 + ⑦번 635,607,952원), 매입세액을 과다하게 공제받은 해당 거래금액을 458,329,000원(⑧~⑭, ⑯~⑲번 합산액)으로 판단하였다.
나) 먼저 매출 과소신고액 647,381,152원에 대해서 살펴본다. 2010년 2기 과세기간에 HHH가 원고를 거래상대방으로 한 매입신고액 44,779,200원과 원고의 위 회사에 대한 매출신고액 33,006,000원 사이의 차액 11,773,200원(= 44,779,200원 – 33,006,000원), 2010년 2기 과세기간에 III가 원고를 거래상대방으로 한 매입신고액 29,650,009,000원과 원고의 위 회사에 대한 매출신고액 29,014,401,000원 사이의 차액 635,607,952원(= 29,650,009,000원 – 29,014,401,000원, 단수조정에 의한 차액 발생분은 무시)의 합계 647,381,152원(= 11,773,200원 + 635,607,952원)은 원고와 위 각 회사가 제출한 세금계산서합계표 기재금액에 의하여 확인된다.
원고와 HHH 사이의 신고금액 차이에 대하여 살피건대, 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준, 특히 수입에 대한 증명책임은 과세관청에 있는 것인데, 피고들이 제출한 증거들만으로는 원고와 HHH가 제출한 세금계산서합계표 기재 금액상 차이가 있다는 사실을 알 수 있을 뿐 원고가 매출액을 과소신고한 것인지 그 거래상대방인 HHH가 매입액을 과다신고한 것인지 여부를 명확하게 알 수 없다. 따라서 피고 RR세무서장이 원고와 HHH가 제출한 세금계산서합계표 기재상의 차액인 11,773,200원을 원고가 매출액을 과소신고한 것으로 전제한 뒤 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분으로 나아간 것은 그 증명책임을 다하지 않은 것으로 위법하다.
다음으로 원고와 III 사이의 신고금액 차이에 대하여 살펴보면, III는 2010년 2기 과세기간에 원고로부터 ‘상품PC류, 유지보수비, 수수료위탁교육비 및 원부재료비’ 등을 매입하면서 세금계산서를 적법하게 수취하였고, 원고의 OO은행 계좌로 이에 대한 대금 29,650,011,325원을 모두 지급한 내용을 소명하였으나 원고는 그 차액에 대하여 별다른 증빙자료를 제출하지 아니하였다.
일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건은 과세권자에게 입증책임이 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 못되는 사정을 입증하지 않는 한 당해 세금부과처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없는 것이므로(대법원 1987. 12. 22. 선고 87누811 판결 등 참조), 원고와 III 사이의 신고금액 차이는 원고의 매출액 과소신고에 의한 것이라고 봄이 타당하다.
다) 다음으로 매입 과다신고액 458,329,000원을 살펴본다. 2010년 2기 과세기간에 발생한 JJJ과 원고 사이의 신고금액 차액 12,340,000원(= 원고 매입신고액 13,069,000원 – 거래처 매출신고액 729,000원) 및 KKK과 원고 사이의 신고금액 차액 19,099,000원(= 원고 매입신고액 22,609,000원 – 거래처 매출신고액 3,510,000원), 2011년 1기 과세기간에 발생한 LLL와 원고 사이의 신고금액 차액 72,000,000원(= 원고 매입신고액 72,000,000원 – 거래처 매출신고액 0원), MMM과 원고 사이의 신고금액 차액 48,352,000원(= 원고 매입신고액 70,215,000원 – 거래처 매출신고액 21,863,000원), NNN와 원고 사이의 신고금액 차액 170,939,000원(= 원고 매입신고액 271,429,000원 – 거래처 매출신고액 100,490,000원) 및 OOO와 원고 사이의 신고금액 차액 15,246,000원(= 원고 매입신고액 270,901,000원 – 거래처 매출신고액 255,655,000원), 2011년 2기 과세기간에 발생한 TTT과 원고 사이의 신고금액 차액 17,634,000원(= 원고 매입신고액 219,749,000원 – 거래처 매출신고액 202,115,000원), 2012년 1기 과세기간에 발생한 YYY와 원고 사이의 신고금액 차액 59,031,000원(= 원고 매입신고액 337,665,000원 – 거래처 매출신고액 278,634,000원), 2013년 1기 과세기간에 발생한 RRR와 원고 사이의 신고금액 차액 10,688,000원(= 원고 매입신고액 60,561,000원 – 거래처 매출신고액 49,873,000원) 및 SSS와 원고 사이의 신고금액 차액 13,100,000원(= 원고 매입신고액 31,100,000원 – 거래처 매출신고액 18,000,000원), 2013년 2기 과세기간에 발생한 ZZZ과 원고 사이의 신고금액 차액 19,900,000원(= 원고 매입신고액 34,800,000원 – 거래처 매출신고액 14,900,000원) 등 합계 458,329,000원은 원고와 위 각 거래처가 제출한 세금계산서합계표 기재금액에 의하여 확인된다.
소득세법상 필요경비와 마찬가지로 법인세법상 손금이나 부가가치세법상 매입세액 역시 납세의무자에게 유리한 것이고 이를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 납세의무자가 증명하는 것이 손쉽다는 점을 고려할 때, 피고들이 원고와 위 각 거래처가 제출한 세금계산서합계표상 기재금액에 차이가 있음을 증명한 이상 원고가 위 신고금액의 차액에 대하여 원고가 매입액을 과다하게 신고한 것이 아니라는 점에 대한 증명책임을 부담한다고 봄이 타당하다.
먼저 원고와 JJJ 사이의 신고금액 차이에 대하여 살피건대, 갑 제72호증의 기재에 의하면 원고는 2010. 9. 13. JJJ로부터 공급가액 13,069,695원4)의 세금계산서를 발급받고, JJJ의 계좌로 2010. 10. 28. 부가가치세를 포함하여 14,376,664원을 송금한 사실을 알 수 있다. 반면 피고들은 피고들이 주장하는 공급가액 729,000원의 세금계산서에 대하여 JJJ로부터 별다른 증빙자료를 수취하지 못한 바 이 부분 신고금액의 차이는 원고의 매입세액 과다신고로 인한 것이라고 단정할 수 없다.
그러나 원고가 제출한 증거들만으로는 나머지 거래처와의 신고금액 차이에 대하여는 원고가 매입세액을 과다신고하지 않았다는 사실을 인정하기에 부족하다(원고 역시 대부분의 부가가치세 매입세액을 과다신고한 사실을 자인하고 있다). 오히려 거래처별로 그 차액을 구체적으로 살펴보면, ① KKK이 2010년 2기 부가가치세 확정신고 시 원고에게 발급한 세금계산서 금액 19,099,000원을 과세표준에 포함하여 매출신고를 하였다가 2011. 3.경 공급일자를 변경하여 수정세금계산서를 발급하고 경정청구를 하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 당초 2010년 2기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액 1,909,000원을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 점, ② LLL는 원고에게 발급한 2011. 6. 1.자 72,000,000원의 매출세금계산서에 대해 계약해제를 이유로 수정세금계산서를 발급하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 당초 2011년 1기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 점, ➂ 원고의 2011년 1기 부가가치세 예정 및 확정 신고 시 MMM, NNN로부터 각 수취한 매입세금계산서 금액은 그에 대응하는 MMM, NNN의 원고에 대한 각 매출세금계산서 금액과 상당한 차이가 나고, 원고가 제출한 특정 날짜의 전산장부 출력화면만으로 원고의 손금산입액을 달리 평가하기 어려운 점, ➃ OOO는 2011. 5. 2.자 72,000,000원의 매출세금계산서에 대해 기재사항 착오정정을 이유로 수정세금계산서를 발급하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 2011년 1기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 것으로 보이며, 달리 법인세 소득금액 계산 시 당초 계상한 위 매입금액을 감액하여 손금불산입하였다고 볼 자료가 없는 점, ⑤ PPP는 원고에게 발급한 전자세금계산서 금액 202,115,000원을 과세표준에 포함하여 2011년 2기 부가가치세 확정신고를 하였으나, 원고는 위 과세기간에 PPP로부터 202,115,000원의 전자세금계산서 외에도 17,634,000원의 종이세금계산서 등 합계 219,749,000원(= 202,115,000원 + 17,634,000원)의 세금계산서를 수취한 것으로 신고함에 따라 17,634,000원의 차액이 발생한 점, ⑥ 2012년 1기 부가가치세 확정 신고 시 QQQ 2013년 1기 부가가치세 예정 및 확정 신고 시 RRR로부터 원고가 각 수취한 매입세금계산서 금액은 그에 대응하는 위 각 회사의 원고에 대한 매출세금계산서 금액과 상당한 차이가 나고, 원고가 제출한 특정 날짜의 전산장부 출력화면만으로 원고의 손금산입액이나 장부 계상액을 달리 평가하기 어려운 점, ⑦ SSS는 2013년 1기에 발급한 13,100,000원의 매출세금계산서에 대해 착오에 의한 이중발급을 이유로 수정세금계산서를 발급하였으나, 원고는 별다른 수정신고 없이 2013년 1기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 그대로 공제받고 손금으로 산입한 것으로 보이는 점, ➇ AAAA은 원고에게 발급한 전자세금계산서 금액 14,900,000원을 과세표준에 포함하여 2013년 2기 부가가치세 예정신고를 하였으나, 원고는 위 과세기간에 AAAA으로부터 14,900,000원의 전자세금계산서 외에도 19,900,000원의 종이세금계산서 등 합계 34,800,000원의 세금계산서를 수취한 것으로 신고함에 따라 19,900,000원의 차액이 발생한 점 등에 비추어, 원고와 거래상대방 사이에 신고금액의 차이는 원고의 매입세액 과다신고에 의한 것이라고 봄이 타당하다.
한편, 원고는 부가가치세 매출세액 과소신고액 중 의 ⑦번 III에 대한 635,607,952원, 매입세액 과다신고액 중 의 ⑩번 LLL에 대한 72,000,000원, ⑪번 MMM에 대한 48,352,000원, ⑫번 NNN에 대한 170,939,000원, ⑭번 TTT에 대한 17,634,000원, ⑮번 UUU에 대한 12,888,000원, ⑰번 RRR에 대한 10,688,000원, ⑱번 SSS에 대한 13,100,000원, ⑲번 VVV에 대한 19,900,000원에 대하여 각 법인세 시스템 상에는 관련 익금을 과소하게 신고하지 않거나 손금을 과다하게 신고하지 않았으므로 부가가치세의 세무처리가 잘못되었다고 하더라도 관련 법인세 및 소득금액변동통지 처분까지 모두 적법한 것으로 추정할 수 없다고 주장한다.
살피건대, 갑 제73 내지 78호증, 을 제25호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고의 법인세 과세기간은 매해 6. 1.부터 익년 5. 30.까지인 사실, 위 ⑦번 III 관련 거래번호 2061144, 2063427에 대응되는 매출계정이 법인세 전산장부에 인식되어 있는 사실, 원고의 전산장부에 위 ⑩번 LLL에 대한 72,000,000원, ⑪번 MMM에 대한 48,352,000원, ⑫번 NNN에 대한 170,939,000원, ⑭번 TTT에 대한 17,634,000원, ⑮번 UUU에 대한 12,888,000원, ⑰번 RRR에 대한 10,688,000원, ⑱번 SSS에 대한 13,100,000원, ⑲번 VVV에 대한 19,900,000원의 비용이 손금으로 중복 계상되어 있지 않은 사실이 각 인정된다. 따라서 이 부분과 관련된 이 사건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 처분은 위법하고 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
라) 이 사건 부가가치세 부과처분의 정당세액 계산과 관련하여, 피고들이 원고의 매출세액 과소신고로 판단한 금액 중 피고들의 증명책임이 부족한 부분인 의 ⑥번 11,773,200원과 피고들이 원고의 매입세액 과다신고로 판단한 금액 중 원고가 증명책임을 다한 부분인 ➇번 12,340,000원에 대한 부가가치세액은 취소되어야 한다. 따라서 피고 RR세무서장이 원고에게 한 이 사건 부가가치세 부과처분 중 [별지1] 목록 제3항 ’부가가치세 부과처분‘ 기재 ’세금계산서불부합 관련 세액‘란의 2010년 2기 사업연도 117,218,664원 중 113,054,797원을 초과하는 부분에 한하여 취소되어야 한다.
마) 이 사건 법인세 부과처분 중 세금계산서불부합 관련 정당세액 계산과 관련하여 살피건대, 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두72935 판결 등 참조). 앞서 본 바와 같이 부가가치세의 오류와 무관하게 법인세 신고 시 일부 익금과 손금은 정상적으로 반영되었으므로, 이를 2011~2014 각 사업연도 법인세 고지세액에서 각 차감하여야 한다. 을 제92호증의 기재에 의하면 [별지1] 목록 제1항 ‘법인세 부과처분’ 기재 ‘세금계산서 불부합 관련 세액’ 관련 취소세액이 2011 사업연도 320,542,562원, 2012 사업연도 32,762,455원, 2013 사업연도 7,011,613원, 2014 사업연도 4,900,456원으로 산정되는바, 피고 RR세무서장이 원고에게 한 이 사건 법인세 부과처분 중 2012 사업연도 22,840,339원(= 55,602,794원 – 32,762,455원)을 초과하는 부분을 전부 취소하기로 한다(2011, 2013, 2014 각 사업연도는 세금계산서 불부합 관련 세액보다 취소세액이 더 많게 산정되어 남는 것이 없다).
바) 마지막으로 귀속자 불분명 사외유출금액(인정상여)에 대해서 살펴본다. 먼저 피고들이 거래차액에 대해 원고의 2010년 1기분 매출 과소신고로 판단한 것 중 그 소득의 귀속시기가 2011년인 의 ②번 WWW 30,185,980원 + ➃번 XXX 관련 금액 중 일부인 24,000,000원 역시 위 나)항에서 살펴본 바와 같이 피고들이 제출한 증거들만으로 원고가 매출액을 과소하게 신고한 것으로 인정하기에 부족하다.5) 따라서 원고의 2011~2014 각 사업연도 귀속자 불분명 사외유출금액 합계액 1,301,373,745원에서 피고들이 원고의 매출액 과소신고로 판단한 금액 중 증명이 부족한 부분인 의 ②번 30,185,980원, ④번 24,000,000원, ⑥번 11,773,200원과 피고들이 원고의 매입액 과다신고로 판단한 금액 중 원고가 증명을 다한 부분인 ➇번 12,340,000원 및 앞서 본 바와 같이 부가가치세 신고 오류와 별개로 법인세 신고시 익금 및 손금에 정상적으로 반영된 ⑦번 634,607,952원, ⑩번 72,000,000원, ⑪번 48,352,000원 ⑫번 170,939,000원, ⑭번 17,634,000원, ⑮번 12,888,000원, ⑱번 10,688,000원, ⑲번 13,100,000원, ⑳번 19,900,000원을 합한 1,079,408,132원에 부가가치세 106,652,013원{=(1,079,408,132-12,888,000)*10%}을 합한 1,186,060,145원을 차감하면, 원고의 2011~2014 각 사업연도 귀속 불분명 사외유출금액 합계액은 아래와 같이 115,313,600원인 사실이 인정된다. 따라서 피고 OO지방국세청장이 원고에게 한 이 사건 소득금액변동통지처분 중 위 115,313,600원을 초과하여 이루어진 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.
라. 이 사건 이전소득금액통지처분 및 이 사건 경영수수료 및 이자비용에 관련된 법인세 부과처분에 관한 판단
이 법원이 ‘1) 원고의 주장’, ‘2) 피고들의 쟁점처분이 선행 사건 확정판결의 효력에 저촉되는지 여부’, ‘3) 피고의 정상가격 산출방법 선택(이익분할방법)에 관한 판단’ 부분에 관하여 쓸 이유는, 제1심 판결문 중 다음과 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 부분을 제외하고는, 제1심판결의 이유 부분 2.의 다. 1) 내지 3)항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
○ 제1심판결문 제35면 제6 내지 12행을 아래와 같이 고쳐 쓴다.
『위 인정사실과 더불어 앞서 든 증거들에 갑 제13, 14, 16, 17호증, 을 제13, 14, 21 내지 24, 26, 27, 30 내지 36, 60 내지 64호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 관련 규정의 내용과 취지에 비추어 살펴보면, 이 사건 경영관리수수료 및 그 증감에 연동하는 이 사건 이자비용에 관한 가장 합리적인 정상가격의 산출방법은 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제4호가 정한 이익분할방법이라고 봄이 타당하다. 따라서 피고 OO지방국세청장이 위 비용에 대한 정상가격의 산출방법으로 이익분할방법을 선택한 것 자체는 정당하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.』
○ 제1심판결문 제38면 제21행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.
『원고는 구 국제조세조정법 시행규칙 제2조 제2항 제4호에서 정하고 있는 바와 같이 양 당사자가 무형자산을 활용하는지 여부가 아니라 양 당사자가 특수한 무형자산의 형성에 관여하는 경우를 이익분할법을 사용하기에 적합한 경우로 규정하고 있는데, 원고와 계열사들은 같이 어떤 특수한 무형자산 형성에 관여한 사실이 없으므로 이익분할법을 적용하는 것은 타당하지 않다고 주장한다.
구 국제조세조정법 시행령 제5조 제3항의 위임을 받은 구 국제조세조정법 시행규칙(2016. 4. 6. 기획재정부령 제559호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항에서는 정상가격 산출방법의 적합성이 높은지 평가하는 경우 각 호의 사항을 고려하여야 한다고 규정하면서, 제4호에서는 이익분할법을 적용하는 경우 “특수관계인 양쪽이 특수한 무형자산 형성에 관여하는 등 고도로 통합된 기능을 수행하는 경우에 특수관계가 없는 독립된 당사자 사이에서도 각자의 기여에 비례하여 그 이익을 분할하는 것이 합리적으로 기대되는지 여부”를 고려하여야 한다고 정하고 있다. 문언 그 자체에 의하더라도 ‘특수관계인 양쪽이 특수한 무형자산 형성에 관여하는 등 고도로 통합된 기능을 수행하는 경우’라고 정하고 있어 반드시 특수관계인 양쪽이 특수한 무형자산의 형성에 관여할 것을 요구하는 것은 아니고 특수관계인 양쪽이 고도로 통합된 기능을 수행하는 경우라면 이익분할법의 적합성이 높다고 보는 것이므로 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.』
○ 제1심판결문 제40면 제19행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.
『원고는 그 마케팅 무형자산의 보유 및 활용사실을 증명할 위 증거들이 위 사실을 제대로 뒷받침하지 않는다고 하며, 을 제32호증은 그 형식 자체가 문답서나 진술서가 아니라 과세관청 소속 조사공무원들이 인터뷰 내용을 임의로 정리한 내부자료에 불과하고, 을 제34호증은 그것이 무엇인지에 대한 설명이 전혀 없으며 원본 파일이 제출되지 않아 그 내용이 무엇인지 확인도 불가능하다고 주장한다.
그러나 피고들이 당심에서 추가로 제출한 을 제63, 64호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 을 제63호증은 부서 및 발표자의 성명과 발표시간이 순서대로 나열되어 있으며 실제 각 발표자가 발표에 사용한 PPT문서이고 거기에 조사공무원들이 필기한 내용이 기재되어 있는 점, 을 제32호증은 위와 같이 발표자들과의 인터뷰 내용과 이를 근거로 조사관이 정리한 내용인데, 과세관청 역시 부과처분이 취소되지 않도록 주어진 자료들을 분석하여 가장 합리적인 정상가격 산정방법을 도출해내어야 하는 점, 이에 반하는 특별한 자료는 제출되어 있지 않은 점, 오히려 을 제32호증의 각 문답서(C), (D) 내용 중 원고의 조직구성 및 영업활동에 관한 부분이 이와 일치하는 점 등에 비추어 보면 직접 인터뷰 대상자 전부와 문답형식으로 주고받은 형식의 문답서 등이 없다는 이유만으로 해당증거의 증명력을 배척하기는 어렵다. 한편, 을 제34호증은 조사사무처리규정 제40조 제2항에 의하여 조사청이 납세자의 동의를 받아 인별 컴퓨터에 저장되어 있던 자료들을 예치하여 분석·정리한 것이고 원고가 지적하는 을 제34호증의1의 원자료 역시 을 제64호증으로 이 법원에 제출되었다.』
○ 제1심판결문 제42면 제5행 “[원고는”부터 제10행 “볼 수 없다]”까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.
『[원고는 다국적기업 내 서비스 거래에 대해서는 원가기준 거래순이익률법이 사실상 실무적으로 사용되는 방법이고, 국세청이 2012년~2016년 실시한 이전가격조사 177건의 결과에 의하면, 거래순이익률법이 119건(67%)인 반면, 이익분할법은 고작 14건(8%)에 불과하고, 1997년~2018년의 국내 정상가격 산출방법 사전승인제도(APA) 통계상으로도 463건 중 9건 만이 이익분할법을 적용한 점 등을 들어 이 사건 쟁점거래에 대해서도 이익분할법을 적용하는 것이 부적합하다고 주장한다.
그러나 사전승인제도는 납세자가 국외 특수관계인과의 거래에 적용할 정상가격 산정방법과 그 범위에 대해 과세당국과 사전에 서로 합의하는 제도로서 그에 따른 구체적인 통계치를 과세관청과 납세자 간의 정상가격 산출방법에 상당한 이견을 보이는 이 사건에 그대로 참조하는 것은 적절하다고 볼 수 없으며, 실무적으로 이익분할법이 적용된 사례가 적다고 하더라도 이러한 사정만으로 이익분할법을 적용하는 것이 부적합하다고 할 수는 없다. 오히려 개개의 사건 별로 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 찾아내어 과세조정을 하여야하는 것임에 비추어 볼 때 마땅히 비교가능한 독립기업 거래를 찾기 어려운 이 사건 쟁점거래에서는 가장 합리적인 정상가격 산출방법이 이익분할방법일 수 있다.
또한 원고는 E, F 등 원고와 유사한 다국적기업들이 거래순이익률법을 적용하고 있으므로 원고 역시 거래순이익률법을 적용받아야 한다고 주장하나, 위 E, F 등은 원고와 매출액 대비 영업이익률 등의 재무수치가 다르고 원가의 배부방식이 원고의 간접청구·배부방식이 아닌 직접배부방식을 채택하고 있어 그 수수료 지급구조가 달라 원고 역시 위 회사들과 동일하게 정상가격 산정에 있어 거래순이익률법을 적용받아야 한다고 단정짓기도 어렵다]』
○ 제1심판결문 제49면 제5행의 “2103”을 “2013”으로 고쳐 쓴다.
4) 피고 OO지방국세청장의 정상가격 산정방식(거래순이익 계산 및 상대적 공헌도 측정)에 관한 판단
이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는, 제1심 판결문 중 다음과 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 부분을 제외하고는, 제1심판결의 이유 부분 2.의 다. 4)항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
○ 제1심판결문 제56면 제5 내지 10행을 아래와 같이 고쳐 쓴다.
『위 인정사실, 앞서 든 증거들, 을 제48, 75, 77호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 관련 규정에 비추어 보면, 피고 OO지방국세청장이 이익분할방법에 따라 이 사건 경영관리수수료의 이전가격에 관한 정상가격을 산출하는 과정에서 BBB 그룹 계열사의 경영관리용역의 원가(cost)를 부당하게 차감하지 않아 분할대상이익인 거래순이익을 원고에게 불리하게 과다하게 산정하고, 원고에 대한 배부비율 내지 상대적 공헌도 역시 과다하게 확정한 위법사유가 인정된다.』
○ 제1심판결문 제62면 제20행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.
『(바) 피고들은, 이 사건 쟁점처분의 기준이 된 정상가격이 원고에게 요구하여 얻은 자료 및 증빙서류 등 피고들이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 ‘원고의 국내 매출과 관련된’ 비용을 모두 고려하여 산정한 거래순이익을 바탕으로 한 것으로, 그 정상가격이 합리적으로 산정된 것임을 충분히 증명하였으므로, 피고들이 산정한 그 가격이 정상가격에 해당하지 않는다는 사실에 대한 입증책임은 원고에게 있다고 주장한다.
이에 대하여 살피건대, 정상가격에 의한 과세조정제도(이전가격 과세제도)는 과거에는 국제거래의 특수성을 고려한 이전가격에 관한 규정 없이 단순히 부당행위계산부인 제도에 의하여 이를 규제하여 오다가 1988. 12. 31. 구 법인세법 시행령의 개정으로 이전가격 과세제도를 부당행위계산부인의 한 유형으로 특별히 규정하였다. 이후 1995. 12. 6. ‘국제조세조정에 관한 법률’이 제정되면서 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 정상가격에 의한 과세조정을 위해 이전가격 과세제도를 규정하게 되었고 종전 법인세법에서 규정하고 있던 국외 특수관계자와의 부당행위계산부인 조항은 삭제되었다.
이처럼 법인세법상 부당행위계산부인제도와 국제조세조정법상 이전가격 과세제도는 그 기준을 각 ‘시가’와 ‘정상가격’으로 한다는 차이는 있으나 결국 과세관청이 임의로 특수관계자 사이의 거래를 세법상 부인하고 그 거래당사자들의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정한다는 점에서 상당히 유사한 조세법상의 두 규정이다.
부당행위계산부인제도는 납세의무자의 행위계산을 재구성하는 것으로 의제적인 성격이 강하므로 그 적용을 엄격히 제한할 필요가 있다. 따라서 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있고(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 등 참조), 과세관청이 그 책임을 다하지 못한 경우 당연히 부당행위계산부인을 할 수 없다.
이전가격 과세제도 역시 부당행위계산부인제도와 그 궤를 같이 하는 것으로(부당행위계산부인제도의 ‘시가’와 달리 이전가격세제의 경우 국제조세조정에 관한 법률상 일응의 ‘정상가격’에 대하여 정해둔 것도 없다), 과세처분의 기준이 된 정상가격이 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하는 등의 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에게 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).
이에 따라 과세관청은 적절한 정상가격 산정에 필요한 관련 자료를 제출할 것을 납세의무자에게 요구할 수 있고(구 국제조세조정법 제11조 제2항), 자료 제출을 요구받은 자가 정당한 사유 없이 자료를 기한까지 제출하지 아니하거나 거짓의 자료를 제출하는 경우에는 과세관청은 1억 원이하의 과태료를 부과한다(구 국제조세조정법 제12조 제1항 및 제2항). 설령 납세의무자가 자료의 제출을 거부하더라도 과세관청에게는 여전히 과세처분의 기초로 삼은 정상가격이 합리적으로 적법하게 산출되었음을 증명할 책임이 있다고 보아야 한다. 납세의무자가 자료제출 의무를 해태하는 경우 과태료 부과 등을 통해 간접적으로 납세의무자에게 과세자료의 제출을 강요할 수 있음은 별론으로 하더라도 그러한 사정만으로 과세관청이 위법하게 산출한 정상가격에 기한 과세처분이 적법하게 된다거나 곧바로 납세의무자에게 증명책임이 전환된다고 볼 수는 없다.
한편 피고들은 대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747,1754 판결6)을 들어 원고와 BBB 그룹 계열사와의 거래가격이 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요가 원고에게 있다고 주장한다. 물론 상대적으로 국내거래에 비하여 관련 과세자료를 확보하기가 더 어려운 국제거래의 특성상 과세관청의 증명책임을 완화할 필요성은 있다. 그러나 위 판례에서도 “국외 특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우”에 이전가격이 과세관청이 합리적으로 산정한 정상가격의 범위 내에 들어있다는 점에 대한 증명의 필요가 납세의무자에게 전가된다는 것이므로, 설령 납세의무자가 국외 특수관계자와의 거래가격이 정상가격의 범위 내에 있음을 증명하지 못하더라도, 과세관청이 과세처분의 기초로 삼은 가격이 합리적으로 산정한 적법한 정상가격임을 증명하지 못하는 이상 위 대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결과 같이 과세처분은 취소될 수밖에 없다.
피고들이 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 이전소득금액통지처분의 기초로 삼은 가격이 합리적으로 산정한 적법한 정상가격인지 여부에 관하여 살펴본다. 이 사건 경영관리수수료는 원고와 BBB 그룹 계열사 사이의 마스터서비스계약에 따라 원고가 BBB 그룹 계열사들과 다양한 서비스를 제공받거나 제공하는 거래를 해왔고, 이에 따라 원고가 BBB 그룹 계열사들에게 그 대가로 지급한 돈이다. 즉, 이는 원고가 다른 BBB 그룹 계열사들로부터 서비스를 제공받고 이에 대한 대가를 지급한 것으로 거래순이익에서 차감할 영업비용이 아니라고 볼 특별한 이유를 찾기 어렵다. 그 방식이 국외에 있는 CCC를 통해서 간접청구·배분 방식으로 이루어졌다고 하더라도 실질은 원고가 다른 BBB 그룹으로부터 영업과 관련하여 받은 용역에 대한 대가를 지불한 것이다. 선행 사건의 판결에서도 ‘BBB 그룹 계열사들의 원고에 대한 경영관리용역 제공의 실재성’, 그룹 계열사들이 원고에게 실제 제공한 용역은 원고의 사업활동을 위한 것으로 ‘원고의 소득발생과의 합리적인 관련성’, ‘배부기준의 합리성’이 각 인정된다고 판시한바, 사업관련성 및 수익관련성이 인정되는 실재하는 용역에 대한 대가로 지불한 이 사건 경영관리수수료를 거래순이익에서 차감할 영업비용에 해당하지 않는다고 볼 수 없다. 따라서 앞서 본 바와 같이 피고들이 BBB 그룹 계열사들의 이 사건 경영관리수수료 원가 부분을 차감하지 않은 채 분할대상인 거래순이익을 산정한 것은 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제1항 제1호{거래 양쪽이 함께 실현한 거래순이익은 제3자와의 거래에서 실현한 매출액에서 매출원가 및 영업비용(판매비와 일반관리비)을 뺀 금액으로 한다}를 위반한 것으로 합리적으로 산정한 적법한 정상가격에 해당한다고 볼 수 없다.
따라서 피고들이 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 이전소득금액통지처분의 기초로 삼은 가격이 ‘합리적으로 산정한 적법한 정상가격’에 해당한다고 볼 수 없는 이상 원고에게 BBB 그룹 계열사와의 거래가격이 그 정상가격 범위 내에 들어있다는 점에 대한 증명의 필요가 있다고 할 수 없다. 따라서 피고들의 이 부분 주장은 이유 없다{또한 대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747,1754 판결 사안의 경우 이 사건과 달리 이익분할법이 아닌 거래순이익률법을 정상가격 산정방법으로 택한 점, 합리적으로 정상가격을 산출한 것으로 볼 수 있다고 한 결정적 근거 역시 ‘피고가 쟁점 거래와 비슷한 거래를 하는 비교가능한 대상업체를 선정한 것’으로 본 점 등에 비추어 볼 때, 비교가능한 독립기업 거래를 찾기 어려워서 이 사건 경영관리수수료에 대한 가장 합리적인 정상가격 산출방법으로 이익분할방법을 택한 이 사건에 위 판례의 법리를 그대로 적용하기는 어렵다}.
(사) 피고들은 선행 사건의 판결에서는 이 사건 경영관리수수료의 손금을 판단하는 범위에서 ‘용역 제공의 실재성’, ‘소득과의 합리적 관련성’, ‘비용의 합리적 배부’를 인정한 것일 뿐이므로, 이를 이 사건에 그대로 적용할 수 없다고 주장한다.
피고들의 주장과 같이 선행 사건에서 원고와 BBB 그룹 계열사 사이의 가격이 정상가격의 범위 내에 있는지 여부에 대한 판단이 이루어지지는 않았다. 그러나 이 사건은 선행 사건(2006년~2010년)과 그 과세기간만 다를 뿐 앞서 본 것과 같이 BBB 그룹 계열사의 서비스 제공 및 비용 정산에 관한 기본적인 운영체계는 크게 변동된 것이 없다. 피고들은 특히 선행 사건에서는 원고의 높은 연평균 영업이익률을 근거로 비용의 합리적 배부를 인정하였는바 이 사건 과세기간에서는 3년 평균 6.1%라는 저조한 영업이익률을 기록한 이상 선행 사건의 판단을 이 사건에 그대로 적용할 수 없다고 하나, 원고의 영업이익률이 급락한 것은 피고들이 지적하는 바와 같이 매출액 대비 재라이선스 수수료의 상승폭 증가가 주요한 원인이었던 것으로 보이고 이 사건 경영관리수수료는 오히려 같은 기간 매출액 대비 그 비중이 13.3%에서 9.1%로 감소하였는바 원고의 연평균 영업이익률이 하락하였다고 하더라도 이 사건 경영관리수수료가 여전히 과다 지급되었다고는 보기 어려운 이상 이 사건 경영관리수수료 배부기준의 합리성이 인정되는 기초적인 사정이 완전히 달라졌다고 볼 수 없다. 피고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
(아) 피고들은 원고가 제출한 자료들만으로는 BBB 그룹 계열사들의 원고의 매출을 위한 영업비용 지출액의 적정성(배부의 합리성)이 전혀 증명되지 아니하므로, 원고가 주장하는 BBB 그룹 계열사들의 원고의 매출을 위하여 지출한 영업비용을 인정하여 배분대상 거래순이익에서 차감할 수 없다고 주장한다.
그러나 앞서 본 바와 같이 일단 정상가격이 합리적 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임이 과세관청에게 있는 이상 과세관청이 이 사건 경영관리수수료를 차감하지 않은 거래순이익에 기한 이익분할이 적법하다는 점에 대한 증명을 하여야 하나 피고들이 제출한 증거들만으로는 이러한 사실을 인정하기에 부족하다.
오히려 원고는 선행 사건에서부터 이 사건에 이르기까지 여러 소명자료를 제출하였고 이 사건 경영관리수수료의 간접청구방식의 현실적 필요성, 용역 제공의 실재성, 배부기준의 합리성에 대해 일응의 증명을 한 것으로 보인다. 한편 피고들은 원고에게 용역 거래와 관련된 이전가격서류들을 작성하여 보관, 제출할 의무가 있고, 이를 미이행하는 경우에는 과태료 등의 불이익뿐만 아니라, 현실적으로 확보·이용 가능한 자료만을 토대로 하여 정상가격을 산정하여 이전가격 과세조정이 이루어지는 불이익을 감수하여야 하고, 납세의무자의 자료 제출의무 불이행으로 인하여 현실적으로 확보·이용 불가능한 자료의 존재·확보를 상정하여 추상적·이론적으로 가능한 방법을 근거로 들어 과세관청의 이전가격 과세조정이 위법하다고 단정할 수 없다고 주장한다. 그러나 설령 납세의무자가 자료제출 요구에 응하지 않더라도 과세관청에게는 여전히 과세처분의 기초로 삼은 정상가격이 합리적이라는 사실에 대한 증명책임이 있는 것이므로 이러한 사정만으로 피고들의 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 이전소득금액통지처분이 적법해지는 것은 아니다(과세관청이 납세의무자에게서 과세처분과 관련한 자료를 얻을 수 없다는 사정만으로 구체적·합리적 근거 없이 이루어진 과세처분이 적법해진다고 볼 수는 없기 때문이다). 또한 피고들이 원고에게 제출을 요구하는 자료들을 원고가 소지하고 있는지 여부조차 불분명하다.
(자) 피고들은 ① 원고의 대표조차 이 사건 경영관리수수료의 지급 근거가 되는 소프트웨어·경영관리수수료 계약 체결 시 그 계약내용을 전혀 인지하지 못한 상태에서 BBB 본사의 지시에 따라 법인의 사용인감만 날인하였다고 진술한 점, ② 원고는 특수관계인인 계열사들의 경영관리용역에 대하여는 막대한 경영관리수수료를 지급하면서 이를 유상으로 제공받은 반면, 비특수관계인인 국내 파트너사들에게는 그와 동일한 경영관리용역을 무상으로 제공하고 있는바, 계열사들이 원고를 위한 경영관리용역을 제공하기 위해 실제로 비용을 지출한 것인지 알 수 없는 점, ③ 원고의 영업이익률이 2012 사업연도에 이르러 2.4%로 급감한 이래 계속해서 1%대에 그치고 있는 점, ④ BBB 그룹과 유사한 다국적기업들의 매출액 대비 영업이익률과 비교할 때, 원고의 영업이익률이 현저히 낮고, 이는 경영관리수수료와 그에 연동하여 산정되는 재라이선스 수수료가 다른 다국적기업의 국내 자회사들과 비교하여 급격하게 증가되었기 때문인 점에 비추어 보면, 원고가 BBB 그룹 계열사에게 이 사건 경영관리수수료를 과다하게 지급하는 방법으로 해외로 소득을 이전한 것이라는 사실을 인정할 수 있다고 주장한다.
그러나 당시 대표이사 G은 대표이사로 선임된 이후에도 맡은 업무는 법무부문으로 동일하였고 2012년 BBB 그룹 계열사와의 계약에 전혀 관여한 사항이 없으며, 실질적인 대표이사 역할을 하는 사람은 A 사장이었다고 진술한 점, 선행 사건에서 BBB 그룹 계열사들이 제공하는 용역의 원가에 대해 간접청구·배분 방식의 필요성이 인정된 점, 원고가 국내 파트너사들에게 경영관리용역을 제공하는 것은 파트너사를 교육하는 것이 그 자체로 원고의 매출 증가와 직결되기 때문인 점, 원고의 영업이익률이 2012년 이후로 감소한 것은 앞서 본 바와 같이 이 사건 경영관리수수료의 증가가 아니라 재라이선스 수수료의 상승폭이 컸던 것에 기인하는 점, BBB의 경우 다른 다국적기업과 달리 이 사건 경영관리수수료에 대하여 간접청구·배분 방식을 사용하고 있어 단순 비교하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고들이 주장하는 사정들만으로 원고가 BBB 그룹 계열사에게 이 사건 경영관리수수료를 과다하게 지급하는 방법으로 해외로 소득을 이전한 사실을 인정하기에 부족하다.
(차) 피고들은 거래순이익을 산정함에 있어 이 사건 경영관리수수료를 차감한다고 하더라도 ‘상계 및 차액청구’라는 이 사건 경영관리수수료 지급의 특수성을 고려할 때 원고 역시 계열사들을 위하여 경영관리용역을 제공하여 지출한 영업비용이 있고 그에 따라 원고도 계열사들로부터 경영관리수수료를 지급받아야 하므로 원고에게 청구되어야 하는 최종 경영관리수수료의 정상가격에서 이를 차감하여야 한다고 주장한다.
그러나 피고들의 주장은, 원고가 BBB 그룹 계열사들에게 제공한 용역에 대한 대가를 고려하지 않고 계열사들이 원고의 매출을 위하여 지급한 경영관리용역에 대한 대가만을 CCC에 지급한 경우를 가정한 것으로, 실제 BBB 그룹의 마스터서비스계약에 따른 원가 배분 형식과 맞지 않고 원고가 BBB 그룹 계열사들에게 지급하여야 하는 이 사건 경영관리수수료에는 BBB 그룹 계열사들이 원고에게 지급하여야 하는 용역에 대한 대가가 이미 포함되어 있으므로 이와 전제를 달리하는 피고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
(카) 피고들은, 분할대상 이익인 거래순이익 산정에 있어 BBB 그룹 계열사의 영업비용을 차감해야 한다면, 그에 대응하여 분할대상 이익 역시 원고의 국내 매출뿐만 아니라 BBB 그룹 계열사들이 얻은 BBB 그룹의 전세계 연결 영업이익을 기초로 재산정하는 것이 타당하다고 주장한다.
그러나 이익분할방법에서 분할대상 이익은 ‘거래 당사자 양쪽이 함께 실현한 거래순이익’이고 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제1항 제1호에 의하면 거래 당사자 양쪽이 함께 실현한 거래순이익은 ‘제3자와의 거래에서 실현한 매출액에서 매출원가 및 영업비용을 뺀 금액’으로 하는 것이다. 분할대상 이익인 거래순이익에 BBB 그룹 계열사의 경영관리용역의 원가를 반영하여야 하는 이유는 BBB 그룹 내의 마스터서비스계약에 따라 BBB 그룹 계열사들이 원고에게 경영관리용역을 제공하였고 이것이 원고의 매출창출과 합리적 관련성이 있기 때문이고, 위 경영관리용역 원가는 BBB 그룹 계열사들의 총 영업비용이 아니라 그 중 원고에게 배분된 일부 영업비용에 불과하다. 따라서 분할대상 이익에서 차감하는 위 BBB 그룹 계열사의 경영관리용역의 원가가 BBB 그룹 전세계 연결 영업이익과 대응한다고 보기는 어렵다. 피고들의 위 주장은 이유 없다.』
○ 제1심판결문 제66면 제9행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.
『(마) 경영관리수수료는 자신이 제공받은 용역의 대가로 지급할 수수료(Allocated LOB)에서 자신이 제공한 용역의 대가로 지급받을 수수료(Incurred LOB)를 차감한 Net LOB에 가산이익(mark-up)을 더하여 청구하게 된다. 피고들은 원고에게도 역시 다른 계열사들에게 라이선스, 컨설팅, 지원 서비스 기타 거의 모든 항목의 서비스를 제공함으로써 Incurred LOB가 발생하였고, 다만 BBB 그룹 계열사들로부터 제공받은 서비스의 금액(Allocated LOB)이 더 컸을 뿐이므로, 이러한 사정만으로 원고가 독자적으로 수행할 수 없는 업무가 상당하다고 볼 수 없다고 주장한다.
그러나 갑 제20호증의 기재에 의하면, 원고가 2011 내지 2013년 동안 소프트웨어 관련 서비스(Software as a Service)부문의 용역을 제공한 내역은 없고, 2012, 2013년의 온디맨드(On Demand)부문 역시 마찬가지이다. 또한 교육(Education), 마케팅(Marketing), 일반관리(G&A), 글로벌 IT(Global IT)부문은 제공한 용역의 대가로 지급받을 수수료(Incurred LOB)가 제공받은 용역의 대가로 지급할 수수료(Allocated LOB)에 비해서 그 금액이 현저히 작다. 이런 점에 비추어 볼 때 원고가 BBB 그룹 계열사의 용역서비스를 제공받지 않고서 독자적으로 수행할 수 있는 업무가 제한적이고, 형식적으로 원고 혼자 수행할 수 있다고 하더라도 계열사의 도움 없이는 실질적으로 제대로 운영되기 어려운 업무가 대부분인 것으로 보인다. 피고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
(바) 피고들은 BBB 그룹 계열사의 도움이나 협업이 전제되어야 효율적으로 잘 운영될 수 있는 업무가 대부분인 점, 거래고객의 요청에 부응하여 국제적으로 표준화된 품질의 서비스를 제공하기 위해서는 BBB 그룹 계열사의 용역 제공이 반드시 필요한 점, 원고의 조직과 소속 임직원들의 노력만으로는 원고의 주요 고객들이 원하는 수준의 모든 기술용역을 완벽하게 처리할 능력을 갖추고 있지 못하고 BBB 그룹 계열사의 도움을 받아야만 고객맞춤 서비스를 충족시킬 수 있는 점 등은 BBB 그룹의 독특한 그룹 내부 서비스 공급 구조를 설명하고, 경영관리수수료가 지급되어야만 하는 이유를 설명할 수는 있으나, 그러한 사정만으로 다른 BBB 그룹 계열사들의 공헌도에 가중치를 부여해야 할 이유가 될 수 없으며, 가중치를 부여하게 되면 다른 BBB 그룹 계열사들의 기능을 중복적으로 고려하게 되는 것으로서 타당하지 않다고 주장한다.
그러나 앞서 본 바와 같이 원고가 BBB 그룹 계열사의 용역서비스 제공 없이는 독자적으로 수행할 수 있는 업무가 제한적이고 원활한 원고의 소프트웨어 및 하드웨어 판매 영업활동을 위해 BBB 그룹 계열사의 도움이 필수적인 이상 원고와 BBB 그룹 사이에서 BBB 그룹의 공헌도에 상대적으로 가중치를 부여하는 것이 합리적이라 할 것이고, 상대적 공헌도라 함은 문언 그대로 거래당사자인 원고와 BBB 그룹 계열사들의 공헌도를 비교하여 측정하는 것이므로 위와 같은 사정들 역시 원고가 CCC에 경영관리수수료를 지급해야 하는 이유에 해당함과 동시에 BBB 그룹의 공헌도에 가중치를 부여해야 하는 이유이기도 하다. 피고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
(사) 피고들은, 원고의 매출액 대비 재라이선스 수수료 비중이 2008년 약 33%에서 2018년 약 63%로 증가하였는데, 이는 BBB 그룹의 해외 지적재산, 기술 및 노하우 등을 고려하여 국내 매출의 50% 이상을 재라이선스 수수료로서 미국 법인 등에 지급한 것으로 BBB 그룹 계열사들의 특별한 기여는 재라이선스 수수료 산정 시 이미 충분히 반영되었고, 재라이선스 수수료 거래는 이미 분할대상 이익에서 제외되어 있으므로, 그러한 특별한 기여를 재차 고려하여 상대적 공헌도를 산정할 때 가중치를 부여하는 것은 타당하지 않다고 주장한다.
그러나 재라이선스(Sublicense) 수수료는 실시권을 허락받은 자(Licensee)가 부여받은 권한의 범위 내에서 제3자에게 다시 실시권을 허락할 수 있게 해주는 것에 대한 대가로 실시권을 허락한 자(Licenser)에게 지불하는 금액으로, 원고가 BBB 그룹으로부터 받은 소프트웨어 및 기술서비스에 대한 라이선스를 고객에게 재실시할 수 있는 권한을 얻는 대가로 BBB 그룹에 지불한 돈이고 이는 BBB 본사의 가장 주요한 수익 창출원이다. 반면 경영관리수수료는 앞서 본 바와 같이 원고와 BBB 그룹 계열사들 사이에 이루어진 마스터서비스계약에 따라 경영관리용역 등의 다양한 서비스를 서로 제공받거나 제공하면서 위 용역거래에 대한 대가로 지불하는 돈이다. 이처럼 재라이선스 수수료와 경영관리수수료는 전혀 다른 성격의 판매비 및 관리비 항목에 해당함을 알 수 있고 재라이선스 수수료가 분할대상 이익에서 제외되어 있음을 이유로 경영관리수수료의 정상가격 산출과정에서 BBB 그룹의 상대적 공헌도에 가중치를 부여하지 못 할 것은 아니다[또한 원고의 매출액 대비 재라이선스 수수료 비중이 증가한 사정을 고려하더라도 BBB 그룹 계열사들의 특별한 기여가 재라이선스 수수료 산정 시 이미 충분히 반영되어있다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다].』
마. 취소의 범위
1) 이 사건 각 처분 중 세금계산서 불부합과 관련된 부분인, ① [별지1] 목록 제1항 기재 ‘감액후 잔액’ 중 ‘세금계산서 불부합 관련 세액’란 법인세 합계 359,912,843원(가산세 포함) 중 2012 사업연도 22,840,339원을 초과하는 부분, ② 같은 목록 제3항 기재 이 사건 부가가치세 부과처분 중 ‘고지세액(합계)’란 부가가치세 합계 189,745,545원(가산세 포함) 중 185,581,678원(가산세 포함)을 초과하는 부분 및 ➂ 같은 목록 제4항 이 사건 소득금액변동통지처분 중 ‘세금계산서 불부합 관련 세액’란 1,301,373,745원 중 115,313,600원을 초과하는 부분은 각 위법하여 취소되어야 한다.
2) 이 사건 각 처분 중 이 사건 경영관리수수료 및 그 증감에 연동하는 이 사건 이자비용과 관련된 부분으로서 피고들의 이 사건 쟁점처분, 즉 ① [별지1] 목록 제1항 기재 이 사건 법인세 부과처분 중 2011~2014 각 사업연도 ‘이 사건 경영관리수수료 관련 세액’ 란 법인세 합계 25,669,126,385원(가산세 포함) 부분 및 ② [별지1] 목록 제2항 기재 이 사건 이전소득금액통지처분에 대하여는 이 사건 변론종결 시까지 제출된 쌍방의 자료만으로는 그 정당한 세액 및 이전소득금액을 산출할 자료가 부족하다. 그뿐만 아니라, 이익분할방법에 따른 분할대상 이익인 거래순이익 산정 시 BBB 그룹 계열사의 영업비용을 차감하고 BBB 그룹 계열사의 상대적 공헌도를 제대로 측정하여 위 계열사에 대한 배부비율을 합리적으로 상향 조정할 경우, 이 사건 경영관리수수료 및 이자비용은 구 국제조세조정법상 정상가격을 초과하지 않을 개연성이 상당하다.
결국 원고가 지급한 이 사건 경영관리수수료 및 이자비용의 이전가격은 구 국제조세조정법 제4조가 정한 정상가격에 의한 과세조정의 대상이 된다고 볼 수 없고 그 필요성도 인정되지 않으므로, 위와 같은 피고들의 이 사건 쟁점처분은 전부 취소하기로 한다.
3. 결론
원고의 피고들에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하여야 하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
1) 선행 재조사결정에 따른 재조사 결과는 다음과 같다.
6) 구 국제조세조정법 제11조, 제13조, 같은 법 시행령 제7조, 제23조 등에 의하면, 국외 특수관계자와 국제거래를 행하는 납세의무자는 국제거래명세서를 제출할 의무, 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고 시 제출할 의무, 정상가격 산출방법과 관련하여 필요한 자료를 비치·보관할 의무 등을 부담한다. 따라서 과세관청이 스스로 위와 같은 정상가격의 범위를 찾아내 고려해야만 하는 것은 아니므로, 국외 특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우에는 비교 가능성이 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상가격의 범위를 구성할 수 있다는 점 및 당해 국외 특수관계자와의 이전가격이 그 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747,1754 판결).
출처 : 서울고등법원 2023. 07. 07. 선고 서울고등법원 2021누37641 판결 | 국세법령정보시스템