요지

엄격해석의 원칙에 따라 원고의 주장을 배척하는 취지의 판결

(쟁점1) 법인세법 §76조22에서 연결법인에 대해 중소기업 관련 규정을 적용할 때 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 중소기업에 해당하는 경우에만 적용해야한다고 규정하고 있으므로, 이를 달리 해석하여 연결법인별로 중소기업 해당 여부를 판단할 이유가 없음
(쟁점2) 법인세법 §76조22는 연결집단을 하나의 내국법인으로 보는 경우 중소기업 해당여부 판단 기준인 연결집단의 매출액 산정방법을 규정하고 있진 않으나, 내부거래를 차감하는 것으로 해석하여 연결법인간 거래를 차감한 매출액으로 중소기업 해당 여부를 판단할 이유가 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 10. 28. 1) 원고에 대하여 한 2015~2019 사업연도 합계 1,233,469,307원의

각 법인세경정거부처분(이하, ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다) 중 36,832,960원 2) 을 초과하는

부분의 각 법인세경정거부처분 부분을 취소한다 3) .

1) 명확한 처분서 등이 제출되지 않았으나, 피고의 주장과 갑 제3, 4호증의 각 기재에 따르면 이 사건 처분의 처분일은 2020. 10. 28.이고, 소장 청구취지에 기재된 처분일자 2020. 11. 30.은 오기로 보이므로 위와 같이 선해한다.

2) = 경정거부처분 세액 1,233,469,307원 – 원고가 다투는 한도인 별지 1 기재 합계 1,196,636,347원

3) 이와 같이 정리한다.

  이 유

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 19××. ××. ××. 설립되어 △△△ 건강기능식품 및 △△△ 제조업 등을 영위

하는 내국법인이다. 원고는 20××. ××. ××. 원고의 판매사업부문 등을 인적분할하여 주식

회사 BBB(이하 ⁠‘BBB’라 한다)를 설립하였고, 2012. 1. 2. 원고의 제조사업부문

등을 물적분할하여 주식회사 CCC(이하 ⁠‘CCC’이라 한다)을 설립함으로써 지주

회사로 전환하였다.

나. CCC은 원고의 완전자회사로서 2013 사업연도부터 현재까지 계속 연결납세방

식을 적용하여 왔다. 한편 BBB는 원고의 완전자회사가 아니었다가 2017 사업연도

중에 원고가 BBB의 지분을 100% 보유하게 되면서 원고의 완전자회사가 되었고,

이에 따라 BBB와 BBB가 지분을 각각 100% 보유하고 있었던 주식회사 DDD

(이하 ⁠‘DDD’라고 한다)와 주식회사 EEE(이하 ⁠‘EEE’라고 한다)는 2018 사업연도부터

연결납세방식을 적용하여 왔다.

다. 원고가 연결모법인으로서 법인세를 신고한 2015 사업연도부터 2019 사업연도까지

의 연결집단 내 연결법인 현황 및 연결집단의 지분도 현황은 아래와 같다.

라. 즉 원고는 지주회사로 전환된 다음 사업연도인 2013 사업연도(2013. 1. 1.~2013.

12. 31.)부터 법인세법의 연결납세방식을 적용하여 원고가 완전모회사로서 100% 지분 을 보유하고 있는 완전자회사의 법인세를 함께 신고․납부하여 왔는데, 원고는 2020.

6. 15. 피고에게 ⁠‘연결납세방식에서 각 연결법인의 세액공제 계산은 법인세법 제76조의

16 규정(이하 법인세법 규정의 경우 조문만 기재한다)에 따라 각 연결법인별 중소기업

여부를 판정하고 이에 따라 각 연결법인별로 계산된 세액공제액을 단순 합산하는 것’

이라는 등의 이유로 2015년부터 2019년까지의 사업연도에 대한 법인세 합계 1,991,

494,711원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다.

마. 그러나 피고는 연결납세제도에서 세액공제 적용시 중소기업 여부 구분은 제76조

의22 전문 규정에 따라 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 판단하여야 하되, BBB의

경우 제76조의22 후문 규정에 따라 3년의 유예기간이 적용됨에도 연결집단으로 보고

원고가 법인세를 신고ㆍ납부하였다는 등의 이유로 2020. 10. 28. 원고에게 BBB에

관련된 부분과 기타 과오납 된 법인세 합계 758,025,404원만을 환급하고 나머지

경정청구(아래 표1 기재 합계 1,233,469,307원 부분)를 거부하는 내용의 이 사건

처분을 하였다.

바. 원고는 2021. 1. 19. 이 사건 처분에 대해 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은

2022. 10. 19. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이

하 같다), 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 판단

가. 원고의 주장 요지

제76조의16 규정 문언 및 한국의 연결법인세 과세체제 등에 비추어 볼 때 각 연결

법인들의 세액공제액은 ⁠‘각 연결법인별’로 중소기업 여부를 판단하여 세액공제 규정을

적용하여야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 원고가 구하는 청구취지 기재 부분 처분은

전부 취소되어야 한다(이하 ⁠‘원고의 제1주장’이라 한다).

설령 피고의 주장대로 제76조의16 조항을 ⁠‘연결집단’을 기준으로 중소기업 해당 여

부를 판단하여야 한다고 하더라도 연결집단을 ⁠‘하나의 내국법인’으로 간주하는 이상,

연결집단의 매출액은 각 연결법인들의 매출액 합계액 중 내부거래 매출액을 차감한 금

액을 기준으로 아래 표 기재와 같이 중소기업 해당 여부를 판단하여야 한다.

  이 경우 적어도 이 사건 처분 중 2018~2019 사업연도의 법인세 합계 800,579,672원

의 감액을 거부한 부분은 취소되어야 한다(이하 ⁠‘원고의 제2주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 관련법리

조세나 부과금 등의 부담금에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이거나 감면

요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이

확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 특히 감면요건 규정 중 명백히

특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다(대법

원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결, 대

법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결, 대법원 2022. 12. 29. 선고 2022다218585

판결 등 참조).

라. 이 사건의 경우

1) 원고의 제1주장에 대한 판단

가) 제76조의22 전문은 아래와 같이 각 연결사업연도의 법인세액을 계산할 때 법인

세법 및 조세특례제한법의 중소기업에 관한 규정은 연결집단을 하나의 내국법인으로

보아 중소기업에 해당하는 경우에만 적용한다고 명시하고 있고, 동조 후문에서는 이로

인해 당초 중소기업에 관한 규정을 적용 받던 개별법인이 연결납세방식을 적용함에 따

라 중소기업에 관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우에는 3년간 중소기업에 관한 규

정을 적용 받을 수 있도록 하고 있다.

법인세법 제76조의22(연결법인에 대한 중소기업 관련 규정의 적용)

각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 이 법 및 ⁠「조세특례제한

법」의 중소기업에 관한 규정은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 중소기업에

해당하는 경우에만 적용한다. 이 경우 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연

도의 직전 사업연도 당시 중소기업에 해당하는 법인이 연결납세방식을 적용함에 따

라 중소기업에 관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우에는 연결납세방식을 적용하 는 최초의 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는

연결사업연도까지는 중소기업에 관한 규정을 적용한다.

나) 위 조항의 명백한 문언적 의미에 따라 ⁠‘중소기업에 관한 규정’은 ⁠‘연결집단을 하

나의 내국법인으로 보아 중소기업에 해당하는 경우에만 적용’해야 하고, 원고의 제1 주

장과 같이 ⁠‘각 연결법인별로 판단하여 세액공제 규정을 적용’할 수는 없다. 이 점은 동

조 후문의 문언에 비추어 보면 더욱 분명하다. 제76조의16 조항이 제76조의 22 조항의

특별규정으로서 각 연결법인별로 중소기업 해당여부를 판단하여 조세특례제한법상 중

소기업에 대한 규정을 적용하여 세액공제액을 계산하도록 하는 규정이라고 볼 근거도

없다. 따라서 원고의 제1주장은 이유 없다.

2) 원고의 제2주장에 대한 판단

앞서 든 증거와 변론 전체의 취지 등으로 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 고려할

때, 원고의 제2주장 역시 이유 없다.

가) 제76조의22는 '연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 중소기업에 해당하는 경

우'에 연결법인에 대하여 중소기업 관련 규정을 적용한다고 정하고 있을 뿐이고, 하나

의 내국법인으로 본 연결법인의 매출액은 어떻게 산정하여야 하는지, 중소기업 요건은

어떻게 판단하여야 하는지에 관하여는 구체적으로 정하고 있지 않다. 제76조의22 조항 에서 논의될 수 있는 ⁠‘연결집단을 하나의 내국법인으로’ 보았을 때의 매출액은, 각 연

결법인의 매출액을 단순 합산하는 방식, 각 연결법인의 매출액을 합산하되 지분율을

고려하여 합산비율을 달리 정하는 방식, 각 연결법인의 매출액을 합산하되 종속기업의

경우 지분율에 해당하는 매출액만 합산하는 방식(연결집단의 매출액 = 지배기업의 매

출액 + 종속기업의 매출액 × 지배기업의 지분율), 내부거래 매출액을 제거하되 이를

전부 제거하는 것이 아니라 지분율을 곱한 금액만큼만 제거하는 방식, 연결법인의 매

출액을 합산한 다음 연결법인 간 내부거래 매출액을 전부 제거하는 방식(원고의 제2

주장) 등 다양한 방식이 논의될 여지는 있다.

  그러나 ① 제76조의22 규정은 엄격하게 해석할 필요가 있는 점(앞서 본 대법원

2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결, 대법원 2022. 12. 29. 선고 2022다218585 판결

등 참조), ② 연결납세제도는 기업조직 선택에 있어 조세의 중립성을 보장하여 기업 경

영조직의 효율화에 기여하고 조세왜곡을 제거하고, 경제적인 동일체인 모회사와 자회

사를 경제적 실질에 맞게 과세함에 따라 세부담의 수평적 형평성을 제고하고 조세체계

의 선진화에도 기여하는 제도로 도입하게 된 것으로서, 납세자가 스스로 선택하는 것

일 뿐만 아니라 연결납세방식을 채택할 경우 연결집단의 세부담이 줄어드는 효과만 있 는 것이 아니라 세부담이 늘어나는 경우도 발생할 수 있는데, 단지 연결집단에게 불리

하게 된다는 이유만으로 법률상 근거 없이 내부거래 매출액을 제거할 수는 없다 할 것

이고, 만일 내부거래 매출액을 제거하고 산정한 연결집단의 매출액을 기준으로 중소기

업 요건을 판단할 경우 법적 안정성과 예측 가능성이 훼손되는 것은 물론, 다양한 변

칙적인 해석론을 동원하여 중소기업에 대한 세제 혜택을 부당하게 누리는 결과가 발생

할 수 있는 점, ③ 원고는 물론이고 BBB, CCC, DDD, EEE는 상호간의 거래를 통하여

매출 및 수익을 발생시킬 수 있고, 각 회사의 고유한 지배 내지 수익구조가 있을 수

있으므로, 원고의 제2주장대로 각 연결법인들의 매출액 합계액 중 내부거래 매출액을

차감한 금액을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하는 것은 거래․수익 실질에

부합하지 않을 수 있는 점 등을 고려할 때, 제76조의22 규정을 원고의 제2주장과 같이

원고에게 유리하게만 해석하기는 어렵다.

나) 다른 한편, 제76조의22에서 ⁠‘중소기업’이란 조세특례제한법 제6조 제1항에 따른

중소기업을 의미하고(법인세법 제13조 제1항 참조), 조세특례제한법 제6조 제1항, 같은

법 시행령 제2조 제1항 제1호, 제3호, 같은 법 시행규칙 제2조 제4항에 따르면 과세연 도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액을

기준으로 중소기업 해당 여부를 정하되, 관계기업이 속하는 기업의 경우 중소기업기본

법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 매출액이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1

호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업은 중소기업에 해당하지 않는다. 그런데 중

소기업기본법 시행령 제7조의4 제1항 및 별표2에 의하면 지배기업이 종속기업의 주식

등을 100분의 50 이상으로 소유하고 있는 실질적 지배의 경우에 지배기업과 종속기업

의 각 평균매출액을 합산하도록 되어 있을 뿐 내부거래 매출액 공제에 관해서는 아무

런 규정이 없다. 원고가 속한 연결집단은 당연히 원고가 실질적인 지배기업, BBB,

CCC, DDD 및 EEE가 종속기업에 해당하고, 위 각 연결법인들의 매출액을 합산할 경우

2018년도와 2019년도 각 매출액이 1,000억 원을 넘어 원고가 속한 연결집단은 이 점에서도 중소기업에 해당하지 않는다. 위와 같은 중소기업기본법령상 관계기업의

규정이 제76조의22 규정보다 늦게 도입되었다 하더라도 달리 보아야 할 이유는 없다.

다) 원고는, 기업회계기준상 연결재무제표에 따른 매출액을 기준으로 연결집단의 중

소기업 해당 여부를 판정하여야 한다고 주장하면서도, 연결법인에 속하지는 않으나 원

고의 또다른 종속 내국법인인 주식회사 FFF의 매출액을 제외하고 연결집단 매출액 을 산정하였는바, 이는 원고의 편의에 따라 임의적으로 산정한 것으로서 그 계산방식 을 그대로 따라야 할 근거는 없고, 결과적으로 원고의 제2주장과 관련된 원고의 매출

액 주장이 정확하다고 할 수도 없다.

라) 결국 각 연결법인들의 매출액 합계액 중 내부거래 매출액을 차감하지 않고 연

결집단의 매출액을 단순 합산한 결과 매출액이 1,000억 원을 초과하여 원고가 속한 연

결집단이 중소기업에 해당하지 않는다는 점을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 적법

하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 이성기

판사 김환권

판사 조희정

별지 1

별지 2

관계 법령 4)

4) 이 사건에서 문제되는 2015~2019 사업연도 중간에 법인세법의 연결납세 규정, 관련 조세특례제한법 등에 일부 자구의 개정이 있었으나, 이 사건 판단과 관련된 부분의 실질적인 내용은 동일하므로, 구 법령을 별도로 구분하여 표기하지 않는다.

□ 법인세법

○ 제76조의8 【연결납세방식의 적용 등】

① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법

인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른

내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에

서 "완전자법인"(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인

의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이

경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여

야 한다.

② 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 각 연결법인의 사업연도는 연결사업연도와 일치

하여야 한다. 이 경우 연결사업연도의 기간은 1년을 초과하지 못하며, 연결사업연

도의 변경에 관하여는 제7조를 준용한다.

③ 제2항을 적용할 때 사업연도(이하 제76조의9 및 제76조의10에서 "본래사업연도"라

한다)가 법령 등에 규정되어 연결사업연도와 일치시킬 수 없는 완전자법인으로

서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 내국법인인 경우에는 연결사업연도를 해당

내국법인의 사업연도로 보아 연결납세방식을 적용할 수 있다.

④ 연결법인의 납세지는 제9조제1항에도 불구하고 연결모법인의 납세지로 한다.

⑤ 제2조제9호ㆍ제10호 및 이 장에서 "완전 지배"란 내국법인이 다른 내국법인의 발

행주식총수(주식회사가 아닌 법인인 경우에는 출자총액을 말하며, 의결권 없는 주

식등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 전부( ｢ 근로복지기본법 ｣ 제2조제4호에 따

른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 등 대통령령으로 정하는 주식

으로서 발행주식총수의 100분의 5 이내의 주식은 제외한다. 이하 이 항에서 같

다)를 보유하는 경우를 말하며, 내국법인과 그 내국법인의 완전자법인이 보유한 다

른 내국법인의 주식등의 합계가 그 다른 내국법인의 발행주식총수의 전부인 경

우를 포함한다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병, 분할 또는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전의 경우

에는 그 합병일, 분할일 또는 교환ㆍ이전일이 속하는 연결사업연도에 한정하여 제

2항, 제76조의11제1항 및 제76조의12제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는

바에 따라 연결납세방식을 적용할 수 있다.

1. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 적격합병

2. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 주식의 포괄적 교환ㆍ이전

( ｢ 조세특례제한법 ｣ 제38조에 따라 과세이연을 받는 경우만 해당한다)

3. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인의 적격분할

○ 제76조의13【연결과세표준】

① 각 연결사업연도의 소득에 대한 과세표준은 각 연결사업연도 소득의 범위에서 다음 각

호에 따른 금액을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 제

3항제1호에 따른 연결소득 개별귀속액의 100분의 80(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기

업 등 대통령령으로 정하는 연결법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.

1. 각 연결사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 연결사업연도의 결손금(연결법인의 연

결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금을 포함한다)으로서 그 후의 각 연결사업연도

(사업연도를 포함한다)의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

2. 이 법과 ⁠「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 비과세소득의 합계액

3. 이 법과 ⁠「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 소득공제액의 합계액

② 제1항제1호에서 "연결사업연도의 결손금"이란 제76조의14제1항에 따른 각 연결사업연

도의 소득이 0보다 적은 경우 해당 금액으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라

결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결

손금과 제76조의14제2항 각 호 외의 부분 후단에 따라 해당 연결사업연도의 소득금액을

계산할 때 손금에 산입하지 아니하는 처분손실을 말한다.

③ 제1항제1호에 따라 결손금을 공제하는 경우 다음 각 호의 결손금은 해당 각 호의 금

액을 한도로 공제한다.

1. 연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금: 각 연결사업연도의 소득 중 해

당 연결법인에 귀속되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득금액(이하 이 조에서 "

연결소득 개별귀속액"이라 한다)

2. 연결모법인이 적격합병에 따라 피합병법인의 자산을 양도받는 경우 합병등기일 현재

피합병법인(합병등기일 현재 연결법인이 아닌 법인만 해당한다)의 제13조제1항제1호

의 결손금: 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 피합병법인으로부터 승계받은 사

업에서 발생한 소득

3. 연결모법인이 적격분할합병에 따라 소멸한 분할법인의 자산을 양도받는 경우 분할등기

일 현재 소멸한 분할법인의 제13조제1항제1호의 결손금 중 연결모법인이 승계받은 사

업에 귀속하는 금액: 연결모법인의 연결소득 개별귀속액 중 소멸한 분할법인으로부

터 승계받은 사업에서 발생한 소득

④ 제1항에 따른 결손금, 비과세소득, 소득공제액의 공제 등에 필요한 사항은 대통령령으로

정한다.

○ 제76조의14【각 연결사업연도의 소득】

① 각 연결사업연도의 소득은 각 연결법인별로 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소

득 또는 결손금을 합한 금액으로 한다.

3. 다음 각 목에 따른 연결법인 간 거래손익의 조정

라. 자산양도손익의 조정: 유형자산 및 무형자산 등 대통령령으로 정하는 자산을 다

른 연결법인에 양도함에 따라 발생하는 손익을 대통령령으로 정하는 바에 따라

익금 또는 손금에 불산입

○ 제76조의15【연결산출세액】

① 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세는 제76조의13에 따른 과세표준에 제55

조제1항의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 장에서 "연결산출세액"이라 한

다)으로 한다.

○ 제76조의16【연결법인의 세액감면 및 세액공제 등】

① 연결산출세액에서 공제하는 연결법인의 감면세액과 세액공제액은 각 연결법인별로 계

산한 감면세액과 세액공제액의 합계액으로 한다.

② 제1항을 적용할 때 각 연결법인의 감면세액과 세액공제액은 각 연결법인별 산출

세액을 제55조의 산출세액으로 보아 이 법 및 ｢ 조세특례제한법 ｣ 에 따른 세액감

면과 세액공제를 적용하여 계산한 금액으로 하며, 연결집단을 하나의 내국법인으 로 보아 ｢ 조세특례제한법 ｣ 제132조제1항을 적용한다.

③ 세액감면과 세액공제의 적용순서는 제59조제1항을 준용하며, 연결법인의 적격합

병과 적격분할에 따른 세액감면과 세액공제의 승계는 제44조의3제2항, 제46

조의3제2항 및 제59조제1항을 준용한다.

④ 각 연결법인의 감면세액을 계산할 때 세액을 감면 또는 면제하는 경우 감면 또 는 면제되는 세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 제76조의19【연결법인세액의 납부】

① 연결모법인은 연결산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공

제한 금액을 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제76조의17제1항의 신고

기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

1. 해당 연결사업연도의 감면세액ㆍ세액공제액

2. 제76조의18에 따른 해당 연결사업연도의 연결중간예납세액

3. 제73조 및 제73조의2에 따라 해당 연결사업연도의 각 연결법인의 원천징수된

세액의 합계액

② 연결자법인은 제1항의 기한까지 연결법인별 산출세액에서 다음 각 호의 금액을 뺀

금액에 제75조 및 제75조의2부터 제75조의9까지의 규정을 준용하여 계산한 금액 을 가산하여 연결모법인에 지급하여야 한다.

1. 해당 연결사업연도의 해당 법인의 감면세액

2. 해당 연결사업연도의 연결법인별 중간예납세액

3. 제73조 및 제73조의2에 따라 해당 연결사업연도의 해당 법인의 원천징수된 세액

③ 제1항을 적용하는 경우에는 제64조제2항을 준용한다.

○ 제76조의22【연결법인에 대한 중소기업 관련 규정의 적용】

각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 이 법 및 ｢ 조세특례제한법 ｣ 의 중

소기업에 관한 규정은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 중소기업에 해당하는

경우에만 적용한다. 이 경우 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도의 직전 사

업연도 당시 중소기업에 해당하는 법인이 연결납세방식을 적용함에 따라 중소기업에

관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우에는 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결

사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 연결사업연도까지 는 중소기업에 관한 규정을 적용한다.

○ 제55조 【세율】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음

표의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법

인세액 및 ｢ 조세특례제한법 ｣ 제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한

과세특례를 적용하여 계산한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하

"산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

□ 법인세법 시행령

○ 제120조의18 【연결법인의 감면세액】

① 법 제76조의14제1항제3호라목에서 "유형자산 및 무형자산 등 대통령령으로 정

하는 자산"이란 다음 각 호의 자산(이하 이 장에서 "양도손익이연자산"이라 한다)

으로서 양도시점에 국내에 소재하는 자산을 말한다. 다만, 제1호부터 제3호까지

의 자산으로서 거래 건별 장부가액이 1억원 이하인 자산은 양도손익이연자산에

서 제외할 수 있다.

1. 제24조제1항제1호의 유형자산(건축물은 제외한다)

2. 제24조제1항제2호의 무형자산

3. 매출채권, 대여금, 미수금 등의 채권

4. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제3조제1항에 따른 금융투자상품

5. 토지와 건축물

② 법 제76조의14제1항제3호를 적용할 때 양도손익이연자산을 다른 연결법인(이하 이 조에서 "양수법인"이라 한다)에 양도함에 따라 발생한 연결법인(이하 이 조에서

"양도법인"이라 한다)의 양도소득 또는 양도손실은 익금 또는 손금에 산입하지 아니

하고, 양수법인에게 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는 사업

연도에 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액을 양도법인의 익금 또는 손금에 산

입한다. 다만, 해당 양도손익이연자산의 양도에 대하여 법 제52조제1항이 적용되 는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 제120조의23【연결법인의 감면세액】

① 법 제76조의16제1항 및 제2항을 적용할 때 각 연결법인의 감면 또는 면제되는

세액은 감면 또는 면제되는 소득에 연결세율을 곱한 금액(감면의 경우에는 그 금액 에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. 이 경우 감면 또는 면제되는

소득은 과세표준 개별귀속액을 한도로 하되 그 계산에 관하여는 제96조를 준용

한다.

② 법 제76조의16제1항 및 제2항의 적용에 따라 ｢ 조세특례제한법 ｣ 제132조제1항에

따른 법인세 최저한세액에 미달하여 세액공제 또는 세액감면 등을 하지 아니하는

세액 중 연결법인별 배분액은 다음 계산식에 따른 금액으로 한다. 이 경우 ｢ 조

세특례제한법 ｣ 제132조제1항제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등에

따라 감소된 세액을 포함하여 계산하며, 감소된 세액은 손금산입 및 소득공제등의

금액에 연결세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

출처 : 청주지방법원 2023. 12. 14. 선고 청주지방법원2023구합50160 판결 | 국세법령정보시스템