요지

비영리법인이 고정자산을 고유목적에 직접 사용한 경우에 해당하는지 여부의 판단과 관련하여 비영리법인의 사업목적이 광범위한 경우에는 유형자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여  ⁠‘고유’목적사업에 ⁠‘직접’ 사용한 경우로 한정하여 해석하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. x. 1. 원고에게 한 2020 사업연도 법인세 xxx.xxx.xxx원에 대한 경정거부처분 중 xxx.xxx.xxx원을 초과하는 부분(xxx.xxx.xxx원)을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1969. 4. 3. 설립된 종교단체로서, 1987. 1. 20. 00시 BB 임야 11,405㎡(이하 ⁠‘B’라 한다), BB 임야 14,230㎡(이하 ⁠‘BB’이라 한다), CC 임야 648㎡(이하 ⁠‘CC’라 한다), DD 잡종지 990㎡(이하 ⁠‘DD’라 한다) 등 토지 4필지 및 건물(이하 ⁠‘이 사건 동산’이라 한다)을 매수하여, 1987. 2. 5. 각 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2020. xx. 25. 소외 EE 주식회사에 이 사건 부동산을 양도하고, 2021년 1월경 해당 부동산의 양도소득에 대한 법인세로 xxx.xxx.xxx원을 신고·납부하였다.

다. 원고는 2021. 3. 31. 2020 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하면서 이 사건 부동산은 3년 이상 고유목적사업에 사용되어 법인세법상 그 처분으로 발생한 수입은 과세소득에서 제외하여야 하므로, 이미 납부한 법인세 xxx.xxx.xxx원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

라. 피고는 이 사건 부동산 중에서 AA 중 임야 11,124㎡와 C 중 임야 12,930㎡(이하 ⁠‘이 사건 쟁점토지’라 한다)는 3년 이상 고유목적사업에 사용한 것이 아니라고 보고 2021. x. 1. 이 사건 부동산 중 이 사건 쟁점토지를 제외한 부분에 대하여만 양도소득에 대한 법인세 xxx.xxx.xxx원을 환급하는 결정1)을 하였다(위 경정청구 중 인용되지않은 부분을 이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 이 사건 부동산의 구체적인 토지이용계획, 이용상황, 과세 내역은 아래와 같다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. xx. xx. 이의신청을 하였으나 2021. xx. xx. 기각결정을 받았고, 2022. xx. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2022. xx. xx. 기각결정을 받았다.

 2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 종교활동을 위하여 이 사건 쟁점토지를 33년간 소유하였고, 교인들은 해당토지에서 종교활동의 목적으로 야외기도, 수련회, 수목 사업과 같은 활동을 하였으며, 원고가 별도로 비용을 들여 지정한 관리인을 통해 이 사건 쟁점토지를 관리한 사정 등을 종합적으로 고려할 때, 원고는 이 사건 쟁점토지를 3년 이상 그 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 있다. 이와 다른 전제에 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

 1) 관련 법리

가) 법인세법 시행령 제3조 제2항의 해석

(1) 구 법인세법(2020. 8. 18. 법률 제17476호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제3항 제5호에 의하면, 비영리법인이 보유하고 있는 유형자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 발생하는 소득으로 보아 과세대상 소득으로 본다고 규정하고 있다. 다만 구 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서, 구 법인세법 시행령(2023. 7. 7. 대통령령 제33621호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제2항에서 ⁠‘유형자산의 처분이익 중 유형자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분으로 인한 수입은 제외한다’는 취지로 규정하고 있다.

(2) 일정한 범위 내에서 비영리내국법인의 고정자산 처분 수입에 대하여 비과세 하도록 규정한 것은 비영리내국법인으로 하여금 상당한 기간 동안 부동산과 같은 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하는 데에 그 취지가 있고, 소득세법·지방세법·조세특례제한법 등도 비영리단체의 자산에 관하여 비과세를 규정하는 경우 일정한 기간 동안 그 고유목적사업에 직접 사용할 것을 요건으로 하고 있다(대법원 2013.5. 23. 선고 2013두1829 판결 등 참조).

(3) 법인세법 시행령 제2조 제2항2)이 규정하고 있는 ⁠“비영리법인이 고정자산을 고유목적에 직접 사용”한 경우에 해당하는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되, 비영리법인의 사업목적이 광범위한 경우에는 ⁠‘고유’목적사업에 ⁠‘직접’ 사용한 경우로 한정하여 해석하여야 할 것이다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 등 참조).

나) 조세법규 해석의 원칙

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결).

 2) 구체적 판단

가) 원고의 정관 제2조 제2항에 따르면 원고는 ⁠‘예배, 교육, 복음 전도, 봉사 그리고 올바른 성도의 교제’를 목적으로 한다. 이 사건 쟁점토지가 ’3년 이상 계속하여 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산‘에 해당하려면, 위에서 본 ’예배, 교육, 복음 전도, 봉사 그리고 올바른 성도의 교제’ 등의 활동 자체에 ⁠‘직접’ 사용되어야 한다.

나) 앞에서 인정한 사실과 채택한 증거 및 갑 제4 내지 9, 13 내지 16호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제5, 6, 7호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 앞서 본 관계 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 쟁점토지를 처분할 당시 3년 이상 고유목적사업에 ⁠‘직접’ 사용하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

(1) 우선, 원고가 종교활동을 목적으로 이 사건 쟁점토지를 사용하였다고 인정하기 부족하다(이 사건 쟁점토지를 처분할 당시를 기준으로 3년 동안은 더욱 그러하다). 그 이유는 아래와 같다.

① 이 사건 부동산 중 DD, CC, AA 중 281㎡, BB 중 1,300㎡의 경우 원고의 종교 목적을 달성하는 것에 직접 기여하는 예배당을 중심으로 하여 숙소, 식당, 관사 및 창고 등 건물이 존재한다. 그러나 이 사건 쟁점토지에는 위와 같은 건물이 위치하지 않았고, 그러한 건물이 존립하는 데 필수적으로 기능하는 토지라고 볼 수도 없다.

② 원고가 이 사건 쟁점토지에서 종교목적의 일환으로 야외기도, 수련회, 봄 소풍, 야외나들이 등을 했었다는 사진자료를 제출하였으나, 해당 자료는 촬영 시기 및 장소를 구체적으로 특정하기 어려울 뿐만 아니라, 원고는 위 자료가 10~30년 전에 촬영된 것(1990년대부터 2010년대)이라고 주장하는데, 그 자체로 처분일 기준으로 3년 이내에 계속하여 종교 목적으로 사용되었는지를 뒷받침할 수 있는 근거가 되기 어려워 보인다.

③ 위 사진자료를 보더라도, 등장하는 인물들이 동일한 옷을 착용하고 있거나 동일한 날짜가 기재되어 있는 사진이 여럿 발견되므로, 해당 사진자료의 상당 부분은 동일한 시기에 촬영된 사진으로 보인다. 이 사건 쟁점토지에 야외기도 등의 활동이 있었다고 하더라도 원고가 제출한 사진자료만으로는 그것이 지속적으로 있었다고 보기어렵다.

④ 원고가 제출한 자료에 등장하는 임야 면적은 이 사건 쟁점토지 면적의 극히 일부에 불과하다.

⑤ 이 사건 쟁점토지에서 봄 소풍, 야외나들이 등이 진행되었다고 하지만, 그러한 일상적이고 광범위한 활동들까지 예배, 복음 전도 등을 주된 목적으로 하는 종교단체인 원고의 종교활동에 해당된다고 보기는 어렵다.

⑥ 한편, 원고는 이 사건 쟁점토지에서 예배, 수련회 등의 활동을 위하여 조림 내지 수목 사업으로 숲을 조성한 것이므로 해당 토지를 종교활동을 위하여 사용한 것이라는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 제출한 자료만으로는 원고가 모든 임야조성사업을 하였다고 인정하기 부족한 부분이 있을 뿐만 아니라(갑 제6호증을 보면 이 사건 쟁점토지에 해당하는 지역에는 이미 상당한 임야가 조성되었던 것으로 보인다), 임야조성 사업을 하였다고 보더라도 앞서 본 원고의 정관상 목적에 조림 내지 수목 사업은 명시되어 있지 않고, 30년 전에 원고가 조림 내지 수목 행위를 하였다는 것만으로 이를 현재 시점에서 원고가 이 사건 쟁점토지를 종교 목적으로 사용하였는지 여부를 판단하는데 관련성이 있는 사정이라고 보기도 어렵다. 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

⑦ 또한, 원고는 장로 1명에게 50만 원의 수당을 제공하여 이 사건 쟁점토지의 관리를 맡겼으므로 해당 토지를 종교활동 목적으로 사용한 것으로 보아야 한다는 취지로 주장하나, 앞에서 본 바와 같이 이 사건 쟁점토지는 예배당 등의 건물이 존립하는데 필수적으로 기능하는 토지라고 볼 수 없는 점, 위와 같은 단순 관리 차원의 사용은 원고에게 있어서 토지의 간접적, 부수적인 활용에 불과하므로, 원고가 종교활동을 목적으로 이 사건 쟁점토지를 사용한 것이라고 보기 어렵다. 원고의 위 주장 역시 받아들이지 않는다.

(2) 설령 원고가 앞서 제시한 위와 같은 활동이 이 사건 쟁점토지에서 이루어진것이라고 전제하고, 이것이 원고의 종교 목적 사용에 어느 정도 관련이 있다고 가정하더라도, 이 사건 쟁점토지는 원고의 고유목적사업에 ⁠‘직접’ 사용되었다고 평가할 수 없다.

(가) 구 법인세법 제4조 제3항 및 구 법인세법 시행령 제3조 제2항은 비영리법인이 고유목적으로 사용한 유형자산의 처분 수입에 대하여 과세수입에서 제외한 것은 일반 영리법인인 납세자와 비교하여서는 특별한 혜택을 부여하는 규정이다. 이는 비영리법인이 수행하는 사업의 공익성을 고려하여 종교 등이 사회적 기능과 역할을 원활히 수행할 수 있도록 도와주는 것이기는 하나, 이러한 규정에 대하여는 조세공평의 원칙을 위하여 위 법인세 법령의 문언대로 고유목적사업에 ⁠‘직접’ 사용되었는지에 대해서는 엄격한 해석이 견지되어야 한다.

(나) 앞서 본 자료에 의할 때 원고가 이 사건 쟁점토지를 종교 목적으로 사용하였다고 보더라도, 이는 일시적이거나 부수적인 사용에 불과하고 이것이 계속적, 반복적, 상시적인 사용에 이른다고 보기 어렵다.

(다) 00시는 2018년경 이후부터 이 사건 쟁점토지가 원고의 고유목적사업에 직접 사용되지 않은 토지로서 과세대상이라고 보고 재산세를 부과하기 시작하였다(갑 제13호증). 원고는 이 사건 소를 제기한 이후 이천시에 민원을 제기하여 이천시가 이 사건 쟁점토지 C 일부에 대하여 비과세결정3)을 하였다고 하나, C 중 1,338.1㎡에 대하여만 비과세 대상으로 전환된 것에 불과하고, 이는 피고가 법인세를 환급한 부분에 해당하는 C 일부 면적과 대동소이한 크기이므로, 원고가 언급하는 이천시의 결정은 오히려 이 사건 쟁점토지가 원고의 고유목적사업에 직접 사용되지 않는 토지임을 엿볼 수있는 사정이다.

(라) 종교 목적으로 사용하는 예배당, 식당 등의 시설물과 달리 반드시 필요하다고 보기 어려운 임야 상태의 이 사건 쟁점토지에서 간헐적이고 일시적으로 야외기도, 수련회 등의 활동이 있었다고 하여, 이 사건 쟁점토지의 양도소득에 대하여 면세를 해주는 것은 종교단체 등 비영리법인의 고유목적사업을 장려하기 위하여 법인세를 감면하여 주는 취지를 저해하고 조세공평주의에 반하는 결과를 초래할 위험성이 크다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 12. 12. 선고 서울행정법원 2022구합89234 판결 | 국세법령정보시스템