요지

이 사건 토지는 법인세법 §55조의2 ① 3호의 비사업용 토지에 해당하고, 가산세를 면할만한 정당한 사유가 있다고도 볼 수 없음

판결내용

이 사건 토지는 법인세법 §55조의2 ① 3주 문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청 구 취 지호의 비사업용 토지에 해당하고, 가산세를 면할만한 정당한 사유가 있다고도 볼 수 없음

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 8. 6. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 498,453,100원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. A 주식회사(변경 전 상호: B 주식회사, 이하 ⁠‘원고 회사’라 한다)는 토목건축 공사업, 대지 조성업 등을 영위하는 회사인데, 2022. 2. 3. 수원지방법원 20XX회합XXX호로 회생절차가 개시되면서 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제74조 제4항에 따라 원고가 원고 회사의 관리인으로 간주되었다.

나. 국토해양부장관은 2009. 10. 1. 광주 ○○구 ○○동, ○○동, ○○동, 전남 ○○군 ○○면 ○○리, ○○리, ○○리 일원 4,081,466㎡를 국가산업단지인 C산업단지로 지정하고, 위 산업단지 개발사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업시행자를 D공사로 한 C산업단지 산업단지계획을 승인·고시하였다(국토해양부 고시 제20XX-XX호).

다. D공사는 2015. 12. 1. C산업단지 개발사업 조성공사(1-1공구, 이하 ⁠‘이 사건 공사’라 한다)의 대행개발 사업시행자 선정에 관한 입찰공고(이하 ⁠‘이 사건 입찰공고’라 한다)를 하였다. 위 입찰공고에 명시된 입찰 우선순위와 그에 따른 현물지급대상토지는 아래 각 표 기재와 같다.

입찰 우선순위

현물지급대상토지

라. 원고 회사는 이 사건 입찰공고에 참여하여 이 사건 공사를 낙찰받았고, 2015. 12. 31. D공사와 이 사건 공사에 관하여 도급금액 37,590,000,000원, 공사기간 2016. 1. 29.부터 2019. 5. 28.까지로 한 공사도급계약(이하 ⁠‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하였다.

마. 원고 회사는 2015. 12. 31. 이 사건 도급계약과 함께 D공사와 사이에, D공사로부터 전남 ○○군 ○○면 ○○리 XXXX 대 X,XXX㎡(이하 ⁠‘이 사건 제1 토지’라 한다) 및 전남 ○○군 ○○면 ○○리 XXX 대 XX,XXX㎡(이하 ⁠‘이 사건 제2 토지’라 하고, 위 두 토지를 합하여 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하기로 하는 내용의 매매계약(이하 ⁠‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다. 위 매매계약에 의하면, 이 사건 제1 토지의 매매대금은 2,951,420,000원, 이 사건 제2 토지의 매매대금은 11,518,180,000원이고, 그중 각 10%는 위 계약체결 당일에 계약보증금으로 지급하고, 이 사건 공사에 관한 기성금의 50%를 매회 기성금지급일에 할부금으로 지급하며, 잔금을 공사준공일에 일시 납부하되, ⁠‘토지대금 납부는 입찰 우선순위에서 정한 상계비율(도급공사비의 50%)에 해당하는 금액 중 계약보증금 납부액(현물지급대상토지 매매대금의 10%)을 제외한 금액을 이 사건 공사 기성률에 따라 토지대금으로 상계처리하는 것으로 약정하며, 계약보증금은 현금 납부하고 도급공사비와 토지대금 상계처리 후 잔여 토지대금은 공사준공일에 일시납부(특약사항 가.항)’하기로 정하고, 사용가능시기를 2019. 9. 30.으로 정하였다(각 매매계약서 제1면 비고란 참고).

바. 원고 회사는 이 사건 매매계약에 따라 2017. 6. 23. 이 사건 제1 토지에 관한 잔금을 완납하고, 2017. 6. 20. 이 사건 제2 토지에 관한 잔금을 완납하여 이 사건 토지를 취득하였다.

사. 원고 회사는 2019. 6. 2. E 주식회사에 이 사건 제2 토지를 매매대금15,500,000,000원에 양도하고, 2019. 10. 15. F에게 이 사건 제1 토지 중 1,073.1㎡를 매매대금 792,000,000원에, G 주식회사에게 이 사건 제1 토지 중 3,088.4㎡를 매매대금 2,004,030,000원에, H에게 이 사건 제1 토지 중 2,131.5㎡를 매매대금 999,680,000원에 각 양도하여 이 사건 제1 토지를 합계 3,795,710,000원에 양도하였다. 다만 원고 회사는 2019 사업연도 법인세를 신고할 때 토지등 양도소득은 0원으로 신고하였다.

아. I지방국세청장은 2020. 10. 19.부터 2020. 11. 3. 피고에 대한 정기감사를 실시한 뒤 원고 회사가 양도한 이 사건 토지가 구 법인세법(2020. 8. 18. 법률 제17476호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2 제1항 제3호의 비사업용 토지에 해당한다 고 보아, 피고에게 원고 회사의 2019 사업연도 법인세 및 가산세를 경정할 것을 통보하였고, 이에 피고는 2021. 8. 6. 원고 회사에게 토지 등 양도소득에 따른 2019 사업연도 법인세 등 498,453,100원[= 2019 사업연도 법인세 413,054,166원 + 과소신고가산세 41,305,416원(= 413,054,166원 × 10%) + 납부불성실가산세 44,093,532원(= 413,054,166원 × 427일 × 0.025%)]을 결정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

자. 한편 원고 회사는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 9. 1. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 6. 7. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 아래와 같은 이유로 이 사건 토지는 법인세법상 비사업용 토지에 해당하지 않으므로, 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

가) 원고 회사는 산업단지개발사업 시행자로서 원고 회사가 소유하고 있는 이 사건 토지는 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나.목의 재산세 분리과세대상토지에 해당하므로, 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

나) 이 사건 토지는 구 산업입지 및 개발에 관한 법률(2015. 9. 1. 법률 제13509호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 산업입지법’이라 한다)에 따라 국가산업단지로 지정된 토지로서 국가산업단지 개발사업의 시행자가 조성하는 토지에 해당한다. 그렇다면 이 사건 토지는 사업시행자가 균형 있는 국토개발과 산업발전 촉진을 위한 산업단지 개발사업을 수행하면서 조성한 토지로서, 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 다.목, 구 법인세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제92조의8 제1항 제3호의 토지에 준하는 토지로서 같은 항 제13호의 토지에 해당하므로, 법인세법상 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

다) 이 사건 토지가 소재한 C 산업단지는 구 산업입지법상 국가산업단지로서 구 산업입지법에 따라 준공인가가 있기 전까지 그 개발사업 구역 내의 토지를 사용하는 데 제한을 받는다. 또한 이 사건 매매계약에 의하면 이 사건 토지의 사용가능시기는 2019. 9. 30.부터이고, 이 사건 토지의 공사가 실제로 준공된 2020년 6월경 이전에는 실제로 사용할 수 없었다. 따라서 원고 회사는 위와 같은 법령상 제한 등 부득이

한 사유로 이 사건 토지를 사용하지 못하였으므로, 이 사건 토지는 구 법인세법 제55조의2 제3항에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

2) 설령 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다 하더라도, 원고 회사로서는 기존 과세관청의 입장 등을 고려하여 볼 때 이 사건 토지가 비사업용 토지인지 여부를 명확하게 알 수 없어 해당 소득을 각 사업연도 소득금액에만 포함하여 신고하게 된 것이므로, 해당 소득을 토지등 양도소득으로 신고하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다.

따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분은 그 의무를 이행하지 않은 정당한 사유가 있어 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 이 사건 토지가 법인세법상 비사업용 토지에 해당하는지 여부

1) 공통되는 법리

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

나) 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호는 토지를 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식의 수단으로 이용하는 것을 방지하기 위하여 ⁠‘비사업용 토지’를 양도한 경우 그 양도로 인하여 발생한 소득금액의 100분의10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 ⁠‘토지등 양도소득에 대한 법인세’로 하여 ⁠‘각 사업연도 소득에 대한 법인세’에 추가하여 납부하도록 규정하고 있다. 구 법인세법

제55조의2 제2항은 비사업용 토지의 해당 여부를 그 지목에 따라 달리 규정하면서, 제4호에서 ⁠‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 각 목을 제외한 토지’를 비사업용 토지로 규정하고 있는데, 같은 호 각목에서 지방세법 제106조 제1항 제3호에 따른 재산세 분리과세대상이 되는 토지(나.목)와 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것(다.목) 등을 비사업용 토지에서 제외하는 토지로 들고 있다. 또한 구 법인세법 제55조의2 제3항은 ⁠‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다’고 규정하고 있다. 이러한 관계 규정을 종합하면, 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나.목, 다.목, 같은 조 제3항의 규정 및 그 위임에 따른 시행령, 시행규칙들은 모두 일정한 요건을 갖춘 경우 해당 토지를 비사업용 토지에서 제외하여 비사업용 토지에 부과하는 추가적인 조세부담을 경감하여 주는 특혜규정으로 이를 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 볼 것이다.

2) 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나.목의 해당 여부

가) 구 법인세법 제55조의2 제4호 나.목은 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 지방세법 제106조 제1항 제3호에 따른 재산세 분리과세대상이 되는 토지는 비사업용토지에 해당하지 아니한다고 규정하고 있다. 구 지방세법(2020. 12. 29. 법률 제17769호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제3호는 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서, 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지(사.목)를 분리과세대상 토지로 정하고 있다. 구 지방세법 시행령(2020. 12. 31. 대통령령 제31343호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제7항 제5호는 ⁠‘구 지방세법 제106조 제1항 제3호 사.목에서 대통령령으로 정하는 토지란 '산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지'를 말한다고 정하 고 있다.

나) 구 법인세법 제55조의2 제4호 나.목, 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 사.목, 구 지방세법 시행령 제102조 제7항 제5호는 재산세 분리과세대상이 되는 납세의무의 주체를 '산업단지개발사업의 시행자‘로 명확하게 규정하고 있고, 구 산업입지법 제16조 및 구 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령(2016. 2. 11. 대통령령 제25978호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 산업입지법 시행령'이라 한다) 제19조, 제20조는 사업시행

자와 대행자를 구분하여 그 자격과 업무 범위를 달리 규정하고 있다. 더욱이 구 지방세법 시행령 제102조 제7항 제5호는 특정한 사업시행자가 소유하는 사업부동산을 종합한산과세표준에서 제외하여 분리과세를 함으로써 조세부담을 경감하여 주는 규정이고, 구 법인세법 제55조의2 제4호 나.목은 위와 같이 분리과세대상이 되는 토지를 비사업용 토지에서 제외함으로써 비사업용 토지에 부과되는 조세부담을 경감하여 주는 규정으로 이러한 특혜규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합하는 점 등을 위와 같은 사정에 보태어 보면, 구 지방세법 제106조 제1항 제3호, 구 지방세법 시행령 제102조 제7항 제5호 본문에 의한 재산세 분리과세대상은 산업단지지정권자에 의해 사업시행자로 지정된 자가 소유하고 있는 토지로서 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지에 한정된다고 봄이 타당하고, 대행자는 구 산업입지법 제16조의 산업단지개발사업의 시행자에 해당한다고 볼 수 없으므로 대행자가 소유하고 있는 토지는 위 규정에 의한 재산세 분리과세대상에 해당하지 아니한다. 앞서 본 사실에 의하면, 원고 회사는 구 산업입지법 제16조 제3항, 구 산업입지법 시행령 제20조 제1항 제2호에 따라 이 사건 사업시행자인 D공사로부터 용지조성공사 업무를 대행하는 자에 불과하고 이 사건 사업의 사업시행자에 해당하지 않으므로, 이 사건 공사의 대행자인 원고 회사가 소유하고 있는 이 사건 토지는 구 법인세법 제55조의2 제4호 나.목의 재산세 분리과세대상 토지에 해당한다고 볼 수 없다.

원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

3) 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 다.목의 해당 여부

가) 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 다.목은 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것은 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제92조의8 제1항은 각호에서 비사업용 토지에 해당하지 않는 토지를 열거하면서, 제3호에서 '사회기반시설에 대한 민간투자법에 따라 지정된 사업시행자가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지(다만 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다)'를, 제13호에서 '그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지'를 들고있다. 구 법인세법 시행규칙(2020. 3. 13. 기획재정부령 제774호로 개정되기 전의 것) 제46조 제7항은 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률(이하 '지역균형개발법'이라 한다)에 따라 지정된 개발촉진지구 안의 사업시행자가 조성한 토지(제6호) 등 각 호에서 구 법인세법 시행령 제92조의8 제1항 제3호 본문의 '기획재정부령이 정하는 토지'를 열거하고 있다.

나) 이 사건 토지는 구 산업입지법에 따라 국가산업단지로 지정된 토지로서, 구 법인세법 시행령 제92조의8 제1항 제3호의 '사회기반시설에 대한 민간투자법에 따라 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지'에 해당하지 않고, 구 법인세법 시행령 제92조의8 제1항 제3호, 구 법인세법 시행규칙 제46조 제7항 각 호에서 열거하고 있는 토지에도 해당하지 않는다. 또한 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 다.목, 구 법인세법 시행령 제92조의8 제1항 제3호, 구 법인세법 시행규칙 제46조 제7항 각 호는 비사업용토지에서 제외하는 경우를 구체적으로 명시하고 있고, 이는 비사업용 토지에 부과하는 조세부담을 경감하는 특혜규정으로서 엄격하게 해석해야 할 필요가 있는 점, 구 산업입지법에 따라 지정된 국가산업단지는 사회기반시설에 대한 민간투자법에 따라 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지나 구 지역균형개발법(2016. 3. 29. 법률 제14111호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다)에 따라 지정된 개발촉진지구와 그 목적과 내용을 달리하여 위 사회기반시설에 대한 민간투자법에 따라 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지나 구 지역균형개발법에 따라 지정된 개발촉진지구에 준하여 비사업용 토지에서 제외된다고 볼 것은 아닌데(더욱이 구 지역균형개발법은 2016. 3. 29. 법률 제14111호로 폐지되었다), 원고는 그 밖에 구 법인세법 시행령 제92조의8 제1항 제3호, 구 법인세법 시행규칙 제46조 제7항 각 호의 어느 경우에 준하여 이 사건 토지를 비사업용 토지에서 제외된다고 볼 것인지에 관하여는 구체적으로 주장하고 있지 않은 점, 한편 구 법인세법 시행령 제92조의8 제1항 제13호는 '제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지'를 비사업용 토지에 해당한다고 규정하고 있으나, 기획재정부령인 구 법인세법 시행규칙에서는 위 시행령 규정에 따른 비사업용 토지가 무엇인지에 관하여 별도의 규정을 두고 있지 않고 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 토지가 구 법인세법 시행령 제92조의8 제1항 제3호의 토지에 준하는 토지로서 같은 항 제13호의 비사업용 토지에 해당한다고 볼 수 없다.

다) 이에 대하여 원고는, 이 사건 토지는 구 법인세법 제27조 제1호의 '해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산‘에 해당하지 않는다고 볼 것이므로, 비사업용 토지에도 해당하지 않는다고 주장한다. 그러나 구 법인세법 제27조 제1호는 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용으로서 업무와 관련이 없는 비용은 손금에 산입하지 않는다는 규정으로서 비사업용 토지에 대한 과세규정과 그 목적 및 적용국면을 달리하는 점, 구 법인세법령은 그 시행규칙 제26조 제2항에서 구 법인세법 제27조 제1호, 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 '법인의 업무'가 무엇인지에 관한 규정을 두고 있으나, 토지등 양도소득으로 법인세 부과대상이 되는 비사업용 토지와 관련하여 '사업'이 무엇인지에 관한 규정을 두고 있지 않고, 이에 관하여 '업무‘를 준용한다는 규정도 두고 있지 아니한 점 등을 고려하면, 설령 이 사건 토지가 원고 회사의 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무의 대상으로서 구 법인세법 제27조 제1항 제1호의 '해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산‘에 해당하지 않는다고 하더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 토지가 구 법인세법상 비사업용토지에 해당하지 않는다고 볼 것은 아니다.

4) 구 법인세법 제55조의2 제3항의 해당 여부

가) 구 법인세법 제55조의2 제3항은 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항은 '토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'는 사용이 금지 또는 제한된 기간(제1호)동안, '그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지'는 기획재정부령으로 정하는 기간(제3호) 동안 각 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 본다고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항은 위 규정에 따라 비사업용 토지로 보는 경우를 열거하면서 저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 토지(취득일부터 2년, 제6호) 등을 들고 있다.

나) 앞서 본 사실과 증거, 갑 제9 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 토지는 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우라고 볼 수 없으므로, 구 법인세법 제55조의2 제3항에 해당한다고 볼 수 없다.

① 구 산업입지법 제37조 제1항은 '사업시행자가 산업단지개발사업을 완료하였을 때에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 실시계획승인권자의 준공인가를 받아야 한다'고 규정하고 있고, 제7항은 '제1항에 따른 준공인가 전에는 산업단지개발사업으로 조성된 용지나 설치된 시설물을 사용할 수 없다. 다만 사업시행자(제16조 제1항 제3호 중 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자는 제외한다)가 산업단지개발사업에 지장이 없다고 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다'고 규정하고 있다. 설령 이 사건 공사가 2020년 6월경에서야 준공되어 위 규정에 따라 그 무렵까지 이 사건 토지의 사용이 금지 또는 제한되었다고 보더라도, 이 사건 토지를 포함한 광주 ○○구 ○○동, ○○동, ○○동, 전남 ○○군 ○○면 ○○리, ○○리, ○○리 일원은 2009. 10. 1.에 이미 국가산업단지로 지정되었고, 원고 회사는 위 지정 이후에 이 사건 토지를 취득하였으므로, '토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지'되는 경우에 해당한다고 볼 수 없고, 달리 구 법인세법 제55조의2 제3항 및 그에 따른 시행령, 시행규칙에서 열거하고 있는 개별 사유에 해당한다고 보이지 않는다. 또한 이 사건 매매계약의 계약조건으로 이 사건 토지의 사용가능시기를 2019. 9. 30.로 정하여 그 때까지 이 사건 토지에 착공 등 사용이 불가능하였다고 하더라도[D공사는 '사용가능시기(2019. 9. 30.)'란 부지조성공사가 완료되어 사업준공 이전이라도 건축공사가 착공 가능한 시기를 뜻한다고 밝혔다], 이 역시 구 법인세법 제55조의2 제3항 및 그에 따른 시행령, 시행규칙에서 열거하고 있는 개별 사유에 해당한다고 보이지 않는다.

② 원고는, 원고 회사가 이 사건 도급계약의 공사대금을 변제받기 위하여 이 사건 토지를 취득하게 된 것이므로, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제6호에 준하여 이 사건 토지는 비사업용 토지에서 제외되어야 한다는 취지로도 주장한다. 그런데 앞서 본 법인세법령의 체계, 문언과 입법취지 등을 종합하면, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 1항 제6호의 '채권을 변제받기 위하여' 취득한 토지는 채권 변제를 주된

목적으로 하여 취득한 토지를 뜻한다고 볼 것이므로, 위 규정을 적용하기 위해서는 취득 당시를 기준으로 취득의 주된 목적이 채권 변제에 있어야 한다. 원고는, 원고 회사가 이 사건 공사를 수주하기 위하여 이 사건 입찰공고상 입찰 우선순위 1순위에 해당하도록 이 사건 토지를 매입하되 공사대금의 50%에 해당하는 금액을 기성률에 따라 토지 매매대금과 상계하는 조건으로 이 사건 공사 입찰에 응하였고, 그 결과 이 사건 공사를 낙찰 받고서 D공사와 사이에 이 사건 도급계약을 체결함과 동시에 이 사건 입찰공고의 입찰 우선순위에서 정한 바와 같이 매매대금을 지급하는 내용의 이 사건 매매계약을 체결하였으며, 이후 이 사건 매매계약에 따라 이 사건 토지의 매매대금 상당 부분을 공사대금과 상계하는 방식으로 지급하고 이 사건 토지를 취득하였다. 이와 같은 이 사건 토지의 취득 경위에 비추어 보면, 원고 회사의 이 사건 토지 매입 당시 매입의 주된 목적은 공사대금 채권의 변제에 있다고 볼 수 없고, 오히려 이 사건 공사의 수주에 있다고 할 것이다. 따라서 이 사건 토지는 위 ⁠“채권을 변제받기 위하여 취득한 토지”에 해당하지 않으므로, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제6호에 준하여 비사업용 토지에서 제외되어야 한다고 볼 수 없다.

③ 구 법인세법 제55조의2 제3항 및 그에 관한 시행령, 시행규칙들 역시 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우를 구체적으로 명시하고 있고, 이는 비사업용 토지에 부과하는 조세부담을 경감하는 특혜규정으로서 엄격하게 해석해야 할 필요가 있다고 할 것인데, 앞서 본 것처럼 원고가 주장하는 사정들은 구 법인세법 제55조의2 제3항, 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 각호에서 정하고 있는 개별사유에 해당한다고 보기 어렵고, 원고는 그 밖에 이 사건 토지를 위 규정의 어느 사유에 준하여 비사업용 토지로 보지 않아야 하는지에 관하여는 구체적으로 주장하고 있지 않다.

5) 소결론

따라서 이 사건 토지는 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호의 비사업용 토지에 해당한다.

라. 가산세에 관한 정당한 사유의 존부

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 등).

2) 그런데 앞서 본 사실과 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고 회사에게 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분 중 가산세를 부과한 부분이 위법하다고 볼 수 없다.

① 앞서 본 것처럼 이 사건 토지는 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호의 비사업용 토지에 해당하고, 같은 조 제2항 제4호 나.목, 다.목 및 같은 조 제3항의 비사업용 토지에서 제외되는 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 이와 달리 원고가 이 사건 토지의 양도차익을 토지등 양도소득으로 신고하지 아니한 데 정당한 사유가 있다고 볼 만한 뚜렷한 사정을 발견하기 어렵다.

② 원고는, 과세관청이 2006. 9. 12.경 '법인이 건설용역을 제공하고 거래처로부터 건설용역에 따른 대가로 받아야할 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지는 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제6호에 해당한다(서면인터넷방문상담2팀01751)'거나, 2014. 4. 22.경 '내국법인이 건설용역을 제공하고 거래처로부터 건설용역에 따른 대가로 받아야할 채권을 변제받기 위하여 취득한 체비지는 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제6호에 해당한다(법규법인2014-83)'는 견해를 표명하였으므로 원고가 이 사건 토지의 양도차익을 토지등 양도소득으로 신고하지 아니한 데 정당한 사유가 있었다고 주장하나, 위와 같이 과세관청이 회신한 사안은 이 사건과 그 내용을 달리하므로, 과세관청이 '입찰공고에 따라 공사를 수주받기 위하여 일정한 토지를 매입하게 된 경우'에 해당하는 이 사건에 관하여 해당 토지가 구 법인세법상 비사업용 토지에서 제외된다는 내용의 견해를 표명하였다고 볼 수는 없다. 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

③ 또한 설령 원고의 주장과 같이, 입찰공고에 따라 공사를 수주받기 위하여 일정한 토지를 매입하게 된 경우 해당 토지가 구 법인세법상 비사업용 토지에서 제외되는지에 관하여 2019년 12월경 최초로 법원에서 판단이 이루어졌고(J지방법원20XX구합XXXXX), 위 판결이 항소심 및 상고심을 거쳐 2020. 9. 25.경 확정되었다고 하더라도(서울고등법원 20XX누XXXX, 대법원 20XX두XXXXX), 그와 같은 사정만으로는 위와 같이 판결이 선고 및 확정되기 이전에 위 쟁점에 관하여 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있었다고 단정하기 어려울 뿐만 아니라, 그로 인하여 원고 회사에게 이 사건 토지의 양도차익을 토지등 양도소득으로 신고하는 것을 기대할 수 없는 상황이었다고 볼 수도 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2023. 12. 21. 선고 수원지방법원 2022구합75953 판결 | 국세법령정보시스템