요지

법인 소유 부동산과 법인대표자 소유의 부동산을 일괄양도하며, 임의로 양도가액을 조정한 경우, 법인과 법인대표자가 독립적 인격을 보유하였다 하더라도 소득세법 제100조 제2항을 적용할 수 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 1. 10. 원고에게 한 2017년 귀속 양도소득세 1,187,283,260원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고가 대표이사로 있는 aaaa에너지 주식회사(이하 ⁠‘ aaaa에너지’라 한다)는 2016. 12. 9. 정BB에게 별지1 ⁠‘부동산 목록’ 제2 내지 8항 기재 각 부동산(이하 ⁠‘이 사건 법인부동산’이라 한다)을 매매대금 5,300,000,000원에 매도하였고, 원고는 2017. 2. 2. 정BB에게 이 사건 법인부동산에 인접한 별지1 ⁠‘부동산 목록’ 제1항 기재 부동산(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)을 매매대금 1,200,000,000원에 매도하였다. 위 각 매매대금의 잔금은 2017. 2. 3. 대출이 승계되거나 제3자에 대한 채무변제 명목으로 지급되는 등의 방법으로 지급되었고, 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산에 관하여 같은 날 정BB 앞으로 위 각 매매를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다.

 나. 원고는 2017. 5. 31. 이 사건 토지의 양도가액을 1,200,000,000원으로, 취득가액을 1,181,439,810원(= 매매대금 1,100,000,000원 + 취득세 81,439,810원)으로 하여 양도차익을 산정한 다음 2017년 귀속 양도소득세 1,082,140원을 신고․납부하였다.

 다. 피고는 원고와 aaaa에너지가 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산을 같은 날 같은 양수인에게 일괄양도하면서 이 사건 토지의 양도가액은 과소하게, 이 사건 법인부동산의 양도가액은 과다하게 산정한 후 aaaa에너지의 결손을 이용하여 원고의 양도소득세를 과소 신고한 것으로 판단하여 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산의 매매가액을 합산한 다음 각 부동산의 감정평가액으로 안분하여 계산한 3,511,899,745원을 이 사건 토지의 양도가액으로 정해서 2021. 1. 10. 원고에게 2017년 귀속 양도소득세 1,187,283,260원을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

 라. 원고는 이에 불복하여 2021. 4. 28. 이의신청을 거쳐 2021. 8. 25. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2021. 11. 23. 조심 2021중5448 사건에서 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

2. 판단

 가. 원고 주장의 요지

  원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

  1) 원고와 aaaa에너지는 각자 독립적인 인격을 보유한 주체로서 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산을 별개의 거래로 매도하였다. 이 사건 토지는 맹지이고 지목이 전인 농지로서 매수인을 찾기 어려워 그 가치가 현저히 낮고, 이 사건 토지는 그 매수 당시의 취득가액 1,100,000,000원보다 높은 가액으로 매도한 것이므로, 그 매매대금이 개별공시지가나 감정평가액보다 낮다고 하더라도 문제가 있다고 볼 수 없다.

  2) 이 사건 토지는 이 사건 법인부동산과 함께 주유소 운영을 위해 사용되었으므로, 인접 토지와 함께 매도하지 않으면 계약을 체결하기 어렵다. 매매대금은 당사자의 선택과 결정에 따라 확정되는 것이다. 이러한 사정을 고려하지 않고 피고가 이 사건법인 부동산의 매매대금과 차이가 크다는 이유로 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산을 함께 양도한 것으로 보아 이 사건 처분을 한 것은 비례의 원칙에도 위반된다.

  3) 피고는 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산의 각 매매대금을 합산한 후 각 부동산의 감정평가액을 기초로 안분계산하였으나, 위 감정평가액은 담보 목적으로 작성된 감정평가서에 따른 것이어서 정상적인 거래사례로 볼 수 없다. 위 감정평가는 비교표준지 선정이 잘못되었고, 그 비교의 구체적 근거도 제시하지 않았으며, 정상적인 거래사례나 평가사례를 고려하지도 않았다. 따라서 위 감정평가액을 이 사건 처분의 계산근거로 삼은 것은 위법하다.

 나. 관계 법령

  별지2 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

 다. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

  1) 일괄 양도의 양도차익 산정에 관한 관련 규정의 내용

   소득세법 제100조 제2항 전문은 ⁠‘양도가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 ⁠‘제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있다. 구 소득세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제6항은 ⁠‘법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호는 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가가 모두 있는 경우는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하되, 다만 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인 등이 평가한 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다.

  2) 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산의 일괄 양도 여부

   가) 인정근거

    다음의 각 사실은 갑 제1호증, 을 제2 내지 6호증, 을 제9호증의 1 내지 6, 을 제10호증의 1, 2, 3, 을 제11호증, 을 제12호증의 1 내지 6의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있거나, 당사자 사이에 다툼이 없다.

    (1) aaaa에너지는 2013. 5. 31. 석유까스 판매업 등을 영위하던 CC에너지 주식회사(이하 ⁠‘CC에너지’라 한다)로부터 주유소 건물 및 그 부지로 사용되고 있던 이 사건 법인부동산을 매수하였고, 원고는 2013. 9. 12. CC에너지의 감사였던 박DD로부터 이 사건 토지를 매수하였다.

    (2) aaaa에너지는 이 사건 법인부동산에서 주유소를 운영하였고, 원고는 2014. 4. 1.경부터 aaaa에너지에 이 사건 토지를 임대하였다. 이 사건 토지에는 위 주유소에서 주유한 차량을 위한 자동세차장 기계가 설치되어 있었다.

    (3) aaaa에너지와 원고는 2016. 8.경 위 주유소(‘보라매주유소’)와 정BB이 운영하던 주유소(‘EEE주유소’)를 교환하기로 하였다. 정BB이 위 교환계약에 따른 중도금과 잔금을 지급하지 못하자, aaaa에너지, 원고 및 정BB은 위 교환계약을 매매계약으로 전환하기로 합의하였다.

    (4) 이 사건 법인부동산에 관한 매매계약서 중 도입부분에는 ⁠‘부동산 소유자 aaaa에너지 외 1인’과 정BB이 매매계약을 체결하는 것으로 기재되어 있고, 특약사항 제4항에는 ⁠‘이 사건 토지는 매매가를 1,200,000,000원으로 한다’는 내용이 기재되어 있다.

    (5) FF신용협동조합은 정BB에 대한 대출의 담보로 제공될 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산의 감정평가를 의뢰하였고, 그 의뢰를 받은 주식회사 GG감정평가법인(이하 ⁠‘GG감정평가법인’이라 한다)은 2017. 1. 16.을 기준으로 이 사건 토지는 3,185,820,000원으로, 이 사건 법인부동산은 2,710,655,270원으로 감정평가하였다(이하 ⁠‘관련 감정평가’라 한다).

    (6) 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산의 기준시가, 관련 감정평가액 및 위 매매대금 합계 6,500,000,000원(= 위 1,200,000,000원 + 위 5,300,000,000원)을 해당 기준시가와 관련 감정평가액에 비례하여 안분계산한 금액(소수점 미만 반올림, 이하 같다, 다만 기준시가는 1,000원 미만 버림)은 다음과 같다.

    (7) aaaa에너지는 2015년, 2016년, 2017년 사업연도 모두 결손이 발생한 것으로 법인세 과세표준 및 세액신고를 하였다.

   나) 구체적 판단

    앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고와 aaaa에너지가 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산을 함께 양도하였다고 보는 것이 타당하다. 따라서 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산이 별개의 거래로서 매도되었다는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

    (1) 주유소를 운영하던 CC에너지가 이 사건 법인부동산을, CC에너지의 감사가 이 사건 토지를 소유하다가 aaaa에너지가 이 사건 법인부동산을, aaaa에너지의 대표이사인 원고가 이 사건 토지를 매수하였다. aaaa에너지는 원고로부터 이 사건 토지를 임차하였고, 주유소 건물 및 그 부지인 이 사건 법인부동산과 자동세차장 기계가 설치된 이 사건 토지를 함께 주유소 운영을 위하여 사용하였다. 원고와 aaaa에너지는 원래 정BB에게 교환계약을 통해 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산의 소유권을 일괄하여 이전하려고 하였다. 위와 같은 소유관계 및 이용현황 등에 비추어 보면, 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산은 주유소 운영을 위한 부동산으로서 일체로서 거래되고 사용되어 왔던 것으로 판단된다.

    (2) 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 토지는 이 사건 법인부동산과 함께 주유소 운영을 위해 사용되었고, 이 사건 토지는 맹지이고 농지여서 이 사건 법인부동산과 함께 매도하지 않으면 매매계약을 체결하기 어렵다는 것이다.

    (3) aaaa에너지가 이 사건 법인부동산을 모두 소유하고 있었는데도 이 사건 법인부동산에 관한 매매계약서에는 ⁠‘ aaaa에너지 외 1인’을 부동산 소유자로 표시한 부분이 있고, 특약사항 제4항에는 위 매매계약의 목적물이 아닌 이 사건 토지의 매매대금을 정한 내용이 기재되어 있기도 하다. 위 특약사항 제4항에 기재된 이 사건 토지의 매매대금 1,200,000,000원은 이 사건 토지의 실제 매매대금과 일치한다. 여기에 aaaa에너지의 대표이사가 원고이고, 당초 원고와 aaaa에너지가 정BB에게 이 사건 토지와 이 사건 부동산의 소유권을 일괄하여 이전하려는 교환계약을 체결하였다가 매매계약으로 그 계약의 형식과 내용을 변경한 점 등을 보태어 보면, aaaa에너지와 정BB 사이에 이 사건 법인부동산에 관한 매매계약서를 작성하면서 이 사건 토지에 관한 매매계약의 주요사항도 함께 결정하였던 것으로 보인다.

    (4) aaaa에너지가 2015년, 2016년, 2017년 사업연도 모두 결손이 발생한 것으로 법인세 과세표준 및 세액신고를 하였으므로, 원고와 aaaa에너지가 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산을 함께 매도하면서 이 사건 토지의 양도가액을 낮게 정하고 이 사건 법인부동산의 양도가액을 높게 정할 경우 원고는 양도소득세 부담이 경감되는 반면, aaaa에너지는 법인세 부담이 증가되지 않는다.

    (5) 한편, 소득세법 제100조 제2항 전문은 공통의 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것인데, 함께 양도한 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우 안분계산을 할 필요성은 그 양도인이 동일인인 경우와 그렇지 않은 경우에 차이가 있다고 보기 어렵다. 또한 양도인이 동일인이 아닌 경우에도 위 규정에 따라 안분계산한 가액을 기초로 납세의무자별로 양도소득세를 산정하므로, 위 규정을 적용한다고 하더라도 그 양도인들을 하나의 과세단위로 하여 양도소득세 과세처분을 하게 된다고 볼 수 없다. 이에 비추어 보면, 위 규정에 따른 안분계산 방법이 토지와 건물 등의 양도자가 동일한 경우에만 적용되는 것이라고 해석할 수 없다. 따라서 앞서 본 여러 사정에 비추어 볼 때, 원고와 aaaa에너지가 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산을 함께 양도하였다고 봄이 상당한 이 사건에서 원고와 aaaa에너지가 각자 독립적인 인격을 보유하였는지 여부는 위 판단에 방해가 되지 않는다.

  3) 안분가액 산정

    가) GG감정평가법인이 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산의 2017. 1. 16. 기준 감정평가액을 각각 3,185,820,000원과 2,710,655,270원으로 산정한 사실은 앞서 본 바와 같다. GG감정평가법인은 그 명칭과 앞서 본 감정평가 경위 등에 비추어 보면, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에서 정한 감정평가법인에 해당한다고 보이고, 위 2017. 1. 16.은 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산에 관한 대금청산일인 위 2017. 2. 3.이 속하는 과세기간 내임이 역수상 명백하므로, 구 소득세법 시행령 제166조 제6항,구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호에 따라 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산은 관련 감정평가액에 비례하여 안분계산하는 것이 타당하다.

     원고는 위 주장과 같이 관련 감정평가액으로 안분계산하는 것이 부당하다고 주장한다. 그러나 안분계산의 기준이 되는 기준시가나 감정평가액은 함께 양도한 토지와 건물 등을 안분하기 위한 비율을 산정하는 데 사용되는데, 앞서 본 바와 같이 관련 감정평가액을 기준으로 한 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산의 안분비율은 54% : 46%이고, 기준시가를 기준으로 한 안분비율은 55% : 45%로 거의 동일한 점, 만일 원고 주장과 같이 관련 감정평가액으로 안분계산할 수 없다면 기준시가로 안분계산할 수 밖에 없으며, 그렇게 안분계산할 경우 이 사건 토지의 양도가액은 3,572,310,189원으로 산정되어 관련 감정평가액으로 안분계산할 경우의 3,511,899,745원보다 많게 되고, 그에 따라 오히려 원고의 납부세액이 증가되는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

    나) 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산의 매매대금을 관련 감정평가액에 비례하여 안분계산할 경우 이 사건 토지의 양도가액은 3,511,899,740원, 이 사건 법인부동산의 양도가액은 2,988,100,255원이 된다. 이 사건 토지의 매매대금 1,200,000,000원과 이 사건 법인부동산의 매매대금 5,300,000,000원은 아래 표 기재와 같이 안분계산한 위 각 양도가액과 100분의 30 이상 차이가 있음이 계산상 명백하므로, 소득세법 제100조 제3항에 따라 그 가액 구분이 불분명한 때로 간주된다. 따라서 소득세법 제100조 제2항 전문에 따라 이 사건 토지의 양도가액은 위와 같이 안분계산한 3,511,899,745원이라고 보는 것이 타당하므로, 피고가 양도가액을 위 3,511,899,745원으로 경정한 후 2017년 귀속 양도소득세를 다시 산정하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

  4) 비례의 원칙 위반 여부

   가) 소득세법 제100조 제2항 전문은 양도가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 안분계산하도록 정하고 있다. 위 규정의 입법취지가 공통의 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정함과 동시에 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는 데 있다는 점을 고려하면, 여기서 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때는 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우뿐만 아니라 계약서 등 증빙서류에 가액이 구분되어 있지만 통상의 거래관행에 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함된다고 보아야 한다. 한편, 같은 조 제3항은 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 제2항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있는데, 위 규정의 내용과 앞서 본 같은 조 제2항의 입법취지 등에 비추어 보면, 위 규정은 계약서 등 증빙서류에 가액이 구분되어 있더라도 그것이 조세회피 목적인 것인지를 명확히 입증하기 어렵다는 사정을 감안하여 같은 조 제2항의 ⁠‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때’의 판단기준을 명확히 하려는 취지인 것으로 해석하는 것이 타당하다.

   나) 원고와 aaaa에너지가 정BB에게 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산을 일괄하여 양도하였다고 보아야 하고, 그 각각의 양도가액이 관련 감정평가액에 비례하여 안분계산한 양도가액과 100분의 30 이상 차이가 있으며, 원고와 aaaa에너지가 그 매매계약에서 정한 매매대금을 양도가액으로 삼을 경우 위와 같이 안분계산한 경우에 비하여 원고의 양도소득세 부담은 경감되는 반면 aaaa에너지는 과거 사업연도의 결손으로 인하여 법인세 부담은 증가되지 않는 결과가 발생함은 앞서 본 바와 같다. 이러한 사정에 앞서 본 소득세법 제100조 제2항, 제3항의 입법취지 및 규정의 형식과 내용 등을 보태어 보면, 비록 이 사건 처분으로 인하여 원고의 양도소득세 부담이 증가되었다 하더라도, 피고가 위 규정을 적용하여 이 사건 토지와 이 사건 법인부동산의 전체 매매대금의 범위 내에서 관련 감정평가액에 비례하여 이 사건 토지의 양도가액을 안분계산함으로써 이를 재산정한 것이 비례의 원칙에 위반된다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

3. 결론

 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

출처 : 수원지방법원 2023. 07. 20. 선고 수원지방법원 2022구합61589 판결 | 국세법령정보시스템