요지

이 사건 특허권 양수도계약과 이에 따른 소득금액 계산은 특허권 양수도 거래의 외관을 갖추어 원고의 이익을 특수관계인에게 분여한 경우에 해당하므로 이 사건 법인세처분 및 상여처분은 적법함

판결내용

판결내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고가 2021. 5. 3. 원고에게 한 2019년 귀속 법인세 2,650,640원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

2. 피고가 2021. 5. 8. 원고에게 한 별지1 목록 기재 소득금액변동통지 처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 금속공작기계 제조 및 공급 등을 목적으로 1994. 3. 2. 설립된 주식회사로서, 2019사업연도 당시 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것), 제2조 제1항 및 구 중소기업기본법(2019. 12. 10. 법률 제16815호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항에 정한 중소기업이었다. A은 2002. 2. 14.부터 2022. 3. 17.까지 원고의 대표이사로, A의 배우자 B은 위 기간 중 원고의 감사로 각 재직하였다. 2018. 12. 31. 및 2019. 12. 31. 기준 원고의 주식 지분 중 82.15%는 A, 7.15%는 B, 나머지는 A의 자녀들인 C, D, E가 보유하고 있었다.

  나. A 명의로 2018. 6. 25. 발명의 명칭을 ⁠‘○○형 ○○바디가 구성된 ○○분사노즐의 제작방법’으로 한 특허가 출원되었고, 2018. 10. 18. 위 발명에 관하여 발명자, 특허권자를 각 A로, 등록번호를 10-xxxxxxx으로 하는 특허권설정등록이 마쳐졌다(이하 위 발명을 ⁠‘이 사건 발명’이라고 하고 위와 같이 설정등록이 마쳐진 특허권을 ⁠‘이 사건 특허권’이라고 한다).

  다. 원고는 2019. 7. 18. 개최된 이사회, 2019. 8. 6. 개최된 임시주주총회에서 A로부터 이 사건 특허를 양수하고 양수금액은 감정평가법인의 평가에 따라 주주총회에서 결정하기로 의결하였다. 주식회사 ○○감정평가법인(이하 주식회사는 최초로 기재할 때에만 ⁠‘주식회사’ 부분을 표시한다)은 원고의 의뢰에 따라 2019. 8. 13. 이 사건 특허권의 2019. 8. 6. 기준 시장가치를 945,000,000원으로 평가하였다. 원고는 2019. 8. 14. 개최된 이사회, 2019. 8. 30. 개최된 임시주주총회에서 이 사건 특허권의 양수금액을 945,000,000원으로 결정하는 의결을 하였다. 한편 원고가 2019. 8. 6. 개최한 임시주주총회에서는 원고의 정관 제2조에 정한 설립 목적에 ⁠‘○○엔진부품 제조’를 추가하는 의결이 이루어졌다.

  라. 원고는 2019. 11. 20. A로부터 이 사건 특허권을 양수하고 특허권 양수대금 945,000,000원(이하 ⁠‘이 사건 양수대금’이라고 한다)을 지급하는 내용의 지식재산권 양수양도 계약서를 작성하고(이하 위 계약서로 체결된 계약을 ⁠‘이 사건 특허권 양수도계약’이라고 한다), 2019. 12. 9. 이 사건 특허권에 관한 권리이전등록을 마쳤으며, 이 사건 특허권의 가액을 945,000,000원로 산정하여 이를 원고의 자산으로 계상하였다. 원고는 A에게 이 사건 양수대금 945,000,000원에서 기타소득에 대한 원천징수세액을 제외한 금액을 지급하였다.

  마. 원고는 2020. 3. 19. 피고에게 이 사건 특허권의 감가상각비 11,048,950원을 손금에 산입하여 소득금액을 1,450,885,351원, 산출세액을 270,177,070원[= 20,000,000원 ＋ {(소득금액 1,450,885,351원 － 200,000,000원) × 20%}, 원 미만은 버림], 총 부담세액을 197,411,413원(= 산출세액 270,177,070원 － 최저한세 적용대상 공제감면세액 72,850,647원 ＋ 증명서류 수취 불성실 가산세액 84,990원)으로 계산하여 2019사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고(이하 ⁠‘이 사건 법인세 과세표준 신고’라고 한다)를 하고 위 금액을 납부하였다.

  바. ○○지방국세청장은 원고의 2019사업연도 법인세 신고내용을 확인하고 피고에게 이 사건 특허권이 A의 개인발명에 대한 것이 아니고 그 권리가 실질적으로 원고에게 귀속된 것이라는 과세자료를 통보하였다.

  사. 피고는 위 과세자료 통보에 따라 이 사건 특허권 양수도계약 및 이 사건 법인세 과세표준 신고 시 원고가 한 소득금액 계산을 부인하고, 이 사건 양수대금 945,000,000원을 익금에, 이 사건 특허권의 가액 945,000,000원을 손금에 각 산입하며, 이 사건 특허권의 감가상각비 11,048,950원을 손금불산입하여 원고의 2019사업연도 소득금액을 1,461,934,301원(= 당초 신고 1,450,885,351원 ＋ 익금 산입 945,000,000원 － 손금 산입 945,000,000원 ＋ 손금불산입 11,048,950원), 산출세액을 272,386,860원[= 20,000,000원 ＋ {(소득금액 1,461,934,301원 － 200,000,000원) × 20%}, 원 미만은 버림], 세액을 200,062,056원(= 산출세액 272,386,860원 － 최저한세 적용대상 공제감면세액 72,850,647원 ＋ 증명서류 수취 불성실 가산세액 84,990원 ＋ 과소신고 가산세액 220,979원 ＋ 납부불성실 가산세 219,874원)으로 결정하고 2021. 5. 3. 원고에게 위 결정세액에서 기 납부 세액을 공제한 2,650,640원(= 200,062,056원 － 197,411,413원, 국고금 관리법 제47조 제1항 본문에 따라 10원 미만의 금액은 계산하지 아니함)을 부과하였다. 또한 피고는 위 과세표준 결정 시 익금에 산입하였으나 사외에 유출된 이 사건 양수대금 945,000,000원을 A의 인정상여로 소득처분하여 2021. 5. 8. 원고에게 별지1 목록 기재와 같은 소득금액변동통지를 하였다(이하 위 법인세 부과처분과 소득금액변동통지 처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

  아. 원고는 2021. 7. 7. 국세청장에게 이 사건 각 처분에 대한 심사청구를 하였으나 국세청장은 2021. 10. 13. 원고의 청구를 기각하였다. 원고는 위 심사청구 기각결정을 2021. 11. 1.경 송달받고, 2022. 1. 24. 이 사건 소를 제기하였다.

  [인정 근거] 갑 제1 내지 3, 9, 10호증, 을 제1 내지 5, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

  가. 원고 주장의 요지

    이 사건 발명은 A의 개인발명에 해당한다. 설령 이 사건 발명이 A의 직무발명에 해당하더라도 이 사건 양도대금은 A의 직무발명에 대한 정당한 보상금이라고 보아야 한다. 따라서 피고가 이 사건 특허권 양수도계약 및 이 사건 법인세 과세표준 신고 시 원고가 한 소득금액 계산을 부인하여 이 사건 각 처분을 한 것은 위법하여 취소되어야 한다.

  나. 관계 법령

    별지2 관계 법령 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 관련 법리

      가) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다. 그렇지만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는, 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한, 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2016. 6. 10. 선고2015두60341 판결 등 참조).

      나) 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16883호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법’이라고 한다) 제52조에서 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법 시행령’이라고 한다) 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다¹⁾.

    2) 이 사건 발명이 개인발명에 해당하는지 여부

      가) 구 발명진흥법(2021. 4. 20. 법률 제18094호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 발명진흥법’이라고 한다) 제2조 제2호에서는 직무발명을 ⁠“종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ⁠‘종업원 등’이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ⁠‘사용자 등’이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.”라고 규정하고, 같은 조 제3호에서는 개인발명가를 ⁠“직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다.”라고 규정하고 있다.

      나) 앞서 본 관계 법령 규정, 법리와 앞서 든 증거들, 갑 제4 내지 7, 11호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 일부 기재 및 영상, 을 제9 내지 15호증의 각 기재, 이 법원의 변호사ㆍ법리사 F에 대한 사실조회 결과 일부, 증인 A의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 이 사건 발명이 A의 개인발명에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

        (1) 원고는 2019. 8. 6. 설립목적에 ⁠‘선박엔진부품 제조’를 추가하였으나, 2015년경부터 독일 G로부터 선박엔진용 연료분사노즐을 포함한 선박엔진 제조 라이센스를 받은 주식회사 H(변경 전 상호: J 주식회사, 이하 상호 변경 전후를 불문하고 ⁠‘J’이라고 한다)와 임가공 계약을 체결하고, J으로부터 제공받은 도면에 따라 주조ㆍ용접방식으로 성형된 반제품을 절삭ㆍ가공하여 선박엔진용 연료분사노즐을 생산ㆍ납품하였다. 이 사건 발명은 원고가 기존에 생산하던 선박엔진용 연료분사노즐 제조 방법을 반제품을 절삭ㆍ가공하는 방식에서 해당 제품을 3개의 구성부분으로 나누어 생산ㆍ조립하는 방식으로 개량한 것으로, 이 사건 발명을 적용한 선박엔진용 연료분사노즐은 원고가 기존에 생산하던 선박엔진용 연료분사노즐을 대체할 수 있는 것이다. 원고는 2017년부터 이 사건 발명을 적용한 선박엔진용 연료분사노즐을 생산ㆍ판매하였다. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 발명은 원고의 업무 범위에 속한다고 보아야 한다.

        (2) 구 발명진흥법 제2조 제1호의 ⁠‘그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 것’은 종업원 등이 담당하는 직무내용과 책임 범위로 보아 발명을 꾀하고 이를 수행하는 것이 당연히 예정되거나 또는 기대되는 경우를 의미한다²⁾. 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원ㆍ위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언ㆍ지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다[대법원 2014. 11. 13. 선고 2011다77313, 77320(병합) 판결 참조]. 따라서 구 발명진흥법 제2조 제2호의 ⁠‘그 발명을 하게 된 행위’에는 발명을 착상하고 구체화하여 완성에 이르기까지 일체의 행위가 포함된다. 위 법리에 아래와 같은 사정들을 비추어 보면, 이 사건 발명을 하게 된 행위는 원고의 영업에 관한 행위로서 당시 원고의 대표이사였던 A의 직무에 속한다고 봄이 타당하다.

          (가) 이 사건 발명 당시 A은 원고의 대표이사로서 원고의 영업에 관하여 재판상 또는 재판외의 모든 행위를 할 권한이 있었다(상법 제389조 제2항, 제209조 참조). A은 이 사건 발명의 동기에 관하여 독일 G와 J으로부터 선박엔진용 연료분사노즐의 내구성 개선방안을 검토하라는 요청을 받았다는 내용의 사실확인서를 제출하였고, 이 법원에서 원고가 이 사건 발명을 적용한 제품을 생산함에 따라 기존의 임가공계약을 제작물공급계약으로 변경할 수 있게 되었으며, J 외에 다른 납품처에도 제품을 공급하는 것이 가능해져서 매출이 증가하였다고 증언하였다. 원고는 A이 이 사건 발명에 대한 특허출원을 하기 전부터 이 사건 발명을 적용한 제품을 생산하였다. A은 원고의 주식 지분 82.15%를 보유하고 있고, 원고의 나머지 주식 지분도 A의 가족들이 보유하고 있다. 위와 같은 이 사건 발명의 동기와 이 사건 발명을 적용한 제품 생산 경위, A의 지위에 비추어 보면, A은 원고의 영업상 필요에 의하여 이 사건 발명에 착수하였다고 보아야 한다.

          (나) 이 사건 발명은 원고가 기존에 임가공 생산하던 선박엔진용 연료분사노즐의 제조 방법을 개량한 것으로, 이 사건 발명을 적용한 제품은 기존 제품을 대체하는 것이다. 이 사건 발명은 선박엔진용 연료분사노즐 제작 공정을 부품제작, 조립, 연마, 검사 단계로 구분하고, 위 각 공정별, 부품별 가공 방법과 소재 등을 구체적인 내용으로 하는바, 이 사건 발명을 완성하기 위해서는 기존에 생산하던 선박엔진용 연료분사노즐 제조 방법을 개량한다는 착상 외에도 도면 작성, 구체적인 공정의 구성, 시제품 제작, 기술의 실현가능성ㆍ효율성ㆍ안정성 검증 등 최초의 착상을 구체화하는 행위가 필요한 것으로 보인다.

          (다) 원고는, A이 본인의 주거지에서 이 사건 발명을 완성하였고, 개인적으로 외부 업체에 의뢰하여 시제품을 제작하였으며, A의 지인이 근무하는 K주식회사(변경 전 상호: L 주식회사) 소유 선박엔진에 시제품을 장착하여 검증을 하였다고 주장한다. 그러나 원고는 A이 이 사건 발명에 대한 특허를 출원하기 전부터 이 사건 발명을 적용한 선박엔진용 연료분사노즐을 생산하고 있었고, 이 사건 발명을 적용한 제품 생산 공정에 대응하여 생산부문을 조직하고 설비를 갖추고 있었던 점에 비추어 보면, 원고 종업원들 작성의 사실확인서(갑 제8호증), A이 작성한 진술서(갑 제11호증), 증인 A의 증언은 그대로 믿기 어렵다. 또한 원고는 갑 제5호증(스케치 도면)을 들어 이 사건 발명이 A의 개인발명이라고 주장하나, 위 도면이 이 사건 발명 당시 작성되었다고 볼 만한 객관적인 자료가 없고, 위 도면의 영상 및 기재에 비추어 위 도면만으로는 이 사건 발명이 완성되었다고 보기 어려우므로, 이 사건 발명이 A의 개인발명이라고 볼 수 없다.

          (라) 원고는 2017. 7. 19. 개발실 컴퓨터 취득 비용 명목으로 5,039,640원을 지출하였고, 피고에게 2017사업연도에 경상개발비로 259,621,500원을 지출하였다고 신고하였다. 이 사건 발명에 대한 특허출원 당시 이 사건 발명에 관한 CAD도면은 원고가 보유하고 있었다. 또한 원고는 2018년사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 이 사건 발명에 관한 특허출원 비용 등을 경상연구개발비로 계상하였다가 2019. 9. 16. 과세표준수정신고를 하면서 해당 비용을 원고의 상여로 회계처리하였다. 위와 같은 사정들에 비추어 보면, A은 이 사건 발명을 구체화하여 완성하는 과정에서 원고의 생산조직과 시설을 이용하였다고 봄이 타당하다.

          (마) 원고는, 이 사건 발명에 관한 특허출원 비용 등을 원고의 경상연구개발비로 계상한 것은 단순 착오였다고 주장한다. 그러나 원고는 2001년부터 2016년까지 A이 한 발명을 원고 명의로 특허출원한 점, 원고는 A이 원고의 주주로서 이 사건 특허권 양수도계약 체결을 의결한 후 위 과세표준수정신고를 하였던 점에 비추어 보면, 위 과세표준수정신고 업무를 대리한 세무법인 경남의 사실조회 결과는 그대로 믿기 어렵다.

    3) 이 사건 양수대금이 정당한 보상금에 해당하는지 여부

      가) 구 발명진흥법 제15조 제1항은 ⁠‘종업원 등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자 등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.’고 규정하고 있고, 제15조 제2 내지 5항, 제17조, 구 발명진흥법 시행령(2021. 10. 19. 대통령령 제32073호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 발명진흥법 시행령’이라고 한다) 제7조의2 내지 제7조의4에서 직무발명보상금의 심의를 직무발명심의위원회의 구성·운영절차(구 발명진흥법 제17조, 구 발명진흥법 시행령 제7조의3, 4), 보상규정의 작성 및 개정절차, 보상에 관한 통지방법을 구체적으로 정하고 있다(구 발명진흥법 제15조 제2 내지 4항, 구 발명진흥법 시행령 제7조의2). 구 발명진흥법 제15조 제6항은 ⁠‘사용자 등이 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원 등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 본다. 다만, 그 보상액이 직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.’라고 규정하고 있는바, 구 발명진흥법령에 정한 절차를 준수하고 직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려한 경우에 한하여 정당한 보상을 한 것으로 인정된다.

      나) 앞서 본 바와 같이 직무발명보상금 산정에 있어서는 직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 종업원 등이 공헌한 정도 외에도 사용자 등의 공헌도를 참작하여야 하는 점, 직무발명보상은 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정에 의하여야 하고, 보상규정의 작성 또는 변경에 관하여 해당 규정을 적용받는 종업원 등 과반수와 협의하여야 하는 점에 비추어 보면, 원고가 향후 발명진흥법령에 정한 절차를 거쳐 이 사건 발명에 대한 보상금을 산정하여 지급한 후 이를 그 확정일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 여지가 있음은 별론, 원고가 감정평가법인의 감정을 거쳐 이 사건 양수대금을 산정하였다거나 원고의 주주총회에서 이 사건 양수대금을 결정하였다는 사정만으로는 원고가 구 발명진흥법이 정한 절차를 거쳐 이 사건 발명에 대한 직무발명보상금을 산정하였다고 보기 어렵고 달리 이 사건 양수대금이 이 사건 발명에 대한 정당한 보상금에 해당한다고 볼 만한 자료가 없다.

      다) 따라서 이 사건 양수대금이 이 사건 발명에 대한 정당한 보상금에 해당한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

    4) 이 사건 특허권 양수도계약과 이에 따른 소득금액 계산 부인의 적법 여부

      가) 구 법인세법 제26조 제2호, 구 법인세법 시행령 제43조 제1항은 ⁠‘법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다.’고 규정하고 있고, 구 법인세법 제52조 제4항에 따라 부당행위계산의 유형 등을 정한 구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에서 개별적ㆍ구체적인 행위 유형을 정하고, 제9호에서는 '그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우'라고 하여 개괄적인 행위 유형을 정하고 있다.

      나) 앞서 본 바와 같이 A은 원고의 주식 지분 82.15%를 보유하고 있고, 원고의 나머지 주식 지분도 A의 가족들이 보유하고 있는 점, 원고는 A 명의로 이 사건 발명에 대한 특허가 출원되기 전부터 이 사건 발명을 적용한 선박엔진용 연료분사노즐을 생산하고 있었던 점, 구 발명진흥법 제10조 제1항은 본문은 ⁠‘직무발명에 대하여 종업원 등이 특허를 받으면 사용자는 그 특허권에 대하여 통상실시권을 가진다.’고 규정하고 있고, 원고는 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업으로서 직무발명에 대하여 특허를 받을 수 있는 권리, 특허권의 승계, 전용실시권 설정에 관한 계약을 체결하거나 그와 같은 내용의 근무규정을 작성하도록 정한 구 발명진흥법 제10조 제1항 단서의 적용을 받지 않는 점에 비추어 보면, 원고가 A로부터 이 사건 특허권을 양수하거나 A에게 이 사건 양수대금 945,000,000원을 지급할 합리적인 이유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 특허권 양수도계약과 이에 따른 소득금액 계산은 특허권 양수도 거래의 외관을 갖추어 원고의 이익을 특수관계인에게 분여한 경우에 해당하여 구 법인세법 제52조 제1항, 제4항, 구 법인세법 제88조 제1항 제9호에 따라 원고의 2019사업연도 소득금액 계산에서 부인되어야 하고, A에게 지급된 이 사건 양수대금은 구 법인세법 제67조 제2호, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 나목에 따라 ⁠‘상여’로 소득처분 되어야 한다.

      다) 결국 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

    5) 이 사건 특허권의 감가상각비를 손금에 산입할 수 있는지 여부

      가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 특허권 양수도계약 및 이에 따른 소득금액 계산이 부당행위계산 부인의 대상이라고 보아야 하는 이상 이 사건 특허권이 원고의 자산에 계상되었음을 전제로 이에 대한 감가상각비를 손금에 산입할 수 없다. 따라서 피고가 이 사건 특허권에 대한 2019사업연도의 감가상각비를 손금불산입하여 이 사건 법인세 부과처분을 한 것은 적법하다.

      나) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) 제52조, 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 대법원 2023. 5. 18. 선고 2018두33005 판결 참조.

2) 구 특허법(1990.1.13. 법률 제4,207호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항에 관한 대법원 1991. 12. 27. 선고 91후1113 판결 참조.

출처 : 창원지방법원 2023. 08. 10. 선고 창원지방법원 2022구합50258 판결 | 국세법령정보시스템