요지

원고가 실질적으로 이 사건 법인의 지분 전부를 출자한 것으로 봄이 상당하고, 이 사건 법인은 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립되지 아니하여 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 ’영농조합법인‘에 해당한다고 볼 수 없어 원고가 현물출자하고 이월과세 신고한 것을 부인한 처분은 적법함

판결내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 12. 22. 원고에 대하여 한 2017년 귀속분 양도소득세 1,251,932,050원 부과처분을 취소한다.

상세내용

이 유

1. 처분의 경위

가. 대전 유성구 ### 답 10,704.4㎡1)(이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 1997. 5. 30. 원고 외 6인의 공동명의로 상속을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다가, 2000. 9. 6. 원고 단독 명의로 협의분할로 인한 상속을 원인으로 한 소유권경정등기가 마쳐졌다.

나. 원고는 2017. 3. 14. 김**, 박**, 임**, 노**과 함께 대** 영농조합법인(이하 ⁠‘이 사건 법인’이라 한다)을 설립하였다.

다. 원고는 2017. 3. 13. 이 사건 부동산을 이 사건 법인에 현물출자하였고, 2017. 3.13. 이 사건 부동산에 관하여 이 사건 법인 앞으로 2017. 3. 13.자 현물출자를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

라. 원고는 2017. 9. 8. 이 사건 부동산의 현물출자에 따른 양도소득세를 921,019,813원으로 신고하면서, 조세특례제한법 제66조 제7항에 따른 양도소득세 이월과세 적용을 신청하였다.

마. 피고는 세무조사 실시 결과, ⁠‘원고가 실질적으로 이 사건 법인의 지분 전부를 출자하였다고 보아 이 사건 법인이 적법하게 설립한 영농조합법인이라고 볼 없다’는 이유로 원고의 양도소득세 이월과세 신청을 부인하고, 2022. 12. 22. 원고에 대하여 2017년 귀속 양도소득세 1,251,932,050원을 부과하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을하였다.

바. 원고는 2023. 1. 10. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 7. 11. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 14, 21, 23호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 2017. 3. 13. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 ⁠‘농어업경영체법’이라 한다) 제16조 및 정관에 따라 요건을 구비하여 이 사건 법인에 대하여 설립신고를 하였고, 대전광역시 유성구청장이 설립신고를 수리하여 이 사건 법인에 대한설립등기가 마쳐졌으므로, 대전광역시 유성구청장의 수리행위는 행정행위에 해당하여그 수리행위에 공정력이 발생하였다고 할 것이다. 대전광역시 유성구청장의 수리행위가 위법함을 이유로 취소되지 않는 이상 피고가 그 효력을 다툴 수 없는 것임에도 불구하고, 이 사건 법인이 적법하게 설립된 영농조합법인이라 볼 수 없다는 이유로 한이 사건 처분은 행정행위의 공정력에 반하는 것으로 위법하다.

2) 원고가 이 사건 법인에 이 사건 부동산을 현물출자한 행위는 ⁠‘건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래행위’에 해당한다고 볼수 없어 부당행위계산 부인의 대상에 해당하지 않음에도 불구하고, 원고의 현물출자행위의 적법·유효성을 부인한 이 사건 처분은 실질과세원칙 및 부당행위계산 부인의법리에 반하는 것으로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 법인이 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 ⁠‘영농조합법인’에 해당하는지 여부

가) 관련 규정 및 법리

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의원칙에도 부합한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2004두2684 판결 등 참조).

(2) 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제19430호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제66조 제7항은 ⁠“대통령령으로 정하는 농업인이2018년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다.”고 정하고 있고, 위 조항의 ⁠‘영농조합법인’은 같은 조 제1항에서 ⁠‘농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인’으로 정하고 있다. 구 농어업경영체 육성 및 지원에관한 법률(2021. 8. 17. 법률 제18400호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 농어업경영체법’이라 한다) 제16조 제1항은 ⁠“협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.”고 정하고 있고, 구 농어업경영체법 제17조 제1항은 ⁠“영농조합법인은 농업인과 농업생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다”고 정하고 있으며, 위 농업인은 같은 법 제2조 제1호에서 ⁠“「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제2호에 따른농업인을 말한다.”고 정하고 있다. 구 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법(2020. 12. 8. 법률 제17618호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 농어업식품기본법’이라 한다) 제3조 제2호는 ’농업인‘을 ⁠“농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에해당하는 자”로 정하고 있고, 농업ㆍ농촌 및 식품안전 기본법 시행령(이하 ’농어업식품기본법 시행령‘이라 한다) 제3조 제1항은 ’1천제곱미터 이상의 농지(「농어촌정비법」제98조에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람‘(제1호), ’농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이120만원 이상인 사람‘(제2호), ’1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람‘(제3호), ’「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조 제1항에 따라 설립된 영농조합법인의농산물 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람‘(제4호), ’「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조 제1항에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람‘(제5호)을 농업인으로 정하고 있다.

(3) 이 사건 법인의 정관(갑 제3호증)은 제8조에서 이 사건 법인의 조합원이될 수 있는 농업인은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다고 정하면서 제1호에서는 ’1천 제곱미터 이상의 농지를 경영 또는 경작하는 자나 농업경영을 통한 농산물, 축산물의 연간 판매액이 100만 원 이상인 자 또는 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자‘를,제2호에서는 ’만 20세 이상의 성년으로서 본 조합법인의 설립취지에 찬동하는 자‘를,제3호에서는 ’200만 원 이상의 현금 또는 이에 상응하는 농지, 농기계, 가축, 기타의현물을 출자한 자‘를 각 요건으로 규정하고 있다.

(4) 위 규정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 구 조세특례제한법 제66조 제7항에 따라 이월과세를 적용받을 수 있는 ’영농조합법인‘은 구 농어업경영체법 제16조 제1항, 제17조 제1항에 따라 5인 이상의 농업인 또는 농업생산자단체가 조합원이 되어 설립된 영농조합법인을 의미하고, 여기서 농업인은 구 농어업경영체법 제2조 제1호, 구농어업식품기본법 제3조 제2호, 구 농어업식품기본법 시행령 제3조 제1항, 이 사건 법인 정관 제8조의 요건을 갖춘 농업인이어야 한다고 봄이 타당하다.

나) 인정사실

(1) 이 사건 법인은 원고, 김**, 박**, 임**, 노**(이하 원고를 제외한나머지 조합원들을 ’김** 외 3인‘이라 한다)을 조합원으로 하여 설립되었고, 설립 당시 출자의 총 좌수는 39,200좌, 납입출자액의 총액은 3,920,000,000원이었다.

(2) 원고 및 김** 외 3인은 2017. 3. 13. 이 사건 법인의 정관을 작성하여 공증인 ** 사무소 등부 2017제3219호로 인증을 받고, 아래와 같은 내용의 출자자산내역 및 이행증명서를 작성하였다.

(3) 원고 및 김** 외 3인은 2017. 3. 13. 이 사건 법인의 창립총회를 개최하여 원고를 이사로, 김**을 감사로 각 선출하는 결의를 하였고, 원고와 김**은 그 취임을 승낙하였다.

조합원 성명

출자내역

평가액 출자좌수

현물 현금

원고 이 사건 부동산 3,900,000,000원 39,000좌

김** 5,000,000원 5,000,000원 50좌

박** 5,000,000원 5,000,000원 50좌

임** 5,000,000원 5,000,000원 50좌

노** 5,000,000원 5,000,000원 50좌

계 20,000,000원 3,920,000,000원 39,200좌

(4) 이 사건 법인은 2020. 11. 9. 주식회사 **개발에게 이 사건 부동산 및원고 소유의 ’대전 유성구 ## 하천 101.6㎡‘을 매매대금 8,600,000,000원에매도하기로 하는 부동산매매계약을 체결하였다.

(5) 원고는 2020. 11. 17. 정**와 사이에 이 사건 법인의 주식 39,200주를양도가액 3,949,810,796원에 양도하기로 하는 내용의 주식양도양수계약을 체결하였는데, 원고의 유성농협에 대한 대출금 채무 3,549,897,802원 및 농협은행대전본부에 대한대출금 채무 399,912,994원을 정**가 상환하는 것으로 매매대금의 지급에 갈음하기로 약정하였다.

(6) 2020. 11. 17. 이 사건 법인의 조합원총회가 개최되어 원고가 이사직을 사임하고 정**를 이사로 선출하는 내용의 결의가 이루어졌다.

(7) 이 사건 법인은 2020. 11. 23. 주식회사 **농업회사법인과 사이에 이 사건 부동산을 매매대금 8,570,000,000원에 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 이 사건 부동산에 관하여 2020. 12. 11. 주식회사 **농업회사법인 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다.

(8) 원고가 2022. 9. 15. 피고의 원고에 대한 양도소득세 조사 과정에서 작성 한 문답서의 주요 내용은 아래와 같다.

(9) 김** 외 3인은 2022. 9. 15. 및 2023. 9. 16. ’이 사건 법인에 현금5,000,000원을 출자하거나 이익금을 분배받은 사실이 없고, 이 사건 법인에서 조합원들과 설립일부터 현재까지 영농, 협업 등에 종사하거나 이 사건 법인 부동산 처분에 관여한 사실이 없다‘는 취지의 확인서를 작성하였고, 그 중 노**은 ’오랜 지인, 고객으로서 부탁에 의해서 명의를 빌려준 거‘라고 진술하였다.

(10) 한편, 김** 외 3인 중 1인인 노**은 대전 대## 전10,066㎡에 관하여 2015. 9. 2. 농업경영체 등록을 마쳤다가, 2018. 10. 4. 위 등록을 말소하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 6, 8, 11 내지 14호증, 을 제1, 2, 5호증의

각 기재, 변론 전체의 취지

다) 구체적 판단

살피건대, 위 인정사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 김** 외 3인은 이 사건 법인 설립 당시 각 현금5,000,0000원을 출자한 사실이 없다고 진술하였고, 달리 김** 외 3인의 출자 사실을 인정할 만한 금융거래내역 등이 제출되지 아니한 점, ② 원고는 2020. 11. 9. 자신이 소유한 ’대전 유성구 ##하천 101.6㎡‘를 주식회사 **개발에게 매도하면서, 이 사건 법인을 매도인으로 하는 매매계약서를 작성한 점, ③ 원고는 2020. 11.17. 정**에게 김** 외 3인의 소유로 되어있는 200주를 포함하여 이 사건 법인의총 주식 39,200주를 단독으로 매도하였고, 그 매매대금의 지급을 원고 개인의 대출금 채무를 상환하는 것으로 갈음한 점, ④ 원고는 피고의 원고에 대한 양도소득세 조사과정에서, 김** 외 3인은 이 사건 법인에 현금 또는 현물을 출자한 사실이 없고, 이 사건 법인이 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 출하 등에 종사하거나 실질적인 매출을 발생시킨 사실이 없음을 인정한 점, ⑤ 노**은 2018. 10. 4. 농업경영체 등록을 말소하여 구 농어업경영체법 제2조 제1호, 구 농어업식품기본법 제3조 제2호, 구 농어업식품기본법 시행령 제3조 제1항, 이 사건 법인 정관 제8조의 요건을 갖춘 농업인에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고가 실질적으로 이 사건 법인의 지분 전부를 출자한 것으로 봄이 상당하고, 이 사건 법인은 5인 이상의 농업인을 조합원으로하여 설립되지 아니하여 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 ’영농조합법인‘에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 공정력에 반한다는 주장에 관한 판단

가) 살피건대, 구 농어업경영체법 제16조 제3항은 ’영농조합법인 및 영어조합법인은 법인으로 하며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.‘고규정하고 있고, 농어업경영체법 제16조 제3항이 2021. 8. 17. 법률 제18400호로 개정됨에 따라, 위 개정 법률 시행일인 2022. 8. 18.부터 영농조합법인 설립등기에 앞서 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장 등에게 설립신고를 하도록 하는 사전신고제가 시행되었다. 이 사건 법인에 관하여 2017. 3. 14. 설립등기가 마쳐진 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고로서는 이 사건 법인을 설립할 당시 설립신고를 하거나 행정청으로부터 설립신고수리를 받을 필요성이 없었다고 할 것인바, 원고가 제출한 증거들만으로는 대전광역시 유성구청장2)이 이 사건 법인에 대한 설립신고를 수리하였다거나 이 사건 법인의 설립과 관련하여 공정력을 발생시키는 행정행위를 하였다고 인정할 만한 사정을 찾아 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 한편 행정행위는 위법하더라도 취소되지 않는 한 유효한 것으로 통용되는 공정력이 있고(대법원 1994. 4. 12. 선고 93누21088 판결 참조), 이는 행정행위가 취소되지 않는 한 당사자가 그 효력을 부인할 수 없음을 의미하기는 하나, 그렇다고 하여당사자가 소송절차 등에서 해당 행정행위의 적법 여부를 다툴 수조차 없다는 것을 의미하지는 않는 것이어서, 설령 이 사건 법인의 설립에 대하여 행정청의 신고수리행위가 있었다고 하더라도, 피고가 위 신고수리행위의 적법성을 다툴 수 없다거나 신고수리행위의 기초가 된 사실관계나 법률적 판단에 기속되어 당사자들이나 법원이 이에 모순되는 주장이나 판단을 할 수 없게 되는 것도 아니라고 할 것이다.

3) 실질과세원칙 및 부당행위계산 부인의 법리에 반한다는 주장에 관한 판단

가) 소득세법 제101조 제1항은 ’납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다‘고 규정하고 있는데, 소득세법 제101조 제1항의 ⁠‘부당행위계산부인’ 규정은, 거주자의 행위 또는계산이 객관적인 사실에 합치되고 또한 법률상 유효․적법한 것으로서 회계상으로는 정확한 계산이라 하더라도 그 행위나 계산이 특수관계자 사이의 거래이고 저가양도 등 객관적으로 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당되는 경우에는 세법상 이를 부인하여 정부가 법령이 정하는 방법으로 소득금액을 계산하는 제도이다(대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두1799 판결 등 참조).

나) 살피건대, 피고가 원고에 대하여 이 사건 법인이 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 ’영농조합법인‘에 해당하지 아니함을 이유로 원고의 이월과세 신청을 부인하고, 이 사건 부동산의 현물출자에 따른 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 처분이 소득세법 제101조 제1항에 따라 원고의 현물출자 행위가 ’특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우‘라고 보아 이 사건 부동산에 대한 현물출자 평가액을 부인한 것이라고 볼 수 없다. 그렇다면, 원고의 현물출자 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 갖추었는지 여부는 이 사건 처분의 위법 여부를 판단하는 데에 고려할 사항이 아니라고 할 것이어서 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

4) 소결론

따라서 이 사건 법인이 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립된 영농조합 법인이 아니라고 보아 원고의 구 조세특례제한법 제66조 제7항에 따른 이월과세 적용 신청을 부인한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대전지방법원 2023. 12. 21. 선고 대전지방법원 2023구단202473 판결 | 국세법령정보시스템