요지

이 사건 용역거래가 부당행위계산부인의 대상에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 시가는 원칙적으로 유사한 개별 용역거래를 추출하여 개별로 평가함이 타당하고, 이와 달리 사업 부문별 전체 공사를 평균하여 산출한 것은 정당하다고 보기 어려움

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고들이 2018. 2. 12. 원고들에 대하여 한, 2013 사업연도 결손금 14,985,657,692원의 감액경정 처분 중 9,886,677,700원을 초과하는 부분, 2015 사업연도 법인세 25,282,150,192원(가산세 포함)의 부과처분 중 19,490,096,329원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2016 사업연도 법인세 7,244,450,594원(가산세 포함)의 부과처분 중 5,697,583,380원(가산세 포함)을 초과하는 부분 및 2018. 3. 4. 원고들에 대하여 한 2012 사업연도 결손금 21,502,469,421원의 감액경정 처분 중 18,384,769,737원을 초과하는 부분, 2014 사업연도 소득금액 13,990,402,663원의 증액처분 중 9,869,330,710원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고들의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 40%는 원고들이, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 ⑴ 2018. 2. 12. 원고들에 대하여 한, ① 2013 사업연도 결손금을14,985,657,692원만큼 감액경정한 처분 중 6,592,361,282원을 초과하는 부분, ② 2015 사업연도 법인세 25,282,150,192원(가산세 포함)의 부과처분 중 15,533,718,362원(가산세 포함)을 초과하는 부분, ③ 2016 사업연도 법인세 7,244,450,594원(가산세 포함)의 부과처분 중 4,912,232,439원(가산세 포함)을 초과하는 부분 및 ⑵ 2018. 3. 4. 원고들에 대하여 한 ① 2012 사업연도 결손금을 21,502,469,421원만큼 감액경정한 처분 중 14,706,792,168원을 초과하는 부분, ② 2014 사업연도 소득금액을 13,990,402,663원만큼 증액한 처분 중 6,998,815,743원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

1) H개발 주식회사(이하 ⁠‘H개발’이라 한다)는 1977. 10. 14. 설립되어 건설업 등을 영위하여 온 회사이다. H개발은 2018. 5. 2. 원고 HHH 주식회사(이하 ⁠‘원고 HHH’라 한다)를 존속법인으로 하고, 원고 HH개발 주식회사(이하 ⁠‘원고 HH개발’이라 한다)를 신설법인으로 하여 인적분할되었다. 이에 원고들은 국세기본법 제25조 제2항에 따라 분할법인인 H개발의 납세의무를 연대하여 납부할 의무를 부담하고 있다(이하에서는 편의상 H개발과 원고들을 구분하지 않고 ⁠‘원고’라고만 한다).

2) 피고 AA세무서장은 분할 전 H개발의 납세지를 관할하는 자였고, 피고 BB세무서장은 원고 HHH의 납세지를 관할하는 자로서 행정소송법 제13조 제1항 단서, 법인세법 제12조, 제11조, 제9조 제1항에 따라 H개발에 대하여 과세처분을 한 행정청의 지위를 승계한 자이다(이하 편의상 피고들을 통칭하여 ⁠‘피고’라고만 한다).

나. 법인세 세무조사 및 과세처분

1) 서울지방국세청장(이하 ⁠‘조사청’이라 한다)은 2017. 8. 22.부터 같은 해 12. 27.까지 H개발의 2012 내지 2016 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하였고,

그 결과 피고 AA세무서장에게 ❶원고가 도시개발사업을 위해 2003.부터 2004. 6.까지 취득한 경기도 OO시 OO읍 일대 348,014㎡ 토지를 공동주택건립사업용으로 사용하지 아니하고 있으므로 업무무관 부동산에 해당하여 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조에 따라 2012 내지 2016 사업연도 지급이자 및 유지관리비 등 합계 35,793,684,563원을 손금불산입, ❷ 원고가 2012 내지 2016 사업연도에 특수관계인인 주식회사 아이(변경 후 상호 HHH아이 주식회사, 이하 ”HHH아이“라 한다)로부터 용역을 고가매입하였으므로 구 법인세법 제52조 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 H개발 주식회사의 2012 내지 2016 사업연도 합계 20,586,711,109원을 손금불산입, ❸ 원고가 2012 내지

2016 사업연도에 특수관계인인 주식회사 파크몰(이하“파크몰”이라 한다)에 지급한 임차보증금 33,311,507,450원은 업무와 관련 없이 지급한 가지급금으로 보아야 하므로 구 법인세법 제28조에 따라 위 임차보증금 관련 지급 이자 7,593,122,766원을 손금불산입하고 구 법인세법 제52조 부당행위계산 부인에 따른 인정이자 상당액 7,734,726,819원을 익금산입, ❹ 원고가 아파트 분양계약을 체결한 수분양자들 중 일부의 중도금 대출이자를 대위변제하여 이에 대한 구상채권을 갖게 되었는데, 그 후 분양계약의 해제로 인하여 수분양자에 대하여 갖는 구상채권 중 해당 수분양자로부터 회수하지 못하여 2013 내지 2016 사업연도에 손금산입한 채권 잔액 8,116,227,078원은 ⁠‘수분양자의 중도금 대출이자를 대위변제한 후 발생한 구상채권의 대손금’에 해당하므로 구 법인세법 제19조의2에 따라 손금불산입, ❺원고의 경영기획팀․법무감사팀․비서실(이하 통칭하여 ⁠‘이 사건 부서’라 한다)의 인건비 및 경비 등(이하 ⁠‘이 사건 공동경비’라 한다)은 H개발 기업집단(이하 ⁠‘H개발 그룹’이라 한다)의 계열사들의 공동경비이므로 2012내지 2016 사업연도의 각 계열사의 매출액 기준에 따른 안분액을 초과하여 부담한 공동경비 3,979,788,449원을 구 법인세법 제52조에 따라 손금불산입, ❻ 원고가 2012 내지 2016 사업연도 중 임직원 등 개인 명의의 신용카드 사용액 28,474,157,596원 중 업무 관련성이 불분명하여 거래처 등에 대한 접대성 경비에 해당한다고 봄이 타당한 26,615,961,695원을 구 법인세법 제25조에 따라 손금불산입하고, 카드사용액의 귀속자가 불분명한 1,858,195,901원을 구 법인세법 제27조에 따라 손금불산입하고 이를 대표자 상여로 처분할 것(이하에서는 편의상 각 쟁점을 위 번호로 특정한다)을 통보하였다.

2) 위 세무조사결과 내용에 따라, 피고는 2018. 2. 12. 원고의 2012 내지 2016 사

업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정결정하여 2012, 2013 사업연도에 대하여는 결손금을 감액경정(2012 사업연도 결손금 16,104,873,322원 감액, 2013 사업연도 결손금 20,319,764,276원 감액)하고, 이월결손금 공제 후의 과세표준이 0보다 큰 2014 내지 2016 사업연도에 대하여는 2014 사업연도는 소득금액을 29,209,670,957원 증액하면서 2014 사업연도 법인세 1,903,323,130원(가산세 포함)를 부과하였으며, 2015 사업연도 법인세 30,314,862,540원(가산세 포함), 2016 사업연도 법인세 9,536,203,450원(가산세 포함)을 각 부과․고지하였다.

3) 한편, 피고는 2018. 3. 14. 위 세무조사 내용과는 다른 쟁점으로 2012 사업연도의 결손금을 5,900,000,000원만큼 감액경정하고 해당 이월결손금 감소로 발생한 2014 사업연도 법인세 1,690,586,000원을 추가로 부과․고지하였다. 그에 따라 최종적으로 2012 사업연도의 결손금 감액경정 처분은 22,004,873,322원, 2014 사업연도의 소득금액 증액처분은 29,209,670,957원, 법인세는 1,690,586,000원(가산세 포함)이 각 남게 되었다(이하 2018. 2. 12. 및 같은 해 3. 14.자 각 결손금 감액경정 처분, 소득금액 증액경정 처분 및 각 법인세 부과처분을 모두 합하여 ⁠‘이 사건 원처분’이라 한다).

다. 전심절차 등

1) 원고는 이에 불복하여 2018. 5. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였다(다만 원고는 2018. 3. 14.자 감액경정 및 법인세 부과처분의 쟁점에 관하여는 다투지 아니하였다). 조세심판원은 2019. 11. 22. 원고의 심판청구 중 위 ❷, ❹항에 관하여는 ⁠‘일부 인용’하는 취지로, ❻항에 관하여는 ⁠‘전부 인용’하는 취지로 각 그 과세표준과 세액을 경정하는 결정을 하였고, 나머지 청구(❶, ❸, ❺항)에 대하여는 기각하는 결정을 하였다.

2) 위 조세심판원의 결정(이하 ⁠‘조세심판결정’이라 한다)에 따라 이 사건 원처분 중 일부가 취소되고 남은 부분은 아래 표와 같다.

3) 즉 조세심판결정에 따라 이 사건 원처분의 ① 2012 사업연도의 22,004,873,322

원의 결손금 감액경정처분 중 502,403,901원이 취소되어 21,502,469,421원, ② 2013 사업연도의 20,391,764,276원의 결손금 감액경정처분 중 5,406,106,584원을 취소하여 14,985,657,692원이 각 남게 되었고, ③ 2014 사업연도의 소득을 15,219,268,294원 감액함에 따라 2014 사업연도 소득금액 증액처분은 13,990,402,663원만이 남은 한편, 2014 사업연도 법인세 부과처분이 모두 취소되었으며, ④ 2015 사업연도 법인세 부과처분 중 5,032,712,348원이 취소되어 25,282,150,192원(가산세 포함)이 남게 되었고, ⑤ 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 2,291,752,856원(가산세 포함)이 취소되어 7,244,450,594원(가산세 포함)이 남게 되었다(이하 조세심판결정에 따라 취소되고 남은 부분을 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 한다).

4) 원고는 ❷ 쟁점의 일부 기각 결정과 ❸, ❺ 쟁점에 대한 각 기각 결정에 불복하여 이 사건 소를 제기하였다(이하 편의상 조세심판결정에 따라 취소되고 남은 세액 중에서 원고가 다투는 위 쟁점과 관련한 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제3호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) ❷ 쟁점 관련

원고와 HHH아이 사이의 용역거래는 각 개별거래였으므로 그 시가도 개별용역거래 단위로 유사한 상황에서 특수관계인 아닌 자들 간 거래의 가격으로 산정하여야 한다. 그런데 피고는 개별거래가 아닌 사업 부문별로, 국제조세조정에 관한 법률(이

하 ⁠‘국제조세조정법’이라 한다)상 정상가격 산정방법을 유추적용하여 평균수익률(산술평균)에 의하여 시가를 일률산정하였을 뿐 아니라 나아가 시가 산정을 위한 모집단에 거래의 유사성도 인정되지 않는 거래나 추정치를 통해 계산되는 진행 중인 공사(특히 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 이루어지는 공사)까지 포함하였다. 이러한 시가 산정방법은 구 법인세법 취지에 전혀 부합하지 않는 것으로 부당하다.

더구나 원고와 HHH아이 사이 특수관계가 있기는 하나 용역거래 구조 자체는 전혀 비정상적이지 않았고, 전자입찰 또는 표준품셈을 근거로 최대한 적정한 금액으로 계약하였다. 오히려 타사와의 거래보다 고사양의 제품 조건 및 부가 혜택이 부여되기도 하였는바, 일부 시가에서 벗어난 거래가 있다 하더라도 그 전체가 경제적 합리성이 결여된 것이라고 할 수 없으므로, 원고와 HHH아이 사이의 용역거래에 부당행위계산부인을 적용할 수는 없다.

2) ❸ 쟁점 관련 이 사건 임차보증금은 임대차계약에 따른 임차보증금일 뿐 대여금이 아니므로 업무무관 가지급금에 해당하지 않는다. 원고는 조세회피목적이 없었고, 계약의 형식이나 외관이 실질과 괴리되는 비합리적인 것도 아니다.

설령 임차보증금이 아니라고 보더라도, 그 실질은 대여금이 아니라 파크몰의 백화점식 직영사업에 참여하기 위한 원고의 투자금으로 보아야 한다. 원고는 법인등기부상 업무인 ⁠‘부동산 관리 임대 및 개발사업과 이에 부대하는 사업에 대한 업무 및 투자사업’을 위해 이 사건 보증금을 지급하였고, 위 돈이 생산적인 부분에 사용되어 파크몰의 재무구조도 실제 개선되었으므로, 업무와 무관하게 지급된 것이라고 볼 수도 없다.

설령 그 실질을 대여금이라고 보더라도, 시가보다 유리한 자금대여라고 볼 수 없다. 즉 비특수관계인인 기존 임차인들과 동일한 조건으로 계약한 것이고, 공사미수금 982억 원을 회수하고 파크몰의 1대 주주로서 보유한 주식 가치를 보전하기 위한 필요도 있었던 사정을 고려하면, 가중평균차입이자율보다 낮은 이율로 대부한 것에 합리적인 이유도 존재한다. 따라서 부당행위계산부인 규정을 적용할 수는 없다 할것인바, 이와 달리 피고가 부당행위계산부인을 적용하여 인정이자를 익금산입한 것은 부당하다.

3) ❺ 쟁점 관련 이 사건 부서들은 지주회사인 원고의 고유 업무를 수행한 것으로 단독조직일 뿐 공동운영 조직이라고 볼 수 없다. 설령 공동운영 조직이라고 보더라도, 전체 비용이 아닌 공통 업무수행 비용 부분만을 가려내어 구 법인세법 제52조의 부당행위계산의 부인이나 같은 법 제27조의 업무와 관련 없는 비용을 적용하여 과세하였어야 한다. 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 공동경비 관련 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 원고의 용역거래에 관한 부당행위계산부인(❷ 쟁점) 관련 주장에 관한 판단

1) 인정사실

가) HHH아이는 빌딩제어․산업용 프로세스제어․정보처리를 위한 시스템 및 제품의 설계․제조․설치공사․서비스․보수 및 판매 등을 영위하고 있는 법인으로, H개발 기업집단에 속해 있다.

나) 원고는 HHH아이에 수의 계약 형식으로 특정공사를 하도급하여 HHH아이로부터 해당 공사의 용역을 제공받았다(이하 ⁠‘이 사건 용역거래’라 한다).

다) 조사청은 세무조사 과정에서 원고에게, HHH아이와 특수관계인이 아닌 자들 간의 거래(이하 ⁠‘대외 거래’라 한다)를 조사하여 2012년도부터 2016년까지의 각 사업연도별로 수익률을 계산하고 이를 토대로 한 시가를 기준으로 HHH아이와 원고 간의 용역거래 중 고가매입에 해당하는 자료를 정리하여 제출하도록 요청하였다.

이에 원고는 조사청에 HHH아이의 대외 거래와 그 수익률 및 그에 따라 산정한 금액을 초과하여 거래된 이 사건 용역거래 내역을 사업 부문별로 정리하여 파일로 교부하였다.

라) 조사청은 원고가 제공한 자료 및 분류에 근거하여, 2012 내지 2016 사업연도의 HHH아이의 대외 거래 전체 620건 중 자재판매로 명시된 50건의 IBS 프로젝트 및 M&E 공사 중 기계설비공사에 해당하지 않는 1건을 제외하고 나머지 569건의 거래를 최종적인 비교대상거래로 선정한 뒤, IBS(Intelligent Building System, 자동형 제어시스템을 갖춘 지능형 빌딩을 말한다), 방범방재, M&E(Mechanic & Electric, 건축물의 용도 및 규모에 적합한 급․배수, 위생, 냉난방, 공기조화, 장비설치, 배관설비 등의 시스템을 조립․설치하는 전문건설업 내 기계설비공사업을 말한다) 공사(여기서는 그중 기계설비공사를 말한다), 스마트홈(M&E 사업 중 세대환기 공사인데, 피고가 이를 오기하였다. 이하에서는 편의상 ⁠‘스마트홈’이라고 그대로 표기한다), SOC(Social Overhead Capital, 공공분야에 통신, 신호 등 제어시스템을 구축 공사하는 것을 말한다) 등 5가지 공사로 분류하여 비교대상거래들의 각 사업 부문별 매출액 및 원가를 각 사업연도별로 집계한 뒤 그 총합계액을 토대로 하여 아래 표와 같이 각 사업 부문별 수익률을 산정하였다. 조사청은 비교대상거래의 수익률 산정시 HHH아이의 대외거래 중 진행 중인 공사를 포함하였고, 이 사건 용역거래 중 부당행위계산부인 대상거래를 선정할 때에도 진행 중인 공사를 포함하였다.

표2. 대외 거래의 각 사업 부문별 수익률

마) 조사청은 위 수익률을 정당한 거래에서 발생할 수 있는 수익률로 판단하였고, 이 사건 용역거래의 매출원가에다 ⁠‘매출원가에 수익률을 곱한 금액’을 더하여 이를 각 용역의 정당한 시가라고 하며, 이를 이 사건 용역거래의 각 실거래 금액과 비교한 뒤 그 초과분에 대하여 부당행위계산 부인을 적용하여야 한다는 세무조사결과를 피고에게 통보하였다. 아래 표는 조사청이 이 사건 용역거래 중 부당행위계산 부인을 적용한 거래의 내역이다. 이에 따라 피고가 이 사건 원처분을 하였는데, 이후 조세심판원은 SOC 부분에 관하여 원고의 심판청구를 인용하였다.

표3. 이 사건 용역거래 중 부당행위계산 부인 적용 내역

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 이 사건 용역거래의 시가 산정 방법에 관한 판단

가) 관련 법리

구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제7호는 부당행위계산 부인 사유의 하나로 ⁠‘금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율, 요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우’를 들고있다. 구 법인세법 시행령 제89조에 의하면, 법인이 특수관계에 있는 자에게 시가보다 높은 대가를 지급하고 용역을 제공받은 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 용역의‘시가’는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 의하고(제1항), 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 감정가액 등에 의할 수 있으며(제2항), 이러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없는 경우에는 보충적으로 해당 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함한 것으로 이하 ⁠‘원가’라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액에 의하도록 하고 있다(제4항 제2호).

‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것이지만, 그와 같은 시가를 확인하기 어려울 때에는 객관적이고 합리적인

방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조). 또한 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ⁠‘시가’에 대한 주장·증명책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에 있다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두5235 판결, 대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

피고는 구 법인세법 시행령 제89조 제1항, 제2항의 방법으로는 시가를 알 수 없다는 이유로, 같은 조 제4항 제2호에 근거하여 이 사건 용역거래의 시가 계산에 보충적 평가방법을 적용하면서, ⁠‘유사한 용역의 수익률’을 각 사업 부문별 전체를 평균한 수익률로 산정하였다. 그런데 앞서 든 증거들에 갑 제20 내지 22, 46호증의 각 기재, 이 법원의 HHH아이에 대한 사실조회결과 및 변론 전체의 취지로 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 용역거래가 부당행위계산부인의 대상에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 시가는 원칙적으로 유사한 개별 용역거래를 추출하여 개별로 평가함이 타당하고, 이와 달리 사업 부문별 전체 공사를 평균하여 산출한 것은 정당하다고 보기 어렵다. 따라서 피고가 그와 같이 산출한 수익률을 기준으로 이 사건 용역거래의 시가를 산정한 것은 적법하다고 볼 수 없다.

① 조세법률주의의 원칙상 조세법규(과세요건 및 부과징수절차에 관한 규정)의 해석은 엄격하여야 하고 행정편의적인 확정해석이나 유추해석은 문언의 해석 가능한 범위를 넘어서 과세요건에 관한 법의 흠결을 해석에 의하여 메우는 결과를 초래하므로 허용할 수 없다(대법원 1984. 6. 26. 선고 83누680판결, 2007. 6. 28. 선고 2005두13537 판결 등 다수 참조). 구 법인세법 시행령 제89조 제1항은 시가를 ⁠‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격’, ⁠‘유사한 상황에서 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’이라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항 제2호는 ⁠‘당해 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률’이라고 명시하고 있는 반면, 국제조세조정법 제8조의 정상가격의 산출방법규정에서는 구 법인세법 시행령과 달리 ⁠‘자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액(제1항 제3호)’, ⁠‘통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격’이라고 명시하고 있는 점에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령에서 말하는 ⁠‘유사한 상황’,‘유사한 용역제공거래’는 상당히 정형화되어 있거나 그렇지 않다 하더라도 해당 거래와 상당 부분이 공통되어 유사하다고 볼 수 있는 구체적 사례들로 제한된다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건에서 역시 부인대상으로 삼은 각 용역거래와 유사한 용역제공거래를 각 특정하여 수익률을 산출하는 것이 그 문언에 부합하고, 그와 달리 그 구체적인 거래 내용이나 규모, 기간 등을 불문하고 동종 사업 부문에 속한 용역제공거래를 모두 포함하여 수익률을 산출한 것은 여기에 해당한다고 해석하기 어렵다.

② 피고는 원고가 제공한 용역거래의 분류에 따랐을 뿐이라는 취지로 주장한다. 그러나 HHH아이가 제공한 각 용역은 그 내용이 상당히 광범위할 뿐 아니라, 같은 사업 부문에 속한 개별 사업들 사이에서도 그 구체적인 계약 내용도 다르고, 사업의 기간이나 내용, 지역, 규모, 수익률 등에서 상당한 차이가 나는바, 단지 같은 사업부문이라 하여 서로 유사한 거래라고 쉽게 유형화하기 어려워 보인다. 그럼에도 피고는 이 사건 각 용역거래와 각 거래내역별로 공사시점, 공사대상, 용역내용, 공사기간, 지역 등의 유사성을 비교하여 비교대상거래를 각기 추출하는 것이 도저히 곤란하거나 불가능해 보이지 아니함에도 만연히 이들을 묶어 동종의 거래로 보고 그 전체로 수익률을 산정하여 이 사건 처분에 나아갔으나, 그렇게 하여야 할 합리적인 근거는 특별히 없어 보인다.

③ 피고는 각 사업 부문에 속한 대외 거래별 수익률을 산술평균한 것이 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 수익률로서 그에 근거하여 산출한 시가는 적법하다는 취지로도 주장한다. 그러나 을 제2호증의 기재(제16쪽)에 의하면, 피고가 산출한 수익률은 각 사업 부문의 사업연도별 매출이익률로서 매출 합계액에서 매출원가 합계액을 차감한 금액을 매출원가 합계액으로 나눈 비율에 불과하고, 개별거래별로 각 수익률을 산출한 후 유의미한 것들만을 추출하여 평균한 것이 아니다. 피고의 수익률 산출방식은 공동주택 아파트에 대한 용역거래와 상업용 건물에 대한 용역거래, 건물신축공사 중 일부를 담당한 거래와 기존 건물에의 시설 설치공사 등도 구분하지 않았고, 부인대상거래와 비교대상거래의 대상이 전혀 달라 유사한 상황의 거래라고 볼 수 없는거래, 시가 산정의 기초가 되는 매출원가 등이 확정되지 않아 수익률을 확정할 수 없는 진행 중인 공사까지도 수익률 산정에 포함하였다. 그런 상황에서 이러한 수익률 산출방식이 합리성을 갖는다고 하기 위해서는 각 사업 부문에 속한 개별거래들의 수익률이 각 공사시점, 공사대상, 용역의 구체적 내용, 기간, 지역, 공사진행정도 등의 차이에도 불구하고 일정해야 한다는 점이 전제되어야 하는 것이나, 이 점을 인정할 만한 사정도 없다. 또한 위 방식에 의하면 대외 거래 중 오히려 더 수익률이 낮은 거래가 있었던 경우에도 모두 수익률 산정의 기초가 되고, 단지 전체 수익률을 낮추는 정도의 효과를 가질 뿐인데, 이는 유사한 상황에서의 시가를 기준으로 고가 또는 저가 거래여부를 판단하는 부당행위계산 부인의 취지에도 반한다.

④ 이에 대하여 피고는, 이 법원의 HHH아이에 대한 사실조회결과에 의하더라도 HHH아이가 원고에게 제공한 용역과 그와 유사한 제3자에게 제공한 용역의 수익률 차이가 크다고 주장하며, 개개 거래별로 매번 유사한 거래를 찾아내어 비교하는 것은 과세관청 입장에서 지나치게 어렵고, 대외 거래의 수익률 중 극단값 등을 제

외하는 조정을 통해 세부 용역별 시가를 다시 산정해보아도 기존에 산정한 수익률과 차이가 크지 않으므로 기존 수익률 산출방법이 적정하였다는 취지로 주장한다. 그러나 그러한 사유를 고려하더라도, 이 사건에서 규모 등이 다른 거래 전체를 동종 거래로 보아 수익률을 산정한 것이 합리적이라고 보이지는 않는다.

⑤ 나아가 피고가 산정한 방식에 따르더라도, 2013 사업연도의 스마트홈, 2016 사업연도의 M&E공사 부분은 수익률이 0%이다. 그에 따라 수익률 0%를 적용한 금액이 시가라고 볼 경우, HHH아이는 부당행위가 되지 않기 위하여는 해당 부문은 원가만으로 공정을 수행하였어야 한다는 것이 되고, 결국 해당 사업연도에 이루어진 원고와 HHH아이 사이의 스마트홈 및 M&E공사는 원칙적으로 모두 부당행위계산 부인의 대상이 되는 것인데, 이는 그 결과 자체만으로도 불합리하다. 이는 개별거래별로 경제적 합리성을 판단하도록 하는 부당행위계산부인 규정의 취지에도 반한다.

⑥ 피고는 국제조세조정법상 정상가격과 법인세법상 부당행위계산의 기준이 되는 시가는 그 본질을 같이 하므로 국제조세조정법상 정상가격 산정기준의 하나인 산술평균에 의한 평균값으로 수익률을 산정한 것이 타당하다는 취지로 주장한다. 그러나 국제조세조정법은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 적용되는 특별규정으로, 국제조세조정법이 제정되기 전의 구 법인세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14861호 개정되기 전의 것) 제46조 제4항은 국제거래에서 부당행위계산부인의 기준이 되는 시가 등의 산정방법을 정함으로써 국제거래에 관하여도 구 법인세법에 따른 부당행위계산부인을 할 수 있도록 하였다. 그런데 1995. 12. 6. 법률 제4981호로 제정된 국제조세조정법은 특수관계 있는 사람 사이의 국제거래에 대하여 국제적으로 일반화되어 통용되고 있는 기준에 따르기 위하여 국제조세조정법을 다른 법률에 우선 적용하도록 하고, 이와 아울러 구 법인세법 등에서 관련 규정을 모두 삭제하였다. 다만 국제조세조정법에서 정한 이전가격세제의 적용 요건과 구 법인세법에서 정한 부당행위계산부인의 요건이 서로 달라 이들 규정의 적용범위에 관하여 논란의 소지가 있자, 2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정된 국제조세조정법은 제3조 제2항을 신설하여 이전가격세제의 적용이 어려운 일정한 자산의 증여 등에 대하여는 구 법인세법에 따른 부당행위계산부인 규정만을 적용하도록 하고, 또한 국제조세조정법 제8조 제1항에서 정상가격의 산출방법으로 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법, 거래순이익률방법, 이익분할방법 등을 규정하면서 원가가산방법으로는 구 법인세법과 달리 ⁠‘자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액’이라고 하였는바,

이러한 국제조세조정법의 제․개정 연혁, 국제조세조정법 제3조 제2항의 신설 경위, 법인세법과 국제조세조정법의 상호 관계, 앞서 본 구 법인세법 시행령의 문언과 국제조세조정법 문언의 차이 등을 종합하여 보면, 국제조세조정법은 국제거래라는 특성을 고려하여 법인세법의 규정을 배제한 특별법의 관계에 있고, 따라서 정상가격과 법인세법의 시가가 일부 유사한 점이 있다고 하더라도 국제조세조정법의 정상가격 산정방법을 법인세법의 시가 산정에 그대로 유추적용할 수는 없다고 보인다.

다) 소결

이와 같이 피고의 시가 산정이 잘못된 이상 이 사건 용역거래가 시가에서 벗어났는지 여부를 판단할 수 없고 이 점을 인정할 증거도 없으므로, ❷ 쟁점에 관한 부

분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다.

라. 원고가 파크몰에 지급한 임차보증금 관련(❸ 쟁점) 주장에 관한 판단

1) 인정사실

가)파크몰은 AA민자역사의 건설과 역사시설(이하 ⁠‘이 사건 쇼핑몰’이라 한다) 등 복합빌딩의 운영 및 관련 부대사업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 최대주주는 원고이다.

나) 파크몰은 이 사건 쇼핑몰의 영업개시 시점인 2004년경 AA 민자역사 및 이 사건 쇼핑몰을 임대하고 관리하는 사업만을 영위하였는데, 당시 이 사건 쇼핑몰 전체 상가 중 62.5%(1,718구좌)만이 임대되었고, 나머지 37.5%(1,028구좌)가 공실로서 자본잠식상태에 있었다. 이에 파크몰은 수익성 제고를 위해 이 사건 쇼핑몰의 사업구조를 기존 임대매장(아울렛 운영형태)에서 직영매장(백화점식 운영형태)로의 전환을 추진하였고, 그에 따른 예상소요자금은 360억 원에 이르렀다.

다) 원고는 주식회사 ddss에 이 사건 쇼핑몰의 리모델링 및 그랜드 오픈 프로젝트에 관한 컨설팅을 의뢰하여 2005. 7.경 최종보고서를 받았다(이하 ⁠‘이 사건 보고

서’라 한다). 그에 따르면, 이 사건 쇼핑몰의 기존 임차인들은 파크몰에 매장의운영을 위탁하는 방안을 요구하고 있었다.

라) 파크몰은 2006년경 기존 임차인들로부터 매장의 운영권을 위임받는 위임계약을 체결하는 거래방식을 택하였고, 기존 임차인들 중 40%가 이에 동의하여 파크몰과 위임계약을 체결하였다.

마) 원고는 파크몰로부터 이 사건 쇼핑몰의 매장을 임차하였던 상태는 아니었는데, 2006. 3. 13., 2016. 4. 3., 2016. 5. 13. 총 3회에 걸쳐 파크몰로부터 이 사건 쇼핑몰의 공실 1,028구좌 중 202구좌를 보증금 360억 원, 월 임대료 3억5,600만 원에 임차하는 내용의 임대차계약(이하 ⁠‘이 사건 임대차계약’이라 하고, 보증금을 ⁠‘이 사건 보증금’이라 한다)을 신규로 체결하였다. 이 사건 임대차계약의 주요 내용은 아래 표 기재와 같다.

표4. 이 사건 임대차계약 주요 내용

바) 원고는 202개 구좌 중 173개 구좌에 관하여 파크몰과 이 사건 임대차계약을 체결함과 동시에 파크몰에 이 사건 매장의 운영․관리 권한을 전대

형식으로 위임하고 그 대가로 매장운영으로 발생하는 이익을 배분받기로 하는 내용의‘운영관리 위임계약’을 별도로 체결하였고, 2010. 10.경 위임계약을 갱신하면서 ⁠‘사용약정 및 권한위임 계약’으로 변경하면서 운영이익의 배분 관련 내용을 구체적으로 명시하였다. 운영관리 위임계약과 사용약정 및 권한위임 계약 중 위임에 대한 보수 부분은 아래와 기재와 같다.

사) 이파크몰과 위임계약을 체결한 기존 임차인들과 원고의 점포 수 및 위임계약상 조건을 비교하면 아래 표 기재와 같다.

표5. 위임계약 조건 비교

아) 원고는 위 위임계약의 대가로 2013 사업연도에 위탁수수료 명목으로 8,500만 원을 받은 외에 나머지 사업연도에는 파크몰로부터 이 사건 매장 운영위임에 따른 금원을 지급받은 것은 없다. 기존 임차인들은 경영위임 약정에 따라 패션백화점에서 발생한 이익을 1층 점포의 총 임차보증금 중 해당 임차인의 임차보증금의 비율 로 안분한 금액을 지급받았다.

자) 피고는 이 사건 보증금을 업무무관 가지급금이라고 보아 이 사건 보증금 관련 지급이자를 손금불산입하고, 부당행위계산부인을 적용하여 인정이자를 익금산입하

였다. 구체적인 내역은 아래 표와 같다.

표6. 이 사건 보증금 관련 손금불산입․익금산입 내역

차) 한편, 원고는 2005년말 기준 파크몰에 약 982억 원에 달하는 공사대금채권을 가지고 있었다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제7, 8 내지 15 내지 17, 37 내지 40호증, 을 제5, 6, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 업무무관 가지급금 해당 여부

가) 관련 법리

구 법인세법 제28조 제1항 제4호 ⁠(나)목은 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등이 있는 법인에 대하여는 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는바, 그 입법 목적은 차입금을 보유하고 있는 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 가지급금 등을 지급한 경우에는 이에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 하는 조세상의 불이익을 주어 차입금을 생산적인 부분에 사용하지 아니하고 계열사 등 특수관계자에게 대여하는 비정상적인 행위를 제한함으로써 타인자본에 의존한 무리한 기업 확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고, 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있다(대법원 2007. 9. 20. 선고 2006두1647 판결 참조).

‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 적정한 이자율에 의하여 이자를 받으면서 가지급금을 제공한 경우에도 지급이자 손금규제의 대상인 업무 무관 가지급금에 포함된다(대법원 2003. 3. 11. 선고 2002두4068 판결, 대법원 2007. 9. 20. 선고 2005두9415 판결 등 참조). 그리고 이러한 가지급금의 업무관련성 여부는 납세법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2007. 9. 20. 선고 2006두1647 판결, 대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두15450 판결 등 참조). 계열회사에 대한 대여금이 납세법인의 매출이나 수익의 증대에 직접적이고 상당한 수준으로 기여한다면 업무와 관련성이 있다고 볼 수 있을 것이나, 대여금이 납세법인의 매출이나 수익 증대에는 별다른 기여를 하지 못하고 주로 자금지원을 받는 계열회사의 순수한 운전자금으로 사용되었다면 그러한 대여금은 납세법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금으로 보아야 할 것이다(대법원 1992. 11. 10. 선고 91누8302 판결, 대법원 2013. 9. 12.자 2013두11451 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

원고가 파크몰과 이 사건 매장에 관하여 임대차계약을 체결하고 그에 따라 이 사건 보증금을 지급한 사실은 인정된다. 그러나 처분문서라 할지라도 그 기재 내용과 다른 명시적, 묵시적 약정이 있는 사실이 인정될 경우에는 그 기재내용과 다른

사실을 인정할 수 있고, 작성자의 법률행위를 해석함에 있어서도 경험법칙과 논리법칙에 어긋나지 않는 범위 내에서 자유로운 심증으로 판단할 수 있는바(대법원 1996. 9. 10. 선고 95누7239 판결 등 참조), 앞서 본 인정사실에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고가 임대차계약을 통하여 파크몰에 이 사건 보증금을 지급한 것의 실질은 우회적인 방법으로 파크몰의 자금조달을 지원한 것이라 할 것이므로 이는 구 법인세법에서 규정한 ’가지급금‘을 지급한 것이라고 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 피고가 위 가지급금의 비율에 해당하는 차입금의 이자를 손금불산입한 부분은 적법하다.

① 파크몰이 이 사건 쇼핑몰의 사업구조를 전환하는 과정에서 필요한 자금은 360억 원에 달하였는데, 원고가 파크몰에 지급한 임차보증금의 합계액은 약 360억 원으로 이 사건 쇼핑몰의 사업구조 전환에 필요한 금액과 일치한다.

② 원고는 기존 임차인이 아니라 파크몰의 사업구조 전환 과정에서 신규로 임대차계약을 체결하였다. 직영매장 운영을 위해서는 그대로 파크몰이 소유하면서 매장을 운영하면 되는 것이므로, 파크몰 입장에서 자금조달 목적 외에는 매장을 추가로 임대할 이유가 없다고 보이고, 실제 원고 외에 이 사건 쇼핑몰을 신규로 임차한 자가 있다는 사정도 보이지 않는다. 이 사건 보고서에는 이 사건 쇼핑몰의 재오픈을 위한 전제조건 중 하나로 ⁠“원고의 투자규모와 수익 배분구조(금액)에 대한 결정[위탁운영방식의 매출(이익) 및 배분 방식]”이라고 기재되어 있고, 이사회 보고 자료(을 제5호증)에도 소요자금 조달 방법으로파크몰이 보유한 미임대분 과 해약분을 원고가 인수하고 인수금액을 360억 원 이내로 설정하는 것으로 기재되어 있다. 결국 원고는 실제로 이 사건 매장에 관하여 임대차계약을 체결하려는 목적이 있었던 것으로 보이지 않고, 오히려 임차보증금 형식을 통해 파크몰에 사업전환을 위한 자금을 지원하려 한 것으로 보인다.

③ 임대차계약은 임대인이 임차인에게 임대목적물을 사용․수익하게 할 것을 약정하고 임차인이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 효력이 생긴다(민법 제618조). 그런데 원고는 임대목적물인 이 사건 매장을 임대차계약 체결과 동시에 파크몰에 전대하였고, 파크몰로부터는 매장 전대에 대한 임차보증금을 지급받지 않아 원고만이 파크몰에 이 사건 보증금을 지급하였을 뿐이다. 또한 원고의 차임과 파크몰의 전대료는 서로 상계되어 전혀 지급된 바가 없고, 원고가 파크몰로부터 1차연도인 2013년도에 이 사건 매장 중 전자점 15개 매장의 임차보증금의 3%에 상응하는 금원인 8,500만 원을 지급받은 외에 2차연도부터는 이 사건 매장과 관련하여 지급받은 금원도 전혀 없다. 반면, 기존 임차인들은 경영위임약정에 따라 패션백화점에서 발생한 이익을 1층 점포의 총 임차보증금 중 해당 임차인의 임차보증금의 비율로 안분한 금액을 지급받았다. 결국 원고는 임대차계약에 따른 이 사건 매장의 사용․수익에 기초한 이익이나 이 사건 매장의 전대에 필수적으로 수반되는 차임을 제대로 얻은 바 없이 파크몰에 임차보증금 명목으로 360억 원의 자금만 지원해주었을 뿐이다.

④ 이에 대하여 원고는, 설령 이 사건 보증금의 실질이 임차보증금이 아니라 하더라도 투자금에 해당하므로 ’대여금‘을 전제로 하는 업무무관 가지급금이라고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 투자약정의 본질적인 특징은 ’수익 발생의 불확실성 및 원금의 보장 여부‘이므로, 사업자금을 투자하면서 사업경영의 손익과는 관계없이 원금을 모두 반환하겠다고 약정하였다면 이는 이익의 배당을 본질로 하는 투자약정이라고 보기 어렵고, 오히려 금전소비대차계약의 실질에 가깝다. 위임계약에 따르면 원고는 이 사건 보증금을 모두 회수할 수 있고 파크몰의 손실에 관하여 원고가 어떠한 비용도 분담하지 않는 사실이 확인되는바, 이 사건 보증금을 투자금이라고 볼 수 없고 오히려 금전소비대차계약, 즉 대여금 실질에 가깝다고 보일 따름이다.

⑤ 원고는 법인등기부등본상의 목적사업인 ’부동산 관리 임대 및 개발사업과 이에 부대하는 사업에 대한 업무 및 투자사업‘의 일환으로 이 사건 보증금을 지급한 것이고 그 지급으로 파크몰의 재무구조도 개선되었으므로 ’업무와 무관하게‘

지급된 금원이 아니라는 주장도 한다. 그러나 파크몰은 원고가 이 사건 매장을 임차한 2006 사업연도부터 2012 사업연도까지도 계속하여 손실을 기록하였는데, 원고가 부동산을 개발․임대하여 수익을 창출하는 것을 목적사업 중 하나로 하면서도 이 사건 매장을 임차함과 동시에 전대하면서 임차보증금이나 차임을 추가로 받지 아니하였던 점, 원고가 이 사건 매장과 유사하게 부동산을 임차한 후 전대하면서 차임을 서로 같은 금액으로 하여 상계함으로써 임차보증금만을 지급하는 방식의 거래를 한 다른 사례도 없는 점, 기존 임차인들은 위임계약에 따라 이익배당을 받았음에도 원고는 파크몰로부터 2013 사업연도에 일부 금원을 받은 외에는 이익배당 등 위임수수료를 전혀 받지 아니하였고, 달리 이 사건 보증금 지급으로 원고의 이익이 직접적으로 증가된 것이 없는 점 등을 고려하면, 원고는 정상적인 투자활동이나 목적사업 활동이라기보다는 업무와는 무관하게 특수관계에 있는 파크몰의 자금 지원 목적에서 임차보증금이라는 형식을 통하여 자금을 대여하였다고 봄이 타당하다.

3) 부당행위계산부인 대상에 해당하는지 여부

가) 관련 법리

구 법인세법 제52조의 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위 계산을 말하고, 그 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2004. 2. 13.선고 2002두11479 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

원고는 기존 임차인들과 동일 조건으로 계약을 체결하였으므로 설령 이 사건 증금을 대여금이라고 보더라도 ’시가‘로 대여한 것이어서 부당행위계산 부인이 적용될 수 없다고 주장한다.

그러나 살피건대, 기존 임차인들의 경우 임대차계약 기간이 남은 상태에서 기존 임대차계약을 해지하는 대신 운영을 위임하는 방식을 선택하여 이익창출을 도모한

것이고, 기존 임차인 개인별로 체결한 이 사건 쇼핑몰 구좌도 그리 많지 않다. 반면, 서 본 바와 같이 원고는 파크몰에 자금을 지원하기 위한 목적 외에는 달리 사건 매장을 신규로 임차할 이유가 없었던 데다가, 원고가 체결한 전체 202개 매장 173개에 관하여 위임계약을 일괄 체결한 것이었으므로 전체 매장의 면적 및 보증금 계액도 매우 크다. 따라서 기존 임차인들과 원고의 각 거래의 성격이나 이를 둘러싼 황이 현저히 다르다고 볼 수밖에 없는바, 기존 임차인들의 조건이 원고와 파크몰 사이 금전거래의 ’시가‘에 해당한다고는 볼 수 없다. 더구나 원고는 2013 사업연도에 8,500만 원을 받은 외에는 파크몰로부터 이 사건 보증금 또는 이 사건 장 운영 위임에 대한 어떠한 대가도 받지 않았는바, 원고가 파크몰의 1대주주라는 점만으로는 파크몰에 별다른 대가 없이 이 사건 보증금을 지급한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 인정되는 거래라고 보기 어렵다.

결국 원고는 경제적 합리성 없이 비정상적인 방법으로 임대차 및 전대라는 형식으로 특수관계자인 파크몰에 구 법인세법 시행령 제89조 제3항에 따른 시가인 ’가중평균차입이자율‘에 미달하는 이자를 받는 조건으로 금원을 대부한 것으로 이는

부당행위계산에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분 중 피고가 금전을 시가보다 낮은 이율로 제공한 경우에 있어 인정이자 계산방법을 규정한 구 법인세법 시행령에 따라 익금에 산입한 부분 역시 적법하다.

마. 이 사건 공동경비의 부당행위계산부인(❺ 쟁점) 관련 주장에 관한 판단

1) 인정사실

가) 원고는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따라 H개발 그룹의 대표회사로 지정되어 있고, H개발 그룹의 소속회사로 17개의 법인이 있다. 조사청은 그중 이 사건 공동경비와 관련된 법인으로 HHH아이, 주식회사 oo, oo 주식회사, oooo주식회사, oooo 주식회사, 파크몰, ooo호텔 주식회사, oo스포츠 주식회사, ooooo주식회사 등 9개 법인(이하 9개 법인을 합하여 ’이 사건 계열사‘라 하고, 각 회사를 지칭할 때에는 주식회사를 생략한다)을 선정하였다.

나) 원고의 조직도를 보면, 회장 아래 사장이 있고, 그 직속으로 경영관리본부가있으며, 경영관리본부에는 경영혁신실 등이 있고, 경영혁신실 소속부서로 경영기획팀, 인사총무팀, 홍보마케팅팀, 법무감사팀이 있으며, 회장 직속으로 비서실이 존재한다.

그림. 원고 조직도

다) 피고는 경영혁신실의 경영기획팀, 법무감사팀 및 회장 비서실(이하 통칭하여 ’이 사건 부서‘라 한다)이 H개발 그룹이 공동으로 운영하는 조직에 해당한다고

보고, 원고가 이 사건 부서를 운영함에 따라 발생한 급여 및 경비(이하 ’이 사건 운영경비‘라 한다)를 H개발 그룹의 공동경비로 판단하였다. 이에 피고는 구 법인세법 제26조, 구 법인세법 시행령 제48조를 적용하여 이 사건 운영경비를 원고 및 이 사건 계열사의 직전 사업연도 매출액을 기준으로 안분하고, 이 사건 운영경비 중 원고가분담하여야 할 안분비용을 초과하여 부담한 부분을 손금불산입하였다. 각 사업연도별 구체적인 손금불산입 금액은 아래 표와 같다.

표7. 이 사건 공통경비 손금불산입 내역

라) 경영기획팀은 전략기획파트, 투자기획파트, IT기획파트로 나뉘어 경영전략수립, MBO(Management by objective, 목표관리, 조직의 목표를 정하고 그에 따른 관

리를 하는 것을 말한다) 평가, 계열사 지원, 시장조사, 투자분석, IT 투자 등의 업무를 하고 있고, 법무감사팀은 송무․법률지원파트, 계약․채권관리파트, 감사1, 2 파트로 나뉘어 송무 업무로 소송실익검토, 소송 진행, 소송종결 후 후속 조치, 법률지원으로 소송 이전단계법률지원 등을, 계약 및 채권관리 업무로 계약심사, 법률자문, 채권관리, 지적재산권 관리 등을, 그 외 정기감사 및 특별감사 업무 등을 하고 있다.

마) 한편, 경영기획팀과 비서실은 이 사건 계열사에 모두 존재하고, 법무팀은 oo을 제외한 8개 계열사에 존재하며, 감사팀은 oooo에만 존재한다.

바) 원고의 각 부서별 조직도에 의하면, 경영기획팀 인원은 14 내지 17명, 그중 ’계열사 관리‘ 업무를 담당하고 있는 인원은 3명이고, 법무감사팀 인원은 19명, 그중 변호사는 팀장과 파트장 2명이다.

사) 법무감사팀이 2015. 6.경 작성한 ’6월 사장님 업무보고‘에는 중점과제로 ’계열사 법무서비스 확대‘가 기재되어 있고, ’진행사항‘에는 ’OO 사업자 취소처분 취소소송‘, ’OO 화도물류 화재 관련 OOO 손배소 항소심‘, ’OO 1차 분양수입 정산금 청구소송 항소심‘, ’OO철도2호선 설계보상비반환청구소송 항소심‘이 기재되어 있다. 또한 법무감사팀이 작성한 ’2016년 감사계획(안)‘에는 ’계열사의 업무전반에 대한 감사 시행 및 경영현황, 시스템, 프로세스 등에 대한 경영 건전성 진단 –내부감사 기준에 따른 계열사 정기감사(2014년도 HHH아이 정기감사, 2015년 미실시)‘ 항목 아래 계열사 내부감사 세부항목 등이 기재되어 있다.

아) 원고 경영기획팀 소속 직원인 고OO는 이 법정에 출석하여, ’계열사 관리업무를 담당하는 직원이 매사업연도마다 점점 줄어들었다‘, ’거의 모든 계열사에 경영기획팀이 존재하거나 다른 팀에서 계열사 공정거래위원회 업무를 하는 직원이 별도로 있다고 진술하였다‘, ’경영기획팀의 계열사 지원 및 관리 업무는 매달 열리는 사장단회의나 계열사 업무보고를 위한 회의실을 확보하고 회의자료를 배포하는 업무, 사업계획을 취합해서 보고하거나 MBO 평가를 취합해서 보고하는 것 등의 업무를 하는 것‘, ’경영전략 및 사업계획 업무는 연말에 계열사들이 각자 계획한 다음 연도 사업계획과 경영전략을 취합한 뒤 경영진들이 모여서 회의를 하는데, 그때 회의실을 확보하고 자료를 공유해주는 등의 역할을 하는 것‘, ’각 계열사의 경영 목표는 각 계열사가 자체적으로 정하는 것이고 원고가 계열사에 사업 개선 방향을 알려주는 등의 업무를 한 사실이 없다‘, ’공정위원회에서 요구하는 공시업무나 자료제출 등 관련 업무의 경우에도 계열사 업무를 대신 해 준 것이 아니라 기업집단의 대표인 원고 자체의 업무를 수행하는 것으로 생각하였다‘는 등 경영기획팀은 계열사 사장들이 모여서 회의를 할 때 자료를 취합하고 지원하는 역할을 하였을 뿐이고 계열사의 경영을 지원하거나 계열사의 업무를 대신 처리하는 등의 행위를 한 것이 아니라는 취지로 증언하였다.

자) 원고 법무감사팀 소속 직원인 윤OO은 역시 이 법정에 증인으로 출석하여, ’

법무감사팀이 계열사 소송에 관여하는 절차는 없다‘, ’OO의 소송은 기일을 2~3

번 방청한 적이 있는데, 이는 OO 지분 대부분을 원고가 소유하고 있고 재무제표상으로도 연결되어 있어 소송 결과가 원고에게도 중요하여 소송 진행 경과를 알기 위하여 OO 임직원들과 함께 방청한 것이다‘, ’그 외 계열사들의 소송에 구체적으로 관여한 적은 없다‘, ’2017년 이전에 계열사의 중요한 계약 검토나 법률자문을 맡아 수행한 사실은 없다‘, ’법무감사팀에서 실무를 직접 하는 변호사는 본인 1명이었고, 계열사가 진행하는 소송을 위해 법무법인 등과 회의를 하는 경우 본인이 참관을 하는 정도였다‘는 등의 취지로 증언하였다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제18, 19, 23 내지 36, 45호증, 을 제7 내지 11호증의 각 기재, 증인 고OO, 윤OO의 각 증언, 변론 전체의 취지

2) 구체적 판단

앞서 본 인정사실로 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 부서는 원고의 고유 업무를 주로 수행한 곳으로 보일 뿐 H개발 그룹이 공동으로 운영하는 조직이라고 보기 어렵다. 이와 다른 전제에서 한 이 부분 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

① 원고는 기업집단인 H개발 그룹의 지배회사이자 지주회사로서 ⁠‘자회사의 주식 또는 지분을 취득, 소유함으로써 자회사 등의 제반 사업내용을 지배, 경영지도, 정리, 육성하는 지주사업’을 주된 목적으로 하고 있다. 지주회사는 다른 회사(자회사)의 주식을 보유함으로써 그 기업을 지배·관리하는 것을 목적으로 하는 회사를 말하는 것이므로, 주주권을 정당하게 행사하거나 자회사의 업무 중 중요한 사항에 대하여 사실상의 영향력을 발휘하는 것은 지주회사의 본래 목적인 ⁠‘다른 회사의 지배·관리’의 의미에 포섭된다.

② 각 계열사마다 별도의 경영기획팀이 존재하는 점, 원고 경영기획팀의 조직도상 계열사 관련 업무를 담당하는 것으로 기재된 인원이 3명에 불과하고, 해당 인원이

계열사 관리 업무만을 전담하는 것으로도 보이지 않는 점, 증인 윤OO의 증언에 의하더라도 경영기획팀은 계열사 사장들의 회의에 회의실 확보, 자료 취합 및 공유 등의 소극적 업무를 하였던 것으로 보일 뿐 계열사의 경영전략을 직접 구체적으로 수립하거나 사업계획 분석하는 등의 업무를 담당한 것으로 보이지 않는 점, 계열사 경영전략등을 취합하고 이를 공유하는 것은 자회사의 관리․감독 업무의 하나로 보이는 점 등을 고려하면, 경영기획팀은 원고 고유의 업무를 수행한 것으로 보인다.

③ 또한 주요 계열사들이 법무조직을 별도로 운영하고 있는 점, 원고 법무감사팀이 관계사인 OO 소송의 진행 내용을 파악하고 사장에게 보고한 사실이 있기는 하나, 이는 OO의 소송 결과에 따라 원고의 재무 상태에도 영향이 있을 수 있기 때문이었던 것으로 보이고, 달리 법무감사팀이 구체적으로 계열사들의 소송에 일반적으로 개입하였다고 볼 만한 증거는 없는 점, 법무감사팀이 매년 계열사 감사를 실시한 것으로 보이지도 않고, 자회사에 대한 모회사의 조사권을 규정하고 있는 상법 제412조의5에 따라 보더라도 지주회사로서 계열사에 대한 감사를 충분히 실시할 수 있는 점 등을 고려하면, 원고 법무감사팀은 계열사가 수행하여야 할 법무 또는 감사 업무를 대신 처리해준 것이 아니라 지주회사로서 업무를 일부 지원하거나 자회사의 관리․감독를 한 것에 불과하다고 보일 따름이다.

④ 나아가 피고는 원고 비서실이 수행한 구체적 업무나 해당 조직이 H개발 그룹의 공동운영조직임을 인정할 만한 아무런 증거를 제출하지 않고 있다. 계열사들은 각자 비서실을 모두 별도로 두고 있기도 하다.

바. 이 사건 부과처분의 취소 범위

원고가 주장하는 ❷, ❸, ❺ 쟁점에 관한 위법사유 중 ❷, ❺ 쟁점에 관한 주장은

이유 있고, ❸ 쟁점에 관한 주장은 이유 없다. 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 용역거래에 부당행위계산부인을 적용한 부분, 이 사건 공동경비에 부당행위계산부인을 적용한 부분은 위법하므로 해당 부분은 각 취소되어야 하는데, 을 제13호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 경우 2012 사업연도 결손금은 7,658,761,830원(기존 결손금보다 3,117,699,684원 증가), 2013 사업연도 결손금은 77,752,584,281원(기존 결손금보다 5,098,979,992원 증가)이고, 2015 사업연도 법인세 정당세액은 19,490,096,329원(가산세 포함), 2016 사업연도 법인세 정당세액은 5,697,583,380원(가산세 포함)이다.

따라서 이 사건 부과처분 중 2012 사업연도 결손금 21,502,469,421원의 감액경정처분 중 18,384,769,737원(= 기존 결손금 감액경정 처분 21,502,469,421원 –취소

3,117,699,684원)을 초과하는 부분, 2013 사업연도 결손금 14,985,657,692원의 감액경정 처분 중 9,886,677,700원(= 기존 결손금 감액경정 처분 14,985,657,692원 –취소 5,098,979,992원)을 초과하는 부분, 2015 사업연도 법인세 25,282,150,192원(가산세 포함)의 부과처분 중 정당세액 19,490,096,329원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2016 사업연도 법인세 7,244,450,594원(가산세 포함)의 부과처분 중 정당세액 5,697,583,380원(가산세 포함)을 초과하는 부분은 위법하므로 각 취소되어야 한다.

한편, 2014 과세연도의 경우 피고가 세무조사결과에 따라 소득을 29,209,670,957원만큼 증액하여 2014 과세연도의 소득금액이 83,983,487,623원이 되었다가 조세심판결정에 따라 15,219,268,294원이 차감되어 68,764,219,329원이 되었고, 이월결손금의공제로 과세표준이 0에 미달하여 2014 사업연도 법인세 부과처분이 모두 취소되어 2014 사업연도 소득금액 증액처분 13,990,402,663원(= 기존 소득금액 증액분 29,209,670,957원 –조세심판결정에 따른 취소 15,219,268,294원)만이 남은 상태임은 앞서 본 바와 같다. 그런데 2014 사업연도 소득에서 이 사건 용역거래 및 이 사건 공동경비 중 2014 사업연도에 손금불산입한 부분 역시 제외되어야 하고, 그에 따라 2014사업연도의 소득이 감소하는 경우 후속 사업연도의 이월결손금에도 영향을 미치므로 2014 사업연도의 소득금액 증액처분의 취소 청구는 실질적으로 후속 사업연도의 이월결손금 감액 처분 취소를 구하는 취지로 볼 수 있고, 2014 사업연도의 법인세 부과가 없었다고 하더라도 그 증액처분을 특정하여 취소할 필요가 있다. 따라서 2014 사업연도 소득에서 피고가 2014 사업연도에 손금불산입한 부분 중 이 사건 용역거래 부당행위계산부인분 3,295,689,154원(앞서 표3의 2014 사업연도 내역에서 SOC공사 부분을 제외한 금액), 이 사건 공동경비 부당행위계산부인분 825,382,799원(표7의 2014 사업연도 금액) 합계 4,121,071,953원이 제외되어야 하므로 2014 사업연도의 소득은 64,643,147,376원(= 기존 2004 사업연도 소득 68,764,219,329원 –소득 제외분 4,121,071,953원)이 되어야 하고, 2014 사업연도 소득금액 13,990,402,663원의 증액처분 중 9,869,330,710원(= 기존 소득금액 증액분 13,990,402,663원 –취소 4,121,071,953원)을 초과하는 부분 역시 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 03. 10. 선고 서울행정법원 2020구합55183 판결 | 국세법령정보시스템