요지

이 사건 전산시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것인바, 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으므로 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2016. 6. 9. 원고에 대하여 한 법인세 2012 사업연도 ***원, 2013 사업연도 ***원, 2014 사업연도 ***원의 각 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않다.

구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되어 2015. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ’구 조특법‘이라 한다) 제10조 제1항은 ’내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ 인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다‘고 규정하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제(이하 연구개발비에 대한 세액공제를 ’쟁점 세액공제‘라 한다) 제도를 두고 있고, 제9조 제2항 제1호는 ’연구ㆍ인력개발비‘의 의미를 ’연구개발 및 인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발 중 대통령령으로 정하는 비용)‘으로 정의하고 있으며, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항은 ⁠“법 제9조 제2항 제1호에서 ’대통령령으로 정하는 비용‘이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다”라고 규정하고, 구 조특법 제9조 제5항은 연구개발을 ⁠“과학적또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(이하 ’과학기술활동‘이라 한다)”과 ⁠“새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(이하 ’서비스활동‘이라 한다)”으로 구분하고 있으므로, 전산시스템의 위탁개발비용이 쟁점 세액공제를 적용받는 연구개발비에 해당하기 위해서는 그 위탁개발이 ’과학기술활동‘에 해당하는 경우이어야 한다. 여기에서 구 조특법 제9조 제5항이 규정한 연구개발인 ’과학기술활동‘이란 ’과학기술 분야의 식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’을 의미하고, 연구개발이 과학기술활동에 해당하기 위해서는 해당 연구개발이 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 하며, 결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로, 위탁연구개발이 연구개발로 인정될 수 있기 위해서는 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 한다. ⁠‘과학기술활동’에 해당하는지 여부는 해당 연구개발 활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두56510 판결 참조).

위와 같은 법리를 바탕으로 제1심 및 당심에서 제출된 증거들을 원고 주장과 함께 다시 살펴보더라도, 원고의 이 사건 차세대 전산시스템 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ⁠‘과학기술활동’에 해당하지 않으므로, 그와 같은 위탁개발을 위하여 지출된 비용은 쟁점 세액공제의 대상이 아니라는 이유로, 위 위탁개발을 위한 비용이 쟁점 세액공제 대상임을 전제로 하여 법인세 환급을 구하는 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분에 위법이 있다고 인정할 수 없다는 취지의 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 이는 원고가 항소심에서 강조한 이 사건 차세대 전산시스템의 개발 경위와 과정 및 그 시스템의 내용, 위 전산시스템이 일본으로 수출되었다는 사정 등을 고려하더라도 마찬가지이다.

따라서 이 법원의 판결 이유 중 결론을 제외한 부분은 제1심판결 이유의 해당 부분과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 인용한다.

2. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2025. 05. 16. 선고 서울고등법원 2020누44697 판결 | 국세법령정보시스템