요지

장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자가 조정지역 내 주택을 양도하는 경우 1세대 3주택 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제한 것은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고들의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 10. 13. 원고 AAA에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 32,672,775원에 대한 경정거부처분과 2020. 10. 14. 원고 BBB에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 32,672,775원에 대한 경정거부처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고들은 부부로서 2016. 6. 17. 서울 ○○구 ○○동 000 ○○○○○○○○○ 000동 000호(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)를 각 1/2 지분으로 취득하여 보유하다가, 2018. 8. 28. 17억 6,000만 원에 양도(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다)한 다음, 2018. 10. 17. 이 사건 주택이 1세대 1주택인 고가주택에 해당함을 전제로 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익에 대하여 일반세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 각 33,704,350원을 신고·납부하였다.

  나. 원고 AAA는 이 사건 양도 당시 조정대상지역에 있는 이 사건 주택 외에도 장기임대주택인 수원시 ○○구 CC동 0000, 0000동 000호(취득일 2017. 6. 5. 이하 ⁠‘이 사건 CC동 주택’이라 한다)와 서울 ○○구 DD동 00-0 아파트 0동 000호(취득일 2017. 6. 13, 이하 ⁠‘이 사건 DD동 주택’이라 한다)를 보유하고 있었다.

  다. 피고는 이 사건 양도를 조정대상지역 내에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 원고들에게 수정신고 안내를 하였고, 이에 따라 원고들은 2020. 7. 10. 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익에 대하여 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하여, 2018년 귀속 양도소득세를 각 65,564,770원(가산세 포함)으로 수정신고하고 각 31,860,420원을 추가 납부하였다.

  라. 원고들은 2020. 9. 3. 일시적 2주택 특례에 해당하여 중과세율 적용 대상이 아니라고 주장하면서, 피고에게 2018년 귀속 양도소득세 각 32,672,775원의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였다.

  마. 피고는 장기임대주택 특례와 일시적 2주택 특례가 동시에 적용되는 경우에도 고가주택의 경우 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익에 대하여는 다주택자 중과세율 규정이 적용된다는 이유로, 2020. 10. 13. 원고 AAA에 대하여, 2020. 10. 14. 원고 BBB에 대하여 각 경정청구 거부처분(이하 ⁠‘이 사건 각 거부처분’이라 한다)을 하였다.

  바. 원고들은 이 사건 각 거부처분에 불복하여 2020. 12. 28. 조세심판원에 각 심판청구를 하였으나, 원고 AAA의 청구는 2021. 6. 11, 원고 BBB의 청구는 2021. 5. 28. 각 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1~4호증, 을 1~4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고 주장의 요지

  원고들 세대는 이 사건 양도 당시 이 사건 주택 외에 이 사건 CC동 주택 및 이 사건 DD동 주택을 보유하고 있었으나, 이 사건 주택을 취득한 날로부터 1년이 지난 후 이 사건 DD동 주택을 취득하고 그로부터 2년 이내에 이 사건 주택을 양도하였으며, 이 사건 CC동 주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에서 정한 장기임대주택의 요건을 갖추었으므로, 이 사건 주택은 소득세법 시행령 제155조 제1항 및 제20항이 적용되어 1세대 1주택으로 법률상 의제된다.

  따라서 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익에 대하여는 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 하고, 소득세법 제95조 제2항 단서(표 2), 소득세법 시행령 제159조의3 괄호 부분 규정에 따라 장기보유특별공제 대상이 되므로, 이 사건 각 거부처분은 위법하다.

  나. 관계 법령 및 조세법규의 해석원칙

  관계 법령은 별지 기재와 같다. 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

  다. 1세대 3주택 중과세율 적용 여부

  1) 관련 규정의 내용과 체계

  양도소득에 대한 세율은 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조(양도소득세의 세율)에 따라 계산하게 되는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호).

  그리고 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) 제1항은, 법 제104조 제7항 제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다.

  한편, 구 소득세법 시행령 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) 제1항은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ⁠‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제8호에서 일시적 2주택의 경우 종전 주택 등을 들고 있다.

  2) 관련 규정의 해석

  관련 규정의 문언 및 체계에 의하면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정하게 되는데, 1세대가 소유하는 주택수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 법문상 거주자가 실제 소유하는 모든 주택이 주택의 수를 계산할 때에 포함되고, 다만 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만이 주택 수 산정에서 제외될 뿐이다.

  구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항, 제167조의10 제1항 중 제1호를 제외한 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택 수 산정에는 포함되고, 그것이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는다.

  한편 일시적 2주택의 경우 종전 주택에 대하여는, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항에서는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있으나(제8호), 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 않다.

  3) 이 사건의 경우

  이 사건 양도 당시 원고들 세대가 소유하고 있는 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에서 정한 주택(수도권 및 광역시·특별자치 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택에 정한 주택)에 해당하지 않으므로, 일단 주택 수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 않으므로 1세대 3주택 이상의 ⁠‘예외’에 해당하지 않는다.

  이와 관련하여 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에서는 ⁠‘1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)’을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 원고들 세대는 이 사건 양도 당시 장기임대주택인 이 사건 CC동 주택(제2호) 외에 이 사건 주택과 이 사건 DD동 주택을 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반주택에도 해당하지 않는다.

  결국 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 타당하다.

  라. 장기보유특별공제 적용 여부

  1) 관련 규정의 내용과 체계

  구 소득세법 제95조(양도소득금액) 제1항은 ⁠‘양도소득금액은 양도차익(양도가액에서 필요경비를 공제한 금액)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고, 같은 조 제2항은 ⁠“장기보유 특별공제액”이란 ⁠‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)로서 보유기간이 3년 이상인 것 … 에 대하여 그 자산의 양도차익에 대하여 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다(본문). 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다(단서).’고 규정하고 있다.

  구 소득세법 제104조 제7항 제3호는 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은, 법 제104조 제7항 제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택이상에 해당하는 주택”이란 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을 들고 있다.

  한편, 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호는 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ⁠‘구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액’과 ⁠‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있다.

  2) 구체적 검토

  가) 우선 구 소득세법 제95조 제2항의 문언상 장기보유특별공제는 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에만 인정됨이 분명하다. 그런데 원고들은 2016. 6. 17. 이 사건 주택을 취득한 후 2018. 8. 28. 양도하여 보유기간이 3년에 미달함은 위에서 본 바와 같으므로, 장기보유특별공제가 적용될 여지가 없다. 앞서 든 증거들에 의하면, 원고들도 최초 신고나 수정 신고 당시 스스로 장기보유특별공제를 적용하지 않았고, 경정청구 당시나 조세심판 청구 당시에도 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장한 바 없는 사실이 인정된다. 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

  나) 더욱이 위 법령의 문언과 체계에 의하면, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호의 위임에 따라 비과세 양도소득에 관한 특례를 규정한 구 소득세법 시행령 제155조에 의하여 1세대 1주택으로 의제된다 하더라도, 비과세대상에서 제외된 이상 양도소득금액을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조, 구 소득세법 시행령 제160조에서 정한 바에 따라야 하고, 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정의 문언대로 장기보유특별공제 대상에서 제외되며, 이 경우 양도대상 자산이 장기보유특별공제 대상에 해당하는 경우임을 전제로 한 구 소득세법 제95조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령 제159조의3, 구 소득세법 제95조 제3항 및 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호는 적용될 여지가 없다고 봄이 타당하다. 그런데 이 사건 주택이 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서 정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에 해당함은 위 다. 3)항에서 본 바와 같으므로, 이 사건 양도에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다. 원고들의 이 부분 주장은 이 점에서도 이유 없다.

  마. 원고들의 나머지 주장에 대한 판단

  1) 신의성실의 원칙 위반 여부

  가) 원고들의 주장 요지

  장기임대주택을 보유한 자에 대하여도 일시적 2주택 특례가 적용되고 고가주택으로 서 9억 원 초과분에 해당하는 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제가 적용된다는 취지의 장기간에 걸친 국세청 질의회신이 있었고, 원고들은 이러한 국세청의 공적 견해 표명을 신뢰하였다. 그럼에도 피고는 국세청의 공적 견해 표명과 다른 처분을 하여 원고들의 신뢰이익을 침해하였으므로, 이 사건 각 거부처분은 국세기본법 제15조¹⁾의 신의성실의 원칙에 위배된다.

  나) 판단

  조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세율을 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정한 구 소득세법 규정은 2017. 12. 19. 소득세법이 개정되면서 신설된 것으로 해당 소득세법 부칙에 따라 2018. 4. 1.부터 시행된 것인데, 위 조항의 신설 이유는 조정대상지역 내의 부동산 투기를 억제하기 위하여 2주택 이상 보유자가 조정대상지역 내의 주택을 양도하는 경우에 양도소득세를 중과하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세형평을 제고하기 위한 것으로서 2018. 4. 1. 이후에 양도된 주택에 대하여 적용된다. 원고들이 주장하는 장기간에 걸친 국세청의 질의회신 등은 이처럼 소득세법이 개정되기 전의 사안에 관한 것이므로, 위와 같이 개정·신설된 법조항이 적용되는 이 사건에 그대로 적용할 수 없고, 피고의 이 사건 각 거부처분이 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수도 없다. 원고들의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

  2) 대법원 판례 위반 여부

  가) 원고들의 주장 요지

  일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다는 취지의 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결에 비추어 볼 때, 이 사건 각 거부처분은 위 대법원 판례에도 반하는 처분이다.

  나. 판단

  원고들이 주거를 이전하기 위하여 이 사건 DD동 주택을 취득한 것으로서 원고들에 게 투기목적이 없었다는 점에 관한 구체적인 주장․입증이 없고, 원고들이 이 사건 DD동 주택을 2017. 6. 13. 취득하고 이 사건 주택을 2018. 8. 28. 양도함으로써 이 사건 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 약 1년 2개월에 이르고 위 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고들이 제출한 증거들만으로는 이 사건 주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보지 아니할 특별한 사정이 있다고 보기 어렵다. 원고들의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

  원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다

출처 : 수원지방법원 2022. 04. 08. 선고 수원지방법원 2021구단8843 판결 | 국세법령정보시스템