요지

세액감면과 세액공제를 동시에 적용받기 위한 요건으로서 구분경리를 요구하는 취지는‘동일한 소득’에 대해서 세액감면과 세액공제를 중복하여 지원하지 않기 위한 것이라고 봄이 타당

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 9. 4. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 00,000,000,000원, 2016 사업연도 법인세 00,000,000,000원 및 농어촌특별세 0,000,000,000원, 2017 사업연도 법인세 00,000,000,000원 및 농어촌특별세 000,000,000원의 각 경정거부처분을 취소한 다.

이 유

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 2001. 4. 2. 전력자원 구조개편에 따라 0000공사의 발전 사업 부문이 물적 분할되어 설립된 공공기관으로서 전력자원의 개발, 발전 및 이와 관련된 사업을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 아래와 같이 본사 이외에 5개의 발전사업소를 운영하고 있으며, 2014. 6. 3. 구 ⁠‘공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법’(2017. 12. 26.법률 제15309호로 제명 변경되기 전의 것)에 따라 본사를 서울에서 울산으로 이전하였다.

[원고의 사업장 운영 현황]

- 표 생략 -

다. 원고는 2015 ~ 2017 사업연도 법인세 신고 당시 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법’이라 한다) 제63조의2에 따른 ⁠‘본사 지방이전 세액감면’ 대상이 되었으나, 세액감면과 세액공제 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있도록 규정한 구 조특법 제127조 제4항(이하 ⁠‘이 사건 배제조항’이라 한다)에 따라, 구 조특법 제24조(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제), 제25조(안전설비 투자 등에 대한 세액공제), 제25조의2(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제), 제25조의3(환경보전시설 투자에 대한 세액공제), 제26조(고용창출투자세액공제),제94조(근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제) 등에 따라 5개 발전사업소에 대한 각 투자금액의 각 비율에 상당하는 금액을 법인세에서 공제한 후 법인세를 신고·납부하였다(이하 ⁠‘이 사건 세액공제’라 한다).

라. 원고는 2020. 7. 7. 피고에게 ⁠‘원고는 구 조특법 제127조 제10항에 따라 세액감면을 적용받는 본사의 사업과 5개 발전사업소를 포함한 그 밖의 사업을 구분경리하였으므로 이 사건 배제조항의 중복지원에 해당하지 아니하여, 이 사건 세액공제에 더하여 구 조특법 제63조의2에 따른 세액감면(이하 ’이 사건 세액감면‘이라 한다)도 적용받을 수 있다’는 이유로 아래 ⁠[이 사건 경정청구 내역]과 같이, ① 당초 원고가 신고·납부한 2015 내지 2017 사업연도 법인세에서 본사 지방이전 세액감면 및 세액감면의 경우 적용되는 감가상각의제를 추가로 적용하여, 2015 사업연도 법인세 00,000,000,000원, 2016 사업연도 법인세 00,000,000,000원, 2017 사업연도 법인세 00,000,000,000원에 대한 감액·환급을 구하고, ② 2016, 2017 사업연도의 경우 감가상각의제 적용에 따른 과세표준 감소로 인해 해당 사업연도의 세액공제 한도가 줄어듦에 따라 환급되어야 하는 농어촌특별세액이 발생하여 2016 사업연도 농어촌특별세 1,991,139,718원, 2017 사업연도 농어촌특별세 450,816,318원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다.

[이 사건 경정청구 내역]

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마. 피고는 2020. 9. 4. ⁠‘법령상 본사지방이전 세액감면소득 산정방식에 따른 세액감면계산시 법인 전체 소득이 감면 대상 소득이 되고, 근무인원 수를 기준으로 안분계산한 것을 구분경리로 볼 수 없으므로 본사지방이전 세액감면과 투자세액공제는 중복공제 되지 않고, 본사지방이전 세액감면이 되지 않으므로 감가상각비 의제 또한 적용되지 않는다’는 이유로 위 경정청구를 기각하였고(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다), 이에 원고가 이 사건 처분에 대하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2021. 8. 19. 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장의 요지

구 조특법 제127조 제10항(이하 ⁠‘이 사건 조항’이라 한다)은 세액감면 대상소득과 세액공제 대상소득이 일부 중복되더라도 같은 법 제143조에 따른 구분경리 요건을 갖추었다면 중복지원을 허용하는 것으로 해석·적용하여야 하며, 소득이 중복되지 않는 경우에만 중복지원이 가능하다고 해석하는 것은 조세법률주의에 반한다. 원고는 같은 법 제143조에 따라 세액감면 대상사업(본사의 사업)과 세액공제 대상사업(나머지 사업)을 구분경리하였으므로 이 사건 조항에 따라 이 사건 세액공제와 이 사건 세액감면을 동시에 적용받을 수 있다.

또한 이 사건 세액감면의 산정방식은 입법목적에 따라 여러 차례 개정되어 왔으며 입법목적을 달성하기 위하여 정책적으로 이 사건 세액감면의 산정방식을 별도로 정한 것에 불과하므로 일부 감면대상 소득이 중복된다고 하더라도 구분경리 요건을 갖추지 못하였다고 볼 수 없고, 이 사건 조항에서 특별히 이 사건 세액감면을 배제하고 있지 않은 점, 원고는 공익의 실현을 목적으로 하는 공공기관으로서 법령에 따라 본사를 이전하게 된 것으로 이 사건 세액공제와 이 사건 세액감면을 동시에 적용받지 못하게 되는 것은 이 사건 세액감면의 취지에 어긋나는 점 등을 고려하면, 이 사건 조항의 요건을 충족하지 않았다는 이유로 이 사건 세액감면을 적용하지 않은 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같고, 이 사건 배제조항과 이 사건 조항은 다음과 같다.

다. 판단

1)　 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

2) 이 사건 조항의 해석

위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 앞서 본 처분의 경위와 변론 전체의 취지를 통해 알 수 있는 다음의 사정들을 종합해보면, 이 사건 조항에서 세액감면과 세액공제를 동시에 적용받기 위한 요건으로서 구분경리를 요구하는 취지는 ⁠‘동일한 소득’에 대해서 세액감면과 세액공제를 중복하여 지원하지 않기 위한 것이라고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

가) 구 조특법 제127조는 ⁠‘중복지원의 배제’라는 제목 하에 이 사건 배제조항에 서 내국인이 동일한 과세연도에 특정 조항에 따른 세액감면과 세액공제 요건을 동시에 충족하는 경우 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다는 원칙을 규정하고 있으며, 이 사건 조항에서 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 세액공제는 위 배제조항에서 정한 중복지원에 해당하지 않는다고 규정하고 있다.

나) 이 사건 조항은 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정시 신설되었는데, 동 규정은 사업장 별로 구분경리하여 세액감면 적용 사업장과 그 밖의 사업장이 구분되는 경우 각 사업장별로 세액감면과 세액공제를 받는 것은 이 사건 배제조항에서 의미하는 중복지원에 해당하지 않음을 확인하고, 중복지원이 배제되는 범위를 명확히 하기 위하여 도입된 것으로, 문언 자체로도 이 사건 배제조항에 대한 적극적인 예외를 창설한 것으로 해석하기 어렵다.

다) 구 조특법 제143조 제1항은 내국인이 같은 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제136조 제1항은 위 구분경리에 관하여는 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조의 규정을 준용한다고 규정하며, 같은 법 제113조 제1항 내지 제5항은 비영리법인등의 구분경리에 대해 규정하고 같은 조 제6항은 위 규정에 따른 구분경리의 방법 등의 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제156조 제1항은 위 구분경리에 대한 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 하며, 구 법인세법 시행규칙(2018. 3. 21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것,이하 같다) 제75조 제1항은 위 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 하나, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다고 규정하고, 같은 조 제2항은 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 위 제1항 등의 규정을 준용하여 구분경리 하여야 한다고 규정한다.

위와 같이 ⁠‘구분경리’에 관하여 정한 관계 법령의 규정 및 체계를 종합하여 보면, 구 조특법 제143조의 구분경리는 ⁠‘세액감면을 받는 사업’과 그 밖의 사업’의 소득을 구분함으로써 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복된 감면과 공제가 이루어지는지 여부를 파악하기 위한 것으로 보이는바, 이 사건 조항의 취지는 이미 세액감면이 적용되고 있는 소득이 아니라면, 그 소득에 대해 세액공제 등 다른 조세지원이 가능하다고 해석된다. 즉, 구분경리에 의하여 소득이 중첩되지 않고 구분되어야 이 사건 조항에 따른 세액감면과 세액공제의 동시 적용이 가능하다.

라) 이 사건 조항은 이 사건 배제규정을 적용함에 있어 ⁠‘구 조특법 제63조의2 제2항’에 대하여 별다른 예외를 규정하고 있지 않다. 따라서 이 사건 세액감면을 이 사건 배제규정상의 다른 세액감면과 다르게 판단할 이유 없으므로 이 사건 배제규정의 원칙이 그대로 관철되는 것이 관련 법 조항의 체계에 부합한다.

마) 구 조특법 제63조의2의 입법취지와 관련한 원고의 주장은 기록에 비추어 알수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 배제조항은 세제의 중복지원을 원칙적으로 금지하면서도 납세자에게 조특법이 규정한 세액감면제도와 세액공제제도 중 자신에게 유리한 것을 선택할 수 있는 권리를 부여한 규정인 점, ② 원고는 당초 2015 ~ 2017사업연도 법인세를 신고하면서 세액공제를 적용받는 것이 유리하다고 판단하여 구 조특법에 따른 이 사건 세액공제를 받았는바, 본사의 지방이전에 따른 세액감면과 일부 세액공제의 중복지원이 금지된다고 하여 그것이 곧바로 구 조특법 제63조의2의 입법취지를 몰각시키는 것이 된다고 단정할 수 없는 점, ③ 세액공제를 선택함으로써 본사의 지방이전에 따른 세액감면을 받지 못하는 경우가 있다고 하더라도, 그것은 이 사건 배제조항 및 구 조특법 제63조의2가 기업의 지방이전을 촉진하기 위한 세액감면을 규정하면서도 그 세액감면을 예외 없이 관철시키는 태도를 취하지 아니하고 일부 세액공제와의 관계에서는 그중 하나만을 선택하도록 정하고 있기 때문으로서, 이는 세액공제의 성격, 조세형평 및 그 밖의 여러 이해관계 등을 종합적으로 고려한 입법자의 정책적 결단인 점 등에 비추어 이유 없다.

3) 원고가 이 사건 조항이 요구하는 구분경리의 요건을 갖추었는지 여부

가) 구분경리라 함은 자산․부채 및 손익을 사업별로 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하는 것을 말하고, 그와 같이 사업별로 별개의 회계로 구분하여 경리하고 있다고 보기 위해서는 자산․부채 및 손익을 그 용도나 발생원천 등에 따라 귀속되는 해당 사업을 명백히 하고, 그에 따라 독립된 계정과목으로 구분하여 기장하는 등의 방법에 의해 특정 사업에 관련된 자산․부채 및 손익이 그 밖의 다른 사업과 명확히 구별되어 인식할 수 있을 정도에 이르러야 한다(대법원 2002. 12. 10. 선고 2000두5968 판결 참조).

나) 판단

(1) 구 조특법 제63조의2 제2항은 본사를 지방으로 이전한 경우 ⁠‘법인 전체’의 과세표준에 이전한 본사의 총 급여액 비율 내지 인원수 비율 중 작은 비율에 따라 계산된 소득에 대한 법인세액 감면을 규정하고 있다. 따라서 위 규정에 따른 세액감면대상 사업의 소득과 세액공제대상 사업의 소득이 구분되지 않고 일부 중첩된다.

(2) 구 조특법 제63조의2 제2항에 따른 방식에 의하여 이전본사의 감면대상소득을 산정하였다고 하더라도, 법인 전체의 과세표준에서 그와 같이 산정된 금액을 공제한 잔액이 ⁠‘각 발전사업소를 포함한 그 밖의 사업’의 소득으로 의제되는 것도 아닌 이상, 본사의 소득과 그 밖의 사업의 소득이 구분경리 의하여 구분된 것이라고 보기 어렵다.

(3) ERP 시스템(전사적 자원관리 시스템)에 의해 생성되는 매출·매입 전표상으로 본사와 각 발전사업소의 자산·부채 및 손익을 구분할 수 있다하더라도(갑 제20호증), 그와 같은 전표의 분리만으로 구 조특법 제143조 및 법인세법 제113조에서 규정한 구분경리가 이루어진 것으로 보기 어렵다.

(4) 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

4) 소결론

따라서 세액공제 적용 소득과 세액감면 적용 소득이 중복되고, 구분경리의 요건도 갖추지 못하였다는 이유로 한 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 울산지방법원 2022. 11. 24. 선고 울산지방법원 2021구합9969 판결 | 국세법령정보시스템