요지

해양수산부로부터 보전받은 이자비용은 무상으로 받은 자산수증이익에 해당하여 이월결손금에 보전할 수 있다

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 피고가 2019. 8. 19. 원고에게 한 2017 사업연도 법인세 부과처분 중 납부불성실 가산세○○,○○○,○○○원에 대하여 취소를 구하는 부분 및 2018 사업연도 법인세 부과처분 중 납부불성실 가산세 ○○,○○○,○○○원에 대하여 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 피고가 2019. 8. 19. 원고에게 한 2017 사업연도 법인세 ○○,○○○,○○○원(가산세 포함)의 부과처분 중 납부불성실 가산세 ○○,○○○,○○○원을 초과하는 부분, 2018 사업연도 법인세 ○○,○○○,○○○원(가산세 포함)의 부과처분 중 납부불성실 가산세 ○○,○○○,○○○원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 8. 19. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 법인세 ○○,○○○,○○○원(가산세포함), 2018 사업연도 법인세 ○○,○○○,○○○원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 사업구조개편 및 국고보조금 수령

1) 원고는 1962. 4. 1. ○○○조합법(이하 ⁠‘수○법’이라 한다)에 따라 설립된 법인으로서, 1963.경부터 수산업의 특수성을 감안한 자금공급 업무 담당을 위하여 원고 내에 신용사업부문을 신설하여 운영하여 왔다. 원고는 2001. 4. 26. 및 2011. 12. 31. 예금보험공사로부터 신용사업부문에 대한 우선출자금 ○조 ○,○○○억 원(이하 ⁠‘공적자금’이라 한다)을 지원받고, 예금보험공사에 우선상환주를 발행하였다.

2) 그 후 원고의 신용사업부문은 2013. 12.부터 국제결제은행(BIS)이 2010.경부터 도입한 바젤III 규제(자기자본비율 8% 이상, 보통주 자본비율 4.5% 이상, 기본자본비율 6% 이상 유지)의 단계적 적용에 따른 자본확충 문제로 사업구조개편이 불가피하게 되었다. 즉, 원고는 2015. 12. ① 신용사업 부문을 물적분할 하여 ○○은행을 신설하되, ② 신용사업 부문의 공적자금 1조 1,581억 원은 원고 내에 신설되는 신용사업특별회계에 존치하고, ③ 9,000억 원을 추가 조달하여 신설되는 ○○은행의 보통주에 출자하는 방식으로 사업구조의 개편(이하 ⁠‘○○사업구조개편’이라 한다)사업을 추진하기로 하고, 예금보험공사와 사이에 사업구조개편으로 공적자금의 상환이 지연되는 것을 방지하기 위하여 ⁠“공적자금 상환을 위한 합의서”를 작성하였다(갑 제7호증).

3) 그 과정에서 해양수산부는 원고의 사업구조개편에 대하여 ① 추가 확충이 필요한 부족자본 9,000억 원 중 ○○○억 원의 차입비용을 5년간 지급(연 103억 원, 총 515억 원)하여 지원하고, ② 신용사업 분리에 따른 추가 조세부담 방지를 위해 관련 세법(조세특례제한법 및 시행령, 지방세특례제한법 및 시행령, 농어촌특별세법 및 시행령)을 개정하여 조세감면을 통한 지원방안을 마련하였다(을 제3호증). 이에 따라 2016. 5.29. 수○법 제141조 제1항 등 규정이 개정되었고, 2016. 12. 1. ⁠‘○○은행’이 설립되었으며, 원고는 해양수산부로부터 과 같이 ○○○○채권 발행액 ○○○억 원에 대하여 5년간 연 1.87%의 이자비용에 해당하는 보조금을 지원받게 되었다.

4) 해양수산부장관은 2017. 2. 6. 원고의 교부신청에 따라 다음과 같은 내용의 국고보조금 교부결정을 하였는데, 위 결정에는 ⁠‘보조금 교부조건을 위반할 경우에는 교부결정의 전부 또는 일부를 취소할 수 있다는 내용이 포함되어 있었다(갑 제4호증의 1 내지 3)

나. 원고의 사채 발행에 의한 자금 조달

1) 원고는 2016. 11. 7. ○○투자증권 주식회사(이하 ⁠‘주식회사’는 생략한다)와 사이에,원고가 권면총액 ○○○억 원의 ○○○○채권을 총 발행가액 ○○○억 원(총 권면가액의100%), 이율 연 1.87%에 발행하고(이하 ⁠‘이 사건 제1사채’라 한다), 2016. 11. 7. 인수대금 ○○○억 원을 현금으로 납입 받되, 이에 대하여 2017. 2. 7.부터 2021. 11. 7.까지 ○○투자증권에게 5년간 매 3개월마다 발행이율의 1/4에 해당하는 금액의 이자를 지급하며, 2021. 11. 7. 원금을 일시 상환하는 내용의 이 사건 제1사채에 대한 총액인수계약을 체결하였다(갑 제14호증의 1).

2) 한편 원고는 같은 날 ○○투자증권에게, ① 권면총액 1,000억 원의 ○○○○채권 총 발행가액 1,000억 원(총 권면가액의 100%), 이율 연 1.94%, 2017. 2. 7.부터 2023.11. 7.까지 7년간 매 3개월마다 발행이율의 1/4에 해당하는 이자지급 조건의 이 사건 제2사채를 발행한 다음, 1,000억 원을 지급받고 이를 2023. 11. 7. 일시상환하기로 하고, ② 권면총액 1,500억 원의 ○○○○채권 총 발행가액 ○○○억 원(총 권면가액의100%), 이율 연 2.06%, 2017. 2. 7.부터 2026. 11. 7.까지 10년간 매 3개월마다 발행이율의 1/4에 해당하는 이자지급 조건의 이 사건 제3사채를 발행한 다음, ○○○억 원을 지급받고 이를 2026. 11. 7. 일시상환하기로 하여, 합계 ○○○억 원을 조달하였다(갑 제14호증의 2, 3).

다. 이 사건 보조사업에 따른 보조금 지급방법

1) 원고는 2017. 2. 7. 첫 이자지급기일에 ○○투자증권에게 1분기 이자비용으로 합계38억 2,875만 원을 선(先) 지출하여 손비로 계상하고, 2017. 2. 14. 이 사건 보조금을

지급받은 후 상계처리 하였다.

2) 한편 원고는 ① 2017. 2. 7., ② 2017. 5. 8., ③ 2017. 8. 7., ④ 2017. 11. 7.에 각 ○○억 ○○○만 원의 영수증을 사용증빙으로 첨부하여 국고보조금 교부신청을 하였고, 같은 금액 상당의 국고보조금 합계 ○○○억 ○○○만 원을 다음과 같이 보전 받았다(갑제3호증).

3) 원고는 그 후 이와 같은 방식으로 2017 사업연도 및 2018 사업연도에 각각 102억 8,500만 원의 보조금(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 보조금’이라 한다)을 수령하여 이자비용을 보전 받았다.

라. 원고의 법인세 신고 및 피고의 경정처분

1) 원고는 2017 및 2018 사업연도 각 법인세 신고 시 이 사건 보조금을 구 법인세법 제18조 제6호에 따라 ⁠‘무상으로 받은 자산의 가액’으로서 공제 기한이 경과된 2000년도 이월결손금의 보전에 충당하고 이를 익금불산입 하였다.

2) ○○○은 2019. 5. 14.부터 2019. 8. 14.까지 원고에 대한 정기세무조사를실시하고, 피고에게 이 사건 보조금은 ⁠‘무상으로 받은 자산의 가액’에 해당하지 아니하여 이월결손금의 보전에 충당할 수 없다는 취지의 통보를 하였다. 이에 따라 피고는 원고가 이 사건 보조금에 대하여 한 익금불산입 세무조정을 부인하여, 2019. 8. 19. 원고에게 2017 사업연도 법인세○○○,○○○,○○○원(일반과소신고 가산세 ○○○,○○○,○○○원 및 납부불성실 가산세 ○○○,○○○,○○○원 합계 523,170,740원 포함) 및 2018 사업연도 법인세 ○○○,○○○,○○○원(일반과소신고 가산세 ○○○,○○○,○○○원 및 납부불성실 가산세 ○○○,○○○,○○○ 합계 ○○○,○○○,○○○원 포함)을 각 증액하는 내용으로 경정·고지하였다(이하 ⁠‘종전 처분’이라 한다).

3) 이에 불복하여 원고는 2019. 11. 15. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2020. 12. 21. 그 청구가 기각되었다.

4) 한편, 피고는 2019. 12. 3. 종전 처분 중 각 납부불성실 가산세 부분을 재계산한 결과, 아래와 같이 원고에게 2017 사업연도 법인세 관련 납부불성실 가산세 중 ○,○○○,○○○원, 2018 사업연도 법인세 관련 납부불성실 가산세 중 ○,○○○,○○○원을 직권으로 감액 경정하여 환급하였다(이하 2019. 8. 19.자 종전처분 중 아래와 같이 환급되고 남은 금액에 대한 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 14호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제2, 3, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 직권 경정·환급된 가산세 부분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

행정처분을 취소하면 그 처분은 효력을 상실하여 더는 존재하지 않게 되며, 존재하지 않는 행정처분의 취소를 구하는 소는 법률상 이익이 없어 부적법한바(대법원 2019.3. 14. 선고 2018두319 판결 등 참조), 앞서 본 바와 같이 피고는 종전처분 중 각 해당사업연도의 납부불성실 가산세를 감액 경정하면서 ⁠‘환급액’에 해당하는 금액 부분을 이미 직권 취소하였으므로, 이 사건 소는 그 범위에서 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

원고는 이 사건 보조금을 수령하는 대가로 해양수산부에게 경제적 반대급부를 제공하거나 출연을 하지 않았고, 피고가 보조금 수령의 대가라고 주장하는 조건들, 즉 사채를 발행하여 자금을 조달하거나 출연하는 행위 등은 이 사건 보조금의 반대급부에 해당한다거나 해양수산부를 상대방으로 하는 행위가 아니므로, 이 사건 보조금은 원고가 해양수산부로부터 ⁠‘무상으로 받은 자산’에 해당한다. 원고는 이를 과거 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 이월결손금을 보전하는 데에 충당하여 익금에 산

입하지 않을 수 있으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장 이 사건 보조금은 다음과 같은 이유에서 ⁠‘무상으로 취득한 자산’에 해당한다고 볼 수

없다.

가) 이 사건 보조금은 바젤III 규제에 따른 자본 확충 문제 및 기업회계기준 도입에 따른 공적자금의 보통주 자본화 문제를 해결하기 위한 사업구조개편 지원을 위하여 지급된 것일 뿐, 원고의 악화된 자금사정 회복 내지 재무구조를 개선시키려는 목적 하에 행해진 것이 전혀 아니므로, 구 법인세법 제18조 제6호의 입법목적과는 무관하다.

나) 이 사건 보조금이 아무런 대가관계 없이 취득한 자산이라고 볼 수 없다. 즉, 2015. 8. 정부 확정 지원방안의 주요내용은 ① 원고가 신용사업 부문을 분리하여 ○○

은행을 설립하고 ② 필요자금 ○조 원 중○조○○○억 원의 공적자금을 적격 자본으로 전환하며 ③ 원고, 조합, 임직원의 출자 등 자구노력을 통해 ○,○○○억 원을 추가로 조달하면, 이러한 원고 측의 일련의 행위 내지 출연행위를 전제로 하여 국가가 나머지 부족자본 ○○○억 원에 대한 이자비용을 보전해 준다는 것이었고, 실제로 원고가 이러한 의무를 이행하였다. 즉, 원고가 출연행위 등을 하지 않으면 보조금도 지급되지 아니하는 관계로서, 이 사건 보조금은 위와 같은 법률상의 의무 내지 출연행위와 불가분적으로 결합된 것이므로, 이러한 행위들과 일정한 대가관계를 전제한 것으로 봄이 타당하며, 반드시 그 출연 상대방이 국가이어야 하는 것은 아니고 제3자이어도 무방하다.

다) 만일 이 사건 보조금을 자산수증이익에 해당한다고 보면 정책수립자가 의도치않은 자원배분의 왜곡을 초래할 위험이 발생한다. 보조금 지급조건에 따르면 이 사건 보조금을 ○○○○채권 이자비용 외에 다른 용도로 사용할 수 없고, 이를 위반시 보조금 교부결정이 취소되며, 보조금에서 발생한 이자수익도 전액 국고로 반납하도록 규정되어 있는 점 등에 비추어 당사자들의 의사는 원고로 하여금 부족자본 ○○○억 원에 대한 차입 이자비용만을 면하게 하는 것에 그치는 것일 뿐이다. 이에 따라 원고도 이사건 보조금을 먼저 계상한 이자비용과 상계하는 방식으로 회계 처리하였고, 결과적으로 부족자본 ○○○억 원에 대한 차입이자 비용을 인식하지 아니하는 결과가 되어, 결국 국가가 직접 ○○○억 원의 부족자본을 무이자로 대여하는 것과 경제적인 실질에서 차이가 없다고 할 것임에도, 원고의 주장에 따르면 보조금의 지원 방식에 따라 법인세과세표준이 달라지는 등 자원배분의 왜곡을 초래할 위험이 있다.

나. 관계 법령

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 전제되는 쟁점의 정리

내국법인이 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액인 자산수증이익 등은 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액(법인세법 제15조 제1항)으로서 원칙적으로 익금에 해당한다. 그런데 법인세법 제18조 제6호, 같은 법 시행령 제18조 제1항 제1호에 의하면, 위 자산수증이익 중 이월결손금의 보전에 충당된 금액은 각 사업연도의 소득금액 계산 시 익금에 산입하지 아니하는 한편, 충당 대상 이월결손금의 발생 시점과 관련하여서는 해당 사업연도 개시 전 10년이라는 일반적인 공제 기간의 제한이 따르지 않는다.

한편 법인세법이 2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정됨에 따라 제18조 제6호의 익금불산입 가능금액에서 국고보조금이 제외되었는데, 위 개정 규정은 2020. 1. 1. 이후개시되는 사업연도 분부터 적용하되 2010. 1. 1. 이전 사업연도에 발생한 결손금은 종전 규정에 따르도록 경과규정을 두고 있다(부칙 제1조, 제2조, 제11조). 따라서 이 사건 2017, 2018 사업연도의 소득금액 계산에서 공제기한이 경과한 이월결손금의 보전에 충당된 금액은 원칙적으로 구 법인세법 제18조 제6호가 적용되어 익금불산입 가능하나, 그 전제로서 이 사건 보조금이 대가관계 없이 취득한 ⁠‘무상으로 받은 자산’에 해당하는지 여부가 다투어지고 있으므로, 이에 관하여 살펴본다.

2) 이 사건 보조금이 ⁠‘무상으로 받은 자산’에 해당하는지 여부

가) ⁠‘무상(無償)으로 받은 자산’의 의미

내국법인이 ⁠‘무상(無償)으로 받은 자산’이란, 수증자산과 같이 대가를 지급하지 아니하고 취득하여 증가된 자산을 의미하는 것으로 해석된다(대법원 1983. 7. 12. 선고 81누86 판결 참조). 위와 같이 ⁠‘대가(代價)를 지급하지 아니한다’는 것은, 상대방의 재산출연과 대가관계가 있는 재산출연을 하지 아니한다는 것이고, 이와 같이 ⁠‘대가관계’가 있는지 여부는 계약의 성립으로부터 채무의 이행까지의 전 과정을 종합적으로 보았을때 당사자들이 상호성이 있는 재산출연을 하는지에 따라 판단되어야 할 것이다.

공급자가 어떠한 공급과 관련하여 재화나 용역을 공급받는 자가 아닌 제3자에게서 금전 또는 금전적 가치가 있는 것을 받는 경우에, 제3자가 지급하는 금전 또는 금전적 가치가 있는 것이 해당 공급과 대가관계에 있는지 여부는 그 지급의 명목과 근거, 이와 관련하여 공급자와 제3자가 추구하는 목적과 동기, 공급자와 제3자 사이의 별도의계약관계 등 법률관계의 존부 및 문제된 금전 등의 지급이 그러한 법률관계에 따른 이

행으로 평가될 수 있는지 등을 비롯한 여러 사정을 종합하여 해당 공급과 직접적 관련

성이 인정될 수 있는지에 따라 판단하여야 한다(대법원 2016. 6. 23. 선고 2014두144

판결의 취지 참조).

나) 이 사건 보조금과 대가관계에 있는 원고의 급부행위가 있었는지 여부

이러한 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 사실 및 증거들에다가 기록 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 주장하는 여러 사정들만으로는 원고의 행위 등과 이 사건 보조금의 교부 사이에 상호간 대가관계를 인정하기 어렵다.

(1) 구 법인세법 하의 실무에서는 기본적으로 국고보조금이 ⁠‘무상(無償)으로 받은 자산’에 포함됨을 전제로 제18조 제6호에 따라 이월결손금 공제가 가능하였다고 보아야개정된 현행법에서 괄호 부분, 즉 ⁠“무상으로 받은 자산의 가액(제36조에 따른 국고보조금등은 제외한다)”는 문구를 추가한 것이나 부칙에서 경과규정을 둔 것이 자연스럽게 이해된다. 보조금 관리에 관한 법률(이하 ⁠‘보조금법’이라 한다) 제2조 제1호에서도 ⁠“보조금”이란 ⁠‘국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(국가재정기금 관리·운용자 포함)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인·단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금을 말한다’고 규정하고 있는바, 그 법문언상 ⁠‘보조금’의 정의 자체에 ⁠‘국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업’에 대하여 ⁠‘반대급부를 받지 아니하고 재정상의 원조를 하기 위해’ 교부하는 급부금, 즉 ⁠‘무상성’을 내포하고 있다.

(2) 피고가 이 사건 보조금 지급의 전제로서 행해졌다고 주장하는 원고의 일련의 행위들, 즉 ① 원고가 신용사업 부문을 물적 분할하여 ⁠‘○○은행을 설립하는 행위’, ②○○은행의 바젤III 규제 충족을 위하여 ⁠‘예금보험공사의○조 ○,○○○억 원의 공적자금을 적격 자본으로 전환하는 행위’, ③ 나머지 부족자본을 조달하는 과정에서 ○○○억 원에 대한 이자비용을 국고보조금으로 보전받기 위해 ⁠‘원고, 조합원 및 임직원 등의 출자행위 등 자구노력을 통해 ○,○○○억 원에 대한 이자비용을 충당하는 행위’가 해양수산부의 이 사건 보조금 지급에 대한 ⁠‘반대급부’로서 행해진 것이라고 볼 수 없다. 오히려 위와

같은 행위들은 원고가 이 사건 보조금 지급의 전제조건을 성취한 것이거나 ○○사업구

조개편을 위한 자신의 업무를 수행한 것일 뿐, 이를 통해 원고가 해양수산부 또는 제3

자에게 어떠한 대가를 지급한 것으로 보기는 어렵다.

(3) 이 사건 보조금은, ㉠ 보조사업의 목적인 ⁠「○○사업구조개편지원」사업비 이외의 용도로 사용할 수 없고, ㉡ 교부신청서상의 자부담액을 우선적으로 집행하되, 수익이 발생하는 경우 반환하여야 하며, ㉢ 보조사업 완료 후 집행한 보조금을 정산·반납할 경우 사용 잔액 및 이자를 함께 반납하여야 하고, ㉣ 교부 목적과 다르게 사용 또는 법령 등에서 정한 교부 목적 등을 위배한 사실이 확인되는 경우에는 보조금 교부 결정취소, 보조금 반환 등의 조치를 취할 수 있다는 등의 보조금 지급에 관한 조건이 부가되어 있다. 국고보조금 교부의 근거가 되는 보조금법 등에서도 유사한 취지의 규정을 두고 있는바, 보조사업의 부정수급 내지 부당한 이익의 수령을 방지하려는 취지에서 마련된 이러한 ⁠‘보조금 집행의 원칙’ 내지 ⁠‘지급조건’이 보조금 교부에 대한 ⁠‘반대급부’내지 ⁠‘대가성 출연행위’로서 행해지는 것이라고 보기는 어렵고, 이러한 부관 내지 조건이 부가되어 있다는 사정만으로 보조금의 무상성이 부정된다고 볼 수도 없다.

3) 소결론

결국, 이 사건 보조금의 성격이 무상으로 받은 자산에 해당한다는 전제에 선 원고의 주장은 타당하고, 이와 전제를 달리하는 피고의 주장은 받아들일 수 없다. 따라서 이 사건 보조금의 자산수증이익 이월결손금 공제 처리에 의한 익금불산입 세무조정을 부인하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로, 모두 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 이미 직권으로 경정·환급된 각 일부 가산세 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 각하할 것이고, 나머지 부분에 대한 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 04. 14. 선고 서울행정법원 2021구합59090 판결 | 국세법령정보시스템