요지

원고가 신고한 부가가치세 과세표준과 세액이 잘못되었다는 사실을 인정할 수 있으므로, 경정청구를 거부한 피고의 처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 11. 26. 원고에 대하여 한 2017년 제2기 부가가치세 54,309,112원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분경위

가. 원고는 2015. 11. 9.부터 OO OO구 OO로 OO에서 AAA식자재도매센터(이하 ⁠‘이 사건 점포’라 한다)라는 상호의 식자재마트를 운영하는 법인이다.

나. 원고는 2017년 제2기 부가가치세 과세대상 매출금액을 4,049,374,037원으로 신고하고 부가가치세 112,666,926원을 납부하였다.

다. 원고는 2019. 10. 11. 2017년 제2기 부가가치세의 현금매출액 등이 과다하게 신고되었다고 주장하며 이 사건 점포의 과세대상 매출금액을 POS시스템상의 수입금액인 3,575,259,999원으로 정정하고, 부가가치세 54,309,112원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다).

라. 피고는 2019. 11. 26. POS시스템(Point of sales management, 판매시점 정보관리)의 출력물만으로는 현금매출을 과다하게 신고하였다고 보기 어렵다는 이유로 이 사건 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 2020. 1. 21. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2020. 12. 17. 원고가 제시하는 POS시스템 상의 현금매출금액이 적정한지 여부, 과·면세 수입금액이 적정하게 계산되었는지 여부 등을 재조사하여 세액을 경정하라는 재조사결정을 하였다.

바. 피고는 2021. 2. 1.부터 2021. 2. 5.까지 현장확인을 실시한 후, 2021. 3. 15. 원고가 제출한 POS시스템의 매출자료 등의 객관성을 인정할 수 없으므로 당초 처분을 유지한다는 취지의 현장확인 결과통지를 하였다.

사. 원고는 이에 불복하여 2021. 6. 11. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 다시 청구하였으나, 조세심판원은 2021. 11. 11. 원고의 청구를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 2017년 제2기 부가가치세를 당초 신고하면서 현금매출을 과다하게 신고하였다. 원고의 2017년 제2기 부가가치세 과세표준은 이 사건 점포의 POS시스템에 의하여 객관적으로 확인이 가능하며, 이 사건 점포의 매출·매입 추이, 면·과세 매출 비율, 현금매출 비중 등에 비추어 보더라도 당초 부가가치세 신고가 잘못되었다는 점이 확인된다. 그럼에도 피고는 근거 없이 이 사건 경정청구를 거부하였으므로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.(별지 생략)

4. 판단

가. 관련 법리

감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사·확인할 의무가 있다. 그러므로 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조). 신고납세방식의 조세에 있어 납세의무자가 신고한 과세표준과 세액이 잘못되었음을 이유로 신고한 과세표준과 세액을 감액 경정하여 줄 것을 과세관청에 청구하는 경우 경정청구 과정에서 당초의 과세표준과 세액의 신고가 잘못된 것임을 뒷받침할 자료를 제출해야 하는 책임은 납세의무자에게 있지만, 납세의무자가 당초 신고한 과세표준 및 세액에 오류가 있다는 사정을 일응 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 밝힌 경우에는 과세관청이 경정청구 사유가 없다는 점을 증명하여야 한다고 봄이 타당하다(대법원 심리불속행 상고기각 판결로 확정된 서울고등법원 2020. 10. 23. 선고 2019누67519 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

갑 제2, 3, 5, 7, 9, 11, 12, 14호증, 을 제5호증의 각 기재 및 변론 전체에 의하여 알 수 있는 아래의 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 당초 2017년 제2기 부가가치세 신고시 과세대상 매출금액을 과다하게 산정하여 2017년 제2기 부가가치세 54,309,112원 상당을 과다하게 신고·납부한 사실이 일응 인정되고, 피고가 주장하는 사정만으로는 원고가 경정청구한 위 금액이 과다하게 산정되었다는 등의 오류가 있다는 점을 인정하기에 부족하므로, 이 사건 경정청구는 그 사유가 존재한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 주장은 이유 있다.

1) 원고가 당초 신고한 2017년 제2기 부가가치세 신고서와 경정청구한 2017년 제2기 부가가치세 과세표준은 아래 표 기재와 같다. 원고는 담당직원의 업무미숙으로 인하여 과세매출과 면세매출 모두 과다신고 하였다고 주장하고 있으며, 과세·면세매출 모두 세금계산서, 계산서, 신용카드 등에 의하여 증빙이 이루어지지 않는 단순 현금매출항목이 과다신고된 것이라고 주장한다.

(이하 ⁠‘표’ 생략)

2) 원고는 POS시스템을 통해 이 사건 점포의 매입·매출 정보를 기록·관리하였고 POS시스템 외에 매입·매출 정보를 기록·관리하는 다른 장부는 작성되지 않은 것으로 보인다. 이 사건 점포의 POS시스템에는 이 사건 점포에서 매일 발생하는 과세매출 및 면세매출, 현금, 신용카드, 외상매출 등이 세분되어 아래와 같이 기록·관리된다.

(이하 ⁠‘그림’ 생략)

3) POS시스템에 기록되는 매출항목 중 세금계산서, 계산서, 현금영수증이 발행되는 현금매출과 신용카드매출은 국세청에서 상호 검증이 가능하므로, 원고로서는 POS시스템에 기록된 내용 그대로 신고할 수밖에 없다. 따라서 POS시스템에 기록된 매출 항목 중 세금계산서, 계산서, 현금영수증이 발행되는 현금매출 및 신용카드매출 항목은 신뢰할 수 있는 자료에 해당한다.

4) 반면에 POS시스템에 기록되는 현금매출 항목 중 세금계산서, 계산서, 현금영수증이 발행되지 아니하는 단순 현금매출의 경우 검증이 가능한 객관적인 자료가 없고 POS시스템의 인위적 수정가능성을 배제할 수 없으므로, POS시스템에 기록된 내용을 무조건 신뢰할 수는 없으며, 이 사건 점포에서 발생한 매출과 매입 추이, 현금매출과 신용카드 매출의 비율, 원고의 법인계좌의 입금된 현금내역, 과세매출과 면세매출 비율 등을 종합적으로 검토하여 이 사건 점포의 POS시스템에 기록된 단순 현금매출 항목이 신뢰할 수 있는 자료에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다.

5) 이 사건의 경우 POS시스템에 기록된 단순 현금매출 항목도 신뢰할 수 있는 것으로 보이는데, 그 이유는 아래와 같다. 따라서 이 사건 점포의 POS시스템에 기록된 매출정보는 신뢰할 수 있는 장부 내지 이와 관련된 증거자료에 해당한다.

가) 원고는 이 사건 점포의 경우 익일에 일일 마감을 하고 전일 발생한 현금매출액에서 현금 지출액을 공제한 나머지 금액을 원고의 법인계좌에 입금하는 방식으로 운영하였다고 주장한다. 원고의 주장에 의하면 POS시스템에 기록된 현금매출액에서 현금지출액을 뺀 나머지 금액이 법인계좌에 입금된 금액과 같아야 하는데, POS시스템 출력본에 기재된 현금매출액, 지출액을 수기로 기재한 정산표 및 그 정산표를 전자적 방법으로 정리한 엑셀파일, 원고의 법인계좌에 입금된 내역을 비교하면, POS시스템에 기록된 현금매출액에서 지출액을 뺀 나머지 금액과 법인계좌에 입금된 금액이 일치함을 알 수 있다.

나) 원고가 당초 신고한 2017년 제2기 부가가치세 과세표준에 의하면, 원고의 2017년 3/4분기 현금매출액은 2,137,002,065원, 2017년 4/4분기 현금매출액은 2,322,686,228원, 합계 약 44억 원에 이른다. 그런데 원고의 법인계좌에는 2017년 3/4 분기에 743,481,100원이, 2017년 4/4분기에는 687,744,470원, 합계 약 14억 원이 입금되었는데, 원고가 당초 신고한 2017년 제2기 부가가치세 내역이 사실이라면, 2017년에 약 30억 원이 넘는 거액의 현금이 법인계좌에 입금되지 않고 외부로 유출되었다는 결론에 이르게 된다. 이 사건과 관련하여 원고의 임직원이 형사처벌을 받았거나 사외유출과 관련된 과세처분이 있었다는 증거가 없는 점, 2017년 1/4분기부터 4/4분기에 발생한 신용카드 매출의 규모는 일정함에 반하여 2017년 3/4분기, 4/4분기의 현금매출만이 갑자기 크게 증가하는 것은 이례적인 일로 보이는 점, 설령 이와 같은 이례적인 현금매출의 증가가 있었다 하더라도 원고가 이를 매출세액으로 모두 신고한 다음 지금처럼 다시 경정청구를 한다는 것은 쉽게 납득이 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 당초 2017년 제2기 부가가치세 신고내역은 그 계산에 오류가 있었다고 봄이 합리적이다.

다) 이 사건 점포의 2016년부터 2019년도까지의 과세매출, 면세매출액, 과세매출과 면세매출이 총 매출에서 차지하는 비율은 아래 표 기재와 같다.

(이하 ⁠‘표’ 생략)

위와 같은 원고의 매출 추이를 통해 알 수 있는 다음의 사정들, 즉 ① 당초 신고한 2017년 제2기의 매출액이 다른 연도와 비교하여 현격한 차이를 보이고 있는 점, ② 당초 신고한 내역에 의하면 2017년 제1기와 비교하여 단기간에 약 34억 원의 매출 상승이 발생하였는데, 식자재 마트의 특성상 특정 기간에만 매출이 상승할 별다른 이유가 없는 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 점포의 면세매출은 미가공식료품, 식용으로 제공되는 농산물, 축산물 등으로 이루어지는데(부가가치세법 제26조 제1항), 원고가 당초 신고한 2017년 제2기만 면세매출액이 다른 해와 비교하여 유난히 높은 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 당초 신고한 2017년 제2기 부가가치세 과세표준은 실제 매출에 기초한 것으로 보기 어렵다.

반면에 원고가 경정청구한 2017년 제2기 부가가치세 과세표준은 총매출액이나 과세·면세매출의 규모와 비율 등이 다른 연도와 큰 차이를 보이지 않고 평균적인 수준을 보이는바, 이러한 점에 비추어 볼 때 당초 신고 내역보다는 이 사건 경정청구가 신빙성이 높다고 판단된다.

라) 이 사건 점포의 2016년부터 2019년도까지의 매출액과 매입액은 아래 표 기재와 같다.

(이하 ⁠‘표’ 생략)

이를 보면, 2016년부터 2019년까지 이 사건 점포에서 발생한 매입 규모는 비교적 일정한 반면 원고가 당초 신고한 2017년 제2기의 매출만이 큰 폭으로 상승한 것이 확인된다. 식자재마트의 특성상 매출이 높아질 경우에는 매입도 매출에 비례하여 상승하는 모습을 보여야 할 것이나, 이 사건 점포의 경우 매입과는 관계없이 매출만이 크게 상승한 결과를 보이고 있는바, 이를 보더라도 원고가 당초 신고한 2017년 제2기 부가가치세 신고내역에는 오류가 있었다고 봄이 타당하다. 더구나 전단계 세액공제법을 취하는 현행 부가가치세법상 매출세액만 급격히 증가되고 매입세액은 전기에 비해 별다른 변화가 없다는 것은 결국 매입거래에서 원고가 세금계산서를 그만큼 발급받지 않았다는 것인데 이는 쉽사리 설명이 되지 않는다.

마) 원고는 이 사건 점포의 POS시스템 자료를 바탕으로 매년 법인세와 부가가치세를 신고·납부하여 왔는데, 피고가 다른 연도에도 이 사건 점포의 POS시스템의 신빙성을 의심하며 세무조사를 하거나 신고내역과 다른 과세처분을 하였다는 사정은 보이지 않는다. 피고의 주장이 타당하려면 그 이전이나 이후의 현금매출액 신고에 탈루가 있다는 입증이 있어야 한다.

6) 위와 같이 이 사건 점포의 POS시스템에 기록된 현금매출 정보는 신뢰할 수 있는 과세자료에 해당하므로, 원고는 당초 신고한 과세표준 및 세액에 오류가 있고 POS시스템에 기초한 이 사건 경정청구가 타당하다는 점을 일응 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 밝혔다고 볼 수 있다.

7) 이에 대하여 피고는, 원고가 POS시스템 현금매출 항목을 수정하고 현금 중 일부만을 법인계좌에 입금한 것이라면 POS시스템, 정산표, 법인계좌를 대조하는 것은 아무런 의미가 없다고 주장을 하나, 원고가 POS시스템을 조작하였다는 증거는 없고, 위에서 본 이 사건 점포의 매입·매출 추이, 현금 매출액과 신용카드 매출액 비율, 과·면세매출 비율 등 여러 사정들에 비추어 볼 때 원고가 POS시스템을 사후적으로 조작하고 조작한 금액만을 법인계좌에 입금하였을 가능성은 낮은 것으로 보이므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

또한 피고는, 원고가 경정청구한 2017년 제2기의 경우 면세매출에 대한 면세부가율이 지나치게 낮으므로, POS시스템을 신뢰할 수 없다고 주장하나, 피고가 제출한 부가율 비교표(을 제6호증)에 의하면 2016년 1기 예정 과세기간에 면세부가율이 –5.2%를, 2020년 2기 예정 과세기간에 면세부가율이 6.3%를 보이고 있어 원고가 경정청구한 2017년 제2기의 면세부과율(2017년 2기 예정 5.9%, 2017년 2기 확정 0.0%5))이 지나치게 낮다고 단정하기 어렵고, 오히려 당초 신고한 2017년 제2기 면세부가율(2017년 2기 예정 48.3%, 2017년 2기 확정 48.9%)이 다른 연도와 비교하여 지나치게 높은 것으로 보이므로, 면세부가율만으로는 이 사건 점포의 POS시스템을 믿을 수 없다고 볼 것은 아니다.

그밖에 피고는, 원고가 경정청구한 2017년 제2기 부가가치세 신고내역에 따르면 2017년 4/4분기 면세매출 중 단순 현금매출이 0원이 되는 결과가 발생하므로, 원고의 POS시스템을 믿을 수 없다고 주장한다. 그러나 2017년 4/4분기 면세매출 중 단순 현금매출이 0원이 된다는 결과가 기재된 을 제7호증(단순 현금매출에 대한 당초신고와 수정신고 비교)은 이 사건 점포의 과세매출과 면세매출을 정확하게 반영한 자료가 아닌 것으로 보이는 점, 을 제7호증의 기재에 의하면 2017년 제2기 면세매출 중 현금매출은 피고의 주장과 달리 0원이 아닌 -130,103원(= 총 매출 1,439,186원 – 계산서 247,898원 - 신용카드 등 1,321,391원)인 것으로 보이는데, 이는 중복 발급된 계산서 등의 취소로 인한 결과일 가능성이 있는 점, 2017년 4/4분기 외에 다른 연도에도 면세매출 중 현금매출이 -(음수)로 나오는 경우가 있는 점 등에 비추어 볼 때, 피고의 위 주장도 이유 없다.

8) 따라서 피고는 원고가 들고 있는 사유가 경정청구 사유가 되지 못하는 점에 대하여 증명을 하지 못하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대구지방법원 2022. 11. 16. 선고 대구지방법원 2022구합20541 판결 | 국세법령정보시스템