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상속세 및 증여세법 시행령 부칙 3조 1항 적용범위와 주식보유기준 위반 가산세 부과

서울고등법원 2021누65820
판결 요약
2008년 개정 상속세 및 증여세법 시행령 부칙 제3조 제1항은 시행일 전부터 보유하던 공익법인 주식에는 강화된 성실공익법인 요건을 적용하지 않는다고 서울고법은 판결하였습니다. 기존 주식에 대한 주식보유기준 위반 가산세는 개정 이전 요건에 따라 판단해야 합니다.
#공익법인 #주식보유기준 #가산세 #상증세법 #시행령 부칙
질의 응답
1. 2008년 개정 시행령 이전에 보유하던 공익법인 주식에 새로운 성실공익법인 요건이 적용되는지?
답변
시행령 시행일 전부터 보유한 주식에는 강화된 성실공익법인 요건이 적용되지 않습니다.
근거
서울고등법원-2021-누-65820 판결은 부칙 제3조 제1항의 명문 규정상 기존 보유 주식에는 개정 요건이 적용되지 않는다고 판시하였습니다.
2. 공익법인의 주식보유비율 위반에 대한 가산세 부과 기준은 무엇을 따라야 하나요?
답변
강화된 요건은 시행령 시행 이후 최초로 출연·취득한 주식에만 적용됩니다. 기존 보유분은 개정 전 기준이 적용됩니다.
근거
서울고등법원-2021-누-65820 판결은 시행령의 입법형식과 체계, 부칙 규정의 명확성에 따라 기존 보유 주식은 개정 전 기준이 적용됨을 확인하였습니다.
3. 이 판례의 적용범위에 대해 과세관청과 납세자가 특별히 주의해야 할 점은?
답변
출연·취득 시점에 따라 요건 적용 여부가 달라지므로, 주식의 보유 시기를 입증할 수 있도록 관련 자료를 확보해야 합니다.
근거
서울고등법원-2021-누-65820 판결은 주식 출연시기 규명이 요건 적용의 결정적 기준임을 판시하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

(제1심 판결과 같음) 2008년 개정 상속세및증여세법 시행령 부칙 제3조 제1항의 명문규정상 위 시행령의 시행일 전부터 보유하던 주식에 대하여는 강화된 성실공익법인 요건은 적용되지 않는다고 보아야 한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2021누65820 증여세(주식보유기준위반 가산세) 부과처분 취소

원고, 피항소인

AA

피고, 항소인

○○세무서장

제1심판결

서울행정법원 2021. 10. 5. 선고 2020구합77435 판결

변 론 종 결

2022. 7. 8.

판 결 선 고

2022. 8. 19.

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2019. 2. 15. 원고에 대하여 한 2009년 2월 귀속 증여세(주식보유기준위반 가산세) 2,375,645,190원의 부과처분 및 2020. 2. 3. 원고에 대하여 한 2010년 2월 귀속 증여세(주식보유기준위반 가산세) 2,489,511,140원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

피고가 이 법원에서 항소이유로 주장하는 내용은, 제1심에서의 주장 내용과 크게 다르지 아니한바, 피고의 주장을 관련 법리와 제1심 및 이 법원에 제출된 증거와 함께 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다.

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 쓸 이유는, 아래 2.항 기재와 같이 해당 부분을 추가하거나 고쳐 쓰는 외에는, 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로(별지 포함), 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 추가하거나 고쳐 쓰는 부분

○ 제1심판결문 제11쪽 제21행의 ⁠“이 사건 부칙 제3조 제항” 부분을 ⁠“이 사건 부칙 제3조 제1항”으로 고친다.

○ 제1심판결문 제12쪽 제3행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『⑤ 상증세법 시행령은 2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전에 상증세법 시행령 제42조 제1항의 성실공익법인 요건을 개정하면서 아래와 같이 부칙에서 개정된 성실공익법인의 규정을 ⁠‘이 영 시행 후 최초로 개시되는 당해공익법인의 사업연도 분부터’ 또는 ⁠‘이 영 시행 후 최초로 상속세 또는 증여세를 결정하는 분부터’ 각 적용한다고 하여, 개정된 규정들이 주식의 출연시기에 관계없이 적용됨을 분명하게 알 수 있도록 하였다. 만약 주식 출연시기에 관계없이 2008년 개정 시행령 해당 조항이 적용되는 부칙 조항을 두려하였다면, 이 사건 부칙 제3조 제1항을 다른 부칙 조항들과 유사한 방식으로 규정하는 것이 충분히 가능하였던 것으로 보인다.

⑥ 피고는, 이 사건 부칙 제3조 제1항은 공익법인이 주식 등을 새로이 출연·취득하여 구 상증세법 제16조 제2항, 제48조 제1항, 제48조 제2항 제2호의 적용이 문제되는 경우에 개정규정의 적용범위 내지 적용시점을 명확히 정한 것이고, 기존 주식 등의 보유에 관한 개정규정의 적용례를 정한 것이 아니라는 취지로 주장한다.

그러나 앞서 본 사정에다가 다음과 같은 이유를 보태어 보면, 이 사건 부칙 제3조 제1항의 ⁠‘제42조 개정규정’ 부분이 구 상증세법 제16조 제2항, 제48조 제1항, 제2항 해당 여부의 판단에 관한 적용례를 한정하여 규정한 것이라고 볼 수는 없다. 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

㉠ 2007. 12. 31. 개정된 구 상증세법 제49조 및 제78조 제4항은 개정 전의 종전 규정과 그 내용이 동일하게 규정되어 있고, 2008년 개정 시행령 제42조를 통해 구 상증세법 제49조 제1항에 따른 주식보유기준(5% 초과보유 금지)의 적용이 제외되는 공익법익의 요건을 강화하면서 이 사건 부칙 제3조 제1항에서 개정규정의 적용례를 규정하고 있다.

㉡ 공익법인의 주식 등 출연․취득 제한을 완화한 2007. 12. 31. 개정된 구 상증세법 제16조 제2항, 제48조 제1항, 제2항의 적용과 관련하여 법률 개정으로 인하여 발생될 수 있는 상속세 또는 증여세 과세가액의 산입 또는 증여세 부과 여부에 대하여 별도로 제48조 제11항의 규정과 부칙 제3조를 두어 이를 규율하고 있는 반면, 구 상증세법 제49조 제1항의 주식보유기준(5% 초과보유 금지)의 예외에 해당하는 공익법인의 요건을 강화한 2008년 개정 시행령 제42조에 따라 구 상증세법 제49조 제1항 단서에 따른 공익법인에 해당하지 않게 되는 경우 구 상증세법 제78조 제4항의 적용, 즉 그 공익법인에 대하여 주식보유기준 위반으로 인한 가산세를 부과할 것인지에 대하여는 이 사건 부칙 제3조 제1항 외에는 별도의 규정을 두고 있지 않다.

㉢ 이 사건 부칙은 제2조에서 2008년 개정 시행령의 일반적인 적용례를 규정하면서 제3조 내지 제8조에서 개별 개정규정에 대한 적용례를 규정하는데, 이 사건 부칙 제3조 제1항의 문언 내용에 따르면, 2008년 개정 시행령 제42조를 비롯하여 성실공익법인의 요건을 강화한 위 시행령 제13조 제3항, 제5항 등의 개정규정을 열거하면서 ⁠‘이 법 시행 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 취득하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있을 뿐이어서, 피고의 주장과 같이 위 시행령 제42조 개정규정이 구 상증세법 제16조 제2항, 제48조 제1항, 제2항 해당 여부의 판단에 관한 적용례로 한정하여 규정한 것으로 단정하기 어렵다. 오히려 그 입법 형식과 체계 등에 비추어 볼 때, 입법자가 피고의 주장과 같은 의도로 개정을 하는 취지라면 이 사건 부칙 제3조 제1항에서 위 시행령 제42조의 개정규정 부분을 열거하지 아니하거나 위 시행령 제42조 개정규정의 시행에 따라 구 상증세법 제49조 제1항 단서에 따른 공익법인에 해당하지 않게 되는 경우에 초과보유주식에 대한 가산세 부과에 관한 별도의 적용례 또는 강화된 성실공익법인의 요건에 관한 유예규정 등을 두는 방식으로 개정규정의 취지와 적용범위를 명확하게 하였을 것으로 보인다.

㉣ 이와 같은 이 사건 부칙 제3조 제1항의 문언 내용과 입법 형식 등에 비추어 보면, 이 사건 부칙 제3조 제1항은 2008년 개정 시행령 제42조를 포함한 개정규정 자체에 대한 적용시기와 적용범위를 정한 것으로 해석하는 것이 그 문언에 합치되고, 이를 확장해석이나 유추해석에 해당한다고 볼 수도 없다.

㉤ 또한 2007. 12. 31. 개정된 구 상증세법 제16조, 제48조는 공익법인에 대한 주식 등의 출연을 활성화하기 위하여 회계 등이 투명한 공익법인의 주식보유에 대한 세제상 제한을 완화하기 위하여 도입된 규정인 반면, 구 상증세법 제49조, 제78조 제4항은 공익법인이 동일 종목을 기준으로 5%를 초과하여 보유하는 주식에 대하여 일정한 기간 내에 다른 종목 주식으로 대체하여 분산 보유하도록 1996. 12. 30. 개정을 통해 도입된 규정으로서, 공익법인의 주식보유기준을 초과하여 보유한 주식에 대하여 그 보유에 따른 가산세를 부과하기 위한 것이고, 구 상증세법 제49조 제1항 단서에 해당하는 공익법인에 대하여는 주식보유기준(5% 초과 보유 금지)의 예외를 인정한 것으로서 구 상증세법 제16조, 제48조와는 입법취지, 과세 대상 등을 달리한다. 따라서 이 사건 부칙 제3조 제1항을 피고의 주장과 같이 해석하지 아니하더라도 구 상증세법 제49조 제1항과 2008년 개정 시행령 제42조의 입법취지가 몰각된다고 볼 수도 없다.』

○ 제1심판결문 제17쪽 제22행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의2에 해당하는 경우에는 제78조제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.

2. 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조제1항 각호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인등이 당해 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 ⁠「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우에는 그러하지 아니하다.

가. 취득당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

나. 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용한 경우

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금 등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우

4의 2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

5. 기타 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업의 운용에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우

⑪ 공익법인등의 주식등의 출연·취득 및 보유와 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제16조제2항 각 호 외의 부분 본문 또는 제48조제1항에 따라 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

1. 성실공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연(출연받은 재산으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 성실공익법인등에 해당하지 아니하게 된 경우

2. 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서 또는 제48조제2항제2호 단서에 따른 공익법인등이 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공익법인등에 해당하지 아니하게 되거나 해당 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 경우

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2022. 08. 19. 선고 서울고등법원 2021누65820 판결 | 국세법령정보시스템

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상속세 및 증여세법 시행령 부칙 3조 1항 적용범위와 주식보유기준 위반 가산세 부과

서울고등법원 2021누65820
판결 요약
2008년 개정 상속세 및 증여세법 시행령 부칙 제3조 제1항은 시행일 전부터 보유하던 공익법인 주식에는 강화된 성실공익법인 요건을 적용하지 않는다고 서울고법은 판결하였습니다. 기존 주식에 대한 주식보유기준 위반 가산세는 개정 이전 요건에 따라 판단해야 합니다.
#공익법인 #주식보유기준 #가산세 #상증세법 #시행령 부칙
질의 응답
1. 2008년 개정 시행령 이전에 보유하던 공익법인 주식에 새로운 성실공익법인 요건이 적용되는지?
답변
시행령 시행일 전부터 보유한 주식에는 강화된 성실공익법인 요건이 적용되지 않습니다.
근거
서울고등법원-2021-누-65820 판결은 부칙 제3조 제1항의 명문 규정상 기존 보유 주식에는 개정 요건이 적용되지 않는다고 판시하였습니다.
2. 공익법인의 주식보유비율 위반에 대한 가산세 부과 기준은 무엇을 따라야 하나요?
답변
강화된 요건은 시행령 시행 이후 최초로 출연·취득한 주식에만 적용됩니다. 기존 보유분은 개정 전 기준이 적용됩니다.
근거
서울고등법원-2021-누-65820 판결은 시행령의 입법형식과 체계, 부칙 규정의 명확성에 따라 기존 보유 주식은 개정 전 기준이 적용됨을 확인하였습니다.
3. 이 판례의 적용범위에 대해 과세관청과 납세자가 특별히 주의해야 할 점은?
답변
출연·취득 시점에 따라 요건 적용 여부가 달라지므로, 주식의 보유 시기를 입증할 수 있도록 관련 자료를 확보해야 합니다.
근거
서울고등법원-2021-누-65820 판결은 주식 출연시기 규명이 요건 적용의 결정적 기준임을 판시하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

(제1심 판결과 같음) 2008년 개정 상속세및증여세법 시행령 부칙 제3조 제1항의 명문규정상 위 시행령의 시행일 전부터 보유하던 주식에 대하여는 강화된 성실공익법인 요건은 적용되지 않는다고 보아야 한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2021누65820 증여세(주식보유기준위반 가산세) 부과처분 취소

원고, 피항소인

AA

피고, 항소인

○○세무서장

제1심판결

서울행정법원 2021. 10. 5. 선고 2020구합77435 판결

변 론 종 결

2022. 7. 8.

판 결 선 고

2022. 8. 19.

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2019. 2. 15. 원고에 대하여 한 2009년 2월 귀속 증여세(주식보유기준위반 가산세) 2,375,645,190원의 부과처분 및 2020. 2. 3. 원고에 대하여 한 2010년 2월 귀속 증여세(주식보유기준위반 가산세) 2,489,511,140원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

피고가 이 법원에서 항소이유로 주장하는 내용은, 제1심에서의 주장 내용과 크게 다르지 아니한바, 피고의 주장을 관련 법리와 제1심 및 이 법원에 제출된 증거와 함께 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다.

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 쓸 이유는, 아래 2.항 기재와 같이 해당 부분을 추가하거나 고쳐 쓰는 외에는, 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로(별지 포함), 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 추가하거나 고쳐 쓰는 부분

○ 제1심판결문 제11쪽 제21행의 ⁠“이 사건 부칙 제3조 제항” 부분을 ⁠“이 사건 부칙 제3조 제1항”으로 고친다.

○ 제1심판결문 제12쪽 제3행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『⑤ 상증세법 시행령은 2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전에 상증세법 시행령 제42조 제1항의 성실공익법인 요건을 개정하면서 아래와 같이 부칙에서 개정된 성실공익법인의 규정을 ⁠‘이 영 시행 후 최초로 개시되는 당해공익법인의 사업연도 분부터’ 또는 ⁠‘이 영 시행 후 최초로 상속세 또는 증여세를 결정하는 분부터’ 각 적용한다고 하여, 개정된 규정들이 주식의 출연시기에 관계없이 적용됨을 분명하게 알 수 있도록 하였다. 만약 주식 출연시기에 관계없이 2008년 개정 시행령 해당 조항이 적용되는 부칙 조항을 두려하였다면, 이 사건 부칙 제3조 제1항을 다른 부칙 조항들과 유사한 방식으로 규정하는 것이 충분히 가능하였던 것으로 보인다.

⑥ 피고는, 이 사건 부칙 제3조 제1항은 공익법인이 주식 등을 새로이 출연·취득하여 구 상증세법 제16조 제2항, 제48조 제1항, 제48조 제2항 제2호의 적용이 문제되는 경우에 개정규정의 적용범위 내지 적용시점을 명확히 정한 것이고, 기존 주식 등의 보유에 관한 개정규정의 적용례를 정한 것이 아니라는 취지로 주장한다.

그러나 앞서 본 사정에다가 다음과 같은 이유를 보태어 보면, 이 사건 부칙 제3조 제1항의 ⁠‘제42조 개정규정’ 부분이 구 상증세법 제16조 제2항, 제48조 제1항, 제2항 해당 여부의 판단에 관한 적용례를 한정하여 규정한 것이라고 볼 수는 없다. 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

㉠ 2007. 12. 31. 개정된 구 상증세법 제49조 및 제78조 제4항은 개정 전의 종전 규정과 그 내용이 동일하게 규정되어 있고, 2008년 개정 시행령 제42조를 통해 구 상증세법 제49조 제1항에 따른 주식보유기준(5% 초과보유 금지)의 적용이 제외되는 공익법익의 요건을 강화하면서 이 사건 부칙 제3조 제1항에서 개정규정의 적용례를 규정하고 있다.

㉡ 공익법인의 주식 등 출연․취득 제한을 완화한 2007. 12. 31. 개정된 구 상증세법 제16조 제2항, 제48조 제1항, 제2항의 적용과 관련하여 법률 개정으로 인하여 발생될 수 있는 상속세 또는 증여세 과세가액의 산입 또는 증여세 부과 여부에 대하여 별도로 제48조 제11항의 규정과 부칙 제3조를 두어 이를 규율하고 있는 반면, 구 상증세법 제49조 제1항의 주식보유기준(5% 초과보유 금지)의 예외에 해당하는 공익법인의 요건을 강화한 2008년 개정 시행령 제42조에 따라 구 상증세법 제49조 제1항 단서에 따른 공익법인에 해당하지 않게 되는 경우 구 상증세법 제78조 제4항의 적용, 즉 그 공익법인에 대하여 주식보유기준 위반으로 인한 가산세를 부과할 것인지에 대하여는 이 사건 부칙 제3조 제1항 외에는 별도의 규정을 두고 있지 않다.

㉢ 이 사건 부칙은 제2조에서 2008년 개정 시행령의 일반적인 적용례를 규정하면서 제3조 내지 제8조에서 개별 개정규정에 대한 적용례를 규정하는데, 이 사건 부칙 제3조 제1항의 문언 내용에 따르면, 2008년 개정 시행령 제42조를 비롯하여 성실공익법인의 요건을 강화한 위 시행령 제13조 제3항, 제5항 등의 개정규정을 열거하면서 ⁠‘이 법 시행 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 취득하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있을 뿐이어서, 피고의 주장과 같이 위 시행령 제42조 개정규정이 구 상증세법 제16조 제2항, 제48조 제1항, 제2항 해당 여부의 판단에 관한 적용례로 한정하여 규정한 것으로 단정하기 어렵다. 오히려 그 입법 형식과 체계 등에 비추어 볼 때, 입법자가 피고의 주장과 같은 의도로 개정을 하는 취지라면 이 사건 부칙 제3조 제1항에서 위 시행령 제42조의 개정규정 부분을 열거하지 아니하거나 위 시행령 제42조 개정규정의 시행에 따라 구 상증세법 제49조 제1항 단서에 따른 공익법인에 해당하지 않게 되는 경우에 초과보유주식에 대한 가산세 부과에 관한 별도의 적용례 또는 강화된 성실공익법인의 요건에 관한 유예규정 등을 두는 방식으로 개정규정의 취지와 적용범위를 명확하게 하였을 것으로 보인다.

㉣ 이와 같은 이 사건 부칙 제3조 제1항의 문언 내용과 입법 형식 등에 비추어 보면, 이 사건 부칙 제3조 제1항은 2008년 개정 시행령 제42조를 포함한 개정규정 자체에 대한 적용시기와 적용범위를 정한 것으로 해석하는 것이 그 문언에 합치되고, 이를 확장해석이나 유추해석에 해당한다고 볼 수도 없다.

㉤ 또한 2007. 12. 31. 개정된 구 상증세법 제16조, 제48조는 공익법인에 대한 주식 등의 출연을 활성화하기 위하여 회계 등이 투명한 공익법인의 주식보유에 대한 세제상 제한을 완화하기 위하여 도입된 규정인 반면, 구 상증세법 제49조, 제78조 제4항은 공익법인이 동일 종목을 기준으로 5%를 초과하여 보유하는 주식에 대하여 일정한 기간 내에 다른 종목 주식으로 대체하여 분산 보유하도록 1996. 12. 30. 개정을 통해 도입된 규정으로서, 공익법인의 주식보유기준을 초과하여 보유한 주식에 대하여 그 보유에 따른 가산세를 부과하기 위한 것이고, 구 상증세법 제49조 제1항 단서에 해당하는 공익법인에 대하여는 주식보유기준(5% 초과 보유 금지)의 예외를 인정한 것으로서 구 상증세법 제16조, 제48조와는 입법취지, 과세 대상 등을 달리한다. 따라서 이 사건 부칙 제3조 제1항을 피고의 주장과 같이 해석하지 아니하더라도 구 상증세법 제49조 제1항과 2008년 개정 시행령 제42조의 입법취지가 몰각된다고 볼 수도 없다.』

○ 제1심판결문 제17쪽 제22행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의2에 해당하는 경우에는 제78조제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.

2. 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조제1항 각호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인등이 당해 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 ⁠「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우에는 그러하지 아니하다.

가. 취득당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

나. 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용한 경우

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금 등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우

4의 2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

5. 기타 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업의 운용에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우

⑪ 공익법인등의 주식등의 출연·취득 및 보유와 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제16조제2항 각 호 외의 부분 본문 또는 제48조제1항에 따라 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

1. 성실공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연(출연받은 재산으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 성실공익법인등에 해당하지 아니하게 된 경우

2. 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서 또는 제48조제2항제2호 단서에 따른 공익법인등이 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공익법인등에 해당하지 아니하게 되거나 해당 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 경우

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2022. 08. 19. 선고 서울고등법원 2021누65820 판결 | 국세법령정보시스템