요지

원고의 이 사건 주택은 조정지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택에 해당하는바 중과세율 및 장기보유특별공제 배제 처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

  피고가 2020. 9. 1. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 160,618,620원의 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 2018. 4. 27. 서울 **구 **동 주택(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라한다)을 1,550,000,000원에 양도(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다)하고, 이 사건 주택이 1세대 1주택인 고가주택에 해당함을 전제로 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한양도차익 264,584,319원에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 2018. 5. 8. 피고에게 2018년 귀속 양도소득세 6,880,047원을 신고․납부하였다.

  나. 원고와 원고의 처 BBB은 이 사건 양도 당시 조정대상지역에 있는 이 사건 주택 외에도 아래 표 순번 2, 3, 4번 주택(이하 ⁠‘이 사건 임대주택’이라 한다)과 아래 표 순번 5번 주택(이하 ⁠‘이 사건 대체주택’이라 한다)을 소유하고 있었다.

  다. 원고와 BBB은 2018. 3.경 피고에게 부동산업(주택임대업) 사업자등록을 하고, 그 무렵 용인시장에게 이 사건 임대주택을 민간임대주택으로 하여 민간임대주택에 관한 특별법 제5조, 같은 법 시행령 제4조 제5항, 같은 법 제2조 제4항에 따른 임대 사업자등록을 하였다.

  라. 피고는 2020. 9. 1. 원고에 대하여, 원고와 BBB이 이 사건 양도 당시 이 사건 임대주택 및 대체주택을 포함하여 1세대 3주택 이상의 주택을 소유하고 있는 상태에서조정대상지역에 있는 이 사건 주택을 9억 원을 초과하여 양도하였다는 이유로, 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항본문, 제104조 제7항 등에 따라 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익 264,584,319원에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에20%를 더한 중과세율을 적용하여, 2018년 귀속 양도소득세 160,618,620원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

   마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 4. 21. 심판청구를 기각하였다.

   [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1~5호증(가지번호 포함), 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고 주장의 요지

   원고와 BBB은 이 사건 양도 당시 이 사건 주택 이에 이 사건 임대주택 및 대체 주택을 보유하고 있었으나, 이 사건 주택을 취득한 날로부터 1년이 지난 후 이 사건 대체주택을 취득하고 그로부터 2년 이내에 이 사건 주택을 양도하였으며, 이 사건 임대주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에서 정한 장기임대주택의 요건을 갖추었으므로, 이 사건 주택은 소득세법 시행령 제155조 제1항 및 제20항이 적용되어 1세대 1주택으로 의제된다.

   따라서 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익에 대하여는 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 하고, 소득세법 제95조 제2항 단서(표 2), 소득세법 시행령 제159조의3 괄호 부분 규정에 따라 장기보유특별공제 대상이 되므로, 이 사건 처분은 위법하다.

  나. 관계 법령 및 쟁점 등

   1) 관계 법령은 별지 기재와 같다.

   2) 조정대상지역 내에 있는 이 사건 주택 양도 당시 원고와 원고의 처 BBB은 이사건 주택과 장기임대주택인 이 사건 임대주택을 보유한 상황에서, 2018. 4. 2. 이 사건 대체주택을 취득함으로써 일시적 2주택을 보유하였던 것이므로, 그로부터 3년 이내에 이루어진 이 사건 양도는 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1항, 제20항에 따라 1세대 1주택으로 의제되는 경우에 해당한다.

   그러나 이 사건 주택은 양도가액이 1,550,000,000원으로 구 소득세법 시행령 제156조에서 정한 ⁠‘고가주택’에 해당하므로, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호의 괄호 부분에 따라 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익에 대해서는 양도 소득세가 부과되게 된다.

  여기서 장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자의 이 사건 양도에 대하여, 구 소득세법 제104조 제7항 제3호의 1세대 3주택 중과세율 적용 여부와 구 소득세법 제95조 제2항 단서, 제3항의의 장기보유특별공제 적용 여부가 이 사건의 쟁점이다.

   3) 한편 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

  다. 1세대 3주택 중과세율 적용 여부

   1) 관련 규정의 내용과 체계

    양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조(양도소득세의 세율)에 따라 계산하게 되는데, 토지 또는 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호).

    그리고 구 소득세법 시행령 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)제1항은, 법 제104조 제7항 제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당 하는 주택”이란 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다.

    한편, 구 소득세법 시행령 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) 제1항은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ⁠‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․ 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제8호에서 일시적 2주택의 경우 종전 주택 등을 들고 있다.

   2) 관련 규정의 해석

    관련 규정의 문언 및 체계에 의하면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정하게 되는데, 1세대가 소유하는 주택수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 법문상 거주자가 실제 소유하는 모든 주택이 주택의 수를 계산할 때에 포함되고, 다만 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만이 주택 수 산정에서 제외될 뿐이다. 이와 달리 구 소득세법 제89조 제1항 제3호의 위임에 따라 ⁠‘비과세 양도소득에 관한 특례’를 규정한 구 소득세법 시행령 제155조에 의하여 1세대 1주택으로 의제되는 이상, ⁠‘양도소득세의 세율’에 관한 주택 수의 계산에서도 모두 1주택으로 보아야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

   구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항, 제167조의10 제1항 중 제1호를 제외한 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택,대체주택 등이라 할지라도 모두 주택 수 산정에는 포함되고, 그것이 양도대상이 되는경우에만 중과세율이 적용되지 않는다.

   한편 일시적 2주택의 경우 종전 주택에 대하여는, 구 소득세법 시행령 제167조의10제1항에서는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있으나(제8호), 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 않다.

   3) 이 사건의 경우

    이 사건 양도 당시 원고와 BBB이 소유하고 있는 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에서 정한 주택(수도권 및 광역시·특별자치 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택에 정한 주택)에 해당하지 않으므로, 일단 주택 수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도대상인 이 사건 주택이 구 소득세법시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 않으므로 1세대 3주택 이상의 ⁠‘예외’에 해당하지 않는다.

    이와 관련하여 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에서는 ⁠‘1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)’을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 원고와BBB은 이 사건 양도 당시 장기임대주택인 이 사건 임대주택(제2호) 외에 이 사건 주택과 이 사건 대체주택을 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반주택에도 해당하지 않는다.

    결국 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 타당하다. 원고의 양도소득세 세율에 관한 주장은 받아들일 수 없다.

  라. 장기보유특별공제 적용 여부

   1) 관련 규정의 내용과 체계

    구 소득세법 제95조(양도소득금액) 제1항은 ⁠‘양도소득금액은 양도차익(양도가액에서필요경비를 공제한 금액)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고, 같은 조 제2항은 ⁠“장기보유 특별공제액”이란 ⁠‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산 ⁠(제 104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)로서 보유기간이 3년 이상인 것 … 에 대하여 그 자산의 양도차익에 대하여 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다(본문). 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다(단서).’고 규정하고 있다.

    구 소득세법 제104조 제7항 제3호는 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은, 법 제104조 제7항 제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을 들고있다.

    한편, 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호는 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ⁠‘구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액’과 ⁠‘양도가액에서9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있다.

   2) 구체적 검토

    위 법령의 문언과 체계에 의하면, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호의 위임에 따라비과세 양도소득에 관한 특례를 규정한 구 소득세법 시행령 제155조에 의하여 1세대 1주택으로 의제된다 하더라도, 비과세대상에서 제외된 이상 양도소득금액을 산정함에있어서는 구 소득세법 제95조, 구 소득세법 시행령 제160조에서 정한 바에 따라야 한다. 또한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정의 문언대로 장기보유특별공제 대상에서 제외되며, 이 경우 양도대상 자산이 장기보유특별공제 대상에 해당하는 경우임을 전제로 한 구 소득세법 제95조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령 제159조의3, 구 소득세법 제95조 제3항 (장기보유특별공제액 부분) 및 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호는 적용될 여지가 없다고 봄이 타당하다.

   그런데 이 사건 주택이 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서 정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에해당함은 위 다. 3)항에서 본 바와 같으므로, 이 사건 양도에 대하여는 장기보유특별 공제가 적용되지 않는다. 원고의 장기보유특별공제 적용에 관한 주장도 받아들일 수 없다.

  마. 원고의 나머지 주장에 대한 판단

   1) 신의성실의 원칙 위반 여부

    가) 원고의 주장 요지

     장기임대주택을 보유한 자에 대하여도 일시적 2주택 특례가 적용되고 고가주택으로서 9억 원 초과분에 해당하는 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제가 적용된다는 취지의 장기간에 걸친 국세청 질의회신이 있었고, 원고는 이러한 국세청의 공적 견해 표명을 신뢰하였다. 그럼에도 피고는 국세청의 공적 견해 표명과 다른 처분을 하여 원고의 신뢰이익을 침해하였으므로, 이 사건 처분은 국세기본법 제15조1)의 신의성실의 원칙에 위배된다.

    나) 판단

     조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세율을 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정한 구 소득세법 규정은 2017. 12. 19. 소득세법이 개정되면서 신설된 것으로 해당 소득세법 부칙에 따라 2018. 4. 1.부터 시행된 것인데, 위 조항의 신설 이유는 조정대상지역 내의 부동산 투기를 억제하기 위하여 2주택 이상 보유자가 조정대상지역 내의 주택을 양도하는 경우에 양도소득세를 중과하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세형평을 제고하기 위한 것으로서 2018. 4. 1. 이후에 양도된 주택에 대하여 적용된다. 원고가 주장하는 장기간에 걸친 국세청의 질의회신 등은 이처럼 소득세법이 개정되기 전의 사안에 관한 것이므로, 위와 같이 개정·신설된 법조항이 적용되는 이 사건에 그대로 적용할 수 없고, 피고의 이 사건 처분이 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수도 없다. 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

   2) 대법원 판례 위반 여부

    가) 원고의 주장 요지

     일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기*적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다는 취지의 대법원2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결에 비추어 볼 때, 이 사건 처분은 위 대법원 판례 에도 반하는 처분이다.

    나. 판단

     갑 3~5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2005. 7. 15. 이 사건 주택을 취득한 후 2005. 7. 16. 이 사건 주택으로 재외국민 국내거소 전입신고를 마쳤다가 국외 거주를 사유로 2012. 3. 28. 서울 **구 장문로로 국내거소를 이전(같은 날 BBB도 주민등록상 주소를 이전)하였고, 2015년 다시 국내에 거주하게 되면서 BBB과 함께 용인시 oo구 ⁠(이하 ⁠‘oo구 아파트’라 한다)로 주민등록 전입신고를 마친 사실, 원고와 BBB은 CCC이 2016. 6. 21. 아시아신탁 주식회사로부터 분양받은 이 사건 대체주택에 관한 분양계약상 권리를 양수하여 2018. 4. 2. 이 사건 대체주택을 취득하였는데, 이 사건 대체주택 취득일로부터 9개월이 더 경과한 2019. 1. 17.에서야 이 사건 대체주택으로 주민등록 전입신고를 마친 사실이 인정된다.

    위 인정 사실에 나타난 바와 같이 원고와 BBB은 2015년경부터 이 사건 대체 주택 입주 시까지 oo구 아파트에서 거주해 왔을 뿐 이 사건 주택에서 거주하지 않았고,이 사건 대체주택 취득일 이후로도 9개월 이상 oo구 아파트에서 거주해 온 점(원고는 이 사건 대체주택의 보수공사를 하는데 8개월가량 소요되어 이 사건 대체주택 입주가 늦어졌다는 취지로 주장하나, 이 사건 대체주택이 신축아파트인 점을 고려하면 위주장을 그대로 수긍하기는 어려운 측면이 있다), 이 사건 주택의 양도일이 이 사건 대체주택 취득일로부터 불과 25일이 후이기는 하지만 이 사건 대체주택의 분양계약 체결일과의 시간적 간격은 약 1년 10개월에 이르는 점 등을 고려하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 주거를 이전하기 위하여 이 사건 대체주택을 취득한 것으로서 그 과정에서 부득이하게 장기임대주택을 제외하고 2주택을 소유하게 된 특별한 사정이 있다고 인정하기 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2022. 05. 13. 선고 수원지방법원 2021구단8454 판결 | 국세법령정보시스템