요지

원고는 8년 자경을 입증하지 못하였고, 국세 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세예고 후 바로 과세처분 할 수 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다..

청 구 취 지

피고가 2021. 5. 7. 원고에 대하여 한 2015년도 귀속 양도소득세 319,760,007원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2002. 10. 28. ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○ 답(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다) 중 1/2 지분을 취득하였다. 당시 이 사건 토지의 면적은 1,877㎡이었는데, 2006. 3.경 이 사건 토지 중 434㎡가 같은 동 ○○○-○○로 분할되었고, 2006. 11.경 나머지 토지 중 647㎡가 같은 동 ○○○-○○로 분할되어 이 사건 토지의 면적이 796㎡로 축소되었다. 이후 원고는 2007. 9. 18. 공유물 분할을 원인으로 이 사건 토지 중 나머지 1/2 지분을 취득하여 단독소유자가 되었고, 2015. 12. 7. 이 사건 토지를 3,432,000,000원에 양도하였다.

 나. 원고는 2016. 2. 29. 주소지 관할 세무서장인 AA세무서장에게 이 사건 토지의 양도에 따른 2015년 귀속 양도소득세를 신고(이하 ⁠‘이 사건 양도소득세 신고’라 한다)하면서, 이 사건 토지를 8년 이상 자경하여 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항에서 정한 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하였음을 이유로, 감면세액 한도액 2억 원에 대한 양도소득세 감면신청을 하고 양도소득세 258,205,080원(산출세액 458,205,085원에서 감면세액 한도액 2억 원을 차감한 금액)을 신고·납부하였다. 이후 원고는 2016. 4. 27. 주소를 ⁠‘○○도 ○○군 ○○면 ○○로 ○○○○’으로 이전하여, 원고의 주소지 관할 세무서장이 피고로 변경되었다.

 다. 피고는 이 사건 양도소득세 신고내용을 검토한 결과 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였다고 볼 수 없어 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였다는 이유로 양도소득세 감면을 부인하여 2021. 4. 15. 원고에게 그와 같은 내용의 과세예고통지를 하였고, 과세예고통지일로부터 30일 내인 2021. 5. 7. 원고에게 2015년 귀속 양도소득세 319,760,007원(가산세를 포함한 결정세액 577,965,087원에서 위 납부 세액을 차감한 금액)을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2021. 11. 23. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 8호증, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

  이 사건 처분은 다음과 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

  1) 절차적 위법

   원고는 2016. 2. 29. AA세무서장에게 이 사건 양도소득세 신고를 하였다. 그런데 피고는 이 사건 양도소득세 신고내용에 대한 검토를 장기간 방치하다가 부과제척기간의 만료일(2021. 5. 31.)을 불과 45일 앞둔 2021. 4. 15. 과세예고통지를 하고, 과세적부심사 청구기간인 30일이 도과하기 전인 2021. 5. 7. 이 사건 처분을 함으로써 원고의 과세전적부심사를 받을 권리를 침해하였다. 따라서 이 사건 처분은 납세자의 절차적 권리를 침해한 중대한 절차상의 하자가 있어 무효이다.

또한, 피고의 양도소득세 신고내용 확인 담당자는 국세청훈령인 양도소득세 사무처리규정 제16조 내지 제18조에서 정한 확인대상자에 대한 사건종결 처리기한(원칙적 2개월), 해명자료 처리기한 연장(1회 1개월 이내)의 서면통지, 해명자료 제출 안내서 발송, 권리보호 요청제도에 대한 서면안내 등의 절차 규정을 위반하였고, 위 사무처리규정 제20조에서 정한 지방국세청장 또는 세무서장에 의한 신고절차 확인 절차의 준수 여부에 대한 점검․관리도 이루어지지 아니한 절차상 위법이 있으므로, 이 사건 처분은 무효이거나 취소되어야 한다.

  2) 실체적 위법

   원고가 이 사건 토지를 보유한 기간(2002. 10. 28.부터 2015. 12. 7.까지 약 13년 1개월) 중 임대기간(2006. 3. 10.부터 2009. 11. 30.까지 약 3년 8개월)을 제외한 나머지 기간에는 원고가 가족들과 함께 이 사건 토지를 자경하여 텃밭으로 이용하였다. 따라서 원고의 자경기간은 8년 이상이므로 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

 나. 관계 법령

  별지 기재와 같다.

 다. 판단

  1) 절차적 위법 주장에 관하여

   가) 관련 법리

    국세기본법 제81조의15는 납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우 세무서장 또는 지방국세청장은 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(과세예고통지)하여야 하고(제1항 제3호), 과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있으며(제2항 제2호), 과세예고통지를 하는 날부터 국세 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항(과세전적부심사 규정)을 적용하지 아니한다(제3항 제3호)고 규정하고 있다. 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가진다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조). 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결, 대법원 2020. 4. 9. 선고 2018두57490 판결 등 참조). 위와 같이 과세전적부심사 제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도의 사전적 구제제도이기는 하지만, 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아니다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결 참조).

  나) 구체적 검토

   위 인정 사실과 법리에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 원고의 주장과 같이 이 사건 처분에 납세자인 원고의 절차상 권리(과세전적부심사를 받을 권리)를 침해하는 등의 절차상 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 절차적 위법 주장은 받아들이지 아니한다.

   ⑴ 2015년 귀속 양도소득세의 부과제척기간의 만료일은 이를 부과할 수 있는 날부터 5년인 2021. 5. 31.인바[국세기본법 제26조의2 제1항 본문, 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항], 이 사건의 경우 과세예고통지일인 2021. 4. 15.부터 국세 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하임이 역수상 명백하므로, 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다.

   ⑵ 원고는 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호는 정상적인 세무조사가 진행되었을 경우에 적용되는 규정이고 이 사건과 같이 과세관청이 국세행정을 장기간 해태한 경우에는 적용될 수 없다고 주장한다. 그러나 위 규정의 문언 내용 및 부과제척기간은 과세관청과 납세의무자간 조세채권 채무관계를 조속히 종결지어 납세의무자의 법적 안정성을 보장하려는 데 그 취지가 있는 것으로 과세관청으로서는 부과제척기간을 도과하지 않는 한 제척기간 내이기만 하면 언제든지 부과권을 행사할 수 있는 점 등을 고려하면, 단지 양도소득세 신고내용에 대한 확인업무의 진행이 지연되어 그에 따른 과세예고통지가 부과제척기간이 얼마 남지 않은 시점에 이루어졌다는 사정만으로 위 규정의 적용이 배제된다고 볼 수는 없으며, 원고가 과세전적부심사를 받지 못하도록 피고가 고의로 과세예고통지 절차를 장기간 방치하였다거나 이 사건 처분절차를 지연하였다고 볼 만한 자료도 없다.

   ⑶ 헌법 제12조의 적법절차원칙이 구체적으로 어떠한 절차를 어느 정도로 요구하는 지는 규율되는 사항의 성질, 관련 당사자의 권리와 이익, 절차 이행으로 제고될 가치, 국가작용의 효율성, 절차에 소요되는 비용, 불복의 기회 등 다양한 요소를 비교하여 개별적으로 판단할 수밖에 없다(헌법재판소 2015. 9. 24. 선고 2012헌바302 결정 등 참조). 부과제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 과세전적부심사 절차를 거치도록 하는 경우 부과제척기간의 도과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생하고, 납세의무자가 부과제척기간을 도과시키기 위한 목적으로 이를 남용할 가능성도 배제할 수 없다. 또한 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있다.

   ⑷ 국세청 훈령인 양도소득세 사무처리규정 제16조 내지 제18조, 제20조는 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기 어려우므로, 피고나 피고의 양도소득세 신고내용 확인업무 담당자 등이 위 각 규정에서 정한 절차 등을 위반하였다고 하더라도 그러한 사유만으로 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

 2) 실체적 위법 주장에 관하여

  가) 관련 법리

   구 조세특례제한법 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 1. 22. 대통령령제26922호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항, 제13항(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 감면조항’이라 한다)에 따른 양도소득세의 감면을 받기 위해서는, 8년 이상 해당 농지가 소재하는 시·군·구 안의 지역, 그 지역과 연접하는 시·군·구 안의 지역, 해당 농지로부터 직선거리 30㎞ 이내의 지역 중 어느 하나의 지역(경작개시 당시에는 해당 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 해당 농지를 직접 경작하여야 하고, 이때 ⁠‘직접 경작’이라 함은 거주자가 그 소유 농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. 여기에서 ⁠‘1/2 이상의 자기 노동력’의 의미는 문리대로 해석하여 그에 해당하는지 여부를 판단하여야 하고(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결, 대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두16531 판결 등 참조), 양도소득세 감면대상 농지를 직접 경작하였다는 사실은 이를 주장하는 양도자가 적극적으로 입증하여야 하며, 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니다(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결, 법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조).

  나) 구체적 검토

   ⑴ 원고가 2002. 10. 28.부터 2015. 12. 7.까지 이 사건 토지를 보유한 사실은 위에서 본 바와 같고, 원고가 2010. 1. 1.부터 이 사건 토지 양도일인 2015. 12. 7.(5년 11개월 7일)까지 이 사건 토지를 직접 경작한 사실, 반면 원고가 2006. 3. 10.(원고는 2005. 12. 22. 김BB에게 이 사건 토지 938.5㎡를 임대차기간 2006. 3. 10.부터 2009. 3. 9.까지로 정하여 임대하였는바, 위 임대차기간 개시일이다. 갑 1, 8호증, 을 3호증참조)부터 2009. 11. 30.(김BB이 이 사건 토지를 사업장소재지로 하여 운영한 ⁠‘cccc컬렉션’의 폐업일)까지 이 사건 토지를 직접 경작하지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 이 사건의 쟁점은 원고가 2002. 10. 28.부터 2006. 3. 9.까지 및 2009. 12. 1.부터 2009. 12. 31.까지의 기간 중 2년 23일(= 8년 – 5년 11개월 7일) 이상 이 사건 토지를 직접 경작하였는지 여부이다.

   ⑵ 다툼 없는 사실, 위에서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 2002. 10. 28.부터 2006. 3. 9.까지 및 2009. 12. 1.부터 2009. 12. 31.까지의 기간 중 2년 23일 이상 이 사건 토지를 직접 경작하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 실체적 위법 주장도 받아들일 수 없다.

    ㈎ 원고가 2002. 10. 28. 이 사건 토지 중 1/2 지분을 취득하였을 당시 이 사건 토지에는 타인이 설치한 비닐하우스가 있었고, 2003. 11. 23. 촬영된 항공사진상 비닐하우스 철거 작업이 진행 중인 사실이 확인된다(다툼 없는 사실, 갑 2호증의 1, 2면). 따라서 2002. 10. 28.부터 2003. 11. 23.까지는 원고가 이 사건 토지를 직접 경작하지 않았다고 할 것이고, 원고도 조세심판절차에서는 이를 스스로 인정하였다(갑 1호증의 5면).

    ㈏ 원고가 2003. 11. 24.부터 2006. 3. 9.까지 이 사건 토지를 직접 경작하였다고 보기도 어렵다.

     ① 텃밭 용도로 토지를 경작하는 경우에도 종자나 비료, 농약, 농자재 등은 필요하였을 것인데, 원고가 위 기간 동안 경작에 필요한 위와 같은 물품을 구입하였음을 확인할 수 있는 자료가 없다.

     ② 원고가 자경 사실을 뒷받침하는 증거로 제출한 사진 중에는 2004년부터 2006년까지 촬영되었다고 주장하는 사진(갑 5호증의 1~5면)이 포함되어 있으나, 위 각 사진의 실제 촬영일자를 확인할 수 있는 자료가 없다.

     ③ 오히려 2005년 촬영하였다고 주장하는 사진(갑 5호증의 2면)의 배경에는 2006. 11. 18. 이후에 설치된 것으로 보이는 건축물(2005. 12. 3.과 2006. 11. 18. 촬영된 각 항공사진에는 존재하지 않고, 2007. 11. 18. 촬영된 항공사진에서 비로소 존재가 확인되는 건축물, 갑 2호증의 4, 6, 7면)이 나타난다.

     ④ 2004. 11. 21., 2005. 12. 3., 2006. 1. 23. 촬영된 각 항공사진(갑 2호증의 3~5면)상으로는 이 사건 토지가 농지로 이용되었는지도 명확하지 않으며, 달리 원고가 위 기간 동안 이 사건 토지를 직접 경작하였음을 인정할 증거가 없다.

    ㈐ 원고가 김BB을 상대로 제기한 비닐하우스 철거소송의 승소판결 집행에 따른 집행비용 중 일부로 지출하였다고 주장하면서 제출한 증거 중에는 박DD(EE물류)이 ⁠‘2009. 12. 18.’ 발행한 폐기물처리대행비 및 콘크리트 잔해 정리운송대행비 770만 원의 세금계산서가 포함되어 있는 점(갑 4호증), 김만국은 이 사건 토지 중 일부를 김FF에게 전대하였고, 김FF은 이 사건 토지를 사업장소재지로 하여 ⁠‘GGG꽃마을’이라는 상호의 생화 도소매업체를 운영하였는데, 위 업체의 폐업일이 2009. 12. 30.인 점(갑 1, 8호증) 등을 고려하면, 원고가 2009. 12. 1.부터 2009. 12. 31.까지 이 사건 토지를 직접 경작할 수 있는 상황도 아니었던 것으로 보인다(설령 위 기간 동안 원고가 이 사건 토지를 직접 경작하였다고 하더라도, 원고의 자경기간이 8년에 미달한다는 결론에는 차이가 없다).

  3) 소결론

   따라서 이 사건 토지가 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 사건 감면조항의 적용을 배제한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2022. 12. 16. 선고 수원지방법원 2022구단6790 판결 | 국세법령정보시스템