요지

2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 조특법 제13조는 조문정리 차원에서 개정한 것에 불과하고 개정 후에도 개정 전과 같이 주식 양도 당시 신기술사업금융업자의 지위에 있어야 비과세 적용

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 12. 8. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세119,238,090원 및 2018 사업연도 법인세 3,716,122,910원의 각 경정거부처분을 모두취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 제1심판결문의 해당 부분을 고치거나 추가하고, 제1심판결문의 별지를 이 판결문의 별지로 교체하며, 제2항에서와 같이 원고가 이 법원에서 추가 또는 강조하는 주장과 그에 대한 판단을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조본문에 따라 이를 인용한다.

【고치거나 추가하는 부분】

○ 2면 7행의 ⁠“여신전문금융업법”을 ⁠“구 여신전문금융업법(2001. 3. 28. 법률 제6430호로 개정되기 전의 것)”으로 고친다.

○ 2면 11, 12행의 ⁠“(2000. 5. 29. 설립, 이하 ⁠‘AAAA’라 한다)”를 ⁠“(AAAA 주식회사는 2000. 5. 29. 설립되어 2000. 8. 12. 기술보증기금으로부터 벤처기업 인증을 받았다. 이하 ⁠‘AAAA’라 하고, 다른 회사 명칭을 기재할 때에도 ⁠‘주식회사’ 표시는 생략한다)”로 고친다.

○ 3면 1행부터 2행을 아래와 같이 고친다.

『 다. 한편 원고의 모회사인 BBBBB가 2008년 일반지주회사로 전환함에 따라 구 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣(2020. 12. 29. 법률 제17799호로 전부개정되기 전의 것) 제8조의2 제2항 제5호에 의하여 신기술사업금융업자인 원고의 주식을 보유하는 행위가 제한되었고, 이에 원고는 금융위원회에 신기술사업금융업 등록 말소를 신청하여 금융위원회가 2012. 5. 11. 원고에 대한 신기술사업금융업 등록을 말소하였다.』

○ 3면 아래에서 3행의 ⁠“갑 제1 ~ 11호증”을 ⁠“갑 제1 내지 12호증”으로 고친다.

○ 4면 7행의 ⁠“[별지] ⁠‘관계 법령 등’ 기재와 같다”를 ⁠“별지 기재와 같다”로 고친다.

○ 4면 10행의 ⁠“앞서 든 증거들에” 다음에 ⁠“ 을 제1호증의 기재 및”을 추가한다.

○ 7면 13, 14행의 ⁠“벤처기업육성에 관한 특별조치법”을 ⁠“구 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣(2001. 2. 3. 법률 제6416호로 개정되기 전의 것)”으로 고친다.

2. 추가 판단

가. 원고의 주장 이 사건 주식 양도차익에 적용되는 이 사건 규정¹⁾의 문언과 체계, 이 사건 규정은 자금조달능력이 부족한 벤처기업 등이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 투자 자본에 대한 과세특례를 부여하는 데 그 취지가 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 규정에서 벤처기업 주식을 양도할 당시까지 신기술사업금융업자의 지위에 있을 것을 요구하고 있다고 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 주식 양도차익에 대하여는 이 사건 규정에 따른 비과세가 적용되어야 함에도, 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2003. 1. 24. 선고2002두9537 판결, 대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 등 참조). 다만 조세법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석을 하는 것은 허용된다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 인정한 사실들에 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 규정은 벤처기업 주식을 양도할 당시에도 신기술사업금융업자의 지위를 유지할 것을 요건으로 하고 있다고 봄이 타당하다. 그런데 원고는 이 사건 주식 양도 당시 신기술사업금융업자의 지위에 있지 않았으므로, 이 사건 주식 양도차익은 이 사건 규정에서 정한 비과세 대상에 해당하지 않는다. 따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

가) 조세특례제한법이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전후 제13조 제1항의 내용은 아래 표와 같다.²⁾

한편 개정 후 조세특례제한법 제13조 제1항 제2호는 일부 자구가 수정되거나 출자 기한만 달라진 채 전체적인 내용과 체계가 동일한 상태에서 이 사건 규정으로 이어져 오고 있다.

나) 위와 같이 개정 후 조세특례제한법 제13조 제1항 제2호는 개정 전 조세특례제한법 제13조 제1항 제2호와 비교하여 형식적인 구조가 변경되기는 하였으나, 실질적인 내용에 변경이 있었다고 보기는 어렵다.

(1) 개정 전 조세특례제한법 제13조 제1항은 본문에서 ⁠‘여신전문금융업법에 의한 신기술사업금융업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다’고 규정하면서, 제2호에서 ⁠‘신기술사업금융업자가 벤처기업에 2009년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분’을 들고 있다. 위 규정의 문언을 하나의 문장으로 풀어 쓰면, ⁠“여신전문금융업법에 의한 신기술사업금융업자가, ⁠‘신기술사업금융업자가 벤처기업에 2009년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분’에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.”로 되므로, 문언상 비과세 요건을 충족하기 위해서는 벤처기업 주식을 양도할 당시에도 신기술사업금융업자의 지위를 유지하여야 함이 분명하다. 다만 개정 후 조세특례제한법 제13조 제1항은 본문에서 ⁠‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다’고 규정하는 한편, 제2호에서 ⁠‘여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융업자가 벤처기업에 2009년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분’을 들고 있다. 위 개정에 따른 문언을 하나의 문장으로 풀어쓰면, ⁠‘여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융업자가 벤처기업에 2009년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다’로 되므로, 주어인 ⁠‘여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융업자가’라는 문구가 ⁠‘취득’ 외에 ⁠‘양도’까지 수식하는지 여부가 불분명하다고 볼 여지가 있기는 하다.

(2) 그러나 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, ⁠‘여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융업자가’라는 주어가 ⁠‘취득’ 외에 ⁠‘양도’까지 수식하는 것으로 봄이 자연스럽다.

(가) 앞서 본 것처럼 개정 전 조세특례제한법 제13조 제1항은 본문에서 양도의 행위 주체로 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사, 신기술사업금융업자를 규정함으로써 양도 당시에도 위 요건이 충족되어야 한다고 해석되었는데, 개정 후 조세특례제한법에서 양도 주체와 관련된 요건을 삭제하였다고 볼 만한 개정이유나 부칙 등은 발견할 수 없다.

(나) 개정 후 조세특례제한법은 제13조 제1항에 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사, 신기술사업금융업자 외에 기금운용법인등을 새롭게 추가하였는데, 만일 개정 전 조세특례제한법과 같이 본문에 주어를 모두 기재할 경우 해당 부분이 지나치게 길어지게 되고, 중복을 피하고자 이를 각 호로 내린 것으로 보인다. 실제로 국세청도 2008. 12. 26. 개정세법 해설 자료(을 제1호증)에서 ⁠‘벤처기업 등 육성과 관련하여 조문정리 차원에서 법인의 주식양도 차익 비과세 규정을 조세특례제한법 제13조에서 일률적으로 규정’한 것이라고 설명하고 있다.

(다) 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전부개정된 조세특례제한법에서부터³⁾ 현행 조세특례제한법에 이르기까지 제13조의 제목은 ⁠‘중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세’로 동일한데,⁴⁾ 이에 따르면 ⁠‘중소기업창업투자회사 등이 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익 등에 대한 비과세’를 규정한 것으로 해석된다.

(3) 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정된 조세특례제한법은 ⁠‘제13조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 양도차익 및 배당소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령에 위임한다’는 내용의 제13조 제4항을 신설하였다.⁵⁾ 그 위임에 따라 2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정된 ｢조세특례제한법 시행령｣에 제11조의2가 신설되었는데, 위 규정은 몇 차례 개정을 거쳐 2014. 2. 21. 대통령령 제25211호에 따른 개정으로 제12조로 조문 위치가 이동되어 현재까지 실질적 변경 없이 그대로 유지되고 있다. 그런데 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제12조 제1항 제1호는 ⁠‘조세특례제한법 제13조 제1항각 호의 방법으로 취득한 주식 등과 다른 방법으로 취득한 주식 등을 함께 보유하고 있는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자가 보유주식 등의 일부를 양도하는 경우에는 먼저 취득한 주식 등을 먼저 양도한 것으로 본다’고 규정함으로써 그 문언상 벤처기업 주식을 양도할 당시 신기술사업금융업자의 지위를 유지하여야 함을 전제로 하고 있다(이에 대하여 원고는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제12조 제1항 제1호는 조세특례제한법이 위임한 ⁠‘양도차익 및 배당소득의 계산’의 범위에서만 그 효력이 있어 위 시행령 조항이 양도 요건의 존부에 대한 근거가 될 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 조세특례제한법의 문언에 의하더라도 ⁠“양도차익 및 배당소득의 계산 ⁠‘등’에 관하여 ⁠‘필요한 사항‘”을 위임하고 있어 그 위임의 범위가 ⁠‘양도차익 및 배당소득의 계산’에한정된다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다).

다) 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 특례를 명시한 이 사건 규정은, 좋은 기술을 가지고 있으면서도 자금조달능력의 부족으로 어려움을 겪는 벤처기업 등에 창업자금 및 신기술사업화 자금을 원활하게 공급하기 위하여 신기술사업금융업자 등 모험자본(Venture Capital) 회사의 건실한 육성을 도모하고자 함에 그 취지가 있으므로, 양도 당시에도 그 지위가 유지되고 있어야 할 필요가 있다.

(1) 신기술사업금융업은 신기술사업자에 대한 투자, 융자, 경영 및 기술지도, 신기술사업투자조합의 설립, 신기술사업투자조합 자금의 관리ㆍ운용을 종합적으로 영위하는 것으로서(여신전문금융업법 제41조), 신기술사업금융업자는 회사별로 그 업무 내용이 다양하나 기업의 기술개발 및 개발된 기술의 개선, 발전 등을 지원하기 위한 투자, 융자를 주된 업무로 하고 있고, 특히 중소기업ㆍ벤처기업의 창업과 기술개발을 중점적으로 지원하고 있다.

위와 같은 신기술사업금융업자에 대한 지원을 위하여 여신전문금융업법은1997. 8. 28. 법률 제5374호로 제정될 때부터 제43조에서 ⁠‘세제상의 지원’이라는 제목 아래 ⁠‘정부는 신기술사업금융업의 발전을 위하여 신기술사업금융업자, 신기술사업금융업자에 투자한 자, 신기술사업투자조합 및 그 조합원에 대하여 조세감면규제법이 정하는 바에 따라 세제상의 지원을 할 수 있다’고 정하였고, 위 규정은 ⁠‘조세감면규제법’이 조세특례제한법’으로 변경되거나 일부 자구가 수정된 외에는 현재까지 그대로 유지되고 있다.

(2) 이에 따라 현행 조세특례제한법령은 신기술사업금융업의 벤처기업 등에 대한 투자 및 보유, 양도 단계에서 각각의 세제지원에 관한 규정을 두고 있다. 구체적으로 살펴보면, ① 투자 단계에서는 주식 또는 출자지분 취득가액의 법인세 공제(조세특례제한법 제13조의2 제1항 및 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제12조의2 제1항 제2호)를, ②보유 단계에서는 배당소득에 대한 법인세 비과세(조세특례제한법 제13조 제4항)와 배당소득세 이중과세 방지(조세특례제한법 제14조 제4항 제2호, 제5항)를, ③ 양도 단계에서는 주식 또는 출자지분의 양도차익에 대한 법인세 비과세(조세특례제한법 제13조제1항 제2호)와 증권거래세 면제(조세특례제한법 제117조 제1항 제2호)를 각각 규정하고 있다.

(3) 이 사건 규정은 궁극적으로 벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 부여하고자 함에 있는바(대법원 2014. 2. 13. 선고 2012두20540 판결 등 참조), 이를 위하여 투자자인 신기술사업금융업자에 대한 지원을 하고자 양도 단계에서의 세제상 혜택을 부여하는 것이므로, 그러한 세제혜택을 받기 위해서는 벤처기업 주식을 양도할 당시에도 신기술사업금융업자의 지위에 있을 것이 요구된다. 만일 이와 달리 양도 단계에서 신기술사업금융업자의 지위가 필요 없다고 해석할 경우, 법인이 주식양도차익만을 얻고자 신기술사업금융업자로 등록하여 벤처기업 주식을 취득한 뒤 그 등록이 말소되어 더 이상 신기술사업금융업을 영위하지 않는 상태에서 해당 주식을 양도하더라도 주식양도차익에 대하여 비과세 혜택을 받게 되는데, 이는 결과적으로 모험자본 회사의 건실한 육성을 통해 모험자본의 조성을 지원함으로써 벤처기업 등에 자금을 원활하게 공급하고자 하는 이 사건 규정의 입법 취지를 잠탈할 우려가 있다.

(4) 특히 원고는 벤처기업 주식을 취득할 당시뿐만 아니라 이를 양도할 당시에도 신기술사업금융업자의 지위를 유지하여야 한다는 점에 관하여 그 문언이 비교적 명확하였던 개정 전 조세특례제한법 시행 당시 이 사건 주식을 취득하였다가, 2012년 신기술사업금융업등록이 말소되어 더 이상 신기술사업금융업을 영위하지 않게 되었는데, 그 무렵 이 사건 주식을 양도하지 아니한 채 그때부터 여러 해가 지난 2016년과 2018년에 이르러서야 이 사건 주식을 양도함으로써 상당한 양도차익을 얻었다. 이와 같은 원고의 이 사건 주식 취득 및 양도 경위와 과정 등을 이 사건 규정의 입법 취지에 비추어 볼 때, 이 사건 주식 양도차익에 대하여 비과세 혜택을 부여하지 않더라도 그러한 사정만으로 현저히 부당하다고 보기 어렵다.

라) 원고는 대법원 2014. 2. 13. 선고 2012두20540 판결(이하 ⁠‘2012두20540 판결’이라 한다)을 근거로 이 사건 규정이 벤처기업의 주식 양도 당시에도 신기술사업금융업자의 지위를 유지할 것을 요구하지 않는다고 주장하나, 2012두20540판결은 이 사건의 사실관계와 대상 법령 등에서 달라 그대로 원용하기에 적절하지 않다.

(1) 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제55조 제1항은 ⁠‘산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사가 기업구조조정대상기업에게 출자한 주식 또는 지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 법인세를 과세하지 아니한다’고 규정하고 있었는데, 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법 제55조 제1항에서부터 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의것, 이하 같다) 제55조 제1항과 같이 ⁠‘산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사가 직접 또는 기업구조조정조합을 통하여 구조조정대상기업에게 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우에는 당해 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익에 대하여 법인세를 과세하지 아니한다’고 규정하였다. 이처럼 2012두20540 판결에서 문제가 된 구 조세특례제한법 제55조 제1항은 종전과 달리 주식 또는 출자지분의취득 당시에 기업구조조정전문회사의 지위에 있을 것만을 요하고 있음이 문언상 비교적 명확하다.

(2) 기업구조조정전문회사는 외환위기 이후 부실기업의 구조조정 촉진을 위해 1999. 2. 8. 법률 제5825호로 산업발전법이 제정됨에 따라 도입된 제도로서, 그 주된목적이 자금의 신속한 투입을 통한 부실기업의 정상화 및 기업가치 제고에 있었고, 이와 같은 역할을 유인하기 위하여 구 조세특례제한법 제55조 제1항에 기업구조조정전문회사에 대한 세제혜택을 규정하였다. 그런데 산업발전법이 2009. 4. 1. 법률 제9854호로 전부개정됨에 따라 기업구조조정전문회사에 관한 산업발전법 관련 조항이 모두 삭제되어 제도 자체가 폐지되기에 이르렀는바, 2012두20540 판결은 주식 또는 출자지분의 취득 당시는 물론 양도 당시에도 기업구조조정전문회사의 지위에 있어야만 구 조세특례제한법 제55조 제1항이 적용된다고 해석할 경우, 위 조항의 법문을 믿고 경제행위를 한 자에게 예상하지 못한 불이익을 주게 된다는 점을 고려하여 주식 또는 출자지분의 취득 당시에 기업구조조정전문회사의 지위에 있기만 하면 위 조항이 적용된다고 보았다. 특히 개정 후 조세특례제한법은 제55조를 삭제하면서, 같은 법 부칙 제40조에서 기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치로 ⁠“이 법 시행 전에 종전의 제55조 제1항에 따라 구조조정대상기업에게 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도에 관하여는 제55조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”라고정하고 있는데, 주식 양도 당시까지 기업구조조정전문회사의 지위를 유지하지 않더라도 위 과세특례가 적용된다고 해석함으로써 2009. 5. 8. 이후 발생한 주식의 양도차익 또한 비과세된다는 결론에 이를 수 있게 되었다.

(3) 반면에 신기술사업금융업자 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 특례는 신기술사업금융업자의 투자 활성화를 통한 신기술사업자, 벤처기업 등의 육성․지원을촉진하기 위하여 1986. 12. 26. 법률 제3930호로 조세감면규제법이 개정되면서 신설된 이래 법률 명칭이 조세특례제한법으로 개정된 현재까지 그대로 유지되어 오고 있으므로, 일시적인 위기관리를 위해 도입된 기업구조조정전문회사에 대한 세제혜택과는 그 목적을 달리한다. 또한 원고의 신기술사업금융업 등록 말소는, 모회사인 BBBBB의 일반지주회사로의 전환 선택에 따른 것으로서 원고가 직접 그 말소를 신청하여 이루어진 것으로, 이는 제도 자체의 폐지로 인하여 기업구조조정전문회사의 지위를 유지하지 못하게 된 2012두20540 판결의 사안과는 다르다[비록 2020. 12. 29. 법률 제17799호로 전부개정된 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣에서 벤처기업에 대한 투자 활성화를 위해 일반지주회사가 기업형 벤처캐피탈(Corporate Venture Capital, CVC)을 소유할 수 있도록 허용하였다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다]. 또한 개정 후 조세특례제한법 부칙 제5조는 ⁠“제13조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하는 분부터 적용한다.”라고만 정하고 있을 뿐, 개정 전 조세특례제한법의 시행 당시 출자한 부분이나 양도와 관련해서는 따로 경과규정을 두고 있지도 않다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 이 사건 규정은 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제13조 제1항 제2호와 2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제13조 제1항 제2호를 통틀어 지칭하는 것이다.

2) 아래 표에서 비교 대상이 되는 주요 내용은 밑줄로 표시하였다.

3) 다만 그 이전인 1986. 12. 26. 법률 제3930호로 개정된 조세감면규제법은 제18조의2에서 조문 제목을 ⁠‘중소기업창업투자회사등의 주식양도차익 익금불산입’으로 규정하였다가, 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정된 조세감면규제법은 제12조에서 조문 제목을 ⁠‘중소기업창업투자회사등의 주식양도차익 비과세’로 정하였다.

4) 원래 조문 제목이 ⁠‘중소기업창업투자회사등의 주식양도차익등에 대한 비과세’였으나, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 조세특례제한법에서부터 띄어쓰기를 통해 위와 같이 변경되었다.

5) 현행 조세특례제한법은 제13조 제5항에서 위임 규정을 두고 있다.

출처 : 서울고등법원 2022. 10. 20. 선고 서울고등법원 2022누33219 판결 | 국세법령정보시스템