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칼럼 기업·사업 M&A·기업실사·주식·자산양수도
기업·사업 · M&A·기업실사·주식·자산양수도 2026.04.15 조회 0

비상장 주식 평가 방법, 실제 사례로 알아보는 핵심 쟁점 3가지

김성관 변호사
법률사무소 화쟁 · 경기도 수원시

오늘은 M&A 과정에서 핵심 쟁점이 되는 비상장 주식 평가 방법에 대해 구체적 사례를 통해 알아보겠습니다. 상장주식은 시장 가격이 존재하지만, 비상장 주식은 거래 시장이 없어 평가 방법에 따라 가액이 크게 달라집니다. 실제 M&A, 지분 양수도, 상속 및 증여 등 다양한 국면에서 비상장 주식의 가치를 어떻게 산정하느냐가 거래의 성패와 세금 부담을 좌우합니다.

사례 시나리오

서울에서 연매출 85억 원 규모의 IT 솔루션 기업 'D테크'를 운영하는 A씨(52세, 대표이사 겸 최대주주 지분 60%)는 사업 확장을 위해 동종 업계 스타트업 'E소프트'의 지분 100%를 인수하기로 했습니다. E소프트는 비상장법인으로, 대표 B씨(38세)가 70%, 공동창업자 C씨(36세)가 30%를 보유하고 있습니다.

E소프트의 최근 3개년 당기순이익은 연평균 4억 2,000만 원이고, 순자산가액은 약 18억 원입니다. A씨는 인수 대금으로 35억 원을 제시했으나, B씨는 향후 성장성을 반영해 50억 원 이상을 요구합니다. 여기서 세 가지 법적 쟁점이 발생합니다.

쟁점 1: 세법상 보충적 평가 방법과 시가의 관계

첫째, 비상장 주식 거래에서 가장 먼저 확인해야 할 것은 세법상 평가 기준입니다. 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목에 따르면, 비상장 주식은 원칙적으로 매매사례가액 등 시가로 평가하되, 시가를 산정하기 어려운 경우 보충적 평가 방법을 적용합니다.

보충적 평가 방법 산식

1주당 가액 = (1주당 순손익가치 x 3 + 1주당 순자산가치 x 2) / 5

다만, 부동산 과다 보유 법인은 순자산가치 비중이 높아져 (순손익가치 x 2 + 순자산가치 x 3) / 5로 적용됩니다.

E소프트의 경우 발행주식 총수를 10만 주로 가정하면, 1주당 순손익가치는 최근 3년 가중평균 순손익에 순손익가치 환원율(10%)을 적용하여 산출합니다. 1주당 순자산가치는 순자산액을 발행주식 수로 나누어 계산합니다.

이 사례에서 보충적 평가 방법에 따른 E소프트의 주식 평가액은 약 32억 원 수준으로 추산됩니다. A씨의 35억 원 제안은 세법상 평가액에 근접하지만, B씨가 요구하는 50억 원과는 상당한 괴리가 있습니다.

실무에서는 거래 당사자 간 합의된 매매가액이 보충적 평가액의 30% 이상 차이가 나면, 과세관청이 저가 양수 또는 고가 양수로 보아 증여세를 과세할 수 있습니다. 이 점이 M&A 가격 협상에서 반드시 고려해야 할 세무 리스크입니다.

쟁점 2: 수익가치 vs 자산가치, 어떤 평가 방법이 유리한가

둘째, 비상장 주식 평가 방법은 크게 수익접근법, 자산접근법, 시장접근법의 세 가지로 나뉩니다. 각 방법의 특성을 정리하면 다음과 같습니다.

수익접근법 (DCF 등) 미래 현금흐름을 현재가치로 할인하여 기업가치를 산정합니다. 성장성이 높은 기업에 유리하며, B씨가 주장하는 50억 원은 이 방법에 기반한 것으로 보입니다. 할인율과 성장률 가정에 따라 결과가 크게 달라집니다.
자산접근법 기업의 순자산(자산 - 부채)을 기준으로 평가합니다. 보유 자산이 많고 수익성이 낮은 기업에 적합합니다. E소프트의 순자산가액 약 18억 원이 이에 해당합니다.
시장접근법 (유사기업 비교) 동종 업계 유사 상장기업의 PER, EV/EBITDA 등 배수를 활용하여 비상장 기업의 가치를 유추합니다. 비교 대상 선정의 객관성이 핵심입니다.
세법상 보충적 평가 수익가치(60%)와 자산가치(40%)를 가중평균합니다. 세무 신고 및 과세 시 기준이 되며, 당사자 간 거래에서도 중요한 참고 기준이 됩니다.

이 사례에서 B씨는 E소프트가 개발 중인 신규 SaaS 제품의 매출 성장률을 연 40%로 가정하고 DCF 방식으로 50억 원 이상의 가치를 주장합니다. 반면 A씨 측 회계법인은 할인율을 높게 잡고 성장률을 보수적으로 설정하여 30억~35억 원 수준으로 평가했습니다.

실무에서는 매수인과 매도인이 각각 다른 평가 방법 또는 다른 가정을 적용하여 가격 차이가 발생하는 것이 일반적입니다. 이때 독립적인 제3의 평가기관을 선임하여 합의된 가정하에 평가를 진행하는 것이 분쟁을 줄이는 가장 효과적인 방법입니다.

쟁점 3: 기업실사(Due Diligence)에서의 평가 조정 요인

셋째, 비상장 주식의 최종 인수가격은 기업실사 결과에 따라 조정됩니다. 숫자만으로는 보이지 않는 리스크가 실사 과정에서 발견되기 때문입니다.

A씨 측이 E소프트에 대한 실사를 진행한 결과, 다음과 같은 조정 요인이 확인되었습니다.

  • 1우발채무 발견: E소프트가 전 직원과의 퇴직금 분쟁으로 약 8,000만 원의 잠재적 채무가 존재했습니다. 이는 순자산가치에서 차감해야 합니다.
  • 2핵심 인력 이탈 위험: CTO급 개발자 2명이 스톡옵션 미행사 상태로, 인수 후 이탈 가능성이 높았습니다. 이를 반영하여 Earn-out(성과연동 대가) 조건을 설정했습니다.
  • 3지식재산권 하자: E소프트의 핵심 소프트웨어 중 일부 모듈에 대해 제3자가 특허침해 주장을 제기한 상태였습니다. 이에 따라 일부 인수대금을 에스크로(Escrow) 계좌에 예치하는 조건을 추가했습니다.
  • 4세무 리스크: E소프트가 과거 3년간 연구개발비 세액공제를 과다 적용한 정황이 발견되어, 추후 세무조사 시 추징 가능성이 약 1억 2,000만 원으로 추정되었습니다.

최종 협상 결과

양측은 독립 평가기관의 DCF 평가액 약 42억 원을 기준으로, 실사에서 발견된 리스크 요인을 반영하여 다음과 같이 합의했습니다.

  • -고정 인수대금: 36억 원 (계약 체결 시 지급)
  • -Earn-out: 최대 6억 원 (인수 후 2년간 매출 목표 달성 시 지급)
  • -에스크로: 2억 원 (특허 분쟁 해결 시까지 예치)

비상장 주식 평가 시 실무적으로 유의할 점

이상의 사례에서 도출할 수 있는 실무적 교훈을 정리하면 다음과 같습니다.

첫째, 비상장 주식 거래에서는 세법상 보충적 평가액을 반드시 먼저 확인해야 합니다. 거래가액과 보충적 평가액의 괴리가 클 경우, 증여세 과세 리스크가 발생할 수 있습니다.

둘째, 수익접근법(DCF)을 적용할 때는 할인율, 성장률, 추정 기간 등 핵심 가정에 대해 매도인과 매수인이 사전에 합의하는 것이 분쟁 예방에 효과적입니다.

셋째, 기업실사는 단순한 형식적 절차가 아니라, 인수가격 조정의 근거를 확보하는 핵심 과정입니다. 법률, 회계, 세무 실사를 병행하여 우발채무, 지식재산권 하자, 세무 리스크 등을 면밀히 점검해야 합니다.

넷째, 가격 차이가 큰 경우 Earn-out, 에스크로, 진술 및 보증(Representations & Warranties) 조항 등을 활용하여 리스크를 분배하는 계약 구조 설계가 중요합니다.

비상장 주식의 가치는 하나의 정답이 존재하는 것이 아니라, 평가 방법과 전제 조건에 따라 상당한 범위 내에서 변동합니다. 따라서 M&A나 지분 거래를 진행할 때에는 법률 자문과 재무 자문을 동시에 받아 세무 리스크와 계약 리스크를 종합적으로 관리하는 것이 바람직합니다.

김성관
김성관 변호사의 코멘트
법률사무소 화쟁 · 경기도 수원시
비상장 주식 평가 사건을 다루면서 느끼는 점은, 거래 당사자 대부분이 세법상 보충적 평가 방법의 존재를 모른 채 협상을 시작한다는 것입니다. 평가 방법의 선택과 가정의 설정이 수억 원의 차이를 만들기 때문에, 계약서 작성 전 반드시 법률 및 세무 전문가의 사전 검토를 받으시길 권합니다.
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