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비영리법인의 백신 세포주 실비 분양 시 부가가치세 면제 가능성
사전-2023-법규부가-0233[법규과-1071?] · 2023. 04. 26.Q질의내용
- 식품의약품안전처 허가 비영리법인이 백신 세포주를 민간사업자 등에 실비로 분양하고 수수료를 수령할 때 부가가치세가 면제되는지 궁금합니다.
S요약
R회신 내용 사전-2023-법규부가-0233[법규과-1071?] · 2023. 04. 26.
- 국세청 사전-2023-법규부가-0233(2023-04-26) 회신으로 작성된 내용입니다.
- 식품의약품안전처장 허가 비영리법인이 고유목적사업을 위하여 실비로 용역을 공급하는 경우 부가가치세가 면제된다고 보았습니다.
- 질문 사례와 같이 백신 세포주의 구축·유지 및 분양관리 업무 등 약사법상 고유목적사업에 해당하고, 실비(세포주 구축 비용 등)만을 수수하는 경우라면 부가가치세법 제26조 제1항 제18호, 시행령 제45조에 따라 면세가 가능합니다.
- 실제 면세 가능 여부는 수수료가 실비에 해당하는지 및 고유목적사업 요건 등 관련 사실을 종합적으로 판단해야 함을 명시합니다.
- 분양가격은 기획재정부와 협의하여 책정하였으며 인건비·재료비·이윤이 제외되어야 실제 실비 요건 충족에 가까운 것으로 설명되고 있습니다.
- 공익법인, 비영리법인 특성, 허가 내용 및 해당 사업의 법적 근거(약사법, 민법 등)도 모두 반영해야 합니다.
L관련 법령 해석
- 부가가치세법 제26조 제1항 제18호: 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역에 대한 부가가치세 면제 규정
- 부가가치세법 시행령 제45조: 주무관청 허가 단체가 고유목적사업에 실비·무상 공급하는 경우에 한해 면세 인정
- 부가가치세법 시행규칙 제34조: 실비 등으로 공급하는 공익목적 비영리사업의 범위 명시
- 상속세 및 증여세법 시행령 제12조: 공익법인의 사업 범위 및 면세 요건 명시
- 약사법 제90조의2·제90조의3 및 약사법 시행령 제37조의3: 백신세포주 구축, 유지, 분양관리 등 백신센터의 고유사업 명시
* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.
요지
주무관청의 허가를 받은 비영리법인이 그 고유목적사업을 위하여 실비로 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것이나, 이에 해당하는지는 사실판단할 사항임
답변내용
「민법」제32조 및 「식품의약품안전처 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」 제4조에 따라 식품의약품안전처장으로부터 법인설립허가를 받은 단체가 ｢약사법｣ 제90조의2에 따른 백신 세포주의 구축, 유지 및 분양관리 업무 등을 위하여 「약사법 시행령」제37조의3에서 규정하는 사업 등 고유목적사업을 함에 있어 민간사업자 등에 백신 세포주를 분양하면서 세포주 구축비용 상당의 수수료를 받는 경우 해당 재화 또는 용역이 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 재화 또는 용역에 해당하는 때에는 「부가가치세법」 제26조제1항제18호 및 같은 법 시행령 제45조에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다.
다만, 해당 재화 또는 용역이 같은 법 시행령 제45조에 따른 실비로 공급하는지 여부는 관련 사실을 종합적으로 고려하여 판단할 사항입니다.
질의요지
○ 비영리법인이 식품의약품안전처로부터 위탁받은 백신 세포주의 구축․유지 및 분양관리업무를 수행하면서 민간사업자, 학교 등에 일정액의 수수료를 지급받고 공급하는 경우 부가가치세가 면제되는지
사실관계
○ ㅇㅇㅇㅇ기술지원센터(이하 “신청법인” 또는 “센터”)는 ｢민법｣ 제32조 및 ｢약사법｣ 제90조의2에 따라 ’**.0.00. 설립된 비영리법인으로서
- ｢약사법｣ 제90조의2 및 같은 법 시행령 제37조의3에 따라 ’**년부터 센터가 ‘백신 생산용 세포주의 구축․유지 및 분양관리’ 업무를 수행할 예정으로
- 종전 △△△△△안전평가원(이하 “평가원”)이 구축․보관하던 세포주를 ’**년 12월 무상양도* 이관받았으며
* ｢약사법｣ 및 「국유재산법」에 따라 평가원과 센터의 세포주 무상양도와 관련된 계약체결을 통해 양도 가능
- 센터는 백신 세포주의 구축, 유지 및 분양관리 업무와 관련하여 민간사업자 및 학교 등에 분양하는 것으로
- 해당 세포주의 분양가격은 기획재정부와 협의를 통해 책정되었으며(인건비, 재료비, 이윤 등 비용을 제외한 세포주 구축비용), * 셀(cell) 당 **만원 상당의 분양수수료를 지급받을 예정임
○ 센터는 「민법」제32조 및 「식품의약품안전처 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조에 따라 식약처장으로부터 허가받은 단체이며, ’**.12.31. 기획재정부 장관이 지정하는 공익목적 기부금 단체로 지정됨
|
법인 설립허가증 1. 법인명칭 : **법인 ㅇㅇㅇㅇ기술지원센터 2. 소재지∼ 3. 대표자 (생략) 4. 사업내용 : 백신자급화를 위한 중장기 전략 수립 지원과 백신의 신속한 제품화를 위한 임상시험, 품질검사, 분석․평가 등 기술지원을 통해 백신 등 바이오 의약품의 안정성․유효성 확보, 국제경쟁력 제고, 안정적인 백신 자급화 기반을 구축하여 국민 건강권 향상에 기여 5. 허가조건 : 없음 「민법」제32조 및 「식품의약품안전처 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조에 따라 위와 같이 법인의 설립을 허가합니다. 20**. 6.12. 식품의약품안전처장 |
○ 식약처장으로부터 법인설립허가를 받은 내용은 다음과 같음
○ 식품의약품안전처장(이하 “식약처장”)은 센터가 ｢약사법｣ 제90조의3제1항에 따른 사업을 하는 경우 보조금 등 재정지원을 할 수 있음
- 센터는 ‘국가 ○뱅크 구축’ 사업 추진을 위한 보조금(0,000백만원)을 수령하여 정관에 따른 고유목적사업을 수행함에 있어
- 교부받은 보조금에 대하여 ‘별도 계정’을 설정하고 자체 수입 및 지출과 명백히 구분하여 계리하고
- 보조금이 해당 사업에 사용되지 못하고 반환하게 된 경우에는 보조금과 이자를 함께 반환하여야 함
관련법령
○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】
법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역
○ 부가가치세법 시행규칙 제34조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】
① 영 제45조제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.
○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인등의 범위】
법 제16조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.
1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업
2. 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업
3. 「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업
4. 「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업
5~7. 삭제
8. 「법인세법」 제24조제2항제1호에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업
9. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호 각 목에 따른 공익법인등 및 「소득세법 시행령」 제80조제1항제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.
10. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제2호다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.
○ 법인세법 시행령 제39조 【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】
① 법 제24조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "공익법인등"이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다.
바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제4항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 "공공기관"이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.
○ 민법 제32조【비영리법인의 설립과 허가】
학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.
○ 약사법 제90조의2 【백신안전기술지원센터의 설립】
① 백신의 품질확보 및 제품화 기술지원 등에 관한 업무를 수행하기 위하여 백신안전기술지원센터(이하 "백신센터"라 한다)를 둔다.
② 백신센터는 법인으로 한다.
③ 백신센터의 정관에는 다음 각 호의 사항을 기재하여야 한다.
1.~9. (생략)
10. 정관의 변경에 관한 사항
11. 그 밖에 백신센터의 운영에 관한 중요 사항
④ 백신센터가 정관의 기재사항을 변경하려는 경우에는 식품의약품안전처장의 인가를 받아야 한다.
⑤ 백신센터에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 「민법」 중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.
⑥ 제1항에 따른 백신센터의 운영 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 약사법 제90조의3 【백신센터의 사업】
① 백신센터는 다음 각 호의 사업을 수행한다.
1. 백신 개발지원 및 제품화 기술지원
2. 백신 관련 인허가, 국제기준ㆍ제도, 국내외 개발 동향 정보 등의 수집 및 분석
3. 백신 임상검체 분석 및 시험법 구축
4. 백신 품질검사 지원 및 시험법 구축
5. 백신 개발 및 제품화를 위한 컨설팅 및 전문인력 양성
6. 기타 대통령령으로 정하는 업무
② 백신센터는 제1항의 사업에 관하여 수수료와 그 밖의 실비를 징수할 수 있다.
③ 식품의약품안전처장은 백신센터가 제1항에 따른 사업을 하는 경우 재정 지원 등을 할 수 있다.
○ 약사법 시행령 제37조의2 【백신안전기술지원센터 운영 등】
① 법 제90조의2에 따른 백신안전기술지원센터(이하 "백신센터"라 한다)의 장(이하 "센터장"이라 한다)은 정관에서 정하는 바에 따라 식품의약품안전처장이 임명한다.
② 센터장은 매 회계연도 시작 전까지 다음 연도의 사업계획서와 수입ㆍ지출예산서를 이사회의 의결을 거쳐 식품의약품안전처장에게 제출해야 한다. 이를 변경하려는 경우에도 같다.
③ 센터장은 법 제90조의3제1항에 따른 사업 수행을 위하여 필요한 경우에는 관계 중앙행정기관, 관련 민간기관ㆍ단체 또는 연구소 등에 소속 공무원 또는 임직원ㆍ연구원의 파견을 요청할 수 있다.
④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 백신센터의 운영 등에 관하여 필요한 세부 사항은 정관으로 정한다.
○ 약사법 시행령 제37조의3 【백신센터의 업무】
법 제90조의3제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 업무"란 다음 각 호의 업무를 말한다.
1. 백신 세포주의 구축ㆍ유지 및 분양 관리 업무
2. 법 제34조의2제2항에 따른 임상시험검체분석기관의 분석능력 개선을 위한 지원 업무
3. 그 밖에 백신센터의 설립목적을 달성하기 위하여 식품의약품안전처장이 필요하다고 인정하는 업무
○ 물가안정에 관한 법률 제4조 【공공요금 및 수수료의 결정】
① 주무부장관은 다른 법률에서 정하는 바에 따라 결정ㆍ승인ㆍ인가 또는 허가하는 사업이나 물품의 가격 또는 요금(이하 "공공요금"이라 한다)을 정하거나 변경하려는 경우에는 미리 기획재정부장관과 협의하여야 한다.
② 국가 또는 국가로부터 위탁받은 기관이 다른 법률에서 정하는 바에 따라 제공하는 행정서비스, 시설이용 및 특정한 권리 부여 등에 대한 보상으로 징수하는 대가(이하 "수수료"라 한다)를 정하거나 변경하려는 경우에는 주무부장관은 미리 기획재정부장관과 협의하여야 한다.
③ 기획재정부장관은 제2항에 따른 협의를 위하여 협의 대상 및 절차 등 필요한 사항에 관하여 고시하여야 한다.
④ 기획재정부장관은 제1항과 제2항에 따른 공공요금 및 수수료에 관한 협의를 할 때에 원가 산정의 적절성, 소비자 부담, 국민경제에 미치는 효과 등에 관하여 전문가에게 자문할 수 있다.
⑤ 제1항에 따라 기획재정부장관과 협의하여야 하는 공공요금의 산정 원칙, 산정 기간 및 산정 방법 등에 대하여는 대통령령으로 정한다.
출처 : 국세청 2023. 04. 26. 사전-2023-법규부가-0233[법규과-1071?] | 국세법령정보시스템
유권해석
비영리법인의 백신 세포주 실비 분양 시 부가가치세 면제 가능성
사전-2023-법규부가-0233[법규과-1071?] · 2023. 04. 26.Q질의내용
- 식품의약품안전처 허가 비영리법인이 백신 세포주를 민간사업자 등에 실비로 분양하고 수수료를 수령할 때 부가가치세가 면제되는지 궁금합니다.
S요약
R회신 내용 사전-2023-법규부가-0233[법규과-1071?] · 2023. 04. 26.
- 국세청 사전-2023-법규부가-0233(2023-04-26) 회신으로 작성된 내용입니다.
- 식품의약품안전처장 허가 비영리법인이 고유목적사업을 위하여 실비로 용역을 공급하는 경우 부가가치세가 면제된다고 보았습니다.
- 질문 사례와 같이 백신 세포주의 구축·유지 및 분양관리 업무 등 약사법상 고유목적사업에 해당하고, 실비(세포주 구축 비용 등)만을 수수하는 경우라면 부가가치세법 제26조 제1항 제18호, 시행령 제45조에 따라 면세가 가능합니다.
- 실제 면세 가능 여부는 수수료가 실비에 해당하는지 및 고유목적사업 요건 등 관련 사실을 종합적으로 판단해야 함을 명시합니다.
- 분양가격은 기획재정부와 협의하여 책정하였으며 인건비·재료비·이윤이 제외되어야 실제 실비 요건 충족에 가까운 것으로 설명되고 있습니다.
- 공익법인, 비영리법인 특성, 허가 내용 및 해당 사업의 법적 근거(약사법, 민법 등)도 모두 반영해야 합니다.
L관련 법령 해석
- 부가가치세법 제26조 제1항 제18호: 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역에 대한 부가가치세 면제 규정
- 부가가치세법 시행령 제45조: 주무관청 허가 단체가 고유목적사업에 실비·무상 공급하는 경우에 한해 면세 인정
- 부가가치세법 시행규칙 제34조: 실비 등으로 공급하는 공익목적 비영리사업의 범위 명시
- 상속세 및 증여세법 시행령 제12조: 공익법인의 사업 범위 및 면세 요건 명시
- 약사법 제90조의2·제90조의3 및 약사법 시행령 제37조의3: 백신세포주 구축, 유지, 분양관리 등 백신센터의 고유사업 명시
* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.
요지
주무관청의 허가를 받은 비영리법인이 그 고유목적사업을 위하여 실비로 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것이나, 이에 해당하는지는 사실판단할 사항임
답변내용
「민법」제32조 및 「식품의약품안전처 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」 제4조에 따라 식품의약품안전처장으로부터 법인설립허가를 받은 단체가 ｢약사법｣ 제90조의2에 따른 백신 세포주의 구축, 유지 및 분양관리 업무 등을 위하여 「약사법 시행령」제37조의3에서 규정하는 사업 등 고유목적사업을 함에 있어 민간사업자 등에 백신 세포주를 분양하면서 세포주 구축비용 상당의 수수료를 받는 경우 해당 재화 또는 용역이 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 재화 또는 용역에 해당하는 때에는 「부가가치세법」 제26조제1항제18호 및 같은 법 시행령 제45조에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다.
다만, 해당 재화 또는 용역이 같은 법 시행령 제45조에 따른 실비로 공급하는지 여부는 관련 사실을 종합적으로 고려하여 판단할 사항입니다.
질의요지
○ 비영리법인이 식품의약품안전처로부터 위탁받은 백신 세포주의 구축․유지 및 분양관리업무를 수행하면서 민간사업자, 학교 등에 일정액의 수수료를 지급받고 공급하는 경우 부가가치세가 면제되는지
사실관계
○ ㅇㅇㅇㅇ기술지원센터(이하 “신청법인” 또는 “센터”)는 ｢민법｣ 제32조 및 ｢약사법｣ 제90조의2에 따라 ’**.0.00. 설립된 비영리법인으로서
- ｢약사법｣ 제90조의2 및 같은 법 시행령 제37조의3에 따라 ’**년부터 센터가 ‘백신 생산용 세포주의 구축․유지 및 분양관리’ 업무를 수행할 예정으로
- 종전 △△△△△안전평가원(이하 “평가원”)이 구축․보관하던 세포주를 ’**년 12월 무상양도* 이관받았으며
* ｢약사법｣ 및 「국유재산법」에 따라 평가원과 센터의 세포주 무상양도와 관련된 계약체결을 통해 양도 가능
- 센터는 백신 세포주의 구축, 유지 및 분양관리 업무와 관련하여 민간사업자 및 학교 등에 분양하는 것으로
- 해당 세포주의 분양가격은 기획재정부와 협의를 통해 책정되었으며(인건비, 재료비, 이윤 등 비용을 제외한 세포주 구축비용), * 셀(cell) 당 **만원 상당의 분양수수료를 지급받을 예정임
○ 센터는 「민법」제32조 및 「식품의약품안전처 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조에 따라 식약처장으로부터 허가받은 단체이며, ’**.12.31. 기획재정부 장관이 지정하는 공익목적 기부금 단체로 지정됨
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법인 설립허가증 1. 법인명칭 : **법인 ㅇㅇㅇㅇ기술지원센터 2. 소재지∼ 3. 대표자 (생략) 4. 사업내용 : 백신자급화를 위한 중장기 전략 수립 지원과 백신의 신속한 제품화를 위한 임상시험, 품질검사, 분석․평가 등 기술지원을 통해 백신 등 바이오 의약품의 안정성․유효성 확보, 국제경쟁력 제고, 안정적인 백신 자급화 기반을 구축하여 국민 건강권 향상에 기여 5. 허가조건 : 없음 「민법」제32조 및 「식품의약품안전처 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조에 따라 위와 같이 법인의 설립을 허가합니다. 20**. 6.12. 식품의약품안전처장 |
○ 식약처장으로부터 법인설립허가를 받은 내용은 다음과 같음
○ 식품의약품안전처장(이하 “식약처장”)은 센터가 ｢약사법｣ 제90조의3제1항에 따른 사업을 하는 경우 보조금 등 재정지원을 할 수 있음
- 센터는 ‘국가 ○뱅크 구축’ 사업 추진을 위한 보조금(0,000백만원)을 수령하여 정관에 따른 고유목적사업을 수행함에 있어
- 교부받은 보조금에 대하여 ‘별도 계정’을 설정하고 자체 수입 및 지출과 명백히 구분하여 계리하고
- 보조금이 해당 사업에 사용되지 못하고 반환하게 된 경우에는 보조금과 이자를 함께 반환하여야 함
관련법령
○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】
법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역
○ 부가가치세법 시행규칙 제34조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】
① 영 제45조제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.
○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인등의 범위】
법 제16조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.
1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업
2. 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업
3. 「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업
4. 「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업
5~7. 삭제
8. 「법인세법」 제24조제2항제1호에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업
9. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호 각 목에 따른 공익법인등 및 「소득세법 시행령」 제80조제1항제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.
10. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제2호다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.
○ 법인세법 시행령 제39조 【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】
① 법 제24조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "공익법인등"이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다.
바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제4항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 "공공기관"이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.
○ 민법 제32조【비영리법인의 설립과 허가】
학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.
○ 약사법 제90조의2 【백신안전기술지원센터의 설립】
① 백신의 품질확보 및 제품화 기술지원 등에 관한 업무를 수행하기 위하여 백신안전기술지원센터(이하 "백신센터"라 한다)를 둔다.
② 백신센터는 법인으로 한다.
③ 백신센터의 정관에는 다음 각 호의 사항을 기재하여야 한다.
1.~9. (생략)
10. 정관의 변경에 관한 사항
11. 그 밖에 백신센터의 운영에 관한 중요 사항
④ 백신센터가 정관의 기재사항을 변경하려는 경우에는 식품의약품안전처장의 인가를 받아야 한다.
⑤ 백신센터에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 「민법」 중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.
⑥ 제1항에 따른 백신센터의 운영 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 약사법 제90조의3 【백신센터의 사업】
① 백신센터는 다음 각 호의 사업을 수행한다.
1. 백신 개발지원 및 제품화 기술지원
2. 백신 관련 인허가, 국제기준ㆍ제도, 국내외 개발 동향 정보 등의 수집 및 분석
3. 백신 임상검체 분석 및 시험법 구축
4. 백신 품질검사 지원 및 시험법 구축
5. 백신 개발 및 제품화를 위한 컨설팅 및 전문인력 양성
6. 기타 대통령령으로 정하는 업무
② 백신센터는 제1항의 사업에 관하여 수수료와 그 밖의 실비를 징수할 수 있다.
③ 식품의약품안전처장은 백신센터가 제1항에 따른 사업을 하는 경우 재정 지원 등을 할 수 있다.
○ 약사법 시행령 제37조의2 【백신안전기술지원센터 운영 등】
① 법 제90조의2에 따른 백신안전기술지원센터(이하 "백신센터"라 한다)의 장(이하 "센터장"이라 한다)은 정관에서 정하는 바에 따라 식품의약품안전처장이 임명한다.
② 센터장은 매 회계연도 시작 전까지 다음 연도의 사업계획서와 수입ㆍ지출예산서를 이사회의 의결을 거쳐 식품의약품안전처장에게 제출해야 한다. 이를 변경하려는 경우에도 같다.
③ 센터장은 법 제90조의3제1항에 따른 사업 수행을 위하여 필요한 경우에는 관계 중앙행정기관, 관련 민간기관ㆍ단체 또는 연구소 등에 소속 공무원 또는 임직원ㆍ연구원의 파견을 요청할 수 있다.
④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 백신센터의 운영 등에 관하여 필요한 세부 사항은 정관으로 정한다.
○ 약사법 시행령 제37조의3 【백신센터의 업무】
법 제90조의3제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 업무"란 다음 각 호의 업무를 말한다.
1. 백신 세포주의 구축ㆍ유지 및 분양 관리 업무
2. 법 제34조의2제2항에 따른 임상시험검체분석기관의 분석능력 개선을 위한 지원 업무
3. 그 밖에 백신센터의 설립목적을 달성하기 위하여 식품의약품안전처장이 필요하다고 인정하는 업무
○ 물가안정에 관한 법률 제4조 【공공요금 및 수수료의 결정】
① 주무부장관은 다른 법률에서 정하는 바에 따라 결정ㆍ승인ㆍ인가 또는 허가하는 사업이나 물품의 가격 또는 요금(이하 "공공요금"이라 한다)을 정하거나 변경하려는 경우에는 미리 기획재정부장관과 협의하여야 한다.
② 국가 또는 국가로부터 위탁받은 기관이 다른 법률에서 정하는 바에 따라 제공하는 행정서비스, 시설이용 및 특정한 권리 부여 등에 대한 보상으로 징수하는 대가(이하 "수수료"라 한다)를 정하거나 변경하려는 경우에는 주무부장관은 미리 기획재정부장관과 협의하여야 한다.
③ 기획재정부장관은 제2항에 따른 협의를 위하여 협의 대상 및 절차 등 필요한 사항에 관하여 고시하여야 한다.
④ 기획재정부장관은 제1항과 제2항에 따른 공공요금 및 수수료에 관한 협의를 할 때에 원가 산정의 적절성, 소비자 부담, 국민경제에 미치는 효과 등에 관하여 전문가에게 자문할 수 있다.
⑤ 제1항에 따라 기획재정부장관과 협의하여야 하는 공공요금의 산정 원칙, 산정 기간 및 산정 방법 등에 대하여는 대통령령으로 정한다.
출처 : 국세청 2023. 04. 26. 사전-2023-법규부가-0233[법규과-1071?] | 국세법령정보시스템
