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비영리내국법인 점유취득시효 완성 부동산 처분 보상금의 법인세 과세 여부

서면-2022-법인-4722[법인세과-1294]  ·  2023. 08. 10.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하던 토지가 민법상 점유취득시효가 완성된 상태에서 소유권이전등기 전에 수용되어 보상금을 받은 경우, 해당 보상금이 법인세 과세소득에서 제외되는지 판단 가능한가요?

S요약

비영리내국법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용한 고정자산(점유취득시효 완성 부동산 포함)을 처분하여 얻은 수입은, 법인세 과세소득에서 제외될 수 있음을 명확히 하였습니다. 단, 실제 점유취득시효 완성 여부는 사실판단이 필요함을 밝혔습니다.
#비영리법인 #점유취득시효 #고유목적사업 #고정자산 #부동산수용 #보상금
핵심 정리

R회신 내용 서면-2022-법인-4722[법인세과-1294]  ·  2023. 08. 10.

  • 회신 주체·출처: 국세청, 서면-2022-법인-4722[법인세과-1294](2023-08-10)
  • 비영리내국법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용한 고정자산(민법 제245조 제1항에 따라 점유취득시효가 완성된 부동산 포함)을 처분하여 발생한 수입은 법인세 과세소득에서 제외된다고 회신하였습니다.
  • 특히, 민법 제245조 제1항에 따라 부동산을 점유취득시효로 취득한 경우에도, 그 자산이 고유목적사업에 사용된 것이 3년 이상인 경우라면 법인세법 제4조 제3항 제5호 및 시행령 제3조 제2항에 따라 수입이 과세소득에서 제외되는 것으로 보입니다.
  • 다만, 귀 질의처럼 소유권이전등기 전 수용되어 보상금을 수령한 사실에 대해서는, 실제로 점유취득시효가 완성됐는지 등 사실관계 확인이 선행되어야 한다고 명확히 밝혔습니다.
  • 민법, 소득세법, 법인세법 관련 규정 해석에 따라, 고유목적사업에 직접 사용하고 3년 이상 경과 및 점유취득시효 완성여부 등이 실무적으로 중요하다는 점을 다시 한 번 안내하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제4조 제3항 제5호: 비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 자산 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 과세소득에서 제외
  • 법인세법 시행령 제3조 제2항: 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 자산 처분수입은 수익사업 소득에서 제외
  • 소득세법 시행령 제162조 제1항 제6호: 민법 제245조 제1항에 의한 취득의 경우, 부동산 점유 개시일을 취득시기로 본다
  • 민법 제245조 제1항: 20년간 소유의 의사로 평온, 공연하게 점유한 경우 등기로 소유권 취득 가능
사례 Q&A
1. 비영리법인이 취득시효로 소유권을 취득 전 강제수용된 토지 보상금의 세금은?
답변
고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 자산으로서 점유취득시효가 완성된 경우, 해당 보상금은 원칙적으로 법인세 과세소득에서 제외될 수 있습니다.
근거
법인세법 제4조 제3항 제5호와 시행령 제3조 제2항에 근거합니다.
2. 비영리법인의 점유취득 부동산 처분수입이 과세소득 제외 가능한 근거는?
답변
3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 점유취득완성 부동산 처분수입은 법인세 과세 제외 규정 적용이 가능합니다.
근거
국세청 회신 및 민법 제245조, 법인세법 및 소득세법 관련 규정에 따른 해석입니다.
3. 고유목적사업 사용 부동산의 소유권 이전등기 전 수용 보상금에 대한 세무처리는?
답변
점유취득시효가 완성된 사실을 전제로, 보상금은 법인세 과세소득에서 제외될 수 있음을 유념하셔야 합니다.
근거
국세청 서면-2022-법인-4722 회신을 직접 근거로 듭니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

비영리내국법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용한 고정자산(민법 제245조 제1항에 따라 취득한 부동산 포함)을 처분하여 발생한 수입은 법인세법 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따라 비영리내국법인의 법인세 과세소득에서 제외

회신

비영리내국법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용한 고정자산(민법 제245조 제1항에 따라 취득한 부동산 포함)을 처분하여 발생한 수입은 법인세법 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따라 비영리내국법인의 법인세 과세소득에서 제외하는 것입니다.

다만, 귀 질의의 사실관계가 ⁠「민법」제245조 제1항에 따른 점유 취득시효 완성으로 인한 부동산 취득에 해당되는지 여부는 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 ’88.11.30. 종교단체로 설립 후, ’10.4.30. 종교법인 등록 함

 ○ 20년 이상 점유하여 취득시효 완성된 토지를 고유목적사업에 사용하던 중 공공주택지구 조성사업용으로 강제 수용되어 각각 보상금 수령

  - 취득시효 완성으로 소유권이전등기 청구소송에서 승소하였으나, 등기 전 수용으로 이전등기를 완료하지 못 함

2. 질의내용

 ○ 고유목적사업에 사용하던 부동산의 점유 취득시효가 완성되었으나, 소유권이전등기 전 수용되어 보상금을 수령한 경우

  - 동 보상금은 고유목적사업에 직접 사용하던 자산의 처분수입으로 비영리내국법인의 법인세 과세소득에서 제외하는 지

3. 관련법령

법인세법 제4조【과세소득의 범위】

 ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

  1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

  2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

  3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

  4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

  5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

  6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

  7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

 ② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

  자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

 ① 법 제98조 전단에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 란 다음 각 호의 경우를 말한다.

  6. ⁠「민법」제245조제1항의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해 부동산의 점유를 개시한 날

  7. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

민법 제245조【점유로 인한 부동산소유권의 취득기간】

 ① 20년간 소유의 의사로 평온, 공연하게 부동산을 점유하는 자는 등기함으로써 그 소유권을 취득한다.

출처 : 국세청 2023. 08. 10. 서면-2022-법인-4722[법인세과-1294] | 국세법령정보시스템