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기발급 세금계산서 미신고 후 재발급 시 가산세 여부

부가가치세과-702  ·  2012. 06. 20.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 부가가치세법상 공급시기에 정당하게 세금계산서를 발급했으나 해당 과세기간에 부가가치세 신고와 매출처별세금계산서합계표 제출을 하지 않고, 다음 과세기간에 당초 세금계산서를 회수·취소하지 않은 채 다시 세금계산서를 발급한 경우, 최초 세금계산서에 대하여 세금계산서미발급가산세가 적용되는지요?

S요약

사업자가 재화·용역의 공급시기에 정당하게 세금계산서를 발급했으나 해당 과세기간에 부가가치세 신고 및 매출처별세금계산서합계표 제출을 누락하고, 다음 과세기간에 당초 세금계산서를 회수·취소하지 않은 채 다시 세금계산서를 발급한 경우라면, 최초 세금계산서에 대해서는 부가가치세법 제22조제3항제1호의 세금계산서미발급가산세는 적용되지 않는 것으로 판단되며, 다만 최초 발급의 정당성 및 회수·취소 절차 미이행 여부는 사실판단 사항으로 보입니다.
#세금계산서미발급가산세 #부가가치세 가산세 #세금계산서 재발급 #공급시기 세금계산서 #매출처별세금계산서합계표 #부가세 신고누락
핵심 정리

R회신 내용 부가가치세과-702  ·  2012. 06. 20.

  • 본 회신은 국세청 부가가치세과-702 (2012.06.20.)에서 제시한 유권해석 내용에 따른 것입니다.
  • 사업자가 부가가치세법 제9조에 규정하는 거래시기에 세금계산서를 적법하게 발급하였음에도, 해당 과세기간에 매출처별세금계산서합계표 제출 의무 및 관련 부가가치세 신고 의무를 이행하지 아니한 사실이 있는 경우라 하더라도, 세금계산서 자체는 공급시기에 정당하게 발급된 것으로 전제되는 경우에는 세금계산서 미발급에 해당하지 않는 것으로 보입니다.
  • 위와 같은 사안에서 당초 과세기간이 지난 후 다음 과세기간에 이르러, 이미 발급한 세금계산서를 회수·취소하는 절차를 거치지 아니하고, 동일 거래에 대하여 다시 세금계산서를 재발급한 경우에도, 국세청은 최초의 세금계산서가 공급시기에 정당하게 발급되었다는 전제 아래, 그 최초 세금계산서에 대하여는 부가가치세법 제22조 제3항 제1호의 세금계산서미발급가산세는 적용하지 아니하는 것으로 회신하였습니다.
  • 다만, 국세청은 당초 세금계산서가 실제 거래·공급시기에 맞추어 적법하게 발급된 것인지, 그리고 이후 다음 과세기간에 재발급한 세금계산서와 관련하여 최초 세금계산서를 회수·취소하는 통상적인 정정 절차를 거치지 아니하였는지 여부 등은 개별 사실관계를 종합하여 판단해야 할 사실판단 사항이라고 부연하였습니다.
  • 따라서, 귀 질의와 같이 공급시기에 세금계산서를 발급하였음에도 세법해석의 견해 차이 등으로 인하여 당해 과세기간에 부가가치세 신고 및 합계표 제출을 하지 않은 경우에, 그 사정만으로는 세금계산서 미발급으로 보아 가산세를 적용하기는 어렵다고 해석되며, 세금계산서 발급·회수·취소 및 재발급의 구체적 경위와 증빙을 명확히 정리해 둘 필요가 있는 것으로 보입니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제9조 (재화 또는 용역의 공급시기): 재화 또는 용역의 공급이 이루어진 시점을 공급시기로 정하여 세금계산서 발급 및 과세표준 신고의 기준시기로 규정
  • 부가가치세법 제16조 (세금계산서의 발급): 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급시기가 속하는 과세기간까지 필요한 사항을 기재한 세금계산서를 정당하게 발급하여야 함을 규정
  • 부가가치세법 제22조 제3항 (세금계산서 관련 가산세): 사업자가 일정한 세금계산서 관련 의무를 위반하는 경우 공급가액에 2% 상당의 가산세를 부과하도록 규정
  • 부가가치세법 제22조 제3항 제1호 (세금계산서 미발급 가산세): 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 말의 다음 달 10일까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 해당 공급가액의 2%를 가산세로 부과하도록 규정
  • 부가가치세법상 매출처별세금계산서합계표 제출 및 신고의무 규정: 세금계산서 발급 내역을 합산하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하고, 부가가치세 신고 시 매출 과세표준에 반영하여야 함을 규정
사례 Q&A
1. 공급시기에 세금계산서를 발급했는데 부가세 신고를 누락하면 세금계산서 미발급 가산세가 나오나요?
답변
공급시기(과세기간 말의 다음 달 10일까지)에 정당하게 세금계산서를 발급한 사실이 인정된다면, 단순히 해당 과세기간에 부가가치세 신고와 매출처별세금계산서합계표 제출을 하지 않았다는 이유만으로 그 거래에 세금계산서미발급가산세가 적용되지는 않는 것으로 보입니다.
근거
국세청 부가가치세과-702(2012.06.20.)는 거래시기에 세금계산서를 적법하게 발급한 경우에는 그 후 신고를 누락했더라도 부가가치세법 제22조제3항제1호의 세금계산서미발급가산세는 적용하지 아니한다고 회신하였습니다.
2. 이미 발급한 세금계산서를 취소 없이 두고 다음 과세기간에 다시 세금계산서를 발급하면 가산세가 어떻게 되나요?
답변
기존 과세기간에 정당하게 발급된 세금계산서가 있고, 이를 회수·취소하는 절차를 거치지 않은 채 다음 과세기간에 다시 세금계산서를 발급한 경우라도, 최초 세금계산서에 대해서는 세금계산서 미발급 가산세는 적용되지 않는 것으로 판단됩니다.
근거
부가가치세과-702 유권해석에 따르면, 사업자가 거래시기에 세금계산서를 발급하였다가 다음 과세기간에 회수·취소 없이 재발급한 사안에서, 최초 세금계산서에 대해 부가가치세법 제22조제3항제1호의 가산세는 적용하지 않는다고 명시하고 있습니다.
3. 세금계산서를 정당하게 발급했는지 여부는 누가 어떻게 판단하나요?
답변
세금계산서가 공급시기에 정당하게 발급되었는지, 그리고 회수·취소 절차를 실제로 거치지 않았는지는 계약 내용, 준공·인도 일자, 관리운영권 등록, 실제 대가 정산 경위 등 관련 자료를 종합해 과세관청이 사실판단을 통해 확인하게 됩니다.
근거
국세청 부가가치세과-702 회신은 당초 세금계산서를 정당하게 발급했는지, 회수·취소 절차를 거치지 않았는지 여부는 개별 사정을 종합한 사실판단 사항이라고 명시하여, 일률이 아니라 구체적 사실관계를 근거로 판단한다고 설명하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

사업자가 부가가치세법 제9조에 규정하는 거래시기에 정당하게 세금계산서를 발급하였으나 매출처별세금계산서합계표 제출 의무와 관련 부가가치세 신고 의무를 이행하지 아니하다가, 다음 과세기간에 당초 발급한 세금계산서를 회수ㆍ취소하는 절차를 거치지 아니하고 다시 세금계산서를 발급한 경우에는, 당초 발급한 세금계산서에 대하여 ⁠「부가가치세법」 제22조제3항제1호에 해당하는 가산세는 적용하지 아니하는 것임

회신

사업자가 부가가치세법 제9조에 규정하는 거래시기에 정당하게 세금계산서를 발급하였으나 매출처별세금계산서합계표 제출 의무와 관련 부가가치세 신고 의무를 이행하지 아니하다가, 다음 과세기간에 당초 발급한 세금계산서를 회수∙취소하는 절차를 거치지 아니하고 다시 세금계산서를 발급한 경우에는, 당초 발급한 세금계산서에 대하여 ⁠「부가가치세법」 제22조제3항제1호에 해당하는 가산세는 적용하지 아니하는 것임
다만, 당초 세금계산서를 정당하게 발급하였는지와 당초 발급한 세금계산서에 대하여 회수∙취소 절차를 거치지 아니한 것인지 여부는 관련 사실을 종합하여 사실판단할 사항임

[관련 참고자료]

1. 사실관계

 가. 질의자(이하 당사라 함)는 사회간접자본시설에 대한 민간투자법에 의거 ☆☆시 소재의 하수관거정비시설에 대한 민간투자사업 실시협약을 ☆☆시와 체결하고 준공 후 운영개시일부터 20년간 사용 수익하기로 함

 나. 당사는 2010.8.24. 위 시설을 준공하고 같은 날짜에 해당 지자체에 기부채납 및 관리운영권등록필증을 교부받고 2010.8.25.부터 관리운영하고 있음

 다. 총민간투자비 및 시설임대료 확정을 위한 협의 지연으로 총민간투자비를 잠정합의하고 2010.11.11.에 변경관리운영권 등록부를 교부받아 자금조달 진행함

   - 당사는 위 날짜로 총민간투자비 예정가액으로 하여 해당 지자체에 영세율 매출세금계산서를 교부한 사실이 있으나, 이에 대해 부가가치세 신고 시 매출 과세표준 및 매출처별세금계산서합계표에 포함하여 신고한 사실은 없음

 라. 2011.2.14. 협의가 종결되어 당사는 총민간투자비 최종가액으로 기부채납절차가 최종완료된 것으로 하여 관리운영권등록부를 재교부 받고,

   - 당초 2010.11.11. 발행 교부된 매출세금계산서를 대체하여 위 최종가액으로 하여 전자세금계산서를 발급 교부하고 부가가치세 신고의무를 이행함

2. 질의내용

   위 하수관거정비시설의 공급시기에 대한 세법해석의 견해차이로 인해 당초 세금계산서를 발급하고도 당해 과세기간에 이에 대한 부가가치세 신고를 이행하지 않은 경우, 세금계산서미발급가산세가 적용되는지 여부

3. 질의내용에 대한 자료

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

 ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 적힌 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

  1. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(대통령령으로 정하는 경우에는 그 과세기간 말의 다음 달 10일)까지 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우

출처 : 국세청 2012. 06. 20. 부가가치세과-702 | 국세법령정보시스템