요지

수입하는 자가 특정물품에 대해 세관장의 원산지 검증조사에 따른 특혜관세 배제로 관세 및 부가세를 부과 받아 납부하였으나, 세관장으로부터 수정수입세금계산서를 발급받지 못한 경우 수입하는 자는 부가가치세 신고납부의무가 없는 것임

회신

수입하는 자가 FTA협정관세율을 적용받아 무관세로 물품을 수입하였으나, ⁠「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정한 경우로서 ⁠「부가가치세법」제35조제2항에 따라 수정수입세금계산서를 발급받지 못한 경우 발급받지 못한 수정수입세금계산서에 대하여는 같은 법 제49조에 따른 부가가치세 확정신고 및 제54조에 따른 매입처별세금계산서합계표 제출 의무가 없는 것입니다.

 질의요지

  ○ 조달청이 세관장의 원산지 검증 조사에 따라 특정 수입물품의 특혜관세가 배제되어 관세 및 수입 부가가치세를 추가로 납부하였으나, 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받지 못한 경우 부가가치세를 신고하여야 하는지 여부

 사실관계

 ○ **지방조달청(이하 ⁠“질의법인”)은 ’15년에 FTA협정관세율을 적용받아 무관세로 수입^*한 주석에 대해 ’18년 관세청의 원산지 검증조사 결과에 따라 특혜관세가 배제됨

  * 조달청 수입신고 프로세스

 ○ 질의법인은 ’18.12월 세관장으로부터 해당 물품에 대한 특혜관세를 배제받아 관세 및 수입 부가가치세를 납부하였으나, 기 납부한 수입 부가가치세 등에 대하여 수입세금계산서를 발급받지 못함

 ○ 질의법인은 계약자에게 원산지 증명서 제출에 대한 책임을 물어 질의법인이 기 납부한 관세 및 수입 부가가치세 해당 금액을 ’19년 2월 환수조치함

 관련법령

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

  부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

  1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

  2. 재화의 수입

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

   1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

   2. 공급받는 자의 등록번호.

   3. 공급가액과 부가가치세액

  4. 작성 연월일

  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

  ⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

○ 부가가치세법 제35조 【수입세금계산서】

  ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

  ② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 "수정수입세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

   1. ⁠「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우

   2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 ⁠「관세법」에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   가. ⁠「통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약」에 따른 관세협력이사회나 ⁠「관세법」에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우

   나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우

   다. 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

  ③ 수입하는 자는 제2항에도 불구하고 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하는 경우 「국세기본법」 제26조의2제1항이나 같은 조 제6항제1호에 따른 기간 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 수정수입세금계산서의 발급을 신청할 수 있다.

  ④ 제2항에 따라 수정수입세금계산서를 발급한 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별세금게산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.

  ⑤ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

   2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다).

○ 부가가치세법 시행령 제72조 【수입세금계산서】

  ① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다.

  ② 세관장은 ⁠「관세법」에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조제2항, 제38조의2제1항ㆍ제2항, 제38조의3제1항부터 제3항까지, 제38조의4제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」 제38조의3제1항에 따른 수정신고를 하는 경우에는 법 제35조제2항제2호 각 목의 어느 하나에 해당할 때에만 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

  ③ 법 제35조제2항제2호 각 목 외의 부분에서 "세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

   1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

   2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

   3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

  ④ 법 제35조제2항제2호다목에서 "수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 「관세법」 제9조제2항에 따라 수입신고가 수리되기 전에 수입자가 세액을 납부한 경우로서 같은 항에 따른 수입신고가 수리되기 전에 해당 세액에 대하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

   2. 수입자의 귀책사유 없이 「관세법」 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성‧제출되었음이 확인된 경우

   6. 제1호부터 제5호까지에서 규정한 사항 외에 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

  ⑤ 세관장이 제2항과 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급한 날을 작성일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급한다.

○ 부가가치세법 제50조 【재화의 수입에 대한 신고‧납부】

  제3조제2호의 납세의무자가 재화의 수입에 대하여 ⁠「관세법」에 따라 관세를 세관장에게 신고하고 납부하는 경우에는 재화의 수입에 대한 부가가치세를 함께 신고하고 납부하여야 한다.

○ 부가가치세법 제54조 【세금계산서합계표의 제출】

  ① 사업자는 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급하였거나 발급받은 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 매출처별 세금계산서합계표와 매입처별 세금계산서합계표(이하 "매출‧매입처별 세금계산서합계표"라 한다)를 해당 예정신고 또는 확정신고(제48조제3항 본문이 적용되는 경우는 해당 과세기간의 확정신고를 말한다)를 할 때 함께 제출하여야 한다.

  1. 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

   2. 거래기간

   3. 작성 연월일

   4. 거래기간의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액

   5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

  ② 제32조제2항 또는 제5항에 따라 전자세금계산서를 발급하거나 발급받고 제32조제3항 및 제5항에 따른 전자세금계산서 발급명세를 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(예정신고의 경우에는 예정신고기간) 마지막 날의 다음 달 11일까지 국세청장에게 전송한 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 예정신고 또는 확정신고(제48조제3항 본문이 적용되는 경우에는 해당 과세기간의 확정신고) 시 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니할 수 있다.

  ④ 수입세금계산서를 발급한 세관장은 제1항과 제2항을 준용하여 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다

○ 부가가치세법 시행령 제90조 【예정신고와 납부】

  ② 법 제48조제1항 및 제4항에 따른 부가가치세의 예정신고를 할 때에는 기획재정부령으로 정하는 다음 각 호의 사항을 적은 부가가치세 예정신고서를 각 납세지 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, 제107조제4항에 따른 신고를 할 때 이미 신고한 내용은 예정신고 대상에서 제외한다.

   1. 사업자의 인적사항

   2. 납부세액 및 그 계산 근거

   3. 공제세액 및 그 계산 근거

   4. 법 제54조제1항에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표(이하 "매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표"라 한다)의 제출 내용

   5. 그 밖의 참고 사항

○ 부가가치세법 시행령 제91조 【확정신고와 납부】

  ① 법 제49조제1항에 따른 부가가치세의 확정신고를 할 때에는 기획재정부령으로 정하는 다음 각 호의 사항을 적은 부가가치세 확정신고서를 각 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

   1. 사업자의 인적사항

   2. 납부세액 및 그 계산근거

   3. 가산세액ㆍ공제세액 및 그 계산근거

   4. 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표의 제출 내용

   5. 그 밖의 참고 사항

○ 관세법 제38조의3 【수정 및 경정】

  ⑥ 세관장은 납세의무자가 신고납부한 세액, 납세신고한 세액 또는 제2항 및 제3항에 따라 경정청구한 세액을 심사한 결과 과부족하다는 것을 알게 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 세액을 경정하여야 한다.

○ 수입세금계산서 교부에 관한 고시 제3조 【수입세금계산서의 수정교부】(관세청고시 제2017-51호, 2017.7.28.)

  ① 세관장은 수입세금계산서를 교부한 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 수입세금계산서를 수정하여 교부하여야 한다.

   1. 수입신고서의 납세의무자를 착오로 잘못 신고하여 변경하는 경우

   2. 법인합병으로 인한 납세의무의 승계로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우

   3. 수입물품이「여신전문금융업법」에 따른 대여시설물품으로서 수입신고서의 납세의무자와 대여시설이용자가 다른 경우

   4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지에 준하는 정정사유가 있다고 세관장이 인정하는 경우

  ② 제1항에 따라 수입세금계산서를 수정교부 받으려는 자는 별지 제2호 서식의 수입세금계산서 수정교부 신청서를 원래의 수입세금계산서를 교부한 세관장에게 제출하여야 하며, 신청서류는 우편으로 제출할 수 있다.

  ③ 세관장은 제2항에 따른 신청을 받으면 다음 각 호의 방법으로 수정수입세금계산서를 교부할 수 있다.

   1. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 추가되는 금액은 정(+)의 세금계산서를 교부하고, 차감되는 금액은 부(-)의 세금계산서를 교부한다.

출처 : 국세청 2020. 10. 26. 서면-2019-법령해석부가-2679[법령해석과-3418] | 국세법령정보시스템