요지

무증자합병 시 포합주식에 대하여 합병신주를 교부하지 않더라도 포합주식에 대하여 합병신주를 발행한 후 자기주식으로 소각되는 것과 그 실질이 동일함

회신

완전모회사가「조세특례제한법」 제38조제2항(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)에 따라 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사의 주식을 장부가액으로 취득하여 과세특례를 적용받은 후 완전자회사를 합병하는 경우로서 합병법인이 보유하고 있던 피합병법인의 주식(이하 ⁠“포합주식”)에 대하여 합병신주를 교부하지 않는 경우 해당 포합주식에 대해 합병신주를 발행한 후 자기주식으로 소각되는 것과 그 결과는 실질적으로 동일하므로 합병법인이 취득한 피합병법인의 주식에 대하여 자산조정계정으로 손금에 산입한 금액은 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제35조의2제9항(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)에 따라 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것임

1. 질의내용

○ 완전모회사가 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사 주식을 취득하여 과세특례를 적용받은 후 완전자회사를 합병하는 경우로서 포합주식에 대하여 신주를 교부하지 않는 무증자합병을 하는 경우

  - 해당 포합주식이 자기주식으로 소각되는 경우에 해당하는 것으로 보아 당초 자산조정계정으로 손금산입한 금액을 익금에 산입하지 않을 수 있는지 여부

2. 사실관계

 ○ A법인은 B법인과 C법인의 발행주식 총수를 보유하고 있는 완전모회사로서

   - 2015.11.20. A법인은 B법인 주식 전부를 C법인에 양도하고, 그 대가로 C법인의 신주를 교부받는 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환을 실시하였으며

   - 주식의 포괄적 교환 결과 B법인은 C법인의 완전자회사가 되었음

  ○ ⁠「조세특례제한법」제38조에 따르면 주식의 포괄적 교환을 통해 완전자회사의 주주가 완전자회사의 주식을 완전모회사의 주식과 교환하는 경우 주식양도차익에 대하여 압축기장충당금을 설정하여 과세이연을 받을 수 있도록 하고 있는바

  - A법인(완전자회사의 주주)은 B법인(완전자회사) 주식의 양도차익에 대해 압축기장충당금을 설정하여 과세이연을 받았음

 ○ 또한,「조세특례제한법 시행령」제35조제9항(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)에 따르면 완전모회사는 주식의 포괄적 교환을 통하여 취득한 완전자회사의 주식을 시가로 계상하되 시가와 장부가액 차이에 대하여 자산조정계정을 계상하도록 정하고 있는바

  - 이에 따라 C법인(완전모회사)은 포괄적 교환을 통하여 취득한 B법인(완전자회사)의 주식의 시가(1,145억원, 상증법상 보충적 평가액)와 B법인 주식 장부가액(90억원)의 차이 1,055억원을 자산조정계정으로 계상하고 다음과 같이 세무조정하였음

     * 자산조정계정은 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각하는 경우에는 익금산입하지 않고 소멸됨(舊조특령§35⑨)

 ○ 현재 C법인은 B법인과 완전모회사-완전자회사간 합병을 추진 중에 있으며 합병 과정에서 합병포합주식인 B법인 주식에 합병신주를 교부하지 아니할 예정임(무증자합병)

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제38조【주식의 포괄적 교환･이전에 대한 과세 특례(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

   1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

   2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

   3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 장부가액으로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사 주식의 장부가액과 주식의 포괄적 교환·이전일 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다.

   1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우

   2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

 ③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의2【자산의 포괄적 교환･이전에 대한 법인의 과세특례】(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

   1. 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환·이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액

   2. 제1호의 금액과 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액

 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사의 주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

 ⑦ 완전자회사의 주주에게 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식을 교부할 때에는 제6항에 따른 주주에게 다음 계산식에 따른 금액 이상의 완전모회사의 주식을 교부하여야 한다.

 ⑧ 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지 여부를 판정할 때 완전자회사가 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 보유하는 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 사업을 폐지한 것으로 본다.

 ⑨ 완전모회사는 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에 따라 완전자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사의 주식의 가액을 주식의 포괄적 교환·이전일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 완전자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다.

 ⑩ 제9항에 따른 완전자회사의 주식의 장부가액 합계액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다.

   1. 제6항에 따른 주주 및 지분비율이 100분의 1 이상인 주주가 보유하던 주식: 「소득세법」 제97조제1항제1호에 따른 취득가액

   2. 제1호의 주주 외의 주주가 보유하던 주식: 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 완전자회사의 순자산장부가액에 해당 주주의 지분비율을 곱한 금액

 ⑪ 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

 ⑫ 완전모회사가 법 제38조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제9항에 따라 계상한 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제9항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.

 ⑬ 법 제38조제3항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전모회사 및 제6항에 따른 주주가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   2. 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 ⑭ 법 제38조제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑮ 법 제38조제2항을 적용받으려는 완전모회사는 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자산조정계정 명세서 및 완전자회사 주식의 장부가액 합계액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 상법 제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

 ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다.

 ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받거나 그 회사 자기주식의 이전을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

출처 : 국세청 2019. 07. 19. 서면-2019-법령해석법인-0084[법령해석과-1883] | 국세법령정보시스템