요지

조세특례제한법 제97조의5에 따른 장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어서 장기일반민간임대주택의 보유기간 중 리모델링사업으로 장기일반민간임대주택이 ⁠「주택법」제2조제6호에 따른 국민주택규모를 초과하게 되는 경우에는 ⁠「조세특례제한법」제97조의5에 따른 감면대상에 해당하지 않는 것임

회신

귀 서면질의의 경우와 같이, 조세특례제한법 제97조의5에 따른 장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어서 장기일반민간임대주택의 보유기간 중 리모델링사업으로 장기일반민간임대주택이 ⁠「주택법」제2조제6호에 따른 국민주택규모를 초과하게 되는 경우에는 ⁠「조세특례제한법」제97조의5에 따른 감면대상에 해당하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○(임대사업자 등록)‘18.4월 질의자는 서울 소재 A아파트(전용면적 84.94, ⁠“쟁점주택”)을 취득함

  - ⁠‘18.7월 질의자는 쟁점주택을 장기일반민간임대주택^*으로 등록

   * 조특법§97조의5 요건과 관련하여 질의자가 질의한 ⁠“면적요건(‘국민주택규모’ 이하일 것) 충족 여부” 이외의 다른 요건(임대의무기간 충족, 임대료 등)은 검토하지 않음

○(리모델링) ⁠‘21. 쟁점주택은 ⁠「주택법」에 따른 증축형 리모델링 사업을 시행할 예정으로 각 호당 101.41㎡으로 면적이 증가할 예정임^*

    * 쟁점주택이 소재한 아파트의 주민들이 리모델링조합(주택법§66)을 결성 단계 → 전체 아파트 구분소유자의 3분의 2가 찬성한다면 쟁점주택 역시 리모델링 대상임(주택법 11조, 같은 법 22조)

2. 질의내용

○ ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」에 의하여 장기일반민간임대주택으로 등록 후 임대 중, ⁠「주택법」에 따른 리모델링 사업으로 국민주택규모보다 면적이 넓어진 경우,「조세특례제한법」제97조의5에 의해 양도소득세 감면되는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제97조의5(2020.8.18, 법률 제17842호로 개정된 것) 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 감면】

① 거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생한 양도소득에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 1. 2018년 12월 31일까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호의 민간매입임대주택 및 「공공주택 특별법」 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 취득(2018년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하고, 취득일로부터 3개월 이내에 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 장기일반민간임대주택등으로 등록할 것

 2. 장기일반민간임대주택등으로 등록 후 10년 이상 계속하여 장기일반민간임대주택등으로 임대한 후 양도할 것

 3. 임대기간 중 제97조의3제1항제2호의 요건을 준수할 것

② 제1항에 따른 세액감면은 제97조의3의 장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례 및 제97조의4의 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의5 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 세액감면】

① 법 제97조의5제1항제2호에 따른 10년 이상 계속하여 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 임대한 경우는 장기일반민간임대주택등으로 10년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 계속하여 10년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 경우에는 해당 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 본다.

 1. 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 주민등록을 이전하는 날까지의 기간으로서 6개월 이내의 기간

 2. 제72조제2항 각 호의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되어 임대할 수 없는 경우의 해당 기간

 3. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 ⁠「주택법」에 따른 리모델링의 사유로 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간

② 법 제97조의5제1항을 적용할 때 임대기간 중 발생한 양도소득은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 제1항에 따른 임대기간의 마지막 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용하여 계산한다.

③ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호 및 제3호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

④ 법 제97조의5제3항에 따라 과세특례 적용의 신청을 하려는 자는 해당 장기일반민간임대주택등의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항, 제4항 및 제6항을 준용한다.

○ 조세특례제한법 제97조의3【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 2022년 12월 31일까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

 1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자를 말한다.

② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 ⁠「주택법」에 따른 리모델링으로 인하여 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.

③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

 1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

 2. 「주택법」 제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것

 3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것

 4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것

○ 조세특례제한법(2014.12.23., 법률 제12853호로 개정된 것) 제97조의5 【준공공임대주택등에 대한 양도소득세 감면】

① 거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 기업형임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 준공공임대주택(이하 이 조에서 "준공공임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생한 양도소득에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 1. 2017년 12월 31일까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호의 민간매입임대주택 및 「공공주택 특별법」 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 취득(2017년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하고, 취득일로부터 3개월 이내에 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 준공공임대주택등으로 등록할 것

 2. 준공공임대주택등으로 등록 후 10년 이상 계속하여 준공공임대주택등으로 임대한 후 양도할 것

 3. 임대기간 중 제97조의3제1항제2호의 요건을 준수할 것

○ 임대주택법(2013.06.04. 법률 제11870호로 개정된 것) 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3의3. "준공공임대주택"이란 매입임대주택으로서 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 또는 지방공사 외의 임대사업자가 10년 이상 계속하여 임대하는 전용면적 85제곱미터 이하의 주택을 말한다.

○ 임대주택법(2013.06.04. 법률 제11870호로 개정된 것) 제6조의2 【준공공임대주택의 등록】

 ① 준공공임대주택을 임대하려는 자는 해당 주택이 소재하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 이를 등록하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다.

 ③ 제1항과 제2항에 따른 등록기준 및 등록ㆍ신고의 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 임대주택법(2013.06.04. 법률 제11870호로 개정된 것) 제6조의3 【준공공임대주택의 등록 취소】

① 준공공임대주택이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 해당 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 그 등록을 취소할 수 있다. 다만 제1호부터 제3호까지에 해당하는 경우에는 등록을 취소하여야 한다.

 1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 등록한 경우

 2. 제6조의2의 등록기준을 갖추지 못한 경우

 3. 제15조에 따라 등록이 말소되는 경우

○ 임대주택법 시행령(2014.04.29, 대통령령 제25339호로 시행된 것) 제8조의2 【준공공임대주택의 등록기준】

 법 제6조의2제1항에 따라 준공공임대주택으로 등록할 수 있는 주택은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 주택으로 한다.

 1. 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 또는 지방공사 외의 임대사업자가 공급하는 매입임대주택일 것

 2. 전용면적이 85제곱미터 이하일 것

○ 민간임대주택에 관한 특별법(2015.08.28. 법률 제13499호로 개정된 것) 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  5. "준공공임대주택"이란 일반형임대사업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법(2015.08.28. 법률 제13499호로 개정된 것) 제5조 【임대사업자의 등록】

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장·군수·구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

 1. 기업형임대사업자 및 일반형임대사업자

 2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

 3. 기업형임대주택, 준공공임대주택 및 단기임대주택

④ 제1항부터 제3항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법(2015.08.28. 법률 제13499호로 개정된 것)제6조 【임대사업자 등록의 말소】

① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

 4. 제5조제4항의 등록기준을 갖추지 못한 경우. 다만, 일시적으로 등록기준에 미달하는 등 대통령령으로 정하는 경우는 그러하지 아니하다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

4. "공공지원민간임대주택"이란 임대사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 이 법에 따른 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택을 말한다.

  가. ⁠「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하 "주택도시기금"이라 한다)의 출자를 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택

  나. 「주택법」 제2조제24호에 따른 공공택지 또는 이 법 제18조제2항에 따라 수의계약 등으로 공급되는 토지 및 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제2조제6호에 따른 종전부동산(이하 "종전부동산"이라 한다)을 매입 또는 임차하여 건설하는 민간임대주택

  다. 제21조제2호에 따라 용적률을 완화 받거나 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따라 용도지역 변경을 통하여 용적률을 완화 받아 건설하는 민간임대주택

  라. 제22조에 따라 지정되는 공공지원민간임대주택 공급촉진지구에서 건설하는 민간임대주택

  마. 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 공공지원을 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택

 5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

 6. 삭제

 7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

○ 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

 6. "국민주택규모"란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.

○ 주택법 제11조 【주택조합의 설립 등】

① 많은 수의 구성원이 주택을 마련하거나 리모델링하기 위하여 주택조합을 설립하려는 경우(제5항에 따른 직장주택조합의 경우는 제외한다)에는 관할 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)의 인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 주택조합을 해산하려는 경우에도 또한 같다.

③ 제1항에 따라 주택을 리모델링하기 위하여 주택조합을 설립하려는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 구분소유자(「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」 제2조제2호에 따른 구분소유자를 말한다. 이하 같다)와 의결권(「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」 제37조에 따른 의결권을 말한다. 이하 같다)의 결의를 증명하는 서류를 첨부하여 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 인가를 받아야 한다.

 1. 주택단지 전체를 리모델링하고자 하는 경우에는 주택단지 전체의 구분소유자와 의결권의 각 3분의 2 이상의 결의 및 각 동의 구분소유자와 의결권의 각 과반수의 결의

 2. 동을 리모델링하고자 하는 경우에는 그 동의 구분소유자 및 의결권의 각 3분의 2 이상의 결의

○ 주택법 제22조 【매도청구 등】

① 제21조제1항제1호에 따라 사업계획승인을 받은 사업주체는 다음 각 호에 따라 해당 주택건설대지 중 사용할 수 있는 권원을 확보하지 못한 대지(건축물을 포함한다. 이하 이 조 및 제23조에서 같다)의 소유자에게 그 대지를 시가(市價)로 매도할 것을 청구할 수 있다. 이 경우 매도청구 대상이 되는 대지의 소유자와 매도청구를 하기 전에 3개월 이상 협의를 하여야 한다.

   1. ~ 2. ⁠(생략)

② 제1항에도 불구하고 제66조제2항에 따른 리모델링의 허가를 신청하기 위한 동의율을 확보한 경우 리모델링 결의를 한 리모델링주택조합은 그 리모델링 결의에 찬성하지 아니하는 자의 주택 및 토지에 대하여 매도청구를 할 수 있다.

③ ⁠(생략)

○ 주택법 제66조 【리모델링의 허가 등】

① 공동주택(부대시설과 복리시설을 포함한다)의 입주자ㆍ사용자 또는 관리주체가 공동주택을 리모델링하려고 하는 경우에는 허가와 관련된 면적, 세대수 또는 입주자 등의 동의 비율에 관하여 대통령령으로 정하는 기준 및 절차 등에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다.

② 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 기준 및 절차 등에 따라 리모델링 결의를 한 리모델링주택조합이나 소유자 전원의 동의를 받은 입주자대표회의(「공동주택관리법」 제2조제1항제8호에 따른 입주자대표회의를 말하며, 이하 "입주자대표회의"라 한다)가 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아 리모델링을 할 수 있다.

○ 주택법 제68조【증축형 리모델링의 안전진단】

① 제2조제25호나목 및 다목에 따라 증축하는 리모델링(이하 "증축형 리모델링"이라 한다)을 하려는 자는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 안전진단을 요청하여야 하며, 안전진단을 요청받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 해당 건축물의 증축 가능 여부의 확인 등을 위하여 안전진단을 실시하여야 한다.

출처 : 국세청 2020. 09. 22. 서면-2020-법령해석재산-2164[법령해석과-3036] | 국세법령정보시스템