요지

취득시기가 분명하지 아니한 자산의 일부를 양도하는 경우 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보며, 취득시기가 동일한 자산 중 일부를 양도하는 경우 양도자산은 각 자산 보유비율대로 양도되었다고 보는 것임

회신

귀 서면질의의 경우 법인의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 주주가 무상으로 받은 주식의 취득일은 그 무상주의 취득이 ⁠「소득세법」 제17조제2항에 의해 의제배당으로 과세되지 않는 경우 당해 무상주 취득의 원인이 되는 기존주식의 취득일입니다.
또한, ⁠「소득세법」 제98조 및 ⁠「소득세법 시행령」 제162조제1항을 적용할 때 양도한 주식의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 ⁠「소득세법 시행령」 제162조제5항에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 것이며,
양도된 주식의 취득시기가 동일하고, 양도된 주식의 취득가액을 구체적으로 확인할 수 없는 경우에는 취득시기가 동일한 전체주식 대비 취득가액이 다른 각각 주식의 비율대로 양도된 것으로 보아 취득가액을 산정하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○신청인은 다음과 같이 ㈜알테오젠(벤처기업, 상장법인)에 대한 적격주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득한 후 당해 주식을 기초로 무상증자를 통해 추가로 주식 취득^*

    * 법인의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 주주가 무상으로 받은 주식 중 의제배당으로 과세되지 않은 주식의 취득시기는 당해 무상주 취득의 원인이 된 ⁠‘기존주식의 취득일’임(재재산-1591, 2006.12.29.)

  - 양도한 주식은 취득시기가 구분하여 기장되어 있지 아니하고, 무상증자로 취득한 주식은 취득 시 의제배당으로 과세되지 아니함

    (사례1)

  -’21.4.8. 900주를 1주당 200,000원에 양도

   ※ ’21.4.8. 양도일 현재 ’19년에 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식은 1년 이상 보유하여, 매도시 매도가액에서 행사가액의 차액에 매도수량을 곱하여 계산된 양도차익을 기준으로 양도소득세를 신고해야 함(조특법§16의4)

    (사례2)

  - ’20.12.28. 4,900주를 1주당 150,000원에 양도함

   ※ ’20.12.28. 양도일 현재 ’19.3.20. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식은 1년 이상 보유하여, 매도시 매도가액에서 행사가액의 차액에 매도수량을 곱하여 계산된 양도차익을 기준으로 양도소득세를 신고해야 하고,

      ’20.4.1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식은 1년 미만 보유하여 매도시 근로소득세 또는 기타소득세 과세대상이 됨(조특법§16의4)

2. 질의내용

 ○주식매수선택권 행사로 취득한 주식과 무상증자로 취득한 주식 중 일부를 양도한 경우로서, 양도한 주식의 취득시기의 선후관계가 분명하지 않은 경우, 양도순서 판단방법

3. 관련법령 및 관련사례

□ 조세특례제한법 제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】

① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2024년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 "시가 이하 발행이익"이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사시에 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다.

  1. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

  2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것

 ② 적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 「소득세법」 제94조제1항제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 ③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액을 「소득세법」 제97조제1항제1호에 따른 취득가액으로 한다.

 ④ 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 ⁠「법인세법」 제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 ⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며(제2호의 경우에는 제1항제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익을 대상으로 한다), 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다.

  1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다): 증여일 또는 처분일

  2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우: 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날

 ⑥ ∼ ⑧ 생략

□ 소득세법 제98조【양도 또는 취득시기】

 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

□ 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득시기】

 ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

  1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

  2. ∼ 10. 생략

 ② 삭제

 ③ 삭제

 ④ 삭제

 ⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

□ 법인세법 제16조【배당금 또는 분배금의 의제】

 ① 다음 각 호의 금액은 다른 법인의 주주 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다)인 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 다른 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 본다.

  1. 주식의 소각, 자본의 감소, 사원의 퇴사ㆍ탈퇴 또는 출자의 감소로 인하여 주주등인 내국법인이 취득하는 금전과 그 밖의 재산가액의 합계액이 해당 주식 또는 출자지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

  2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본이나 출자에 전입(轉入)함으로써 주주등인 내국법인이 취득하는 주식등의 가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액을 자본에 전입하는 경우는 제외한다.

   가. 「상법」 제459조제1항에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것

   나. ⁠「자산재평가법」에 따른 재평가적립금(같은 법 제13조제1항제1호에 따른 토지의 재평가차액에 상당하는 금액은 제외한다)

  3. 법인이 자기주식 또는 자기출자지분을 보유한 상태에서 제2호 각 목에 따른 자본전입을 함에 따라 그 법인 외의 주주등인 내국법인의 지분 비율이 증가한 경우 증가한 지분 비율에 상당하는 주식등의 가액

  4. 해산한 법인의 주주등(법인으로 보는 단체의 구성원을 포함한다)인 내국법인이 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로서 취득하는 금전과 그 밖의 재산의 가액이 그 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

  5. 피합병법인의 주주등인 내국법인이 취득하는 합병대가가 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

  6. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주주인 내국법인이 취득하는 분할대가가 그 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주식(분할법인이 존속하는 경우에는 소각 등에 의하여 감소된 주식만 해당한다)을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

□ 소득세법 제17조【배당소득】

 ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

  3. 의제배당(擬制配當)

 ② 제1항제3호에 따른 의제배당이란 다음 각 호의 금액을 말하며, 이를 해당 주주, 사원, 그 밖의 출자자에게 배당한 것으로 본다.

  1. 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전, 그 밖의 재산의 가액(價額) 또는 퇴사ㆍ탈퇴나 출자의 감소로 인하여 사원이나 출자자가 취득하는 금전, 그 밖의 재산의 가액이 주주ㆍ사원이나 출자자가 그 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

  2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자의 금액에 전입함으로써 취득하는 주식 또는 출자의 가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액을 자본에 전입하는 경우는 제외한다.

   가. 「상법」 제459조제1항에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것

   나. ⁠「자산재평가법」에 따른 재평가적립금(같은 법 제13조제1항제1호에 따른 토지의 재평가차액에 상당하는 금액은 제외한다)

출처 : 국세청 2022. 04. 11. 서면-2021-법규재산-1234[법규과-1154] | 국세법령정보시스템