요지

원고가 하도급업체들로부터 실제 공사대금보다 과다하게 발행된 세금계산서를 수취한 사실은 제출한 증거를 통해 보면 인정됨.
구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급공제 받은 경우에 10년의 부과제척기간을 적용하며 조세포탈의 범의가 있다고 함은 자기의 행위가 사기 기타 부정한 행위라는 것을 인식하여야 함. 원고는 하도급업체에게 가공매입으로 받은 부가가치세를 모두 하도급업체에게 다시 지급하였으므로 원고는 사기 기타 부정한 행위에 대한 인식이 있었다고 보기 어렵다고 어려워 10년의 부과제척기간을 적용될 수 없음.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고 aa세무서장이 2017. 12. 1. 원고에게 한 별지3 목록 기재 부가가치세 부과처분 중 2007년 2기분부터 2012년 1기분까지에 관한 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 피고 aa세무서장에 대한 나머지 청구 및 피고 bb지방국세청장에 대한 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 aa세무서장 사이에 발생한 부분은 각 1/2씩 원고와 피고 aa세무서장이 각 부담하고, 원고와 피고 bb지방국세청장 사이에 발생한 부분은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고 aa세무서장이 2017. 12. 1. 원고에게 한 별지1 목록 기재 법인세 부과처분 중‘일부 취소 후 잔액’란 기재 세액에서 ⁠‘다툼 없는 부분’란 기재 세액을 각 초과하는 부분을, 별지3 목록 기재 부가가치세 부과처분 중 ⁠‘다툼 없는 부분’란 기재 세액을 각 초과하는 부분을 모두 취소하고, 피고 bb지방국세청장이 2017. 12. 1. 및 2018. 8. 1. 원고에게 한 소득자를 ⁠‘ccc’, 소득의 종류를 ⁠‘상여’로 하는 별지2 기재 각 소득금액변동통지 중 ⁠‘일부 취소 후 잔액’란 기재 금액에서 ⁠‘다툼 없는 부분’란 기재 금액을 각 초과하는 부분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 토목, 건축업 등을 영위하는 회사이다.

나. 피고 bb지방국세청장은 2017. 6. 28.부터 2017. 10. 16.까지 원고에 대하여 법인사업자 통합조사를 실시하여 원고가 2007년부터 2015년까지 건설산업기본법에 근거한 의무하도급비율을 충족하기 위하여 하도급업체로부터 실제 공사대금보다 과다하게 발행된 세금계산서를 수취하였다가, 실제 공사대금과의 차이를 현금으로 회수하거나 발행된 어음을 직접 추심하는 방법으로 공사대금 중 공급가액 6,014,403,146원(이하,‘쟁점매입액’이라 한다) 상당을 과다계상한 사실 등을 확인하고, 관련 자료를 피고 aa세무서장에게 통보하였다. 쟁점매입액의 상세내역은 별지4 기재와 같다.

다. 이에 피고 aa세무서장은 위와 같이 피고 bb지방국세청장으로부터 원고에 대한 관련 자료를 통보받은 후, 2017. 12. 1. 원고에게 별지1 및 별지3 목록 기재 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분의 ⁠‘2017. 12. 1. 당초처분‘란 기재와 같이 법인세와 부가가치세를 경정·고지하였고, 피고 bb지방국세청장은 쟁점매입액 중 3,517,519,548원은 대표이사 가수금으로 사내유보된 것으로 보았으나, 나머지 쟁점매입액 2,496,883,598원에다가 가공인건비, 대표이사 사적 사용경비 등을 포함한 2,928,501,444원은 사외유출된 것으로 보아 대표이사 ccc의 상여로 소득처분하여 같은 날 원고에게 소득금액변동통지를 하였다. 이후 피고 bb지방국세청장은 쟁점매입액 중 3,517,519,548원에 관하여도 대표이사 ccc의 상여로 소득처분하여 2018. 8. 1. 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하, 위 법인세 부과처분을 ’이 사건 법인세 부과처분‘이라 하고, 위 부가가치세 부과처분을 ’이 사건 부가가치세 부과처분‘이라 하며, 위 각 소득금액변동통지를 ’이 사건 소득금액변동통지‘라 하고, 위 각 처분을 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2018. 2. 28. 및 2018. 10. 30. 이 사건 각 처분에 관한 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2019. 6. 28. 쟁점매입액 중 3,517,519,548원은 현금 자체 또는 어음추심을 통해 원고에게 입금되어 원고의 가수금으로 계상되었고, 이후 채무면제이익으로 계상하여 실제로 사외로 유출되지 아니하였으며, 대표이사에게 인출될 가능성도 없고, 이미 위 금액을 가공매입으로 보아 매입채무 인식시점에 손금을 부인하여 각 사업연도의 소득으로 과세되었다는 등의 이유로 위 3,517,519,548원을 익금불산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 위 금액을 상여처분 대상에서 제외하여 소득금액변동통지금액을 경정하였으며, 나머지 심판청구를 기각하였다.

마. 이에 피고 aa세무서장은 2019. 7. 10. 이 사건 각 처분 중 이 사건 소득금액변동통지를 별지2 목록 ⁠‘2019. 7. 10. 일부취소’란 기재와 같이 일부 취소하고, 2019. 7.11.1) 이 사건 법인세 부과처분의 금액을 별지1 목록 ⁠‘2019. 7. 11. 일부취소’란 기재와 같이 일부 취소하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

1) 피고들은 원고의 직원이었던 ddd이 제출한 제보자료(이하, ⁠‘이 사건 제보자료’라 한다)를 토대로 이 사건 각 처분을 하였는데, 위 ddd은 원고를 상대로 사기 범죄를 저질러 유죄판결을 받은 점, 이 사건 제보자료와 쟁점매입액에 대한 거래처 장부의 가공매입액이 상이한 점, 이 사건 제보자료는 원고의 매입금액과 거래처에 대한 채권을 상계하여 가공매입액이 존재하지 않는 부분에 관하여도 이를 가공매입액으로 본점, 이 사건 제보자료는 일부 가공매입액이 존재하지 않음에도 근거 없이 가공매입액을 산정한 점 등을 종합하면, 신빙성이 매우 낮다고 할 것이고, 설령 이 사건 제보자료가 신빙성이 있는 자료라고 하더라도 이 사건 각 처분 중 이 사건 제보자료와 다르게 과세한 부분 등이 존재하므로 이 사건 각 처분은 국세기본법 제16조에 따른 근거과세의 원칙을 위반하였다.

2) 이 사건 부가가치세 부과처분의 경우, 원고가 쟁점매입액에 관하여 매입세액 공제를 과다하게 받더라도 그 금액만큼 거래상대방이 부가가치세를 납부하게 되어 국가의 조세수입의 감소를 초래하지 않았고, 원고에게는 위와 같은 쟁점매입액이 국가의 조세수입 감소를 초래할 것이라는 인식도 없었으므로 10년의 제척기간이 적용될 수 없고, 5년의 제척기간이 적용될 뿐이다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2007년 2기분부터 2012년 1기분에 관한 부분은 5년의 부과제척기간이 도과한 것에 관하여 이뤄졌다.

나. 관계 법령

별지5 관계 법령 기재와 같다.

다. 이 사건 각 처분의 근거과세 원칙 위반 여부에 관한 판단

1) 인정사실

앞서 든 증거들과 갑 제7, 8호증, 을 제9 내지 24, 33 내지 51, 54호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 아래와 같은 사실이 인정된다.

가) ddd은 피고 bb지방국세청장에게 ⁠‘원고가 하도급업체들로부터 실제 거래금액보다 공급가액을 과다하게 기재한 세금계산서를 수취하여 공사원가를 과다계상하였다.’는 내용의 탈세제보를 하면서 이 사건 제보자료를 제출하였는데, 이는 내역및실행대집행견적대비표(이하, ⁠‘견적대비표’라 한다), 공사별 투입현황(이하, ⁠‘투입현황표’라 한다), 투입금액 정리내역(이하, ⁠‘수기장부’라 한다), 전표 및 수입결의서(이하, ⁠‘수입결의서’라 한다) 등으로 구성되어 있다.

나) 견적대비표는 원고가 발주처로부터 도급받은 금액이 기재된 ⁠‘도급내역’, 하도급업체와 계약한 금액을 과다하게 하여 세금계산서를 수취한 금액을 기재한 ⁠‘보고’, 하도급업체에 실제 지급한 금액과 회수한 금액이 기재된 부분으로 구성되어 있고2), 위 견적대비표의 하단에는 담당자부터 사장까지의 결재란에 서명 또는 날인이 대부분 존재한다.

다) 투입현황표는 원고가 발주처로부터 도급받은 금액이 기재된 ⁠‘도급금액’, 하도급업체와 계약한 금액을 과다하게 하여 세금계산서를 수취한 금액을 기재한 ⁠‘계약금액1 ⁠(계약1차)’, 하도급 업체에 실제 지급한 금액 또는 지급할 금액과 회수한 금액 또는 회수할 금액이 기재된 ⁠‘계약금액2(계약2차)’, 위 계약금액1과 계약금액2의 차액에서 부가가치세를 제외한 금액으로 위와 같이 과다하게 세금계산서를 수취한 금액과 실제 공사계약금액과의 차이를 뜻하는 ⁠‘투입금(공급가액 기준)’, 세금계산서를 과다하게 수취한 금액만큼 하도급 업체에서 부담할 부가가치세를 정산해주기 위하여 계산한 금액인 ⁠‘부가세’, 하도급업체가 세금계산서를 과다 발행함으로 인해 추가로 발생하는 법인세를 보전해주기 위하여 지급하는 금액인 ⁠‘면허세’, 위 계약금액1에서 계약금액2, 부가세, 면허세를 뺀 금액으로 실제 원고가 하도급업체에게 최종적으로 지급하게 되는 금액인‘실투입금액(승인금액)’, 원고가 하도급업체로부터 회수하거나 지급 시 제외한 금액인‘투입총액’으로 구성되어 있다4).

라) 수기장부는 각 공사현장별로 원고가 하도급업체로부터 회수한 금액을 의미하는 투입금액과 회수방식(어음 또는 현금) 등이 기재되어 있고, 결재란에 서명이 존재하며, 모든 기재사항은 수기로 작성되어 있다.

마) 수입결의서는 각 공사현장 및 각 하도급업체별로 회수한 금액이 기재되어 있고, 결재란에 사장 등의 서명 또는 날인이 존재한다.

바) 한편 ddd은 2006. 10.경부터 2016. 9.중순경까지 원고의 토목팀장으로서 토목공사의 하도급 업체 선정 및 계약 체결, 기성 관리 등의 업무에 종사한 사람인데, 하도급업체의 대표자와 공모하여 2014. 1. 20.경 허위의 추가 하도급 계약을 체결하여 원고로부터 추가 공사대금을 편취한 범죄사실로 법원에서 유죄 판결을 선고받았다(대구지방법원 2018. 11. 23. 선고 2010고단0000 판결, 대구지방법원 2019. 8. 9. 선고 2000노0000 판결).

사) 국세기본법에 따른 장부 및 증거서류의 보존기간인 5년이 도과하여 원고는 2007년부터 2011년도까지의 장부 및 증거서류를 보존하고 있지 않다.

2) 판단

앞서 든 증거들과 갑 제11, 15, 23, 31호증, 을 제8, 26, 27호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 제보자료는 상당히 신빙성이 높고, 피고들은 이 사건 제보자료를 비교·대조하여 이 사건 각 처분을 하였으며, 원고가 제출한 자료들만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하므로 이 사건 제보자료에 기초하여 내려진 이 사건 각 처분이 근거과세의 원칙을 위반하였다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 앞서 본 바와 같이 견적대비표, 투입현황표, 수기장부, 수입결의서 등으로 구성된 이 사건 제보자료는 2007년경부터 2015년경까지 공사현장, 하도급업체별로 원고가 하도급업체들로부터 회수한 금액 등이 매우 구체적으로 기재되어 있고, 각 항목별로 모두 계산되어 기재되어 있는 등 완결된 형태로 작성되었다. 이에 비추어 볼 때 이 사건 제보자료는 위 기간 동안 통상적이고 규칙적으로 작성되어 완결된 형태로 보관중인 문서로 보인다.

나) 견적대비표, 수기장부, 수입결의서에는 대표이사 등의 서명 또는 날인이 존재하고, 투입현황표에는 결재란이 존재하지 않지만 위 견적대비표 등과 비교하면 원고가 하도급업체들로부터 회수한 금액 등이 대체로 일치한다. 또한 이 사건 제보자료는 약 9년간을 대상기간으로 하는 방대한 양이고, ddd이 위 인정사실과 같이 원고를 상대로 사기범행을 저질렀다고 하더라도, 위 범행이 적발되기 전인 2007년경부터 2015년경까지에 관한 이 사건 제보자료를 위 기간 동안에 허위로 작성할 만한 사정을 찾아 볼 수 없을 뿐만 아니라 위와 같이 방대한 양의 이 사건 제보자료를 사후에 조작하였다고 보기도 어렵다. 나아가 ddd은 위 인정사실과 같이 한 하도급업체와 공모하여 원고에 대한 사기범행을 저질렀을 뿐이고, 그 밖에 원고가 고소한 업무상횡령, 업무상배임혐의에 관하여는 불기소처분(혐의없음)을 받기도 하였다.

다) 한편 이 사건 제보자료에는 쟁점매입액을 초과하는 금액에 관한 자료도 있으나, 피고는 이 사건 제보자료를 상호 비교·대조하여 쟁점매입액을 산정하였으므로 이 사건 제보자료에 이 사건 각 처분의 대상이 되지 않은 부분이나 쟁점매입액보다 큰 금액이 기재된 부분이 존재한다고 하여 이 사건 제보자료 전체에 대한 신빙성이 부족하다고 볼 수는 없다.

라) 원고는 대표이사인 ccc이 견적대비표 등에 서명 또는 날인한 사실을 인정하면서도 그 내용을 상세히 확인하지는 않았다고 주장하나, 위 견적대비표 등에 있는 원고 대표이사의 서명 또는 날인이 진정한 것인 이상 위와 같은 원고의 주장만으로 위 견적대비표 등의 내용이 허위로 작성되었다고 볼 수는 없다.

마) 원고는 이 사건 제보자료의 문제점을 구체적으로 지적하며 이 사건 제보자료의 신빙성이 떨어진다고 주장하나, 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 위 주장을 받아들일 수 없다.

① 피고는 쟁점매입액을 6,014,403,146원으로 산정하였는데, 원고가 하도급업체로부터 어음을 사용하여 회수한 금액으로서 피고가 확인한 것은 1,323,485,450원에 불과하다. 그러나 이는 금융거래내역 조회가 가능한 기간인 2012년 이후 어음회수분에 한정된 것이고, 원고는 어음이 아닌 현금으로도 하도급업체로부터 그 차액을 회수하기도 하였으며, 원고 역시 쟁점매입액 중 3,517,519,548원을 가공매입으로 인한 것임을 인정하고 있으므로 위와 같이 원고가 어음을 사용하여 회수한 금액으로서 피고가 확인한 것이 쟁점매입액에 크게 미치지 못한다는 사정만으로 쟁점매입액의 산정이 잘못되었다고 볼 수는 없다.

② 원고의 하도급업체들에 대한 가공매입액과 해당 하도급업체들의 계정별 원장에 따른 원고에 대한 미회수 잔액 사이에 차이가 존재하나, 하도급업체들 역시 원고에게 과다하게 세금계산서를 발행하고, 실제금액과의 차액을 반환하는 거래를 한 이상 원고로부터 회수당할 금액에 관하여 정당하게 회계장부를 작성할 수 없을 것이므로 이를 별도의 장부로 관리하였을 가능성이 높다. 따라서 위 하도급업체들의 계정별 원장에 기재된 미회수 잔액을 그대로 믿을 수는 없다.

③ 쟁점매입액에 관하여 수입결의서가 존재하지 않는 부분도 있으나, 앞서 본 바와 같이 투입현황표 등을 포함한 이 사건 제보자료의 신빙성을 인정하는 이상 수입결의서 없이 다른 자료들을 기초로 하여 산정된 쟁점매입액 역시 적법하다.

④ 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있다. 그렇지만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는, 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한, 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2016. 6. 10. 선고 2015두60341 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 보면, 견적대비표의 경우 원고의 주장과 같이 공사계약의 변경이 자주 발생하므로 최종적인 견적대비표를 기준으로 하여 쟁점매입액을 산정함이 상당하다. 그러나 원고는 쟁점매입액의 액수에 관하여 다툴 뿐, 가공매입 사실 자체는 인정하고 있는 점, 견적대비표는 각 회차별 공사금액에 따라 가공매입액을 산정하였고 앞선 회차의 공사금액은 모두 확정적인 금액인 점, 피고는 견적대비표와 나머지 제보자료를 비교·대조하여 쟁점매입액을 산정한 점 등을 종합하면, 비록 마지막 회차의 공사금액에 관하여 최종적인 것인지 여부를 확인할 수는 없으나, 위 법리에 의하면 최종적인 공사금액이 감액되어 가공매입액이 감소하였다는 사실은 피고가 아닌 원고가 증명해야하는 것으로 볼 수 있는데, 원고는 각 현장의 최종적인 공사금액이 감액되었다는 점에 관한 자료를 제출하지 못하고 있다. 나아가 원고가 최종본이라고 주장하며 제출한 kk지구에 관한 집행현황(갑 제31호증)에 기재된 투입금 252,620,210원은 위 현장에 관한 투입현황표(을 제19호증의1), 수기장부(을 제19호증의2)에 회수액으로 기재된 금액과 일치한다.

⑤ 원고가 하도급업체들에게 지급해야하는 공사대금과 해당 하도급업체들에 대해 가진 채권을 상계한 부분의 경우, 실제 원고가 가공매입액을 포함한 금액에 관한 세금계산서를 수취한 후, 실제로 지급해야하는 금액만큼만 상계하였다면 이는 현금이나 어음으로 그 차액을 수취하는 것과 동일한 구조이므로 단지 상계하였다는 이유만으로 가공매입액에 해당되지 않는다고 볼 수는 없다.

⑥ 원고는 hh강살리기 jj공구 공사와 관련하여 lll과 공사금액 7,653,300,000원으로 계약하였고, 위 계약금액을 모두 지급하였으므로, 2012년 1기분의 214,286,000원(회수금 기준 210,000,280원)은 가공매입액이 아니고, 최종적으로 대금을 지급한 시기가 2011년이므로 2012년 1기분으로 과세할 수 없다고 주장한다. 그러나 위 공사의 준공기한은 2012. 4. 4.이므로 이 부분에 관한 이 사건 법인세 부과처분은 법인세법 제40조, 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제69조에 따라 그 손금의 귀속사업연도는 위 준공정산이 이뤄진 2012년으로 보아야 하므로 2012년도의 손금에 불산입하여 과세한 부분은 정당한 것으로 보인다(이 부분에 관한 이 사건 부가가치세 부과처분은 아래 라.항에서 보듯이 제척기간이 도과되어 취소되어야 한다). 또한 lll에 대한 견적대비표, 수입결의서에 의하면 원고가 210,000,280원을 회수한 사실이 인정되며, 원고가 주장하는 바와 같이 lll에게 위 7,653,300,000원을 모두 지급하였다고 하더라도 이후 위와 같이 회수한 금액이 인정되는 이상 위 회수금액에 대하여 214,286,000원의 가공매입액이 발생하였다고 봄이 타당하다.

⑦ 원고는 wwww파크 공사와 관련하여 qqq으로부터 회수한 금액은 175,000,000원에 불과하므로, 이와 달리 원고의 회수금액을 355,000,000원으로 보고 가 공매입액을 산정한 부분은 위법하다고 주장한다. 살피건대 ddd에 대한 불기소결정서(갑 제23호증)에 의하더라도 ⁠‘현금으로’ 회수한 금액이 175,000,000원이라는 사실만 인정될 뿐 어음으로 회수한 부분에 관하여는 아무런 내용이 없고, 오히려 어음회수내역 및 어음사본(을 제26, 27호증)의 각 기재에 의하면 원고가 위와 같이 현금으로 회수한 175,000,000원 외에 추가로 180,000,000원을 어음으로 회수한 사실이 인정되며, 현금으로 회수한 시기와 유사하고, 위 공사가 아닌 다른 공사와 관련하여 회수한 금액으로 볼만한 자료도 없으므로 피고들이 회수금액을 잘못 산정하였다고 볼 수는 없다.

⑧ 원고는 ee파크 공사와 관련하여, rrr과 사이에 발생한 2007년 1기분 가공매입액 147,072,917원은 그 회수금 중 137,952,000원이 2006년 9월 이전의 것임에도, 피고들이 이를 2007년 1기의 가공매입으로 보아 과세하는 등 이 사건 제보자료에 기재된 과세기간을 제대로 반영하지 않았거나, ddd이 허위로 작출한 것이므로 위법하다고 주장한다. 살피건대, rrr에 대한 수기장부와 견적대비표에 기재된 회수금이 합계 141,190,000원(= 137,952,000원 + 3,238,000원)으로 일치하고, 원고가 주장하는 137,952,000원은 ee파크 2차공사 선급급 지급에 관한 회수금이며, 나머지 회수금액 3,238,000원은 원고가 2007. 6. 27. 최종적으로 회수함으로써 준공정산이 이뤄진 것 보이는데, 이 사건 부가가치세 부과처분의 경우 2007년 2기분부터 과세한 것으로서 2007년 1기분에 관한 부분이 존재하지 아니하므로 이 부분에 관하여 어떤 위법이 있다고 볼 수 없다. 다음으로 위 부분에 대한 이 사건 법인세 부과처분에 관하여보면, ee파크 2차공사는 공사기간 1년 미만의 것으로 보이고, 그렇지 않다고 하더라도 작업진행률을 계산할 수 없는 경우로서 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제40조, 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제69조에 따라 그 손금의 귀속사업연도는 위 준공정산이 이뤄진 2007년으로 보아야 하므로 2007년도의 손금에 불산입하여 과세한 부분은 정당한 것으로 보인다.

원고는 같은 취지로 rrr과 사이에 발생한 2008년 1기분 가공매입액 19,687,500원은 그 회수금 18,900,000원이 2007년 발생하였고, 2009년 1기분 가공매입액 4,750,000원은 그 회수금 4,560,000원이 2008년 발생한 것임에도, 피고들이 이를 2008년 1기분 및 2009년 1기분의 가공매입에 관한 것으로 보고 과세하였다고 주장한다. 살피건대 위 부분에 관한 이 사건 부가가치세 부과처분의 경우, 위 주장의 당부와 관계없이 아래 라.항에서 보듯이 2008년 1기, 2009년 1기에 관한 부분은 제척기간이 도과되어 취소되어야 한다(설령 원고의 주장이 맞다고 하더라도 이는 피고가 과세시기를 잘못 설정한 것에 불과하여 이 사건 제보자료 자체의 신빙성에 어떠한 영향이 있다고 보기는 어렵다). 다음으로 위 부분에 관한 이 사건 법인세부과처분의 경우, 2007년 회수액 18,900,000원은 ee파크 3차공사 기성금 지급에 관한 회수금이고, 2008년 회수액 4,560,000원은 ee파크 4차공사 기성금 지급에 관한 회수금인데, 위 3차공사는 2008. 5. 30. 준공정산이 이뤄진 것으로 보이고, 4차공사는 2009. 5. 13. 준공정산이 이뤄진 것으로 보이며, 위 각 공사는 공사기간 1년 미만의 것이므로 앞서 본 바와 같이 그 손금의 귀속사업연도는 2008년 및 2009년으로 봄이 타당하므로 위 각 사업연도의 손금에 불산입하여 과세한 부분은 정당한 것으로 보인다.

라. 이 사건 부가가치세 부과처분의 부과제척기간 도과 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 ⁠‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 등 참조).

또한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ⁠‘사기 기타 부정한 행위’는 조세범처벌법 제9조의 ⁠‘사기 기타 부정한 행위’와 동일한 의미로 해석할 수 있는바, 조세범처벌법 제9조에서 말하는 ⁠‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것이고, 조세포탈죄에 있어서 범의가 있다고 함은 납세의무를 지는 사람이 자기의 행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 것을 인식하고 그 행위로 인하여 조세포탈의 결과가 발생한다는 사실을 인식하면서 부정행위를 감행하거나 하려고 하는 것이다(대법원 2006. 6. 29. 선고 2004도817 판결 참조).

2) 판단

가) 원고가 하도급업체들로부터 실제 공사대금보다 과다하게 발행된 세금계산서를 수취한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그런데 앞서 든 증거들과 갑 제13, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들, 즉 ① 원고가 하도급업체들에게 부가가치세를 모두 지급하였고, 하도급업체들 중 16개 업체가 원고에게 발행한 세금계산서 관련 매출세액을 부가가치세로 신고·납부하였으며, 이에 대한 경정청구 등을 통해 당초 신고한 부가가치세액을 환급받으려는 시도를 하지 아니한 점, ② 나머지 하도급업체들 중 폐업한 업체, 부가가치세를 체납한 업체들이 일부 존재하나, 앞서 본 16개의 하도급업체가 정상적으로 부가가치세를 신고·납부한 사실에 비추어 보면, 위와 같이 폐업한 업체 등이 당초부터 부가가치세 납부의무를 면탈하려고 하였다고 보기 어렵고, 원고에게 이에 대한 인식이 있었다고 보기도 어려운 점, ③ 원고는 하도급업체들과의 거래와 관련하여 위 업체들로부터 세금계산서를 과다수취한다는 인식은 있었으나, 위 업체들이 위와 같이 과다발행한 세금계산서와 관련된 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식까지 있었다고 보기는 어려운 점, ④ 원고와 하도급업체들 간의 거래는 실제 존재하고, 단지 공급가액을 부풀려서 세금계산서를 발급한 것이며, 이는 사실과 다른세금계산서에 해당하므로 피고들의 주장과 달리 앞서 본 법리에 따라 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 하는 점, ⑤ 원고가 건설산업기본법상 의무하도급비율을 맞추기 위한 목적으로 이 사건 세금계산서를 수취하였을 뿐 부가가치세를 포탈한 사실이 없고 달리 원고에게 부가가치세 포탈 목적이 있었다고 볼만한 사정도 없는 점 등을 종합하면, 원고는 하도급업체들이 원고로부터 지급받은 세액 전부를 매출세액으로 신고·납부할 것이라고 인식하고 있었던 것으로 봄이 상당하므로 원고에게 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 있었다고 보기 어렵다.

나) 따라서 원고가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받았다고 볼 수 없으므로, 이 사건 부가가치세 부과처분의 경우 10년의 장기 부과제척기간이 적용될 수 없다. 그러므로 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2007년 2기분부터 2012년 1기분까지에 관한 부분은 부과제척기간이 도과된 후 이뤄진 것으로 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3. 결론

원고의 피고 aa세무서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 원고의 피고 aa세무서장에 대한 나머지 청구 및 피고 bb지방국세청장에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대구지방법원 2022. 01. 26. 선고 대구지방법원 2019구합24833 판결 | 국세법령정보시스템