요지

조세특례제한법 제143조에 따라 구분경리 하는 경우에 세액감면과 세액공제가 중복적용이 가능하다는 취지는 이미 세액감면 등이 적용되고 있는 소득이 아니라면 다른 조세지원의 적용도 가능하다는 것으로 보이므로 본사의 소득을 기준으로 산정되지 않는 본사지방이전 세액감면과 이 사건 각 세액공제를 중복적용 배제한 이 사건 처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. X. XX. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 XXX,XXX,XXX원, 2017 사업연도 법인세 X,XXX,XXX,XXX원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 등

 가. 원고는 1981. XX. XX. OOOO의 개발 등을 목적으로 OOOOOO법에 의하여 설립되어 공공기관의 운영에 관한 법률에 의하여 시장형 공기업으로 지정된 법인이다.

 나. 원고는 2014. XX. X. 구 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(2017. 12. 26. 법률 제15309호로 제명 변경되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 혁신도시법’이라 한다)에 따라 본사를 OO에서 OO시로 이전하였다.

 다. 원고는 2016, 2017 사업년도 법인세 신고를 하면서 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2 제2항 제2호에 따른 세액감면(본사지방이전 세액감면, 이하 ⁠‘이 사건 세액감면’이라 한다)을 적용하였으나[감면대상소득 산정을 위한 이전비율 : 2016 사업년도 X.XX%(= 이전본사 근무인원 X,XXX명 ÷ 법인 전체인원 XX,XXX명), 2017 사업년도 X.XX%(= 이전본사 근무인원 X,XXX명 ÷ 법인 전체인원 XX,XXX명)], 본사를 이전하지 않은 사업장에 대한 같은 법 제11조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제), 제26조(고용창출투자세액공제), 제94조(근로자 복지 증진을 위한 시설 투자에 대한 세액공제)에 따른 각 세액공제(이하‘이 사건 각 세액공제’라 한다)를 적용하지 않았다.

 라. 국세청장(감사담당관실)은 XX지방국세청에 대한 종합감사를 실시한 후 원고가 적용한 이 사건 세액감면과 관련한 이전본사 근무인원의 산정이 잘못되었다는 이유로 이 사건 세액감면을 재계산하도록 처분지시 하였고, 피고는 2019. X. XX. 이 사건 세액감면을 재계산[감면대상소득 산정을 위한 이전비율 : 2016 사업년도 X.X%(= 이전본사 근무인원 X,XXX명 ÷ 법인 전체인원 XX,XXX명), 2017 사업년도 X.XX%(= 이전본사 근무인원 X,XXX명 ÷ 법인 전체인원 XX,XXX명)]하여 원고의 2016, 2017 사업년도 법인세에 대해 증액 경정(이하 ⁠‘이 사건 증액 경정’이라 한다)을 하였으며, 이에 원고는 이 사건 증액 경정에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였다.

 마. 원고는 2019. XX. XX. 2016, 2017 사업년도 법인세에 관하여 이 사건 각 세액공제의 적용을 주장하면서 경정청구를 하였으나(2016 사업년도 법인세 XXX,XXX,XXX원 환급, 2017 사업년도 법인세 X,XXX,XXX,XXX원 환급), 피고는 다음과 같은 사유로 위 경정청구를 기각하였고(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다), 이에 원고가 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. X. XX. 위 심판청구를 기각하였다.

 바. 한편, 원고가 2020. X.부터 2021. X.까지 사이에 2016, 2017 사업년도 법인세에 관하여 수정신고를 함에 따라 피고가 경정을 하였고(이 사건 증액 경정상의 감면대상 소득 산정을 위한 이전비율을 적용), 조세심판원은 2021. X. XX. 이 사건 증액 경정에 대하여 다음과 같이 결정하였다.

 사. 이 사건 증액 경정에 대한 조세심판원의 결정을 반영한 이 사건 세액감면의 구체적인 적용 내역은 다음과 같다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 25호증, 을 제2 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부¹⁾

 가. 원고의 주장의 요지

 구 조세특례제한법 제127조 제4항(이하 ⁠‘이 사건 배제규정’이라 한다)은 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제의 중복 적용을 배제하고 있으나, 같은 조 제10항(이하 ⁠‘이 사건 예외규정’이라 한다)은 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 같은 법 제143조에 따라 구분경리 하는 경우에는 중복 적용이 가능하다고 규정되어 있고, 원고가 같은 법 제143조에 따라 이 사건 세액감면을 적용받은 사업과 그 밖의 사업에 따라 구분경리를 하였으므로, 이 사건 예외규정에 따라 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제의 중복 적용이 가능하다.

 이 사건 세액감면의 산정방식의 특수성으로 인해 감면대상인 소득과 구분경리 되는 이전되는 본사의 소득에 차이가 있어 세액감면과 세액공제의 중복 적용으로 보이는 측면이 있더라도, 이 사건 세액감면의 산정방식은 입법목적에 따라 여러 차례 개정되어 왔으나 이 사건 세액감면 대상인 소득과 그 밖의 소득이 합리적으로 구분이 되는 점, 이 사건 예외규정에서 특별히 이 사건 세액감면을 배제하고 있지 않은 점, 원고는 공익의 실현을 목적으로 하는 공공기관으로서 법령에 따라 본사를 이전하게 된 것으로 이 사건 세액감면의 규모가 충분히 크다고 보기 어려운바, 이 사건 세액감면의 적용을 이유로 이 사건 각 세액공제를 적용하지 못하게 되는 것은 이 사건 세액감면의 취지에 어긋나는 점 등을 고려하면, 이 사건 예외규정의 요건을 충족하지 않았다는 이유로 이 사건 각 세액공제를 적용하지 않은 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

 나. 관계 법령

 별지 관계 법령 기재와 같다.

 다. 판단

  1)　 관련 법리

  조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다(대법원 1983. 12. 27. 선고 83누213 판결, 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조)

  2) 구체적 판단

  살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제4 내지 24, 26 내지 31호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 세액감면과 이 사건 세액공제의 중복 적용이 어려운 것으로 보이므로 이 사건 처분은 적법하다고 판단된다. 원고의 주장은 이유 없다.

   가) 조세지원인 세액감면, 세액공제가 개념적으로 중복 적용될 수 없는 것이라고는 볼 수 없으나, 조세지원의 중복 적용은 구 조세특례제한법 법령 등의 요건을 충족하는 경우에만 가능한 것이다. 그런데 이 사건 배제규정은 내국인이 동일한 과세연도에 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다고 규정하고, 이 사건 예외규정은 이 사건 배제규정을 적용할 때 구 조세특례제한법 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 사건 예외규정이 2013. 1. 1. 신설된 취지는 사업장을 구분하여 세액감면과 세액공제를 각각 적용하는 경우 중복지원에 해당하지 않음을 명확화하기 위한 것이었던 것으로 보인다.

   나) 구 조세특례제한법 제143조 제1항은 내국인이 같은 법에 따라 세액감면을 적용 받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제136조 제1항은 위 구분경리에 관하여는 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조의 규정을 준용한다고 규정하며, 같은 법 제113조 제1항 내지 제5항은 비영리법인 등의 구분경리에 대해 규정하고 같은 조 제6항은 위 규정에 따른 구분경리의 방법등의 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제156조 제1항은 위 구분경리에 대한 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 하며, 구 법인세법 시행규칙(2018. 3. 21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제75조 제1항은 위 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 하나, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다고 규정하고, 같은 조 제2항은 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 위 제1항 등의 규정을 준용하여 구분경리 하여야 한다고 규정한다.

   위와 같은 관계 법령의 규정 및 체계를 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 제143조의 구분경리는 세액감면을 받는 사업 등의 소득을 구분하도록 하는 것이고, 그 취지는 세액감면 등이 적용되는 소득을 파악하는 데에 있는 것으로 보이는바, 이 사건 예외규정에서 구 조세특례제한법 제143조에 따라 구분경리 하는 경우에 세액감면과 세액공제가 중복적용이 가능하다는 취지는 이미 세액감면 등이 적용되고 있는 소득이 아니라 면, 다른 조세지원의 적용도 가능하다는 것으로 보인다.

   다) 원고가 공공기관 구분회계 운영 지침에 따라 XXXX산업(XX, XX, XX 등), 기타사업(본사)으로 자산 및 부채, 손익을 구분한 2016, 2017 사업년도 재무제표를 공시하기는 하였으나(갑 제4호증), 이 사건 처분시까지 이 사건 세액감면에 관하여 구 법인세법 시행규칙 제82조 제1항 제46호 별지 제48호 서식의 소득구분계산서를 제출하지 않았고,²⁾ 이 사건 세액감면은 원고의 전체 과세표준에서 특정소득을 제외한 금액에 법인 전체인원을 본사 근무인원으로 나눈 이전비율을 적용하여 산정되었고 본사의 소득을 기준으로 산정되지 않았으므로, 이 사건에서 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제를 중복 적용하기 위한 이 사건 예외규정의 요건이 충족되었다고 단정하기 어려운 측면이 있고, 이는 이 사건 세액감면의 요건이 개정된 연혁을 고려하여 보더라도 마찬가지이다.

   라) 이 사건 세액감면은 원고가 본사를 지방으로 이전함에 따른 조세지원으로서 앞서 본 바와 같이 원고의 본사 근무인원을 고려한 이전비율을 적용하여 산정되고, 본사의 소득을 기준으로 산정되지 않는바, 전체 소득에서 본사 그 자체의 소득의 비중은 크지 않을 수 있다는 점을 고려할 때,³⁾ 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제가 중복 적용되지 않는 것이 부당하다고만 보기 어렵고(이 사건 처분에 대한 조세심판원 결정에서는 이 사건 세액감면액을 2016 사업년도 XX,XXX백만 원, 2017 사업년도 XX,XX백만 원으로 상정하였었는데, 이 사건 증액 경정에 대한 조세심판원의 결정으로 이 사건 세액감면액이 이 사건 처분시보다 적지 않은 비율로 증가한 것이 된다), 이는 본사와 공장시설을 함께 이전한 경우에 적용될 수 있는 조세지원과 비교하여 보더라도 마찬가지이다. 한편, 이 사건 세액감면은 구 조세특례제한법 제132조의 최저한세의 대상이 아닌바, 최저한세를 통해 과도한 조세지원이 조정될 수 있다고 하여, 이 사건에서 이 사건 예외규정의 요건 충족 여부를 달리 볼 수 있는 것도 아니다.

   마) 또한 원고가 본사를 이전하게 된 것은 자체적인 경영판단이 아니라 공기업으로서 구 혁신도시법에 따른 것으로(즉, 이 사건에서 이 사건 세액감면이 원고의 본사 이전을 유인케 한 측면은 크지 않다고 보인다), 원고가 본사를 이전함에 따라 현실적으로 비용이 발생할 수 있다고 하더라도, 이는 공적역할을 수행하는 공기업이 부담하여야 할 비용으로서 이를 이유로 이 사건 세액감면에 나아가 이 사건 각 세액공제와의 중복지원이 적용되어야 한다고 보기도 어렵다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 이 사건 처분 이후에 원고의 2016, 2017 사업년도 법인세에 관하여 이 사건 증액 경정 등이 이루어졌으나, 이 사건 증액 경정을 취소하는 취지의 조세심판원의 결정이 이루어졌고, 이 사건 증액 경정 등에도 불구하고 이 사건 각 세액공제가 2016, 2017 사업년도 법인세에 반영되지 않았으며, 이 사건 각 세액공제는 그 자체로는 투자금액에 일정한 비율을 적용하여 산정되므로(이 사건 세액감면과 같이 과세표준 또는 산출세액에 일정한 비율을 적용하여 산정되지는 않는다), 이 사건 처분이 취소되는 경우 원고로서는 2016, 2017 사업년도 법인세에 관하여 피고에게 이 사건 각 세액공제의 적용을 구할 수 있다고 할 것이므로, 이 사건 처분의 적법 여부에 대해 판단하기로 한다(대법원 1987. 1. 20. 선고 83누571 판결 취지 등 참조).

2) 위 서식은 매출액, 매출원가, 판매비와 관리비, 영업외 수익, 영업외 비용, 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액 등을 감면분 또는 합병승계 사업 해당분 등으로 구분하여 기재하도록 하고 있다. 원고는 이 사건 소송 중에 위 재무제표를 토대로 소득구분계산서(갑 제21호증)를 작성하여 제출하였으나, 피고는 위 소득구분계산서가 구 법인세법 법령에 따르지 않았다고 주장하고 있다.

3) 원고가 이 사건 소송 중에 제출한 소득구분계산서(갑 제21호증)에 따르더라도 본사의 매출액 등의 비율이 이 사건 세액감면에 적용된 이전비율에 미치지 못하는데, 위 매출액 등도 대부분은 해외사업에 따른 것으로 보인다(갑 제4호증 참조).

출처 : 광주지방법원 2022. 02. 10. 선고 광주지방법원 2020구합15154 판결 | 국세법령정보시스템