요지

이 사건 양도가 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 11. 9. 원고에게 한 양도소득세 232,893,380원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 1999. 8. 27. ○○ ○○구 ○○동 ○○ ○○아파트 ○동 ○호를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인해 위 아파트가 멸실되었고, 2007. 2. 26. 재건축된 ○○ ○○구 ○○로 ○○ ○○아파트 ○동 ○호(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)에 관하여 소유권보존등기를 마친 후 거주하다가, 2018. 9. 21. 1,390,000,000원에 양도하였다(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다).

  나. 원고는 이 사건 주택이 1세대 1주택 고가주택에 해당한다고 보아 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항에 따라 계산한 양도차익에서 장기보유특별공제를 적용하여 산출한 양도소득금액에 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하여 2018. 11. 16. 양도소득세 11,832,720원을 신고․납부하였다.

  다. 원고는 2006. 11. 22. ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○ ○호를, 2007. 2. 22. ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○○ ○동 ○호(이하 위 두 주택을 합하여 ⁠‘이 사건 임대주택’이라 한다)를 각 취득하였는데, 2017. 5. 30. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호에 따른 임대사업자등록을 하고, 2017. 6. 5. 구 소득세법 제168조에 따른 사업자등록을 마쳤다. 또한 원고와 남편 AAA 및 자녀 BBB는 2016. 7. 12. ○○ ○○구 ○○동 ○○ ○○아파트 ○동 ○호(이하 ⁠‘이 사건 신규주택’이라 한다)를 공동취득(원고, AAA 각 3/10 지분, BBB 4/10 지분)하였다. 이후 AAA는 2018. 8. 28., 원고는 2018. 9. 28. 각 BBB에게 이 사건 신규주택에 관한 자신들의 지분 전부를 증여하였다.

  라. 피고는 이 사건 양도가 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 조정대상지역 내에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여, 2020. 11. 9. 원고에 대하여 2018년 귀속 양도소득세 232,893,366원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

  마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 2. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 4. 27. 원고의 청구를 기각하였다.

  [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 4, 6호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고 주장의 요지

   1) 이 사건 임대주택은 장기임대주택에 해당하므로 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택에 해당하므로 같은 항 제10호, 제4항에 따라 보유주택 수에서 제외하여야 하고, 원고는 이 사건 주택에 거주하고 있다가 대체주택으로 2016. 7. 12. 이 사건 신규주택을 취득한 후 2018. 9. 21. 이 사건 주택을 양도함으로써 일시적으로 1세대 2주택을 보유하였던 것이므로, 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호, 제167조의10 제1항 제8호에 따라 ○○○ 주택도 보유주택 수에서 제외하여야 한다. 따라서 원고는 이 사건 양도 당시 1세대 1주택 소유자에 해당하므로, 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 하고, 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대하여도 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

   2) 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서는 ⁠‘장기임대주택’을 주택수 계산에서 제외하는 규정을 두지 않았으나 입법의 흠결로 보이고, 2021. 2. 17. 개정된 소득세법 시행령 제167조의3에서 ⁠‘장기임대주택’을 추가하는 규정을 신설하였으므로, 이 사건 양도에 대해서도 개정된 소득세법 시행령이 적용되어야 한다.

   3) 설령 이 사건 양도가 1세대 3주택에 해당하는 주택의 양도라 하더라도, 이 사건 임대주택은 장기임대주택이고, 원고들은 이 사건 주택을 취득한 후 10년 이상 거주하였고, 주거를 이전하기 위하여 이 사건 신규주택을 취득한 것이며, 이 사건 신규주택 취득 후 구 소득세법 시행령 제155조 제1항이 정한 3년 이내에 이 사건 주택을 양도하였는바, 원고들은 투기 목적이 없고 거주 이전의 목적으로 사회통념상 일시적으로 장기임대주택 외에 2주택을 보유하게 된 특별한 사정이 있으므로, 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 중과세율을 적용함은 부당하다.

  나. 관계법령

   별지 기재와 같다.

  다. 판단

   1) 구 소득세법령의 해석상 장기보유특별공제 및 중과세율 적용 여부

     양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조에 따라 계산하게 되는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호). 한편, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다. 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ⁠‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택 등(제167조의3 제1항 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택)을, 제8호에서 일시적 2주택 등을 들고 있다.

     이러한 소득세 관련 법령의 문언 및 체계를 살펴보면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정되는데, 1세대가 소유하는 주택수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 대상으로 하는 점, 다만, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만이 주택수 산정에서 제외될 뿐 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항, 제167조의10 제1항의 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택수 산정에는 포함되고, 그것이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는 점, 일시적 2주택의 경우 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호에서는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있는 반면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건에서 원고가 소유하고 있는 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 정한 주택에 해당하지 않으므로, 일단 주택수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 아니하므로(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에서는 일반주택을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 이 사건 양도 당시 장기임대주택인 이 사건 임대주택 이외에 대체주택인 이 사건 신규주택도 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반주택에 해당하지 않는다), 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 상당하다.

     따라서 이 사건 양도에 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따라 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고, 같은 법 제104조 제7항 제3호에 따른 중과세율을 적용하여 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

   2) 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항을 이 사건 양도에 적용할 수 있는지 여부

     가) 원고는 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서 ⁠‘장기임대주택’을 주택수 산정에서 제외하는 규정을 두지 않은 것은 입법의 흠결에 해당하고, 이후 그 반성적 고려로 2021. 2. 17 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에서 ⁠‘장기임대주택’을 추가하는 규정을 새롭게 마련하였으므로 이 사건 양도에 적용하여야 한다는 취지로 주장하나, ⁠‘장기임대주택’은 이미 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에서 1세대 3주택 이상에 해당하지 아니하는 주택으로 규정하고 있으므로, 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

     나) 설령 원고의 위 주장을 장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자의 경우, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외하는 규정을 두지 아니한 것이 입법의 흠결에 해당한다는 취지로 선해한다 하더라도, 이는 다음과 같은 이유로 이유 없다.

      ① 조세는 국가의 재정수요를 충족시킨다고 하는 본래의 기능 외에도 소득의 재분배, 자원의 적정배분, 경기의 조절 등 여러 가지 기능을 가지고 있으므로, 국민의 조세부담을 정함에 있어서 재정ㆍ경제ㆍ사회정책 등 국정 전반에 걸친 종합적인 정책판단을 필요로 하는 것이어서, 조세법규를 어떠한 내용으로 규정할 것인지는 입법자의 입법 형성적 재량에 기초한 정책적ㆍ기술적 판단에 맡겨져 있다(헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌바67 전원재판부 결정 참조).

       앞서 본 바와 같이 구 소득세법 시행령은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외되는 항목과 1세대 2주택에 해당하는 주택에서 제외되는 항목을 분리하여 별도로 규정하고 있는 점, 1세대 3주택 이상 중과세 규정의 취지는 부동산 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위함이므로, 이러한 취지 및 조세정책의 합리적 운용을 위하여 1세대 2주택자와 1세대 3주택 이상의 경우 중과대상에서 제외되는 항목을 달리 규정한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 일시적 2주택의 경우 중과되는 1세대 2주택에서 배제하면서도 1세대 3주택에서 배제하지 않은 것이 입법의 흠결에 해당한다고 보기는 어렵다.

      ② 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3 제1항 제13호는 ⁠‘제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.

       그런데 위 개정 규정은 이를 소급 적용하는 규정을 마련하지 않았는바, 국가의 조세정책은 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 위 개정 규정이 구 소득세법 시행령 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대 1주택으로 보게 되는 경우를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외한 것은, 그 부작위가 위법하다는 인식 하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법재량권 행사에 따라 이루어진 것으로 보인다. 따라서 개정 시행령을 이 사건 양도에 소급하여 적용하여야 한다고 볼 수는 없다.

   3) 이 사건 양도에 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 인정되는지 여부

     가) 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 위 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).

     나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 거시한 증거들과 을 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 원고가 이 사건 신규주택을 취득하고 이 사건 주택을 매도할 때까지 소요된 기간(원고가 3주택을 보유한 기간)이 사회통념상 일시적이라고 보기는 어려우므로, 원고에게 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 있다고 볼 수 없다. 따라서 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

      ① 원고는 2016. 7. 12. 이 사건 신규주택을 취득하였음에도 그로부터 2년여가 지난 2018. 7. 14.에야 이 사건 주택에 관한 매매계약을 체결하고, 2018. 9. 21. 이를 양도하였다.

      ② 원고는 2016. 7. 12. 이 사건 주택에 관한 대체주택으로 이 사건 신규주택을 취득하였다고 하면서도 이 사건 신규주택에는 전입한 적이 없었을 뿐만 아니라, 이 사건 주택을 양도한 이후에도 계속하여 이 사건 주택에 거주하였다. 오히려 원고는 2018. 9. 28. 이 사건 신규주택에 관한 자신의 지분을 자녀인 BBB에게 증여한 다음 2019. 1. 10. ○○ ○○구 소재 ○○아파트로 전입하였다.

      ③ 구 소득세법 시행령 제155조 제1항이 신규주택을 취득한 후 3년(종전주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규주택을 취득한 경우에는 2년) 내에 종전주택을 양도할 경우 1세대 1주택의 특례를 적용하는 규정하고 있다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 일시적 2주택의 경우 1세대 3주택 이상의 주택에서 제외하는 규정을 두지 않은 입법자의 의사를 살펴볼 때 위 기간이 1세대 3주택의 경우 ⁠‘사회통념상 부득이하게 일시적으로 3주택을 소유한 기간’임을 판단할 때에 그대로 적용될 수는 없다.

3. 결론

  원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 04. 22. 선고 서울행정법원 2021구단65272 판결 | 국세법령정보시스템