요지

이 사건 계약은 원가분담약정에 해당하고, 원고들이 이 사건 계약에서 정한 분담기준에 따라 부담한 이 사건 비용은 원가분담비용으로서 사용료 소득에 해당하지 않는다고 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고 B 주식회사의 소를 각하한다.

2. 피고 ○○세무서장이 2018. 12. 28. 분할 전 B 주식회사에 대하여 한 별지1 기재 원천징수 법인세의 경정거부처분을 취소한다.

3. 피고 ○○세무서장이 2019. 2. 8. 원고 C 주식회사에 대하여 한 별지2 기재 원천징수 법인세의 경정거부처분 및 피고 ○○세무서장이 2019. 4. 2. 원고 D 주식회사에 대하여 한 별지3 기재 원천징수 법인세의 경정거부처분을 모두 취소한다.

4. 소송비용 중 원고 A 주식회사, 원고 C 주식회사, 원고 D 주식회사와 피고들 사이에 생긴 부분은 피고들이 부담하고, 원고 B 주식회사와 피고 ○○세무서장 사이에 생긴 부분은 원고 B 주식회사가 부담한다.

청 구 취 지

주문 제3항 및 주위적 및 예비적으로, 피고 ○○세무서장이 2018. 12. 28. 분할 전 B 주식회사에 대하여 한 별지1 기재 원천징수 법인세의 경정거부처분을 취소한다¹⁾.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 분할 전 B 주식회사(이하 ⁠‘분할 전 B’라 한다)는 ☆☆☆ 그룹(☆-☆ Group)의 한국 계열회사로서, 2019. 12. 13. 건축용 판유리, 가공유리 등 유리제품 제조 및 판매 사업부문을 물적분할하여 원고 B 주식회사(이하 ⁠‘원고 B’라 한다)를 설립하고 같은 날 분할존속법인의 상호를 원고 A 주식회사(이하 ⁠‘원고 A’라 한다)로 변경하였다. 원고 C 주식회사(이하 ⁠‘원고 C’라 한다)는 차량용 및 건축용 안전유리 등을 제조·판매하는 회사이고, 원고 D 주식회사(변경 전 상호: ○○○○○ 주식회사, 이하 ⁠‘원고 D’라 한다)는 유리섬유 등을 제조가공·판매하는 회사로서, 원고 C와 원고 D는 원고 A의 자회사이다.

  나. 분할 전 B 및 원고 C, 원고 D는 종래 라이선스 계약을 체결하고 ☆☆☆ 그룹 내의 다른 계열사들의 무형자산 등을 사용한 대가로 사용료를 지급하고 있었는데, 2013. 11. 1. 다른 연합 구성원들을 대표하는 프랑스법인 ☆-☆ Glass France, S.A.(이하 ⁠‘E’라 한다)와 사이에 유리제조기술의 연구개발 연합을 위한 계약(Agreement for a Research and Develope Pool for Glazing Techniques, 이하 ⁠‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하고, 아래 표 기재와 같이 2013년 11월경부터 2018년 8월경까지 이 사건 계약에서 정한 분담기준에 따라 E가 청구한 분담비용(이하 ⁠‘이 사건 비용’이라 한다)을 지급하면서, 이를 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제8호에서 규정한 외국법인의 국내원천 사용료 소득으로 보아 ⁠「대한민국 정부와 불란서 정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」(이하 ⁠‘한·프 조세조약’이라 한다) 제12조 제2항의 제한세율(10%)을 적용하여 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에 따라 원천징수한 법인세 합계 4,225,921,857원(이하 ⁠‘이 사건 법인세’라 한다)을 납부하였다(구체적인 내역은 별지1 내지 별지3 기재와 같다).

  다. 분할 전 B는 2018. 10. 31. 피고 ○○세무서장에게, 원고 C는 2018. 12. 5. 피고 ○○세무서장에게, 원고 D는 2019. 1. 25. 피고 ○○세무서장에게, 각각 이 사건 계약은 원가분담약정이므로 그 분담기준에 따라 지급한 이 사건 비용은 원천징수 대상인 외국법인의 국내원천 사용료 소득에 해당하지 않는다고 주장하며 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제4항에 따라 이 사건 법인세 중 해당 법인이 징수·납부한 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고 ○○세무서장은 2018. 12. 28., 피고 ○○세무서장은 2019. 2. 8., 피고 ○○세무서장은 2019. 4. 2. 위 각 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

  라. 분할 전 B, 원고 C는 각 2019. 3. 18., 원고 D는 2019. 5. 10. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2020. 7. 29. 위 각 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 14호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

  별지4 기재와 같다.

3. 원고 B의 소의 적법 여부

  가. 관련 법리

   행정소송은 행정청의 당해 처분이 취소됨으로 인하여 법률상 직접적이고 구체적인 이익을 얻게 되는 사람만이 제기할 이익이 있고, 당해 처분과 관련하여 간접적이거나 사실적·경제적 이해관계를 가지는 데 지나지 않는 사람은 이를 제기할 이익이 없다(대법원 2010. 3. 25. 선고 2009두21499 판결 등 참조).

  나. 인정사실

   갑 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

   1) 분할 전 B는 피고 ○○세무서장의 2018. 12. 28.자 경정거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기한 이후인 2019. 12. 13. 유리제품 제조 및 판매 사업부문을 물적분할하여 원고 B를 설립하면서 다른 법인에 대한 지분의 소유 또는 보유 등을 사업목적으로 하는 원고 A로 존속하게 되었다.

   2) 분할 전 B가 금융위원회에 제출한 2019. 10. 29.자 주요사항보고서(회사분할결정) 중 ⁠‘분할로 이전할 사업 및 재산의 내용’ 항목에 따르면, 분할 전 B는 분할대상 사업부문에 속하는 일체의 적극적·소극적 재산과 기타의 권리와 의무 및 재산적 가치 있는 사실관계(인허가, 근로관계, 계약관계, 소송 등을 모두 포함하며, 이하 ⁠‘이전대상재산’이라 함)를 분할신설회사에 이전하되, 분할대상부문에 속하는 권리나 의무 중 법률상 또는 성질상 분할에 의한 이전이 금지되는 것은 분할되는 회사에 잔류하는 것으로 보고(분할에 의한 이전에 정부기관 등의 승인, 인가, 신고수리 등이 필요함에도 이를 받을 수 없는 경우에도 동일함), 분할신설회사에 이전이 필요한 경우에는 분할존속회사와 분할신설회사의 협의에 따라 분할존속회사의 비용으로 처리하며, 분할 전 B를 당사자로 하는 소송 중 분할기일 현재 분할대상 사업부문과 관련하여 계속 중인 일체의 소송(이하 ⁠‘이전대상 소송’이라 함)은 분할기일 후 분할신설회사에게 이전되나, 관련 법령이나 절차상 분할신설회사가 이전대상 소송의 당사자로서의 지위를 수계하는 것이 불가능한 경우에는 분할존속회사가 해당 소송을 계속하여 수행하되, 그 결과에 따른 경제적인 효과는 분할신설회사에 귀속시키고 상호 간에 비용을 정산하도록 정하였다. 한편 분할로 인한 이전대상재산은 분할계획서상의 분할대차대조표와 승계대상 재산목록에 기재된 바에 의하도록 하였는데, 위 주요사항보고서에 첨부된 분할재무상태표에는 분할존속회사에 미지급 법인세 채무가 그대로 남아있는 것으로 되어 있고, 승계대상재산목록에는 승계자산인 기타채권의 내용으로 ⁠‘미수금, 매입 부가세, 선급비용’이 기재되어 있을 뿐 이 사건 법인세 환급금 등은 기재되어 있지 않다.

  다. 직권 판단

   위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 분할 전 B에 대한 피고 ○○세무서장의 2018. 12. 28.자 경정거부처분을 다툴 원고적격은 분할존속회사인 원고 A에 있고, 분할신설회사인 원고 B는 위 경정거부처분에 대해 법률상 직접적·구체적 이해관계를 갖는다고 볼 수 없으므로 그 취소를 구할 원고적격이 인정되지 않는다고 할 것이다.

   1) 상법 제530조의10은 ⁠‘단순분할신설회사, 분할승계회사 또는 분할합병신설회사는 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서 또는 분할합병계약서에서 정하는 바에 따라 승계한다.’고 규정하고 있다. 상법상 회사분할의 경우 피분할회사의 권리의무는 분할계획서에 따라 사법상 관계나 공법상 관계를 불문하고 분할로 인하여 설립되는 회사에 포괄승계되는 것이 원칙이지만, 그 성질상 이전이 허용되지 않는 것은 승계의 대상에서 제외된다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2012두11782 판결, 대법원 2015. 2. 12. 선고 2012두14729 판결 등 참조).

   2) 구 국세기본법 제25조 제2항은 법인이 분할된 후 존속하는 분할법인과 분할신설법인은 분할등기일 이전에 분할법인에 부과되거나 납세의무가 성립한 국세 및 체납처분비에 대하여 분할로 승계된 재산가액을 한도로 연대납세의무를 부담한다고 규정하면서도, 분할된 경우 납세의무의 승계에 관하여는 별도로 규율하고 있지 않다. 그리고 구 국세기본법 제45조의2의 규정에 따른 경정청구권은 법령에 따라 부여된 공법상 권리로서 특별한 규정이 없는 한 당사자의 의사에 따라 처분되거나 이전될 수는 없다. 따라서 납세의무자 또는 원천징수의무자 등의 경정청구권이나 그에 대한 거부처분에 불복하여 다툴 수 있는 소송상의 지위는 성질상 회사 분할로 이전이 허용되지 않는 것에 해당한다고 보아야 한다.

   3) 위 회사분할결정 및 그와 같은 내용의 분할계획서에 의하여 이 사건 소송 결과에 따른 경제적인 효과를 분할신설회사인 원고 B에 귀속시킬 것이 예정되어 있다고 하더라도, 이러한 이해관계는 간접적이거나 사실적·경제적인 것에 불과하다. 따라서 원고 B가 피고 ○○세무서장의 2018. 12. 28.자 경정거부처분으로 인하여 법률상 보호되는 이익을 침해당한 경우에 해당한다고 볼 수 없다.

  라. 소결론

   결국 원고 B의 소는 원고적격이 인정되지 않아 부적법하다(아래 4항에서는 원고 A, 원고 C, 원고 D를 ⁠‘원고들’로 지칭한다).

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

  가. 당사자들의 주장

   1) 피고들 주장의 요지

    이 사건 계약은 아래와 같은 이유로 원가분담약정에 해당한다고 볼 수 없으므로 원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 각 처분은 정당하다.

    ① 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29525호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제14조의3 제1항은 원가의 절감 또는 매출액 등의 증가를 기대편익으로 규정하고 있는데, 이 사건 계약은 이러한 기대편익이 아니라 순매출액을 배분기준으로 사용하고 있으므로 원가분담약정의 핵심적 요건인 기대편익에 관한 내용을 결여한 것이다.

    ② 원고들은 2018 사업연도에 이르기까지 이 사건 비용을 사용료로 보아 원천징수 법인세를 납부하였고 2015 사업연도에 대한 세무조사에서 이 사건 비용에 대해 사용료라고 밝히기도 하였으며, 구 국세조세조정법 시행령 제14조의6에 따른 ⁠‘원가 등의 분담액 조정 명세서’를 제출하지도 않았으므로, 원고들이 진정한 원가분담약정의 목적으로 이 사건 계약을 체결하였다고 보기 어렵다.

    ③ 이 사건 계약에는 각각의 참여자가 다른 참여자들이 2012년 1월 이전에 획득한 지식에 대한 무료 사용권을 가진다고 되어 있으나, 기존 특허 등의 사용은 실질적으로 이 사건 계약에 따른 지급금액과 대가관계에 있다. 원고들이 E의 기존 특허 등을 연구개발목적으로 사용하는 경우 그 대가는 구 국제조세조정법 시행령 제14조의2 제2항 단서에 따라 정상원가분담액에서 제외되는 사용료에 해당하고, 일반 사업목적으로 사용하는 경우에도 새로운 무형자산의 개발과 관련되지 않은 것이므로 그 대가는 성질상 사용료에 해당한다. 따라서 이 사건 계약은 사용료에 해당하는 기존 특허 등의 사용대가를 포함하고 있다.

   2) 원고들 주장의 요지

    이 사건 계약은 아래와 같은 이유로 원가분담약정에 해당하고, 원고들이 그 약정에 따라 지급한 이 사건 비용은 구 법인세법 제93조 제8호 및 한·프 조세조약 제12조 제3항의 사용료에 해당하지 않으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다.

    ① 원가분담약정의 핵심적인 표지는 ⁠‘무형자산의 공동개발’과 ⁠‘원가 등의 분담’으로서 이 사건 계약은 이를 모두 충족한 원가분담약정에 해당하고, 기대편익은 원가분담약정의 필수요건이 아니라 과세표준을 경정할 수 있는 정상원가분담액의 산정기준에 불과하다. 원고들은 매출액을 기대편익의 기준으로 적용하여 원가분담액을 적정하게 산정하였고, 기대편익 산정기준을 잘못 적용하여 지급한 비용이 과다하거나 과소하더라도 정상원가분담액에 따라 원고의 법인세 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 문제이지 이 사건 비용을 원천징수 대상인 사용료 소득으로 볼 수 없다.

    ② 원고들은 이 사건 계약에 따른 원가분담비용을 사용료 소득으로 잘못 보아 원천징수한 것을 바로잡기 위해 경정청구에 이르게 된 것이므로, 그 착오를 이유로 경정청구를 거부하는 것은 경정청구 제도의 취지에 반하는 것이다.

    ③ 원고들이 이 사건 계약에 따라 지급한 이 사건 비용은 무형자산의 공동개발에 실제 소요된 비용의 분담액일 뿐 기존 특허 등의 사용대가를 포함하고 있지 않다. 만일 원고들이 중도 참여자로서 다른 참여자들에게 기존의 무형자산에 대한 사용대가를 별도로 지급하여야 한다면 그 대가의 정상가격을 기준으로 원고들의 과세표준을 감액경정할 수 있을 뿐, 중도 참여 이후 원가분담약정에 따라 지급하는 원가분담액을 사용료로 볼 수는 없다.

  나. 인정사실

   갑 제2, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

   1) 이 사건 계약의 주요 내용은 아래와 같다.

    ① 연합의 한 구성원인 E는 코디네이터로 지정된다. 코디네이터는 연합 조직 및 본 계약에 의해 코디네이터에게 위임되는 권한과 의무와 관련하여 각 연합 구성원들을 대표한다(제5조).

    ② 모두를 위해 수행되는 전체 연간 프로그램, 작업, 연구와 용역의 총 비용(세금 제외)은 연합 구성원들에게 배분된다(제10조). 구성원은 특허비용(특허를 위한 신청, 등록, 유지관리, 구매, 방어활동, 절차와 서비스에 들어가는 모든 비용)과 사업별 총 비용을 부담한다(제10.3조). 각 구성원의 특허비용 기여분은 해당 사업연도 순매출액의 0.13%와 같고, 제3자에게 라이선스를 허용하고 받은 순수입을 더하고 실제 발생한 특허비용을 공제하여 연간 정산이 이루어진다. 초과금액은 연구개발 연합의 기여분으로 적립되고, 부족한 금액은 당사자들 간에 동등하게 배분되어야 한다(제10.1조). 사업별 총비용은 전체 연구개발 프로그램 비용과 나머지 비용으로 구성되고, 모든 연합 구성원은 각 사업의 순매출액에 비례하여 사업별 총비용을 부담한다(제10.2조).

    ③ 연합의 공동 노하우 집합(Joint Knowhow Fund)은 연속적 연구프로그램의 결과, 비밀준수 의무를 조건으로 상호 공개하기로 약속된 부문에 대한 구성원 사이의 약정에 의해 2012년 1월 1일 이전에 획득한 모든 지식, 코디네이터를 통해 전달받는 GIE의 연구 분야에서의 지식으로 구성된다. 이 집합은 제12조, 제13조 ⁠‘산업재산권-특허’에 기재된 내용을 침해함이 없이 모든 구성원들에게 소유된다(제11.1조). 각각의 연합 구성원은 공동 노하우 집합 등에 대해 제한 없이 접근할 수 있고, 유리제조 사업활동에 있어 무상 사용권을 가진다(제11.2조).

    ④ 특정한 구성원들은 본 계약서에 서명할 당시 창유리 부문에서 특정한 산업재산권을 소유하고 있다. 이와 관련하여 위에서 언급된 모든 사전 소유권과 라이선스는 그 소유자들의 재산으로 남는다. 위에 언급된 조항들은 제17.2조에 의해 받아들여진 구성원의 산업재산권에 적용된다. 각각의 연합 구성원은 다른 구성원들에 의해 다른 구성원들이 가지고 있는 산업재산권을 필요에 따라 사용하거나, 본 계약에 따른 연구프로그램을 수립하고 실행할 수 있도록 권한을 부여받는다. 이러한 산업재산권들은 반대의 약정이 존재하지 않는 한 무료로 사용된다(제12조).

    ⑤ 본 연합 계약 하에서 프로그램되고 수행된 연구, 작업 그리고 용역의 결과는 특허 유무에 관계없이 노하우 공동 집합을 구성한다. 이것은 특히 연구 결과로 생긴 특허나 다른 산업재산권에 포함된, 또는 그 기저를 이루는 노하우에 적용된다(제13.1조). 당사자들이 본 계약에 따른 의무를 이행하는 것을 전제로, 각각의 연합 구성원은 연합의 특허를 연구 프로그램의 범위 내에서 자신의 용도로 또는 이를 벗어나 유리제조 사업활동의 범주에서 무료로 사용할 권한이 있다. 그리고 일반적으로, 연구 프로그램의 결과와 코디네이터를 통해 전달받는 GIE의 지식 집합으로부터 얻은 결과로 이루어지는 모든 기술적 지식에 대해 제한 없이 접근할 수 있다(제13.3조). 본 계약의 제17.5조에 따른 지식, 특허 그리고 노하우를 사용할 수 있는 권리에도 불구하고, 계약기간 중 연합에서 탈퇴하거나 연합으로부터 배제된 구성원은 연합 안에서 획득하여 보유하고 있는 특허와 아직 연합에 이전하지 않은 특허를 코디네이터 앞으로 이전하여야 하고, 나머지 연합 구성원들이 보유하는 특허의 소유권에 대한 권리에 대해 클레임을 제기할 수 없다(제13.4조).

    ⑥ 새로운 구성원이 연합의 공동 노하우 집합에 대한 접근권을 위해 지급해야 하는 가입비는 새로운 구성원이 연합에 가져오는 산업재산권의 가치를 공제한 순매출액의 0.5%로 한다. 연합에 가입하기 전 연합에 속하는 특허 라이선스 비용을 이미 지불한 새로운 구성원들은 경우에 따라 전체 또는 일부 가입비를 면제 받는다(제17.2조).

    ⑦ 연합 계약을 철회하거나 제외된 구성원은 정상적이거나 예정된 계약의 종료, 갱신되지 않은 경우 등의 사유를 불문하고 본 연합 계약의 조건에 따라 획득된 지식, 특허 및 노하우에 대한 무조건적이고 제한 없는 사용권이 박탈되지 않는다. 그러나 이러한 권리의 존속을 위해서는 i) 연합에서 탈퇴할 당시 실재하였던 유리제조 활동 범위에서 요구되는 지식, 특허 및 노하우에 한정하여 연합 구성원이 아니게 된 이후 유리제조 활동을 계속하고, ii) 탈퇴하는 구성원에 의해 그러한 특허의 유지 및 관리비용이 지불될 것이 요구된다(제17.5조).

   2) E는 매 사업연도 종료 후 PwC 회계법인에 연구개발 연합 구성원들이 분담할 금액의 검토를 의뢰하였고, 이에 따라 PwC 회계법인은 검토보고서(이하 ⁠‘PwC 보고서’라 한다)를 작성하여 왔다. PwC 보고서의 주요 내용 및 그에 나타난 원고 A, C의 2017 사업연도 분담금액 산정내역을 예시하면 아래와 같다.

    ① 원가는 사업단위별 직접 비용, 공통비용, IP비용의 3가지 유형이 있다. 이 중 공통비용은 잠재적인 신사업 관련한 연구개발, 연구개발의 일반관리, IFRS 규정 적용에 따른 IFRS 원가(일정한 기준에 따라 자산화된 연구개발비용과 그 감가상각비용)와 기타 중앙 공유되는 비용을 지칭하고, IP비용은 발명자 보상금액 등 특허비용에서 외부로부터 수취한 로열티를 차감한 것이다.

    ② 사업단위의 배분은, 사업단위별 직접 비용의 경우 해당 사업에 곧바로 배분되고, 공통비용은 배분기준(key allocation)에 따라 배분되며, IP비용은 유리 순매출액 0.13%의 비율에 의한 기여분으로 충당한다.

    ③ 동일 사업단위 내에서 개별 법인으로의 배분은, 순매출액에서 내부 구매액을 차감한 금액(Basis)을 기준으로 한다.

    ④ E의 원가 계정에서 집계한 해당 사업연도의 원가에서, 외부 로열티, IFRS 원가, 내부 로열티 등에 의해 조달된 금액을 차감하여 분담하여야 할 원가를 산정한다.

    ⑤ 해당 사업연도의 원가를 사업단위별로 배분한다.

    ⑥ 동일 사업단위 내에서 개별 법인으로의 배분 기준에 따라 해당 법인의 분담금액을 산정한다.

  다. 판단

   위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 계약은 원고들이 ☆☆☆ 그룹 내의 다른 계열사들과 연구개발 연합을 구성하여 유리제조기술과 관련한 연구개발을 공동으로 수행하고 그에 따른 결과물인 무형자산을 공동으로 소유하면서 그에 소요되는 원가 등 비용을 일정한 기준에 따라 분담하는 것을 내용으로 하는 원가분담약정에 해당하고, 원고들이 이 사건 계약에서 정한 분담기준에 따라 부담한 이 사건 비용은 원가분담비용으로서 구 법인세법 제93조 제8호의 사용료 소득에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 원고들의 주장은 이유 있고, 이 사건 비용을 E의 사용료 소득으로 보아 원천징수·납부한 이 사건 법인세는 환급되어야 하므로 이 사건 각 처분은 위법하다.

   1) 구 국제조세조정에 관한 법률(2020. 12. 22. 법률 제17651호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제6조의2는 정상원가분담액 등에 의한 과세조정에 관하여 규정하고 있는데, 그 제1항은 원가분담약정에 대해 ⁠‘거주자가 국외특수관계인과 무형자산을 공동으로 개발 또는 확보하기 위하여 사전에 원가·비용·위험(이하 ’원가 등‘이라 한다)의 분담에 대한 약정’으로 규정하고 있다. 그리고 2017년 개정 OECD 이전가격 지침(Transfer Pricing Guidelines for Multinational Enterprises and Tax Administrations, 이하 ⁠‘OECD 지침’이라 한다) 문단 8.3은 원가분담약정에 대해 ⁠‘각 참여자의 사업에 편익을 창출할 것으로 기대되는 무형자산, 유형자산 또는 서비스를 공동개발, 생산 또는 확보하기 위한 기여분과 위험을 분담하는 기업들 간의 계약’으로 정의하고 있다. 원가분담약정의 주요 특징은 기여분을 분담하는 것으로, 무형자산의 개발, 생산, 획득의 경우 약정활동으로 만들어진 모든 무형자산의 소유지분 또는 그러한 무형자산의 이용권이나 사용권은 계약상 각 참여자에게 제공되므로, 참여자들은 추가비용을 누구에게도 지급하지 않고 지분, 권리, 자격을 사용할 수 있다(OECD 지침 문단 8.5). 원가분담약정 작업의 결과물에 대한 각 참여자의 지분은 시작할 때 정해져야 하는데, 개발된 무형자산이나 유형자산의 법적 소유권이 한 참여자에 주어지지만 계약 내용에 정한대로 그 무형자산이나 유형자산을 이용하거나 사용할 권리를 모든 참여자가 갖게 될 수도 있다(OECD 지침 문단 8.6). 이러한 원가분담약정에 따라 당사자들이 비용을 공동으로 부담하는 과정에서 주고받는 금액은 무형자산 개발비용이거나 지출한 비용의 상환 성격을 갖게 되고 사용료 거래가 아니므로, 이에 관하여는 원천징수의 문제가 생기지 않는다.

    이 사건 계약에 따르면, 연구개발 연합의 연구 결과 발생한 특허 등 무형자산은 노하우 공동 집합을 구성하게 되고(제13.1조), 연합 구성원은 미리 정한 배분기준에 따라 특허비용과 사업별 총 비용을 분담하며(제10조 내지 제10.3조), 각각의 연합 구성원은 공동 노하우 집합에 대해 제한 없는 접근권한과 무상 사용권을 갖게 되고(제11.2조), 탈퇴하는 경우에도 위 계약조건에 따라 획득된 무형자산에 대한 무조건적이고 제한 없는 사용권이 박탈되지 않는다(제17.5조). 따라서 이 사건 계약의 성격은 원가분담약정으로 보는 것이 타당하다.

   2) 한편 구 국제조세조정법 제6조의2 제1항은 ⁠‘거주자의 원가 등의 분담액이 정상원가분담액보다 적거나 많을 때에는 정상원가분담액을 기준으로 거주자의 원가 등의 분담액을 조정하여 거주자의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정할 수 있다.’고 규정하고 있다. 구 국제조세조정법 시행령 제14조의2 제2항은 ⁠“정상원가분담액”에 대해 ⁠‘거주자가 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 원가 등의 분담에 대한 약정에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 분담액으로서, 무형자산의 개발을 위한 원가 등을 그 무형자산에 대한 제14조의3 제1항에 따른 기대편익에 비례하여 배분한 금액으로 한다.’라고 규정하고, 제14조의3 제1항은 ⁠‘법 제6조의2 제2항에 따른 기대편익은 무형자산으로부터 기대되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 편익으로 한다.’라고 규정하면서 제1호에서 ⁠‘원가의 절감’을, 제2호에서 ⁠‘무형자산의 활용으로 인한 매출액, 영업이익, 사용량·생산량 또는 판매량의 증가’를 정하고 있다.

    그런데 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 계약에서 원가 등의 배분기준을 ⁠‘매출액 등의 증가’가 아닌 ⁠‘순매출액’에 의하도록 정하였다고 하여 피고들 주장과 같이 이 사건 계약이 기대편익에 관한 내용을 결여하였다거나 원가분담약정의 성격을 갖지 않게 된다고 볼 수 없다.

    ① 우선 이 사건 계약에서는 연구개발 연합 참여자들이 사업의 순매출액에 비례하여 특허비용 기여분과 사업별 총비용을 분담하도록 정하고, 이러한 의무를 이행하는 것을 전제로 참여자들로 하여금 특허 등 공동 노하우 집합에 대해 제한 없는 접근권한과 무상 사용권 등 실질적인 소유권을 보유하도록 하고 있으므로, 이 사건 계약은 참여자들의 순매출액을 기대편익의 표지로 삼아 원가 등을 분담하도록 정하였다고 인정된다.

    ② 그리고 구 국제조세조정법 제6조의2 제1항은 거주자인 참여자가 부담하고 손금산입한 원가 등의 분담액을 과세관청이 부인하고 경정권을 행사하는 근거가 되는 규정으로, 과세관청은 거주자의 원가 등 분담액에 대해 ⁠‘정상가격 기준’을 적용하여 정상원가분담액을 기준으로 거주자의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 따라서 이 사건 계약에서 정한 원고들의 분담액이 위 법령에 따라 산정된 정상원가분담액과 차이가 있더라도 이는 원고들의 사업소득금액에서 해당 차액을 조정할 문제이지, 그러한 이유로 이 사건 계약이 원가분담약정에 해당하지 않는다거나 원고들이 부담한 분담액의 성격을 E에게 지급한 사용료로 보아야 하는 것은 아니다.

    ③ 다음으로 구 국제조세조정법 시행령 제14조의2 제2항에 대해 보면, 규정의 문언이나 체계 등에 비추어 이는 정상원가분담액을 산정함에 있어 이른바 ⁠‘독립기업의 원칙’에 따르도록 하면서 그 산정방법에 대해 제14조의3 제1항에 따른 기대편익에 비례하여 배분한 금액으로 하도록 정한 것이고, 당사자들이 원가분담약정을 체결함에 있어 반드시 구 국제조세조정법 시행령 제14조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 따라 참여자들의 기대편익을 평가하도록 요구하는 것은 아니라고 할 것이다.

    ④ 이에 대해 피고들은, 미국 세법의 재무부 규정(Treasury Regulation §1.482-7)의 경우 원가분담약정에 해당하기 위해서는 ⁠‘참여자의 기대편익의 지분을 합리적으로 반영할 것으로 예상되는 요소들에 기초하여, 특수관계자인 참여자의 기대편익 지분을 계산할 방법을 제공하는 계약조항’ 등의 행정적 요건을 갖추도록 규정하고 있음을 들어, 위 시행령 제14조의3 제1항 제2호 ⁠(가)목에서 기대편익의 하나로 정한 ⁠‘매출액의 증가’가 아니라 ⁠‘매출액’ 그 자체를 원가 등의 배분기준으로 하는 이 사건 계약은 원가분담약정의 핵심적 요소인 기대편익에 대한 내용을 포함하고 있지 않다고 주장한다. 그러나 우리 세법에서는 원가분담약정에서 그와 같은 행정적 요건을 갖추도록 규정하고 있지 않을 뿐만 아니라, 이 사건 계약에 따른 유리제조기술 연구개발 연합의 구성원은 코디네이터 역할을 하는 E와 ☆☆☆ 그룹의 판유리 활동에 속하는 자회사들로 구성되고(제1.11조 참조), 이러한 참여자들이 연합의 공동 노하우 집합에 속하는 무형자산을 사업활동의 범주에서 무료로 사용함으로써 얻게 되는 경제적 효익은 해당 사업부문의 매출 전반에 걸쳐 나타날 것으로 기대되며, 원고들은 종래의 라이선스 계약에 따라 위 연합에 참여하기 이전부터 연합에 속하는 특허 등을 유리제조 사업활동에 사용하여 왔으므로, 이 사건 계약이 기대편익의 표지로 삼은 ⁠‘순매출액’은 원고들을 포함한 연합 참여자들의 기대편익을 합리적으로 반영하는 요소로 볼 수 있다[위 미국 재무부 규정 §1.482-7에서는 참여자들의 기대편익을 간접적으로 측정할 수 있는 측정치의 하나로 매출(sales)을 정하고 있고, OECD 지침 문단 8.19에서도 기대 편익의 상대적 몫은 예상되는 소득증가나 비용절감 또는 다른 편익에 기초하여 측정될 수 있다고 하면서 가능한 배분기준(allocation key)의 하나로 매출(sales)을 들고 있다]. 따라서 피고들의 위 주장은 받아들일 수 없다.

   3) 이 사건 계약이 원가분담약정에 해당하는지 또는 이 사건 비용이 외국법인의 국내원천 사용료 소득인지 등은 구체적인 계약의 내용과 비용의 성격을 객관적으로 살펴보아 판단할 문제이고, 나아가 원고들은 이 사건 법인세의 원천징수의무자일 뿐 원천납세의무자도 아니며, 원가 등의 분담액 조정 명세서는 구 국제조세조정법 시행령 제14조의2에 따라 정상원가분담액을 손금에 산입하거나 제14조의4에 따라 기대편익의 변동을 이유로 소득금액을 조정하기 위해 제출하는 것으로(위 시행령 제14조의6 제1항), 원고들이 경정청구에 이르기 전 이 사건 비용을 사용료로 처리하여 왔다거나 원가 등의 분담액 조정 명세서를 제출하지 않았던 사정은 이 사건 계약이 원가분담약정에 해당하지 않는다거나 이 사건 비용을 원천징수 대상 사용료 소득으로 볼 수 있는 근거가 된다고 보기 어렵다.

   4) 구 국제조세조정법 시행령 제14조의2 제2항 단서는 정상원가분담액에서 ⁠‘원가 등의 분담 약정 참여자가 소유한 무형자산의 사용대가’를 제외하도록 규정하고 있다.

    그런데 PwC 보고서에 나타나는 원고들을 비롯한 참여자들의 분담금액 산정내역에 의하면, E는 연구개발 등을 통한 무형자산의 개발, 획득을 위해 소요되는 총 원가를 분배대상으로 삼아 원고들을 비롯한 각각의 참여자들에게 분담하도록 하고, 원고들과 같은 중도 참여자인지 아니면 2012년 1월 이전에 산업재산권을 소유하였던 기존의 참여자인지 여부를 불문하고 순매출액을 기준으로 삼아 원가 등 분담금액을 산출하였음을 알 수 있다. 이와 같이 원고들이 부담한 이 사건 비용이 동일한 배분기준에 의해 정하여진 것인 이상 그 참여 이전에 기존 참여자들에 의해 개발, 획득이 완료되어 공동 노하우 집합에 제공된 산업재산권에 대한 사용대가를 실질적으로 포함하고 있다고 할 수 없고, 그러한 산업재산권의 사용권은 이 사건 계약 제12조에 명시된 바와 같이 원고들을 비롯한 다른 참여자들에게 무상으로 제공되었다고 보인다.

    한편, 원고들이 2012년 1월 이전에 창유리 부문의 산업재산권을 소유한 기존 참여자들에게 그 사용대가를 지급해야 한다면, 이는 구 국제조세조정법 시행령 제14조의5에서 규율하고 있는 ⁠‘중도 참여대가’(buy-in payment)의 성격을 갖는다. 그리고 이 사건 계약 제17.2조는 이러한 중도 참여대가에 해당하는 ⁠‘가입비’에 대해 새로운 구성원이 연합에 가져오는 산업재산권의 가치를 공제한 순매출액의 0.5%로 하되, 연합에 가입하기 전 연합에 속하는 특허 라이선스 비용을 이미 지불한 새로운 구성원들은 경우에 따라 전체 또는 일부 가입비를 면제받는다고 정하고 있다. 따라서 원고들이 이 사건 계약 제17.2조에 따라 가입비를 지급하였거나 또는 가입비의 전부 또는 일부를 면제받았다면, 구 국제조세조정법 시행령 제14조의5에 따라 정상가격을 기준으로 이전가격 소득 조정을 통해 원고들의 과세표준 및 세액을 경정하면 되고, 위와 같이 배분기준에 따라 정하여진 원가 등 분담금액인 이 사건 비용이 기존 참여자들에 대한 산업재산권 등의 사용대가를 포함하고 있다고 볼 것은 아니다.

5. 결 론

 그렇다면 원고 B 주식회사의 소는 부적법하므로 각하하고, 원고 A, C, D의 각 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 분할 전 B 주식회사의 분할존속회사인 원고 A 주식회사가 주위적 원고, 분할 전 B 주식회사의 분할신설회사인 원고 B 주식회사가 예비적 원고로서 각각 별지1 기재 원천징수 법인세의 경정거부처분 취소를 구한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 01. 11. 선고 서울행정법원 2020구합82918 판결 | 국세법령정보시스템