요지

납세의무자는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 그것이 가장행위라는 등의 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 하고, 법인의 실체를 갖추지 못하였거나, 가공거래라고 인정하기 부족하므로 이 사건 처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 11. 1. 원고에게 한

  가. 2013 사업연도 법인세 636,791,240원 중 44,013,615원(가산세 포함),

  나. 2014 사업연도 법인세 1,090,377,190원 중 300,599,319원(가산세 포함),

  다. 2015 사업연도 법인세 1,750,614,690원 중 799,976,311원(가산세 포함),

  라. 2016 사업연도 법인세 1,697,027,200원 중 905,255,916원(가산세 포함),

  마. 2017 사업연도 법인세 1,047,061,320원 중 349,267,412원(가산세 포함)의

  각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 1986. 1. 11. 설립되어 선박용품제조업 등을 목적으로 하는 법인이고, 주식회사 AAA(이하 ⁠‘AAA’이라 한다)은 2013. 2. 25. 설립되어 조선기자재 무역업, 부동산 임대업 등을 목적으로 하는 법인이다.

  나. 피고는 2018. 3. 26.부터 2018. 9. 30.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 2018. 11. 1. 다음과 같은 처분사유를 들어 2013 사업연도 법인세 636,791,240원(가산세 포함, 이하 같다), 2014 사업연도 법인세 1,090,377,190원, 2015 사업연도 법인세 1,750,614,690원, 2016 사업연도 법인세 1,697,027,200원, 2017 사업연도 법인세 1,047,061,320원을 각 부과하는 처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

    1) 이 사건 처분사유 ①(가공거래 관련)

      원고는 2014. 2. 17.부터 2017. 12. 31.까지 AAA과 체결한 각 업무대행계약(이하 ⁠‘이 사건 각 업무대행계약’이라 한다)에 따라 AAA로부터 조선기자재나 선박부품의 제조에 필요한 물품들 및 관련 용역을 공급받고 그에 관한 공급가액 합계 약 477억 원의 세금계산서를 발급받았으나(이하 원고와 AAA 사이의 위 거래관계를 ⁠‘이 사건 거래’라 한다), 위 거래는 실체가 없는 위장업체인 AAA과 원고 사이에 재화나 용역의 실제 공급 없이 이루어진 가공거래에 해당하므로, 원고의 관련 매입세액을 불공제하고 AAA의 이익금 합계 약 56억 원을 특수관계법인 간 가공거래를 통하여 지출된 업무무관경비로 보아 손금불산입하여 각 사업연도 소득에 가산하였다.

    2) 이 사건 처분사유 ②(감사 급여 및 접대비 관련)

      원고는 감사 BBB에게 2013년부터 2017년까지 5년간 급여로 합계 607,654,067원(이하 ⁠‘이 사건 급여’라 한다)을 지급하였고, BBB은 원고 명의 법인카드로 합계 44,240,311원의 접대비(이하 ⁠‘이 사건 접대비’라 한다)를 지출하였으나, 감사 BBB은 실제 감사업무를 수행하지 않았으므로, 이 사건 급여 및 접대비를 손금불산입하였다.

    3) 이 사건 처분사유 ③(직무발명보상금 관련)

      원고가 2016년 대표이사 CCC에게 지급한 직무발명보상금 1,036,599,000원(이하 ⁠‘이 사건 직무발명보상금’이라 한다)은 발명진흥법상 절차 규정을 준수하지 않은 채 산정ㆍ지급된 것이어서 발명진흥법에서 정한 ⁠‘정당한 보상금’에 해당하지 않으므로, 위 금액을 손금불산입하고 연구ㆍ인력개발비 세액공제 적용을 배제하였다.

    4) 이 사건 처분사유 ④(매출누락 관련)

      원고가 2013년부터 2017년까지 5년간 업무보조(NAS)대장에 기재되어 있는 합계 16,665,989,894원의 매출을 누락하였으므로 위 금액을 익금산입하였다.

  다. 원고는 조세심판원에 위 각 처분사유의 위법성을 주장하면서 이 사건 당초 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 3. 이 사건 처분사유 ④에 대하여는 재조사를 통하여 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 일부 재조사결정을, 원고의 나머지 심판청구(이 사건 처분사유 ① 내지 ③)에 대해서는 기각결정을 각 하였다.

  라. 이 사건 각 처분 중 이 사건 처분사유 ① 내지 ③에 따라 추가로 부과된 세액 합계는 다음과 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    이 사건 각 처분 중 이 사건 처분사유 ① 내지 ③에 따라 추가로 부과된 세액 부분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

    1) 이 사건 처분사유 ①에 관하여

      피고는 이 사건 거래가 가공거래임을 전제로 관련매입세액을 불공제하고 AAA의 이익금 상당액을 손금불산입하여 각 사업연도 소득에 가산하였으나, AAA과 원고의 업무장소나 업무내용이 다소 혼재되는 부분이 있기는 하나, 실제 독립적으로 존재하는 법인이고, 그 사이에 있었던 이 사건 거래도 실제 재화와 용역의 공급이 이루어진 것이었으므로 가공거래에 해당하지 않는다.

    2) 이 사건 처분사유 ②에 관하여

      BBB은 원고의 감사로서 실제 업무를 수행하였으므로, 원고가 BBB에게 지급한 이 사건 급여는 모두 손금에 산입되어야 한다. 또한 피고는 이 사건 접대비가 모두 BBB이 사용하였음을 전제로 이를 손금불산입하였으나, 앞서 본 바와 같이 BBB은 감사로서 실제 업무를 수행하였을 뿐만 아니라 이 사건 접대비 중 대다수는 BBB이 사용한 것이 아닌바, 이러한 부분은 손금에 산입되어야 한다.

    3) 이 사건 처분사유 ③에 관하여

      발명진흥법에서 정하고 있는 직무발명보상금 지급을 위한 절차규정들은 종업원 등이 정당한 보상을 받을 권리를 보호하기 위한 것일 뿐 그 준수 여부에 따라 직무발명보상금에 해당하는지 여부가 달라지는 것은 아니다. 따라서 원고가 대표이사 CCC에게 이 사건 직무발명보상금을 지급함에 있어 일부 절차를 거치지 않은 하자가 있더라도 직무발명보상금은 손금에 산입되어야 하고 세액공제도 적용되어야 한다.

  나. 관계 법령

    별지 3 관계 법령 기재와 같다.

  다. 이 사건 처분사유 ①의 적법 여부에 관한 판단

    1) 관련 법리

      가) 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으며(대법원 2000. 2. 25. 선고 98두1826 판결 등 참조), 납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 등 참조), 그것이 과중한 세금의 부담을 회피하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두3961 판결 등 참조). 또한 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등의 위험 부담에 대한 보상뿐 아니라 외부적인 요인이나 행위 등이 개입되어 있을 수 있으므로, 그 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 그 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다(대법원 2017. 12. 22. 선고 2017두57516 판결 등 참조).

      나) 부가가치세법 제16조 제1항에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 이를 공급받는 자에게 세금계산서를 교부하여야 하는바, 여기서 ⁠“용역을 공급받는 자”라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 역무 등을 제공받는 자를 의미하므로, 계약상 원인에 의하여 ⁠“용역을 공급받는 자”가 누구인가를 결정함에 있어서는 당해 용역공급의 원인이 된 계약의 당사자 및 그 내용, 위 용역의 공급은 누구를 위하여 이루어지는 것이며 그 대가의 지급관계는 어떠한지 등 여러 사정을 고려하여야 할 것이고(대법원 2007. 1. 11. 선고 2005두1794 판결 등 참조), 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 참조). 또한 재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있다는 것은 당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미하는 것으로서, 부가가치세법령상 세금계산서에 기재할 사항 중의 하나로 규정하고 있는 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가 있어야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010도11382 판결 참조).

    2) 인정사실

      가) CCC는 원고와 AAA의 대표이사이고, CCC와 그 배우자인 BBB이 원고 주식의 99%를 보유하고 있다. AAA의 주식은 CCC가 0.2%, CCC의 자녀 DDD, EEE이 각 49.9%씩(합계 99.8%)을 각 보유하고 있다.

      나) 원고는 2014. 2. 17.부터 2017. 12. 31.까지 AAA과 사이에 6회에 걸쳐 아래 표 기재와 같이 AAA이 원고의 선박부품 제조에 필요한 각종 물품의 구매 및 출고, 재무회계, 고객관리 등 업무를 대행하는 내용의 이 사건 각 업무대행계약을 체결하였고, 이에 따라 AAA과 계약한 납품업체들이 원고에게 직접 또는 AAA을 거쳐 조선기자재나 선박부품의 제조에 필요한 물품들을 납품하였다. AAA은 원고에게 2014. 3. 14.경부터 2017. 12. 5.경까지 공급가액 합계 47,510,625,786원 상당의 세금계산서 6,292장을 발행하였다.

(표 생략)

      다) 이 사건 각 업무대행계약 기간에 원고와 AAA의 영업이익 및 영업이익률 변화는 아래 표와 같이 다소 반대되는 모습을 보였다.

(표 생략)

      라) 이 사건 각 업무대행계약 체결 이후 2014년경 원고의 인사, 관리ㆍ회계 담당직원 20명이 AAA로 옮겨가는 등 원고의 인력이 AAA로 이전되었다. 원고의 직원들과 AAA의 직원들은 원고의 사무실을 함께 사용하고 있는데, AAA은 원고와 사이에 원고의 사무실 일부 공간에 관하여 임대차계약을 체결하여 사용하고 있을 뿐 독립적인 사무공간을 가지고 있지 않다. 원고의 사무실 배치도나 업무분장표, 업무계획내역 등에도 원고와 AAA 소속이 분명하게 표기되어 있지 않다. AAA의 직원들은 원고의 네트워크 파일서버(NAS, Network attached Storage) 등 전산설비에 직접 접속하여 업무를 처리했고, AAA 소속 상당수 직원은 외부 활동을 하는 경우 원고 소속으로 기재된 명함도 사용하였다. 원고가 작성하여 외부로 보내는 대금청구서, 견적서, 발주서에 원고 소속 직원과 AAA 소속 직원의 이름이나 결재사인이 섞여 사용되기도 하였다. 원고의 임원이 AAA이 신규 채용한 직원들에 대한 업무능력평가 서류에 결재를 하였고, 원고의 내부 경영검토보고서에 AAA이 수행한 업무와 원고의 자체 업무 사이에 명확한 구분이 없고, 문서분류체계도에서도 두 회사를 명확히 구분하지 않았다.

      마) 원고는 AAA과 계약한 납품업체와 직접 부품발주(○○텍), 가격협상(주식회사 ○센)을 하거나 견적서(주식회사 ○륙)를 교부받기도 하였고, 자재거래기본계약 또는 물류운송위탁계약(○○테크, 주식회사 ○○로지스틱스)을 체결한 적도 있으며, 비밀유지계약(○○금속 주식회사, 주식회사 ○○○○시스템)을 체결하기도 하였다. 또한 원고는 이들 업체로부터 직접 세금계산서를 수취하기도 했다. 특히, AAA이 2014 사업연도에 매입세금계산서를 수취한 거래 상대방 60개 업체 중 55개 업체는 이 사건 각 업무대행계약 체결 이전에는 원고와 거래하던 업체들이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 8, 20, 41, 51호증, 을 제3 내지 12, 16 내지23, 27, 28, 30호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

    3) 구체적 판단

      살피건대, 앞서 본 인정사실에다가 앞서 든 증거들, 갑 제2, 9 내지 19, 21 내지 28, 31 내지 38, 41, 50, 54, 55, 57, 59 내지 64호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 위 인정사실이나 피고가 주장하는 사정만으로는 원고가 법인으로서의 실체를 갖추지 못하고 있다거나 원고와 AAA 사이에 재화 또는 용역의 공급이 실제로 존재하지 않았음에도 허위의 세금계산서를 발급한 가공거래였다고 인정하기에 부족하고 달리 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분사유 ①은 위법하다.

      ① 설령 원고가 조세를 회피하기 위해 이 사건 거래 구조를 취하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 원고와 AAA 사이의 재화나 용역에 관한 이 사건 각 업무대행계약의 효력을 함부로 배척할 수는 없다. 원고는 선박용품을 제조하여 판매하는 영업을 영위함에 있어 필요한 자재나 물품들을 ⁠‘원고가 납품업체들로부터 직접 구매하는 방법’과 ⁠‘AAA을 통하여 구매하는 방법’ 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 그에 관한 당사자들의 선택은 그것이 가장행위라는 등의 특별한 사정이 없는 한 존중되어야 한다. 그런데 원고, AAA은 지속적으로 독립적인 금융거래를 하였고(각 법인의 거래처 원장잔액과 재무상태표가 일치한다), 이 사건 거래에서 발생한 부가가치세를 신고하고, 그에 따라 법인세도 납부해왔다(2014 사업연도부터 2017 사업연도까지 부가가치세 약 14억 5,800만 원, 법인세 약 14억 8,300만 원을 납부). 이는 원고와 AAA 사이의 이 사건 거래 구조가 유효하다는 전제에서 행한 것이므로, 이 사건 거래가 당사자들이 통모하여 법률행위의 효과발생을 의욕하지 아니한 가장행위에 해당한다고 볼 수는 없다.

      ② 이 사건 거래는 이 사건 각 업무대행계약에 기초하여 이루어진 것인데 그중 구매업무대행 부분을 시간 순으로 구성하면, ❶ AAA이 원고로부터 원고 내부의 ERP시스템을 이용하여 자재청구서 내지는 일일 가공반 생산계획서 등 문서를 통해 필요한 물품들의 수요를 파악하고 납품업체들에게 발주를 하면(주로 AAA의 직원이 원고의 사무실에 상주하면서 원고의 시스템을 이용하여 업무를 처리하였고, 각 거래마다 원고와 AAA 사이에서 구체적인 거래명세서를 작성하여 교부하지는 않았던 것으로 보인다), ❷ 납품업체들이 자재나 물품들을 공급하되, ⁠‘자재나 물품들이 원고에게 직접 공급’되거나 ⁠‘AAA이 지정하는 조립업체에서 자재나 물품들에 대해 절단, 용접, 가공 등 추가 공정이 진행된 후 원고에게 공급’되는 형태로 거래가 이루어졌다.

        이 과정에서 AAA은 납품업체들과 자재거래기본계약 등을 체결한 후 납품업체들에 물품단가 등 가격 결정과 관련된 통지도 하였고, 납품업체들의 납기가 지연되면 독촉을 하기도 하였으며, 납품한 제품에 하자가 발생한 경우에 하자보수를 요구하는 등의 여러 조치를 수행했다. AAA의 거래 상대방인 납품업체들도 원고가 아닌 AAA과 거래한다고 인식하였고(AAA은 원고에 비해 항목별로 소량주문을 하거나 납기기간도 단기로 요청하는 등 세분화 내지 전문화하여 구매주문을 하는 경향을 보였다), AAA에게 세금계산서를 발행하였을 뿐만 아니라 대금도 실제 AAA로부터 지급 받았다. AAA은 2014. 2. 17.경부터 4년이 넘는 기간 동안 최대 8개 매출처, 185개 이상의 매입처와 세금계산서를 발급하거나 발급받는 독립적인 거래를 하였고, 납품업체들은 AAA을 피보험자로 한 이행보증보험증권을 제출받거나(○○저항, 주식회사 ○○금속, 주식회사 ○○금속), 신용조사표를 제출받기도 하였다(○○일렉 주식회사, 주식회사 ○성, 주식회사 ○○스이).

      ③ AAA은 2019년부터는 원고의 직원 수 이상의 직원들을 고용 및 유지하고 있고, 그 명의로 직원들에게 급여를 지급하고 건강보험료, 고용보험료 등 4대 보험료를 납부하였다(산업재해로 사망한 소속 직원에 관하여 근로복지공단으로부터 유족급여 및 장의비가 지급되기도 하였다). AAA은 부산지방고용노동청에 고용된 직원들에 관한 취업규칙신고서를 제출하고, 그로부터 직원 고용관계에 관한 근로감독을 받아 시정조치 사항을 보고하기도 하였으며, 최근 정기근로감독을 받은 후 법령 개정사항을 반영하여 취업규칙을 다시 신고하기도 했다.

      ④ AAA이 이 사건 각 업무대행계약에 따라 원고의 업무를 수행하는 과정에서 그 장소나 업무의 구체적인 내용에 있어 다소 혼재된 모습이 보였고, 위 각 업무대행계약의 대가의 적정성이 다소 문제가 된다고 하더라도, ❶ 그 신분상 원고와 AAA의 직원들은 분명하게 구분되어 있고 그에 따라 급여도 독립적으로 지급되고 있는 점, ❷ 원고 주장과 같이 핵심분야인 생산, 설계 연구실, 엔지니어 업무는 원고가 스스로 수행하되 비핵심분야인 고객관리, 구매조달, 수주 및 판매, 물류, 재무 등을 AAA에게 담당하게 한 것으로 보이는 점, ❸ 다만 같은 장소에서 행해지는 업무대행의 성격상 구체적인 지점에서 원고와 AAA 사이의 업무분장의 경계를 명확하게 획정하는 것은 사실상 어려워 보이는 점 등과 앞서 본 사정들을 고려하면, 위와 같은 사실만으로는 AAA이 실체가 없는 법인이라거나 이 사건 거래가 실제 재화 또는 용역의 공급이 없는 것이라고 보기에 부족하다. 나아가 AAA의 영업이익률도 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지 4년간 평균 약 11% 정도인데 유사 업종을 영위하고 있는 다른 업체들의 영업이익률과 비교하더라도 비정상적으로 높다고 보이지는 않는다.

      ⑤ 피고가 원고와 AAA 등을 고발한 사건에서 ○○지방검찰청 ○○지청 검사는 2019. 2. 1. ⁠‘증거들에 비추어 AAA이 원고의 비핵심분야 업무 대행을 위해 설립되었다는 주장은 수긍할 만하고, 원고의 지속적이고 독립적인 금융거래, 급여지급, 세금납부, 거래처 관계 등에 비추어 위장업체로 볼 수 없어 AAA이 원고에게 발행한 세금계산서를 허위의 것으로 볼 수 없다’는 이유로 불기소결정을 했다.

        한편, AAA이 ○○세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 및 법인세 부과처분 취소소송에서 ○○지방법원은 ⁠‘AAA이 법인으로서의 실체를 갖추지 못하고 있다거나 원고와의 거래가 가장행위에 해당하여 그에 따른 재화 또는 물품의 공급이 없었다고 인정하기에 부족하고 달리 인정할 증거가 없다’는 이유로 AAA이 원고에게 재화 또는 용역을 제공한 사실이 없음을 전제로 이루어진 부가가치세 부과처분(2014년 1, 2기, 2015년 1, 2기, 2016년 1기, 2017년 1, 2기) 및 법인세 부과처분(2014년 내지 2017년)을 취소하는 판결을 선고하였고(○○지방법원 2021구합21881), 이에 ○○세무서장이 항소하여 현재 항소심 계속 중이다(○○고등법원 2021누24148).

      ⑥ 이에 대하여 피고는 ⁠‘AAA은 원고의 실사주인 CCC가 조세를 회피하면서 자녀들에게 부를 대물림할 목적으로 설립한 회사이고, CCC가 납품업체들과 원고 사이의 거래에 원고를 끼워 넣어 원고에게 일감을 몰아준 것’이라는 취지의 주장을 한다.

        그러나 CCC 등이 누진세율 구조인 법인세를 탈루하기 위하여 원고를 설립했다고 인정할 만한 직접적인 증거가 없는 점, 원고가 ⁠‘원고와 AAA을 별도로 운영하면 조세특례제한법에 따른 중소기업 특별세액감면 혜택을 받을 수 없어서 오히려 법인세가 가중된다’고 주장하는 데 대하여 피고가 별다른 반박을 하지 않고 있는 점, 오히려 원고가 이 사건 각 업무대행계약 기간 중인 2014 사업연도부터 2017 사업연도 기간에 부가가치세 약 14억 5,800만 원, 법인세 14억 8,300만 원 등을 납부하였던 점, 피고의 주장과 같이 CCC가 증여세 등 조세를 회피하여 자녀들에게 부를 이전할 목적으로 AAA을 설립하고 이 사건 각 업무대행계약을 체결했다고 하더라도, 이는 이 사건 각 업무대행계약에 따른 법률효과가 원고에게 귀속됨을 전제하는 것이어서 원고의 법인격 또는 이 사건 각 업무대행계약에 따른 거래 자체를 부인하기는 어려워 보이는 점[과세관청으로서 상속세 및 증여세법 등에 따라 CCC의 자녀에게 증여세를 부과하는 것은 별개의 문제이다] 등을 고려할 때, 피고의 주장은 그대로 받아들이기 어렵다.

  라. 이 사건 처분사유 ②의 적법 여부에 관한 판단

    1) 관련 법리

      가) 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 제20조 제1호, 제26조 제1호, 법인세법 시행령 제43조 제1항의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적ㆍ계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다.

        또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).

      나) 법적으로는 주식회사 이사ㆍ감사의 지위를 갖지만 회사와의 명시적 또는 묵시적 약정에 따라 이사ㆍ감사로서의 실질적인 직무를 수행하지 않는 이른바 명목상 이사ㆍ감사도 원칙적으로는 회사에 대하여 정관의 규정 또는 주주총회의 결의에 의하여 결정된 보수의 청구권을 갖지만, 오로지 보수의 지급이라는 형식을 통해 회사의 자금을 개인에게 지급하기 위한 방편으로 이사ㆍ감사에 선임된 것이라는 등의 특별한 사정이 있다면 위 보수청구권은 인정될 수 없다(대법원 2015. 7. 23. 선고 2014다236311 판결 취지 참조).

    2) 이 사건 급여에 관한 판단

      가) 갑 제42 내지 44호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, BBB이 원고의 주주총회에서 감사로 선임된 사실, 원고의 정관 및 임원보수 지급규정 등에 근거하여 이 사건 급여가 책정된 사실은 인정할 수 있다.

      나) 그러나 앞서 본 인정사실들에다가 갑 제74호증, 을 제33, 35, 36호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 앞서 본 판례의 취지에 비추어 보면, 원고가 BBB에게 지급한 이 사건 급여는, 감사로서의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 원고 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과한 것으로 봄이 타당하고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 급여에 정당한 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있음을 인정하기에도 부족한 이상 이 사건 급여를 모두 손금불산입한 이 사건 각 처분은 적법하다고 보아야 하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

        ① BBB은 원고의 대표이사인 CCC의 배우자이고, 원고의 등기감사임에도 사무실에 상근하지는 않았다(사내 자리배치표에 감사의 좌석이 표시되어 있지 않고 업무수행을 위한 자리도 없었으며, 세무조사 기간 중에 출근하지도 않았다). 피고는 세무조사 당시 원고에게 BBB이 감사로서 집행한 업무 관련 서류를 제출해달라는 요청을 하였으나, 원고는 그에 대한 증빙자료를 제출하지 못하였다. 피고는 BBB에게 ○○세무서로 출석할 것을 요구하였으나 BBB은 이에 대해 별다른 응답을 하지 않은 채 출석하지 않았다.

        ② BBB이 감사로서 재무제표, 주간자금보고서, 업무제안, 업무감사실시공고 등 일부 서류에 결재를 하였고, 2013년경 원고의 외부 행사에 참여하였던 것으로 보이긴 하나, ❶ 회계서류에는 형식적으로나마 감사의 결재가 들어갈 수밖에 없어 보이는 점, ❷ BBB의 해외로 출국하여 참석하지 않았음에도 참석한 것으로 허위 작성되어 있는 과거의 이사회 회의록들이 존재하는 점(2010. 12. 20.자 이사회 및 2011. 8. 24.자 이사회) 등에 비추어 보면, 설령 BBB이 일부 서류에 감사로서 결재를 하였다고 하더라도 그러한 점만으로는 BBB이 감사로서 실질적인 업무를 수행하였음을 인정하기에 부족할 뿐만 아니라 원고의 사업 수행에 관하여 어떠한 구체적인 역할을 하였는지, 그 활동 내지 성과의 실체를 인정할 만한 객관적인 증거도 충분하지 않다.

          나아가 원고가 조세심판원에 심판청구를 할 때 감사 BBB의 업무 내지 활동 내용으로 주장했던 ⁠‘설립자금 조달, 근무환경 향상 노력, 회사 행사 참석, 종업원 사기 증진’ 등은 대표이사의 배우자 또는 법인의 주주로서 기여한 것으로 보일 뿐 감사로서 구체적 업무를 집행한 것이라고 보기 어렵다.

        ③ 원고의 상근 임원으로서 원고의 업무를 위임받아 실질적으로 수행한 것으로 보이는 이사 FFF의 총 급여는 약 8,400만 원, 이사 GG의 총 급여는 약 7,000만 원이다. 반면 BBB의 급여는 약 1억 2,000만 원 {≒ 5년간 합계액 약 6억 700만 원 ÷ 5년 }으로 위 상근 임원들에 비해 상당히 액수가 크다. 여기에 앞서 본 사정들을 더하여 보면, BBB이 지급받은 보수액은 그가 원고 내지 CCC와 특수관계에 있음을 고려하지 않고서는 합리적으로 설명이 되지 않는다(한편 BBB에게 지급된 이 사건 급여는, 원고와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서 지급하였을 것으로 인정되는 비용이라고 인정하기 어려우므로, 법인세법상 손금의 요건인 ⁠‘통상성’을 갖추었다고 보기도 어렵다).

    3) 이 사건 접대비에 관한 판단

      가) 피고는 BBB이 감사로서 이 사건 접대비를 지출하였음을 전제로, 이 사건 각 처분에 있어 이 사건 접대비(구체적인 내역은 을 제39호증, 갑 제45호증의 기재와 같다)를 손금불산입하였다.

      나) 그러나, 갑 제45, 46호증, 을 제38, 39호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 이 사건 각 처분에 있어 이 사건 접대비 중 별지 1 접대비 내역(BBB 사용 인정) 기재 내역들은 BBB이 사용한 것으로서 손금불산입함이 정당하나, 이 사건 접대비 중 별지 2 접대비 내역(BBB 사용 불인정) 기재 부분은 BBB이 사용한 것이라고 보기 어려우므로, 이를 손금불산입한 것은 위법하다.

        ① 감사 카드보유 리스트표(을 제34호증 1쪽)는 원고가 작성하여 피고에게 제출한 것으로 보이는데, 여기에는 BBB이 감사로서 2012. 3.경부터 2017. 12.경까지 보유하고 있던 원고 명의 법인카드가 3장(xxxx-xxxx-xxxx-xx61, xxxx-xxxx-xxxx-xx31, xxxx-xxxx-xxxx-xx22)인 것으로 표기되어 있다.

        ② 피고는 사적경비 직부인 내역(을 제39호증)에 기재된 내역들은 총 5장(위①에서 본 3장의 카드가 포함된다)의 원고 명의 법인카드를 사용한 것이거나 세금계산서를 발행한 것인데(갑 제45호증 참조), 그중 앞서 본 3장의 법인카드를 제외한 나머지 2장(카드번호 끝자리 xx14, xx22)의 법인카드를 BBB이 지속적으로 소지하여 사용하였다거나 세금계산서를 발행한 내역이 BBB이 사용한 것임을 인정할 만한 증거는 제출되지 않았다.

        ③ 다만, 위 2장(카드번호 끝자리 xx14, xx22)의 법인카드 사용내역 중 2015. 6. 30.자 ⁠‘국내선주사 부인모임 식대’ 명목의 926,250원, 2015. 7. 31.자 ⁠‘선주사 부인회 모임 식대’ 명목의 1,020,000원에 대해서는 계정별원장 적요란에 ⁠‘접대비 지급(BBB)’ 표기가 되어 있어 BBB이 사용한 내역임이 추단된다.

  마. 이 사건 처분사유 ③의 적법 여부에 관한 판단

    1) 관련 법리 및 그 의미

      가) 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항은 ⁠‘내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우 그 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있고, 동법 제9조 제2항 제1호, 구 조세특례제한법 시행령(2018. 1. 9. 대통령령 제28575호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 ⁠[별표 6] 제1호 ⁠(라)목은 ⁠‘해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명보상금으로 지출한 금액’을 연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용의 하나로 정하고 있다. 또한 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 ⁠‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다’고, 동조 제2항은 ⁠‘제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 정하고 있다.

      나) 한편, 구 특허법(2006. 3. 3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항, 제40조 또는 발명진흥법 제2조 제2호, 제15조 등이 직무발명을 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ⁠‘종업원 등’이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ⁠‘사용자 등’이라 한다)의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명으로 규정하고, 그 보상액을 그 발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익의 액과 그 발명의 완성에 사용자 등 및 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하여 산정하도록 규정하고 있으므로(더욱이 발명진흥법 제15조 제2항은 보상에 관하여 근무규정 등에서 정하는 경우에는 그에 따른 보상이 일정한 상황을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다고 규정하고 있다), 그러한 요건을 갖춘 직무발명에 관하여 위와 같은 점을 감안하여 산정된 직무발명보상금이라면, 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것 및 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항이 허용하는 한도 내의 금액은 특별한 사정이 없는 한 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 된다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2013두2655 판결 등 참조).

      다) 발명진흥법은 종업원 등의 직무발명보상금에 관한 정당한 보상을 받을 권리를 규정하면서(제15조 제1항), 이를 심의하기 위한 직무발명심의위원회의 구성ㆍ운영절차, 보상규정의 작성 및 개정절차, 보상에 관한 통지방법을 구체적으로 정하고 있으며(동조 제2 내지 4항), 위 절차규정을 준수할 뿐만 아니라 보상액에 있어 직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려한 경우에 한하여 ⁠‘정당한 보상을 한 것’으로 보고 있다(동조 제6항).

      라) 이러한 발명진흥법의 규정과 앞서 본 법령의 내용, 위 법리의 취지를 종합하면, ⁠‘발명진흥법에서 규정하고 있는 절차에 따라 적법하게 산정되어 정당한 것으로 인정되는 직무발명보상금’만이 손금에 산입되거나 구 조세특례제한법에 따른 세액공제의 대상이 된다고 봄이 상당하다.

    2) 구체적 판단

      갑 제2호증, 을 제40 내지 44호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 원고가 대표이사 CCC에게 지급한 이 사건 직무발명보상금은 발명진흥법상 절차 규정을 준수하지 않은 채 산정ㆍ지급된 것이어서 발명진흥법에서 정한 ⁠‘정당한 보상금’이라고 보기 어려워, 이를 손금불산입하고 세액공제 적용을 배제한 것이 위법하다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

        ① ⁠‘직무발명심의위원회가 2015. 10. 19. 최초 개최됨으로써 위원장과 위원들이 구성되고 직무발명보상규정이 제정되었다’는 내용의 1차 회의록이 존재하고, 이후 2016. 4. 4.자 2차 회의, 2016. 7. 18.자 3차 회의, 2016. 10. 24.자 4차 회의, 2017. 2. 6.자 5차 회의에 관한 회의록이 존재한다. 위 4차 회의에 관한 회의록에는, ⁠‘CCC에게 산업재산권 총 11건에 관하여 직무발명보상규정에 따라 산정한 이 사건 직무발명보상금을 지급하기로 하는 안건’이 의결된 것으로 기재되어 있고, 대표이사 CCC는 2016. 12. 20. 원고로부터 이 사건 직무발명보상금을 지급받았다. 그런데 위 5차 회의에 관한 회의록에는 이미 2016. 11. 8.자로 퇴직한 이언수가 위원으로 참석하여 날인(막도장 형태의 인영)한 것으로 되어 있는바, 위 회의록들이 실제로 개최되었던 회의를 바탕으로 작성된 것인지에 대한 의심이 든다.

        ② 특히, 관련 직무발명 심의결과 통지서에는 원고의 직무발명심의위원회가 2016. 4. 4. CCC에게 직무발명에 대한 심의결과를 통지한 것으로 기재되어 있고, 양도증에는 CCC가 2016. 4. 6. 원고에게 발명에 관한 권리를 양도한 것으로 기재되어 있다. 반면, 그 전후로 개최된 직무발명심의위원회 2차, 3차 회의에 관한 회의록에는 CCC의 직무발명에 관한 건이 안건으로 상정되어 심의되었다는 내용이 기재되어 있지 않은데, 이에 의하면 원고가 발명진흥법 제17조가 정한 직무발명심의위원회의 운영에 관한 규정을 준수하였다고 보기 어렵다.

        ③ 또한, 발명진흥법에 따르면 사용자ㆍ법인은 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원 등에게 문서로 알려야 하고(발명진흥법 제15조 제2항), 새로 작성하거나 변경하려는 보상규정의 적용을 받게 되는 종업원 등(변경 전부터 적용 받고 있는 종업원 등을 포함한다)의 과반수와 협의하거나 불리하게 변경하려는 보상규정의 적용을 받고 있는 종업원 등의 과반수의 동의를 받아야 하며[발명진흥법 제15조 제3항, 구 발명진흥법 시행령(2021. 10. 19. 대통령령 제32073호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조의2 제1항], 직무발명심의위원회의 구성시 사용자 등과 종업원 등(법인의 임원은 제외한다)을 각각 대표하는 같은 수의 위원으로 구성하되, 종업원 등을 대표하는 위원은 종업원 등이 직접ㆍ비밀ㆍ무기명투표로 선출한 사람이어야 한다(발명진흥법 제17조 제2항, 구 발명진흥법 시행령 제7조의3 제1항). 그러나 원고가 직무발명심의위원회를 구성하여 운영하는 과정에서 위와 같은 절차를 준수하였음을 인정할 만한 자료는 제출되지 않았다.

        ④ 원고에 대한 세무조사 과정에서 대표이사 CCC는 ⁠‘2016. 11.경 ○○○ 기업특허가치평가 주식회사(이하 ⁠‘기업특허가치평가’라고만 한다) 대표이사 HHH으로부터 자문을 받고 직무발명보상제도에 대하여 인지하여 제도를 시행하였다’는 취지로 진술하였고, 기업특허가치평가의 대표이사 HHH도 ⁠‘본인의 컨설팅으로 원고가 직무발명보상제도를 도입하였다’는 취지로 진술하였다. 한편, 기업특허가치평가는 원고를 공급받는 자로 하여, 2016. 11. 7. ⁠‘경영컨설팅’이라는 품목으로 합계 11,000,000원 {= 공급가액 10,000,000원 + 세액 1,000,000원 }의 전자세금계산서를, 2016. 12. 8. ⁠‘산업재산권 자문수수료’라는 품목으로 합계 11,000,000원 {= 공급가액 10,000,000원 + 세액 1,000,000원 }의 전자세금계산서를 각 발행하였다. 여기에 앞서 본 사정들을 더하여 보면, 원고는 2016. 11.경에야 이 사건 직무발명보상금에 관한 관련 서류를 소급하여 작성한 다음 대표이사 CCC에게 이 사건 직무발명보상금을 지급하였던 것으로 보인다.

  바. 소결론

    가) 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두72935 판결 등 참조).

    나) 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 처분에 관하여, 이 사건 처분사유 ① 내지 ③에 따라 추가로 부과된 세액 합계는 아래 표 각 세액 합계란 기재와 같고, 그 항목들 중 위법한 이 사건 처분사유 ①과 이 사건 처분사유 ② 중 별지 2 접대비 내역(BBB 사용 불인정) 기재 부분이 포함된 범위는 아래 표 기재와 같다.

(표 생략)

    다) 따라서 이 사건 각 처분 중 위 표 각 세액 합계란 기재 금액 상당은 모두 위와 같이 위법한 부분이 포함되어 있고, 이 법원에 제출된 증거 및 자료만으로는 가산세를 포함한 위 각 세액 합계란 기재 금액 중 정당세액을 산출하기 곤란하므로, 이 사건 각 처분 중 위 표 각 세액 합계란 기재 금액의 각 부과처분을 전부 취소하기로 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2022. 04. 29. 선고 부산지방법원 2021구합24002 판결 | 국세법령정보시스템