요지

토지와 건물 일괄양도 시 기준시가에 의하여 그 가액을 구분한 경우는 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 비합리적이거나 당사자들의 진정한 의사합치에 따른 것이 아니라 볼 수 없으므로 가액구분이 불분명한 경우로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고 △△세무서장이 202x. x. x. 원고에 대하여 한 201x년 귀속 종합소득세 xx,xxx,xxx원 중 xx,xxx,xxx원의 부과처분을 취소한다. 피고 ▽▽세무서장이 202x. x. x. 원고에 대하여 한 부가가치세 201x년 제1기분 xx,xxx,xxx원 중 xx,xxx,xxx원의 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 201x. x. x.부터 201x. x. x.까지 ⁠‘xx 건축’이라는 상호로 건설업 등을

영위한 사람이다.

나. 원고, 유xx, 최xx 201x. x. x. 안성시 대덕면 xx리 xxx 대 745㎡(이하 ⁠‘이

사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 ⁠‘이 사건 구 건물’이라 한다)을 각 1/3 지분씩 매수하는 매매계약을 체결하였는데, 당시 토지 매매대금은 xxx,xxx,xxx원, 건물 매매대금은 xxx,xxx,xxx원으로 정하였다.

다. 원고는 201x. x. x. 주식회사 xxxx건설과 이 사건 구 건물을 철거하고 이 사건 토지상에 근린생활시설을 신축하기 위하여 공사대금을 xxx,xxx,xxx원(부가가치세

별도)으로 정한 공사도급계약을 체결하였고, 201x. xx. x. 신축건물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 합하여 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 단독으로 소유권보존등기를 마쳤다.

라. 원고, 유xx, 최xx은 201x. x. x. 김xx에게 이 사건 부동산을 매매대금

x,xxx,xxx,xxx원으로 정하여 매도하는 내용의 매매계약(이하 ⁠‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였는데, 위 매매계약서 특약사항 제9항에는 ⁠‘상기 계약은 건물부분 부가세별도임(매도인 관리 세무사 과표기준가 건물 : xx억 x,xxx만 원, 토지 : x억 x,xxx만원)확인’이라고 기재되어 있다. 김xx는 201x. x. x. 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

마. 원고는 201x년 귀속 종합소득세 및 201x년 제1기 부가가치세 신고 시 이 사건

건물의 과세표준은 xxx,xxx,xxx원, 이 사건 토지의 과세표준은 xxx,xxx,xxx원[=

(x,xxx,xxx,xxx원 – xxx,xxx,xxx원) × 원고 지분 1/3]으로 신고하였다.

바. 피고 △△세무서장은 202x. x. x. 원고에게 이 사건 건물의 가액이 x,xxx,xxx,xxx원이라는 이유로 201x년 귀속 종합소득세 xx,xxx,xxx원을 경정․고지하였고(이하 ⁠‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 한다), 같은 날 피고 ▽▽세무서장은 원고에게 201x년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라고 하고, 이 사건 종합소득세 부과처분과 합하여 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이에 불복하여 202x. x. x. 이의신청을 하였으나 202x. x. x. 위 신청이

기각되었고, 202x. x. x. 조세심판청구를 제기하였으나 202x. x. x. 위 청구가 기각

되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,

이하 같다), 을 제1, 2, 3, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 부동산의 양도는 소득세법 제100조 제2항, 제3항에 따른 ⁠‘토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때’에 해당하므로, 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 각 감정평가가액에 비례하여 안분계산한 금액인 이 사건 토지 xxx,xxx,xxx원, 이 사건 건물 xxx,xxx,xxx원을 공급가액으로 보아야 한다. 따라서 이와 달리 이 사건 건물의 가액을 x,xxx,xxx,xxx원으로 보아 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 김xx를 공급받는자로 하여 이 사건 토지의 공급가액을 xxx,xxx,xxx원으 로, 이 사건 건물의 공급가액을 xxx,xxx,xxx원으로 하는 각 세금계산서를 발행하였다.

2) 김xx우는 201x. x.경부터 201x. x경까지 원고의 이 사건 토지 및 건물 가액의 수정 요구에 대하여 다음과 같은 내용의 내용증명을 원고에게 발송하였다.

일시 내용

201x. x. x.

원고의 201x. x. x.자 내용증명에 대한 답변.

원고는 이 사건 매매계약 특약사항이 단순착오로 인하여 토지 및 건물 가액 기재 가 바뀌어 토지거래허가 및 등기하였다고 주장하나, 이 사건 매매계약서에 기재된

양도가액은 기준시가에 따라 안분된 금액과 일치하고, 적법하게 성립된 매매계약 을 원고의 소득세 문제 때문에 토지 및 건물 가액 기재가 단순착오로 바뀌었다는

주장은 사실이 아니다.

원고는 김xx가 수정신고 및 경정등기를 하기로 약속하고 업무처리에 협조하기로

하였으나 갑자기 일방적으로 연락을 받지 않고 있어 토지 및 건물가액을 공동 명

의자 기준에 맞게 도급계약서 신고된 금액인 건물가액 xxx,xxx,xxx원으로 수정하

여 주기를 요청하나, 김xx는 위 내용을 약속하거나 통보받은 사실이 없고, 건물

가액 xxx,xxx,xxx원은 원고의 일방적인 주장일 뿐이다.

원고는 건물가액 x,xxx,xxx,xxx원으로 세금계산서를 발급하여야 함에도 불구하고

xxx,xxx,xxx원만 세금계산서를 발급하였고, 원고의 귀책사유로 인해 매입세액을

공제받지 못하는 금액 32,300,000원에 대하여는 원고에게 지급할 의무가 없다.

3) 김xx는 201x. x. x. 이 사건 부동산에 관하여 수원xxxx축산업협동조합을 근저당권자로 하는 근저당권을 설정하였는데, 당시 주식회사 xx감정평가법인은 201x. x. x. 기준으로 이 사건 토지의 감정평가액을 xxx,xxx,xxx원, 이 사건 건물의

감정평가액을 xxx,xxx,xxx원으로 산정하였다.

4) 이 사건 부동산에 관한 감정평가액과 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액, 이

사건 매매계약서에 기재된 구분가액 및 그 차이는 아래 표 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제8, 11, 12호증, 을 제4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

201x. x. x.

원고의 201x. x. x.자 내용증명에 대한 답변.

원고는 물건에 따라 합리적인 기준을 적용하여야 하고 전체 공동사업자 기준으로

부가가치세법 건물가액을 안분하는 것은 합리적이지 못하며 착오에 의해 작성된

부분은 수정을 하여야 한다고 주장하나, 공동소유 형태에 따라 토지 및 건물 가격 이 변동된다는 주장은 잘못되었고, 이 사건 매매계약은 쌍방 합의에 의해 작성되

어 어떠한 착오도 없으며, 건물 신축 당시 도급금액을 양도가액이라고 주장하는

것은 납득하기 어렵다.

201x. x. x.

원고의 201x. x. x.자 내용증명에 대한 답변.

이 사건 매매계약에는 토지 및 건물의 실지거래가액이 분명하게 구분되어 있고,

김xx의 세무대리인을 통하여 토지와 건물의 안분가액의 적정 여부를 확인한 후

매매계약을 체결하였으며 어떠한 착오도 없으므로, 토지 및 건물가액 표기 수정

요구에 협조할 수 없다.

라. 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 판단

1) 관련 법리

구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항은 ⁠‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하고, 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제64조는 ⁠‘법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서 제1호는 ⁠‘토지와 건물등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

구 부가가치세법 제29조 제9항의 위 단서조항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에 부가가치세 과세대상인 건물 등의 공급가액과 비과세 대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물 등의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로서, 세법에 의한 장부 기타의 증빙서류에 건물의 공급가액이 토지의 가액과 구분 기장되어 있는 경우에는, 그 기재가 허위 또는 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 위 규정의 적용대상이 되지 아니한다고 해석함이 국세기본법 제16조의 근거과세의 원칙에 비추어 보아도 타당하다(대법원 1989. 12. 26. 선고 89누169 판결 등 참조).

한편 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제100조 제2항은 구 부가가치세법 제29조 제9항과 유사한 취지에서 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산하도록 규정하고 있고, 제3항은 ⁠‘토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있으나, 구 부가가치세법에는 위와 같은 규정이 존재하지 아니하였다(다만 2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정된 부가가치세법 제29조 제9항 제2호에서 그와 유사한 취지의 규정이 신설되었다). 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장 또는 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하는 점, 양도소득세와 부가가치세의 과세표준 계산, 세액 환급 등에 있어서의 차이 등을 고려하면 구 부가가치세법에 따라 토지와 건물 등의 공급가액을 산정함에 있어 구 소득세법 제100조 제3항의 규정을 그대로 적용하거나 이를 유추적용할 수는 없다(같은 취지로 판시한 서울고등법원 2020. 5. 4. 선고 2019누46093 판결은 대법원 2020. 9. 3. 선고 2020두40419 심리불속행 상고기각 판결로 확정되었다).

따라서 구 부가가치세법상 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우로 인정하기 위해서는 매매가격의 결정 경위, 매매가격상 토지와 건물 등의 가액 비율, 회계장부의 기재, 통상적인 거래가격 등 제반 사정을 고려하여야 한다.

2) 구체적 판단

위와 같은 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 인정사실에 앞서 든 증거 및 변론 전체

의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 매매계약서에 기재된 이 사건 토지의 가액과 이 사건 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 규정이 적용될 수 없다. 따라서 이 사건 매매계약서에 기재된 가액 구분에 따른 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다고 볼 수 없고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고와 김xx는 공인중개사의 중개에 따라 이 사건 매매계약을 체결하였고, 이 사건 매매계약서에 의하면 이 사건 부동산의 매매대금 총액을 x,xxx,xxx,xxx원으로 정하고 있고, 특약사항에 제3항으로 ⁠‘토지의 소유자는 공유자 지분 3명(원고, 최xx, 유xx 각각 3분의 1 지분)으로 되어 있으며, 건물은 공유자 중 1인 원고로 되어 있음’, 제9항으로 ⁠‘상기 계약은 건물부분 부가세 별도임(매도인 관리 세무사 과표기준가 건물 : xx억 x,xxx만 원, 토지 : x억 x,xxx만 원)확인’이라고 명시되어 있다. 이와 같이 처분문서인 이 사건 매매계약서에는 원고를 포함한 이 사건 토지 공유자들의 공유지분과 함께 이 사건 토지와 건물의 가액이 분명하게 구분되어 기재되어 있고, 그에 관한 양 당사자의 의사 합치가 구체적으로 이루어진 것으로 판단된다.

② 이 사건 부동산에 대한 매매대금 구성 비율은 이 사건 토지 가액 33.3%, 이 사

건 건물 가액 66.7%로 이 사건 부동산에 관한 감정평가액에 비례하여 안분계산한 구성 비율인 이 사건 토지 가액 52.3%, 이 사건 건물 가액 47.7%에 대비하여 이 사건 토지의 가액비율은 낮고, 이 사건 건물의 가액비율은 높은 편이기는 하다.

그러나 ㉠ 이 사건 매매계약 당시 이 사건 토지의 ㎡당 기준시가는 xxx,xxx원, 이 사건 건물의 기준시가는 xxx,xxx원으로, 위 각 기준시가에 토지와 건물의 면적을 곱하면 토지는 xxx,xxx,xxx원, 건물은 xxx,xxx,xxx원이 되고, 그 구성비율은 이 사건 토지 가액 33.4%, 이 사건 건물 가액 66.6%로 이 사건 부동산에 대한 매매대금 구성비율과 일치하는 점, ㉡ 김xx는 위와 같이 기준시가에 따라 안분된 금액으로 매매대금을 결정한 것이라고 하고 있고, 원고와 김xx 모두 세무대리인을 통하여 가액 구분의 적정성을 확인한 것으로 보이는 점, ㉢ 위와 같은 매매계약서상 구분가액과 감정평가액에 비례하여 안분계산한 금액과의 차이는 이 사건 부동산의 기준시가가 현실적인 가격 변화를 반영하지 못한 것에서 비롯된 것으로 보일 뿐, 그러한 사정만으로 기준시가에 의한 당사자 사이의 합의가 통상의 거래관행을 현저히 벗어난다고 볼 수는 없는 점, ㉣ 위 감정평가액은 근저당권 설정을 위한 금융기관의 가치평가일 뿐이어서 실제 거래에서 당사자 사이의 협상 과정을 통하여 정하여진 이 사건 부동산의 매매대금과 차이가 발생할 수 있는 점 등을 종합하면, 위와 같은 가액 비율의 차이 때문에 이 사건 토지의 가액과 이 사건 건물의 가액 구분이 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 비합리적이라거나 당사자들의 진정한 의사 합치에 따른 것이 아니라고 볼 수 없다.

③ 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서의 입법취지는 자산별 가액의 임의적 구분 에 의한 조세회피를 방지하기 위한 것으로, 이 사건과 같이 이미 당사자 사이에 기준시가를 기준으로 합의된 실지거래가액이 존재하는데 당사자가 스스로 그 구분을 부인하는 경우까지 가액 구분이 불분명하다고 볼 수는 없다.

④ 원고는 이 사건 매매계약이 체결되고 소유권이전등기까지 이루어진 후 갑자기

매매계약서 기재와 달리 이 사건 건물의 신축공사대금인 xxx,xxx,xxx원을 건물가액으로 주장하였고, 이 사건 소송에 이르러 감정평가액에 비례하여 안분계산한 금액인 xxx,xxx,xxx원을 건물가액으로 주장하면서 이 사건 매매계약의 구분 가액을 스스로 부인하고 있는바, 이는 원고가 납부할 부가가치세 및 종합소득세를 줄이고자 하는 목적외에 다른 동기를 찾기 어렵다.

마. 이 사건 종합소득세 부과처분에 관한 판단

살피건대, ① 앞서 본 바와 같이 이 사건 매매계약서에 기재된 이 사건 토지의 가액과 이 사건 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 볼 수 없는 점, ② 구 소득세법 제100조는, 제1항에서 ⁠‘양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다’고 규정하면서, 제2항에서 ⁠‘제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고, 제3항에서 ⁠‘제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있는바, 위 각 규정은 모두 양도차익을 계산할 때 적용되는 규정인 점, ③ 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하는데(구 소득세법 제19조 제2항), 사업자의 해당 과세기간의 수입금액은 부가가치세법상 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 산정하는 것과 달리 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 이 사건에 구 소득세법 제100조 제2항, 제3항이 적용될 수 없고, 이 사건 매매계약서에 기재된 가액 구분에 따른 이 사건 종합소득세 부과처분은 위법하다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여

주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2022. 06. 09. 선고 수원지방법원 2021구합63649 판결 | 국세법령정보시스템