요지

2017 과세연도에 개정규정뿐 아니라 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 않는 기업의 경우에는 구 조세특례제한법 시행령 부칙 제22조의 적용대상에 포함되지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고가 2019. 8. 9. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 귀속 법인세 108,594,810원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2002. 9. 1.경 설립되어 한국산업표준분류표상 정수기제조-액체연료 여과기 제조업을 영위하고 있는 법인으로, 구 중소기업기본법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28560호로 개정되기 전의 것) ⁠[별표3] 분류기호 C29에 속하는 중소기업이다.

 나. 2015년부터 2017년까지 원고의 사업연도별 매출액, 상시 근로자수와 ⁠‘소(小)기업’에 대한 중소기업특별세액 감면을 통하여 받은 법인세 감면세액은 아래와 같다.

 다. 위 2017 사업연도 법인세 감면세액의 경우 원고가 2018. 3. 31. 피고에 대하여 한 법인세 신고 당시 시행되던 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제2호 나목에 따라 ⁠‘소기업’에 대한 중소기업 특별세액 감면율 20%를 적용받아 산출된 금액이었는데, AA지방국세청 감사관은2019. 4. 8.부터 2019. 4. 25.까지 실시한 BB세무서에 대한 종합감사에서 원고의 2017 사업연도 매출액이 126억 원 상당으로 120억 원을 초과하여 위 조항에 따른 ⁠‘소기업’에 해당하지 않는다는 이유로 피고에게 원고의 2017 사업연도 법인세 감면세액을 경정･고지하도록 통보하였고, 이에 따라 피고는 2019. 8. 9. 원고에게 2017사업연도 귀속 법인세 108,594,810원(가산세 20,965,347원 포함)을 경정･고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

 라. 원고는 2019. 11. 4. 감사원에 이 사건 처분에 대한 심사청구를 하는 등 불복하였으나, 2020. 9. 3. 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법성에 대한 판단

 가. 원고의 주장

  1) 주위적으로, 원고는 2016 과세연도까지 연 매출액이 100억 미만으로서 소기업에 해당하였기에 구 조세특례제한법 시행령 부칙(대통령령 제26959호, 시행 2016. 2. 5.) 제22조(이하 ⁠‘이 사건 부칙조항’이라 한다)에 따라 2016 과세연도부터 2019 과세연도까지는 매출액과 상관없이 구 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 나목에서 정한 ⁠‘소기업’에 해당함에도, 원고의 매출액이 증대되어 소기업에 해당하지 않는다는 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

  2) 예비적으로, 원고의 2017 과세연도 법인세와 관련하여 위 중소기업특별세액 감면이 적용되지 않는다고 하더라도 원고가 2017 사업연도의 법인세를 신고･납부할 무렵 국세청의 공신력 있는 해석을 믿고 중소기업특별세액 감면율 20%를 적용하여 신고를 하였기에 그 신고에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다. 따라서 가산세는 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항 제2호, 제3호에 따라 부과되지 않아야 되므로, 적어도 이 사건 처분 중 가산세부분은 위법하다.

 나. 관계 법령

  별지 기재와 같다.

 다. 판단

  1) 원고가 이 사건 부칙조항, 구 조세특례제한법 제7조에 따라 세액감면의 대상이 되는지 여부

   가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 참조). 이 사건 부칙조항의 적용 대상은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일인 2016. 1. 1. 이후인 2016, 2017 과세연도의 경우 종전규정 아래에서는 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 개정규정으로 ⁠‘인하여’ 더 이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업이라고 봄이 타당하다. 따라서 2017 과세연도에 종전규정에 따른 소기업에 해당하지 않는 기업은 이 사건 부칙조항의 적용 대상이 아니므로, 2017 과세연도에 해당 사업장에서 발생한 법인세 등과 관련하여 이 사건 부칙조항에 의하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 없다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결의 취지 참조).

  나) 살피건대, 위 법리를 고려하여 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의해 인정되는 다음의 각 사정들을 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 제7조의 시행 당시 종전의 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항(이하 ⁠‘종전규정’이라 한다)에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 2017 과세연도에 이르러 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후의 구 조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 일부개정되기 전의 것) 제6조 제5항(이하 ⁠‘개정규정’이라 한다)에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 모두가 이 사건 부칙조항의 적용대상이 되는 것이 아니라, 그러한 경우 중에서 2017 과세연도에도 종전규정에 따라 여전히 소기업에 해당하는 경우만이 이 사건 부칙조항의 적용대상에 포함된다고 보아야 하고, 따라서 2017 과세연도에 개정규정뿐 아니라 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 않는 기업의 경우에는 이 사건 부칙조항의 적용대상에 포함되지 않는다고 할 것이다. 결국 2017 사업연도 매출액이 120억을 초과하는 원고는 개정규정 뿐만 아니라 종전규정에 의하더라도 소기업에 해당될 수 없기에 이 사건 부칙조항 및 구 조세특례제한법 제7조에 따라 세액감면을 받을 수 없음이 명백하므로, 원고의 이 부분 주장을 받아들이지 아니한다.

    ① 경과조치란 법령을 제정하거나 개폐하는 경우에 구법질서 하에서 또는 법령이 전혀 없는 상태에서 유지되던 종전의 지위나 이익을 보호하고, 예측가능성과 법적안정성의 훼손을 방지하며, 종전의 지위가 급격하게 변동되지 않도록 배려하는 등의 방법으로 법질서의 변천을 원활하게 하기 위한 입법적 조치를 말한다.

  표제가 ⁠‘소기업의 범위에 관한 경과조치‘인 이 사건 부칙조항 역시 ’종전규정에 따라‘ 소기업에 해당되었던 기업이 ⁠‘위 시행령의 개정으로 인하여‘ 개정규정에서 새로이 정한 소기업의 요건에 해당하지 아니하게 된 경우에 개정규정에도 불구하고 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위하여 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다는 데에 그 취지가 있다. 그러한 취지에 따라 이 사건 부칙조항이 문언상으로도 그 적용대상을 ’종전규정 시행 당시의 소기업‘, ’개정규정 시행 이후 소기업에 해당하지 아니하는 경우‘라고만 정하지 않고, ’종전규정 시행 당시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업‘, ’개정규정 시행 이후 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우‘라고 정하고 있는 것이다. 또한 기획재정부가 2016년경 발간한 ⁠‘2015 간추린 개정세법’에도, 개정규정의 경과조치에 대하여 종전규정에 따라 소기업에 해당했던 기업이 ⁠‘동 개정에 따라’ 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 소기업 유예기간을 적용한다고 설명하고 있다.

    ② 따라서 원고와 같이 2017 과세연도에 매출액이 증가하여 개정규정은 물론 종전규정에 따르더라도 소기업의 요건에 해당하지 아니하게 된 기업은, 위 시행령의 개정으로 인하여 소기업 해당 여부가 달라진 것이 아니어서 경과조치를 통하여 보호하고자 하는 기득권이나 신뢰가 없다 할 것이므로, 이 사건 부칙조항의 적용대상에 해당한다고 볼 수 없다(원고의 주장에 따르면, 2015 과세연도에 소기업의 요건을 충족한 기업은 향후 매출액이 증가하여 그 규모가 훨씬 커지더라도 아무런 조건 없이 이 사건 부칙조항에 따라 2019 과세연도까지 세액감면을 받게 되는바, 이러한 해석은 구 조세특례제한법 제7조 제1항 및 소기업의 범위에 관하여 경과조치를 둔 입법취지에 명백히반한다).

    ③ 구 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따라 ⁠‘소기업’의 요건 규정에 대하여 위임을 받은 종전규정에서는 제조업(제1호)을 주된 사업으로 영위하는 경우 100명 미만의 계속 고용근로자를 보유하고, 사업연도 매출액이 100억 원 미만일 것을 요건으로 정하고 있었는데, 개정규정에서는 소기업을 업종별로 분류하여 정해진 사업연도 매출액만을 기준으로 하여 정하는 것으로 하였다. 그런데 원고에게 적용되는 구 중소기업기본법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28560호로 개정되기 전의 것) ⁠[별표3] 제13호[그 밖의 기계 및 장비 제조업(분류기호 C294)]는 매출액이 120억 원 이하인 기업을 소기업으로 정하고 있다(반면 건설업의 경우 소기업의 대상이 되는 기업의 매출액을 80억 원 이하로 정하고 있다). 결국 건설업 등과 달리 원고가 종사하고 있는

위 제조업의 경우에는 개정규정에 의할 경우 세금감면에 관한 소기업의 요건과 관련하여 종전규정보다 더 불리한 내용의 개정은 없으므로, 이 사건 부칙조항의 적용을 받아야 할 합리적인 이유가 없다(따라서 이 사건 부칙조항은 종전규정보다 불리한 내용의개정이 있는 업종의 기업에 대해서만 그 적용의 실익이 있다).

  2) 가산세 부과가 위법한지 여부

   가) 법인세법상 과소신고가산세 및 무납부가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고，이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없으나(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 참조), 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지･착오 등은 위 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2007. 4. 26. 선고 2005두10545 판결 등 참조).

   나) 위 법리에 따라 살피건대, 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의해 인정되는 다음의 사정들, 즉 원고가 제시한 국세청 법령해석(서면법령해석 법인- 2018-662, 2018. 4. 10.)과 기획재정부 유권해석(기획재정부 조세특례제도과-751, 2019. 12. 24.및 조세특례제도과-266, 2018. 4. 6.) 등은 이 사건과 사실관계를 달리하거나, 원고가법인세 신고를 한 2018. 3. 31. 이후에 공표된 것으로 원고의 법인세 신고와 관련된 세법해석에 아무런 영향을 미치지 않았던 점, 위 해석들의 내용이 다툼의 여지가 전혀없이 원고가 주장하는바와 같은 내용으로 해석된다고 단정하기 어려운 점, 조세심판원은 이 사건 부칙조항의 해석과 관련하여 일관되게 앞서 본 대법원 판례와 같은 태도를유지하고 있었던 점 등을 종합하여 보면, 원고의 위 납세의무 해태는 세법해석에 대한오해 또는 법령의 부지에서 비롯된 것이지 이를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해대립이 있는 경우에 기인하는 것이라고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

  그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

재판장 판 사 심 〇 〇

                   박 〇 〇

                   김 〇 〇

출처 : 의정부지방법원 2021. 07. 22. 선고 의정부지방법원 2020구합15463 판결 | 국세법령정보시스템